パキスタンの軍事史

現代のパキスタンの地域（1947年以前はイギリス領インド帝国の一部）は、ダレイオス大王（紀元前522～485年）の治世からほぼ2世紀にわたり、ペルシアのアケメネス朝ペルシア帝国で最も人口が多く、最も東に位置し、最も裕福なサトラピーを形成していた。 ^{[ 6 ]}最初の大きな紛争は、紀元前334年にアレクサンドロス大王がアケメネス朝ペルシア帝国を打倒し、東へ進軍したときに勃発した。ヒュダスペス川の戦い（現在のジェラム川付近）でポロス王を破った後、彼はパンジャブ地方の大部分を征服した。しかし、戦いに疲弊した彼の軍隊は、インドへさらに進軍して、侵略者にとって新たな怪物である^ナンダ王朝の恐るべき軍隊とその象の先鋒と戦うことを拒否した。 ^{[7 ]}そのため、アレクサンドロスはインダス川流域に沿って南西に進んだ。^{[ 8 ]}その道中、彼は小規模な王国と何度か戦いを繰り広げた後、軍隊を率いてマクラン砂漠を西へ進み、現在のイランへと向かった。アレクサンドロスはガンダーラとパンジャブにいくつかの新しいマケドニア/ギリシャの入植地を建設した。

アレクサンドロス大王のギリシャ軍とペルシア軍が西へ撤退すると、アレクサンドロスが残したサトラップたちはチャンドラグプタ・マウリヤに敗れ、征服された。チャンドラグプタ・マウリヤはマウリヤ朝を建国し、紀元前321年から紀元前185年までこの地域を支配した。マウリヤ朝自体もシュンガ朝に征服され、シュンガ朝は紀元前185年から紀元前73年までこの地域を支配した。カイバル峠などの他の地域は無防備なまま放置され、外国からの侵略の波が続いた。グレコ・バクトリア王デメトリオスは紀元前180年頃にアフガニスタン南部とパキスタンを占領し、インド・ギリシャ王国を建国した。インド・ギリシャ王国は最終的に中央アジアのインド・スキタイ人の侵略により紀元10年頃に政治的実体として消滅した。彼らの帝国はクシャーナ朝へと変貌し、クシャーナ朝は紀元375年まで支配した。その後、この地域はペルシャのインド・ササン朝ペルシャ帝国に征服され、西暦565年までその大部分が支配された。

西暦712年、ムハンマド・ビン・カシムというアラブ系イスラム教徒の軍司令官が、ウマイヤ朝のためにインダス地方の大部分（シンドからムルタンまで）を征服した。西暦997年、ガズニのマフムードはホラーサーンの大部分を征服し、1005年にペシャワールに進軍し、その後パンジャーブ（1007年）、バローチスターン（1011年）、カシミール（1015年）、カノチ（1017年）を征服した。 1030年にマフムードの治世が終わる頃には、彼の帝国は西はクルディスタンから東はヤムナー川まで広がり、ガズナ朝は1187年まで続いた。1160年、ムハンマド・ゴーリーはガズナ朝からガズニを奪取し、1173年にその総督となった。1180年代には、残りのガズナ朝領とグジャラートに東進したが、グジャラートのソランキー朝の支配者に撃退された。1186年から1187年にかけて、彼はラホールを征服し、ガズナ朝の最後の領土を支配下に置き、ガズナ朝帝国を終焉させた。ムハンマド・ゴーリーは1200年以降、パンジャブのラージプート・ガッカル族の反乱に対処するためにラホールに戻った。彼は反乱を鎮圧したが、1206年にジェラム川沿いの陣営がガッカルの襲撃を受け、殺害された。ムハンマド・ゴーリーの後継者たちは、最初のインド・イスラム王朝であるデリー・スルタン朝を建国した。マムルーク朝（マムルークとは「奴隷」を意味し、イスラム世界全体で支配者となったトルコ系奴隷兵士を指す）は、1211年にスルタン朝の王位を奪取した。デリーからは、マムルーク朝（1211年～1290年）、ハルジー朝（1290年～1320年）、トゥグルク朝（1320年～1413年）、サイイド朝（1414年～1451年）、ローディー朝（1451年～1526年）など、いくつかのトルコ・アフガン王朝が帝国を統治した。グジャラート、マルワ（中央インド）、ベンガル、デカンなど、デリーから独立した王国もいくつか存在したが、インダス平原のほぼ全域はこれらの大規模なインド・イスラムのスルタン国の支配下に入った。スルタン国の最大の功績は、 13世紀に中央アジアから南アジアを侵略してきたモンゴル軍から一時的に守ることに成功したことだろう。しかしながら、スルタンたちは最終的にアフガニスタンと西パキスタンをモンゴルに奪われた（イルハン朝を参照）。

16 世紀から 19 世紀にかけて、強大なムガル帝国がインドの大部分を支配した。^{[ 9 ]} 1739 年、ペルシャ皇帝ナーディル・シャーがインドに侵攻し、ムガル皇帝ムハンマド・シャーを破り、バルチスタンとインダス平原の大部分を占領した。ナーディル・シャーの死後、1747 年に彼の将軍の 1 人であるアフマド・シャー・アブダーリーによってアフガニスタン王国が建国され、カシミール、ペシャワール、ダマン、ムルターン、シンド、パンジャブが含まれていた。南部では、アウラングゼーブの治世末期から、一連の自治王朝 (ダウドポタ、カロラ、タルプール) がシンドの独立を主張していた。バローチスターン地方の大部分はカラート・ハーンの影響下に置かれましたが、グワダルなどの沿岸地域はオマーンのスルタンによって統治されていました。

シーク同盟（1748年～1799年）は、ムガル帝国、アフガン帝国、ペルシャ帝国の対立によって生じた政治的空白の中で出現したパンジャブの小国家群であった。^{[ 10 ]}同盟はムガル帝国を追い出し、アフガン帝国の度重なる侵略を撃退し、1764年にラホールを占領した。しかし、アフマド・シャー・アブダーリーの撤退後、同盟は紛争や対立が生じたため不安定になった。^{[ 11 ]}シーク帝国（1799年～1849年）は、同盟の基盤の上に、自らを「サルカール・イ・ワラ」と宣言し、ラホールのマハラジャと呼ばれたランジット・シンによって建国された。 ^{[ 10 ]}彼の帝国は最終的に西はカイバル峠、南はムルタンまで広がった。彼の征服の中には、1819年のカシミールと1834年のペシャワールがあったが、アフガン人はペシャワールを奪還しようと2度試みた。^{[ 12 ]}

現代のパキスタンの領土は、1839年にカラチが占領されるまでイギリスや他のヨーロッパ列強によって統治されたことはなかった。当時カラチは港を守る泥の砦を持つ小さな漁村だったが、その後すぐに勃発した第一次アフガン戦争のために港と軍事基地を備えた飛び地として占領された。シンド地方の残りの地域は1843年に占領され、その後数十年の間に、まず東インド会社、そしてセポイの反乱（1857～1858年）後の大英帝国のヴィクトリア女王の直接統治によって、戦争や条約などを通じて国の大部分が支配された。主な戦争は、シンド地方のミアニの戦い（1843年）で終結したバローチ・タルプール王朝との戦い、アングロ・シク戦争（1845～1849年）、アングロ・アフガン戦争（1839～1919年）である。 1893年までに、現代のパキスタン全土はイギリス領インド帝国の一部となり、1947年の独立までその状態が続いた。^{[ 13 ]}

ランジット・シンの死後、シク王国は内部の分裂と政治的な失政によって弱体化し、第二次シク戦争後の1849年にイギリスに陥落した。^{[ 12 ]}

パキスタンの様々な地域が、東インド会社によって以下のように征服された。

• シンド地方は1843年のハイデラバードの戦いとミアニの戦いによって征服された。
• パンジャブ地方とカイバル・パクトゥンクワ州東部は、1849年の第二次英シク戦争中に征服された。

イギリス領インド帝国が征服した地域は以下のとおりです。

• 1876年のカラート条約により、バルチスタン南部はバルチスタンの支配下に入った。
• 西バルチスタンは、1879年のガンダマク条約によって、第二次アフガン戦争中にイギリス帝国によって征服された。

1857年のインド大反乱の後、イギリス領インドの支配権は東インド会社から王室に移った。3つの管区軍はそれぞれ独立した部隊として存続し、それぞれに総司令官がいた。全体的な作戦指揮は、形式的には東インド総司令官であったベンガル軍の総司令官が行った。1861年以降、将校団の人員の大部分は3つの管区参謀軍に集約された。第二次アフガン戦争後、王立委員会は管区軍を1つの軍に再編成することを勧告した。その時点で、3つの軍の兵器、補給、輸送、給与部門はすでに統合されていた。1895年、管区軍はイギリス領インド軍に統合され、パンジャブ司令部を含む4つの司令部に分かれた。^{[ 14 ]}

第一次世界大戦中、イギリス領インド軍はエジプト、パレスチナ、メソポタミア、ガリポリ、フランス、ベルギーで戦い、甚大な犠牲者を出した。現代のパキスタン出身のクダダド・カーン、シャハマド・カーン、ミール・ダストなど多くの兵士がフランス（現代のベルギーのフランドル地方を含む）で戦い、ヴィクトリア十字勲章を授与された。

1939 年、イギリス領インド軍の兵力は約 189,000 人でした。イギリス人将校は約 3,000 人、インド人将校は約 1,115 人 でした。第二次世界大戦で戦うために軍は大幅に拡張されました。1945 年までに軍の兵力は約 250 万人に増加し、史上最大の志願兵部隊とみなされています。イギリス人将校は約 34,500 人、インド人将校は約 15,740 人でした。軍はフランス、東アフリカ、北アフリカ、シリア、チュニジア、マラヤ、ビルマ、ギリシャ、シチリア、イタリアでの作戦に参加しました。彼らはロンメルを北アフリカから追い出し、インパールで日本軍を撃退し、北イタリアのゴシックラインを突破し、ドイツへの第三戦線を開くのに貢献しました。イギリス領インド軍は、この戦争で179,935人の死傷者を出した（戦死者24,338人、負傷者64,354人、行方不明者11,762人、捕虜79,481人）。パキスタンの将来の軍将校や指導者の多くが、これらの戦争で戦った。

1947年6月3日、イギリス政府はイギリス領インドをインドとパキスタンの独立自治領に分割する計画を発表した。イギリス領インド軍の分割は1947年6月30日に最終決定され、パキスタンは人口と防衛上の必要量に応じて、全軍の約36%を受け取った。これには6個装甲連隊、8個砲兵連隊、8個歩兵連隊が含まれ、インドは残りの部隊を保持した。^{[ 15 ]}

独立当時、パキスタンは重大な兵站上の課題に直面していた。訓練センター、補給廠、製造施設を含む軍事インフラの大部分はインド国内にあった。多くのパキスタン軍兵士と将校はインドの基地に駐屯しており、分割に伴う大規模な移住と民族間の暴力の中で鉄道で移動しなければならなかった。1947年末までに、新たに編成されたパキスタン軍は、将校2,300人を含む約15万人の人員を擁していたが、これは推定必要人数4,000人に満たなかった。その不足を補うため、数百人のイギリスおよび英連邦の将校が一時的に駐留し、ポーランドとハンガリーからの志願兵も加わった。^{[ 16 ]}

フランク・メッサーヴィー将軍は初代パキスタン陸軍総司令官を務め、1948年にダグラス・グレイシー卿が後任となった。彼らの指揮下で、パキスタンは西パキスタンに4個師団、東パキスタンに1個師団を編成したが、多くの部隊は当初、完全な戦力に満たない状態で運用された。インドとパキスタンはともに、1947年8月15日にそれぞれの軍隊の完全な作戦指揮権を掌握した。インド最後の総司令官であるクロード・オーキンレック元帥は、紛争が発生した場合、英連邦軍は中立を維持することを両自治領に明確にした。^{[ 17 ]}

緑色で網掛けされた地域はパキスタンが実効支配するカシミール地方、オレンジ色で網掛けされた地域はインドが実効支配するカシミール地方、そして北東部は中国の支配下にある地域である。

パキスタン北西辺境州の武装部族民兵は、パキスタン軍の一部部隊の支援を受け、1947年10月にジャンムー・カシミール藩王国に侵攻した。マハラジャ・ハリ・シンが統治するこの藩王国は、イスラム教徒が多数を占めていたが、インドに併合するかパキスタンに併合するかをまだ決定していなかった。侵略と首都の支配権を失う恐れに直面したマハラジャは、インドに軍事支援を要請した。1947年10月26日、彼はインドへの併合協定書に署名し、10月27日にマウントバッテン総督によって承認された。

インド軍はスリナガルに空輸され、侵略軍と激しい戦闘を繰り広げた。この紛争は、国連の仲介による停戦が1949年1月1日に発効するまで続き、停戦ラインが確立され、領土のおよそ3分の1がパキスタンの統治下（現在のアザド・ジャンムー・カシミールとギルギット・バルティスタン）となり、残りがインドの統治下となった。^{[ 18 ]}

米国はインドを反共産主義協定に加入させることに失敗したため、インドとは対照的に軍事的・経済的援助と引き換えにそのような同盟に加入する用意があり、またインドに対する潜在的な同盟国を見つけようとしていたパキスタンに目を向けた。1954年までに、米国はパキスタンがトルコやイランとともにソ連の影響力に対抗するのに理想的な国であると判断した。そのため、パキスタンと米国は相互防衛援助協定に署名し、米国からの援助がパキスタンに流れ込み始めた。これに続いてさらに2つの協定が締結された。1955年、パキスタンは東南アジア条約機構（SEATO）とバグダッド条約（1959年にイラクが脱退した際に中央アジア条約機構（CENTO）と改称）に加盟した。 ^{[ 19 ]}

パキスタンは1954年から1965年の間に10億ドルを超える米国の軍事援助を受けた。この援助により、パキスタンの防衛力は大幅に強化され、軍には新しい装備や武器が導入され、新しい軍事基地が建設され、既存の基地は拡張・近代化され、2つの新しい軍団司令部が編成された。パキスタン外務省に勤務していたシャヒド・M・アミンは、「これらの協定がパキスタンの黎明期に非常に大きな米国の軍事的・経済的援助を確保し、1965年の戦争に見られるようにインドに対抗するパキスタンの力を大幅に強化したことは紛れもない事実である」と記している。^{[ 20 ]}

アメリカとイギリスの顧問がパキスタン軍の人材を訓練し、アメリカはソ連をスパイするためにパキスタン国内に基地を設置することを許可された。この時期、将来のパキスタン大統領や将軍の多くがアメリカやイギリスの軍事アカデミーに進学し、その結果、パキスタン軍は西側諸国、特にイギリスの軍事モデルに沿って発展していった。

1956年に憲法が制定され、パキスタンがイスラム共和国として宣言されたことで自治領としての地位が終焉を迎えた後、1958年に軍が政権を掌握し、10年以上にわたって権力を維持した。この間、パキスタンは多くの中東諸国と緊密な軍事関係を築き、軍事顧問を派遣するなど、21世紀に入ってもその慣習は続いている。

1958年、退役少将で大統領のイスカンデル・ミルザが政権を掌握し、フェロズ・カーン・ヌーン首相の政権を打倒し、1958年10月7日に戒厳令を布告した。 ミルザ大統領は、側近のアユブ・カーン将軍をパキスタン軍の最高司令官に任命した。しかし、カーンはミルザの政策に強い不満を抱き、ミルザを追放した。大統領兼最高司令官となったアユブ・カーンは、自らを5つ星の陸軍元帥に任命し、アメリカ合衆国や西側諸国との関係を築いた。パキスタン、イラン、イラク、トルコを含む正式な同盟が結成され、バグダッド条約（後にCENTOとして知られる）と呼ばれ、中東とペルシャ湾をソ連共産主義者の企みから守ることを目的としていた。

アフガニスタンからパキスタンの国境地帯への武装部族の侵入は、1947年の権力移譲とともに始まり、絶え間ない悩みの種となった。多くのパシュトゥーン系アフガン人は、19世紀の英アフガン国境条約（歴史的にはデュランド線と呼ばれる）を無効とみなし、パキスタンとの国境線を再画定するか、パシュトゥーン民族のための独立国家（パシュトゥニスタン）を建国しようとしていた。パキスタン軍は、国の西側の国境を守るために絶えず派遣されなければならなかった。アフガニスタンとパキスタンの関係は、1955年にカブールのパキスタン大使館が略奪され外交関係が断絶された時と、1961年にパキスタン軍がバジャウル地域でのアフガニスタンの大規模な侵入を撃退しなければならなかった時に、最低点に達した。^{[ 21 ]}

パキスタンはアフガニスタン侵攻に対抗するためにアメリカ製の兵器を使用したが、これらの兵器は共産主義との戦いを口実に売却されたものであり、当時ソ連がアフガニスタンの主要な支援国となっていたため、アメリカはこの事態を快く思わなかった。アメリカの報道機関の一部は、アフガニスタンをソ連陣営に追いやったのはパキスタンだと非難した。

1962年の中印国境紛争でインドが敗北した後、インドは軍の改革と拡張を急速なペースで進めた。1962年12月から1963年2月にかけて、インドとパキスタンの間でカシミール問題に関する一連の会議が開催された。両国は重要な譲歩を行い、長年の紛争の解決が間近に迫っているように見えた。しかし、中印国境紛争後、パキスタンは中国という重要な新たな同盟国を得て、係争地の国境を含む二国間国境協定を中国と締結したため、インドとの関係は再び緊張状態に陥った。

インドへの共産主義勢力の拡大を恐れた米国は、初めてインドに大量の武器を供与した。インド軍の拡大は、ほとんどのパキスタン人にとって中国ではなくパキスタンに向けられたものとみなされた。米国はまた、パキスタンをソ連の拡張主義計画に対する抑止力と見なしていたため、パキスタンに多額の資金と軍事物資を投入した。^{[ 22 ]}

1962年の中印国境紛争後、パキスタンはインド軍が弱体化したと認識し、カシミールにおける領有権主張を推し進める機会と捉えた。^{[ 23 ]} 1965年4月、カッチ湿原で国境衝突が発生し、パキスタン軍とインド軍が小規模な交戦を繰り返した。戦闘は英国の仲介により現状が回復された後に終結し、どちらの側も決定的な勝利を収めることはなかった。^{[ 24 ]}

カッチでの作戦の成果に勇気づけられたパキスタンは、 1965年8月にジブラルタル作戦を開始し、数千人の武装した侵入者を停戦ラインを越えてジャンムー・カシミールに送り込み、インドの支配に対する地元住民の蜂起を扇動した。^{[ 25 ]}地元住民の支持が得られなかったため作戦は失敗に終わり、インドは1965年9月6日に国際国境を越えることで対応し、1965年の印パ戦争が始まった。^{[ 26 ]}

この戦争では、西部戦線沿いで大規模な戦車戦と航空戦が繰り広げられた。両陣営は互いの領土の限られた地域を占領したが、独立した分析によると、インドは全体としてより多くの領土を保持しており、パキスタンの土地約1,800平方キロメートルを占領したのに対し、パキスタンは約550平方キロメートルのインド領土を占領した。^{[ 27 ] [ 28 ]}

国連は即時停戦を呼びかけ、1965年9月23日に発効した。^{[ 29 ]}米国は両国に武器禁輸措置を課したが、パキスタンは米国から供給された軍事装備に依存していたため、より深刻な影響を受けた。^{[ 30 ]}

戦争は、ソ連の仲介により1966年1月にタシュケント協定で終結し、戦前の国境が回復され、両国は紛争の平和的解決へのコミットメントを再確認した。^{[ 31 ]}中立的な歴史家や国際オブザーバーのほとんどは、この紛争を軍事的膠着状態と表現し、双方が勝利を主張している。^{[ 23 ] [ 24 ]}

1965年の印パ戦争後、米国は、インドとパキスタンの両国が、米国が供与した軍事装備を攻撃的な紛争で使用したことに失望した。これは、そのような兵器は防衛のみに使用されるべきであるという米国の政策に反する。^{[ 32 ]}その結果、ジョンソン政権は両国への軍事援助を停止した。1967年7月までに、ワシントンはパキスタンから軍事援助諮問グループを撤退させ、両国間の防衛協力は急激に減少した。^{[ 33 ]}これに対し、パキスタンはペシャワール空軍基地（ CIAが情報収集に使用）のリース契約の更新を拒否し、同基地は1969年に正式に閉鎖された。^{[ 3 ]}

ソ連は同時にインドとの防衛協力関係を強化し、MiG-21戦闘機とT-55戦車を供給したが、米国の禁輸措置の影響を受けたパキスタンは新たなパートナーを模索した。^{[ 34 ]}パキスタンは次第に中華人民共和国に接近し、中国は数百両の59式戦車、MiG-19（J-6）戦闘機、新設歩兵師団用の装備を提供した。^{[ 35 ]}フランスもミラージュIII戦闘機とダフネ級潜水艦を供給し、イタリアと西ドイツからは限定的な購入が行われた。^{[ 36 ]}

これらの新たな兵器供給源により、パキスタンは徐々に軍隊を再建することができたが、米国の支援の喪失とインド・ソ連間の協力関係の拡大により、1960年代後半には戦略的に相対的に弱体化した。^{[ 32 ] [ 34 ]}

パキスタンは、イスラエルとの潜在的な戦争に備え、ヨルダンとシリアの訓練と軍事準備を支援するために、多数の軍事顧問を派遣していた。六日間戦争が始まると、パキスタンはパイロットと航空兵の部隊をエジプト、ヨルダン、シリアに派遣して支援した。パキスタン空軍のパイロットは、ミラージュ、ミステール、ヴォートゥールを含む約10機のイスラエル機を撃墜したが、自軍の航空機は1機も失わなかった。^{[ 37 ]}

ヨルダンとイラクは東パキスタン空軍のサイフ・ウル・アザム中尉に勲章を授与した。イスラエル人もパキスタン空軍のパイロットの活躍を称賛した。当時イスラエル空軍司令官だったアイザー・ワイツマンは自伝の中で、当時パキスタン空軍司令官だったヌール・カーン空軍元帥について次のように書いている。「…彼は恐るべき人物であり、彼がエジプト人ではなくパキスタン人であることを嬉しく思う。」^{[ 38 ]}パキスタンの地上部隊は戦争に参加しなかった。

六日間戦争の終結後、パキスタンの顧問団はヨルダン軍の訓練のためにヨルダンに留まった。1970年、ヨルダンのフセイン国王は、ヨルダンの主権を侵害する一連のテロ行為がパレスチナ解放機構（PLO）によるものとされたことを受け、PLOをヨルダンから武力で排除することを決定した。9月 16日、フセイン国王は戒厳令を布告した。翌日、ヨルダン軍の戦車がアンマンにあるパレスチナ組織の本部を攻撃した。ヨルダンへのパキスタン訓練使節団の責任者であったジアウルハク准将（後のパキスタン大統領）は、ヨルダン軍第2師団の指揮を執り、この危機の間ヨルダンを支援した。^{[ 39 ]}

パキスタンはヨム・キプール戦争中も支援を行い、16人のパキスタン空軍パイロットがエジプトとシリアの空軍に志願した。パキスタン空軍部隊は、マスード・ハティフ中佐と他の5人のパイロット、さらに2人の防空管制官に率いられ、インチャス空軍基地（エジプト）に展開した。この戦争中、シリア政府は、ゴラン高原上空でイスラエルのミラージュを撃墜したサッタル・アルヴィ中尉に勲章を授与した。^{[ 40 ]}その後、パキスタン空軍パイロットはドゥマイール空軍基地でシリア空軍の教官となり、戦争後もパキスタンはシリアとヨルダンに軍事顧問を送り続けた。軍事顧問を除いて、パキスタンの地上部隊はこの戦争には参加しなかった。

1969年、共産主義政権下でソ連の強力な同盟国であった南イエメンは、サウジアラビアのシャルーラ州にあるヴァディヤ山を攻撃し占領した。サウジアラビア空軍の訓練のためハミス・ムシャイト（戦場に最も近い空軍基地）に駐留していた多くのパキスタン空軍将校や陸軍兵士がこの戦闘に積極的に参加し、最終的に敵は撃退された。^{[ 40 ]}

パキスタンで最初の民主的な選挙は1970年に行われ、アワミ連盟（AL）が東パキスタンで大多数の議席を獲得し^{[ 41 ]}、パキスタン人民党（PPP）が西パキスタンで多数派を獲得した。しかし、権力分担に関する協議は失敗に終わり^{[ 42 ]}、ヤヒヤ・カーン大統領は戒厳令を布告した^{[ 43 ]} 。PPP の指導者ズルフィカール・アリ・ブットーはAL政権の承認を拒否し、国民議会に出席する党員の「足を折る」と宣言した。ブットーは、西パキスタンの東パキスタン分離主義への恐怖を利用し、ALの指導者シェイク・ムジブル・ラフマンとの連立政権樹立を要求した。両者はブットーを大統領、ムジブルを首相とする連立政権で合意し、カーンの軍事政権に政治的圧力をかけた。軍の圧力により、カーンは開会セッションを延期し、ムジブルとブットーの逮捕を命じた。

東パキスタンで民衆の不安と反乱に直面し、陸軍と海軍は秩序の確立を試みた。カーンの軍事政権は、パキスタン海軍東部海軍司令官のモハマド・シャリフ少将とパキスタン陸軍東部軍司令官のアミール・アブドラ・カーン・ニアジ中将に 、抵抗勢力から東パキスタンを鎮圧し解放するよう命じた。サーチライト作戦とバリサル作戦中の海軍と陸軍の弾圧と残虐行為、そしてその後の数ヶ月にわたる殺害の継続は、東パキスタン人の間でさらなる憤りを生んだ。インドがムクティ・バヒニを支援し資金提供したことで、バングラデシュとパキスタンの分離主義支持者の間で戦争が勃発した（1971年の印パ戦争）。紛争中、パキスタン軍の連携は効果的ではなく、支援もなかった。陸軍、海軍、海兵隊、空軍は主要な決定について協議を受けず、各部隊は上級司令部に通知することなく独自の作戦を実行した。東パキスタンからの圧力を軽減するため、パキスタン軍は西部戦線に新たな戦線を開いた。2,000人のパキスタン軍が、第23パンジャブ連隊のインド兵120人が守るロンゲワラのインド軍前哨基地を攻撃した。この攻撃は戦車連隊の支援を受けたが、航空支援はなかった。この戦いはインド軍がインド空軍の支援を受けて決定的に勝利し、パキスタンの連携の悪さを示す一例となった。

戦争は、 1971年12月16日にダッカで、インド軍と同盟軍であるムクティ・バヒニを代表するジャグジット・シン・オーロラ中将にパキスタン軍東部方面軍が降伏したことで終結した。降伏文書に基づき、約93,000人のパキスタン軍人および民間人がインドで捕虜となった。^{[ 44 ] [ 45 ]}正式な降伏は1971年の印パ戦争の終結を意味し、パキスタンの敗北とバングラデシュ（旧東パキスタン）の独立につながった。^{[ 46 ]}

戦争の結果、軍事政権は崩壊し、国の支配権はズルフィカール・アリ・ブットーに引き継がれた。ブットーはパキスタン初の戒厳令最高責任者、そして初代パキスタン軍最高司令官となった。1972年1月に権力を掌握したブットーは、ムニール・アフマド・カーンと顧問のアブドゥス・サラムの下で核抑止計画を開始した。 1972年7月、ブットーはインドのインディラ・ガンディーとシムラ協定を締結し、9万3000人の捕虜を解放し、東パキスタンをバングラデシュとして承認した。

国の再編成の一環として、ブットーはパキスタン軍の「最高司令官」の称号を廃止した。また、パキスタン海軍の部隊であったパキスタン海兵隊も解散させた。代わりに、3つの軍種に参謀長が任命され、ブットーはパキスタン軍の参謀長に4つ星将官全員を任命した。バングラデシュ独立戦争での役割で悪名高いティッカ・カーン将軍は初代陸軍参謀長に、モハマド・シャリフ提督は海軍初の4つ星提督として初代海軍参謀長に、ズルフィカール・アリ・カーン空軍大将は空軍初の4つ星将軍として初代空軍参謀長に就任した。軍間の連携が不十分で非効率的であったため、1976年、ブットーは軍間の連携を維持するために統合参謀本部委員会を設置した。4つ星将軍のムハンマド・シャリフ将軍が初代統合参謀本部委員長に就任した。

パキスタンの国防費はブットーの民主時代に200%増加したが、1960年代にはほぼ均衡していたインドとパキスタンの軍事バランスは、決定的にインド有利に拡大していた。ブットー政権下では、教育制度、外交政策、科学政策が急速に変化した。科学への資金は飛躍的に増加し、パキスタン原子力委員会とカフタ研究所では機密プロジェクトが実施された。ブットーはまた、パキスタン陸軍工兵隊のザヒド・アリ・アクバル中将が委託し指揮した機密の軍事科学および工学プロジェクトにも資金を提供した。

米国は1975年に武器禁輸措置を解除し、再びパキスタンにとって主要な軍事装備供給国となったが、その頃にはパキスタンは武器供給国として中国に大きく依存するようになっていた。国防費の大幅な増加は、1971年の戦争の惨敗後、士気が最低レベルにまで落ち込んでいた軍を再び活気づけた。しかし、高額な国防費は、教育、医療、住宅などの他の開発プロジェクトから資金を奪うことになった。

1970年代のバルーチ反乱は、バングラデシュの分離独立以来、パキスタンにとって最も脅威となる内乱だった。パキスタン軍は、当時無法地帯で部族の司法によって支配されていたバルーチスタン州に軍事駐屯地を設置しようとした。バルーチ族はこれを領土権の侵害とみなした。1971年にシェイク・ムジブル・ラフマンが取った立場に勇気づけられたバルーチ族とパシュトゥーン族の民族主義者たちは、 1973年のパキスタン憲法の合意による承認と引き換えに、当時のズルフィカール・アリ・ブット首相に「州の権利」を要求した。しかし、ブット首相は北西辺境州（NWFP）とバルーチスタンをNAP - JUI連合に認めたものの、クエッタのアタウラー・メンガル首相とペシャワールのムフティ・マフムード首相が率いる州政府との交渉を拒否した。緊張が高まり、武装抵抗が始まった。

政治的不安定さを察知したブットーの中央政府は、6ヶ月以内に2つの州政府を解散させ、2人の州首相、2人の知事、44人の国会議員と州議会議員を逮捕し、最高裁判所からNAP（国民行動党）を禁止する命令を得て、彼ら全員を国家反逆罪で起訴し、特別に選任された裁判官で構成されるハイデラバード裁判所で裁判にかけることにした。

やがて、バルーチ民族主義者の反乱が勃発し、軍が州に巻き込まれ、バルーチ部族の中産階級とイスラマバードが対立することになった。反乱軍と軍との散発的な戦闘は1973年に始まり、最大の衝突は1974年9月に起こり、約1万5000人のバルーチ人がパキスタン陸軍、海軍、空軍と戦った。イラクとソ連がバルーチスタン抵抗運動のために送った弾薬がイラク大使館で回収された後、海軍情報部は調査を開始し、武器がバルーチスタンの沿岸地域から密輸されたと指摘した。海軍は直ちに行動を起こし、紛争に介入した。南部海軍司令部司令官のパトリック・シンプソン中将は、海上封鎖の下で一連の作戦を開始した。

イラン軍は、イラン国内でバルーチ族の抵抗運動が拡大することを恐れ、パキスタン軍の反乱鎮圧を支援した。^{[ 47 ]} 3日間の戦闘の後、バルーチ族は弾薬が尽き、1976年までに撤退した。この戦闘で軍は25人の死者と約300人の負傷者を出したが、反乱軍は1977年までに5000人の死者を出した。

大規模な戦闘は終結したものの、イデオロギーの分裂により分派グループが形成され、着実に勢力を拡大していった。1977年に陸軍参謀総長ジアウルハク将軍によってブットー政権が打倒されたにもかかわらず、分離独立の要求や広範な市民的不服従運動は続いた。その後、軍事政権はラヒムディン・カーン将軍をバルチスタン州の戒厳令執行官に任命した。権威主義で悪名高いラヒムディン将軍率いる州軍事政権は、中央政府とは独立した別個の組織、軍事政権として活動を始めた。

これにより、ラヒムディン・カーンは中央政府に責任を負うことなく、絶対的な戒厳令執行者として行動することができた。ジア・ウル・ハクとラヒムディン・カーンは共に、武器を放棄する意思のある者に対するバルチスタン全域での恩赦宣言を支持した。ラヒムディンはその後、ナワブ・アクバル・カーン・ブグティやアタウラー・メンガルといった封建的指導者を意図的に州の政策から排除した。彼はまた、すべての市民的不服従運動を鎮圧し、結果として州内に前例のない社会安定をもたらした。戒厳令のため、彼の統治期間（1977年～1984年）はバルチスタンの歴史上最長となった。

その後、同州では緊張が再燃し、パキスタン軍がバルチスタン解放軍として知られる反乱勢力に対する攻撃に関与した。2005年にも反乱未遂事件が発生した。^{[ 48 ]}

1977年の選挙中、広範な選挙不正の噂が広まり、ズルフィカール・アリ・ブットー率いる文民政権は1977年7月の無血クーデターで打倒された（ 「フェアプレイ作戦」参照）。新政権を握ったのは陸軍参謀総長のジア・ウル・ハク将軍で、1978年に戒厳令最高責任者となった。ジア・ウル・ハクは、ブットーが17人の上級将官を強制的に退役させた後に任命された。ジアはブットーの事件の主任裁判官にムシュタク・フセインを任命した。ムシュタク・フセインは公然とブットーを憎んでおり、1965年のブットーの外務大臣解任で物議を醸す役割を果たしていた。裁判官として、フセインはブットーと彼の故郷を侮辱し、上訴を一切認めなかった。ジアの指示とフセインの命令により、ブットーは1979年に最高裁判所が政敵の殺害を許可した罪で高等裁判所の死刑判決を支持した後、処刑された。 ^{[ 49 ]}ジアの軍事独裁政権（1978年に最高裁判所によって必要性の原則に基づいて合法と宣言された）の下で、以下の取り組みが行われた。

• 1978年までに厳格なイスラム法が国の法制度に導入され、それが今日の宗派主義や宗教的原理主義の一因となり、若者の間に宗教的な使命感を植え付けることになった。
• パキスタンはソ連・アフガニスタン戦争において、アフガニスタンの共産主義者に対して代理戦争を戦い、ソ連軍のアフガニスタンからの最終的な撤退に大きく貢献した。
• バルチスタン州における分離独立運動は、同州の独裁的な支配者であるラヒムディン・カーン将軍によって鎮圧され、彼は前例のない7年間、戒厳令下で統治を行った。
• 前政権の社会主義経済政策（積極的な国有化を含む）は徐々に転換され、パキスタンの国民総生産は大幅に上昇した。

ジアは1985年に戒厳令を解除し、無党派選挙を実施して、ムハンマド・カーン・ジュネジョをパキスタンの首相に指名した。ジュネジョはジアを1990年まで陸軍参謀総長に再任した。しかし、ジュネジョは政治的・行政的な独立性を高めるにつれて、ジアとの関係が徐々に悪化していった。例えば、国務大臣に、ジア大統領が嫌っていたジュネーブ協定に署名するよう求めたことなどが挙げられる。オジリの弾薬庫で大規模な爆発が発生した後、ジュネジョは甚大な被害をもたらした責任者を裁くと誓い、統合情報局（ISI）長官のアフタル・アブドゥル・ラフマンを何度も告発した。

ジア大統領は1988年5月、複数の容疑でジュネジョ政権を解任した。そして11月に選挙を実施すると宣言した。ジア・ウル・ハクは1988年8月17日、飛行機事故で死亡したが、後に正体不明の犯人による高度な破壊工作であったことが判明した。

ジア政権下では、1977年から1988年にかけて国防費は年平均9%増加したが、開発費は年平均3%の増加にとどまり、1987年から1988年には国防費が開発費を上回った。1980年代全体では、国防費はGDPの平均6.5%に達した。これは、巨額の財政赤字と公的債務の急速な増加に大きく寄与した。^{[ 50 ]}

ブットーがパキスタンの支配権を握って間もなく、彼は核兵器開発に着手した。^{[ 51 ]}  1972年1月20日、アブドゥス・サラムはズルフィカール・アリ・ブットーの要請を受けて、ムルタン市でブットーと学術科学者や技術者の秘密会議を手配し、運営した。そこでブットーは核兵器に関する科学研究を指揮、管理、主導し、公式の核兵器開発計画を発表した。1972年、パキスタンの主要情報機関であるISIは、インドが核計画の下で原子爆弾の開発に近づいていることを密かに知った。^{[ 51 ]}部分的にはこれに対応して、当時のブットー首相の下で国防費と科学への資金が200%増加した。^{[ 51 ]}初期の頃は、ノーベル賞受賞者のアブドゥス・サラムが首相の科学顧問として核兵器計画を率いていた。^{[ 52 ]}彼はまた、数百人のパキスタンの科学者、技術者、数学者を核兵器開発計画に採用した功績も認められている。彼は後に、核兵器の設計を開発したパキスタン原子力委員会（PAEC）の特殊兵器部門である理論物理グループ（TPG）を設立し、その責任者となった。^{[ 53 ]}

その期間を通じて、軍事核能力を開発するための基盤が築かれました。これには、核燃料サイクルと核兵器の設計、開発、試験プログラムが含まれます。燃料サイクルプログラムには、ウランの探査、採掘、精製、転換、六フッ化ウラン（UF ₆）の生産、濃縮、燃料製造、再処理施設が含まれます。これらの施設は、ムニール・アフマド・カーンによってPAECに設立されました。彼は、1972年1月20日にムルタンで開催された上級科学者および技術者会議でPAEC議長に任命されました。それ以前は、ムニール・アフマド・カーンはIAEAの原子力発電および原子炉部門のディレクターを務めていました。ロンドンの国際戦略研究所（IISS）が最近発表したパキスタンの核開発の歴史に関する資料では、彼はパキスタンの原子力プロジェクトの「技術的父」として評価されており、ズルフィカール・アリ・ブットーはパキスタンの核開発プログラムの父とされています。^{[ 54 ]}

戒厳令長官（後に大統領）兼陸軍参謀総長のジアウル・ハク将軍が権力を握った後（フェアプレイ作戦を参照）、ウラン濃縮と核開発計画の強化に向けたさらなる進展が見られた。1983年3月11日、ムニール・アフマド・カーン 率いるパキスタン原子力委員会（PAEC）は、キラナ丘陵付近で「キラナI」というコードネームで、稼働中の核兵器の初の低温実験に成功した。この実験はCERNの物理学者イシュファク・アフマドが主導し、パキスタン軍とPAECに所属する他の上級科学者が立ち会った。さらに事態を悪化させたのは、ソ連がアフガニスタンから撤退し、米国にとってパキスタンの戦略的重要性が失われたことだった。パキスタンの核兵器開発の全容が明らかになると、米国をはじめとする複数の国がパキスタンに経済制裁（プレスラー修正条項を参照）を課した。ブットー政権とジア政権の両方で開発されてきた核開発計画は、1980年代後半までに完全に成熟した。冶金技師のアブドゥル・カディール・カーンは、両政権下でウラン濃縮計画に大きく貢献した。AQカーンは、ドバイを経由して行政的な拡散ネットワークを構築し、URENCOの核技術をカーン研究所に密輸した。^{[ 55 ]}その後、彼はURENCOのジッペ型遠心分離機を基にしたパキスタンのガス遠心分離機計画を確立した。^{[ 56 ] [ 57 ] [ 58 ] [ 59 ] [ 60 ]}カーンは、1974年にPAECによって最初に開始されたパキスタンのHEUベースのガス遠心分離機ウラン濃縮計画の創始者と考えられている。 ^{[ 54 ] [ 61 ]}

PAEC は、ウラン濃縮用の六フッ化ウランガス原料を生産することで、ウラン濃縮計画の成功と発展にも貢献しました。PAEC はまた、核燃料サイクルの濃縮前と濃縮後のすべての段階を担当しました。1986 年までに、PAEC 議長のムニール・アフマド・カーンは、クシャブ原子炉複合施設 として知られる、クシャブにある 50 MW のプルトニウムおよびトリチウム生産原子炉の建設に着手し、1998 年までに稼働を開始しました。1998 年にインドがポクラン地域で5 回の地下核実験 (コードネームポカラン II )に成功した後、パキスタンは国際社会の反感を買う中、5 月 28 日にチャガイ丘陵のラス コー地域で(コードネームチャガイ I )、5 月 30 日にカラン地域で(コードネームチャガイ II ) 6 回の地下核実験を成功させ、パキスタンの核能力を証明しました。これらの実験は、物理学者のサマル・ムバラクマンド氏と、パキスタン原子力委員会（PAEC）およびケニア研究所（KRL）の他の上級研究者によって監督および観察された。  

米国のプレスラー上院議員は、パキスタンが核兵器を開発するための経済援助と軍事援助をすべて禁輸するプレスラー修正案を提出した。^{[ 62 ]}これはパキスタンで米国に対する非常に否定的な評判を招いた。パキスタンの多くの人々、特にパキスタン軍は、アフガニスタンでソ連の阻止に多大なリスクを負った後、見捨てられたと信じていたからである。^{[ 63 ]}パキスタンは非常に多くのアフガニスタン難民を受け入れており、アフガニスタンからの麻薬がパキスタンに流入し、ヘロインの使用が広範囲にわたる問題になりつつあった。

禁輸措置は5年間続き、1995年にブラウン修正条項により、1990年10月以前に契約されていた3億6800万ドル相当の米国軍用装備品の1回限りの納入が承認された 。しかし、パキスタンが既に支払いを済ませていた6億5800万ドル相当のF-16戦闘機28機は 納入されなかった。米国やNATOの兵器を購入できなかったパキスタンは、国内兵器産業の発展に努め、アル・ハリド戦車やJF-17戦闘機の開発など、いくつかの成功を収めた。

隣国アフガニスタンがソ連に占領されていた間、米国とパキスタンの同盟関係は大幅に強化された。米国は、ソ連と戦っていたムジャヒディンに武器を送るための拠点としてパキスタンを必要としていたからである。インドとソ連占領下のアフガニスタンからの二正面攻撃というパキスタンへの脅威を懸念した米国は、1981年に15億ドルを超える軍事援助パッケージを提供した。これには、 F-16 戦闘機40機、M-48戦車100両、約200門の火砲、TOW対戦車ミサイル1,000発以上が含まれており、パキスタンの防衛能力を大幅に向上させた。戦争中、パキスタンはアフガニスタン/ソ連のパイロットによる度重なる領空侵犯を受け、長年にわたってこれらの航空機8機を撃墜したと主張し、自軍のF-16戦闘機1機を失った。^{[ 37 ]}

パキスタン軍は、アメリカの支援を受け、サウジアラビアの資金援助を受けて、ムジャヒディンの訓練キャンプの設置と武装支援を開始した。アメリカのジミー・カーター大統領は、ソ連の侵略がペルシャ湾地域にとって潜在的な脅威であるという見解を受け入れていた。モスクワが突如南下した際の最終目標が不明確であったため、アメリカの独立パキスタンへの関与はますます重要になった。

パキスタンのISIと特殊部隊グループ（SSG）は、ソ連との紛争に積極的に関与した。SSGは、ソ連・アフガニスタン戦争中にアフガニスタンのムジャヒディンに扮したSSG隊員からなる「ブラック・ストークス」と呼ばれる部隊を創設した。彼らはその後アフガニスタンに空輸され、ムジャヒディンを支援した。 1980年にロナルド・レーガンが大統領に選出された後、パキスタンを経由したムジャヒディンへの米国の援助は大幅に増加した。これに対し、アフガニスタンのモハマド・ナジブラ大統領率いるKHADは、（ミトロヒン文書やその他の情報源によると）パキスタンに対して多数のテロ作戦を実行した。パキスタンはアフガニスタンからの武器や麻薬の流入にも苦しんでいた。パキスタンは、国を追われた300万人のアフガニスタン難民（主にパシュトゥーン人）を受け入れた。難民は当時戒厳令を敷いていたラヒムディン・カーン将軍の支配下にあったパキスタン最大の州、バルチスタン州内で管理されていたが、世界最大の難民人口と考えられている^{[ 64 ]}、他のいくつかの地域への多数の難民の流入はパキスタンに永続的な影響を与えた。 

1982年6月のイスラエルによるレバノン侵攻でイスラエル軍が鹵獲したPLOとレバノンの武器はソ連製であり、その後パキスタン経由でアフガニスタンに密かに移送された。その後、アメリカがムジャヒディンを支援していることが明らかになると、スティンガーミサイルをはじめとするアメリカのハイテク兵器がパキスタン経由でアフガニスタンに移送された。しかし、これらの兵器の一部はISIによってリバースエンジニアリング目的で横流しされた可能性もある。新たなハイテク兵器の到来は、ソ連に対する強固な抵抗運動を組織する上で非常に役立った。多くの正規軍兵士が抵抗運動とともにアフガニスタンで戦い、1989年のソ連軍のアフガニスタンからの撤退に貢献した。

イラクがクウェートを占領した際、サウジアラビア政府はパキスタンと協定を結び、防衛支援のために数個旅団をクウェートに派遣した。これらの旅団は国防省の指揮下に置かれ、タブークとハミス・ムシャイトに配備された。^{[ 65 ]}

ソ連軍撤退後、パキスタンは1947年以来初めて、二正面からの脅威を懸念する必要がなくなった。さらに、中央アジアに5つの独立したイスラム共和国が出現したことで、これらの共和国が同盟国となり、パキスタンに欠けていた政治的支援と戦略的深みをもたらしてくれるのではないかという期待が高まった。アフガニスタンが混乱状態にある限り、パキスタンはこれらの新共和国と直接的な関係を築くことはできなかった。

カブールの共産主義政権とムジャヒディン軍との戦闘は、アフマド・シャー・マスード率いるムジャヒディン軍がソ連の支援を受けたモハマド・ナジブラ政権を打倒した1992年まで続いた。1993年までに、権力を争っていた対立派閥はブルハヌディン・ラバニを大統領とする政権樹立で合意したが、内紛は続いた。無法状態が蔓延し、パキスタンと新たに独立した中央アジア諸国との貿易の大きな障害となった。パキスタンは、タリバンのほとんどがパシュトゥーン人で、1980年代にISIとCIAによって訓練されており、パキスタンが信頼できることから、貿易輸送隊の警備をタリバンに任せた。^{[ 66 ]}パキスタンの支援を受けて、タリバンはアフガニスタンで最も強力な派閥の1つとして台頭した。パキスタンはその後、アフガニスタン国内の内紛を終結させることを決定し、西側国境の安定とカブールにおける親パキスタン政権の樹立を目指し、タリバンによるアフガニスタン制圧を支援した。

パキスタンはタリバンのために資金を募り、タリバンの作戦に資金を提供し、タリバンの事実上の海外特使として外交支援を行い、タリバン戦闘員の訓練を手配し、タリバン軍に仕える熟練および非熟練の人員を募集し、攻勢を計画および指揮し、弾薬と燃料の輸送を提供および促進し、何度かパキスタンの上級軍および情報将校が主要な軍事作戦の計画と実行を支援した。^{[ 67 ]} 1996年9月までに 、ムッラー・ムハンマド・オマルの指導の下、タリバンはカブールを制圧した。しかし、アフガニスタンの安定により、ウサマ・ビン・ラディンとザワヒリがアフガニスタンにやって来て、タリバンはイスラム法の非常に厳格な解釈を実施することになった。タリバンはアフガニスタンの領土をさらに占領し続け、2001年までに国土の90%を支配した。^{[ 66 ]}

1971年の印パ戦争後、ヒマラヤ山脈のカラコルム山脈東部に位置する未画定のシアチェン氷河をめぐり、1984年にインドとパキスタンの緊張が再燃した。^{[ 68 ]}この氷河とその周辺地域は、1949年のカラチ協定や1972年のシムラ協定では画定されておらず、両国が境界線を異なるように解釈する余地を残していた。^{[ 69 ]}

1984年4月、インドはメグドゥート作戦を開始し、サルトロ尾根沿いの要衝を先制的に占領し、パキスタンが占領する前にシアチェン氷河の大部分を支配下に置いた。^{[ 70 ]}それ以来、氷河はインドの管理下に置かれ、パキスタン軍は氷河の西側に陣地を維持している。両国は極めて高い場所に恒久的な軍事拠点を維持しており、シアチェンは世界で最も標高の高い戦場となっている。^{[ 71 ]}

パキスタンは1987年と1989年にインド軍の陣地を奪取しようと限定的な試みを行ったが、いずれも撃退された。^{[ 70 ]}両軍の事実上の境界線は、インド軍とパキスタン軍の陣地を隔てるサルトロ尾根に沿って南北に走る実効地上陣地線（AGPL）として知られている。 ^{[ 72 ]}

パキスタン軍がシアチェン氷河付近で領土を獲得しようとした以前の試みが失敗に終わった後、1980年代後半にパキスタン軍は、スリナガル・レー高速道路を見下ろす戦略的な高地を占領することで、シアチェンへのインドの補給路を遮断するという新たな計画を策定した。^{[ 73 ]}北部方面軍の将校らが提案したこの計画は、全面戦争に発展する恐れがあるとして延期された。^{[ 74 ]}

1998年から1999年の冬、両国が核実験を行った後、後にカルギル戦争として知られることになる作戦が再開された。パキスタンの計画担当者は、核実験によってインドによる大規模な報復を抑止できると考えていた。 ^{[ 75 ]}北部軽歩兵連隊の部隊、特殊部隊グループ（SSG）の一部、および非正規戦闘員がジャンムー・カシミールのカルギル地区の管理ライン（LoC）を越え、冬の間空いていた高地の陣地を占拠した。^{[ 76 ]}

1999 年 5 月、インドのパトロール隊が侵入を発見し、尾根沿いで激しい戦闘が始まった。インドはヴィジャイ作戦を開始し、侵入者を排除するために約 3 万人の兵士を派遣した。^{[ 77 ]}パキスタン軍は当初戦術的に優勢だったものの、インド軍はサフェド・サガル作戦の下、インド空軍の支援を受けた激しい山岳戦により、1999 年 7 月下旬までに占領されていた山頂の大部分を徐々に奪還した。^{[ 78 ]}

国際社会からの圧力の高まりと米国の外交的介入に直面し、ナワズ・シャリフ首相は1999年7月4日にワシントンDCでビル・クリントン米大統領と会談し、その後パキスタンは停戦ラインのインド側から残りの部隊を撤退させることに同意した。^{[ 79 ]}

1999年7月26日までに、インド軍はパキスタン軍が最初に占領していた陣地の大部分を奪還した。この紛争により、パキスタン側で推定450人、インド側で推定527人が死亡した。^{[ 80 ]}戦争は、パキスタン軍が管理ラインを越えて撤退し、インドが勝利を宣言したことで終結した。^{[ 81 ]}

参照：1999年のパキスタンクーデター

パキスタンでは、ナワズ・シャリフ首相がアメリカの圧力でカルギルから撤退したことを非難する人が多かった。1998年の核実験に対する制裁による財政赤字の拡大と債務返済が、財政危機を引き起こしていた。カルギルからの撤退理由を問われたシャリフ首相は、パキスタンには3日分の燃料と弾薬しかなく、核ミサイルもその時は準備できていなかったと述べた。この発言は、軍の教義では少なくとも45日分の燃料と弾薬を保有し、核ミサイルを準備しておくことが求められていたため、多くのパキスタン国民からシャリフ首相を裏切り者と非難されることになった。

軍が政権を掌握する恐れがあるとして、シャリフ首相は自らが任命した統合参謀本部議長ペルベズ・ムシャラフ将軍を解任し、ISI長官のジアウディン・バット中将を陸軍参謀総長に据えようとした。国外にいたムシャラフは民間航空機でパキスタンに帰国しようとしたが、軍の上級将軍らはムシャラフの解任を認めなかった。シャリフ首相はカラチ空港に航空機の着陸を阻止するよう命じ、航空機はカラチ上空を旋回した。将軍らはクーデターを起こし、シャリフ政権を打倒して空港を占拠した。飛行機は燃料がわずか数分しか残っていない状態で着陸し、ムシャラフが政権を掌握した。シャリフ首相は自宅軟禁下に置かれ、後に国外追放された。

クーデターは世界の指導者のほとんどから非難されたが、パキスタン国民からは概ね支持された。^{[ 82 ]}ムシャラフの新軍事政権は、米国、サウジアラビア、英国で激しく批判された。ビル・クリントン米大統領が南アジアへの歴史的な訪問を行った際、パキスタンに数時間だけ急遽立ち寄ったが、インドへの訪問と国内ツアーには5日以上を費やした。^{[ 83 ]}パキスタンは英連邦からも資格停止処分を受け、ムシャラフは政治から腐敗を一掃し、経済を安定させることを誓った。

2008年8月 18日、ムシャラフは連立政権からの弾劾圧力により大統領を辞任した。 2008年9月6日、アシフ・アリ・ザルダリが後任となり、1956年以来パキスタンの第11代大統領に正式に選出された。^{[ 84 ] [ 85 ] [ 86 ]}

2001年12月13日にインド議会が過激派の攻撃を 受け、実行犯5人​​を含む14人が死亡した。この攻撃は、インド国内の平和を乱していたインドのテロリストによって実行されたという主張がある^{[ 87 ]。}これにより、インドとパキスタン の間で軍事的対立が生じ、両国は国際国境（IB）の両側とカシミールの管理ライン（LoC）沿いに軍隊を集結させた。西側メディアでは、この対立の報道は両国間の核戦争の可能性と、潜在的な紛争が米国主導のテロとの戦いに及ぼす影響に焦点を当てていた。国際的な外交仲介により緊張は緩和され、2002年10月にはインド^{[ 88 ]}とパキスタン^{[ 89 ]}の軍隊が国際国境から撤退した。

パキスタンとスリランカは強い関係を築いており、1971年の印パ戦争前にインドがパキスタンの領空通過許可を拒否した際、コロンボは給油地点として利用された。 ^{[ 90 ]}パキスタンは、タミル・イーラム解放の虎（LTTE ）に対する過去の攻勢の際に、スリランカに軍事顧問、弾薬、その他の装備を送ってきた。スリランカの多くの将校はパキスタンで訓練を受けており、その中にはスリランカ大統領ゴタバヤ・ラジャパクサも含まれる。2000年、作戦名「絶え間ない波」と呼ばれるLTTEの攻勢が北部のスリランカ軍陣地を制圧し、エレファント・パス基地を占領してジャフナに侵入し、ジャフナに駐留する数千人のスリランカ軍兵士をLTTEが蹂躙する恐れがあったとき、パキスタンは多連装ロケットランチャーシステムやその他の兵器を供給し、攻勢を阻止した。^{[ 91 ]}

パキスタンは、アル・ハリド主力戦車22両、迫撃砲弾25万発、手榴弾15万個などのハイテク軍事装備を供給し、スリランカに軍将校を派遣することで、 2009年5月のタミル・タイガースの最終的な敗北に重要な役割を果たした。 ^{[ 92 ]}

パキスタン空軍のパイロットは、2008年にLTTE部隊に対する爆撃作戦も主導した。^{[ 93 ] [ 94 ] [ 95 ]}

米国で9月11日の同時多発テロが発生した後、パキスタンは米国主導の対テロ戦争に加わり、タリバンとの関係を断ち切り、アフガニスタンから逃亡するタリバンやアルカイダの戦闘員を捕獲または殺害するために、パキスタン西部の国境沿いに7万2000人以上の兵士を直ちに配備することで、米軍を支援した。

パキスタンは当初、部族地域の軍事基地や要塞に部隊を駐屯させていたが、2004年5月にパキスタン国内で発生した複数の注目度の高いテロ攻撃とペルベズ・ムシャラフ大統領に対する暗殺未遂事件を受けて、ムシャラフ大統領は第12軍団と第11軍団を連邦直轄部族地域（FATA）に駐屯させ、パキスタンの山岳地帯ワジリスタン（FATA内）にいるアルカイダのメンバーに対して武力行使を行うよう命じた。これが地元部族民による武装抵抗へとエスカレートした。2004年3月、南ワジリスタンでワナの戦い が始まった。アルカイダのナンバー2であるアイマン・アル・ザワヒリがこれらの戦闘員の中にいたと報じられた。パキスタンはこれに対し、ノエル・イスラエル少将率いる第10山岳師団を派遣した。1週間の戦闘の後、軍は数百人の戦闘員を捕虜にし、大きな損害を被った。しかし、軍はアル・ザワヒリを捕らえることができなかった。彼は逃亡したか、あるいは戦闘員の中にいなかったかのどちらかだった。

パキスタン軍とアルカイダやその他の武装勢力、地元の反乱軍やタリバン支持勢力との間で衝突が勃発した。パキスタンの行動はテロとの戦いの一環として提示され、アフガニスタンでの戦争やタリバンの反乱と関連していた。^{[ 96 ] [ 97 ]}しかし、この攻撃は調整が不十分で、パキスタン軍は大きな損害を被り、攻撃に対する国民の支持はすぐに消え去った。

2004年から2006年までの2年間の紛争の後、パキスタン軍はワジリスタン協定として知られる停戦協定を同地域のタリバン支持部族と締結し、アルカイダメンバーの掃討、同地域のタリバン化の阻止、アフガニスタンとパキスタンでの攻撃停止を約束した。しかし、武装勢力は協定を守らず、2年間の紛争で失った戦力を再び結集し、勢力を回復し始めた。

イスラマバードのラル・マスジドのイスラム原理主義者の学生たちは、 FATAでの部族民の成功に勇気づけられ、刺激を受けて独自の私兵組織を結成し、パキスタンの首都イスラマバード内で自分たちのシャリーア解釈を押し付けようとした。6か月の膠着状態の後、パキスタン軍がラル・マスジド民兵を鎮圧するために武力を行使することを決定した2007年7月に再び戦闘が勃発した。 ^{[ 98 ] [ 99 ] [ 100 ]}作戦が終了すると、連邦直轄部族地域を拠点とする武装勢力の連合体である新たに結成されたパキスタン・タリバンは報復を誓い、2007年を通してパキスタン北西部とパキスタンの主要都市全体で攻撃と自爆テロの波が勃発した。^{[ 101 ]} 

その後、武装勢力は活動拠点を拡大し、隣接するスワート渓谷に進出し、非常に厳しいシャリア法を施行した。軍は2007年にスワート渓谷奪還作戦を開始したが、山中に逃げ込んだ武装勢力を一掃することはできなかった。武装勢力は軍の撤退を待ち、再び渓谷を占拠しようとしていた。その後、武装勢力はパキスタン国内で新たなテロ攻撃を開始した。

パキスタン政府と軍は2008年、スワート渓谷の武装勢力と再び和平交渉を試みた。しかし、これは武装勢力への譲歩だと西側諸国から激しく批判された。当初、シャリア法が施行されれば武器を放棄すると約束していたパキスタンのタリバンは、スワート渓谷を足がかりに近隣地域への攻撃を仕掛け、イスラマバードから60キロメートル（37マイル）の地点まで迫った。 

スワート渓谷でパキスタンのタリバンが少女を鞭打つ映像が公開されると、世論はパキスタンのタリバンに決定的に反対に転じた。これにより、軍は2009年4月にスワート渓谷を占拠していたタリバンに対する決定的な攻撃を開始せざるを得なくなった。^{[ 102 ]}激しい戦闘の後、スワート渓谷は2009年7月までにほぼ平定された が、タリバンの活動は散発的に続いた。

パキスタン軍の攻勢の次の段階は、難攻不落のワジリスタン地域だった。8月、米国のドローン攻撃により、パキスタン・タリバンの指導者バイトゥラ・メスードが標的殺害された。9月いっぱい、パキスタン・タリバン内部で権力闘争が繰り広げられたが、10月には新たな指導者ハキムラ・メスードが台頭した。彼の指導の下、パキスタン・タリバンはパキスタン全土で新たなテロ攻撃の波を起こし、数百人を殺害した。

パキスタン軍は、パキスタン・タリバンの拠点に対する決定的な攻勢を開始するため、3万人以上の兵士と500人の特殊部隊を集結させていた。数週間にわたり空爆、砲撃、迫撃砲攻撃で標的を弱体化させた後、軍は南ワジリスタンへの三方面攻撃を開始した。戦争はパキスタンの決定的な勝利で終結した。

紛争が始まって以来、パキスタンはアフガニスタンで死亡した米軍兵士の数の3倍以上の兵士を失っている。しかし、2009年時点で、パキスタン軍によって殺害された武装勢力の死者数は7,000人に達したことが確認されている。^{[ 103 ]}