種類
その他のヘム 以下のポルフィリンの炭素番号付けシステムは、生化学者が使用してきた古い番号付けシステムであり、上記の表に示されているIUPACが推奨する1~24の番号付けシステムではありません。
シトクロム の名称は、通常(常にではないが)、含まれるヘムの種類を反映している。例えば、シトクロムaはヘムAを含み、シトクロムcはヘムCを含む、といった具合である。この命名規則は、ヘムA の構造が発表された際に初めて導入された可能性がある。
ヘムの種類を示すために大文字を使用する ヘムを大文字で表記する慣習は、PuustinenとWikstromの論文[ 26 ] の脚注で正式に定められ、どのような場合に大文字を使用すべきかが説明されています。「単離されたヘム構造を記述するには大文字の使用を推奨します。小文字は、シトクロムや酵素、および個々のタンパク質結合ヘム群(例えば、シトクロムbcおよびaa3複合体、シトクロムb5、bc1複合体のヘムc1、aa3複合体のヘムa3など)を記述するために自由に使用でき ます 。」言い換えれ ば、化学 化合物は大文字で表記されますが、構造内の特定のインスタンスは小文字で表記されます。したがって、構造内に2つのAヘム(ヘムaとヘム a3 )を持つシトクロム酸化酵素は、1モルのタンパク質あたり2モルのヘムAを含んでいます。シトクロム bc 1 は 、ヘム b H 、b L 、c 1 を含み、ヘム B とヘム C を 2:1 の比率で含んでいます。この慣習は、Caughey と York の論文に由来するようで、シトクロム aa3 のヘムの新しい分離手順の産物を、以前の調製物と区別するためにヘム A と命名しました。「我々の産物は、以前に単離されたヘミン a の還元によって他の研究者によって溶液中で得られたヘム a とすべての点で同一ではありません (2)。このため、明らかな違いが合理的に説明できるまで、我々の産物をヘム A と命名します。」[ 27 ] 後の論文で、[ 28 ] Caughey のグループは、単離されたヘム B と C および A に大文字を使用しています。
健康時と病気時 ホメオスタシス 下では、ヘムの反応性は、ヘムタンパク質の「ヘムポケット」への挿入によって制御されます。しかし、酸化ストレス下では、ヘモグロビンなどの一部のヘムタンパク質は、ヘム補欠分子族を放出することができます。[ 44 ] [ 45 ] このように生成された非タンパク質結合(遊離)ヘムは、おそらくプロトポルフィリンIX環に含まれる鉄原子がフェントン試薬 として作用し、フリーラジカルの生成を無制限に触媒するため、非常に細胞毒性が高くなります。[ 46 ] タンパク質の酸化と凝集、脂質過酸化による細胞毒性脂質過酸化物の形成を触媒し、酸化ストレスによってDNAを損傷します。親油性のため、ミトコンドリアや核などの細胞小器官の脂質二重層を損傷します。[ 47 ] 遊離ヘムのこれらの特性は、炎症誘発性アゴニストに反応してプログラム細胞死 を起こすように様々な細胞型を感作させることができ、マラリア [ 48 ] や敗血症 [ 49 ] などの特定の炎症性疾患の病因において重要な役割を果たす有害な効果である。
遺伝子 以下の遺伝子は、ヘムを生成する化学経路の一部である。
注釈と参考文献 ↑ Hodgson E、Roe RM、Mailman RB、Chambers JE 編 (2015)。「H 」。毒性学辞典 (第3版 )。Academic Press。pp. 173–184。doi : 10.1016 /B978-0-12-420169-9.00008-4。ISBN 978-0-12-420169-9 2024年2月21日 に取得 。 ↑ Bloomer JR (1998). "ポルフィリンとヘムの肝臓代謝" . Journal of Gastroenterology and Hepatology . 13 (3): 324– 329. doi : 10.1111/j.1440-1746.1998.01548.x . PMID 9570250 . S2CID 25224821 . ↑ Dutt S、Hamza I 、 Bartnikas TB (2022-08-22)。 「 鉄 とヘム代謝の分子メカニズム」 。Annual Review of Nutrition。42 ( 1 ) : 311–335。doi : 10.1146 / annurev - nutr-062320-112625。ISSN 0199-9885。PMC 9398995。PMID 35508203 。 ↑ Ogun AS、Joy NV、Valentine M (2024)。 「生化学、ヘム合成」 。StatPearls 。フロリダ州トレジャーアイランド:StatPearls。PMID 30726014。 2024 年2月22 日 取得 。 ↑ 化学 IU (2009). 「ヘム(ヘム誘導体)」 . IUPAC 化学用語集 . IUPAC. doi : 10.1351/goldbook.H02773 . ISBN 978-0-9678550-9-7 2017年8月22日にオリジナルからアーカイブされました。2018年 4月28日 に取得 。↑標準的な生化学の教科書では、ヘムを「ヘムタンパク質 の 鉄ポルフィリン補欠分子族」と定義している。Nelson DL、Cox MM (2000)。Lehninger Principles of Biochemistry (第3 版)。ニューヨーク:Worth。ISBN 1-57259-153-6 。 ↑ Poulos TL (2014-04-09). "ヘム酵素の構造と機能" . Chemical Reviews . 114 (7): 3919– 3962. Bibcode : 2014ChRv..114.3919P . doi : 10.1021/cr400415k . ISSN 0009-2665 . PMC 3981943 . PMID 24400737 . ↑ Paoli M (2002). "ヘムタンパク質の構造と機能の関係" (PDF) . DNA and Cell Biology . 21 (4): 271– 280. doi : 10.1089/104454902753759690 . hdl : 20.500.11820/67200894-eb9f-47a2-9542-02877d41fdd7 . PMID 12042067 . S2CID 12806393 . 2018-07-24 のオリジナルから アーカイブ (PDF) 。 ↑ Alderton WK (2001). "一酸化窒素合成酵素:構造、機能、および阻害" . Biochemical Journal . 357 (3): 593– 615. doi : 10.1042/bj3570593 . PMC 1221991 . PMID 11463332 . ↑ Milani M (2005). "切断型ヘモグロビンにおけるヘム結合と二原子配位子認識の構造的基盤". J. Inorg. Biochem . 99 (1): 97–109 . doi : 10.1016/j.jinorgbio.2004.10.035 . PMID 15598494 . ↑ Hardison R (1999). "ヘモグロビンの進化:非常に古いタンパク質の研究は、遺伝子調節の変化が進化の物語の重要な部分であることを示唆している". American Scientist . 87 (2): 126. doi : 10.1511/1999.20.809 (2025年7月1日非アクティブ). S2CID 123532036 . {{cite journal}}: CS1メンテナンス: DOIは2025年7月現在非アクティブです(リンク)↑ Poulos T (2014). "ヘム酵素の構造と機能" . Chem. Rev . 114 (7): 3919– 3962. Bibcode : 2014ChRv..114.3919P . doi : 10.1021/cr400415k . PMC 3981943 . PMID 24400737 . ↑ Thom CS (2013). "ヘモグロビン変異体:生化学的特性と臨床的相関" . Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine . 3 (3) a011858. doi : 10.1101/cshperspect.a011858 . PMC 3579210 . PMID 23388674 . ↑ ボーア、ハッセルバルヒ、クローグ。 「生物学的に重要な関係について ― 血液中の二酸化炭素含有量が酸素結合に及ぼす影響」 。 2017年4月18日にオリジナルから アーカイブ済み。 ↑ Ackers GK、Holt JM (2006)。 「 対称四量体における非対称協同性:ヒトヘモグロビン」 。J . Biol. Chem . 281 (17): 11441–3 . doi : 10.1074/jbc.r500019200 . PMID 16423822. S2CID 6696041 . ↑ Caughey WS、Smythe GE、O'Keeffe DH、Maskasky JE、Smith ML (1975)。 「シトクロムcオキシダーゼのヘムA:構造と特性: ヘム B、C、Sおよび誘導体との比較」 。J . Biol. Chem . 250 (19): 7602–7622。doi : 10.1016/S0021-9258( 19 ) 40860-0。PMID 170266 。 ↑ Hegg EL (2004). "ヘムAシンターゼはヘムAのホルミル基に分子状酸素を取り込まない". Biochemistry . 43 (27): 8616– 8624. doi : 10.1021/bi049056m . PMID 15236569 . ↑ 吉川 茂(2012) 「ウシ心臓シトクロムcオキシダーゼの構造研究」 . Biochim. Biophys. Acta . 1817 (4): 579– 589. doi : 10.1016/j.bbabio.2011.12.012 . PMID 22236806 . ↑ Rae T、Goff H (1998)。 「ラクトペルオキシダーゼのヘム補欠分子族。ヘム l およびヘム l-ペプチドの構造的特徴」 。The Journal of Biological Chemistry。273 ( 43 ) : 27968–27977。doi : 10.1074 / jbc.273.43.27968。PMID 9774411。S2CID 25780396 。 ↑ Purdy MA (1983). "増殖段階と細胞外膜構造がサルモネラ菌の乳酸ペルオキシダーゼ-チオシアン酸塩-過酸化水素系に対する感受性に及ぼす影響" . Infection and Immunity . 39 (3): 1187– 1195. doi : 10.1128/IAI.39.3.1187-1195.1983 . PMC 348082 . PMID 6341231 . ↑ 大島 浩 (2003). "炎症誘発性発癌の化学的基礎". Archives of Biochemistry and Biophysics . 417 (1): 3– 11. Bibcode : 2003ArBB..417....3O . doi : 10.1016/s0003-9861(03)00283-2 . PMID 12921773 . ↑ Henderson JP (2003). " 食 細胞はヒト炎症組織においてミエロペルオキシダーゼの2つの変異原性産物である5-クロロウラシルと5-ブロモウラシルを産生する" . Journal of Biological Chemistry . 278 (26): 23522– 23528. Bibcode : 2003JBiCh.27823522H . doi : 10.1074/jbc.m303928200 . PMID 12707270 . S2CID 19631565 . ↑ ムルシュドフ G、グレベンコ A、バリニン V、ダウター Z、ウィルソン K、ヴァインシュタイン B、メリク=アダムヤン W、ブラボー J、フェラン J、フェレール JC、スウィタラ J、レーウェン PC、フィタ I (1996)。 「 ペニシリウム・ヴィタル および 大腸菌 カタラーゼ の ヘム構造 」 (PDF) 。 生物化学ジャーナル 。 271 (15): 8863–8868 . 土井 : 10.1074/jbc.271.15.8863 。 PMID 8621527 。 2018 年 7 月 24 日にオリジナルから アーカイブ (PDF)されました。 ↑ Belevich I (2005). "大腸菌由来シトクロムbdの酸素化複合体:安定性と光分解性". FEBS Letters . 579 (21): 4567–70 . Bibcode : 2005FEBSL.579.4567B . doi : 10.1016/j.febslet.2005.07.011 . PMID 16087180. S2CID 36465802 . ↑ フィッシャー H、オース H (1934)。 ディ・ケミー・デ・ピロル 。ライプツィヒ: 虚血。 ↑ Puustinen A、Wikström M. (1991) 「大腸菌のシトクロムoのヘム基」 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 88 (14): 6122–6 . Bibcode : 1991PNAS ... 88.6122P . doi : 10.1073/pnas.88.14.6122 . PMC 52034. PMID 2068092 . ↑ Caughey WS、York JL (1962)。 「牛心筋由来シトクロムオキシダーゼの緑色ヘムの単離といくつかの性質」 。J . Biol. Chem . 237 (7): 2414–6 . doi : 10.1016/S0021-9258(19)63456-3 . PMID 13877421 . ↑ Caughey WS、Smythe GA、O'Keeffe DH、Maskasky JE、Smith ML (1975)。 「シトクロムcオキシダーゼのヘムA。構造と特性:ヘムB、C、Sおよび誘導体との比較」 。J . Biol. Chem . 250 (19): 7602–22 . doi : 10.1016/S0021-9258(19)40860-0 . PMID 170266 . ↑ Battersby AR (2000). "テトラピロール:生命の色素". Natural Product Reports . 17 (6): 507–526 . doi : 10.1039/B002635M . PMID 11152419 . ↑ Sridevi K (2018年4月28日). グルテチミドおよび4,6-ジオキソヘプタン酸によるヘム経路酵素ALAシンターゼ-1のアップレギュレーションとグルコースおよびヘムによるダウンレギュレーション:博士論文 . EScholarship@UMMS (学位論文). マサチューセッツ大学医学部. doi : 10.13028/yyrz-qa79 . 2016年8月8日のオリジナルから アーカイブ済み。 2018年 4月28日 取得 。 1 2 Kumar S、Bandyopadhyay U (2005 年 7 月)。「ヒトにおける遊離ヘムの毒性とその解毒 システム 」 。Toxicology Letters。157 ( 3 ) : 175–188。Bibcode : 2005ToxL..157..175K。doi : 10.1016 / j.toxlet.2005.03.004。PMID 15917143 。 ↑ Puy H、Gouya L 、Deybach JC (2010 年3 月 )。 「ポルフィリン症」 。The Lancet。375 ( 9718 ): 924–937。Bibcode : 2010Lanc..375..924P。doi : 10.1016 /S0140-6736 ( 09 ) 61925-5。PMID 20226990。S2CID 208791867 。 ↑ Fraser RZ、Shitut M、Agrawal P、Mendes O、Klapholz S (2018-04-11)。 「植物性肉の風味触媒として使用することを目的とした、Pichia pastoris由来のソイレグヘモグロビンタンパク質製剤の安全性 評価 」 。International Journal of Toxicology。37 ( 3 ) : 241– 262。doi : 10.1177 / 1091581818766318。ISSN 1091-5818。PMC 5956568。PMID 29642729 。 ↑ 「血を流す偽肉の奇妙な科学の内幕」 「 . Wired . 2017-09-20. 2018年3月24日のオリジナルからアーカイブ。 2018年 4月28日 取得 。↑ 「シリコンバレーが食の味に目覚める」 。 エコノミスト誌 。2015年3月5日。ISSN 0013-0613 。 2019年4月8 日 閲覧 。 ↑ Maines MD (1988 年 7 月) 「 ヘム オキシゲナーゼ : 機能、多様性、調節機構、および臨床応用 」 。The FASEB Journal。2 ( 10 ) : 2557–2568。Bibcode : 1988FASEJ ... 2.2557M。doi : 10.1096 / fasebj.2.10.3290025。ISSN 0892-6638。PMID 3290025。S2CID 22652094 。 ↑ レニンジャー生化学原理 (第5 版)。ニューヨーク:WHフリーマン社。2008年 。876 ページ 。ISBN 978-0-7167-7108-1 。↑ Hanafy K (2013). "一酸化炭素と脳:ドグマを再考する時" . Curr. Pharm. Des . 19 (15): 2771– 5. doi : 10.2174/1381612811319150013 . PMC 3672861 . PMID 23092321 . ↑ Abraham N、Kappas A (2008)。「ヘムオキシゲナーゼの薬理学的および臨床的側面」。Pharmacol . Rev. 60 ( 1): 79– 127. doi : 10.1124/pr.107.07104 . PMID 18323402 . S2CID 12792155 . ↑ Florczyk U 、 Jozkowicz A 、Dulak J (2008年1 月 ~2 月)。 「ビリベルジン還元酵素:古い酵素の新しい特徴とその潜在的な治療的意義」 。Pharmacological Reports。60 ( 1): 38–48。PMC 5536200。PMID 18276984 。 ↑ King C、Rios G 、Green M、Tephly T (2000)。 「 UDP-グルクロノシルトランスフェラーゼ」。Current Drug Metabolism。1 ( 2 ): 143– 161。doi : 10.2174 / 1389200003339171。PMID 11465080 。 ↑ Hall B、Levy S、Dufault-Thompson K、Arp G、Zhong A、Ndjite GM、Weiss A、Braccia D、Jenkins C、Grant MR、Abeysinghe S、Yang Y、Jermain MD、Wu CH、Ma B (2024-01-03)。 「 BilR はビリルビン をウロビリノーゲンに還元する腸 内 微生物酵素である」 。Nature Microbiology。9 ( 1 ): 173– 184。doi : 10.1038/s41564-023-01549 - x。ISSN 2058-5276。PMC 10769871。PMID 38172624 。 ↑ Helmenstine AM. 「尿と糞便の色の原因となる化学物質」 . ThoughtCo . 2020年1月24日 取得 。 ↑ Bunn HF、Jandl JH (1966 年 9 月)。 「 ヘモグロビン 分子 間のヘムの交換」 。 米国 科学アカデミー 紀要 56 (3): 974–978。Bibcode : 1966PNAS ... 56..974B。doi : 10.1073 / pnas.56.3.974。PMC 219955。PMID 5230192 。 ↑ Smith ML、Paul J、Ohlsson PI、Hjortsberg K、Paul KG (1991 年 2 月)。 「 非変性条件下でのヘムタンパク質の分裂」 。 米国 科学 アカデミー 紀要 88 ( 3 ) : 882– 886。Bibcode : 1991PNAS ...88..882S。doi : 10.1073/ pnas.88.3.882。PMC 50918。PMID 1846966 。 ↑ Everse J、Hsia N (1197)。「天然および修飾 ヘモグロビン の毒性」。Free Radical Biology and Medicine。22 ( 6): 1075–1099。doi : 10.1016/S0891-5849( 96 ) 00499-6。PMID 9034247 。 ↑ Kumar S 、Bandyopadhyay U (2005 年 7 月 )「ヒトにおける遊離ヘム の 毒性とその解毒システム 」 。Toxicology Letters。157 (3): 175–188。Bibcode : 2005ToxL..157..175K。doi : 10.1016/j.toxlet.2005.03.004。PMID 15917143 。 ↑ パンプローナ A、フェレイラ A、バラ J、ジェニー V、バラ G、エピファニオ S、チョラ A、ロドリゲス CD、グレゴワール IP、クーニャ ロドリゲス M、ポルトガル S、ソアレス MP、モタ MM (2007 年 6 月)。 「ヘムオキシゲナーゼ-1と一酸化炭素は実験的脳マラリアの発症を抑制する」。 自然医学 。 13 (6): 703–710 . 土井 : 10.1038/nm1586 。 PMID 17496899 。 S2CID 20675040 。 ↑ ラーセン R、ゴッツェリーノ R、ジェニー V、トカイ L、ボッツァ FA、ジャピアッスー AM、ボナパルト D、カヴァルカンテ MM、チョーラ A、フェレイラ A、マルグーティ I、カルドーソ S、セプルベダ N、スミス A、ソアレス MP (2010)。 「重篤な敗血症の病因における遊離ヘムの中心的な役割」 。 科学トランスレーショナル医療 。 2 (51):51ra71。 土井 : 10.1126/scitranslmed.3001118 。 hdl : 2437/115309 。 PMID 20881280 。 S2CID 423446 。 ↑ Bastide NM、Pierre FH、Corpet DE (2011年2月)。「肉由来のヘム鉄と大腸がんのリスク:メタ分析と関連するメカニズムのレビュー」。Cancer Prevention Research (Philadelphia, Pa.) 4 ( 2): 177– 184. doi : 10.1158/1940-6207.CAPR-10-0113 . ISSN 1940-6215 . PMID 21209396 . ↑ 「食事、栄養、身体活動と大腸がん」。wcrf.org。2022年2月12日取得。 ↑ Chang, Vicky C; Cotterchio, Michelle; Khoo, Edwin (2019). "鉄摂取量、体内の鉄状態、乳がんリスク:系統的レビューとメタ分析" . BMC Cancer . 19 (1): 543. doi : 10.1186/s12885-019-5642-0 . PMC 6555759 . PMID 31170936 . {{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク)↑ Plewinska M、Thunell S、Holmberg L、Wetmur J、Desnick R (1991)。 「デルタアミノレブリン酸脱水酵素欠損ポルフィリン症:重症ホモ接合体 における 分子病変の同定」 。American Journal of Human Genetics。49 ( 1 ): 167– 174。PMC 1683193。PMID 2063868 。 ↑ アウリツィ C、ルピア パルミエリ G、バルビエリ L、マクリ A、ゾルゲ F、ウサイ G、ビオルカティ G (2009 年 2 月)。 「コプロポルフィリノーゲン III オキシダーゼ遺伝子の 4 つの新規変異」。 細胞および分子生物学 。 55 (1): 8–15 . PMID 19267996 。 ↑ Bustad HJ、Vorland M、Ronneseth E、Sandberg S、Martinez A、Toska K (2013年8月8日)。 「急性間欠性ポルフィリン症 との 表現型関連性が異 な る2つのヒドロキシメチルビランシンターゼ 変異 体K132NおよびV215Eの立体構造安定性および活性解析」 。Bioscience Reports。33 ( 4): 617–626。doi : 10.1042 / BSR20130045。PMC 3738108。PMID 23815679 。 ↑ マルティネス・ディ・モンテムロス F、ディ・ピエロ E、パティ E、タヴァッツィ D、ダニエリ MG、ビオルカティ G、ロッキ E、カッペリーニ MD (2002 年 12 月)。 「イタリアにおけるポルフィリン症の分子的特徴付け: 診断フローチャート」。 細胞分子生物学 (フランス、ノワジー・ル・グラン) 。 48 (8): 867–876 . ISSN 0145-5680 。 PMID 12699245 。 ↑ Badenas C、To Figueras J 、 Phillips JD、Warby CA、Muñoz C、Herrero C (2009年4月)。 「ポルフィリン症皮膚型 患者 と その親族 の 大規模シリーズにおける新規ウロポルフィリノーゲン脱炭酸酵素遺伝子変異の同定と特徴付け」 。Clinical Genetics。75 ( 4): 346–353。doi : 10.1111/ j.1399-0004.2009.01153.x。PMC 3804340。PMID 19419417 。