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分子祖先ネットワーク（MANET）データベースは、タンパク質構造の進化関係を生物学的ネットワーク上に直接マッピングするバイオインフォマティクス データベースです。 [1]これはもともと、イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校作物科学科のHee Shin Kim、Jay E. Mittenthal、 Gustavo Caetano-Anollesによって開発されました。[2]
MANET は、例えば、バイオインフォマティクス、系統発生学、統計的手法を用いて、代謝における個々の代謝酵素の祖先をたどります。MANET は現在、タンパク質構造分類 ( SCOP ) データベース、京都遺伝子ゲノム百科事典 ( KEGG )の代謝経路データベース、および普遍的なレベルでのタンパク質フォールド構造の進化を記述する系統発生再構築の情報をリンクしています。[3]データベースは、タンパク質フォールドファミリーのレベルでの代謝の進化を反映するように更新されています。[4] MANET は、印象派の父の一人に敬意を表して、根付いた系統樹から得られた酵素の祖先を 100 を超える代謝経路表現に直接文字通り「ペイント」します。また、定義された祖先値を持つ特定のタンパク質フォールドを検索したり、ペイントされた酵素の分布を表示したり、個々のタンパク質フォールドを記述する定量的な詳細を調べたりできる多数の機能も提供します。これにより、グローバルおよびローカルの代謝ネットワーク アーキテクチャの研究と、グローバルおよびローカル レベルでの進化パターンの抽出が可能になります。
MANETのデータの統計分析では、例えば、各サブネットワークのタンパク質フォールドに割り当てられた祖先値の不均一な分布が示され、代謝の進化は酵素の広範なリクルートメントによって世界的に起こったことを示しています。[2] MANETは最近、代謝ネットワークにおける酵素リクルートメントプロセスを整理するために使用され、現代の代謝はプリンヌクレオチド代謝サブネットワークに由来することを提案しました。[5]このデータベースは代謝の進化の研究に役立ちます。
外部リンク
- 分子祖先ネットワーク (MANET) データベース
参考文献
- ^ 「Molecular Ancestry Network、イリノイ大学」www.manet.uiuc.edu。2017年7月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。2022年1月14日閲覧。
- ^ ab Kim HS 、Mittenthal JE、Caetano - Anolles G (2006) 。「MANET:代謝ネットワークにおけるタンパク質構造の進化の追跡」。BMC Bioinformatics。7 : 351。doi : 10.1186 / 1471-2105-7-351。PMC 1559654。PMID 16854231。
- ^ Caetano-Anolles G, Caetano-Anolles D (2003). 「タンパク質構造の進化的に構造化された宇宙」Genome Res . 13 (7): 1563–71. doi :10.1101/gr.1161903. PMC 403752 . PMID 12840035.
- ^ Mughal F, Caetano-Anolles G (2019). 「MANET 3.0: 進化する代謝ネットワークの階層とモジュール性」. PLOS ONE . 14 (10): e0224201. Bibcode :2019PLoSO..1424201M. doi : 10.1371/journal.pone.0224201 . PMC 6812854. PMID 31648227 .
- ^ Caetano-Anolles G、Kim HS、 Mittenthal JE (2007)。「タンパク質構造の系統ゲノム解析から推定される現代の代謝ネットワークの起源」。Proc Natl Acad Sci USA。104 ( 22): 9358–63。Bibcode : 2007PNAS..104.9358C。doi : 10.1073/ pnas.0701214104。PMC 1890499。PMID 17517598。