門

上記の定義で最も重要な客観的尺度は、異なる生物が異なる門に属する必要がある度合いを定義する「一定の程度」です。最低限の要件は、門内のすべての生物が他のどのグループよりも明らかに互いに近縁であることです。^{[ 8 ]}この要件は生物間の関係についての知識に依存しているため、この要件にも問題があります。特に分子研究からより多くのデータが利用可能になるにつれて、グループ間の関係をよりよく決定できるようになります。したがって、門が互いに関連しているかどうかが明らかになった場合、門は統合または分割される可能性があります。たとえば、ヒゲワームは20世紀半ばに新しい門（Pogonophora）として記載されましたが、ほぼ半世紀後の分子研究により、環形動物のグループであることが判明したため、門は統合されました（ヒゲワームは現在、環形動物の科です）。^{[ 9 ]}一方、高度に寄生的な中生動物門は、オルソネクチダ門がおそらく後口動物で、ロンボゾア門が前口動物であることが発見されたときに、2つの門（オルソネクチダ門とロンボゾア門）に分けられました。^{[ 10 ]}

門のこのような変化の激しさから、一部の生物学者は、門の概念を放棄し、グループの大きさの正式な順位付けなしに分類群をクレードに分類することを提唱している。 ^{[ 8 ]}

古生物学者のグラハム・バッドとソーレン・イェンセンは、体構造に基づいた門の定義を提唱した（これはヘッケルが1世紀前に提唱したのと同様である）。この定義が提唱されたのは、絶滅した生物は分類が最も困難であるためである。絶滅した生物は、現代の門を定義する特徴がすべて獲得される前に、門の系統から分岐した分枝である可能性がある。バッドとイェンセンの定義によれば、門は、その現存するすべての代表種が共有する一連の特徴によって定義される。

このアプローチにはいくつかの小さな問題点がある。例えば、門のほとんどのメンバーに共通する祖先形質が、一部のメンバーでは失われている可能性がある。また、この定義は現在という恣意的な時点に基づいている。しかし、形質に基づいているため、化石記録への適用は容易である。より大きな問題は、どの生物群を門とみなすべきかについて、主観的な判断に依存している点である。

このアプローチは、分類学的に重要な類似点のみに基づいて、絶滅した生物を最も類似する門の「幹群」として簡単に分類できるため有用である。 ^{[ 8 ]}しかし、化石が門の冠群に属することを証明するのは困難である。なぜなら、化石は冠群のサブセットに固有の特徴を示す必要があるからである。^{[ 8 ]}さらに、門の幹群の生物は、その門に属するために必要なすべての特徴を備えていなくても、その門の「体構造」を持つことができる。これは、各門が明確な体構造を表しているという考えを弱める。^{[ 11 ]}

この定義を用いた分類は、稀なグループの偶然の生存に大きく影響される可能性があり、その結果、門が本来よりもはるかに多様になる可能性がある。^{[ 12 ]}

総数は推定値であり、異なる著者による数値は大きく異なっている。これは、記載された種に基づいているものもあれば、未記載種の数を外挿したものもあるためである。 ^{[ 13 ]}例えば、約25,000～27,000種の線虫が記載されているが、発表されている線虫種の総数の推定値には、10,000～20,000、500,000、1,000万、1億などがある。^{[ 14 ]}

植物界は、生物学者によってさまざまな方法で定義されています（植物界の現在の定義を参照）。すべての定義には、現生の胚植物（陸上植物）が含まれており、これに緑藻類の 2 つの門、ChlorophytaとCharophytaを追加して、 Viridiplantaeクレードを形成することができます。以下の表は、影響力のある（ただし議論の余地のある）Cavalier-Smith システムに従って、 「Plantae」をArchaeplastida ^{[ 20 ]}と同一視しています。このグループには、Viridiplantae と藻類のRhodophytaおよびGlaucophyta門が含まれています。

植物の分類体系も資料によって異なり、近年では徐々に変化しています。そのため、一部の資料ではトクサ類を節足動物門に、シダ類をシダ植物門に分類していますが^{[ 21 ]}、他の資料では両方ともシダ植物門に分類しています（下記参照）。マツ植物門は、裸子植物（ソテツ類、イチョウ類、グネツム類を含む）^{[ 22 ]} 、または針葉樹のみに適用できます（下記参照）。

1998年に被子植物を目レベルまで分類することを提案したAPGシステムが初めて発表されて以来、多くの情報源は目より上位の階級を非公式なクレードとして扱うことを好んできた。正式な階級が提供されている場合、以下に挙げる伝統的な区分は、例えば亜綱など、はるかに低いレベルに縮小されている。^{[ 23 ]}

微胞子虫門は一般的に菌界に含まれますが、その正確な関係は依然として不明です^{[ 41 ]。}また、国際原生生物学会では原生動物とみなされています^{[ 42 ]}（下記の原生生物を参照）。接合菌門の分子解析では、多系統であることが判明しています（そのメンバーは直接の祖先を共有していません）^{[ 43 ]} 。これは多くの生物学者にとって望ましくないと考えられています。そのため、接合菌門を廃止するという提案があります。そのメンバーは、グロムス菌門と、新たに4つの亜門incertae sedis（位置が不確かな）Entomophthoromycotina、Kickxellomycotina、Mucoromycotina、Zoopagomycotinaに分割されます^{[ 41 ]}。

原生生物界（または原生生物界）は、伝統的な5界または6界モデルに含まれており、植物、動物、菌類以外のすべての真核生物を含むものとして定義できます。 ^{[ 15 ] : 120}原生生物界は側系統群であり、^{[ 44 ]}現代の生物学者には過去ほど受け入れられていません。キャバリエ・スミス分類体系の原生動物界やクロミスタ界など、いくつかの新しい界に分割する提案がなされています。^{[ 45 ]}

原生生物の分類は長らく不安定で、^{[ 46 ]}さまざまなアプローチや定義によって多くの競合する分類体系が生じています。以下にリストされている門の多くは、Catalogue of Life [47] で使用されており^、 Cavalier - ^{Smithによる}最新の (2022 年) 出版物 [48] からの更新を加えた^{Protozoa - Chromista}体系^{[ 42 ]}に対応しています。その他の門は他の著者によって一般的に使用されており、国際原生生物学会 (ISP) で使用されているシステムから採用されています。一部の記述は、ISP による 2019 年の真核生物の改訂に基づいています。^{[ 49 ]}

原生生物の門の数は、分類によって大きく異なります。Catalogue of Life では、紅藻類と灰色藻類を植物界に含めていますが^{[ 47 ]}、他のシステムではこれらの門を原生生物の一部とみなしています^{[ 69 ]} 。さらに、あまり一般的ではない分類体系では、オクロ植物と偽菌類をGyrista という1 つの門にまとめ、繊毛虫を除くすべての胞子虫をMyzozoaという 1 つの門にまとめていますが、後にランクが下げられ、側系統群のMiozoa門に含められています^{[ 48 ]}。 門内でも、オクロ植物内の珪藻類 ( Bacillariophyta ) のように、他の門レベルのランクが現れることがあります。これらの違いは、ISP が分岐分類学的アプローチを採用した後は無関係になりました。ISP では、分類学的ランクは不要で不安定であると見なされ、分類から除外されています。多くの著者がこの用法を好むため、クロミスタ-プロトゾアの分類体系は時代遅れになった。^{[ 49 ]}

現在、細菌規約^{[ 70 ]}に従って有効に発表されている細菌門は41あります（「シアノバクテリア」は含まれません）。

1. アブディティバクテリオタ
2. アシドバクテリオタは、表現型が多様で、ほとんどが培養されていない。
3. 放線菌門、高G+Cグラム陽性菌種
4. アクイフィコタ、深く枝分かれした
5. アルマティモナドタ
6. アトリバクテロタ
7. バチルス属（Bacillota）は、G+C含量の低いグラム陽性菌種で、芽胞形成菌であるバチルス属（好気性）やクロストリジウム属（嫌気性）などが含まれます。
8. バクテロイドータ
9. バルネオロタ
10. ベデロビブリオノタ
11. カルディセリコタ（旧OP5候補区）は、カルディセリクム亡命区の唯一の代表である。
12. カルディトリコタ
13. カンピロバクター
14. クラミジア
15. クロロビオタ、緑色硫黄細菌
16. クロロフレクソタ、緑色非硫黄細菌
17. Chrysiogenota には、わずか 3 属 ( Chrysiogenes arsenatis、Desulfurispira natronophila、Desulfurispirillum alkaliphilum )が含まれる。
18. 糞熱細菌
19. デフェリバクテロタ
20. デイノコッカス門、デイノコッカス・ラディオデュランス、テルムス・アクアティクスは、この門の「よく知られた」種である。
21. ディクチオグロモタ
22. Elusimicrobiota（旧称：テルミットグループ1）
23. フィブロバクテロタ
24. フソバクテリオタ
25. ゲマティモナドタ
26. イグナビバクテリオタ
27. キリティマティエロタ
28. Lentisphaerota、旧クレード VadinBE97
29. マイコプラズマ門、注目すべき属：マイコプラズマ
30. 粘液球菌
31. ニトロスピノタ
32. ニトロスピロタ
33. プランクトミセトータ
34. シュードモナス門は最もよく知られた門であり、大腸菌や緑膿菌などの種が含まれる。
35. ロドサーモタ
36. スピロヘータ門には、ライム病を引き起こすボレリア・ブルグドルフェリなどの種が含まれる。
37. シネルギストタ
38. サーモデスルフォバクテリオタ
39. サーモミクロバイオータ
40. Thermotogota、深く枝分かれした
41. Verrucomicrobiota

現在、細菌規約^{[ 70 ]}に従って有効に発表されている門は2つあります。

1. ニトロソスフェロタ
2. サーモプロテオータ門は、2番目に一般的な古細菌の門である。

提案されたものの、正式に命名されていないその他の門には、以下のようなものがある。

1. 「ユーリ古細菌門」は、最も一般的な古細菌の門である。
2. 「コラカエオータ」
3. 「ナノアーキオータ」、超小型共生生物、既知の種は1種のみ