パブメッドセントラル

PubMed Central ( PMC ) は、生物医学および生命科学のジャーナルに掲載されたオープンアクセスの全文学術論文をアーカイブする無料のデジタルリポジトリです。国立生物工学情報センター(NCBI)によって開発された主要な研究データベースの 1 つとして、PubMed Central は単なる文書リポジトリではありません。PMC への投稿は、各論文のXML構造化データを充実させる拡張メタデータ、医療オントロジー、および一意の識別子用にインデックス化およびフォーマット化されます。^{[1] PMC 内のコンテンツは、他の NCBI データベースにリンクされ、} Entrez検索および取得システムを介してアクセスできるため、一般の人々が生物医学の知識を発見、読み取り、構築する能力がさらに高まります。^[2]

PubMed CentralはPubMedとは異なります。^[3] PubMed Centralは、ウェブブラウザを介してどこからでも誰でもアクセスできる、全文論文の無料デジタルアーカイブです（再利用に関する規定はさまざまです）。一方、PubMedは生物医学文献の引用と抄録の検索可能なデータベースですが、全文論文は別の場所（印刷物またはオンライン、無料または購読者有料）に保存されています。

2018年12月現在^{[アップデート]}、PMCアーカイブには520万件を超える論文が収録されており^[4]、NIHパブリックアクセスポリシーに従って出版社や著者がリポジトリに原稿を寄託した寄稿によるものである。以前のデータによると、2013年1月から2014年1月までの12か月間で、著者主導の寄託が103,000件を超えた。^[5] PMCは、何らかの形で出版コンテンツをPMCリポジトリに寄託している約4,000のジャーナルを特定している。^[6]出版社によっては、出版後、ジャーナルに応じて数か月から数年に及ぶ「エンバーゴ期間」と呼ばれる一定期間、PubMed Centralでの論文の公開を遅らせることがある（6か月から12か月のエンバーゴが最も一般的である）。PubMed Centralは「第三者による体系的な外部配信」の重要な例であり^[7] 、これは多くの出版社の寄稿者契約で依然として禁止されている。

PubMed Centralは、1999年5月に当時のNIH所長ハロルド・ヴァーマス氏によって最初に提案されたE-biomedとして始まりました。^{[8]このアイデアは、}スタンフォード大学のパット・ブラウン氏とNCBI所長デビッド・リップマン氏のプレゼンテーションの後、プレプリント用のarXivの初期の使用に触発され、1998年12月に「突然」思いつきました。^{[9] [10]}

しかし、1998 年 12 月のある朝、サンフランシスコを訪れていたときに、コールとパルナサスの角にある、かつては有名なタサジャラ ベーカリーだったカフェでパット ブラウンとコーヒーを飲みながら会ったとき、私の視野は突然広がりました。 [...] コーヒーを飲む数週間前、パットは、物理学者ポール ギンスパーグとロスアラモスの同僚たちが、物理学者と数学者がインターネットを介してお互いに研究成果を共有できるようにするために使用している方法について知りました。彼らは、誰でも読んで批評できるように、公開されている Web サイト (LanX または arXiv と呼ばれる) に「プレプリント」(まだ提出されていない、または出版が承認されていない論文) を掲載していました。 [...] このことについて考えれば考えるほど、生物医学研究レポートの出版、送信、保存、使用の方法を根本的に再構築することが可能であり、有益である可能性があると確信するようになりました。私は熱意と政治的無邪気さの精神で、NIH が支援する E-biomed と呼ばれるオンライン システムの創設を提案する長い宣言文を書きました。

E-biomed の目標は、すべての生物医学研究への無料アクセスを提供することでした。E-biomed に投稿された論文は、プレプリントとしてすぐに公開されるか、従来の査読プロセスを経て公開されるかの 2 つのルートのいずれかを取ることができました。査読プロセスは、現代のオーバーレイ ジャーナルに似ており、外部の編集委員会が、中央の E-biomed サーバーで自由にアクセスできる論文の査読、キュレーション、リスト化のプロセスを管理していました。Varmus は、科学的な結果をデジタルで伝達することでもたらされる新しい可能性を実現しようとしており、出版された研究、バージョン管理された文書、および複数のレベルの詳細を可能にする充実した「階層化」形式に関する継続的な会話を想像していました。^[8]

生物医学研究の中央索引を作成するという提案は、既存の出版規範からの根本的な逸脱でした。インターネット以前は、出版物の索引は主にISBNのように機能していました。つまり、登録機関が二次出版社に割り当てていました。誰もがドメイン名を介して独自のアドレス空間を所有し、独自の索引システムを作成できるという考えは、まったく新しいアイデアでした。 ^{[11] [12]}大手商業出版社は、1993年には早くも出版社間で共有される科学論文の索引システムの実験を始めており、E-biomed提案を受けて行動に駆り立てられました。1999年10月のSTM年次フランクフルト会議では、シュプリンガー・フェアラークが率いるいくつかの出版社が、会議室で急いで合意し、競合のプロトタイプを発表しました。^[13]

フェアが水曜日に開幕する前の 10 月 11 日月曜日の午後に開催された STM 協会の理事会では、1999 年春に国立衛生研究所の Harold Varmus 氏が提案した、米国国立医学図書館 (NLM) の新興イニシアチブである E-Biomed (後の PubMed Central) について議論が行われました。Varmus 氏は、無料でアクセスでき、参考文献のリンクという付加価値を備えたジャーナルのデジタル アーカイブを構想していました。「リンクを行うのは出版社であるべきだというのが私たちのコンセンサスでした」と、会議の議長を務めた Bob Campbell 氏は語ります。「私たちはいわば「上流」にいるため、論文の制作プロセスの一環として、NLM よりも先に論文をリンクできるはずです。その後、Stefan von Holtzbrinck 氏が Nature の出版物を他の誰の出版物ともリンクすることを提案し、動き始めました。私たちは、STM の参考文献リンク イニシアチブの広範な発表を行うことにしました。もちろん、計画もプロトタイプもなかったため、これは戦略的な動きにすぎませんでした。」

シュプリンガー・フェアラーク社のアルノー・デ・ケンプが率いる小グループは、理事会の直後に隣の部屋に集まり、発表の草稿を作成した。この草稿は翌日の STM 年次総会の出席者全員に配布され、STM 会員向け出版物に掲載された。[...] CrossRef となるサービスの潜在的な利点はすぐに明らかになった。AIP や IOP (物理学会) などの組織は互いの出版物にリンクし始めており、このような単発の取り決めを業界全体に再現するのは不可能であることは明らかだった。ティム・インゴールドスビーが後に述べたように、「こうしたリンク契約はすべて、我々を破滅させるものだった」。

利益の損失を恐れた商業出版社や科学団体からの激しいロビー活動の圧力を受け、^[14] NIH の職員は 1999 年 8 月に PubMed Central の改訂案を発表した。^[9] PMC は、E-biomed のように著者からではなく、出版社から投稿を受け付ける。出版物には最長 1 年間の制限付き有料購読が認められる。PMC は査読済みの研究のみを許可し、プレプリントは許可しない。^[15]当時は名前がなかった出版社主導のリンク システムは、その後まもなくCrossRefとより大規模なDOIシステムになった。ヴァーマス、ブラウン、マイケル アイゼンなどの人々は、2001 年に Public Library of Science ( PLoS )を設立し、「科学研究の出版を本当に変えたいのであれば、出版は自分たちで行わなければならない」という結論に達した。^[16]

2000年2月に開始されたこのリポジトリは、NIHパブリックアクセスポリシーが国立衛生研究所（NIH）が資金提供したすべての研究に誰でも無料でアクセスできるようにすることを目的としているため、急速に成長しました。また、多くの出版社がNIHと協力して作品への無料アクセスを提供しています。^[要出典] 2007年後半、2008年統合歳出法（HR 2764）が署名され、NIHにポリシーを変更し、ピアレビューされた研究とNIH資金提供研究の調査結果の完全な電子コピーをPubMed Centralに含めることを義務付ける条項が盛り込まれました。これらの記事は、出版後12か月以内に含められる必要があります。これは、米国政府が機関に研究へのオープンアクセスを提供するよう義務付けた初めてのケースであり、NIHが研究者に自主的に研究をPubMed Centralに追加するよう求めた2005年のポリシーからの進化です。^[17]

PubMed Central システムの英国版であるUK PubMed Central (UKPMC) は、英国の研究資金提供者 9 団体の一員であるウェルカム トラストと大英図書館によって開発されました。このシステムは 2007 年 1 月に稼働を開始しました。2012 年 11 月 1 日に、ヨーロッパ PubMed Centralになりました。PubMed Central International ネットワークのカナダ メンバーであるPubMed Central Canadaは、2009 年 10 月に開始されました。

国立医学図書館の「NLMジャーナル出版タグセット」ジャーナル記事マークアップ言語は無料で入手可能です。^[18]学術専門出版社協会は、「これは書籍とジャーナルの両方の学術コンテンツを作成するための標準になる可能性が高い」とコメントしています。^[19]書籍用の関連DTDが利用可能です。^[20]米国議会図書館と大英図書館はNLM DTDのサポートを発表しました。^[21]また、ジャーナルサービスプロバイダーの間でも人気があります。^[22]

NIH以外の多くの機関のパブリックアクセス計画の発表に伴い、PMCはより幅広い種類の記事のリポジトリになりつつあります。^[23]これにはNASAのコンテンツも含まれており、インターフェースは「PubSpace」と名付けられています。^{[24] [25]}

論文は、出版社によってさまざまな論文DTDを使用してXMLまたはSGML形式で PubMed Central に送信されます。古くからある大手の出版社は独自の社内 DTD を確立している場合もありますが、多くの出版社は NLM Journal Publishing DTD (上記参照) を使用しています。

受け取った記事は、 XSLTを介して非常によく似た NLM アーカイブおよび交換 DTD に変換されます。このプロセスでエラーが明らかになる場合があり、修正のために出版社に報告されます。グラフィックも標準の形式とサイズに変換されます。元の形式と変換された形式はアーカイブされます。変換された形式は、グラフィック、マルチメディア、その他の関連データなどの関連ファイルとともに、リレーショナル データベースに移動されます。多くの出版社は記事のPDFも提供しており、これらは変更なしで利用できます。^[26]

書誌引用は解析され、PubMed の関連する抄録、PubMed Central の記事、および出版社の Web サイト上のリソースに自動的にリンクされます。PubMed リンクも PubMed Central につながります。これらのソースのいずれかでまだ利用できないジャーナルや特定の記事など、解決できない参照はデータベースで追跡され、リソースが利用可能になると自動的に「ライブ」になります。

社内の索引システムは検索機能を提供しており、一般名と医薬品の名称、生物、疾患、解剖学的部位の別名 など、生物学用語や医学用語を認識します。

ユーザーがジャーナルの号にアクセスすると、その号のすべての記事、レター、論説などを取得して、目次が自動的に生成されます。記事などの実際の項目に到達すると、PubMed Central は NLM マークアップを配信用にHTMLに変換し、関連するデータ オブジェクトへのリンクを提供します。これは、さまざまな受信データが最初に標準の DTD とグラフィック形式に変換されているため可能です。

別の提出ストリームでは、NIH の資金提供を受けた著者は、NIH Manuscript Submission (NIHMS) を使用して PubMed Central に記事を投稿できます。このようにして提出された記事は通常、XML マークアップを経て NLM DTD に変換されます。

学術出版界におけるPubMed Centralに対する反応は、一部の人々の心からの熱狂^{[27]から、他の人々の慎重な懸念[28]}までさまざまです。

PMCは生物医学的知識の発見と普及を増強する能力においてオープンアクセス出版社にとって歓迎すべきパートナーであるが、同じ真実が、出版された記録からトラフィックが逸れること、読者数の減少による経済的影響、学術団体内での学者コミュニティの維持への影響について懸念する人々もいる。^{[29] [30]} 2013年の分析では、出版された論文の公開リポジトリが「ジャーナルのウェブサイトからかなりの数の読者を引き離している」こと、そして「PMCの影響は時間とともに増大している」ことを示す強力な証拠が見つかった。^[30]

図書館、大学、オープンアクセス支持者、消費者健康擁護団体、患者権利団体はPubMed Centralを称賛しており、納税者の​​支援の結果として得られた研究出版物を自由に共有できるように、他の連邦資金提供機関によって同様のパブリックアクセスリポジトリが開発されることを期待しています。^[31]

オープンアクセス出版に関するアンテルマンの研究では、哲学、政治学、電気電子工学、数学において、オープンアクセス論文はより大きな研究インパクトを持っていることがわかった。^[32]ランダム化試験では、出版後1年でオープンアクセス論文のコンテンツダウンロードが増加したが、引用数では購読アクセスより優位性はなかった。^[33]

NIH のポリシーとオープン アクセス リポジトリの取り組みは、2013 年の大統領指令に影響を与え、他の連邦機関でも同様に行動を引き起こしました。

2020年3月、PubMed Centralはコロナウイルスに関する出版物の全文の寄託手続きを迅速化しました。NLMは、科学者、医療提供者、データマイニングのイノベーター、AI医療研究者、一般の人々へのアクセスを改善するために、ホワイトハウスの科学技術政策局と国際的な科学者からの要請に応じてこれを行いました。^[34]

PMCID (PubMed Central識別子) は、PMC 参照番号とも呼ばれ、PubMed Central オープン アクセス データベースの書誌識別子です。これは、 PMIDがPubMedデータベースの書誌識別子であるのとよく似ています。ただし、この 2 つの識別子は異なります。これは、「PMC」の後に数字の文字列が続く形式です。形式は次のとおりです。^[35]

• PMCID: PMC1852221

NIH賞に応募する著者は、申請書に PMCID を含める必要があります。

• ヨーロッパ PubMed Central
• JATS（テクノロジー）
• MEDLINE、生命科学と生物医学情報の国際文献データベース
• PMID (PubMed 識別子)
• PubMed セントラルカナダ
• Redalyc (ラテンアメリカに焦点を当てた同様のプロジェクト)
• SciELO（類似サービス）

Wikidata には次のプロパティがあります:

• PMC 出版物 ID (P932) (使用法を参照)

• 公式サイト