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子嚢菌門は菌界に属する門で、担子菌門とともに二核菌亜界を形成します。子嚢菌門の菌類は一般的に子嚢菌類または子嚢菌類として知られています。これは菌類の中で最大の門で、64,000種以上が存在します。[ 3 ]この菌類のグループの特徴は、子嚢（古代ギリシャ語のἀσκός（askós）「袋、ワインの皮袋」に由来）と呼ばれる微細な生殖構造で、その中に運動性のない胞子（子嚢胞子と呼ばれる）が形成されます。ただし、子嚢菌門の中には無性生殖を行う種もあり、子嚢や子嚢胞子を形成しません。子嚢菌類のよく知られた例としては、モレル、トリュフ、ビール酵母、パン酵母、デッドマンズフィンガー、カップ菌などがあります。クラドニアなどの大部分の地衣類（広義には「子嚢地衣類」と呼ばれる）に共生する菌類は、子嚢菌類に属する。
子嚢菌類は単系統群（共通祖先の子孫すべてを含む）である。以前は他の菌類分類群の無性種とともに担子菌類に分類されていたが、現在では無性（またはアナモルフィック）子嚢菌類は、子嚢を持つ分類群との形態的または生理的類似性、およびDNA配列の系統解析に基づいて識別および分類されている。[ 4 ]
子嚢菌類は、抗生物質などの医薬品として重要な化合物の供給源として、またパン、アルコール飲料、チーズの発酵にも利用されるため、人間にとって特に有用である。子嚢菌類の例としては、チーズに生えるペニシリウム属菌や、細菌感染症の治療に用いられる抗生物質を産生する菌などが挙げられる。
多くの子嚢菌類は、ヒトを含む動物と植物の両方の病原体です。ヒトに感染症を引き起こす子嚢菌類の例としては、カンジダ・アルビカンス、アスペルギルス・ニガー、皮膚感染症を引き起こす数十種が挙げられます。多くの植物病原性子嚢菌類には、リンゴ黒星病、イネいもち病、麦角菌、黒こぶ病、うどんこ病などがあります。コルディセプス属の菌類は昆虫病原性菌類であり、昆虫に寄生して殺します。ボーベリアなどの他の昆虫病原性子嚢菌類は、生物的害虫防除に成功裏に使用されています。
子嚢菌類のいくつかの種は、実験室研究における生物学的モデル生物として用いられている。中でも最も有名なのは、アカパンカビ（Neurospora crassa）、数種の酵母、そしてアスペルギルス属の種であり、これらは多くの遺伝学および細胞生物学研究で利用されている。
子嚢菌類は「胞子を放出する菌類」です。子嚢と呼ばれる特殊な細長い細胞または袋の中に微細な胞子を生成する菌類であり、この子嚢がグループ名の由来となっています。
子嚢菌類では無性生殖が主な繁殖形態であり、これらの菌類が新たな地域へ急速に広がる要因となっている。子嚢菌類の無性生殖は、構造的にも機能的にも非常に多様である。最も重要かつ一般的なのは分生子の形成であるが、厚膜胞子も頻繁に形成される。さらに、子嚢菌類は出芽によっても無性生殖を行う。
無性生殖は、栄養生殖胞子である分生子によって起こることがあります。菌類の無性で非運動性の半数体胞子は、ギリシャ語で塵を意味する言葉（conia）にちなんで名付けられ、分生胞子とも呼ばれます。分生胞子は通常1つの核を含み、有糸分裂によって生じるため、有糸分裂胞子と呼ばれることもあり、発生源である菌糸体と遺伝的に同一です。分生胞子は通常、特殊な菌糸である分生子柄の先端に形成されます。種によっては、風や水、あるいは動物によって散布されることがあります。分生子柄は菌糸体から単純に分岐する場合もあれば、子実体の中に形成される場合もあります。
胞子形成（分生子形成）の先端を形成する菌糸は、通常の菌糸先端と非常によく似ている場合もあれば、分化している場合もある。最も一般的な分化は、フィアライドと呼ばれるボトル状の細胞の形成であり、そこから胞子が生成される。これらの無性生殖構造はすべて単一の菌糸で構成されているわけではない。一部のグループでは、分生子柄（分生子を形成する構造）が集まって厚い構造を形成する。
例えば、モニリア目（Moniliales）では、菌糸の集合体（コレミアまたはシンネマと呼ばれる）を除いて、すべて単一の菌糸から構成されています。これらの集合体は、トウモロコシの穂軸のような構造を形成し、集合した分生子柄から多数の分生子が塊状に生成されます。
多様な分生子と分生子柄は、異なる特徴を持つ無性胞子果（例えば、分生子堆、分生子殻、胞子殻）に発達することがあります。子嚢菌類の中には、寄生菌または腐生菌として植物組織内に構造を形成する種があります。これらの菌類は、おそらく基質としての植物組織の培養条件の影響を受けて、より複雑な無性胞子形成構造を進化させてきました。これらの構造は胞子殻と呼ばれます。これは、植物組織内の偽柔組織から作られた分生子柄のクッションです。分生子殻は、球形からフラスコ形の柔組織構造で、内壁に分生子柄が並んでいます。分生子堆は、植物のクチクラの下に作られた平らな皿状の分生子柄の床で、最終的にクチクラを突き破って散布されます。
子嚢菌類の無性生殖過程には、酵母でよく見られる出芽も含まれます。これは「芽出し過程」と呼ばれ、菌糸先端の壁が吹き出したり、膨らんだりする現象です。芽出し過程はすべての細胞壁層に及ぶ場合もあれば、古い細胞壁の内側から新しい細胞壁が合成されて押し出される場合もあります。
出芽の初期段階では、芽が現れる直前の部位の周囲にキチン質の環が形成される。これにより細胞壁が強化され、安定化される。酵素活性と膨圧によって細胞壁が弱まり、押し出される。この段階で新しい細胞壁物質が取り込まれる。細胞内容物が子孫細胞へと押し込まれ、有糸分裂の最終段階が終了すると、新しい細胞壁が内側に向かって成長する起点となる細胞板が形成される。
記載され、認められている亜門は3つあります。
形態的特徴に基づくいくつかの古い分類群名が、子嚢菌類の種に対して今でも時折使用されています。これらには、有性生殖器官の構造によって定義される以下の有性生殖（テレオモルフィック）グループが含まれます。子嚢盤を形成するすべての種を含むディスクコミケテス、子嚢殻または偽子嚢殻、あるいはこれらの形態構造に類似した構造を形成するすべての嚢状菌を含むピレノミケテス、閉子嚢殻を形成する種を含むプレクトミケテスです。半子嚢菌類には、現在サッカロミコティナまたはタフリノミコティナに分類されている酵母および酵母様菌類が含まれ、真子嚢菌類には、現在ペジゾミコティナに分類されている子嚢菌類の残りの種と、タフリノミコティナに分類されているネオレクタが含まれます。
子嚢菌類の中には、有性生殖を行わないものや、子嚢を形成しないことが知られているものがあり、そのため無性生殖種に分類されます。分生子（有糸分裂胞子）を形成する無性生殖種は、以前は有糸分裂性子嚢菌類として記述されていました。分類学者の中には、このグループを独立した人工門である不完全菌類（または「不完全菌類」）に分類した者もいます。近年の分子解析により、子嚢を持つ分類群との近縁関係が明らかになった場合、無性生殖種は、子嚢が存在しないにもかかわらず、子嚢菌類に分類されるようになりました。同じ種の有性生殖株と無性生殖株は、通常、異なる二名法による種名を持ちます。例えば、同じ種の無性生殖株と有性生殖株は、それぞれAspergillus nidulansとEmericella nidulansと呼ばれます。
不完全菌類の種は、分生子を小さなフラスコ形または皿形の分生子器（専門的にはピクニディアおよびアセルブリと呼ばれる）で形成する場合、腔菌類に分類される。[ 8 ]不完全菌類は、分生子柄（すなわち、先端に分生子形成細胞を持つ菌糸構造）が自由または緩やかに組織化されている種である。それらはほとんどの場合孤立しているが、平行に並んだ細胞の束（シンネマタルと呼ばれる）またはクッション状の塊（スポロドキアルと呼ばれる）として現れることもある。[ 9 ]
ほとんどの種は、菌糸と呼ばれる糸状の微細構造として、または出芽する単細胞（酵母）として成長します。多数の相互接続された菌糸が、通常菌糸体と呼ばれる葉状体を形成し、肉眼で見える場合（肉眼的）は、一般的にカビと呼ばれます。有性生殖の際、多くの子嚢菌類は通常、多数の子嚢を生成します。子嚢は、多細胞で、時には容易に見える子実体構造である子嚢果（子嚢とも呼ばれる）に包まれていることが多いです。子嚢果は、カップ状、棍棒状、ジャガイモ状、スポンジ状、種子状、滲出性でニキビ状、サンゴ状、卵状、ゴルフボール状、穴の開いたテニスボール状、クッション状、板状で羽毛状（ラブールベニア目）、顕微鏡的な古典的なギリシャの盾形、柄のある、または無柄など、非常に多様な形状をしています。子嚢果は、単独で出現することもあれば、群生することもあります。子嚢果の質感も同様に多様で、木炭のような肉質、革のような質感、ゴムのような質感、ゼラチンのような質感、ぬるぬるした質感、粉のような質感、またはクモの巣のような質感などがあります。子嚢果は、赤、オレンジ、黄色、茶色、黒、またはまれに緑や青など、さまざまな色があります。サッカロミセス・セレビシエなどの一部の子嚢菌類は、単細胞酵母として成長し、有性生殖の際に子嚢に発達し、子実体を形成しません。
地衣類では、菌類の葉状体が共生コロニーの形状を決定づける。カンジダ・アルビカンスなどの二形性種は、単細胞としての成長と、糸状の多細胞菌糸としての成長を切り替えることができる。また、無性生殖（アナモルフィック）と有性生殖（テレオモルフィック）の両方の成長形態を示す多形性種も存在する。
地衣類を除いて、ほとんどの子嚢菌類の非生殖（栄養）菌糸は、土壌などの基質に埋め込まれているか、生きた宿主の上または内部で成長するため、通常は目立たず、子実体形成時にのみ子嚢果が見えることがあります。菌糸壁のメラニンなどの色素沈着と表面での旺盛な成長により、目に見えるカビのコロニーが形成されることがあります。例としては、浴室のコーキングやその他の湿った場所に黒い斑点を形成するクラドスポリウム属などがあります。多くの子嚢菌類は食品の腐敗を引き起こすため、ジャム、ジュース、その他の食品に発生するペリクルまたはカビの層は、これらの種の菌糸、またはまれにムコール菌類の菌糸であり、担子菌類であることはほとんどありません。植物、特に熱帯地方で発生するすす病は、多くの種の菌体です。
酵母細胞、子嚢または子嚢様細胞、分生子の大きな塊も肉眼で見える構造を形成することがあります。たとえば、ニューモシスチス属は肺の空洞に定着し（X線で確認可能）、肺炎の一種を引き起こします。[ 10 ]アスコスフェラ属の子嚢はミツバチの幼虫や蛹を満たし、チョークのような外観でミイラ化を引き起こすため、「チョークブルード」という名前が付けられています。[ 11 ]酵母は試験管内および生体内で小さなコロニーを形成し、カンジダ属が口や膣で過剰に増殖すると、カンジダ症の一種である「鵞口瘡」を引き起こします。
子嚢菌類の細胞壁には、ほぼ必ずキチンとβ-グルカンが含まれており、菌糸内の隔壁は「隔壁」と呼ばれ、個々の細胞（または区画）の内部境界となっている。細胞壁と隔壁は菌糸に安定性と剛性を与え、細胞壁や細胞膜が局所的に損傷した場合に細胞質の損失を防ぐ可能性がある。隔壁の中央には小さな開口部があり、隣接する細胞間の細胞質連結として機能し、菌糸内で核が細胞間を移動できる場合もある。ほとんどの子嚢菌類の栄養菌糸は、細胞あたり1つの核しか含まない（単核菌糸）が、特に成長中の菌糸の先端部では、多核細胞も存在することがある。
他の菌類門と同様に、子嚢菌類は従属栄養生物であり、エネルギー源として有機化合物を必要とします。これらのエネルギーは、死骸、食品、あるいは他の生物の体内または体表に共生するなど、さまざまな有機基質を摂食することによって得られます。子嚢菌類は、周囲からこれらの栄養素を得るために、有機物をより小さな分子に分解する強力な消化酵素を分泌し、分解された分子は細胞内に取り込まれます。多くの種は、葉、小枝、丸太などの枯死植物上で生活しています。いくつかの種は、寄生生物または相利共生生物として植物、動物、または他の菌類に定着し、宿主の組織から栄養素の形で代謝エネルギーをすべて得ています。
長い進化の歴史のおかげで、子嚢菌類はほぼすべての有機物を分解する能力を進化させてきました。ほとんどの生物とは異なり、セルロースやリグニンなどの植物バイオポリマーを消化するために独自の酵素を使用できます。動物に豊富に存在する構造タンパク質であるコラーゲンや、毛髪や爪を形成するタンパク質であるケラチンも、栄養源として利用できます。珍しい例としては、壁の塗料を栄養源とするAureobasidium pullulansや、航空機の燃料を栄養源とする灯油菌Amorphotheca resinae (航空業界に時折問題を引き起こす) があり、燃料パイプを詰まらせることもあります。[ 12 ]他の種は高い浸透圧ストレスに耐えることができ、たとえば塩漬けの魚で生育することができ、一部の子嚢菌類は水生です。
子嚢菌類は高度に特殊化していることが特徴です。例えば、ラブールベニア目の特定の種は、特定の昆虫種の特定の脚のみを攻撃します。多くの子嚢菌類は、地衣類のように緑藻類やシアノバクテリアとの共生関係を築き、菌類の共生体が光合成産物を直接得ます。多くの担子菌類やグロムス菌類と同様に、一部の子嚢菌類は植物の根に定着して菌根共生を形成し、植物と共生関係を築きます。子嚢菌類には、アメーバなどの小型原生生物、線形動物（Nematoda）、輪形動物、クマムシ、トビムシなどの小型節足動物を捕らえるための菌糸トラップを発達させた肉食菌も含まれています。
子嚢菌類は世界中のあらゆる陸上生態系に存在し、南極大陸を含むすべての大陸に分布しています。[ 13 ]胞子や菌糸の断片は、大気や淡水環境、海岸や潮間帯を通じて散布されます。種の分布は様々で、すべての大陸に分布するものもあれば、例えば白トリュフのTuber magnatumのように、イタリアや東ヨーロッパの限られた場所にしか生息しないものもあります。[ 14 ]植物寄生種の分布は、宿主の分布によって制限されることが多く、例えばCyttariaは南半球のNothofagus（ナンキョクブナ）にのみ見られます。
無性生殖は子嚢菌類における主要な繁殖形態であり、これらの菌類が新たな地域へ急速に広がる原因となっている。無性生殖は栄養生殖胞子である分生子によって行われる。分生子は通常1つの核を持ち、有糸分裂によって生じるため、有糸分裂胞子と呼ばれることもある。分生子は、由来する菌糸体と遺伝的に同一である。分生子は通常、特殊な菌糸である分生子柄の先端に形成される。種によっては、風や水、あるいは動物によって散布される。
無性胞子は、色、形、個々の胞子として放出される方法によって、さまざまな種類に分類できます。胞子の種類は、子嚢菌類の分類における分類学的特徴として使用できます。最も一般的なのは単細胞胞子で、アメロスポアと呼ばれます。胞子が隔壁（隔壁）によって2つに分かれている場合は、ディディモスポアと呼ばれます。
隔壁が2つ以上ある場合、分類は胞子の形状によって決まります。隔壁が梯子の横木のように横方向に並んでいる場合は隔壁胞子、網目状の構造をしている場合は網状胞子です。スタウロスポアでは、放射状の腕が中心体から放射状に伸びています。ヘリコスポアでは、胞子全体がバネのように螺旋状に巻かれています。長さと直径の比が15:1を超える非常に長い蠕虫状の胞子は、スコレコスポアと呼ばれます。
子嚢菌類の無性世代の重要な特徴は分生子形成であり、これには胞子形成と裂開（親構造からの分離）が含まれる。分生子形成は動物や植物の胚発生に相当し、発生の基本的な形態は2つに分けられる。1つは芽状分生子形成で、胞子は分生子形成菌糸から分離する前にすでに存在している。もう1つは菌体分生子形成で、この過程で隔壁が形成され、新たに形成された細胞が胞子へと発達する。胞子は、拡散を助ける大規模な特殊構造内で生成される場合と生成されない場合がある。
これら2つの基本タイプは、さらに以下のように分類できます。
分生子は、肉眼で見える構造物の中で形成されることがあり、これらの構造物は胞子の散布を助けます。これらの構造物は「分生子果」（単数形：分生子果）と呼ばれ、菌組織内に生じるフラスコ状の分生子殻（ピクニディア）や、宿主組織内に生じるクッション状の分生子堆（アセルブリ）の形をとることがあります。
裂開には2つの方法がある。分裂裂開では、細胞間に中央層（ラメラ）を持つ二重の隔壁が形成され、中央層が崩壊することで胞子が放出される。一方、外面裂開では、胞子を外側で繋いでいる細胞壁が退化し、分生子が放出される。
子嚢菌類の中には、有性生殖サイクルを持たない種がいくつか存在する。このような無性生殖を行う種は、異核形成や準有性生殖といった過程を経て、個体間で遺伝子組換えを行うことができる可能性がある。
準有性生殖とは、異核化の過程を指し、[ 15 ]異なる個体に属する 2 つの菌糸が吻合と呼ばれる過程によって融合し、その後、菌糸体内で遺伝的に異なる細胞核が生じる一連の事象が続く。[ 16 ]核の融合には、配偶子形成などの減数分裂事象 は続かず、核あたりの染色体数の増加をもたらす。有糸分裂交叉により、相同染色体間の遺伝物質の交換、すなわち組換えが可能になる。その後、核分裂によって染色体数が半数体状態に戻され、各娘核は元の親核とは遺伝的に異なる。[ 17 ]あるいは、核が一部の染色体を失い、異数体細胞が生じることもある。 カンジダ・アルビカンス（サッカロミセス綱）は、準有性生殖サイクルを持つ真菌の一例である（カンジダ・アルビカンスおよび準有性生殖サイクルを参照）。
子嚢菌類における有性生殖は、子嚢の形成につながる。子嚢は、この菌類群を特徴づけ、他の菌類門と区別する構造である。子嚢は管状の容器、減数胞子嚢であり、減数分裂によって生成された有性胞子（子嚢胞子と呼ばれる）を含んでいる。
カンジダ・アルビカンスなどのいくつかの例外を除いて、ほとんどの子嚢菌類は一倍体であり、つまり核ごとに1セットの染色体を含んでいます。有性生殖の際には、通常非常に短い二倍体期があり、減数分裂によって一倍体状態が回復します。子嚢菌類のよく研究されている代表種の1つの有性生殖周期は、Neurospora crassaでより詳細に説明されています。また、子嚢菌類の有性生殖の維持の適応的基盤は、 WallenとPerlinによってレビューされました。[ 18 ]彼らは、この能力を維持する最ももっともらしい理由は、減数分裂中に起こる組換えを利用して DNA損傷を修復する ことの利点であると結論付けました。[ 18 ] DNA損傷は、栄養制限などのさまざまなストレスによって引き起こされる可能性があります。
ライフサイクルの有性生殖は、2つの菌糸構造が接合することによって始まる。同株性種の場合、接合は同じ菌類クローンの菌糸間で可能となるが、異株性種の場合、2つの菌糸は遺伝的に異なる菌類クローン、すなわち異なる接合型の菌類クローンに由来する必要がある。接合型は菌類に特有のものであり、植物や動物の性別とほぼ一致する。ただし、1つの種が2つ以上の接合型を持つ場合もあり、その結果、複雑な栄養体不和合性システムが生じることもある。接合型の適応機能については、 Neurospora crassaで考察する。
配偶子嚢は菌糸から形成される生殖構造であり、生殖細胞である。トリコギネと呼ばれる非常に細い菌糸が一方の配偶子嚢（子嚢体）から生じ、もう一方の菌株の配偶子嚢（造精器）と融合する。造精器内の核は子嚢体に移動し、細胞質の混合である原形質融合が起こる。動物や植物とは異なり、原形質融合の直後に核の融合（核融合と呼ばれる）は起こらない。代わりに、2本の菌糸の核が対を形成し、有性生殖周期の二核期が始まる。この時期には、核の対が同期的に分裂する。対になった核の融合により遺伝物質が混合され、組換えが起こり、その後減数分裂が起こる。紅藻類（Rhodophyta）にも同様の有性生殖サイクルが存在する。かつては、子嚢形成の前に子嚢体で2回目の核融合が起こり、その結果、四倍体核が形成され、それが減数分裂によって4つの二倍体核に分裂し、その後、短減数分裂と呼ばれる過程によって8つの半数体核に分裂するという仮説が提唱されたが、この仮説は1950年代に否定された。[ 19 ]
受精した子嚢体からは、各細胞に2つの核を持つ二核菌糸が出現する。これらの菌糸は子嚢菌糸または有性菌糸と呼ばれる。これらは、不稔性の単核菌糸を含む栄養菌糸によって支えられている。不稔菌糸と有性菌糸の両方を含む菌糸は、子実体である子嚢果へと成長することがあり、子嚢果には数百万本の有性菌糸が含まれることがある。
子嚢果は、子嚢菌類の有性生殖段階における子実体である。形態的に異なる5種類の子嚢果が存在する。
生殖構造は子嚢果の子実層である菌糸層で形成される。子嚢菌糸の一端には、菌糸の成長方向とは反対方向に湾曲した特徴的なU字型の鉤が形成される。各菌糸の先端部に含まれる2つの核は、有糸分裂紡錘体の糸が平行に走るように分裂し、遺伝的に異なる2対の核が作られる。一方の娘核は鉤の近くに移動し、もう一方の娘核は菌糸の基部に位置する。その後、2つの平行な隔壁の形成により、菌糸は3つの部分に分割される。1つは鉤にある1つの核を含む部分、1つは元の菌糸の基部にある1つの核を含む部分、そして残りの2つの核を含むU字型部分を分離する部分である。
菌糸層内のU字型の細胞で核の融合（核融合）が起こり、二倍体の接合子が形成される。接合子は成長して子嚢、すなわち細長い管状または円筒状のカプセルとなる。その後、減数分裂によって4つの半数体核が生じ、通常はさらに有糸分裂が起こり、各子嚢に8つの核が形成される。核は細胞質の一部とともに膜と細胞壁で囲まれ、子嚢胞子が形成される。子嚢胞子は、さやの中の豆のように子嚢の中に整列する。
子嚢が開くと、子嚢胞子は風によって散布される場合もあれば、子嚢から強制的に放出される場合もある。一部の種は胞子砲を進化させており、子嚢胞子を最大30cm先まで飛ばすことができる 。胞子が適切な基質に到達すると、発芽して新しい菌糸を形成し、菌類の生活環が再び始まる。
子嚢の形状は分類において重要であり、単被膜蓋型、単被膜無蓋型、二重被膜型、原被膜型の4つの基本タイプに分けられます。詳細については、子嚢に関する記事を参照してください。
子嚢菌類は、ほとんどの陸上生態系において中心的な役割を担っています。これらは重要な分解者であり、枯れ葉や動物などの有機物を分解し、腐食動物（分解物を餌とする動物）が栄養を得るのを助けています。子嚢菌類は、他の菌類と同様に、セルロースやリグニンなどの大きな分子を分解することができ、炭素循環などの栄養循環において重要な役割を果たしています。
子嚢菌類の果実体は、昆虫やナメクジ、カタツムリ（腹足類）から、げっ歯類、シカやイノシシなどの大型哺乳類まで、多くの動物の食料となる。
多くの子嚢菌類は、植物や動物を含む他の生物と共生関係を形成する。
子嚢菌類は、進化の初期段階から緑藻類（Chlorophyta）やその他の藻類、シアノバクテリアと共生関係を築いてきたと考えられています。これらの共生関係は一般的に地衣類として知られており、北極、南極、砂漠、山頂など、他の生物にとって生息に適さない、極端な温度と湿度を特徴とする地球上の陸地でも生育し、存続することができます。光合成を行う藻類は光合成によって代謝エネルギーを生成する一方、菌類は安定した支持基質を提供し、細胞を放射線や脱水から保護します。子嚢菌類の約42%（約18,000種）が地衣類を形成し、地衣類の菌類パートナーのほぼすべてが子嚢菌類に属しています。
子嚢菌類は、植物と2つの重要な関係を形成します。それは、菌根菌として、そして内生菌としてです。菌根菌は、菌類と植物の根系との共生関係であり、植物の成長と生存にとって極めて重要です。菌類の微細な菌糸ネットワークは、土壌中に低濃度で存在するミネラル塩の吸収を促進します。その見返りとして、植物は光合成産物の形で菌類に代謝エネルギーを提供します。
内生菌は植物の内部に生息し、宿主と相利共生または片利共生関係を形成する菌は宿主に害を与えません。内生菌と宿主の関係の正確な性質は、関与する種によって異なり、場合によっては、植物への菌類の定着によって昆虫、線虫、細菌に対する抵抗力が高まることがあります。イネ科植物の内生菌の場合、菌類の共生体は有毒なアルカロイドを生成し、草食哺乳類の健康に影響を与え、昆虫の草食動物を忌避または殺すことがあります。[ 21 ]
Xylaria属のいくつかの子嚢菌類は、ハキリアリやアッティニ族の他の菌類栽培アリの巣、そしてシロアリ（シロアリ目）の菌園に生息する。これらの菌類は、昆虫が巣を離れるまで子実体を形成しないため、担子菌類のいくつかの種で確認されているように、栽培可能であると考えられている。
キクイムシ科（Scolytidae）は子嚢菌類の重要な共生パートナーです。雌のキクイムシは、皮膚にある特徴的な袋状の構造物である菌嚢に菌類の胞子を入れて新しい宿主に運びます。キクイムシは木材の中にトンネルを掘り、大きな部屋に入り、そこで卵を産みます。菌嚢から放出された胞子は菌糸に発芽し、木材を分解することができます。キクイムシの幼虫は菌糸を食べて成長し、成熟すると新しい胞子を運び、感染のサイクルを再開します。このよく知られた例として、ヨーロッパニレキクイムシ（Scolytus multistriatus ）によって媒介される、 Ophiostoma ulmiによって引き起こされるニレ立枯病があります。[ 22 ]
彼らの最も有害な役割の一つは、多くの植物病害の媒介者となることである。例えば：
一方で、子嚢菌は人類にいくつかの重要な恩恵をもたらしてきた。
