エピジェネティック機構 エピジェネティクスは、 DNA 配列を変化させることなく起こる遺伝子発現 の変化を研究する学問である。[ 1 ] エピジェネティクス のギリシャ語の接頭辞epi- （ἐπι-「上、外側、周囲」）は、従来のDNA配列に基づく遺伝メカニズムの「上」または「追加」の特徴を意味する。[ 2 ] [ 3 ]
この用語は、これらの変化の背後にあるメカニズムも指します。それは、ヌクレオチド配列 の変異を伴わない、 ゲノム に対する機能的に関連する変化です。このような変化を生み出すメカニズムの例としては、 DNAメチル化 とヒストン修飾が あり、それぞれが、基となるDNA 配列を変更することなく、遺伝子の発現方法を変化させます。[ 4 ] [ 5 ] サイレンサー 領域に結合する抑制タンパク質 の作用によって制御されることがあります。これらのエピジェネティックな変化は、細胞の寿命の間、細胞分裂 を通して持続する可能性があり、生物の基となるDNA配列の変化を伴わない場合でも、複数世代にわたって持続する可能性もあります。[ 6 ] [ 7 ]
真核生物の 生物学におけるエピジェネティックな変化の一例は、細胞分化 の過程である。形態形成 の過程で、全能性 幹細胞は 胚 の様々な多能性 細胞系列 となり、それがさらに完全に分化した細胞となる。言い換えれば、単一の受精卵細胞 （接合子）が 分裂 を続けるにつれて、生じた娘細胞は、一部の遺伝子の発現を活性化し、他の遺伝子の発現を抑制することによって、神経細胞、筋細胞、上皮、血管内皮など、生物の様々な 細胞型 へと 発達する 。 [ 8 ]
定義 エピジェネシスという 用語は、「余分な成長」という一般的な意味を持ち、17 世紀以来英語で使われてきました。[ 9 ] 科学出版物では、エピジェネティクス という用語は1930 年代に登場し始めました (右の図を参照)。しかし、その現代的な意味は 1990 年代になって初めて現れました。[ 10 ]
公開年別の「エピジェネティクス*」という用語を含む特許ファミリーおよび非特許文献の数 エピジェネティック形質 の概念は、「DNA配列の変化を伴わずに染色体の変化から生じる安定的に遺伝する表現型」として定義され、2008年にコールド・スプリング・ハーバー会議で策定された [ 11 ] [ 12 ] 。
コンテンポラリー 1990年、ロビン・ホリデーは エピジェネティクスを「複雑な生物の発生過程における遺伝子活性の時間的および空間的制御のメカニズムの研究」と定義した。[ 20 ]
生物学におけるこの言葉の最近の用法は、より厳密な定義に従っている。アーサー・リッグスらが定義したように、それは「DNA配列の変化では説明できない、 有糸分裂 および/または減数分裂 によって遺伝する遺伝子機能の変化の研究」である。 [ 21 ]
しかし、この用語は、ヒストン修飾の一部など、遺伝性が証明されていないプロセスを説明するためにも使用されてきました。そのため、遺伝性を 要求する制約を回避するために、「エピジェネティクス」をより広い意味で再定義しようとする試みがあります。たとえば、エイドリアン・バードは 、エピジェネティクスを「変化した活動状態を記録、シグナル伝達、または永続させるための染色体領域の構造的適応」と定義しました。[ 6 ] この定義には、 DNA修復 や細胞周期 段階に関連する一時的な修飾や、複数の細胞世代にわたって維持される安定した変化が含まれますが、染色体機能に影響を与えない限り、膜構造の鋳型形成やプリオン などの他のものは除外されます。しかし、このような再定義は普遍的に受け入れられているわけではなく、依然として議論の対象となっています。[ 22 ] 細胞 または 個体の子孫において）と、必ずしも遺伝可能ではない細胞の転写能力の安定した長期的な変化の両方を指します。」[ 23 ] 2008年にコールド・スプリング・ハーバー 会議で、「DNA配列の変化を伴わない染色体の変化から生じる、安定的に遺伝可能な表現型」というエピジェネティック形質の合意定義がなされました。[ 11 ]
この言葉が「遺伝学」と似ていることから、多くの類似した用法が生まれています。「エピゲノム」は「 ゲノム 」という言葉と類似しており、細胞の全体的なエピジェネティック状態を指し、エピゲノミクスは ゲノム全体にわたるエピジェネティック変化のグローバルな解析を指します。[ 12 ] 「遺伝暗号 」というフレーズも適応しており、「エピジェネティックコード 」は、同じ基礎となるDNA配列から異なる細胞で異なる表現型を生み出す一連のエピジェネティック特徴を説明するために使用されています。極端な場合、「エピジェネティックコード」は細胞の全体的な状態を表すことができ、各分子の位置は、特定のゲノム領域の遺伝子発現、DNAメチル化、およびヒストン修飾状態を図式的に表したエピゲノムマップで説明されます。より一般的には、この用語は、 ヒストンコード やDNAメチル化 パターンなどの特定の関連するエピジェネティック情報を体系的に測定する取り組みに関連して使用されます。
メカニズム DNA（例えばシトシンメチル化やヒドロキシメチル化）またはヒストンタンパク質（例えばリジンアセチル化、リジンおよびアルギニンメチル化、セリンおよびトレオニンリン酸化、リジンユビキチン化およびSUMO化）の共有結合 修飾は、多くの種類のエピジェネティック遺伝において中心的な役割を果たします。そのため、「エピジェネティクス」という言葉は、これらのプロセスの同義語として使われることがあります。しかし、これは誤解を招く可能性があります。クロマチンリモデリングは必ずしも遺伝するわけではなく、すべてのエピジェネティック遺伝がクロマチンリモデリングを伴うわけでもありません。[ 24 ] [ 25 ]
DNAはヒストンタンパク質と結合してクロマチンを形成する。 細胞や個体の表現型は 、どの遺伝子が転写されるかによって影響を受けるため、遺伝可能な転写状態は エピジェネティックな影響を引き起こす可能性があります。遺伝子発現の調節にはいくつかの階層があります。遺伝子が調節される方法の1つは、クロマチンのリモデリングによるものです。クロマチンは、DNAとそれに結合した ヒストンタンパク 質の複合体です。DNAがヒストンに巻き付く方法が変わると、遺伝子発現も変化する可能性があります。クロマチンのリモデリングは、主に2つのメカニズムによって行われます。
第一の方法は、ヒストンタンパク質を構成するアミノ酸の翻訳後修飾 です。ヒストンタンパク質は、アミノ酸の長い鎖からできています。鎖を構成するアミノ酸が変化すると、ヒストンの形状が変化する可能性があります。DNAは複製時に完全にほどけるわけではありません。そのため、修飾されたヒストンがDNAの各複製に持ち込まれる可能性があります。そこで、これらのヒストンは鋳型として働き、周囲の新しいヒストンが新しい形状になるように誘導します。周囲のヒストンの形状を変化させることで、これらの修飾されたヒストンは、細胞分裂後も系統特異的な転写プログラムが維持されることを保証するのです。 2つ目の方法は、主にCpG部位 でDNAにメチル基を付加してシトシンを 5-メチルシトシン に変換することです。5-メチルシトシンは通常のシトシンとよく似た働きをし、二本鎖DNAでグアニンと対合します。しかし、遺伝子のプロモーター 領域とエンハンサー 領域のCpG部位にメチル化シトシンが存在すると、遺伝子はしばしば抑制されます。[ 26 ] [ 27 ] 遺伝子本体（転写開始部位を除くコード領域 ）のCpG部位にメチル化シトシンが存在すると、遺伝子の発現はしばしば促進されます。遺伝子の転写は通常、エンハンサーにある（10塩基以下の）認識配列に結合する転写因子に依存し、その 認識配列 は遺伝子のプロモーター領域と相互作用します（遺伝子発現#哺乳類の転写におけるエンハンサー、転写因子、メディエーター複合体、DNAループ ）。[ 28 ] メチル CpG 結合ドメイン (MBD) タンパク質を引き寄せることができます。すべての MBD はヌクレオソーム リ モデリングおよびヒストン脱アセチル化 酵素複合体と相互作用し、遺伝子サイレンシングにつながります。さらに、メチル化シトシンが関与する別の共有結合修飾は、TET 酵素 による脱メチル化 です。このような脱メチル化は、たとえばニューロンでの 学習および記憶 形成イベント中に数百回発生します。[ 29 ] [ 30 ] DNAメチル化とヒストンリジンメチル化の間には、しばしば相互関係が存在する。[ 31 ] メチル化シトシン に引き寄せられて結合するメチル結合ドメインタンパク質MBD1は、H3K9 メチルトランスフェラーゼ 活性とも結合して、ヒストン3のリジン9をメチル化することができる。一方、DNMT1 によるDNA維持メチル化は、 DNA部位に存在するヌクレオソーム上のヒストンメチル化の認識に部分的に依存して、新たに合成されたDNA上のシトシンメチル化を実行するようである。[ 31 ] DNMT3A およびDNMT3B によって実行されるDNAメチル化とヒストンメチル化の間には、さらにクロストークがあり、ゲノム全体のDNAメチル化とヒストンメチル化の分布の間には相関関係がある。[ 32 ]
ヒストン状態の遺伝メカニズムはよく理解されていませんが、細胞分裂と分化中のDNAメチル化状態の遺伝メカニズムについては多くのことが知られています。メチル化状態の遺伝は、シトシンよりも5-メチルシトシンに対する親和性が高い特定の酵素（DNMT1 など）に依存します。この酵素がDNAの「ヘミメチル化」部分（5-メチルシトシンが2本のDNA鎖のうち1本にのみ存在する部分）に到達すると、酵素は残りの半分をメチル化します。しかし、DNMT1がタンパク質UHRF1 と物理的に相互作用することが現在では知られています。UHRF1は、DNMT1を介したDNAメチル化の維持に不可欠であることが最近認識されました。UHRF1は、ヘミメチル化DNAを特異的に認識するタンパク質であり、そのためDNMT1を基質に引き寄せてDNAメチル化を維持します。[ 32 ]
ヒストンの修飾は配列全体で起こりますが、ヒストンの構造化されていないN末端（ヒストンテールと呼ばれる）は特に高度に修飾されています。これらの修飾には、アセチル化 、メチル化 、ユビキチン化 、リン酸化 、SUMO化 、リボシル化、シトルリン化が含まれます。アセチル化はこれらの修飾の中で最もよく研究されています。たとえば、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ酵素（HAT）によるヒストンH3テールのK14およびK9リジンのアセチル化は、一般的に転写能力に関連しています [ 34 ]
一つの考え方として、アセチル化が「活性」転写と関連する傾向は生物物理学的性質によるものだというものがあります。リジンは通常、末端に正電荷を持つ窒素原子を持つため、DNA骨格の負電荷を持つリン酸基と結合することができます。アセチル化によって、側鎖の正電荷を持つアミン基が中性のアミド結合に変換されます。これにより正電荷が除去され、DNAがヒストンから緩みます。このとき、SWI/SNFなどの複合体や他の転写因子がDNAに結合し、転写が起こります。これがエピジェネティック機能の「シス」モデルです。言い換えれば、ヒストン尾部の変化はDNA自体に直接的な影響を与えます。[ 35 ]
エピジェネティック機能のもう一つのモデルは「トランス」モデルです。このモデルでは、ヒストン尾部の変化がDNAに間接的に作用します。例えば、リジンのアセチル化は、クロマチン修飾酵素（あるいは転写機構）の結合部位を作り出す可能性があります。このクロマチンリモデリング因子は、クロマチンの状態変化を引き起こす可能性があります。実際、アセチルリジンに特異的に結合するタンパク質ドメインであるブロモドメインは、SWI/SNF複合体を含む、転写活性化を助ける多くの酵素に見られます。アセチル化は、この方法と前述の方法の両方で転写活性化を促進するために作用している可能性があります。
修飾が関連因子のドッキングモジュールとして機能するという考えは、ヒストンメチル化 によっても裏付けられています。ヒストンH3のリジン9のメチル化は、長らく構成的に転写が不活性なクロマチン（構成的ヘテロクロマチン）と関連付けられてきました（下図参照）。転写抑制タンパク質 HP1 のクロモドメイン（メチルリジンに特異的に結合するドメイン）が、HP1をK9メチル化領域にリクルートすることが確認されています。メチル化に関するこの生物物理学的モデルを否定すると思われる例の1つは、ヒストンH3のリジン4のトリメチル化が転写活性化と強く関連しており（完全な転写活性化に必要である）ことです（上図参照）。この場合、トリメチル化は尾部に固定された正電荷を導入することになります。
ヒストンリジンメチルトランスフェラーゼ（KMT）がヒストンH3およびH4のメチル化活性に関与していることが示されています。この酵素は、SETドメイン（Suppressor of variegation, Enhancer of Zeste, Trithorax）と呼ばれる触媒活性部位を利用します。SETドメインは、遺伝子活性の調節に関与する130アミノ酸配列です。このドメインはヒストン尾部に結合し、ヒストンのメチル化を引き起こすことが実証されています。[ 36 ]
ヒストンの修飾が異なると、機能も異なる可能性が高い。ある位置でのアセチル化は、別の位置でのアセチル化とは異なる機能を持つ可能性が高い。また、複数の修飾が同時に起こる場合もあり、これらの修飾が連携してヌクレオソーム の挙動を変化させる可能性がある。複数の動的な修飾が体系的かつ再現性のある方法で遺伝子転写を制御するという考え方はヒストンコード と呼ばれているが、ヒストンの状態がデジタル情報キャリアとして直線的に読み取れるという考え方は、ほぼ否定されている。クロマチンベースのサイレンシングを統制する最もよく理解されているシステムの1つは、酵母の隠れた接合型遺伝子座HMLとHMRのSIRタンパク質によるサイレンシングである。
ヒストン修飾 ヒストンH3とH4は、ヒストンリジン脱メチル化酵素 （KDM）を用いた脱メチル化によっても操作できます。最近発見されたこの酵素は、Jumonjiドメイン（JmjC）と呼ばれる触媒活性部位を持っています。脱メチル化は、JmjCが複数の補因子を利用してメチル基を水酸化し、それによってメチル基を除去するときに起こります。JmjCは、モノメチル化、ジメチル化、およびトリメチル化された基質を脱メチル化することができます。[ 49 ]
染色体領域は、DNA配列の変化なしに、安定で遺伝可能な代替状態をとることができ、その結果、二安定遺伝子発現が生じる。エピジェネティック制御は、ヒストンの代替共有結合修飾と関連付けられることが多い。 [ 50 ] ヌクレオソーム が、近くのヌクレオソームを同様に修飾する酵素をリクルートする正のフィードバックに関係していると考えられている。[ 51 ] [ 52 ] [ 53 ]
クロマチンに基づく転写調節は、低分子RNAの効果によって媒介される可能性があることが示唆されている。低分子干渉RNAは、標的 プロモーター のエピジェネティック修飾を介して転写遺伝子発現を調節することができる。[ 54 ]
RNA転写産物 遺伝子は、活性化されると、直接的または間接的に自身の活性を維持する産物を転写することがあります。たとえば、Hnf4 とMyoDは、それぞれがコードする タンパク質の 転写因子 活性を介して、自身の遺伝子を含む、多くの肝臓特異的遺伝子と筋肉特異的遺伝子の転写を促進します。RNAシグナル伝達には、分化と発生の過程でRNAによって特定の遺伝子座に階層的な汎用クロマチン修飾複合体とDNAメチルトランスフェラーゼが選択的にリクルートされることが含まれます。[ 55 ] 他のエピジェネティックな変化は、 RNA の異なるスプライスフォーム の産生、または二本鎖RNA（RNAi ）の形成によって媒介されます。遺伝子がオンになった細胞の子孫は、遺伝子活性化の元の刺激がもはや存在しない場合でも、この活性を継承します。これらの遺伝子は、シグナル伝達によってオンまたはオフになることが多いですが、 合胞体 またはギャップ結合 が重要なシステムでは、RNAが拡散 によって他の細胞または核に直接広がる場合があります。大量のRNAとタンパク質は、卵形成 中または栄養細胞 を介して母親から接合子に提供され、 母性効果 表現型をもたらします。少量の精子RNAは父親から伝達されますが、このエピジェネティック情報が数世代の子孫に目に見える変化をもたらす可能性があるという最近の証拠があります。[ 56 ]
マイクロRNA マイクロRNA （miRNA）は、17～25ヌクレオチドのサイズの非コードRNA の一種です。miRNAは、植物や動物のさまざまな生物学的機能を調節します。 [ 57 ] [ 58 ] [ 59 ] [ 60 ]
ヒトのタンパク質コード遺伝子の約60%はmiRNAによって制御されているようです。[ 61 ] [ 57 ] [ 62 ] [ 57 ]
長鎖非コードRNA 数多くの研究により、長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）が遺伝子発現と染色体修飾の調節に極めて重要な役割を果たし、細胞分化を大きく制御していることが実証されている。これらの長鎖ノンコーディングRNAは、ゲノムインプリンティングとX染色体の不活性化にも寄与している。[ 66 ] [ 67 ]
分子基盤 エピジェネティック変化は、特定の遺伝子の活性化を変化させますが、DNAの遺伝暗号配列は変化させません。[ 77 ] クロマチン タンパク質が変化することで、活性化またはサイレンシングが引き起こされます。このメカニズムにより、多細胞生物の分化した細胞は、自身の活動に必要な遺伝子のみを発現することができます。エピジェネティック変化は、細胞分裂時にも保持されます。ほとんどのエピジェネティック変化は、個体の生涯を通じてのみ発生しますが、これらのエピジェネティック変化は、世代を超えたエピジェネティック遺伝 と呼ばれるプロセスを通じて、その生物の子孫に伝達される可能性があります。さらに、受精につながる精子または卵細胞で遺伝子不活性化が発生した場合、このエピジェネティック修飾も次世代に伝達される可能性があります。[ 78 ]
特定のエピジェネティックプロセスには、パラミュー テーション 、ブックマーキング 、インプリンティング、遺伝子サイレンシング 、X染色体不活性化 、位置効果 、DNAメチル化リプログラミング 、トランスベクション 、母性効果、 発癌 の進行、催奇形物質 の多くの効果、ヒストン 修飾とヘテロクロマチン の調節、単為発生 とクローニング に影響を与える技術的制限が含まれます。[ 79 ] [ 80 ] [ 81 ]
DNA修復 DNA損傷は非常に一般的であり、常に修復されています。酸化損傷や二本鎖切断のDNA修復に伴って、エピジェネティックな変化が生じることがあります。ヒト細胞では、酸化DNA損傷は1日に約1万回、DNA二本鎖切断は体細胞複製細胞において細胞周期ごとに約10～50回発生します（「DNA損傷（自然発生） 」を参照）。DNA修復の選択的利点は、細胞がDNA損傷に直面しても生存できるようにすることです。DNA修復に伴って生じるエピジェネティックな変化の選択的利点は明らかではありません。
酸化DNA損傷の修復はエピジェネティックマーカーを変化させる可能性がある 定常状態（内因性の損傷が発生し、修復されている状態）では、平均的な哺乳類細胞のDNAには、8-オキソ-2'-デオキシグアノシン（8-OHdG）を形成する約2,400個の酸化損傷グアニンが存在する。 [ 95 ] [ 96 ] メチル化CpG部位（ 5'→3'方向 に沿ってシトシンの後にグアニンが続き、シトシンがメチル化されている（5-mCpG））のグアニンには配列上の優先性がある。[ 97 ]
CpG部位 でのDNA脱メチル化 の開始。成体体細胞では、DNAメチル化は通常CpGジヌクレオチド（ CpG部位 ）のコンテキストで起こり、5-メチルシトシン -pG、または5mCpGを形成します。活性酸素種（ROS）はジヌクレオチド部位のグアニンを攻撃し、8-ヒドロキシ-2'-デオキシグアノシン （8-OHdG）を形成し、5mCp-8-OHdGジヌクレオチド部位をもたらします。塩基除去修復 酵素OGG1は 8-OHdGを標的とし、直ちに除去することなく損傷部位に結合します。5mCp-8-OHdG部位に存在するOGG1はTET1を リクルートし、TET1は8-OHdGに隣接する5mCを酸化します。これにより、5mCの脱メチル化が開始されます。[ 98 ] 酸化グアニンはミスペアリングを起こしやすく、変異原性がある。[ 99 ] オキソグアニングリコシラーゼ （OGG1）は、DNA修復中に酸化グアニンを除去する主要な酵素である。OGG1は数秒以内に8-OHdGを見つけて結合する。[ 100 ] [ 101 ] [ 96 ]
OGG1がメチル化CpG部位内の酸化グアニンに存在すると、TET1を 8-OHdG病変にリクルートします（図参照）。これにより、TET1は隣接するメチル化シトシンを脱メチル化することができます。シトシンの脱メチル化はエピジェネティックな変化です。
例えば、ヒト乳腺上皮細胞を6時間H₂O₂で処理すると、 DNA 中の8-OHdGが約3.5倍に増加し、ゲノム中の5-メチルシトシンの約80%が脱メチル化されました。[ 98 ] TET酵素 活性による遺伝子プロモーターのCpGの脱メチル化は、遺伝子のメッセンジャーRNAへの転写を増加させます。[ 102 ] H₂O₂ で処理した細胞では、特定の遺伝子であるBACE1 [ 98 ] BACE1 CpGアイランドのメチル化レベルが低下し（エピジェネティックな変化）、これにより BACE1 メッセンジャーRNAの発現が約6.5倍増加しました。
H₂O₂ で 6 時間培養すると5-mCpG 部位の脱メチル化が かなり起こるが、H₂O₂ での培養時間が短いと他 のエピジェネティックな変化が促進されるようだ。細胞を H₂O₂ で 30 分間処理すると、ミスマッチ 修復タンパク質ヘテロ二量体 MSH2-MSH6 が DNA メチルトランスフェラーゼ 1 (DNMT1) をある種の酸化 DNA 損傷部位にリクルートする。[ 103 ] これ により 、 これらの部位でシトシンのメチル化 (エピジェネティックな変化) が増加する可能性がある。
Jiang ら[ 104 ] は、 HEK 293 細胞を 酸化 DNA 損傷を引き起こす薬剤 (臭素酸カリウム (KBrO 3 ) またはクロム酸カリウム (K 2 CrO 4 ))で処理した。酸化損傷の塩基除去修復 (BER) は、酸化グアニンに局在する DNA 修復酵素ポリメラーゼ β によって行われた。ポリメラーゼ β は、酸化 DNA 損傷のショートパッチ BER における主要なヒト ポリメラーゼである。Jiang ら[ 104 ] DNA メチルトランスフェラーゼタンパク質 DNMT3b を BER 修復部位にリクルートすることも発見した。次に、 BRCA1遺伝子の プロモーター 領域と初期転写領域を含む DNA の小さな領域で、単一ヌクレオチドレベルでのメチル化パターンを評価した。臭素酸塩による酸化 DNA 損傷は、研究対象の DNA 領域内の CpG 部位で DNA メチル化パターンを調節した (エピジェネティックな変化を引き起こした)。未処理細胞では、BRCA1遺伝子の-189、-134、-29、-19、+16、および+19に位置するCpGにメチル化シトシンが存在していた（番号はメッセンジャーRNA 転写開始部位から、負の数は上流プロモーター領域のヌクレオチドを示す）。臭素酸塩処理による酸化の結果、-189、-134、+16、および+19のシトシンメチル化が消失し、DNA修復後には-80、-55、-21、および+8に位置するCpGに新たなメチル化が生じた。
相同組換え修復はエピジェネティックマーカーを変化させる いくつかの論文では、DNAメチルトランスフェラーゼ1（DNMT1） がDNA二本鎖切断部位にリクルートされることが報告されている。[ 105 ] [ 106 ] [ 107 ] 二本鎖切断の相同組換え修復（HR） 中、DNMT1の関与により、修復された2本のDNA鎖のメチル化シトシンのレベルが異なってくる。一方の鎖は、修復された二本鎖切断の下流にある約21個のCpG部位で頻繁にメチル化される。もう一方のDNA鎖は、二本鎖切断の下流で以前にメチル化されていた約6個のCpG部位でメチル化を失い、二本鎖切断の上流で以前にメチル化されていた約5個のCpG部位でもメチル化を失う。染色体が複製されると、これにより、以前の切断部位の下流で高度にメチル化された娘染色体と、以前の切断部位の上流と下流の両方の領域でメチル化されていない娘染色体が生じる。二本鎖切断によって切断された遺伝子に関して、子孫細胞の半分はその遺伝子を高レベルで発現し、残りの半分の子孫細胞ではその遺伝子の発現が抑制されている。これらの細胞のクローンを3年間維持したところ、新しいメチル化パターンはその期間にわたって維持された。[ 108 ]
CRISPRを介した相同組換え挿入がゲノムに生じたマウスでは、二本鎖切断関連挿入内のCpG部位のメチル化が多数増加していた。[ 109 ]
非相同末端結合は、一部のエピジェネティックマーカーの変化を引き起こす可能性がある。 細胞内のDNA二本鎖切断の非相同末端結合 （NHEJ）により、最初の二本鎖切断を含む遺伝子の発現が抑制された子孫細胞と、NHEJ修復に関連するエピジェネティックな変化によりその遺伝子の発現が亢進した子孫細胞が生じる可能性がある。その遺伝子のDNA二本鎖切断のNHEJ修復後に遺伝子の抑制を引き起こすエピジェネティックな変化の頻度は約0.9%である可能性がある。[ 106 ]
構造的継承 テトラヒメナ ゾウリムシ 繊毛虫 では、遺伝的に同一の細胞でも、細胞表面の繊毛列のパターンに遺伝的な違いが見られる。実験的に変化させたパターンは娘細胞に伝達される。既存の構造が新しい構造のテンプレートとして機能しているようだ。このような遺伝のメカニズムは不明だが、多細胞生物も既存の細胞構造を利用して新しい構造を構築していると考える根拠がある。[ 110 ] [ 111 ] [ 112 ]
ヌクレオソームの位置決め 真核生物のゲノムには多数のヌクレオソームが 存在する。ヌクレオソームの位置はランダムではなく、調節タンパク質によるDNAへのアクセス性を決定する。異なる組織で活性を示すプロモーターは、異なるヌクレオソーム配置特性を持つことが示されている。[ 113 ] プロタミン に置き換えられているが、すべてではない）。したがって、ヌクレオソームの配置はある程度遺伝する。最近の研究では、ヌクレオソームの配置と、DNAメチル化やヒドロキシメチル化などの他のエピジェネティック因子との関連性が明らかになっている。[ 114 ]
ゲノム構造 ゲノムの三次元構造（3Dゲノム）は複雑で動的であり、ゲノム機能やDNA複製、転写、DNA損傷修復などの核内プロセスを制御する上で極めて重要である。[ 117 ]
機能と結果
脳内
メモリ 記憶の形成と維持は、ニューロンにおける記憶の生成と更新に必要な 遺伝子転写 の動的な変化を引き起こすエピジェネティックな変化によるものである。[ 30 ]
ある出来事が、ニューロン内の多数の遺伝子のメチル化の変化をもたらす一連の反応を引き起こし、その出来事の表現、つまり記憶を与えることがある。[ 30 ]
内側前頭前野（mPFC）を含む 記憶の形成に重要な脳領域には、海馬、内側前頭前野（mPFC）、前帯状皮質、扁桃体などがあり、このセクションの人間の脳の図に示されています。[ 118 ]
文脈恐怖条件付け （CFC）を受けたラットのように強い記憶が形成されると、最初に起こる出来事の1つは、海馬と内側前頭前皮質（mPFC）のニューロンでトポイソメラーゼIIBによって100以上のDNA二本鎖切断が形成されることです。 [ 119 ] これらの二本鎖切断は、記憶形成に重要な即時初期遺伝子 （IEG）の転写を活性化できる特定の場所にあり、 mRNA での発現が可能になり、CFC後7～10分でmRNA転写がピークに達します。[ 119 ] [ 120 ]
記憶形成における重要なIEGはEGR1 [ 121 ] とDNMT3A の代替プロモーターバリアントであるDNMT3A2 [ 122 ] [ 123 ] EGR1タンパク質は、遺伝子プロモーター 領域とエンハンサー 領域のDNAに結合する。EGR1は脱メチル化酵素TET1を結合にリクルートし、TET1をゲノム上の約600箇所に運び、そこでTET1は関連する遺伝子 を [ 123 ]
シトシンおよび5-メチルシトシン DNAメチルトランスフェラーゼDNMT3A1、DNMT3A2、およびDNMT3Bはすべて、遺伝子のプロモーター内またはその近傍のCpG部位のシトシンをメチル化することができます（このセクションの画像を参照）。Manzoら[ 124 ] [ 122 ]
ラットは文脈恐怖条件付け後に長期連合記憶を形成する。[ 125 ] [ 29 ] [ 126 ] [ 127 ] [ 128 ] [ 127 ]
新しい記憶が確立された後のメチル化のエピジェネティックな変化により、核内mRNAの異なるプールが作られます。Bernstein [ 30 ] mRNA の混合物は、mRNA、大小のリボソームサブユニット 、翻訳開始因子、およびmRNA機能を調節するRNA結合タンパク質からなる神経顆粒、またはメッセンジャーRNP にパッケージ化されることがよくあります。これらの神経顆粒は神経核から輸送され、顆粒内のmRNAの3'非翻訳領域（それらの「郵便番号」）に従って、神経樹状突起 に向けられます。約2,500個のmRNAが海馬錐体ニューロンの樹状突起に局在し、おそらく450個の転写産物が興奮性シナプス前神経終末（樹状突起スパイン）にあります。 （神経細胞核におけるエピジェネティックな変化に依存する）転写産物の組成の変化は、信号に対する感受性の違いをもたらし、これがシナプス可塑性の変化の基盤となる。シナプス可塑性の変化は、学習と記憶の神経化学的基盤としてしばしば考えられている。
発達 発生エピジェネティクスは、決定論的エピジェネシスと確率論的エピジェネシスに分けられます。決定論的エピジェネシスは、DNAの構造的発達からタンパク質の機能的成熟への一方向的な動きです。ここで「決定論的」とは、発達が脚本化されていて予測可能であることを意味します。一方、確率論的エピジェネシスは、経験と外部からの成形発達を伴う双方向的な構造-機能発達です。[ 144 ]
体細胞のエピジェネティックな遺伝、特にDNAとヒストンの共有結合修飾とヌクレオソームの 再配置は、多細胞真核生物の発生において非常に重要である。[ 114 ] モルフォゲンは エピジェネティックに遺伝可能な方法で遺伝子を活性化またはサイレンシングし、細胞に記憶を与える。哺乳類では、ほとんどの細胞が最終的に分化し、幹細胞 のみが複数の細胞タイプに分化する能力（「全能性」と「多能性」）を保持している。哺乳類では、 神経発生 のように、一部の幹細胞は生涯を通じて新たに分化した細胞を生成し続けるが、哺乳類は、他の動物が可能な四肢の再生能力など、一部の組織の喪失に対応することができない。エピジェネティック修飾は、神経幹細胞からグリア前駆細胞への移行を制御します（例えば、オリゴデンドロサイトへの分化はヒストンの脱アセチル化とメチル化によって制御されます）。[ 145 ] クロマチンリモデリング など、動物と同じエピジェネティック機構の多くを利用しますが、一部の植物細胞は「細胞記憶」を使用または必要とせず、環境や周囲の細胞からの位置情報を使用して遺伝子発現パターンをリセットして運命を決定するという仮説が立てられています。[ 146 ]
エピジェネティック変化は環境曝露に応じて発生する可能性があります。たとえば、母動物の食事にゲニステイン （250 mg/kg）を補給すると、アグーチ遺伝子 の発現に影響を与えるエピジェネティック変化が生じ、毛色、体重、癌の発症傾向に影響します。[ 147 ] [ 148 ] [ 149 ] 現在進行中の研究は、糖尿病性胎児症 などの他の既知の催奇形物質が メチル化 シグネチャーに与える影響の調査に焦点を当てています。[ 150 ]
ある研究の議論を呼ぶ結果では、トラウマ体験が将来の世代に受け継がれる可能性のあるエピジェネティックなシグナルを生み出す可能性があることが示唆された。マウスは足に電気ショックを与えて桜の香りを怖がるように訓練された。研究者らは、マウスの子孫がこの特定の香りに対する嫌悪感を増したと報告した。[ 151 ] [ 152 ] [ 153 ] [ 154 ] [ 155 ]
薬 エピジェネティクスには、多種多様な医療応用の可能性がある。[ 180 ]
双子 一卵性双生児の直接比較は、環境エピジェネティクスを 調査するための最適なモデルを構成する。異なる環境曝露を受けたヒトの場合、一卵性（同一）双生児は幼少期にはエピジェネティックに区別がつかなかったが、年長の双生児では5-メチルシトシンDNAとヒストンアセチル化の全体的な含有量とゲノム分布に顕著な違いが見られた。[ 10 ] 5-メチルシトシン DNAとヒストン H3およびH4のアセチル化のレベルに最も大きな違いを示した。[ 181 ]
二卵性双生児と一卵性双生児は、ヒトにおけるエピジェネティックな影響の証拠を示している。[ 181 ] [ 182 ] [ 183 ] [ 184 ]
広範な遺伝子マーカーを調べる技術であるハイスループット研究では、一卵性双生児間のエピジェネティックな違いに焦点を当て、40組の一卵性双生児のサンプルで、DNAメチル化とヒストン修飾の全体的および遺伝子座特異的な変化を比較しました。[ 181 ] この 場合、 エピジェネティックなドリフト とは、エピジェネティックな修飾が年齢と直接的に連動して起こることを指す用語です。年齢は多くの疾患の既知のリスク因子ですが、年齢に関連したメチル化は、ゲノム上の特定の部位で異なって起こることがわかっています。時間の経過とともに、これは生物学的年齢と暦年齢の間に測定可能な違いをもたらす可能性があります。エピジェネティックな変化は生活習慣 を反映しており、臨床的閾値 に達する前に疾患の機能的バイオマーカー として機能する可能性があることが判明している。 [ 185 ]
114組の一卵性双生児と80組の二卵性双生児を対象に、約6000の固有のゲノム領域のDNAメチル化状態を分析した最近の研究では、胚盤胞分裂時のエピジェネティックな類似性が、一卵性双生児の表現型の類似性にも寄与する可能性があると結論付けられました。これは、胚発生の初期段階における微小環境が エピジェネティックマークの確立に非常に重要であるという考えを裏付けています。[ 182 ] 先天性遺伝性疾患はよく理解されており、例えばアンジェルマン症候群 やプラダー・ウィリー症候群 の場合、エピジェネティクスが役割を果たす可能性があることは明らかです。これらは遺伝子欠失または遺伝子不活性化によって引き起こされる通常の遺伝性疾患ですが、ゲノムインプリンティング のために個人が本質的にヘミ接合体 であるため、非常に一般的です。したがって、単一の遺伝子ノックアウトで疾患を引き起こすのに十分であり、ほとんどの場合は両方のコピーをノックアウトする必要があります。[ 186 ]
エピジェネティックな事象から遺伝子発現を変化させる薬剤の例 β-ラクタム系抗生物質 の使用は、グルタミン酸受容体活性やシクロスポリンの複数の転写因子に対する作用を変化させる可能性がある。さらに、リチウムは 異常タンパク質のオートファジーに影響を与える可能性があり、オピオイド 薬は慢性的に使用することで、依存性表現型に関連する遺伝子の発現を増加させる可能性がある。[ 192 ]
親の栄養 、子宮内でのストレスや内分泌かく乱化学物質 への曝露、[ 193 ] [ 194 ] [ 195 ] [ 196 ]
依存症 依存症は、 転写 および神経エピジェネティック機構によって生じる脳の報酬系 の障害であり、依存性刺激（モルヒネ、コカイン、性交、ギャンブルなど）への慢性的な高レベルの曝露によって時間とともに発生します。[ 197 ] [ 198 ] [ 199 ] 依存性表現型 の世代を超えたエピジェネティック遺伝は、前臨床研究で発生することが指摘されています。[ 200 ] [ 201 ] [ 195 ]
エピジェネティクスと癌 研究によると、エピジェネティクスは癌にも関与しており、特にエピジェネティック異常と癌の発生および進行に関与している。[ 202 ] [ 203 ] [ 204 ] [ 204 ]
研究 遺伝情報とエピジェネティック情報の2つの形態は、まとめて二重遺伝と呼ばれます。APOBEC/AIDファミリーのシトシンデアミナーゼ は、類似の分子メカニズムを使用して遺伝的およびエピジェネティックな遺伝に同時に影響を与える可能性があり、概念的に区分されたこれらのプロセス間のクロストークのポイントである可能性があります。[ 205 ]
フルオロキノロン系 抗生物質は、鉄キレート化を介して 哺乳類 細胞にエピジェネティックな変化を誘導する。これは、鉄を 補因子として必要とするα-ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼの阻害を介してエピジェネティックな効果をもたらす。 [ 206 ]
様々な薬理学的薬剤が、誘導多能性幹細胞（iPSC）の産生や、エピジェネティックなアプローチによる胚性幹細胞（ESC）の表現型の維持に用いられている。骨髄幹細胞などの成体幹細胞も、G9aヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤BIX01294で処理すると、心臓分化能を有する細胞に分化する可能性を示している。[ 207 ] [ 208 ]
細胞の可塑性、すなわち遺伝子コードの変化を伴わずに刺激に適応する能力には、エピジェネティックな変化が必要である。これらの変化は、上皮間葉転換中の癌細胞の細胞可塑性[ 209 ] [ 210 ]
メチル化は、生物学的特性を決定づける遺伝子制御の広く知られたメカニズムです。しかし、強力な実験的証拠は、SNPにおけるメチル化パターンが、古典的な活性化/抑制エピジェネティックドグマの重要な追加機能として相関していることを示しています。共局在解析によって裏付けられた分子相互作用データは、配列変異とDNAメチル化の障害、分子および表現型の変異を結びつける複数の核制御経路を特定しています。[ 214 ]
UBASH3B 遺伝子座UBASH3Bは 、チロシンホスファターゼ活性を持つタンパク質をコードしており、これは以前から進行性腫瘍形成と関連付けられてきました。[ 215 ] [ 214 ] [ 216 ] [ 217 ] [ 218 ] [ 219 ] UBASH3Bが 肥満および心血管代謝疾患の潜在的なメディエーターであることを示唆する新しい研究。[ 214 ] UBASH3Bの 発現は、肥満に対するプログラムされた感受性を引き起こす可能性のあるカロリー制限の指標であり、ヒト末梢血中の脂肪量の他の指標と関連していることが実証されている。[ 220 ]
NFKBIE 遺伝子座SNP rs730775 はNFKBIE の最初のイントロンに位置し、全血中のNFKBIEの シス eQTLです。 [ 214 ] [ 221 ] NFKBIE遺伝子座の遺伝的変異を引き起こし、NF-κB による DNA メチル化の トランス 作用制御を介して関節リウマチと関連している可能性を示唆しています。[ 214 ]
FADS1 遺伝子座脂肪酸デサチュラーゼ1（FADS1）は、脂肪酸代謝における重要な酵素です。[ 222 ] FADS1 遺伝子のrs174548は、CD8+ T細胞が豊富な人ではDNAメチル化との相関が高まっています。[ 214 ] [ 223 ] [ 224 ] [ 225 ] [ 226 ] [ 214 ]
参考文献 ↑ Dupont C、Armant DR、Brenner CA (2009 年 9 月)。「エピジェネティクス: 定義、メカニズム、臨床的展望」。Seminars in Reproductive Medicine。27 ( 5): 351–7。doi : 10.1055 /s-0029-1237423。PMC 2791696。PMID 19711245。この定義の 本来の意味では、エピ ジェネティクスは、遺伝子型の発現を特定の表現型に調節するすべての分子経路を指していました。その後、遺伝学の急速な発展に伴い、この言葉の意味は徐々に狭まりました。エピジェネティクスは定義され、今日では一般的に「有糸分裂および/または減数分裂によって遺伝可能であり、DNA 配列の変化を伴わない遺伝子機能の変化の研究」として受け入れられています。 1 2 ラザフォード A (2015 年 7 月 19 日) 「偽遺伝子の精霊に注意せよ 」 ガーディアン . ↑ Deans C、Maggert KA (2015年4月)。 「エピジェネティック」と は どういう意味ですか？ Genetics 199 ( 4): 887– 896. Bibcode : 2015Genet.199..887D . doi : 10.1534/genetics.114.173492 . PMC 4391566 . PMID 25855649 . ↑ Kanwal R 、 Gupta S（2012 年 4 月 ） 。 「がん における エピジェネティック修飾」 。Clinical Genetics。81 （4）： 303–311。doi ： 10.1111 / j.1399-0004.2011.01809.x。PMC 3590802。PMID 22082348 。 ↑ Frías- Lasserre D、Villagra CA (2017)。 「 表現 型 変異と有機的進化におけるエピジェネティック機構としてのncRNA の 重要性」 。Frontiers in Microbiology。8 2483。doi : 10.3389 /fmicb.2017.02483。PMC 5744636。PMID 29312192 。 1 2 Bird A (2007 年 5 月) 「エピジェネティクスの認識」 Nature 447 ( 7143 ): 396–398 . Bibcode : 2007Natur.447..396B . doi : 10.1038/nature05913 . PMID 17522671 . S2CID 4357965 . ↑ Hunter P (2008年5月1日) 「遺伝子が記憶するもの」 Prospect Magazine 。 2008年5月1日の オリジナル からアーカイブ。 2012年 7月26日 閲覧 。 ↑ Reik W (2007 年 5 月)「哺乳類の発生におけるエピジェネティック 遺伝子制御の安定性と柔軟性」 Nature . 447 (7143): 425–32 . Bibcode : 2007Natur.447..425R . doi : 10.1038/nature05918 . PMID 17522676. S2CID 11794102 . ↑ オックスフォード英語辞典 ：「この語は、W・ハーヴェイの『Exercitationes』 （1651年、148ページ）および『 English Anatomical Exercitations』 （1653年、272ページ）で使用されている。その意味は「partium super-exorientium additamentum」、つまり「互いに芽生えた部分の追加」であると説明されている。」1 2 Moore DS (2015). The Developing Genome: An Introduction to Behavioral Epigenetics . Oxford University Press. ISBN 978-0-19-992235-2 。1 2 Berger SL、Kouzarides T、Shiekhattar R、Shilatifard A (2009 年 4 月)。 「 エピジェ ネティクス の操作 的 定義」 。Genes & Development。23 ( 7): 781–3。doi : 10.1101 / gad.1787609。PMC 3959995。PMID 19339683 。 1 2 「概要」 . NIHロードマップエピゲノミクスプロジェクト . 2019年11月21日に オリジナルからアーカイブ済み . 2013年 12月7日 に取得. ↑ Morange M.ニコライ・コルツォフ (コルツォフ) の遺伝学、発生学、および体理学に関する暫定的な論文 、J. Biosciences。 2011. V. 36. P. 211-214 ↑ Waddington CH (1942). "エピジェノタイプ". Endeavour . 1 : 18–20 . ↑歴史的背景については、前 成説を 参照。オックスフォード英語辞典 ↑ Waddington CH (2014). 鳥類のエピジェネティクス . Cambridge University Press. ISBN 978-1-107-44047-0 。↑ Hall BK (2004年1月) 「進化発生メカニズムの探求：1944年から1974年までの30年の空白期間」 . Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution . 302 (1): 5–18 . Bibcode : 2004JEZ...302....5H . doi : 10.1002/jez.b.20002 . PMID 14760651 . ↑ Alvarez-Buylla ER、Chaos A、Aldana M、Benítez M、Cortes-Poza Y、Espinosa-Soto C、et al. (2008年11月3日)。 「 花 の 形態形成：遺伝子ネットワーク の エピジェネティックランドスケープの確率的探索」 。PLOS ONE。3 ( 11 ) e3626。Bibcode ： 2008PLoSO...3.3626A。doi ： 10.1371 / journal.pone.0003626。PMC 2572848。PMID 18978941 。 1 2 Rabajante JF、Babierra AL (2015 年 3 月)。「細胞運命決定のエピジェネティックなランドスケープにおける分岐と振動」。Progress in Biophysics and Molecular Biology。117 ( 2–3 ) : 240–249。doi : 10.1016/ j.pbiomolbio.2015.01.006。PMID 25641423。S2CID 2579314 。 ↑ Holliday R (1990 年 1 月) 「DNA メチル化とエピジェネティック遺伝」 Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences . 326 (1235): 329–38 . Bibcode : 1990RSPTB.326..329H . doi : 10.1098/rstb.1990.0015 . PMID 1968668 . 1 2 Riggs AD 、 Martienssen RA、Russo VE (1996)。 遺伝子制御のエピジェネティック機構 。ニューヨーク州プレインビュー：コールド・スプリング・ハーバー研究所出版局。pp . 1–4。ISBN 978-0-87969-490-6 。↑ Ledford H (2008 年 10 月). 「言語: 論争のある定義」 . Nature . 455 (7216): 1023–8 . doi : 10.1038/4551023a . PMID 18948925 . ↑ Gibney ER、Nolan CM (2010年7月)。 「 エピジェ ネティクス と 遺伝子発現」 。Heredity。105 ( 1 ) : 4–13。Bibcode : 2010Hered.105 .... 4G。doi : 10.1038 / hdy.2010.54。PMID 20461105。S2CID 31611763 。 ↑ Ptashne M (2007年4月) 「「エピジェネティック」という言葉の使用について」 Current Biology . 17 (7): R233-6. Bibcode : 2007CBio...17.R233P . doi : 10.1016/j.cub.2007.02.030 . PMID 17407749 . S2CID 17490277 . ↑ Zhang D, Tang Z, Huang H, Zhou G, Cui C, Weng Y, et al. (2019年10月). "ヒストンラクチル化による遺伝子発現の代謝調節" . Nature . 574 (7779): 575– 580. Bibcode : 2019Natur.574..575Z . doi : 10.1038/s41586-019-1678-1 . PMC 6818755 . PMID 31645732 . ↑ Kumar S 、Chinnusamy V、Mohapatra T ( 2018)。 「修飾DNA 塩基 のエピジェネティクス：5-メチルシトシンとその先 」 。Frontiers in Genetics。9 640。doi ： 10.3389 / fgene.2018.00640。PMC 6305559。PMID 30619465 。 ↑ Greenberg MV、Bourc'his D (2019 年 10 月)。「哺乳類の発生と疾患における DNA メチル化の多様な役割」。Nature Reviews . Molecular Cell Biology . 20 (10): 590–607 . doi : 10.1038/s41580-019-0159-6 . PMID 31399642. S2CID 199512037 . ↑ Spitz F、Furlong EE（2012 年9 月 ） 。 「転写因子：エンハンサー結合から発生制御まで」。Nat Rev Genet。13 （ 9 ）： 613–26。doi ： 10.1038 / nrg3207。PMID 22868264。S2CID 205485256 。 1 2 Duke CG、Kennedy AJ、Gavin CF、Day JJ、Sweatt JD (2017年7月)。 「 海馬 における 経験 依存的なエピゲノム再編成」 。Learn Mem。24 ( 7 ): 278–288。doi : 10.1101/ lm.045112.117。PMC 5473107。PMID 28620075 。 1 2 3 4 Bernstein C (2022). "DNAメチル化と記憶の確立" . Epigenet Insights . 15 25168657211072499. doi : 10.1177/25168657211072499 . PMC 8793415 . PMID 35098021 . 1 2 Rose NR、Klose RJ (2014 年 12 月)。 「 DNA メチル 化 と ヒストンリジンメチル化の関係の理解」 。Biochim Biophys Acta。1839 ( 12): 1362–72。doi : 10.1016 / j.bbagrm.2014.02.007。PMC 4316174。PMID 24560929 。 1 2 Li Y、Chen X、Lu C (2021 年 5 月)。 「DNA とヒストンメチル化の相互作用: 分子メカニズムと疾患への影響」 。EMBO Rep . 22 ( 5) e51803. doi : 10.15252/embr.202051803 . PMC 8097341. PMID 33844406 . ↑ Bendandi A、Patelli AS、Diaspro A 、 Rocchia W (2020)。 「ヌクレオソーム の安定性におけるヒストンテール の 役割：静電的観点 」 。Comput Struct Biotechnol J。18 ： 2799–2809。doi ： 10.1016 / j.csbj.2020.09.034。PMC 7575852。PMID 33133421 。 ↑ Stewart MD、Li J、Wong J (2005 年 4 月)。 「 ヒストン H3 リジン 9 メチル化、転写抑制、およびヘテロクロマチンタンパク質 1 のリクルートメントの関係」 。Molecular and Cellular Biology。25 ( 7 ) : 2525–2538。doi : 10.1128 / MCB.25.7.2525-2538.2005。PMC 1061631。PMID 15767660 。 ↑ Khan FA (2014). "遺伝性疾患と遺伝子治療". Biotechnology in Medical Sciences . pp. 264–289 . doi : 10.1201/b16905-14 . ISBN 978-0-429-17411-7 。↑ Jenuwein T、 Laible G、Dorn R、Reuter G (1998 年 1 月)。 「SET ドメインタンパク質は、ユークロマチンおよびヘテロクロマチンのクロマチン ドメインを調節する 」 。Cellular and Molecular Life Sciences。54 ( 1 ) : 80–93。doi : 10.1007 / s000180050127。PMC 11147257。PMID 9487389。S2CID 7769686 。 ↑ Slotkin RK、Martienssen R（2007年4月）。 「転移 因子 と ゲノムのエピジェネティック制御」。Nature Reviews . Genetics . 8 （4）： 272–85。doi ： 10.1038 / nrg2072。PMID 17363976。S2CID 9719784 。 1 2 Li E、Bestor TH、Jaenisch R (1992 年 6 月)。「DNA メチルトランスフェラーゼ遺伝子の標的変異により胚致死が引き起こされる」。Cell . 69 ( 6 ): 915–26。Bibcode : 1992Cell ...69..915L . doi : 10.1016/0092-8674(92)90611-F . PMID 1606615 . S2CID 19879601 . ↑ Robertson KD、Uzvolgyi E、Liang G、Talmadge C、Sumegi J、Gonzales FA、et al. (1999 年 6 月)。 「ヒト DNA メチル トランスフェラーゼ (DNMT) 1、3a、3b:正常組織における mRNA 発現の協調と腫瘍における過剰発現」 。Nucleic Acids Research。27 ( 11 ) : 2291–8。doi : 10.1093 / nar /27.11.2291。PMC 148793。PMID 10325416 。 ↑ Leonhardt H、Page AW、Weier HU、Bestor TH (1992 年 11 月)。 「標的配列が DNA メチルトランスフェラーゼを哺乳類の核内の DNA 複製部位に誘導する」 (PDF) 。 Cell 。 71 (5): 865–73 。 doi : 10.1016/0092-8674(92)90561-P 。 PMID 1423634 。 S2CID 5995820 。 ↑ Chuang LS、 Ian HI、Koh TW、Ng HH、Xu G、Li BF (1997 年 9 月)。「ヒト DNA-(シトシン-5) メチルトランスフェラーゼ-PCNA 複合体は p21WAF1 の標的となる」 。Science。277 ( 5334 ) : 1996–2000。Bibcode : 1997Sci ... 277.1996C。doi : 10.1126 / science.277.5334.1996。PMID 9302295 。 ↑ Robertson KD、Wolffe AP (2000年 10 月)。「健康と疾患における DNA メチル化」。Nature Reviews. Genetics . 1 (1): 11–9 . doi : 10.1038/35049533 . PMID 11262868. S2CID 1915808 . ↑ Li E 、Beard C、Jaenisch R（1993 年 11月） 。 「ゲノム イン プリンティングにおけるDNAメチル化 の 役割」。Nature。366 （ 6453）： 362–5。Bibcode ： 1993Natur.366..362L。doi ： 10.1038 / 366362a0。PMID 8247133。S2CID 4311091 。 ↑ Viens A、Mechold U、Brouillard F、Gilbert C、Leclerc P、Ogryzko V (2006年7月)。 「ヒトヒストンH2AZ の生体内沈着 の解析は 、エピジェネティックな鋳型形成機構におけるその直接的 な 役割に反する」 。Molecular and Cellular Biology。26 ( 14): 5325–35。doi : 10.1128 / MCB.00584-06。PMC 1592707。PMID 16809769 。 ↑ Ogryzko VV (2008年4月) 「エルヴィン・シュレーディンガー、フランシス・クリック 、 そしてエピジェネティックな安定性」 Biology Direct 3:15 . doi : 10.1186/1745-6150-3-15 . PMC 2413215. PMID 18419815 . ↑ Barbieri I、Kouzarides T (2020年6月)。「がんにおけるRNA修飾の役割」。Nature Reviews. Cancer . 20 (6): 303–322 . Bibcode : 2020NatRC..20..303B . doi : 10.1038/s41568-020-0253-2 . PMID 32300195 . ↑ Jia G、Fu Y、Zhao X、Dai Q、Zheng G、Yang Y、et al. (2011 年 10 月) 「核 RNA 中の N6- メチルアデノシンは肥満関連 FTO の主要な基質である」 Nature Chemical Biology . 7 (12): 885–7 . doi : 10.1038/nchembio.687 . PMC 3218240 . PMID 22002720 . ↑ 「新たな研究により、一般的なRNA修飾と肥満との関連性が明らかに」 。Physorg.com 。 2012年 7月26日 取得 。 ↑ Nottke A 、 Colaiácovo MP、Shi Y (2009 年3 月 )。 「ヒストンリジン脱メチル化酵素の発生における役割 」 。Development。136 ( 6 ) : 879–89。doi : 10.1242 / dev.020966。PMC 2692332。PMID 19234061 。 ↑ Rosenfeld JA、Wang Z、Schones DE、Zhao K、DeSalle R、Zhang MQ (2009 年 3 月)。 「 ヒトゲノム の 非 遺伝子 領域 における ヒストン修飾の濃縮の決定」 。BMC Genomics。10 143。doi : 10.1186/1471-2164-10-143。PMC 2667539。PMID 19335899 。 ↑ Sneppen K、 Micheelsen MA、Dodd IB (2008年4月15 日 )。 「ヌクレオソーム修飾における正のフィードバックループによる超高感度遺伝子制御」 。Molecular Systems Biology。4 ( 1 ) 182。doi : 10.1038 /msb.2008.21。PMC 2387233。PMID 18414483 。 ↑ 「エピジェネティック細胞記憶」 . Cmol.nbi.dk. 2011年9月30日の オリジナルからアーカイブ済み 。 2012年 7月26日 取得。 ↑ Dodd IB、Micheelsen MA 、Sneppen K、Thon G (2007 年5 月 ) 。 「ヌクレオソーム修飾によるエピジェネティック細胞記憶の理論的解析」 。Cell。129 ( 4 ) : 813–22。doi : 10.1016 / j.cell.2007.02.053。PMID 17512413。S2CID 16091877 。 ↑ Morris KL (2008). 「遺伝子発現 の エピジェネティック制御」。RNA と遺伝子発現の制御：隠された複雑性の層 。ノーフォーク、イングランド：Caister Academic Press。ISBN 978-1-904455-25-7 。↑ Mattick JS、Amaral PP 、 Dinger ME、Mercer TR、Mehler MF (2009 年 1 月)。 「 RNA による エピ ジェネティック プロセス の 制御」 。BioEssays。31 (1): 51–9。doi : 10.1002 /bies.080099。PMID 19154003。S2CID 19293469 。 ↑ Choi CQ (2006年5月25日). 「RNAは遺伝分子になり得る」 . The Scientist . 2007年2月8日時点の オリジナル よりアーカイブ 。 1 2 3 Wang Z 、 Yao H 、 Lin S、Zhu X、Shen Z、Lu G、et al. (2013 年 4 月)。「ヒトマイクロ RNA の転写およびエピジェネティック制御」。Cancer Letters。331 ( 1 ): 1– 10。doi : 10.1016/ j.canlet.2012.12.006。PMID 23246373 。 ↑ 「種別にmiRBaseを閲覧する 」 ↑ Lim LP、Lau NC、Garrett-Engele P、Grimson A、Schelter JM、Castle J、et al . (2005 年 2 月 ) 。 「マイクロアレイ解析 により、一部 の マイクロRNAが多数の標的mRNAの発現を抑制することが示された」。Nature。433 ( 7027 ) : 769–73。Bibcode : 2005Natur.433..769L。doi : 10.1038 / nature03315。PMID 15685193。S2CID 4430576 。 ↑ Lee D、Shin C（2012 年 10月 ）。 「マイクロRNA-標的相互作用：ゲノムワイドアプローチからの新たな知見」 。 ニューヨーク 科学 アカデミー 紀要 。1271 （ 1） ： 118–28。Bibcode ： 2012NYASA1271..118L。doi ： 10.1111 / j.1749-6632.2012.06745.x。PMC 3499661。PMID 23050973 。 ↑ Friedman RC、Farh KK 、Burge CB、Bartel DP (2009 年 1 月)。 「 ほとんど の哺乳類 mRNA はマイクロ RNA の保存された標的である」 。Genome Research。19 ( 1 ) : 92–105。doi : 10.1101 / gr.082701.108。PMC 2612969。PMID 18955434 。 ↑ Goll MG 、Bestor TH ( 2005)。「真核生物のシトシンメチルトランスフェラーゼ 」 。Annual Review of Biochemistry。74 ： 481–514。doi ： 10.1146 / annurev.biochem.74.010904.153721。PMID 15952895。S2CID 32123961 。 ↑ Howden BP、Beaume M、Harrison PF、Hernandez D、Schrenzel J、Seemann T、et al. (2013 年 8 月) 「抗菌剤曝露後の多剤耐性黄色ブドウ球菌における小型 RNA 転写応答の解析」 Antimicrobial Agents and Chemotherapy 57 ( 8): 3864–74 . doi : 10.1128/AAC.00263-13 . PMC 3719707 . PMID 23733475 . ↑ 「sRNATarBase 2.0 実験によって検証された細菌SRNA標的の包括的なデータベース」 。 2013年9月26日に オリジナル からアーカイブされました。 ↑ 「微生物ゲノムにおける小型非コードRNAとその標的のゲノムマップ」 。 2017年6月8日に オリジナル からアーカイブ。 2013年 8月13日 に取得 。 ↑ Ruffo, Paola, et al.「神経変性疾患におけるエピジェネティック制御因子としての長鎖ノンコーディングRNA」Neural Regeneration Research 18.6 (2023): 1243. ↑ Bresnahan ST、Lee E、Clark L、Ma R、Rangel J、Grozinger CM、et al. (2023 年 6 月)。 「 ミツバチ(Apis mellifera) の 攻撃行動を媒介する転写 と RNA メチル化に対する親由来の影響の検討」 。BMC Genomics。24 ( 1 ) 315。doi : 10.1186/s12864-023-09411-4。PMC 10258952。PMID 37308882 。 ↑ Yool A、Edmunds WJ ( 1998 ) 。「エピジェネティック遺伝とプリオン」。 進化生物学ジャーナル 。11 (2): 241–42。doi : 10.1007/s000360050085 (2025年10月 4日非アクティブ)。 {{cite journal}}: CS1メンテナンス: DOIは2025年10月現在非アクティブです（リンク）↑ Cox BS (1965). " [ PSI ] 、酵母における超抑制の細胞質抑制因子 " . Heredity . 20 (4): 505– 21. Bibcode : 1965Hered..20..505C . doi : 10.1038/hdy.1965.65 . ↑ Lacroute F (1971 年 5 月). "酵母におけるウレイドコハク酸の取り込みを可能にする非メンデル変異" . Journal of Bacteriology . 106 (2): 519–22 . doi : 10.1128/JB.106.2.519-522.1971 . PMC 285125 . PMID 5573734 . ↑ Liebman SW、Sherman F (1979 年9 月 )。 「酵母 における染色体外psi+決定因子 による ナンセンス突然変異の抑制」 。Journal of Bacteriology。139 ( 3 ): 1068–71。doi : 10.1128 / JB.139.3.1068-1071.1979。PMC 218059。PMID 225301 。 ↑ True HL、Lindquist SL（2000 年9 月 ）。 「酵母プリオン は遺伝 的 変異と表現型の多様 性 の メカニズムを提供する」。Nature。407 （ 6803 ） ： 477–83。Bibcode ： 2000Natur.407..477T。doi ： 10.1038/35035005。PMID 11028992。S2CID 4411231 。 ↑ Shorter J、Lindquist S (2005 年 6 月)。「プリオンは記憶と遺伝の適応的導管である」。Nature Reviews. Genetics . 6 (6): 435–50 . doi : 10.1038/nrg1616 . PMID 15931169 . S2CID 5575951 . ↑ Giacomelli MG、Hancock AS、 Masel J (2007 年 2 月 )。 「3 ' UTR のコーディング領域への変換」 。Molecular Biology and Evolution。24 ( 2): 457–64。doi : 10.1093/ molbev / msl172。PMC 1808353。PMID 17099057 。 ↑ Lancaster AK、Bardill JP、True HL、Masel J (2010 年 2 月)。 「酵母プリオン [ PSI+ ] の自然発生率と [ PSI+ ] システム の進化可能 性特性の進化 へ の 影響 」 。Genetics。184 (2 ) : 393–400。doi : 10.1534 / genetics.109.110213。PMC 2828720。PMID 19917766 。 ↑ Garcia DM、Campbell EA 、Jakobson CM、Tsuchiya M、Shaw EA、DiNardo AL、et al . (2021年9月)。 「 プリオン は 寿命を犠牲にして増殖を加速する」 。eLife。10 e60917。doi : 10.7554 / eLife.60917。PMC 8455135。PMID 34545808 。 ↑ Topart C、Werner E 、Arimondo PB (2020 年 7月)。 「 エピジェネティックタイムラインをたどる」 。Clin Epigenetics。12 ( 1) 97。doi : 10.1186 / s13148-020-00893-7。PMC 7330981。PMID 32616071 。 ↑ Chandler VL (2007年2月) 「パラミューテーション：トウモロコシ から マウスまで」 Cell . 128 ( 4): 641–5 . Bibcode : 2007Cell..128..641C . doi : 10.1016/j.cell.2007.02.007 . PMID 17320501. S2CID 6928707 . ↑ Zaidi SK、Lian JB、van Wijnen A、Stein JL、Stein GS (2017)「有糸分裂遺伝子ブックマーク：系統決定、細胞アイデンティティ、細胞増殖の調整のためのエピジェネティック機構」 RUNX タンパク質発生と癌 。実験医学と生物学の進歩。第962巻 、 95～ 102 ページ。doi ： 10.1007 /978-981-10-3233-2_7。ISBN 978-981-10-3231-8 . PMC 7233416 . PMID 28299653 . ↑ Suter CM、Martin DI (2010 年1 月 )。 「パラミューテーション: エピジェネティックな氷山 の 一角か？」 。 Trends in Genetics。26 ( 1): 9–14。doi : 10.1016 /j.tig.2009.11.003。PMC 3137459。PMID 19945764 。 ↑ Ferguson-Smith AC (2011年7月)「ゲノムインプリンティング：エピジェネティックパラダイムの出現」 Nature Reviews. Genetics . 12 (8): 565– 575. doi : 10.1038/nrg3032 . PMID 21765458 . S2CID 23630392 . ↑ Kovalchuk O、Baulch JE ( 2008 年1 月 )。 「エピジェネティック変化と非標的放射線影響 - 関連性はあるのか？」 。 Environmental and Molecular Mutagenesis。49 ( 1 ): 16–25。Bibcode : 2008EnvMM..49...16K。doi : 10.1002 / em.20361。PMID 18172877。S2CID 38705208 。 ↑ Ilnytskyy Y 、Kovalchuk O （ 2011 年 9月）。「非標的放射線効果―エピジェネティックな関連性 」 。Mutation Research。714 （ 1–2 ） ： 113–25。Bibcode ： 2011MRFMM.714..113I。doi ： 10.1016 / j.mrfmmm.2011.06.014。PMID 21784089 。 ↑ Friedl AA、Mazurek B、Seiler DM (2012)。 「放射線誘発性ヒストン修飾パターンの変化と短期放射線効果への潜在的 な 影響 」 。Frontiers in Oncology。2 ： 117。doi ： 10.3389 / fonc.2012.00117。PMC 3445916。PMID 23050241 。 ↑ O'Hagan HM、Mohammad HP、Baylin SB (2008 年 8 月)。Lee JT (編)。 「二本鎖切断は、外来プロモーター CpG アイランドにおける遺伝子サイレンシングと SIRT1 依存性 DNA メチル化の開始を誘発する可能性が ある 」 。PLOS Genetics。4 ( 8 ) e1000155。doi : 10.1371 / journal.pgen.1000155。PMC 2491723。PMID 18704159 。 ↑ Malanga M 、Althaus FR (2005 年 6 月 )。 「DNA 損傷シグナル伝達ネットワークにおけるポリ (ADP-リボース) の 役割」 ( PDF) 。 生化学および細胞生物学 。83 ( 3 ): 354–64。Bibcode : 2005BCB....83..354M。doi : 10.1139 /o05-038。PMID 15959561 。 ↑ Gottschalk AJ、Timinszky G、Kong SE、Jin J、Cai Y、Swanson SK、et al. (2009 年 8 月) 「ポリ (ADP-リボシル)化は ATP 依存性クロマチン リモデリング因子のリクルートと活性化を誘導する」 . 米国科学アカデミー紀要 . 106 (33): 13770– 4. Bibcode : 2009PNAS..10613770G . doi : 10.1073/pnas.0906920106 . PMC 2722505 . PMID 19666485 . ↑ Lin JC、Jeong S 、Liang G、Takai D、Fatemi M、Tsai YC、et al. (2007年11月)。 「 MLH1 CpGアイランドのエピジェネティックサイレンシングにおけるヌクレオソーム占有の役割」 。Cancer Cell。12 ( 5 ) : 432–44。doi : 10.1016 / j.ccr.2007.10.014。PMC 4657456。PMID 17996647 。 ↑ Tabish AM、Poels K、Hoet P、Godderis L (2012)。Chiariotti L (編)。 「がんリスクにおけるエピジェネティック因子：ヒトTK6細胞における化学発がん物質の全体的なDNAメチル化パターンへの 影響 」 。PLOS ONE。7 ( 4 ) e34674。Bibcode ： 2012PLoSO ... 734674T。doi ： 10.1371 / journal.pone.0034674。PMC 3324488。PMID 22509344 。 ↑ Burdge GC、Hoile SP、Uller T、Thomas NA、Gluckman PD、Hanson MA、et al. (2011)。Imhof A (編)。 「 栄養転換後の子孫 の表現型とエピジェノタイプ の 漸進的かつ世代を超えた変化」 。PLOS ONE。6 ( 11 ) e28282。Bibcode : 2011PLoSO... 628282B。doi : 10.1371 / journal.pone.0028282。PMC 3227644。PMID 22140567 。 ↑ Fang M、Chen D、Yang CS（2007年1月）。 「食事 性 ポリフェノールはDNAメチル化に影響を与える可能性がある」 。 栄養 学ジャーナル 。137 （1 Suppl）： 223S– 228S。doi ： 10.1093 /jn/ 137.1.223S。PMID 17182830 。 ↑ Olaharski AJ、Rine J、Marshall BL、Babiarz J、Zhang L、Verdin E、et al. (2005 年 12 月) 「香料ジヒドロクマリンはエピジェネティックサイレンシングを逆転させ、サーチュイン脱アセチル化酵素を阻害する」 PLOS Genetics 1 ( 6) e77. doi : 10.1371/journal.pgen.0010077 . PMC 1315280 . PMID 16362078 . ↑ Djuric Z、Chen G、Doerge DR、Heilbrun LK、Kucuk O (2001 年 10 月)「男性と女性の酸化ストレスマーカーに対する大豆イソフラボン補給の効果」 Cancer Letters . 172 (1): 1–6 . doi : 10.1016/S0304-3835(01)00627-9 . PMID 11595123 . ↑ Kropat C、Mueller D、Boettler U、Zimmermann K、Heiss EH、Dirsch VM、et al. (2013 年 3 月)。「ビルベリーアントシアニンによる Nrf2 依存性遺伝子転写の生体内調節」。Molecular Nutrition & Food Research。57 ( 3 ): 545–50。doi : 10.1002 /mnfr.201200504。PMID 23349102 。 ↑ Swenberg JA、Lu K、Moeller BC、Gao L、Upton PB、Nakamura J、et al. (2011 年 3 月) 「内因性 DNA 付加体と外因性 DNA 付加体: 発がん、疫学、およびリスク評価における役割」 Toxicol Sci . 120 (Suppl 1): S130–45. doi : 10.1093/toxsci/kfq371 . PMC 3043087 . PMID 21163908 . 1 2 Hamilton ML、Guo Z、Fuller CD、Van Remmen H、Ward WF、Austad SN、et al. (2001 年 5 月)。 「ヨウ化ナトリウム法による DNA 分離を用いた核およびミトコンドリア DNA 中の 8-オキソ-2-デオキシグアノシン レベルの信頼性の高い評価」 。Nucleic Acids Res . 29 (10): 2117–26 . doi : 10.1093 / nar/29.10.2117 . PMC 55450. PMID 11353081 . ↑ Ming X、Matter B、Song M、Veliath E、Shanley R、Jones R、et al. (2014 年 3 月)。 「 DNA 二重らせんに沿った構造的に定義さ れたグアニン酸化生成物 のマッピング : 局所配列 コンテキストと内因性シトシンメチル化の影響」 。J Am Chem Soc。136 ( 11 ): 4223–35。Bibcode : 2014JAChS.136.4223M。doi : 10.1021 / ja411636j。PMC 3985951。PMID 24571128 。 1 2 3 Zhou X、Zhuang Z、Wang W、He L、Wu H、Cao Y、et al. (2016 年 9 月)。「OGG1 は酸化ストレス誘発 DNA 脱メチル化に必須である」。Cell Signal . 28 (9): 1163–1171 . doi : 10.1016/j.cellsig.2016.05.021 . PMID 27251462 . ↑ Poetsch AR (2020). "酸化DNA損傷、修復、および結果として生じる突然変異のゲノミクス" . Comput Struct Biotechnol J . 18 : 207– 219. doi : 10.1016/j.csbj.2019.12.013 . PMC 6974700 . PMID 31993111 . ↑ D'Augustin O、Huet S、Campalans A、Radicella JP (2020年11月)。 「群衆に埋もれて：ヒト8-オキソグアニンDNAグリコシラーゼ1（OGG1）はゲノム中の8-オキソグアニンをどのように見つけるのか？」 。 Int J Mol Sci。21 （ 21 ） ：8360。doi ： 10.3390/ ijms21218360。PMC 7664663。PMID 33171795 。 ↑ Lan L, Nakajima S, Oohata Y, Takao M, Okano S, Masutani M, et al. (2004年9月). "哺乳類細胞における酸化的DNA損傷の修復プロセスのin situ解析" . Proc Natl Acad Sci USA . 101 (38): 13738– 43. Bibcode : 2004PNAS..10113738L . doi : 10.1073/pnas.0406048101 . PMC 518826 . PMID 15365186 . ↑ Maeder ML、Angstman JF、Richardson ME、Linder SJ、Cascio VM、Tsai SQ、et al. (2013 年 12 月)。 「プログラム可能な TALE-TET1 融合タンパク質を用いた標的 DNA 脱メチル化と内因性遺伝子 の 活性化」 。Nat . Biotechnol . 31 (12): 1137–42 . doi : 10.1038/nbt.2726 . PMC 3858462. PMID 24108092 . ↑ Ding N, Bonham EM, Hannon BE, Amick TR, Baylin SB, O'Hagan HM (2016年6月). "ミスマッチ修復タンパク質はDNAメチルトランスフェラーゼ1を酸化DNA損傷部位にリクルートする" . J Mol Cell Biol . 8 (3): 244– 54. doi : 10.1093/jmcb/mjv050 . PMC 4937888 . PMID 26186941 . 1 2 Jiang Z, Lai Y, Beaver JM, Tsegay PS, Zhao ML, Horton JK, et al. (2020 年 1 月). "酸化 DNA 損傷は、DNA ポリメラーゼ β と de novo DNA メチルトランスフェラーゼ間のクロストークを介して、ヒト乳がん 1 (BRCA1) 遺伝子の DNA メチル化パターンを調節する" . Cells . 9 (1): 225. doi : 10.3390/cells9010225 . PMC 7016758 . PMID 31963223 . ↑ Mortusewicz O、Schermelleh L、Walter J 、Cardoso MC、Leonhardt H ( 2005年6月)。 「DNAメチル トランスフェラーゼ I の DNA修復 部位へのリクルート」 。Proc Natl Acad Sci USA。102 ( 25): 8905–9。Bibcode : 2005PNAS..102.8905M。doi : 10.1073 / pnas.0501034102。PMC 1157029。PMID 15956212 。 1 2 O'Hagan HM、Mohammad HP、Baylin SB (2008 年 8 月)。 「二本鎖切断は 、 外来プロモーター CpG アイランドにおける遺伝子サイレンシングと SIRT1 依存性 DNA メチル化の開始を誘発する可能性がある 」 。PLOS Genet。4 ( 8 ) e1000155。doi : 10.1371 / journal.pgen.1000155。PMC 2491723。PMID 18704159 。 ↑ Ha K、Lee GE、Palii SS、Brown KD、Takeda Y、Liu K、et al. (2011 年 1 月) 「DNA 二本鎖切断への DNMT1 の迅速かつ一時的なリクルートは、DNA 損傷応答機構の複数の構成要素との相互作用によって媒介される」 Hum Mol Genet . 20 (1): 126– 40. doi : 10.1093/hmg/ddq451 . PMC 3000680 . PMID 20940144 . ↑ Russo G、Landi R、Pezone A、Morano A、Zuchegna C、Romano A、et al. (2016 年 9 月)。 「 DNA 損傷 と 修復は、標的遺伝子座の DNA メチル化とクロマチン領域 を 修飾する: 対立遺伝子メチル化多型のメカニズム」 。Sci Rep。6 33222。Bibcode : 2016NatSR... 633222R。doi : 10.1038 / srep33222。PMC 5024116。PMID 27629060 。 ↑ Farris MH、Texter PA、Mora AA、Wiles MV、Mac Garrigle EF、Klaus SA、et al. (2020 年 12 月) 「CpG アイランドのメチル化パターンの変化による CRISPR を介したゲノム修飾の検出」 BMC Genomics 21 ( 1) 856. doi : 10.1186/s12864-020-07233-2 . PMC 7709351 . PMID 33267773 . ↑ Sapp J (1991). 「繊毛 虫原生動物 の 組織化の概念」 『現代発生学の概念史』 発生生物学、第7巻、 229-258 頁。doi : 10.1007 /978-1-4615-6823-0_11。ISBN 978-1-4615-6825-4 PMID 1804215 ↑ サップ J (2003). 創世記：生物学の進化 . オックスフォード：オックスフォード大学出版局. ISBN 978-0-19-515619-5 。↑ Gray RD、Oyama S、Griffiths PE (2003)。 『偶発性のサイクル：発達システムと進化』（生命 と 精神：生物学と心理学における哲学的問題） 。マサチューセッツ州ケンブリッジ：MIT Press。ISBN 978-0-262-65063-2 。↑ Serizay J、Dong Y、Jänes J、Chesney M、Cerrato C、Ahringer J (2020年2月20日)。「組織特異的プロファイリングにより、普遍的遺伝子、生殖細胞系遺伝子、体細胞遺伝子の独特な制御構造が明らかになる」。bioRxiv 10.1101 /2020.02.20.958579 。 1 2 Teif VB、Beshnova DA、Vainshtein Y、Marth C、Mallm JP、Höfer T、et al. (2014 年 8 月)。 「ヌクレオソーム の 再配置は、幹細胞発生中の DNA (脱)メチル化と CTCF 結合 の 差異を結びつける」 。Genome Research。24 ( 8 ): 1285–95。doi : 10.1101 /gr.164418.113。PMC 4120082。PMID 24812327 。 ↑ Buschbeck M、Hake SB (2017 年 5 月)。 「コアヒストンの変異体と細胞運命決定、発生、癌におけるそれらの役割」 。Nature Reviews. Molecular Cell Biology . 18 (5): 299–314 . doi : 10.1038/nrm.2016.166 . PMID 28144029 . S2CID 3307731 . ↑ Jang CW、Shibata Y、Starmer J、Yee D、Magnuson T (2015年7月)。 「ヒストンH3.3は哺乳類の発生中にゲノムの完全性を維持 する 」 。Genes & Development。29 ( 13 ) : 1377–92。doi : 10.1101 / gad.264150.115。PMC 4511213。PMID 26159997 。 ↑ 「3Dゲノム」 www.nature.com 2019 年9月2日 2021年 9 月26日 閲覧 ↑ Kitamura T, Ogawa SK, Roy DS, Okuyama T, Morrissey MD, Smith LM, et al. (2017年4月). "記憶のシステム統合に重要なエングラムと回路" . Science . 356 (6333): 73– 78. Bibcode : 2017Sci...356...73K . doi : 10.1126/science.aam6808 . PMC 5493329 . PMID 28386011 . 1 2 Stott RT、Kritsky O、Tsai LH (2021)。 「文脈 的 恐怖学習に対するDNA切断部位と転写変化のプロファイリング 」 。PLOS ONE。16 ( 7 ) e0249691。Bibcode : 2021PLoSO..1649691S。doi : 10.1371 / journal.pone.0249691。PMC 8248687。PMID 34197463 。 ↑ Lee BH、Shim JY、Moon HC、Kim DW、Kim J、Yook JS、et al. (2022年7月) 「生きたマウスにおける記憶形成中のmRNA 合成 のリアルタイム可視化」 . Proc Natl Acad Sci USA . 119 (27) e2117076119. Bibcode : 2022PNAS..11917076L . doi : 10.1073/pnas.2117076119 . PMC 9271212. PMID 35776545 . ↑ Tischmeyer W 、Grimm R（1999 年4 月 ） 。 「即時初期遺伝子の活性化と記憶形成」 。Cell Mol Life Sci。55 （ 4 ） ： 564–74。doi ： 10.1007/ s000180050315。PMC 11146814。PMID 10357227。S2CID 6923522 。 1 2 Oliveira AM、Hemstedt TJ、Bading H (2012年7 月)。「Dnmt3a2発現 の加齢 に 伴う低下の回復は認知能力を回復させる」。Nat Neurosci。15 ( 8 ) : 1111–3。doi : 10.1038 / nn.3151。PMID 22751036。S2CID 10590208 。 1 2 Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, et al. (2019年8月). "EGR1はTET1をリクルートして、発達中および神経活動時に脳のメチロームを形成する" . Nat Commun . 10 (1) 3892. Bibcode : 2019NatCo..10.3892S . doi : 10.1038/s41467-019-11905-3 . PMC 6715719 . PMID 31467272 . ↑ Manzo M、Wirz J、Ambrosi C、Villaseñor R、Roschitzki B、Baubec T (2017年12月)。 「DNMT3A の アイソフォーム特異的局在は、二価CpGアイランドにおけるDNAメチル化の忠実度を調節 する 」 。EMBO J。36 ( 23 ) : 3421–3434。doi : 10.15252 / embj.201797038。PMC 5709737。PMID 29074627 。 ↑ Joels G、Lamprecht R (2014)。 「恐怖記憶の形成は別の記憶に影響を与える可能性がある：恐怖条件付けは条件付け味覚嫌悪（CTA）記憶の消去に影響を与えるが、想起には影響を 与え ない 」 。Front Behav Neurosci。8 ： 324。doi ： 10.3389 / fnbeh.2014.00324。PMC 4179742。PMID 25324744 。 ↑ Moore LD、Le T、Fan G (2013 年 1 月)。 「 DNA メチル 化 とその基本機能」 。Neuropsychopharmacology。38 ( 1 ) : 23–38。doi : 10.1038 / npp.2012.112。PMC 3521964。PMID 22781841 。 1 2 Halder R、Hennion M、Vidal RO、Shomroni O、Rahman RU、Rajput A、et al. (2016 年 1 月)。「可塑性遺伝子の DNA メチル化の変化は、記憶の形成と維持に伴って起こる」。Nat Neurosci . 19 (1): 102– 10. doi : 10.1038/nn.4194 . PMID 26656643 . S2CID 1173959 . ↑ Frankland PW 、Bontempi B、Talton LE、Kaczmarek L、 Silva AJ ( 2004 年 5 月 ) 。 「遠隔文脈恐怖記憶における 前帯状皮質 の 関与」。Science。304 ( 5672 ): 881–3。Bibcode : 2004Sci ...304..881F。doi : 10.1126/science.1094804。PMID 15131309。S2CID 15893863 。 ↑ Barter JD、Foster TC (2018 年 10 月) 。 「 脳の老化：認知機能低下におけるエピジェネティクスの新たな役割」。The Neuroscientist。24 ( 5 ) : 516–525。doi : 10.1177 / 1073858418780971。PMID 29877135。S2CID 46965080 。 ↑ Harman MF、 Martín MG (2020 年 2月) 。 「 加齢に伴う認知機能低下に関連するエピジェネティックメカニズム」。Journal of Neuroscience Research。98 ( 2 ): 234–246。doi : 10.1002/jnr.24436。hdl : 11336 / 128755。PMID 31045277。S2CID 143423862 。 ↑ ブラガDL、ムソビッチ＝ネトF、トノン＝ダ＝シウバG、サルゲイロWG、森MA（2020年8月）。 「加齢に伴うエピジェネティックな変化とその根底にあるメカニズム」 バイオジェロントロジー 。 21 (4): 423–443 . 土井 : 10.1007/s10522-020-09874-y 。 PMID 32356238 。 S2CID 254292058 。 ↑ Zhang W, Qu J, Liu GH, Belmonte JC (2020年3月). "老化エピゲノムとその若返り". Nature Reviews. Molecular Cell Biology . 21 (3): 137– 150. doi : 10.1038/s41580-019-0204-5 . PMID 32020082 . S2CID 211028527 . ↑ Simpson DJ、Olova NN、Chandra T (2021 年9 月 )。 「細胞 の再プログラミングとエピジェネティック な 若返り」 。Clinical Epigenetics。13 (1) 170。doi : 10.1186 / s13148-021-01158-7。PMC 8419998。PMID 34488874 。 ↑ Hwang JY、Aromolaran KA、Zukin RS (2017 年 5 月)。 「神経変性および神経保護におけるエピジェネティクスの新たな分野」 。Nature Reviews. Neuroscience . 18 (6): 347–361 . doi : 10.1038/nrn.2017.46 . PMC 6380351 . PMID 28515491 . ↑ グリゴレンコ EL、コルニーロフ SA、ナウモバ OY (2016 年 11 月)。 「認知のエピジェネティックな制御: この分野の限定的レビュー」。 発達と精神病理学 。 28 (4pt2): 1285–1304 。 土井 : 10.1017/S0954579416000857 。 PMID 27691982 。 S2CID 21422752 。 ↑ Bacon ER、Brinton RD (2021 年 6 月)。 「 発達期および加齢期の脳のエピジェネティクス：脳の再編成の開始と結果を制御する メカニズム 」 。Neuroscience and Biobehavioral Reviews。125 ： 503–516。doi ： 10.1016 / j.neubiorev.2021.02.040。PMC 8989071。PMID 33657435 。 ↑ Streifer M、Gore AC (2021) 「エピジェネティクス、 エストロゲン 性内分泌かく乱化学物質（EDC）、および脳」 内分泌かく乱化学物質 。薬理学の進歩。第92巻、 73～ 99 ページ。doi : 10.1016 /bs.apha.2021.03.006。ISBN 978-0-12-823466-2 . PMID 34452697 . S2CID 237339845 . ↑ Bekdash RA (2018年1月)「コリン、脳、神経変性：エピジェネティクスからの洞察」 Frontiers in Bioscience . 23 (6) 4636: 1113– 1143. doi : 10.2741/4636 . PMID 28930592 . ↑ Ekstrand B、Scheers N、Rasmussen MK、Young JF 、 Ross AB、Landberg R (2021 年 5 月 ) 。「脳に良い食品 - 脳 の パフォーマンスと健康における食事の役割」。Nutrition Reviews。79 ( 6): 693–708。doi : 10.1093/nutrit / nuaa091。PMID 32989449 。 ↑ Fernandes J 、Arida RM、Gomez-Pinilla F (2017 年9 月 )。 「 脳 の 可塑性と認知のエピジェネティックな調節因子としての身体運動」 。Neuroscience and Biobehavioral Reviews。80 : 443–456。doi : 10.1016 /j.neubiorev.2017.06.012。PMC 5705447。PMID 28666827 。 ↑ Tamim B (2022年9月4日) 「新たな発見：マウスの脳に隠れたシナプスが神経伝達の理解を深める可能性」 interestingengineering.com 2022 年 10月19日 取得 。 ↑ Sheu SH、Upadhyayula S、Dupuy V、Pang S、Deng F、Wan J、et al. (2022 年 9 月)。 「 セロトニン 作動 性軸索繊毛シナプスが核シグナル伝達 を駆動し 、クロマチンアクセシビリティ を 変化させる」 。Cell。185 (18): 3390–3407.e18。doi : 10.1016 / j.cell.2022.07.026。PMC 9789380。PMID 36055200。S2CID 251958800 。 大学のプレスリリース：「科学者たちがニューロンの微細な毛の中に新しいタイプのシナプスを発見」 。 ハワード・ヒューズ医学研究所（phys.org経由）。 2022年 10月19日 取得 。 ↑ Keverne EB (2011年4月)「エピジェネティクスと脳の 進化」 Epigenomics 3 (2): 183– 191. doi : 10.2217/epi.11.10 . PMID 22122280 . ↑ Griesemer J 、 Haber MH、Yamashita G、Gannett L (2005 年 3 月)。「重要な通知: 偶発性のサイクル - 発生システムと進化」 。Biology & Philosophy。20 ( 2–3 ) : 517–44。doi : 10.1007 / s10539-004-0836-4。S2CID 2995306 。 ↑ 章:「神経系の発達」、『エピジェネティクス』、ベネディクト・ハルグリムソン、ブライアン・ホール著 ↑ Costa S、Shaw P（2007年3月） 。 （PDF） 。Trends in Cell Biology。17 （3）：101–6。doi ：10.1016 / j.tcb.2006.12.005。PMID 17194589。 2013年12 月 15日にオリジナル（PDF） からアーカイブ。これは、植物細胞が細胞記憶メカニズムを使用または必要とせず、位置情報にのみ反応すること を示唆している可能性があります。しかし、植物はいくつかのプロセスでPcGタンパク質によって媒介される細胞記憶メカニズムを使用していることが示されています。（p. 104） ↑ Cooney CA、Dave AA、Wolff GL（2002年8月）。 「マウスにおける母体メチルサプリメントは子孫のエピジェネティック変異とDNAメチル化に影響を与える」 。The Journal of Nutrition。132 （ 8 Suppl）： 2393S– 2400S。doi ： 10.1093 / jn/132.8.2393S。PMID 12163699 。 ↑ Waterland RA、Jirtle RL (2003 年 8 月)。 「 転移 因子 ：エピジェネティック遺伝子制御に対する初期栄養効果 の 標的」 。 分子細胞生物学 。23 (15): 5293–300。doi : 10.1128 / MCB.23.15.5293-5300.2003。PMC 165709。PMID 12861015 。 ↑ Dolinoy DC (2008 年 8 月) 「アグーチマウスモデル：胎児エピゲノムに対する栄養および環境変化のエピジェネティックバイオセンサー」 Nutrition Reviews 66 (Suppl 1): S7-11. doi : 10.1111 /j.1753-4887.2008.00056.x . PMC 2822875 . PMID 18673496 . ↑ Schulze KV、Bhatt A、Azamian MS、Sundgren NC、Zapata GE、Hernandez P、et al. (2019 年 11 月)。 「糖尿病性胎児症 の 診断 バイオ マーカー としての異常な DNA メチル化」 。Genetics in Medicine。21 ( 11): 2453–2461。doi : 10.1038 /s41436-019-0516- z。PMID 30992551。S2CID 116880337 。 ↑ Callaway E (2013年12月1日) 「マウスの子孫に受け継がれる恐ろしい記憶：トラウマ体験による遺伝的痕跡は少なくとも2世代にわたって受け継がれる」 。Nature Magazine – Scientific American経由。 ↑ Le Roux M (2013年12月13日) 「ネズミは精子を介して息子や孫に危険を『警告』することができる」 。 ↑ Francis G (2014 年 10 月). 「 最近の画期的なエピジェネティクス実験は成功しすぎている」 . Genetics . 198 (2): 449–451 . doi : 10.1534/genetics.114.163998 . PMC 4196602. PMID 25316784 . ↑ Dias BG、Ressler KJ (2014年1 月 )。 「親 の 嗅覚経験は 、 後世代の行動と神経構造に影響を与える」 。Nature Neuroscience。17 ( 1 ) : 89–96。doi : 10.1038/ nn.3594。PMC 3923835。PMID 24292232 。 ↑ 「エピジェネティクスに関する論文が疑問を提起 」 ↑ Hoekstra RF (2000). 進化：入門 . オックスフォード：オックスフォード大学出版局. p. 285. ISBN 978-0-19-854968-0 。↑ Lamb MJ、Jablonka E (2005)。 進化の4つの次元：生命の歴史における遺伝的、エピジェネティック、行動的、象徴的変異 。 マサチューセッツ州ケンブリッジ：MIT Press。ISBN 978-0-262-10107-3 。↑ デニス・ノーブル著 『 生命の音楽』 、特に93～98ページと48ページ も参照。同ページでは、ノーブルがヤブロンカとラムの論文、およびマッシモ・ピグリウッチによる 『ネイチャー』 435 巻565～566ページ（2005年6月2日）に掲載されたヤブロンカとラムの論文のレビューを ↑ Danchin É、Charmantier A、Champagne FA、Mesoudi A、Pujol B、Blanchet S (2011年6月)。 「DNAを超えて：包括的遺伝を拡張進化理論に統合する」 。Nature Reviews. Genetics . 12 (7): 475–86 . doi : 10.1038/nrg3028 . PMID 21681209 . S2CID 8837202 . ↑ Maynard Smith J (1990 年 3 月). "二重遺伝システムのモデル". Journal of Theoretical Biology . 143 (1): 41– 53. Bibcode : 1990JThBi.143...41M . doi : 10.1016/S0022-5193(05)80287-5 . PMID 2359317 . ↑ Lynch M (2007 年 5 月) 「生物の複雑性の起源に関する適応仮説の脆弱性」 米国 科学アカデミー紀要 104 (Suppl 1): 8597–604. Bibcode : 2007PNAS..104.8597L . doi : 10.1073 / pnas.0702207104 . PMC 1876435 . PMID 17494740 . ↑ Dickins TE、Rahman Q (2012 年8 月 )。 「拡張され た進化的総合と 進化 における 軟性遺伝の 役割」 。Proceedings . Biological Sciences . 279 (1740): 2913–21。Bibcode : 2012PBioS.279.2913D。doi : 10.1098 / rspb.2012.0273。PMC 3385474。PMID 22593110 。 ↑ Rando OJ、Verstrepen KJ (2007年2月)。 「 遺伝 的 および エピジェネティックな継承の時間スケール」 。Cell。128 ( 4 ) : 655–68。doi : 10.1016 / j.cell.2007.01.023。PMID 17320504。S2CID 17964015 。 ↑ Lancaster AK、Masel J (2009 年 9 月)。 「 不可逆 的模倣体の存在下 における 可逆的スイッチ の 進化」 。Evolution ; International Journal of Organic Evolution。63 ( 9 ) : 2350–62。Bibcode : 2009Evolu..63.2350L。doi : 10.1111 / j.1558-5646.2009.00729.x。PMC 2770902。PMID 19486147 。 ↑ van der Graaf A、Wardenaar R、Neumann DA、Taudt A、Shaw RG、Jansen RC、et al. (2015 年 5 月)。 「 自発 的 エピ変異の速度、スペクトル、および進化ダイナミクス」 。 米国 科学 アカデミー紀要 。112 ( 21 ) : 6676–81。Bibcode : 2015PNAS..112.6676V。doi : 10.1073 / pnas.1424254112。PMC 4450394。PMID 25964364 。 ↑ Griswold CK、Masel J (2009 年 6 月)。 「 酵母の性交率が現実的であっても、 複雑な適応が キャパシタ [ PSI ] の進化を促進する可能性 が ある 」 。PLOS Genetics。5 ( 6) e1000517。doi : 10.1371 / journal.pgen.1000517。PMC 2686163。PMID 19521499 。 ↑ Jablonka E、Raz G (2009 年 6月 )。 「世代を超えたエピジェネティックな遺伝：その蔓延、メカニズム、遺伝と進化の研究への影響」 ( PDF) 。The Quarterly Review of Biology。84 ( 2 ): 131–76。CiteSeerX 10.1.1.617.6333。doi : 10.1086/598822。PMID 19606595。S2CID 7233550。2011 年 7 月 15 日に オリジナル (PDF) からアーカイブ 。2017 年 11 月 1 日 に 取得 。 ↑ デイヴィス、ヘイゼル (2008)。蝶は噛むのか？：蝶と蛾に関する質問への興味深い回答（動物Q&A）。ラトガース大学出版局。 ↑ Lewis ZA、Honda S、Khlafallah TK、Jeffress JK、Freitag M、Mohn F、et al . (2009 年 3 月)。 「 反復 配列誘発点突然変異の遺物が Neurospora crassa におけるヘテロクロマチン形成を誘導する」 。Genome Research。19 ( 3 ) : 427–37。doi : 10.1101 / gr.086231.108。PMC 2661801。PMID 19092133 。 1 2 Tost J (2008). エピジェネティクス . ノーフォーク、イングランド: Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-23-3 。↑ Schadt EE、Banerjee O、Fang G、Feng Z、Wong WH、Zhang X、et al. (2013 年 1 月)。 「 第3 世代 DNA シーケンス データにおける速度変動 のモデリング によるDNA 塩基 の推定修飾 の 検出」 。Genome Research。23 (1): 129–41。doi : 10.1101 / gr.136739.111。PMC 3530673。PMID 23093720 。 ↑ Davis BM、Chao MC、Waldor MK (2013 年 4 月)。 「単一分子リアルタイム DNAシーケンシングによる細菌エピ ゲノミクス の時代への突入」 。Current Opinion in Microbiology。16 ( 2 ): 192–8。doi : 10.1016 /j.mib.2013.01.011。PMC 3646917。PMID 23434113 。 ↑ Lluch-Senar M、Luong K、Lloréns-Rico V、Delgado J、Fang G、Spittle K、et al. (2013)。Richardson PM (編)。 「Mycoplasma genitalium およびMycoplasma pneumoniae の 単一塩基解像度での包括的なメチローム特性評価」 。PLOS Genetics。9 ( 1 ) e1003191。doi : 10.1371 / journal.pgen.1003191。PMC 3536716。PMID 23300489 。 ↑ Murray IA 、 Clark TA、Morgan RD、Boitano M、Anton BP、Luong K、et al. (2012 年 12 月)。 「 6つ の 細菌のメチローム」 。Nucleic Acids Research。40 ( 22): 11450–62。doi : 10.1093 /nar / gks891。PMC 3526280。PMID 23034806 。 ↑ Fang G、Munera D、Friedman DI、Mandlik A、Chao MC、Banerjee O、et al. (2012 年 12 月)。 「 単一 分子 リアルタイム シーケンスを用いた病原性大腸菌におけるメチル化アデニン残基のゲノムワイドマッピング 」 。Nature Biotechnology。30 ( 12 ) : 1232–9。Bibcode : 2012NatBi..30.1232F。doi : 10.1038 / nbt.2432。PMC 3879109。PMID 23138224 。 ↑ Oliveira PH (2021年8月) 「 細菌エピゲノミクス：成熟期を迎える」 . mSystems . 6 ( 4) 10.1128/msystems.00747-21: e0074721. doi : 10.1128/mSystems.00747-21 . PMC 8407109. PMID 34402642. S2CID 237149441 . ↑ Casadesús J 、 Low D（2006 年9 月 ）。 「細菌 の 世界におけるエピジェネティック遺伝子制御」 。Microbiology and Molecular Biology Reviews。70 （ 3 ）： 830–56。Bibcode ： 2006MMBR...70..830C。doi ： 10.1128 / MMBR.00016-06。PMC 1594586。PMID 16959970 。 ↑ Manso AS、Chai MH、Atack JM、Furi L、De Ste Croix M、Haigh R、et al . (2014 年 9 月)。 「 ランダムな 6 段階スイッチが、全体的なエピジェネティック変化を介して肺炎球菌の病原性を 制御 する 」 。Nature Communications。5 5055。Bibcode : 2014NatCo ... 5.5055M。doi : 10.1038 / ncomms6055。PMC 4190663。PMID 25268848 。 ↑ Oliveira PH、Ribis JW、Garrett EM、Trzilova D、Kim A、Sekulovic O、et al . (2020 年 1 月)。 「Clostridioides difficile のエピゲノム解析 により 、胞子形成と病原性を媒介する保存 さ れ た DNA メチルトランスフェラーゼが発見された」 。Nature Microbiology。5 ( 1 ): 166–180。doi : 10.1038/s41564-019-0613-4。PMC 6925328。PMID 31768029 。 ↑ Chahwan R、Wontakal SN、Roa S（2011年3月）。「エピジェ ネティック 情報の多次元性と疾患におけるその役割」。Discovery Medicine。11 （ 58 ） ： 233–43。PMID 21447282 。 1 2 3 Fraga MF、Ballestar E、Paz MF、Ropero S、Setien F、Ballestar ML、et al. (2005 年 7 月) 「一卵性双生児の生涯を通じて生じるエピジェネティックな差異」 . 米国科学アカデミー紀要 . 102 (30): 10604–9 . Bibcode : 2005PNAS..10210604F . doi : 10.1073/pnas.0500398102 . PMC 1174919 . PMID 16009939 . 1 2 Kaminsky ZA 、 Tang T、Wang SC、Ptak C、Oh GH、Wong AH、et al. (2009 年 2 月)。「一卵性双生児と二卵性双生児における DNA メチル化プロファイル 」 。Nature Genetics。41 ( 2 ) : 240–5。doi : 10.1038 / ng.286。PMID 19151718。S2CID 12688031 。 ↑ オコナー A (2008 年 3 月 11 日) 「主張: 一卵性双生児は同一の DNA を持つ」 . ニューヨーク タイムズ. 2010 年 5 月 2 日 閲覧 . ↑ Ballestar E (2010年8月)「双子から学ぶエピジェネティクスの教訓：自己免疫疾患の展望」 Clinical Reviews in Allergy & Immunology . 39 (1): 30– 41. doi : 10.1007/s12016-009-8168-4 . PMID 19653134 . S2CID 25040280 . ↑ Wallace RG、Twomey LC、Custaud MA、Moyna N、Cummins PM、Mangone M、et al. (2016). "心血管系におけるエピジェネティックドリフトの潜在的な診断および予後バイオマーカー" . BioMed Research International . 2016 2465763. doi : 10.1155/2016/2465763 . PMC 4749768 . PMID 26942189 . ↑ オンラインの人間におけるメンデル遺伝 (OMIM): 105830↑ Wood AJ、Oakey RJ (2006 年 11月 )。 「哺乳類におけるゲノムインプリンティング：新たなテーマと確立された理論」 。PLOS Genetics。2 ( 11 ) e147。doi : 10.1371 / journal.pgen.0020147。PMC 1657038。PMID 17121465 。 ↑ Knoll JH、Nicholls RD、Magenis RE、Graham JM、Lalande M、Latt SA（1989年2月）。「アンジェルマン症候群とプラダー・ウィリー症候群は共通の15番染色体欠失を共有するが、欠失の親由来が異なる」。American Journal of Medical Genetics。32 （ 2 ）： 285–90。doi ： 10.1002 / ajmg.1320320235。PMID 2564739 。 ↑ 父方の孫とは、その人の息子の息子であり、母方の孫とは、その娘の息子である。 ↑ Pembrey ME、Bygren LO、Kaati G、Edvinsson S、Northstone K、Sjöström M、他 。 (2006 年 2 月)。 「ヒトにおける性特異的、男系の世代間反応」 。 欧州人類遺伝学ジャーナル 。 14 (2): 159–66 . 土井 : 10.1038/sj.ejhg.5201538 。 hdl : 1983/d6732a7a-ebbf-4dfc-9740-75fcc9b9934c 。 PMID 16391557 。 ロバート・ウィンストン はこの研究を「講演」 の中で言及している。 2007年5月23日に オリジナル からアーカイブされた。 ↑ 「NOVA ｜ トランスクリプト ｜ 遺伝子の中の幽霊」 。PBS。2007年10月16日。 2012年 7月26日 閲覧 。 ↑ Anderson SJ、Feye KM、Schmidt-McCormack GR、Malovic E、Mlynarczyk GS、Izbicki P、et al. (2016 年 5 月)。「エピジェネティックおよび「準エピジェネティック」起源による 遺伝子 発現イベントの 変化を もたらす オフターゲット薬物効果」。Pharmacological Research。107 : 229–233。doi : 10.1016 / j.phrs.2016.03.028。PMID 27025785 。 ↑ Alavian-Ghavanini A、Rüegg J (2018年1月)。 「内分泌かく乱化学物質のエピジェネティック効果の理解：メカニズムから新しい試験方法まで」 。Basic & Clinical Pharmacology & Toxicology。122 ( 1): 38–45。doi : 10.1111 / bcpt.12878。PMID 28842957 。 ↑ Coplan J, Chanatry ST, Rosenblum LA (2017). "幼少期のストレスがエピゲノムに及ぼす影響：非ヒト霊長類の観察☆". Reference Module in Neuroscience and Biobehavioral Psychology . doi : 10.1016/B978-0-12-809324-5.02862-5 . ISBN 978-0-12-809324-5 。1 2 Plomin R、DeFries JC 、 Knopik VS、Neiderhiser JM (2017)。 行動 遺伝学 （第7 版）。Worth Publishers。pp. 152–153。ISBN 978-1-4292-4215-8 。↑ Heard E、Martienssen RA (2014 年3 月 )。 「世代 を 超えたエピジェネティックな 遺伝 ：神話とメカニズム」 。Cell。157 ( 1 ): 95–109。doi : 10.1016 / j.cell.2014.02.045。PMC 4020004。PMID 24679529 。 ↑ Robison AJ 、Nestler EJ (2011 年 10 月)。 「依存症の転写およびエピジェネティックなメカニズム」 。Nature Reviews. Neuroscience . 12 (11): 623–637 . doi : 10.1038/nrn3111 . PMC 3272277. PMID 21989194 . ↑ Cheron J、Kerchove d' Exaerde A (2021 年8 月 )。 「 薬物依存：基礎研究から臨床応用へ」 。Translational Psychiatry。11 ( 1 ) 424。doi : 10.1038/s41398-021-01542-0。PMC 8361217。PMID 34385417 。 ↑ ビリンスキー P、ヴォイティワ A、カプカ＝スクシプザク L、チュウェドロヴィッチ R、シランカ M、スタジンスキー T (2012)。 「薬物中毒におけるエピジェネティックな制御」。 農業および環境医学の年報 。 19 ( 3) : 491–496。PMID 23020045 。 ↑ Vassoler FM、Sadri - Vakili G (2014 年4 月 )。 「中毒様行動の世代間遺伝 の メカニズム 」 。Neuroscience。264 : 198–206。doi : 10.1016 / j.neuroscience.2013.07.064。PMC 3872494。PMID 23920159 。 ↑ Yuan TF, Li A, Sun X, Ouyang H, Campos C, Rocha NB, et al. (November 2016). "Transgenerational Inheritance of Paternal Neurobehavioral Phenotypes: Stress, Addiction, Ageing and Metabolism". Molecular Neurobiology . 53 (9): 6367– 6376. doi :10.1007/s12035-015-9526-2. hdl :10400.22/7331 . PMID 26572641. S2CID 25694221. ↑ Sharma S, Kelly TK, Jones PA (1 January 2010). "Epigenetics in cancer". Carcinogenesis . 31 (1): 27– 36. doi :10.1093/carcin/bgp220. ISSN 0143-3334. PMC 2802667 . PMID 19752007. ↑ Suraweera A, O'Byrne KJ, Richard DJ (26 February 2025). "Epigenetic drugs in cancer therapy". Cancer and Metastasis Reviews . 44 (1): 37. doi :10.1007/s10555-025-10253-7. ISSN 1573-7233. PMC 11865116 . PMID 40011240. 1 2 Verma M, Rogers S, Divi RL, Schully SD, Nelson S, Joseph Su L, et al. (1 February 2014). "Epigenetic Research in Cancer Epidemiology: Trends, Opportunities, and Challenges". Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention . 23 (2): 223– 233. doi :10.1158/1055-9965.EPI-13-0573. ISSN 1055-9965. PMC 3925982 . PMID 24326628. ↑ Chahwan R, Wontakal SN, Roa S (October 2010). "Crosstalk between genetic and epigenetic information through cytosine deamination". Trends in Genetics . 26 (10): 443– 8. doi :10.1016/j.tig.2010.07.005. PMID 20800313. ↑ Badal S, Her YF, Maher LJ (September 2015). "Nonantibiotic Effects of Fluoroquinolones in Mammalian Cells". The Journal of Biological Chemistry . 290 (36): 22287– 97. doi :10.1074/jbc.M115.671222 . PMC 4571980 . PMID 26205818. ↑ Mezentseva NV、Yang J、Kaur K、Iaffaldano G、Rémond MC、Eisenberg CA、et al. (2013 年 2 月)。 「 ヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤 BIX01294 は 骨髄細胞の心臓分化能を高める」 。Stem Cells and Development。22 ( 4 ): 654–67。doi : 10.1089 / scd.2012.0181。PMC 3564468。PMID 22994322 。 ↑ Yang J, Kaur K, Ong LL, Eisenberg CA, Eisenberg LM (2015). "G9aヒストンメチルトランスフェラーゼの阻害により骨髄間葉系幹細胞が心臓分化能を有する前駆細胞に変換される" . Stem Cells International . 2015 270428. doi : 10.1155/2015/270428 . PMC 4454756 . PMID 26089912 . ↑ ミュラー S、シンディクブワボ F、カニェケ T、ラフォン A、ヴェルシーニ A、ロンバルド B、他 。 （2020年10月）。 「CD44 は鉄エンドサイトーシスを媒介することによってエピジェネティックな可塑性を制御します 。 」 自然化学 。 12 (10): 929–938 。 ビブコード : 2020NatCh..12..929M 。 土井 : 10.1038/s41557-020-0513-5 。 PMC 7612580 。 PMID 32747755 。 ↑ ソリエ S、ミュラー S、カニェケ T、ヴェルシーニ A、マンサート A、シンディクブワボ F、他 。 (2023 年 5 月)。 「炎症を引き起こす治療薬となる銅シグナル伝達経路」 。 自然 。 617 (7960): 386–394 。 ビブコード : 2023Natur.617..386S 。 土井 ： 10.1038/s41586-023-06017-4 。 PMC 10131557 。 PMID 37100912 。 ↑ Liu N 、Pan T（2015 年1 月 ） 。 「 RNAエピジェネティクス」 。Translational Research。165 （ 1）： 28–35。doi ： 10.1016 / j.trsl.2014.04.003。PMC 4190089。PMID 24768686 。 ↑ Rong D、Sun G、Wu F、Cheng Y、Sun G、Jiang W、et al. (2021 年 9 月)。 「 エピジェネティクス: ヒト癌における非コード RNA 修飾の役割と治療上の意義」 。Molecular Therapy . Nucleic Acids . 25 : 67–82 . doi : 10.1016/j.omtn.2021.04.021 . PMC 8217334. PMID 34188972. S2CID 235558945 . ↑ Shin H, Choi WL, Lim JY, Huh JH (2022年3月). "エピゲノム編集：植物におけるエピジェネティック修飾の標的操作". Genes & Genomics . 44 (3): 307–315 . doi : 10.1007/s13258-021-01199-5 . PMID 35000141. S2CID 245848779 . 1 2 3 4 5 6 7 Hawe JS、Wilson R、Schmid KT、Zhou L、Lakshmanan LN、Lehne BC、et al. (2022 年 1 月)。 「DNA メチル化に影響 を 与える遺伝的変異は 、 ゲノム機能を制御 する 分子メカニズムに関する洞察を提供する」 。Nature Genetics。54 ( 1): 18–29。doi : 10.1038/s41588-021-00969-x。PMC 7617265。PMID 34980917。S2CID 245654240。2022 年10 月 29 日に オリジナル からアーカイブ。2023 年 1月 20 日 に 取得 。 ↑ Lee ST、Feng M、Wei Y、Li Z、Qiao Y、Guan P、et al. (2013年7月)。 「プロテインチロシン ホスファターゼ UBASH3Bはトリプルネガティブ乳癌で過剰発現し、浸潤と転移を促進する」 。 米国 科学 アカデミー 紀要 。110 ( 27): 11121– 11126。Bibcode : 2013PNAS..11011121L。doi : 10.1073 / pnas.1300873110。PMC 3704014。PMID 23784775 。 ↑ Yengo L、Sidorenko J、Kemper KE、Zheng Z、Wood AR、Weedon MN、et al. (2018 年 10 月) 「ヨーロッパ系祖先を持つ約 70 万人の身長と体格指数に関するゲノムワイド関連研究のメタ分析」 . Human Molecular Genetics . 27 (20): 3641– 3649. doi : 10.1093/hmg/ddy271 . PMC 6488973 . PMID 30124842 . ↑ Pulit SL、Stoneman C、Morris AP、Wood AR、Glastonbury CA、Tyrrell J、et al. (2019 年 1 月)。 「ヨーロッパ 系 祖先を持つ 694,649 人の体脂肪分布に関するゲノムワイド関連研究のメタ分析」 。Human Molecular Genetics。28 ( 1 ) : 166–174。doi : 10.1093/hmg / ddy327。PMC 6298238。PMID 30239722 。 ↑ Zhu Z, Guo Y, Shi H, Liu CL, Panganiban RA, Chung W, et al. (2020年2月). 「UKバイオバンクにおける肥満関連形質と喘息サブタイプの遺伝的および実験的関連性の共有」 . The Journal of Allergy and Clinical Immunology . 145 (2): 537– 549. doi : 10.1016/j.jaci.2019.09.035 . PMC 7010560 . PMID 31669095 . ↑ Richardson TG、Sanderson E、Palmer TM、Ala-Korpela M、Ference BA、Davey Smith G、et al. (2020 年 3 月) 「循環リポタンパク質脂質とアポリポタンパク質と冠動脈疾患リスクとの関係の評価: 多変量メンデルランダム化分析」 . PLOS Medicine . 17 (3) e1003062. doi : 10.1371/journal.pmed.1003062 . PMC 7089422 . PMID 32203549 . ↑ Konieczna J、Sánchez J、Palou M、Picó C、Palou A (2015 年 3 月) 「妊娠中のカロリー制限による有害なプログラミング効果の血液細胞トランスクリプトームに基づく早期バイオマーカーとレプチン補充によるその可逆性」 Scientific Reports . 5 (1) 9088. Bibcode : 2015NatSR...5.9088K . doi : 10.1038/ srep09088 . PMC 4357898. PMID 25766068 . ↑ 岡田 裕（2014年11月）「ゲノム解析の時代からゲノム創薬の時代へ：関節リウマチの先駆的事例」 臨床遺伝学 86 （ 5）： 432–440 . doi ： 10.1111 / cge.12465 . PMID 25060537. S2CID 8499325 . ↑ He Z、Zhang R、Jiang F、Zhang H、Zhao A、Xu B、et al. (2018 年 8 月) 「FADS1-FADS2 遺伝子多型は、DNA メチル化と遺伝子発現の変化を介して脂肪酸代謝と関連している」 Clinical Epigenetics . 10 (1) 113. doi : 10.1186/s13148-018-0545-5 . PMC 6114248 . PMID 30157936 . ↑ Guan W、Steffen BT、Lemaitre RN、Wu JH、Tanaka T、Manichaikul A、et al. (2014 年 6 月)。 「 ゲノム 疫学 における心臓および加齢研究コホート内の血漿 N6 多価不飽和脂肪酸のゲノムワイド関連研究」 。Circulation : Cardiovascular Genetics。7 ( 3 ) : 321– 331。doi : 10.1161/circgenetics.113.000208。PMC 4123862。PMID 24823311 。 ↑ Shin SY、Fauman EB、Petersen AK、Krumsiek J、Santos R、Huang J、et al . (2014 年 6 月)。 「 ヒト 血液 代謝物 に対する 遺伝的影響のアトラス」 。Nature Genetics。46 ( 6): 543–550。Bibcode : 2014NaGen..46..543S。doi : 10.1038 / ng.2982。PMC 4064254。PMID 24816252 。 ↑ Astle WJ、英国血液形質GWASチーム、ケンブリッジBLUEPRINTエピゲノム（2016年12月2日）。「17万人のGWASにより、血液細胞形質を乱す数千の対立遺伝子が特定され、その多くは細胞のアイデンティティを設定するスーパーエンハンサーにある」。Blood。128 （ 22 ） ： 2652。doi ： 10.1182 / blood.v128.22.2652.2652。ISSN 0006-4971 。 ↑ Kamat MA、Blackshaw JA 、 Young R、Surendran P、Burgess S、Danesh J、et al . (2019 年 11 月)。 「 PhenoScanner V2 : ヒト の遺伝子型と表現型 の 関連性を検索するための拡張ツール」 。Bioinformatics。35 (22): 4851–4853。doi : 10.1093/ bioinformatics / btz469。PMC 6853652。PMID 31233103 。 ↑ Gorski D (2013年2月4日). 「エピジェネティクス：それはインチキ医者が考えているような意味ではない」 . Science-Based Medicine .
さらに読む Haque FN、Gottesman II、Wong AH (2009 年 5 月)「実際には同一ではない: 一卵性双生児のエピジェネティックな差異と精神医学における双生児研究への示唆」American Journal of Medical Genetics. Part C, Seminars in Medical Genetics . 151C (2): 136–41 . doi : 10.1002/ajmg.c.30206 . PMID 19378334 . S2CID 205327825 . 「エピジェネティクスとは何か？」疾病管理予防センター 。2022年8月15日。 2023年 9月11日 取得 。
外部リンク 「エピジェネティクスと遺伝」 learn.genetics.utah.edu 2019 年4 月17日 取得 ヒトエピゲノムプロジェクト（HEP） エピゲノム卓越ネットワーク（NoE） カナダ・エピジェネティクス・環境・健康研究コンソーシアム（CEEHRC） エピゲノムネットワーク・オブ・エクセレンス（NoE） – 公開国際サイト（2010年5月28日にWayback Machine に アーカイブ済み） 「DNAは運命ではない」 – Discover 誌の表紙記事 「遺伝子に宿る幽霊」、ホライズン （2005年）、BBC ジョンズ・ホプキンス大学医学部におけるエピジェネティクスに関する記事 エピジェネティック変異のグローバルマップに向けて
