
代謝(/ məˈtæbəlɪzəm /、ギリシャ語: μεταβολή metabolē、「変化」に由来)とは、生物体内で起こる生命維持のための化学反応の集合を指します。代謝の主な機能は、食物中のエネルギーを細胞プロセスに利用可能な形に変換すること、食物をタンパク質、脂質、核酸、一部の炭水化物などの高分子(生体高分子)の構成要素に変換すること、そして代謝老廃物を排出することです。これらの酵素触媒反応により、生物は成長し、繁殖し、構造を維持し、環境に反応することができます。代謝という言葉は、消化や異なる細胞内および細胞間での物質の輸送など、生物体内で起こるすべての化学反応を指す場合もあります。より広い意味では、細胞内で起こる一連の反応は中間代謝(または中間代謝)と呼ばれます。
代謝反応は、異化作用(化合物の分解、例えば細胞呼吸によるグルコースからピルビン酸への分解)と同化作用(化合物の合成 、例えばタンパク質、炭水化物、脂質、核酸の合成)に分類される。通常、異化作用はエネルギーを放出し、同化作用はエネルギーを消費する。
代謝の化学反応は代謝経路に組織化されており、そこではある化学物質が一連の段階を経て別の化学物質に変換され、各段階は特定の酵素によって促進されます。酵素は代謝において非常に重要です。なぜなら、酵素はエネルギーを必要とする反応を、エネルギーを放出する自発的な反応と結びつけることで、生物がエネルギーを必要とする反応を促進できるようにするからです。酵素は触媒として働き、反応をより速く進行させるだけでなく、例えば細胞環境の変化や他の細胞からの信号に応じて、代謝反応の速度を調節する役割も果たします。
特定の生物の代謝システムは、どの物質が栄養となり、どの物質が有毒であるかを決定します。たとえば、一部の原核生物は硫化水素(H₂S)を栄養として利用しますが、このガスは一部の動物にとって有毒です。 [ 1 ]硫化水素はガス伝達物質であるため、ヒトを含む一部の哺乳類は、重要なシグナル伝達および調節機能を果たす非常に低い濃度で自然にH₂Sを生成します。[ 2 ]生物の基礎代謝率は、これらすべての化学反応によって消費されるエネルギー量の尺度です。
代謝の注目すべき特徴は、大きく異なる種の間で基本的な代謝経路が類似していることである。[ 3 ]例えば、クエン酸回路の中間体として最もよく知られている一連のカルボン酸は、単細胞細菌である大腸菌(E. coli)からゾウのような巨大な多細胞生物まで、既知のすべての生物に存在している。[ 4 ]これらの代謝経路の類似性は、進化の歴史においてそれらが早期に出現したことに起因し、それらが維持されているのはおそらくその有効性によるものと考えられる。[ 5 ] [ 6 ] 2型糖尿病、メタボリックシンドローム、癌などのさまざまな疾患では、正常な代謝が阻害される。[ 7 ]癌細胞の代謝は正常細胞の代謝とも異なり、これらの違いは癌の治療介入の標的を見つけるために利用できる。[ 8 ]
動物、植物、微生物を構成する構造のほとんどは、アミノ酸、炭水化物、核酸、脂質(しばしば脂肪と呼ばれる)の4つの基本的な分子クラスからできています。これらの分子は生命にとって不可欠であるため、代謝反応は、細胞や組織の構築中にこれらの分子を作るか、消化によってこれらの分子を分解してエネルギーを得ることに焦点を当てています。これらの生化学物質は結合して、DNAやタンパク質などのポリマー、つまり生命に不可欠な高分子を作ることができます。[ 9 ]
タンパク質は、ペプチド結合で連結された直線状のアミノ酸から構成されています。多くのタンパク質は、代謝における化学反応を触媒する酵素です。その他のタンパク質は、細胞の形状を維持する足場システムである細胞骨格を形成するなど、構造的または機械的な機能を持っています。 [ 10 ]タンパク質は、細胞シグナル伝達、免疫応答、細胞接着、膜を介した能動輸送、および細胞周期においても重要です。[ 11 ]アミノ酸は、クエン酸回路(トリカルボン酸回路)への進入のための炭素源を提供することによって、細胞のエネルギー代謝にも寄与します。 [ 12 ]特に、グルコースなどの主要なエネルギー源が不足している場合や、細胞が代謝ストレスを受けている場合に重要です。[ 13 ]
脂質は最も多様な生化学物質群です。主な構造的用途は、細胞膜などの内部および外部の生体膜の一部です。[ 11 ]また、その化学エネルギーも利用できます。脂質は、酸素を含む小さな極性領域を持つ長い非極性炭化水素鎖を含んでいます。脂質は通常、疎水性または両親媒性の生体分子として定義されますが、エタノール、ベンゼン、クロロホルムなどの有機溶媒に溶解します。[ 14 ]脂肪は、脂肪酸とグリセロールを含む化合物の大きなグループです。グリセロール分子がエステル結合によって3つの脂肪酸に結合したものは、トリアシルグリセリドと呼ばれます。[ 15 ]基本構造には、スフィンゴミエリン中のスフィンゴシンなどの骨格や、リン脂質中のリン酸などの親水性基を含むいくつかのバリエーションが存在します。ステロールなどのステロイドは、脂質のもう1つの主要なクラスです。[ 16 ]

炭水化物は、多くのヒドロキシル基が結合したアルデヒドまたはケトンであり、直鎖状または環状に存在できます。炭水化物は最も豊富な生体分子であり、エネルギーの貯蔵と輸送(デンプン、グリコーゲン)や構造成分(植物のセルロース、動物のキチン)など、多くの役割を果たしています。[ 11 ]炭水化物の基本単位は単糖類と呼ばれ、ガラクトース、フルクトース、そして最も重要なグルコースが含まれます。単糖類は、ほぼ無限の方法で結合して多糖類を形成することができます。 [ 17 ]
DNAとRNAという2つの核酸は、ヌクレオチドのポリマーです。各ヌクレオチドは、リボースまたはデオキシリボース糖基にリン酸が結合し、その糖基が窒素塩基に結合した構造をしています。核酸は、遺伝情報の保存と利用、および転写とタンパク質生合成の過程を通じたその解釈に不可欠です。[ 11 ]この情報は、 DNA修復機構によって保護され、 DNA複製によって伝播されます。HIVなどの多くのウイルスはRNAゲノムを持ち、逆転写によってウイルスRNAゲノムからDNAテンプレートを作成します。[ 18 ]スプライソソームやリボソームなどのリボザイム内のRNAは、化学反応を触媒できるため、酵素に似ています。個々のヌクレオシドは、リボース糖に核酸塩基を結合することによって作られます。これらの塩基は、プリンまたはピリミジンに分類される窒素を含む複素環です。ヌクレオチドは代謝基転移反応における補酵素としても作用する。[ 19 ]

代謝には膨大な数の化学反応が関わっていますが、そのほとんどは、分子内の原子の官能基とその結合の移動を伴ういくつかの基本的なタイプの反応に分類されます。 [ 20 ]この共通の化学反応により、細胞は少数の代謝中間体を使用して、異なる反応間で化学基を運ぶことができます。[ 19 ]これらの基転移中間体は補酵素と呼ばれます。各クラスの基転移反応は特定の補酵素によって実行され、その補酵素は、それを生成する一連の酵素と、それを消費する一連の酵素の基質となります。したがって、これらの補酵素は継続的に生成、消費され、リサイクルされます。[ 21 ]
中心的な補酵素の 1 つは、細胞のエネルギー通貨であるアデノシン三リン酸(ATP) です。このヌクレオチドは、さまざまな化学反応間で化学エネルギーを伝達するために使用されます。細胞内には少量の ATP しかありませんが、継続的に再生されるため、人体は 1 日に自分の体重とほぼ同じ量の ATP を使用できます。[ 21 ] ATP は異化作用と同化作用の間の橋渡しとして機能します。異化作用は分子を分解し、同化作用はそれらを結合します。異化反応は ATP を生成し、同化反応はそれを消費します。また、リン酸化反応ではリン酸基のキャリアとしても機能します。[ 22 ]
ビタミンは、細胞内では生成できない少量で必要な有機化合物です。ヒトの栄養において、ほとんどのビタミンは修飾後に補酵素として機能します。たとえば、すべての水溶性ビタミンは、細胞内で使用されるときにリン酸化されるか、ヌクレオチドと結合します。[ 23 ]ビタミンB3(ナイアシン)の誘導体であるニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NAD + )は、水素受容体として働く重要な補酵素です。数百種類の異なるタイプの脱水素酵素が基質から電子を取り除き、NAD +をNADHに還元します。この還元型の補酵素は、水素原子を基質に転移させる必要がある細胞内の還元酵素の基質となります。 [ 24 ]ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドは、細胞内にNADHとNADPHという2つの関連する形態で存在します。NAD + /NADH型は異化反応でより重要であり、NADP + /NADPHは同化反応で使用されます。[ 25 ]

無機元素は代謝において重要な役割を果たします。ナトリウムやカリウムのように豊富に存在するものもあれば、微量で機能するものもあります。人間の体重の約99%は、炭素、窒素、カルシウム、ナトリウム、塩素、カリウム、水素、リン、酸素、硫黄の元素で構成されています。有機化合物(タンパク質、脂質、炭水化物)には炭素と窒素の大部分が含まれており、酸素と水素の大部分は水として存在しています。[ 26 ]
豊富な無機元素は電解質として作用する。最も重要なイオンは、ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、塩化物、リン酸、および有機イオンである重炭酸イオンである。細胞膜を横切る正確なイオン勾配の維持は、浸透圧とpHを維持する。[ 27 ]イオンは神経と筋肉の機能にも不可欠であり、これらの組織における活動電位は、細胞外液と細胞液である細胞質との間の電解質の交換によって生成される。[28] 電解質は、イオンチャネルと呼ばれる細胞膜のタンパク質を介して細胞に出入りする。例えば、筋肉の収縮は、細胞膜とT細管のイオンチャネルを通るカルシウム、ナトリウム、カリウムの移動に依存する。[ 29 ]
遷移金属は通常、生物体内に微量元素として存在し、その中でも亜鉛と鉄が最も豊富である。 [ 30 ]金属補因子はタンパク質の特定の部位に強く結合している。酵素補因子は触媒作用中に修飾されることがあるが、触媒される反応の終了までには常に元の状態に戻る。金属微量栄養素は特定の輸送体によって生物体内に取り込まれ、使用されていないときはフェリチンやメタロチオネインなどの貯蔵タンパク質に結合する。[ 31 ] [ 32 ]
Catabolism is the set of metabolic processes that break down large molecules. These include breaking down and oxidizing food molecules. The purpose of the catabolic reactions is to provide the energy and components needed by anabolic reactions which build molecules.[33] The exact nature of these catabolic reactions differ from organism to organism, and organisms can be classified based on their sources of energy, hydrogen, and carbon (their primary nutritional groups), as shown in the table below. Organic molecules are used as a source of hydrogen atoms or electrons by organotrophs, while lithotrophs use inorganic substrates. Whereas phototrophs convert sunlight to chemical energy,[34]chemotrophs depend on redox reactions that involve the transfer of electrons from reduced donor molecules such as organic molecules, hydrogen, hydrogen sulfide or ferrous ions to oxygen, nitrate or sulfate. In animals, these reactions involve complex organic molecules that are broken down to simpler molecules, such as carbon dioxide and water. Photosynthetic organisms, such as plants and cyanobacteria, use similar electron-transfer reactions to store energy absorbed from sunlight.[35]
The most common set of catabolic reactions in animals can be separated into three main stages. In the first stage, large organic molecules, such as proteins, polysaccharides or lipids, are digested into their smaller components outside cells. Next, these smaller molecules are taken up by cells and converted to smaller molecules, usually acetyl coenzyme A (acetyl-CoA), which releases some energy. Finally, the acetyl group on acetyl-CoA is oxidized to water and carbon dioxide during the citric acid cycle and electron transport chain, releasing more energy while reducing the coenzyme nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) into NADH.[33]
高分子は細胞によって直接処理されることはありません。高分子は細胞代謝に利用される前に、より小さな単位に分解される必要があります。これらの高分子を消化するために、さまざまな種類の酵素が使用されます。これらの消化酵素には、タンパク質をアミノ酸に分解するプロテアーゼや、多糖類を単糖類と呼ばれる単純な糖に分解するグリコシドヒドロラーゼなどがあります。[ 37 ]
微生物は消化酵素を周囲に分泌するだけであるのに対し[ 38 ] [ 39 ]、動物は胃、膵臓、唾液腺などの腸内の特殊な細胞からのみこれらの酵素を分泌する[ 40 ]。これらの細胞外酵素によって放出されたアミノ酸や糖は、能動輸送タンパク質によって細胞内に送り込まれる[ 41 ] [ 42 ]。

炭水化物異化作用とは、炭水化物をより小さな単位に分解することです。炭水化物は通常、グルコースやフルクトースなどの単糖類に消化された後に細胞に取り込まれます。[ 45 ]細胞内に入ると、主な分解経路は解糖であり、グルコースはピルビン酸に変換されます。このプロセスでは、 NAD +からエネルギー伝達分子NADHが生成され、ADPからATPが生成され、細胞内の多くのプロセスを動かすために使用されます。[ 46 ]ピルビン酸はいくつかの代謝経路の中間体ですが、大部分はアセチル CoAに変換され、クエン酸回路に供給され、酸化的リン酸化によってより多くの ATP が生成されます。この酸化では分子状酸素が消費され、水と老廃物である二酸化炭素が放出されます。酸素が不足している場合、またはピルビン酸がクエン酸回路で消費されるよりも一時的に速く生成される場合(激しい筋肉運動など)、ピルビン酸は乳酸脱水素酵素によって乳酸に変換されます。このプロセスでは、NADHもNAD +に酸化されて解糖系で再利用されるため、エネルギー生成が継続されます。[ 47 ]乳酸は、エネルギーが必要な場所では後にピルビン酸に、またはコリ回路ではグルコースに変換されます。グルコース分解の別の経路はペントースリン酸経路で、エネルギー生成量は少ないものの、同化作用(生体分子合成)をサポートします。この経路では、補酵素NADP +がNADPHに還元され、リボース5-リン酸などのペントース化合物が生成され、ヌクレオチドや芳香族アミノ酸などの多くの生体分子の合成に利用されます。[ 48 ]

脂肪は加水分解によって遊離脂肪酸とグリセロールに異化される。グリセロールは解糖系に入り、脂肪酸はβ酸化によって分解されてアセチルCoAが放出され、それがクエン酸回路に供給される。脂肪酸は炭水化物よりも酸化時に多くのエネルギーを放出する。ステロイドも一部の細菌によってβ酸化に似たプロセスで分解され、この分解プロセスでは大量のアセチルCoA、プロピオニルCoA、ピルビン酸が放出され、これらはすべて細胞がエネルギーとして利用できる。結核菌は脂質コレステロールを唯一の炭素源として増殖することもでき、コレステロール利用経路に関与する遺伝子は結核菌の感染ライフサイクルのさまざまな段階で重要であることが検証されている。[ 49 ]
アミノ酸は、タンパク質やその他の生体分子の合成に使用されるか、または酸化されて尿素と二酸化炭素になり、エネルギーを生成します。[ 50 ]酸化経路は、トランスアミナーゼによるアミノ基の除去から始まります。アミノ基は尿素回路に供給され、脱アミノ化された炭素骨格がケト酸の形で残ります。これらのケト酸のいくつかは、クエン酸回路の中間体であり、たとえば、グルタミン酸の脱アミノ化によって生成されるα-ケトグルタル酸などです。[ 51 ]糖原性アミノ酸は、糖新生によってグルコースに変換することもできます。[ 52 ]
酸化的リン酸化では、クエン酸回路などの領域で有機分子から取り除かれた電子が酸素に伝達され、放出されたエネルギーがATPの生成に利用されます。これは真核生物では、ミトコンドリア膜にある電子伝達系と呼ばれる一連のタンパク質によって行われます。原核生物では、これらのタンパク質は細胞の内膜に存在します。[ 53 ]これらのタンパク質は、NADHなどの還元分子からのエネルギーを利用して、プロトンを膜を介して輸送します。 [ 54 ]

ミトコンドリアからプロトンをポンプで送り出すと、膜を挟んでプロトン濃度の差が生じ、電気化学的勾配が生成される。[ 55 ]この力によって、 ATP合成酵素と呼ばれる酵素の基部を通ってプロトンがミトコンドリア内に戻される。プロトンの流れによってストークサブユニットが回転し、合成酵素ドメインの活性部位の形状が変化してアデノシン二リン酸がリン酸化され、ATPに変換される。[ 21 ]
化学合成独立栄養は、原核生物に見られる代謝の一種で、無機化合物の酸化からエネルギーを得るものです。これらの生物は、還元力の源として水素[ 56 ] 、還元硫黄化合物(硫化物、硫化水素、チオ硫酸塩など)[ 1 ] 、二価鉄(Fe(II))[ 57 ]、またはアンモニア[ 58 ]を使用し、これらの化合物の酸化からエネルギーを得ます[ 59 ] 。これらの微生物プロセスは、アセトジェネシス、硝化、脱窒などの地球規模の生物地球化学サイクルにおいて重要であり、土壌の肥沃度にとって不可欠です[ 60 ] [ 61 ]。
太陽光のエネルギーは、植物、シアノバクテリア、紫色細菌、緑色硫黄細菌、および一部の原生生物によって捕捉されます。このプロセスは、光合成の一部として二酸化炭素を有機化合物に変換することと密接に関連しており、これについては後述します。ただし、エネルギー捕捉システムと炭素固定システムは、原核生物では別々に機能する可能性があり、紫色細菌と緑色硫黄細菌は、炭素固定と有機化合物の発酵を切り替えながら、太陽光をエネルギー源として利用できます。[ 62 ] [ 63 ]
多くの生物では、太陽エネルギーの捕捉は、プロトン濃度勾配としてエネルギーを貯蔵するという点で、酸化的リン酸化と原理的に類似しています。このプロトン駆動力がATP合成を駆動します。[ 64 ]この電子伝達系を駆動するために必要な電子は、光合成反応中心と呼ばれる集光タンパク質から供給されます。反応中心は、存在する光合成色素の性質に応じて2種類に分類され、ほとんどの光合成細菌は1種類しか持っていませんが、植物とシアノバクテリアは2種類持っています。[ 65 ]
植物、藻類、シアノバクテリアでは、光化学系IIが光エネルギーを利用して水から電子を取り除き、老廃物として酸素を放出します。電子はシトクロムb6f複合体に流れ、シトクロムb6f複合体はそのエネルギーを利用して葉緑体のチラコイド膜を介してプロトンを輸送します。[ 35 ]これらのプロトンは、以前と同様にATP合成酵素を駆動しながら膜を通って戻ります。電子は光化学系Iを通過し、補酵素NADP +を還元するために使用できます。[ 66 ]この補酵素はカルビン回路に入るか、さらなるATP生成のためにリサイクルされます。[ 67 ]
同化作用とは、異化作用によって放出されたエネルギーを利用して複雑な分子を合成する一連の構成的代謝プロセスです。一般的に、細胞構造を構成する複雑な分子は、より小さく単純な前駆体から段階的に構築されます。同化作用には、3つの基本的な段階があります。第一に、アミノ酸、単糖類、イソプレノイド、ヌクレオチドなどの前駆体の生成、第二に、ATPからのエネルギーを使用してそれらを反応性形態に活性化すること、第三に、これらの前駆体をタンパク質、多糖類、脂質、核酸などの複雑な分子に組み立てることです。[ 68 ]
生物の同化作用は、細胞内で構築される分子の供給源によって異なる場合がある。植物などの独立栄養生物は、二酸化炭素や水などの単純な分子から、多糖類やタンパク質などの複雑な有機分子を細胞内で構築することができる。一方、従属栄養生物は、これらの複雑な分子を生成するために、単糖類やアミノ酸などのより複雑な物質の供給源を必要とする。生物は、エネルギーの最終的な供給源によってさらに分類することができる。光独立栄養生物と光従属栄養生物は光からエネルギーを得るのに対し、化学独立栄養生物と化学従属栄養生物は酸化反応からエネルギーを得る。[ 68 ]

光合成は、太陽光と二酸化炭素(CO₂ )から炭水化物を合成するプロセスです。植物、シアノバクテリア、藻類では、酸素発生型光合成によって水が分解され、酸素が老廃物として生成されます。このプロセスでは、前述のように、光合成反応中心によって生成されたATPとNADPHを使用してCO₂をグリセリン酸3-リン酸に変換し、その後グルコースに変換することができます。この炭素固定反応は、カルビン・ベンソン回路の一部として、酵素RuBisCOによって実行されます。[ 69 ]植物には、C3炭素固定、C4炭素固定、CAM光合成の3種類の光合成が存在します。これらは、二酸化炭素がカルビン回路に入る経路が異なり、C3植物はCO₂を直接固定するのに対し、C4およびCAM光合成は、強い日光や乾燥した環境に対処するための適応として、まずCO₂を他の化合物に組み込みます。 [ 70 ]
光合成を行う原核生物では、炭素固定のメカニズムはより多様である。ここでは、二酸化炭素はカルビン・ベンソン回路、逆クエン酸回路[ 71 ] 、またはアセチルCoAのカルボキシル化[ 72 ] [ 73 ]によって固定される。原核化学合成独立栄養生物もカルビン・ベンソン回路を介してCO2を固定するが、反応を駆動するために無機化合物からのエネルギーを使用する[ 74 ] 。
炭水化物同化作用では、単純な有機酸がグルコースなどの単糖に変換され、その後デンプンなどの多糖の合成に利用されます。ピルビン酸、乳酸、グリセロール、グリセリン酸3-リン酸、アミノ酸などの化合物からグルコースが生成される過程は、糖新生と呼ばれます。糖新生は、一連の中間体を経てピルビン酸をグルコース-6-リン酸に変換しますが、これらの中間体の多くは解糖系と共通しています。[ 46 ]しかし、この経路は単に解糖系の逆反応ではなく、いくつかの段階は解糖系以外の酵素によって触媒されます。これは、グルコースの生成と分解を別々に制御し、両方の経路が無駄なサイクルで同時に実行されるのを防ぐため重要です。[ 75 ] [ 76 ]
脂肪はエネルギーを貯蔵する一般的な方法ですが、ヒトなどの脊椎動物では、これらの貯蔵庫にある脂肪酸は糖新生によってグルコースに変換できません。これは、これらの生物がアセチルCoAをピルビン酸に変換できないためです。植物には必要な酵素機構がありますが、動物にはありません。[ 77 ]その結果、長期の飢餓の後、脊椎動物は脂肪酸からケトン体を生成して、脂肪酸を代謝できない脳などの組織のグルコースを置き換える必要があります。[ 78 ]植物や細菌などの他の生物では、この代謝の問題はグリオキシル酸回路を使用して解決されます。グリオキシル酸回路はクエン酸回路の脱炭酸ステップを迂回し、アセチルCoAをオキサロ酢酸に変換してグルコースの生成に使用できます。[ 77 ] [ 79 ]脂肪以外にも、グルコースはほとんどの組織に蓄えられており、グリコーゲン合成によって組織内で利用可能なエネルギー源として、通常は血液中のグルコースレベルを維持するために使用されています。[ 80 ]
多糖類とグリカンは、ウリジン二リン酸グルコース(UDP-Glc)などの反応性糖リン酸供与体から、グリコシルトランスフェラーゼによって単糖が成長中の多糖の受容体ヒドロキシル基に順次付加されることによって作られます。基質の環上のどのヒドロキシル基も受容体になり得るため、生成される多糖類は直線状または分岐状の構造を持つことができます。[ 81 ]生成された多糖類は、それ自体が構造的または代謝的な機能を持つか、オリゴ糖転移酵素によって脂質やタンパク質に転移されます。[ 82 ] [ 83 ]

脂肪酸は、アセチルCoA単位を重合させて還元する脂肪酸シンターゼによって作られます。脂肪酸のアシル鎖は、アシル基を付加し、それをアルコールに還元し、アルケン基に脱水し、さらにアルカン基に還元する一連の反応によって延長されます。脂肪酸生合成の酵素は2つのグループに分けられます。動物と真菌では、これらの脂肪酸シンターゼ反応はすべて単一の多機能型Iタンパク質によって実行されますが[ 84 ] 、植物のプラスチドと細菌では、別々の型II酵素が経路の各ステップを実行します[ 85 ] [ 86 ] 。
テルペン類とイソプレノイド類は、カロテノイド類を含む脂質の大きなクラスであり、植物天然物の中で最大のクラスを形成します。[ 87 ]これらの化合物は、反応性前駆体であるイソペンテニルピロリン酸とジメチルアリルピロリン酸から供与されたイソプレン単位の組み立てと修飾によって作られます。[ 88 ]これらの前駆体はさまざまな方法で作られます。動物と古細菌では、メバロン酸経路がアセチルCoAからこれらの化合物を生成しますが、[ 89 ]植物と細菌では、非メバロン酸経路がピルビン酸とグリセルアルデヒド3-リン酸を基質として使用します。[ 88 ] [ 90 ]これらの活性化されたイソプレン供与体を使用する重要な反応の1つは、ステロール生合成です。ここでは、イソプレン単位が結合してスクアレンを作り、折り畳まれて一連の環状構造を形成してラノステロールを作ります。[ 91 ]ラノステロールは、コレステロールやエルゴステロールなどの他のステロールに変換される。[ 91 ] [ 92 ]
生物によって、20種類の一般的なアミノ酸を合成する能力は異なります。ほとんどの細菌や植物は20種類すべてを合成できますが、哺乳類は11種類の非必須アミノ酸しか合成できないため、9種類の必須アミノ酸は食物から摂取する必要があります。[ 11 ]マイコプラズマ肺炎菌などの一部の単純な寄生生物は、すべてのアミノ酸合成を欠いており、宿主から直接アミノ酸を取り込みます。[ 93 ]すべてのアミノ酸は、解糖系、クエン酸回路、またはペントースリン酸経路の中間体から合成されます。窒素はグルタミン酸とグルタミンによって供給されます。非必須アミノ酸の合成は、適切なα-ケト酸の形成に依存しており、その後、トランスアミノ化されてアミノ酸が形成されます。[ 94 ]
アミノ酸はペプチド結合の鎖で結合してタンパク質になります。それぞれのタンパク質は固有のアミノ酸残基配列を持ち、これがその一次構造です。アルファベットの文字を組み合わせてほぼ無限の種類の単語を形成できるのと同様に、アミノ酸はさまざまな配列で結合して非常に多様なタンパク質を形成できます。タンパク質は、エステル結合を介してトランスファーRNA分子に結合することで活性化されたアミノ酸から作られます。このアミノアシルtRNA前駆体は、アミノアシルtRNA合成酵素によって行われるATP依存性反応で生成されます。[ 95 ]このアミノアシルtRNAはリボソームの基質となり、リボソームはメッセンジャーRNAの配列情報を使用して、伸長中のタンパク質鎖にアミノ酸を結合します。[ 96 ]
ヌクレオチドは、大量の代謝エネルギーを必要とする経路で、アミノ酸、二酸化炭素、ギ酸から作られます。 [ 97 ]そのため、ほとんどの生物は、あらかじめ形成されたヌクレオチドを回収する効率的なシステムを持っています。[ 97 ] [ 98 ]プリンは、ヌクレオシド(リボースに結合した塩基)として合成されます。 [ 99 ]アデニンとグアニンはどちらも、アミノ酸のグリシン、グルタミン、アスパラギン酸の原子と、補酵素テトラヒドロ葉酸から転移されたギ酸を使用して合成される前駆体ヌクレオシドであるイノシン一リン酸から作られます。一方、ピリミジンは、グルタミンとアスパラギン酸から形成される塩基オロチン酸から合成されます。 [ 100 ]
すべての生物は、食物として利用できず、代謝機能を持たないため細胞内に蓄積すると有害となる化合物に常にさらされています。これらの潜在的に有害な化合物は異物と呼ばれます。[ 101 ]合成薬、天然毒物、抗生物質などの異物は、一連の異物代謝酵素によって解毒されます。ヒトでは、これにはシトクロムP450オキシダーゼ[ 102 ] 、UDP-グルクロノシルトランスフェラーゼ[ 103 ]、グルタチオンS-トランスフェラーゼ[ 104 ]が含まれます。この酵素システムは3つの段階で作用し、まず異物を酸化し(フェーズI)、次に分子に水溶性基を結合させます(フェーズII)。修飾された水溶性異物は細胞から排出され、多細胞生物では排泄される前にさらに代謝されることがあります(フェーズIII)。生態学では、これらの反応は汚染物質の微生物による生分解や、汚染された土地や油流出のバイオレメディエーションにおいて特に重要である。 [ 105 ]これらの微生物反応の多くは多細胞生物と共通しているが、微生物の種類が非常に多様であるため、これらの生物は多細胞生物よりもはるかに広範囲の異種物質に対処することができ、有機塩素化合物などの難分解性有機汚染物質さえも分解することができる。[ 106 ]
好気性生物にとって関連する問題は酸化ストレスである。[ 107 ]ここでは、酸化リン酸化やタンパク質フォールディング中のジスルフィド結合の形成などのプロセスにより、過酸化水素などの活性酸素種が生成される。[ 108 ]これらの有害な酸化剤は、グルタチオンなどの抗酸化代謝物や、カタラーゼやペルオキシダーゼなどの酵素によって除去される。[ 109 ] [ 110 ]
生物は、熱と仕事の伝達を記述する熱力学の法則に従わなければなりません。熱力学の第二法則は、いかなる孤立系においても、エントロピー(無秩序)の量は減少しないと述べています。生物の驚くべき複雑さはこの法則に矛盾するように見えますが、すべての生物は周囲と物質とエネルギーを交換する開放系であるため、生命は可能です。生命系は平衡状態ではなく、むしろ散逸系であり、環境のエントロピーをより大きく増加させることによって、高い複雑性の状態を維持しています。[ 111 ]細胞の代謝は、異化の自発的なプロセスと同化の非自発的なプロセスを結合させることによってこれを実現します。熱力学的に言えば、代謝は無秩序を生み出すことによって秩序を維持します。[ 112 ]
ほとんどの生物の環境は絶えず変化しているため、細胞内の一定の状態、すなわち恒常性を維持するために、代謝反応は精密に調節されなければなりません。[ 113 ] [ 114 ]代謝調節によって、生物はシグナルに反応し、環境と積極的に相互作用することもできます。[ 115 ]代謝経路がどのように制御されるかを理解するには、密接に関連する2つの概念が重要です。まず、経路内の酵素の調節とは、シグナルに応じてその活性がどのように増減するかということです。次に、この酵素によって発揮される制御とは、その活性の変化が経路全体の速度(経路を通るフラックス)に及ぼす影響のことです。 [ 116 ]例えば、酵素の活性が大きく変化しても(つまり、高度に調節されていても)、これらの変化が代謝経路のフラックスにほとんど影響を与えない場合、この酵素は経路の制御には関与していません。[ 117 ]

代謝調節には複数のレベルがあります。内在性調節では、代謝経路が基質または生成物のレベルの変化に応じて自己調節します。たとえば、生成物の量が減少すると、それを補うために経路を通るフラックスが増加します。 [ 116 ]このタイプの調節には、経路内の複数の酵素の活性のアロステリック調節が伴うことがよくあります。 [ 119 ]外因性制御では、多細胞生物の細胞が他の細胞からのシグナルに応じて代謝を変化させます。これらのシグナルは通常、ホルモンや成長因子などの水溶性メッセンジャーの形をとり、細胞表面の特定の受容体によって検出されます。 [ 120 ]これらのシグナルは、タンパク質のリン酸化を伴うことが多いセカンドメッセンジャーシステムによって細胞内に伝達されます。[ 121 ]
外因性制御の非常によく理解されている例として、ホルモンであるインスリンによるグルコース代謝の調節が挙げられます。[ 122 ]インスリンは血糖値の上昇に応じて産生されます。細胞上のインスリン受容体にこのホルモンが結合すると、一連のタンパク質キナーゼが活性化され、細胞がグルコースを取り込み、脂肪酸やグリコーゲンなどの貯蔵分子に変換します。[ 123 ]グリコーゲンの代謝は、グリコーゲンを分解する酵素であるホスホリラーゼと、グリコーゲンを合成する酵素であるグリコーゲンシンターゼの活性によって制御されます。これらの酵素は相互に調節されており、リン酸化はグリコーゲンシンターゼを阻害しますが、ホスホリラーゼを活性化します。インスリンは、タンパク質ホスファターゼを活性化し、これらの酵素のリン酸化を減少させることによってグリコーゲン合成を引き起こします。 [ 124 ]

上述の解糖系やクエン酸回路などの中心的な代謝経路は、生物の3つのドメインすべてに存在し、最後の普遍的共通祖先にも存在していた。[ 4 ] [ 125 ]この普遍的祖先細胞は原核生物であり、おそらく広範なアミノ酸、ヌクレオチド、炭水化物、脂質代謝を持つメタン生成菌であった。 [ 126 ] [ 127 ]これらの古代の経路が後の進化で保持されたのは、これらの反応が特定の代謝問題に対する最適な解決策であったためであり、解糖系やクエン酸回路などの経路は、最終生成物を非常に効率的に最小限のステップで生成する。[ 5 ] [ 6 ]酵素に基づく代謝の最初の経路はプリンヌクレオチド代謝の一部であった可能性があり、それ以前の代謝経路は古代のRNAワールドの一部であった。[ 128 ]
新規代謝経路が進化するメカニズムを説明するために、多くのモデルが提案されている。これらには、短い祖先経路への新規酵素の逐次的な追加、経路全体の重複と分岐、既存の酵素の採用と新規反応経路への組み立てなどが含まれる。[ 129 ]これらのメカニズムの相対的な重要性は不明であるが、ゲノム研究では、経路内の酵素は共通の祖先を持つ可能性が高いことが示されており、多くの経路が、経路内の既存のステップから新規機能が作成されながら段階的に進化してきたことを示唆している。[ 130 ]代謝ネットワークにおけるタンパク質の構造の進化を追跡する研究から別のモデルが生まれており、これは、酵素が広く採用され、異なる代謝経路で同様の機能を実行するために酵素を借りていることを示唆している(MANETデータベースで明らか)[ 131 ]これらの採用プロセスは、進化的な酵素モザイクをもたらす。[ 132 ] 3つ目の可能性としては、代謝の一部が「モジュール」として存在し、異なる経路で再利用され、異なる分子に対して同様の機能を果たすということが考えられます。[ 133 ]
新たな代謝経路の進化に加えて、進化は代謝機能の喪失も引き起こす可能性がある。例えば、一部の寄生虫では、生存に必須ではない代謝プロセスが失われ、代わりに宿主からあらかじめ形成されたアミノ酸、ヌクレオチド、炭水化物が取り込まれることがある。[ 134 ]同様に代謝能力が低下している例は、細胞内共生生物にも見られる。[ 135 ]

従来、代謝は単一の代謝経路に焦点を当てた還元主義的アプローチで研究されてきた。特に有用なのは、放射性トレーサーを生物全体、組織、細胞レベルで使用することで、放射性標識された中間体や生成物を特定し、前駆体から最終生成物までの経路を定義することである。[ 136 ]これらの化学反応を触媒する酵素を精製し、その反応速度論や阻害剤に対する反応を調べることができる。並行するアプローチとして、細胞や組織内の小分子を特定する方法がある。これらの分子の完全なセットはメタボロームと呼ばれる。全体として、これらの研究は単純な代謝経路の構造と機能をよく理解できるが、完全な細胞の代謝のようなより複雑なシステムに適用するには不十分である。[ 137 ]
細胞内には数千もの異なる酵素が存在するため、その代謝ネットワークの複雑さは、右図に示すわずか43個のタンパク質と40個の代謝物間の相互作用によって理解できます。ゲノム配列には最大26,500個の遺伝子を含むリストがあります。[ 138 ]しかし、現在ではこのゲノムデータを使用して生化学反応の完全なネットワークを再構築し、その挙動を説明し予測できるより包括的な数学モデルを作成することが可能です。 [ 139 ]これらのモデルは、従来の方法で得られた経路および代謝物データと、プロテオミクスおよびDNAマイクロアレイ研究からの遺伝子発現データを統合する場合に特に強力です。 [ 140 ]これらの技術を使用して、ヒトの代謝モデルが作成され、将来の創薬および生化学研究の指針となります。[ 141 ]これらのモデルは現在、ネットワーク分析で使用され、共通のタンパク質または代謝物を共有するグループにヒトの疾患を分類します。[ 142 ] [ 143 ]
細菌の代謝ネットワークは、蝶ネクタイ型の構造の顕著な例であり、比較的少数の中間共通通貨を使用して、幅広い栄養素を取り込み、多種多様な製品や複雑な高分子を生産できるアーキテクチャである。[144] [ 145 ] [ 146 ][ 147 ]
この情報の主要な技術的応用は代謝工学です。ここでは、酵母、植物、細菌などの生物が遺伝子操作され、赤色バイオテクノロジーでより有用になり、抗生物質などの医薬品や、 1,3-プロパンジオールやシキミ酸などの工業用化学物質の生産に役立ちます。[ 148 ] [ 149 ] [ 150 ]これらの遺伝子操作は通常、製品の生産に使用されるエネルギー量を削減し、収量を増やし、廃棄物の発生を減らすことを目的としています。[ 151 ]
代謝という用語は、古代ギリシャ語のμεταβολή—「metabole」(変化)に由来し、これはμεταβάλλειν—「metaballein」(変化する)に由来する[ 152 ]。

アリストテレスの『動物の各部分』には、代謝に関する彼の見解が十分に詳細に記述されており、オープンフローモデルを作成することができる。彼は、過程の各段階で食物由来の物質が変化し、古典的な火の要素として熱が放出され、残留物質が尿、胆汁、または糞便として排泄されると信じていた。[ 153 ]
イブン・アル=ナフィスは、 1260年に著した『アル=リサーラ・アル=カミリヤ・フィル・シエラ・アル=ナバウィヤ』(預言者の伝記に関するカミルの論考)の中で代謝について述べており、その中に「身体とその各部分は絶えず分解と栄養補給の状態にあるため、必然的に永久的な変化を遂げている」という一節が含まれている。[ 154 ]
代謝の科学的研究の歴史は数世紀に及び、初期の研究では動物全体を調べることから始まり、現代の生化学では個々の代謝反応を調べることへと発展してきた。人間の代謝に関する最初の制御された実験は、1614年にサントリオ・サントリオが著書『Ars de statica medicina』で発表した。彼は、食事、睡眠、仕事、セックス、断食、飲酒、排泄の前後に自分の体重を測った方法を記述した。彼は、摂取した食物のほとんどが「不感蒸泄」と呼ばれるものによって失われることを発見した。[ 155 ]

これらの初期の研究では、これらの代謝プロセスのメカニズムは特定されておらず、生命力が生体組織を活性化すると考えられていました。[ 156 ] 19 世紀、ルイ・パスツールは酵母による糖のアルコールへの発酵を研究し、発酵は酵母細胞内の「発酵物」と呼ばれる物質によって触媒されると結論付けました。彼は、「アルコール発酵は酵母細胞の死や腐敗ではなく、酵母細胞の生命と組織に関連する行為である」と書いています。[ 157 ]この発見は、 1828 年にフリードリヒ・ヴェーラーが尿素の化学合成に関する論文を発表したことと並んで、完全に無機の前駆体から作られた最初の有機化合物として注目に値します。[ 158 ]ヴェーラーの尿素合成は、有機化合物が無機の前駆体から作られることを示し、19 世紀初頭の科学を支配していた生命力理論に異議を唱えました。現代の分析では、この成果は有機化学と無機化学を統合するための基礎となるものと考えられている。[ 159 ]
20世紀初頭にエドゥアルト・ブフナーが酵素を発見したことで、代謝の化学反応の研究が細胞の生物学的研究から分離され、生化学の始まりとなった。[ 160 ]生化学の知識は20世紀初頭を通じて急速に増加した。現代の生化学者の中で最も多作な一人がハンス・クレブスであり、代謝の研究に多大な貢献をした。[ 161 ]彼は尿素回路を発見し、後にハンス・コルンベルクと共同でクエン酸回路とグリオキシル酸回路を発見した。[ 162 ] [ 163 ] [ 79 ]現代の生化学研究は、クロマトグラフィー、NMR分光法、電子顕微鏡、分子動力学シミュレーションなどの新しい技術の開発によって大きく助けられてきた。これらの技術により、細胞内の多くの分子と代謝経路の発見と詳細な分析が可能になった。[ 164 ]
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