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認識配列とは、DNA結合ドメインの構造モチーフが結合特異性を示すDNA配列のことである。認識配列は回文である。[ 1 ]
例えば、転写因子Sp1は、5'-(G/T)GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T)-3'という配列に結合します。ここで、(G/T)は、このドメインがこの位置でグアニンまたはチミンに結合することを示しています。
制限エンドヌクレアーゼPstIは、5'-CTGCAG-3'配列を認識し、結合し、切断する。
認識配列は認識部位とは異なります。特定の認識配列は、特定のDNA断片上に1回以上出現することもあれば、全く出現しないこともあります。認識部位は、その部位の位置によって指定されます。たとえば、次のDNA配列断片には、それぞれ9番目と31番目の塩基から始まる2つのPstI認識部位があります。認識配列は特定の配列であり、通常は非常に短い（10塩基未満）ものです。タンパク質の特異性の程度に応じて、DNA結合タンパク質は複数の特定の配列に結合することができます。単一の配列特異性を持つPstIの場合、それは5'-CTGCAG-3'です。次の例の配列では、最初の認識部位でも2番目の認識部位でも、常に同じです。上記のように複数の（16個の）配列特異性を持つSp1の場合、次の例の配列断片の2つの認識部位は18番目と32番目にあり、それぞれの認識配列は5'-GGGGCGGAGC-3'と5'-TGGGCGGAAC-3'です。
5'-AACGTTAG CTGCAG TC GGGGCGGAGC TAGG CTGCAG GAAT TGGGCGGAAC CT-3'