チャールズ1世時代のピューリタンの歴史

1625年、新議会の開会直前、シャルルは代理結婚でフランス王アンリ4世の娘でカトリック教徒のアンリッタ・マリア王女と結婚した。外交的には、これはスペインとの戦争に備えたフランスとの同盟を意味していたが、ピューリタンの議員たちは、シャルルがカトリック教徒に対する法律を制限し、さらにはカトリック解放をも企んでいると公然と主張した。実際、国王は将来の義理の兄弟となるルイ13世と交渉した秘密の結婚条約で、そうすることに同意していた。

1611年からカンタベリー大主教を務めたジョージ・アボットは、イングランド教会の主流派に属し、スコットランドのプロテスタントに同情的で、伝統的なカルヴァン主義的な意味で反カトリックであり、神学的にはアルミニウス主義に反対していた。エリザベス1世の治世下では、ピューリタンの人物と交流があった。^{[ 4 ]}リチャード・モンタギューの反カルヴァン主義的なニュー・ギャッグをめぐる論争は、1625年5月に議会が開かれた時にもまだ続いており、モンタギューはピューリタン議員のジョン・ピムから議会で攻撃された。モンタギューが使徒行伝25章10-12節にちなんで「私はカエサルに訴える」と題した、王室の保護を求めるパンフレットを書いたとき、チャールズは彼を王室付き牧師に任命することで応えた。

議会は、チャールズがイングランドにカトリックを再び押し付ける軍隊を支援するためにその収入を使うのではないかと恐れ、チャールズに収入を与えることに消極的だった。1625年の議会は数世紀にわたる慣例を破り、チャールズがトン税とポンド税を1年間だけ徴収することを決議した。チャールズがスペインに宣戦布告して三十年戦争に介入しようとしたとき（英西戦争（1625年））、議会は彼に不十分な14万ポンドしか与えなかった。スペインとの戦争は続行された（チャールズがもはや権限を持たなくなった後も徴収したトン税とポンド税によって部分的に資金が賄われた）。バッキンガムが戦争遂行の責任者に任命されたが、失敗に終わった。

1626年のヨーク・ハウス会議では、対立の構図が明確になり始めた。反対派はピューリタンの政治的忠誠心に疑問を投げかけ、彼らの信仰を抵抗運動と同一視した。アルミニウス派は説教の中で王党派の立場を取り始めた。1627年、アボットは、王党派聖職者の一人であるロバート・シブソープをめぐる国王との争いで、実権を剥奪された。リチャード・モンタギューは1628年にチチェスター司教に任命された。

英仏戦争（1627年～1629年）もまた、軍事的には失敗に終わった。議会はバッキンガム公の交代を求めたが、チャールズは彼を擁護し続けた。議会はその後、議会の権利を宣言する「権利請願」を可決した。チャールズはこの請願を受け入れたものの、彼の行動に変化は見られなかった。

1628年8月、バッキンガム公は、失望した兵士ジョン・フェルトンによって暗殺された。世論の反応にチャールズは激怒した。1629年1月に議会が再開されると、チャールズは、トン税とポンド税を支払わなかったとして起訴された国会議員ジョン・ロールの件で激しい非難を浴びた。下院議長ジョン・フィンチは、国王を非難する決議を議会が可決できるように、議長席に押さえつけられた。

チャールズは議会を招集せずに統治することを決意し、こうして彼の親政時代（1629年～1640年）が始まった。この時代は、イングランドにおいてローディアン主義が台頭した時期であった。

ラウディアニズム（チャールズとロードが推進した教会政策の総称）の中心的な理念は、「聖性の美」（詩篇29篇2節への言及）であった。これは、儀式と調和のとれた典礼への愛着を強調するものであった。イングランドの多くの教会は、イングランド宗教改革の後、荒廃していた。ラウディアニズムは、教会を美しくすることを求めた。教会は修繕を行い、教会建築に対する敬意をより一層高めるよう命じられた。

ピューリタンにとって特に忌まわしい政策の一つは、教会に祭壇の手すりを設置することであった。ピューリタンはこれを、聖体変化と聖体におけるキリストの実在に関するカトリックの立場と結びつけて考えた。カトリックの慣習では、祭壇の手すりはキリストが聖体の中に受肉した場所を区切る役割を果たし、手すりの内側に入ることが許されていたのは司祭、侍者、祭壇係の少年だけであった。ピューリタンはまた、祭壇の手すりの前でひざまずいて聖体拝領を受ける慣習は、聖体礼拝に似ていると主張した。ラウディアン派は、共通祈祷書を使い続け、カトリックを拒否しながらも、聖体拝領の際にひざまずき、手すりの前で聖体拝領を受けることを主張した。

ピューリタンたちは、ラウディアンが英国国教会の聖職者を「司祭」と呼ぶことに固執したことにも異議を唱えた。彼らの考えでは、「司祭」という言葉は「犠牲を捧げる者」を意味し、したがって、彼らの考えでは、聖餐式を犠牲とみなすカトリックの教えと結びついていた。宗教改革後、ピューリタンたちは聖職者を表す言葉として「牧師」（「仕える者」という意味）という言葉を一般的に採用した。ピューリタンたちは、この言葉の使用を支持するか、あるいは新約聖書で使用されているコイネー・ギリシャ語の「長老」を翻訳せずにそのまま音訳することを主張した。

ピューリタンたちは、宗教改革後にイングランドで廃れていた四旬節を守る習慣をローディアン派が復活させたことに落胆した。ピューリタンたちは、教会暦で定められた日ではなく、当時の諸問題に対応して教会や政府が特別に定めた断食日を好んだ。

1630年代にイングランド国教会から非順応的なピューリタン聖職者が追放されたことは、反発を招いた。ピューリタンの信徒たちはチャールズ王の政策に反対の声を上げ、ピューリタンの怒りの主な標的は司教たちであった。ラウディアニズムとカロライン神学派の両方に対する最初にして最も有名な批判者はウィリアム・プリンであった。1620年代後半から1630年代前半にかけて、プリンはイングランド国教会におけるアルミニウス主義とアングロ・カトリック主義の拡大を非難する著作を数多く著し、チャールズ王とカトリックの王女との結婚にも反対していた。プリンは宮廷の緩慢な道徳を声高に批判するようになった。

プリンはまた、より一般的に社会道徳を批判していた。ジョン・クリュソストモスの舞台批判に呼応して、プリンは『ヒストリオマスティックス』という本を執筆し、その中で舞台が淫蕩を助長しているとして激しく非難した。この本は、ピューリタンによるイギリス・ルネサンス演劇への攻撃の頂点を表しており、舞台劇が淫らさを助長しているとして攻撃した。プリンにとって不運なことに、この本はヘンリエッタ・マリアがウォルター・モンタギューの仮面劇『羊飼いの楽園』で王族として初めて舞台に立った1633年1月とほぼ同時期に出版された。 『ヒストリオマスティックス』は、ピューリタンによる女王の道徳への攻撃として広く読まれた。カンタベリー大主教に就任して間もなく、ウィリアム・ロードはプリンを扇動的な名誉毀損の罪で星室裁判所に訴えた。コモンロー裁判所とは異なり、星室裁判所は、法律ではなく衡平法に基づく犯罪に対して、死刑以外のあらゆる刑罰（拷問を含む）を命じることが認められていた。扇動的な名誉毀損は、星室裁判所で審理された「衡平法上の犯罪」の一つであった。プリンは有罪判決を受け、禁固刑、5000ポンドの罰金、そして耳の一部を切断する刑を言い渡された。

プリンは獄中から出版を続け、1637年に星室裁判所で二度目の裁判にかけられた。今度は星室裁判所はプリンの残りの耳を切り落とし、 「扇動的な中傷者」を意味するSLの文字を焼き印として付けるよう命じた。（プリンは、この文字は実際にはstigmata Laudis（ラウドの印）を意味すると主張した。）同じ裁判で、星室裁判所はラウド主義に反対する著作を書いた他の2人の政権批判者、反司教パンフレットを書いた医師のジョン・バストウィックとヘンリー・バートンにも耳を切り落とすよう命じた。

1年後、3人の「殉教者」に4人目のジョン・リルバーンが加わった。リルバーンはジョン・バストウィックの下で学んでいた。1632年以来、出版業者組合の許可を得ていない文学作品の出版や輸入は違法であり、これにより政府は出版前に作品を閲覧し検閲することができた。1630年代を通じて、ピューリタンがアムステルダムで作品を出版し、その後イングランドに密輸することが一般的になった。1638年、リルバーンはアムステルダムからラウディアニズムを批判する宗教作品を輸入したとして星室裁判所で起訴された。リルバーンはこうして、後に「自由生まれのジョン」として、また「イングランドの自由」の最も優れた擁護者として称賛されることになる道を歩み始めた。星室裁判所で、彼は告発がラテン語でしか提示されていないという理由で、自分に対する告発に答弁することを拒否した。裁判所はその後彼を投獄し、再び法廷に連れ戻し、答弁を要求した。リルバーンは、自分にかけられた罪状を英語で聞くよう要求した。当局は、フリート刑務所から牛車の後ろに両手を縛り付けてウェストミンスターのさらし台まで引きずり回すリルバーンの裸の背中を、三本の革紐が付いた鞭で鞭打つという手段に出た。さらし台で屈むことを強いられたリルバーンは、それでもなお群衆に無許可の文書を配布し続けた。その後、猿ぐつわをはめられた。そしてついに投獄された。彼は再び法廷に連行され、再び投獄された。

1625年、ピューリタンの弁護士、商人、聖職者（リチャード・シブスやジョン・ダベンポートを含む）の一団が、「聖職者任命権購入受託者会」と呼ばれる組織を結成した。受託者たちは、聖職者任命権や教会聖職者任命権を購入するための資金を集め、それによって受託者たちは、自分たちが選んだ候補者を聖職禄や講師職に任命する法的権利を得ることになった。これは、国内の説教牧師の数を増やす仕組みであると同時に、ピューリタンが聖職に就くことを保証する手段でもあった。

1629年、マグダレン・カレッジの講師ピーター・ヘイリンは、聖メアリー教会で説教を行い、財産管理委員会が小麦の中に毒麦を蒔いていると非難した。このことが広く知られると、ウィリアム・ノイは財務裁判所で財産管理委員会を訴追し始めた。財産管理委員会の弁護は、彼らが任命した役職者は全員イングランド国教会に忠実であったというものだった。しかし、1632年、財産管理委員会は解散され、その資産は王室に没収された。チャールズ国王は、その資金を聖職者の給与増額や、ピューリタンの支配下にないその他の宗教的用途に使うよう命じた。

前述の通り、ジェームズはイングランドとスコットランドの教会をより近づけようと試みた。その過程で、彼はスコットランド教会に司教を復活させ、スコットランド教会にパースの五条項を押し付けたが、これはスコットランドの長老派教会を憤慨させた。チャールズは、スコットランドにおける司教の役割を父よりもさらに高めることで長老派教会をさらに怒らせた。1635年には、セント・アンドリュース大司教ジョン・スポティスウッドがスコットランド大法官に任命された。チャールズに対する長老派教会の反対は、1637年にチャールズがスコットランド教会に共通祈祷書の改訂版を押し付けようとした際に、新たな激しさに達した。この祈祷書はスコットランドの司教の委員会によって作成されたが、広くイングランドからの輸入品と見なされ、「ロードの典礼」として非難された。さらに悪いことに、スコットランドの祈祷書はイングランドの祈祷書と異なる箇所があり、イングランドではまだ再導入されていない古い誤りを再び持ち込んでいるように見えた。その結果、新しくエディンバラ司教に任命されたデイヴィッド・リンゼイがセント・ジャイルズ大聖堂で新しい典礼を朗読しようと立ち上がった際、会衆の一員であるジェニー・ゲデスがリンゼイに向かって椅子を投げつけ、祈祷書暴動が勃発した。

スコットランドの祈祷書は、宗教的な理由だけでなく、民族主義的な理由からも、スコットランドの貴族やジェントルマンの間で非常に不評だった。ノックスの『共通秩序の書』はスコットランド議会によって国教会の典礼として採用されていたが、1637年にスコットランド議会は諮問されず、新しい祈祷書は、教会におけるチャールズの王権至上主義という教義のみに基づいて押し付けられた。この教義は、スコットランド教会も議会も受け入れたことがなかった。1638年2月、多くの有力貴族が「国民盟約」として知られる文書を作成した。国民盟約に署名した人々は盟約派として知られている。同年後半、スコットランド教会の総会は司教たちを教会から追放した。

チャールズは、自身の権威に対するこの挑戦に応え、軍隊を編成してスコットランドに進軍し、「第一次司教戦争」（1639年）を起こした。 司教に対する長年の反対（プリン、バートン、バストウィック、リルバーン事件の後、その反対は新たな高みに達した）を持っていたイングランドのピューリタンたち は、国王が司教の地位を維持するために戦争を仕掛けていることに深く落胆した。第一次司教戦争は、双方とも相手を打ち負かすのに十分な資源を持っていなかったため（チャールズの場合は、1629年以来議会を招集していなかったため、戦争を遂行するのに十分な収入がなかったため）、膠着状態に終わり、バーウィック条約（1639年）の締結につながった。

チャールズは、次の機会にベリック条約を破棄するつもりで、ロンドンに戻ると、スコットランドとの戦争資金を調達し、スコットランドにおける監督制を復活させるための新たな税を可決できる議会を招集する準備を始めた。この議会は、わずか3週間しか続かなかったことから短期議会 と呼ばれ、1640年に開かれた。チャールズにとって不運なことに、多くのピューリタン議員が議会に選出され、王室の政策を批判するジョン・ピムとジョン・ハンプデンの2人が議会で国王を激しく批判するようになった。これらの議員は、議会には不満の是正を要求する古来からの権利があると主張し、チャールズが望む税を議会が認める前に、過去10年間の王室の政策に対する国民の不満を解消すべきだと主張した。苛立ったチャールズは、議会が開かれてから3週間後に議会を解散した。 

スコットランドでは、反抗的な精神がますます強まっていった。バーウィック条約の締結後、スコットランド総会はエディンバラで会合を開き、スコットランドにおける監督制の廃止を承認し、さらに一歩進んで、すべての監督制は神の言葉に反すると宣言した。その年の後半にスコットランド議会が開かれた際、スコットランド教会の立場が承認された。スコットランドの盟約派は、イングランドで監督制が依然として主流である限り、スコットランドで長老派教会が自信を持って再建されることは決してないと判断した。そこで彼らは、監督制の廃止を実現するためにイングランドに侵攻することを決意した。同時に、スコットランド人（イングランドのピューリタンと多くの繋がりを持っていた）は、国王がバーウィック条約を破棄し、スコットランドへの二度目の侵攻を企てていることを知った。短期議会がチャールズの要求した資金を与えずに解散されたとき、盟約派はイングランドの侵略に対する先制攻撃を開始する機が熟したと判断した。こうして1640年8月、スコットランド軍はイングランド北部に進軍し、「第二次主教戦争」が始まった。国王の不意を突いたスコットランド軍はニューバーンの戦いで勝利した。こうしてスコットランド盟約派はイングランド北部諸州を占領し、条約が締結されるまで国王に1日850ポンドの巨額の罰金を課した。国王は信用できないと考えたスコットランドは、和平交渉にはイングランド議会が参加することを主張した。第二次主教戦争で財政難に陥ったチャールズは、スコットランドへの支払いのために新たな税金を課す議会を招集する以外に選択肢がほとんどなかった。彼はしぶしぶ1660年まで解散されない長期議会を招集した。

イングランド聖職者会議は、伝統的に議会が開かれるたびに開催され、議会が解散されるたびに解散された。しかし、1640年、チャールズは、チャールズがロード大司教に作成させた教会法を聖職者会議がまだ可決していなかったため、短期議会を解散した後も会議を続けるよう命じた。この教会法は、ロードの教会政策をイングランド国教会の公式政策として確認するものであった。聖職者会議は、1640年5月下旬にこれらの教会法を律儀に可決した。

教会法の前文では、教会法は教会に革新をもたらすものではなく、エドワード6世とエリザベス1世の時代から廃れていた儀式を復活させるものだと主張している。第一条では、国王は神権によって統治し、王権至上主義は神の法によって要求され、税金は「神、自然、そして諸国の法によって」国王に納められるべきものであると主張した。この教会法によって、多くの国会議員は、チャールズとロード派の聖職者たちがイングランド国教会を利用してイングランドに絶対君主制を確立しようとしていると結論づけ、これは議会と国王の間で最近起こった船舶税をめぐる争いへの聖職者の不当な干渉であると感じた。

カトリックとソッツィーニ派に対する教会法は異論を唱えられなかったが、異端者に対する教会法はピューリタンを標的としていたため物議を醸した。この教会法は、教区教会の礼拝に定期的に出席しない者、あるいは祈祷書に記された礼拝全体ではなく説教のみに出席する者を非難した。さらに、イングランド国教会の規律と統治を批判する書物を書いた者も非難した。

最後に、そして最も物議を醸した点として、教会法典は、すべての聖職者、貴族の息子ではないすべての文学修士、神学、法学、または医学の学位を取得したすべての人、教会裁判所および大法官裁判所のすべての書記官、すべての保険数理士、監督官、および教師、外国の大学から法人化されたすべての人、およびすべての叙任候補者に宣誓を課した。その宣誓文は以下の通りである。

私、ABは、イングランド国教会に確立された教義、規律、統治体制が救済に必要なすべての事柄を含んでいることを承認し、私自身または他のいかなる者も、直接的または間接的に、確立された教義に反するカトリックの教義を持ち込もうとはしないことを誓います。また、大司教、司教、首席司祭、大執事等によるこの教会の統治体制を、現状のまま、そして当然あるべき姿のまま変更することにも決して同意せず、ローマ教皇庁の簒奪と迷信に服従させることも決してしません。そして、これらすべてのことを、私は、言葉の明白かつ常識的な意味と理解に従い、いかなる曖昧さ、精神的な回避、あるいは秘密の留保もなく、率直かつ誠実に認め、誓います。そして、私はこれを、キリスト教徒の信仰に基づいて、心から、喜んで、そして真摯に誓います。イエス・キリストにおいて、神よ、私をお助けください。

ピューリタンたちは激怒した。彼らは1640年の教会法を違憲だと攻撃し、議会が解散された後、教会会議はもはや法的に活動していないと主張した。エトセトラ誓約の強制運動は、ロンドンでコーネリアス・バージェス、エドマンド・カラミー長老、ジョン・グッドウィンらが組織したピューリタンの強い抵抗に遭った。エトセトラ誓約の強制により、ピューリタンのスコットランド支持の感情はさらに広がり、この時期にピューリタンの指導者たちがスコットランド人と反逆的な連絡を取っていたという噂 （可能性はあるが証明されたことはない ）が流れた。多くのピューリタンは、読むように命じられたスコットランドに対する勝利の祈りを読むことを拒否した。

1640年11月の長期議会選挙の結果、短期議会よりもさらにピューリタンが支配的な議会が誕生した。そのため、議会の最初の仕事は、 1632年からチャールズのアイルランド総督を務めていた初代ストラフォード伯爵トーマス・ウェントワースに対する弾劾であった。第二次主教戦争の後、ストラフォードはアイルランドでアイルランド・カトリック軍を編成し、スコットランドの盟約派に対抗するために動員していた。ピューリタンは、自分たちが憎むアイルランド・カトリック軍が、自分たちが愛するスコットランドの長老派に対して国王によって動員されることに憤慨し、特にピューリタン的ではない多くのイングランドのプロテスタントも同様の感情を抱いていた。議会が自分を弾劾しようとしていることを知ったストラフォードは、議会内のピューリタンとスコットランドの盟約派との間の反逆的な通信の証拠を国王に提出した。しかし、ジョン・ピムは巧みな政治工作によって、オリバー・セント・ジョン、そしてセイ卿と共に、議会にストラフォードを大逆罪で弾劾させることに成功し、ストラフォードは逮捕された。

1641年1月に始まった貴族院での裁判で、検察側はストラフォードがアイルランドのカトリック軍をイングランドのプロテスタントに対して利用しようとしていたと主張した。ストラフォードは、その軍は反乱を起こしたスコットランド人に対して利用するつもりだったと反論した。ストラフォードは最終的に、その行為は大逆罪には当たらないという理由で1641年4月に無罪となった。その結果、ストラフォードに反対するピューリタンたちは庶民院でストラフォードに対する私権剥奪法案を提出した。数ヶ月間給料が支払われていなかった軍隊の反乱を受けて、貴族院も私権剥奪法案を可決した。チャールズは、兵士たちに給料が支払われなければさらなる反乱が起こること、議会が資金を承認するまで兵士たちに給料が支払われないこと、そして議会はストラフォードの死なしには資金を承認しないことを懸念し、1641年5月に私権剥奪法に署名した。ストラフォードは1641年5月12日、20万人の群衆の前で処刑された。

ピューリタンたちは議会と世論の機運に乗じて「根こそぎの請願」を組織した。これは監督制の「根こそぎの」廃止を求めたことからそう呼ばれた。15,000人のロンドン市民が署名したこの請願は、1640年12月11日に1,500人の群衆によって議会に提出された。この請願には、ピューリタンたちがチャールズ王と司教たちに対して抱いていた多くの不満が詳細に記されていた。請願は、司教たちが多くの敬虔な牧師たちの声を封じ、牧師たちが「予定説、自由恩寵、忍耐、洗礼後も残る原罪、安息日、普遍恩寵に反対する教義、予見された信仰による選び、反キリストに対する自由意志、非居住者（教区に住んでいない牧師）、神への礼拝における人間の発明」について人々に教えることを恐れるように仕向けたと訴えた。請願書は、司教に世俗的な権力を与え、聖職者に世俗の権威を無視するよう促す慣行を非難した。また、敬虔な書物を抑圧する一方で、カトリック的、アルミニウス主義的、わいせつな書物（オウィディウスの『恋愛術』やマーティン・パーカーのバラードなど）の出版を許可している体制を非難した。さらに、請願書はピューリタンたちの常套的な不満のいくつかを改めて述べた。すなわち、『スポーツの書』、祭壇ごとに聖餐台を配置すること、教会の美化計画、誓約の強制、宮廷におけるカトリック教徒とアルミニウス主義者の影響力、そして司教による破門の濫用である。

1640年12月、ストラフォードを弾劾した翌月、議会はロード大司教を大逆罪で弾劾した。彼は真の宗教を転覆させ、教皇のような権力を僭称し、イングランド国教会とローマ・カトリック教会を和解させようとし、敬虔な説教者を迫害し、イングランド国教会と大陸の改革派教会との関係を悪化させ、スコットランドとの戦争を煽り、その他様々な罪で告発された。この議論の中で、ハーボトル・グリムストンはロードを「我々のあらゆる悲惨と災難の根源であり、国家と政府を蝕むあらゆる疫病の巣窟」と非難したことで有名である。しかし、ストラフォードとは異なり、ロードの敵は彼の処刑を迅速に進めなかった。彼は1641年2月にロンドン塔に投獄された。

1641年3月、庶民院は司教排除法案を可決した。この法案が成立すれば、司教は貴族院の議席に着くことができなくなるはずだった。しかし、貴族院はこの法案を否決した。

1641年5月、ヘンリー・ヴェイン・ザ・ヤンガーとオリバー・クロムウェルは、オリバー・セント・ジョンが起草した「根こそぎ廃止法案」を提出した。この法案は、「根こそぎ廃止請願」で提唱された方針に沿って、イングランドの監督制を「根こそぎ」廃止することを目的としていた。ルシウス・ケアリー、第2代ファルクランド子爵、エドワード・ハイドといった穏健派議員の多くは落胆した。彼らは、1630年代にチャールズとロードが行き過ぎたと考えていたものの、監督制を廃止する用意はなかった。根こそぎ廃止法案をめぐる議論は激しく、最終的に1641年8月に否決された。この法案をめぐる議員の分裂は、その後の戦争における議員の基本的な分裂を形成し、根こそぎ廃止法案を支持する者は議会派となり、監督制を擁護する者は王党派となった。 

当然のことながら、ルート・アンド・ブランチ法案をめぐる議論は、活発なパンフレット論争を引き起こした。エクセター司教ジョセフ・ホールは、高等議会に対する謙虚な抗議と題する、司教制の熱烈な擁護を著した。これに対し、 5人のピューリタンの著者が、それぞれの名前の頭文字をとってスメクティムヌスという名前で反論した（スティーブン・マーシャル、エドマンド・カラミー、トーマス・ヤング、マシュー・ニューコメン、ウィリアム・スパーストウ）。スメクティムヌスの最初のパンフレットは、「謙虚な抗議」と題された本への回答である。 『典礼と司教制の起源について論じる』は1641年3月に出版された。トーマス・ヤングの元教え子の一人であるジョン・ミルトンが、この反論の追伸を書いたと考えられている（ミルトンは1640年から1641年にかけて、司教制に反対するパンフレットを数冊出版している）。その後、長々と反論と反駁が交わされた。

国王が国民の不満を解消することなく再び議会を解散するのではないかと懸念したジョン・ピムは、議会の同意なしに議会を解散することを禁じる法律を強行採決した。資金難に陥っていたチャールズは、この法律に同意する以外に選択肢がほとんどなかった。その後、長期議会は過去11年間の不人気な側面を覆そうとした。ピューリタンの一般信徒を黙らせるために使われていた星室裁判所は、1641年7月に廃止された。高等裁判所もこの時に廃止された。議会はプリン、バートン、バストウィック、リルバーンの釈放を命じ、彼らは凱旋してロンドンに戻った。

1641年10月、アイルランドのカトリック貴族が1641年のアイルランド反乱を起こし、イングランドの支配を打破してアイルランド連合を樹立した。イングランド議会議員たちは、アイルランド軍がイングランドのプロテスタントを虐殺するために立ち上がるのではないかと恐れた。このような状況の中、1641年11月、議会は「大抗議文」を可決し、国王が親政の過程で違法行為を行ったと議会が感じた200以上の点を詳細に記した。この大抗議文は、議会の穏健派でピューリタンではない議員（例えば、ファルクランド子爵やエドワード・ハイド）が、議会は国王を非難しすぎ、反乱を起こしたスコットランド人に同情しすぎていると感じた2度目の出来事となった。

1641年後半、司教たちが貴族院に議席を得ようとした際、おそらくジョン・ピムが組織した、ピューリタン支持で反司教派の暴徒がそれを阻止した。司教排除法案は1641年12月に再び提出されたが、この時は、貴族院もチャールズ国王も法案を否決するだけの力がないという風潮だった。司教排除法は、聖職者が1642年2月5日以降、いかなる世俗的な管轄権や権限を行使することも禁じており、これには議会の議席や枢密院の構成員になることも含まれていた。この日以降、聖職者がそのような権限で行った行為はすべて無効とみなされた。

この時期、チャールズは、ピューリタンの影響を受けた議会議員たちが、1640年にスコットランドの盟約派がイングランドに侵攻するよう反逆的に扇動し、第二次主教戦争を引き起こしたと確信するようになった。そのため、彼らがカトリックの陰謀に関与したとして女王を弾劾しようとしていると聞いたチャールズは、マンデヴィル卿と、後に「五人議員」として知られるジョン・ピム、ジョン・ハンプデン、デンジル・ホレス、アーサー・ヘーゼルリグ卿、ウィリアム・ストロードの5人の議員を逮捕することを決意した。チャールズは1642年1月4日に自ら庶民院に乗り込んだが、議員たちはすでに逃亡していた。

5人の議員を逮捕しようとした試みが失敗に終わった後、チャールズは自分が議会議員の間で不人気であるだけでなく、ロンドンのピューリタン支持派、反聖公会派、そしてますます反王室的な暴徒からも危険にさらされていることに気づいた。そのため、彼と家族はオックスフォードに退避し、忠誠を誓うすべての議会議員に合流するよう呼びかけた。彼はジョージ・ゴーリング卿の下で軍隊の編成を始めた。

議会は民兵条例を可決し、民兵を組織したが、民兵は議会の管理下に置かれるべきであると規定した。国王はこの法案への署名を拒否した。議会と国王の間に大きな亀裂が生じたのは1642年3月15日で、議会は「民兵条例は国王の裁可を得ていないが、国民はそれに拘束される」と宣言した。これは議会が国王の裁可を得ずに自らの行為を効力を持つと宣言した最初の例であった。こうした状況下で、国民は議会派と王党派に分裂し始めた。王党派と議会派の最初の衝突は1642年4月のハル包囲戦で起こった。これは議会が任命した軍政長官ジョン・ホーサム卿が、チャールズの軍隊がキングストン・アポン・ハルで軍事物資を入手することを拒否したことから始まった。8月、国王はノッティンガムで正式に旗を掲げ、第一次イングランド内戦が始まった。

ウェストミンスター会議における教会政治に関する議論は、ピューリタンの歴史における決定的な転換点となった。それまでピューリタンは王政と監督制の教会政策への反対において一致していたが、イングランド国教会の改革をめぐって分裂することになった。ウェストミンスター神学者たちは4つのグループに分かれた。

1. 穏健な司教制を支持し、アーマー大司教ジェームズ・アッシャーに率いられていた聖公会派。
2. 長老派教会は長老制を支持しており、 この立場はスコットランドの委員、特にジョージ・ギレスピーとサミュエル・ラザフォードによって強く推進されたが、この立場を取った最も影響力のあるイングランド人はおそらくエドワード・レイノルズであった。
3. 会衆制を支持し、トーマス・グッドウィンが率いていた独立派。
4. エラスティア派は、教会の政治体制はアディアフォラ（無関心な事柄）であり、国家によって決定されるべきであると信じており、ジョン・ライトフットが率いていた。

多くの問題が両グループを分断させた。

• 教会の統治形態の問題：神の法によって定められた（ jure divino）か、それともどちらでも構わない（ adiaphora）か（各国の教会が自由に独自の統治形態を確立できる）か：エラスティウス派は、統治形態は神の法によって定められるものではないと主張する最も声高なグループであったが、他のグループは、自分たちの立場は聖書によって定められていると信じる傾向が強かった。
• 教会における階層構造の程度：聖公会は、教会は階層的に組織されるべきであり、司教が他の聖職者に対する監督的役割を担うべきだと考えていた。長老派は、教会は階層的に組織されるべきであるのは、教会が階層的に秩序づけられた一連の集会（長老会、長老会、総会、そして最上位の総会）によって統治されるべきという意味においてのみであると考えていた。長老派の制度は教会における階層的秩序を伴うものであったが、その支持者は、各レベルの統治機関が教会全体を代表しているため、教会内の個人間の階層的秩序は伴わないことを強調した。独立派は教会におけるあらゆる形態の階層構造に反対し、牧師は自分の地元の会衆に対してのみ責任を負うべきだと主張した。
• 教会と国家の適切な関係：ウェストミンスター会議のすべての政党は、教会と国家は統一されるべきだが、国家は教会に従属すべきであるという「カトリック主義」の立場を拒否した。エラスティウス派と多くの聖公会派は、教会と国家は統一されるべきだが、教会は国家に従属すべきであると主張した。これは伝統的に皇帝教皇主義として知られており（例えば、国王至上主義の教義に表れている）、長老派は教会と国家の完全な分離を主張したが、それでも国家は国内の宗教的統一を強制すべきだと考えていた。独立派は最も踏み込んで、教会と国家の分離だけでなく、信教の自由も必要だと主張した。
• 教会の典礼の統一性：監督制に傾倒する人々は、より過激なピューリタンにも受け入れられるように改訂された『共通祈祷書』に似た典礼を最も好む傾向があったが、国全体で統一的に使用される定型的な祈りの形式が含まれていた。長老制に傾倒する人々は、ノックスの『規律書』に似たものを好む傾向があった。これは礼拝の一般的な形式を定めたものであったが、個々の牧師が独自の祈りを自由に作成し、即興の祈りを捧げることさえ許されていた。独立派は、すべての定型的な礼拝形式に反対し、礼拝形式の地域的な違いを受け入れ、ほとんどすべての祈りは即興であるべきであり、礼拝時に聖霊に導かれた牧師が自発的に捧げるべきだと考えていた。

王党派がウェストミンスター会議に出席しなかった後も、聖公会派はおそらく多数派、少なくとも最多議席を占めていた。しかし、会議に出席した聖公会派議員は、聖公会制度の擁護に熱心ではなかった。会議が午後遅くから夕方にかけて討論と投票を予定した際、聖公会派議員は出席せず、長老派と独立派が会議の議論を支配することになった。有名な名言で、ファルクランド卿は「司教を憎む者は悪魔よりも憎み、司教を愛する者は夕食ほどには愛さなかった」と述べている。

到着後、スコットランド委員で あるアレクサンダー・ヘンダーソン、ジョージ・ギレスピー、サミュエル・ラザフォード、ロバート・ベイリーは、イングランド国教会にスコットランド国教会 と同様の長老制を採用させるための運動を組織した。当初、スコットランド委員は最小限の抵抗で長老制の計画を推し進めることができるように見えた。

しかし、1644年2月、議会の5人の議員 （歴史上「5人の非国教徒兄弟」として知られる）が、「トーマス・グッドウィン、フィリップ・ナイ、シドラック・シンプソン、ジェレマイア・バロウズ、ウィリアム・ブリッジによる、議会に謹んで提出された弁明録 」と題する小冊子を出版した。この出版物は独立派の立場を力強く主張し、スコットランド委員が長老派の立場に関して友好的な合意を迅速に形成することを不可能にした。その結果、1644年のウェストミンスター会議は、長老派と独立派の間で激しい議論が繰り広げられる場となった。

独立党は、この世での選びを確信できるという立場である実験的予定説に最も熱心だった政党である。実験的予定説を信じる人々は、劇的な回心体験をすることが多かった。実験的予定説の台頭に伴い、敬虔な人々の中には、集会教会を求める声が上がった。イングランド国教会は 理論上はイングランドのすべての人々を包含していたが 、集会教会は回心体験をした者のみで構成されていた。エリザベス朝後期に分離主義が弾圧された後、集会教会を求める声はひそひそと囁かれるだけとなった。しかし、「敬虔な人々」を他の信徒から分離する社会的なプロセスは、17世紀初頭を通して続いた。

When the Puritans in New England set up their own congregations, in order to be admitted to the church, one had to be examined by the elders of the church, and then make a public profession of faith before the assembled congregation before being admitted to membership. The Independents supported the New England way and argued for its adoption in England. The result would be a situation where not all English people would be members of the church, but only those who had undergone a conversion experience and made a public confession of faith. Under these circumstances, one of the major reasons why the Independents favored congregational polity was that they argued that only other godly members of the congregation could identify who else was elect. The Independents condemned the suppression of the Separatists – on the basis that the state should not suppress the godly. They accused the Presbyterian party of wanting to continue the barbarous, "popish" persecutions of the Laudian bishops. For the first time, the Independents began to advocate a theory of religious liberty. Since they saw only a small minority of the community as actually "saved", they argued that it made no sense to have a uniform national church. Rather, each gathered church should be free to organize itself as it saw fit. They were therefore opposed not only to the Book of Common Prayer, but also to any attempt to reform the liturgy – they argued that in fact there should not be a national liturgy, but that each minister and each congregation should be free to worship God in the way they saw fit.

長老派教会は、独立派教会が派閥争いをしていると反論した。長老派教会も独立派教会と同様にカルヴァン主義者であったが、予定説の意味するところを独立派教会とは異なって理解していた。ある者は、イングランドは選ばれた国であり、旧約聖書で神がイスラエル人を選ばれた民として選んだように、神の摂理によってイングランドは特別な召命を受けた国として選ばれたのだと主張した。またある者は、神が一部の者を選ばれ、一部の者を選ばれなかった者として選んだのは事実だが、この世では自分が選ばれた者であったかどうかを知ることは不可能であり、したがって、できる限り神の意志に沿うように生きるべきだと主張した。彼らは、自分たちだけがイングランドで選ばれた民であると考える独立派を快く思っていなかった。確かに、イングランド国教会の多くの信者が公然と悪名高い罪を犯していたかもしれないが、長老派にとってそれは、神が旧約聖書のイスラエル人が罪を犯した時に罰を与えたように、国家が介入してそれらの罪を罰する必要があるという兆候だった。

ウェストミンスター会議において、独立派は少数派であった 。約120人の聖職者からなる会議の中で、非国教徒の兄弟団員はわずか5人しかいなかったため、 独立派が会議で自らの立場を可決させることは不可能だった。

続く2年間、ウェストミンスター会議では2つ目の論争、すなわちエラスティウス主義をめぐる論争が大きな注目を集めた。 独立派論争の一部であった教会と国家の適切な関係という問題は、 エラスティウス主義論争の中心にあった。

エリザベス朝の宗教的和解の期間中、2 つの議会法によってイングランド国教会のイングランドにおける地位が確立されました。(1)国王至上法。これは君主がイングランド国教会の最高統治者であることを宣言し、すべての臣民に教会における国王至上権を認めることを誓う宣誓を課しました。(2)統一法。これはすべての教会が共通祈祷書に従って礼拝を行うことを義務付けることで、国全体に宗教的統一を確立しました。

1640年代の出来事により、イングランドの法曹界は、ウェストミンスター会議が国王法を覆すような形で教会を違法に変更しようとしているのではないかと懸念を抱くようになった。そのため、 1634年のエドワード・コークの死後、イングランドで最も著名な法学者の一人であったジョン・セル​​デンは、国王法を弱体化させるような形でイングランド国教会を変更することに反対する運動を主導した。こうして、会議における長老派が非議員（スコットランド委員）によって支配されていたのと同様に、エラスティアン派はセルデンと他の弁護士によって支配されていた。セルデンは、イングランド法だけでなく聖書自体も教会が国家に従属することを要求していると主張し、その根拠としてザドクとダビデ王の関係やローマ人への手紙13章を引用した。

1645年4月以降、議会は独立派論争からエラスティアン論争へと関心を移した。ジョン・ライトフットの他に、エラスティアンの立場を最も熱心に支持していたのは、議会の平信徒評議員を務めていたブルストロード・ホワイトロックであった。ホワイトロックは、破門の権限を合法的に行使できるのは 教会ではなく国家のみであると主張した。 

1645年10月、スコットランドの委員たちは、長期議会がイングランドに長老制の教会統治形態を確立する条例を可決したことで成功を収めた。しかし、議会がエラスティウスの主張も採用し、破門問題に関する教会の最終決定を総会からイングランド議会に上訴できるものとしたことに、彼らは愕然とした。

この決定は長老派の抗議を引き起こした。スコットランド議会は、長期議会が厳粛な同盟と盟約の下での約束を果たしていないことを懸念し、条例のエラスティウス的性質に抗議した。ロンドンの大臣たちは議会に請願書を提出した。ウェストミンスター議会は、長期議会で何度か説教を行った熱烈な説教者スティーブン・マーシャル率いる代表団を派遣し、条例のエラスティウス的性質に抗議した。（一部の議員は、議会はこの行為によってプラエムニレを犯したので罰せられるべきだと主張した。）議会は、ナサニエル・ファインズを含む代表団をウェストミンスター議会に派遣し、教会統治の神法的性質に関する質問リストを添えて対応した。議会はエラストゥス派の立場をきっぱりと拒否し 、ジョン・ライトフットとトーマス・コールマンだけがエラストゥス派を支持する発言をした。

長老派は大規模な広報キャンペーンを開始し、1646 年には長老派の主要な擁護論の多くが出版された。その最初のものは、 1646 年 12 月に出版されたJus Divinum Regiminis Ecclesiastici; or, The Divine Right of Church Government Asserted and Evidenced by the Holy Scriptures. By sundry Ministers of Christ within the City of Londonである。スコットランド委員の 1 人、サミュエル・ラザフォードは、 The Divine Right of Church Government and Excommunicationというタイトルの本を出版した。2 番目のスコットランド委員、ジョージ・ギレスピーは、コールマンとパンフレット論争を行った。コールマンがエラスティウスの立場を擁護する説教を出版したことに対し、ギレスピーはA Brotherly Examination of some Passages of Mr. Coleman's late printed Sermonを出版した。コールマンはA Brotherly Examination Re-examinedで応じ、ギレスピーはNihil Respondesで応じた。コールマンは『Male Dicis Maledicis 』で反論し、ギレスピーは『Male Audis』で反論した。ギレスピーは、議会の条例を支持する文章を書いたウィリアム・プリンに対しても批判を展開した。プリンは、ギレスピーが代表作『Aaron's Rod Blorsomeing; or, The Divine Ordinance of Church Government Vindicated』を著した際に特に攻撃の的となった。この作品には、コールマンとの論争から得た資料が部分的に取り入れられている。

長老派教会はまた、ロンドンにおける勢力を利用して、自分たちの立場を支持するよう議会に請願した。

1645年8月、議会は全国に長老を任命する意向を示す条例を可決したが、その方法については指示を与えていなかった。1646年3月14日、議会は「スキャンダラスな者を聖餐から除外し、長老を選出し、教会統治に関する以前の条例の欠陥を補うための条例」を可決した。この条例は全国で長老を選出するための仕組みを定め、概して長老制の教会統治制度を国内に確立した。しかし、この条例にもエラスティウス的な要素が含まれていた。この条例は「スキャンダラスな罪を裁く委員」という新たな役職を創設した。これらの委員には「スキャンダラスな罪」が破門に値するかどうかを判断する権限が与えられ、委員会が破門を承認する前に教会員を破門することは禁じられた。長老派は、イングランドにおける長老派教会の政治体制を創設した法律に委員の職が盛り込まれたことに激怒した。

独立党は、議会が宗教的同調を強制し続けていることに憤慨していた。長期議会の行動に対する独立党の落胆を最も有名に表現したのが、ジョン・ミルトンの詩「長期議会における良心の新たな強制者たちについて」である。ミルトンは、長期議会が教会におけるカトリックの専制政治を模倣し、キリスト教の自由という聖書の原則を侵害し、敬虔な人々を罰するような行動をとっていると主張した。彼は詩を「新しい長老は、ただ古い司祭を拡大したにすぎない」という一節で締めくくっている（英語の「Priest」はギリシャ語の「Presbyter」の短縮形として生まれたため、これは言葉遊びであると同時に、長期議会の計画における長老たちは、ピューリタンが嫌悪していたカトリックやラウディアンの司祭よりもさらに悪いだろうと主張している）。

ウェストミンスター会議は教会論を議論すると同時に、礼拝と教義についても見直しを行っていた。これらの側面は、神学者たちの間ではそれほど論争を巻き起こさなかった。

イングランドの典礼改革を任された議会は、当初、ジョン・ノックスの『共通祈祷書』をそのまま採用することを検討したが、この案は1644年に議会によって却下され、新しい典礼の作成作業は委員会に委ねられた。この委員会は『公の礼拝の指針』を起草し、これは1645年にウェストミンスター議会で可決された。『共通祈祷書』には聖職者が礼拝をどのように行うべきかを詳細に規定した詳細な指示書が含まれていたのに対し、『公の礼拝の指針』は礼拝のための大まかな手順書であり、牧師が詳細を補うことが期待されていた。この指針の下では、礼拝の中心は説教であった。

礼拝は聖書の一節の朗読で始まり、続いて開会の祈り（牧師が選んだり作ったりしたもの、または牧師が即興で捧げたもの）、続いて説教、そして閉会の祈りで終わります。 ガイドには祈りと説教に何を含めるべきかについてのガイドラインがありますが、決まった祈りの形式はありません。 ガイドは詩篇の公の歌唱を奨励していますが、どの詩篇を礼拝でどの場所で使用するかは牧師の裁量に任せています（詩篇全体を月に一度歌うように、一年の毎日詩篇を歌う正確な順序を定めた共通祈祷書とは対照的です）。 洗礼、聖餐、結婚、葬儀、公の断食日、公の感謝の日に関するセクションも同様の性格を持っています。

1643年、長期議会はウェストミンスター会議に対し、新たな信仰告白と新たな国民的教理問答を作成するよう命じた。その結果、ウェストミンスター信仰告白と、包括的な内容を目指したウェストミンスター大教理問答と、子供たちが暗記しやすいように作られたウェストミンスター小教理問答という2つの教理問答が作成された。

長期議会は1645年に公の礼拝の指針を承認した。ウェストミンスター信仰告白は1646年に議会に提出されたが、庶民院は聖書からの証拠となる聖句を信仰告白に加えるよう指示して、信仰告白を議会に差し戻した。この改訂版は1648年に再び議会に提出され、厳しい議論（その過程で議会が承認したいくつかの章と節が削除された）を経て、長期議会によって批准された。大教理問答は1647年に、小教理問答は1648年に完成し、どちらもウェストミンスター議会と長期議会の承認を得た。

ウェストミンスター基準はウェストミンスター会議のスコットランド委員の監視下で作成されたため、スコットランドは厳粛同盟と盟約の下でイングランドに対するスコットランドの義務を維持するためにウェストミンスター基準を批准することに何の問題もなかった。指導書はスコットランド教会ですでに実践されていたタイプの教会論を作成したため、スコットランド教会総会によってすぐに批准され、その後1646年にスコットランド議会によって批准された。大教理問答と小教理問答は1648年に総会で、ウェストミンスター信仰告白は1649年に批准された。ウェストミンスター基準は、今日に至るまでスコットランド教会とほぼすべての長老派教派の一般的な基準となっている。

その活動が完了したため、ウェストミンスター議会は1649年に解散した。

議会軍は当初、王党派軍に対して苦戦を強いられていた。戦争最初の主要な戦いである1642年10月23日のエッジヒルの戦いは決着がつかず、 1643年9月20日の第一次ニューベリーの戦いも同様であった。前述のように、第一次ニューベリーの戦いの後、戦場で国王を打ち負かすことができなかった結果、長期議会はスコットランドと同盟を結び、厳粛な同盟と盟約（長期議会がイングランドに長老派教会を確立することに同意したもの）を締結し、戦争は両王国委員会として知られるスコットランドとイングランドの合同委員会に委ねられた。スコットランド軍の加わり、議会軍は1644年7月2日のマーストン・ムーアの戦いで決定的な勝利を収めた。

議会軍で最も成功した騎兵隊指揮官はオリバー・クロムウェルであった。クロムウェルは今、両王国委員会に提案を持ちかけた。彼は、軍事制度は地方民兵が地域を防衛することに依存しているため維持不可能だと結論付けていた。クロムウェルは、議会が王国のどこにでも展開でき、特定の地域に縛られない新しい軍隊を創設することを提案した。 1644年10月27日の第二次ニューベリーの戦いでは、議会軍は王党派軍を圧倒的に上回る兵力であったにもかかわらず、議会軍はかろうじて王党派軍を破ることができたため、クロムウェルは新しい軍隊の創設を支持する主張を改めて強めた。この時点で、議会軍の指導者のほとんどは長老派であり、ウェストミンスター会議で長老派を支持していた。しかし、クロムウェルもウェストミンスター会議の動向を追っており、独立派に味方していた。クロムウェルは、軍内の長老派教徒 、特に上官である第2代マンチェスター伯エドワード・モンタギューが、 より効果的な新軍の創設という自身の提案に反対したのは、主に国王との和平を望んでいたからだと考えていた。また、軍の最高司令官である第3代エセックス伯ロバート・デヴァルーも、マンチェスター伯と同じ考えを持っていると考えていた。しかし、クロムウェルは議会軍が王党派に対して完全な勝利を目指すべきだと考えており、チャールズを信用していなかったため、戦後のいかなる政府においてもチャールズが何らかの役割を担うべきではないと考えていた。

国会議員であり軍司令官でもあったクロムウェルは、軍隊で敵を出し抜いた。1644年12月9日、クロムウェルは議会に法案を提出し、庶民院議員も貴族院議員も、議員を務めながら軍司令官の地位を維持することはできないとした。議員は、議会を辞任するか、軍隊を辞任するかを選択しなければならなかった。クロムウェルの法案は庶民院で可決されたが、貴族院は1645年1月にこれを否決した。貴族院は、この法案が貴族が軍の司令官を務めることができなくなることを意味するのではないかと懸念した。この懸念を和らげるため、クロムウェルは法案を再提出し、議会が望むならば、軍を辞任した国会議員を軍に再任することができるという条項を追加した。貴族院は最終的にクロムウェルに説得され、1645年1月13日にこの法案を可決した。これは現在「自己否定条例」として知られている。

ほぼ同時期の1645年1月6日、両王国委員会はクロムウェルの要請を承認し、新模範軍の創設を認可した。自己拒否条例の発布後、エセックス伯とマンチェスター伯は貴族院議員の地位を維持するために軍を辞任した。一方、クロムウェルは軍での地位を失うよりは庶民院議員を辞任した。そのため、トーマス・フェアファックス卿の下で新模範軍が組織された時、クロムウェルは軍に残された最高位の軍司令官であった。したがって、フェアファックスは新模範軍の組織化において、クロムウェルをナンバー2として頼りにした。クロムウェルは、長老派教徒が新模範軍に徴兵されないよう、また独立派教徒が新模範軍に加わるよう奨励するよう尽力した。こうしてクロムウェルは、長老派教徒が長期議会を支配し、独立派教徒が新模範軍を支配するという状況を作り出したのである。

1645年6月16日のネイズビーの戦いにおいて、ニューモデル軍は王党派軍に対して決定的な勝利を収めた。その後、王党派軍を完全に打ち破るには、幾度かの戦闘が必要となった。1646年5月、チャールズはノッティンガムシャー州サウスウェルでスコットランド軍に降伏した。

1647年に入ると、長期議会の指導者とスコットランド人はチャールズとの和平と、チャールズの立憲君主としての復位を支持していた一方、独立派で新模範軍の指導者であるオリバー・クロムウェルは、チャールズを国から追放しようとしていた。スコットランド人とウェストミンスター議会の長老派は、イングランド国教会に純粋な長老制の政治体制を求めていたが、長期議会は、ウェストミンスター長老派とスコットランド人が非常に不快に感じていたエラスティウス主義の要素を含む長老制を制定していた。こうした状況下で、スコットランド人とウェストミンスター議会の長老派（スコットランド委員が支配していた）は、独立派とエラスティウス派に対抗するために国王の支持を求めるべく、国王に接近することを決めた。

1647年の夏から秋にかけて、ヘンリー・アイアトンとジョン・ランバートは議会の両院と交渉し、最終的に軍と議会は「提案の要旨」として知られる一連の提案について合意に達し、1647年11月にチャールズに提示された。主な提案は以下の通りである。

• 王党派は、選挙に立候補したり公職に就いたりする前に、5年間待たなければならなかった。
• 共通祈祷書を読むことは許可されていたが、義務ではなかった。また、教会に行かなかったり、その他の礼拝に参加しなかったりしても、罰則は科されるべきではない。
• 現職議会は、自らの任期満了日を定めることになっていた。その後は、2年ごとに議会が招集され、会期は最低120日間、最長240日間とすることになっていた。選挙区は再編成されることになっていた。
• 教会統治において監督制は維持されるが、司教の権限は大幅に縮小される。
• 議会は、今後10年間、国家官僚および陸海軍将校の任命を管理することになっていた。

しかし、チャールズは提案要項を拒否した。

代わりにチャールズはスコットランドの盟約派の一派と交渉し、1647年12月26日、盟約派として知られるようになったスコットランドの盟約派の一団と秘密条約「盟約」を締結した。盟約に基づき、チャールズはイングランド国教会における監督制を廃止することに同意し、3年間長老制を支持することに同意した。その後、教会の政治体制の問題に対する恒久的な解決策を策定できるとした。その見返りとして、盟約派は2万人の軍隊をイングランドに送り込み、新模範軍を鎮圧してチャールズを王位に復帰させることに同意した。これが第二次イングランド内戦につながった。王党派軍は1648年8月17日から19日にかけてのプレストンの戦いで決定的な敗北を喫した。

軍の独立派は、国王は「血に飢えた男、チャールズ・スチュアート」であり、罰せられるべき人物であり、第一次イングランド内戦の結果はチャールズに対する神の裁きの証拠であると主張した。その裁きが下された後に武器を取ることは、罪のない血を流す結果となった。そのため、軍の指導者たちは1648年11月に「軍の抗議書」を作成し、長期議会にチャールズを処刑し、イングランドの世襲君主制を選挙君主制に置き換えるよう求めた。長期議会が軍の抗議書を拒否すると、軍評議会は断固たる行動に出ることになった。^{[ 7 ]}

12月6日水曜日、トーマス・プライド大佐の歩兵連隊は議事​​堂へ続く階段に陣取った。プライドは階段の一番上に立っていた。^{[ 8 ]}議員たちが到着すると、彼は渡されたリストと照らし合わせて確認した。グロビー卿グレイは、逮捕されるべき者と入場を阻止されるべき者を特定するのを手伝った。^{[ 9 ]}プライドの粛清により、粛清前に議席に着く権利があった約500人の議員のうち、約200人を除く全員が排除された。

粛清後、残った議員たち（独立党と軍事評議会に同情的だった）は、その後「残余議会」として知られるようになり、長期議会が拒否したことを実行に移した。それは、チャールズを大逆罪で裁判にかけることだった。庶民院は1649年1月3日に、チャールズ1世の裁判のために高等裁判所を設置する法案を可決した。この法案は貴族院で否決されたが、軍は裁判の実施を主張した。裁判は1649年1月20日にウェストミンスター・ホールで始まり、1649年1月27日に有罪判決で終了した。59人の委員がチャールズの死刑執行令状に署名し、その後、1649年1月30日に斬首された。

チャールズ1世の処刑は、何世代にもわたってピューリタン運動を考察する際の基準となった。反対派にとって、この結果はピューリタニズムが最終的に暴力的な反乱につながり、宗教的狂信から国王殺害へと一直線に繋がることを証明するものだった。ピューリタンの中で最大のグループである長老派は実際には国王殺害に反対していたが、国王と監督制の支持者にとっては、これはあまりにも些細な違いに思えた。多くの独立派にとって、国王殺害は完全に正当化されるものだった。チャールズは暴君であり、神の意志に逆らった人物であり、したがって罰せられるべきだったのだ。

王殺しをめぐる文学的なやり取りは、王党派がチャールズの処刑直後に『エイコン・バジリケ』を出版した後に始まった。 『エイコン・バジリケ』はチャールズが捕虜生活中に書いたとされているが、ほぼ間違いなくゴーストライターによるもので、おそらくジョン・ゴーデンによるものと思われる。この本の中で、チャールズは「イングランド国教会の敬虔な息子」として描かれ、ピューリタンの迫害者によって不当に追われ、最終的には狂信者からイングランド国教会を守ったために殉教したとされている。当時、最も重要な独立派の論客であったジョン・ミルトンは、1649年に『エイコノクラステス』という本で反論した。これは、 『エイコン・バジリケ』におけるチャールズへの賛美的な描写と、議会派と軍隊への批判的な描写に対する逐条的な反論であった。