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| オミクロン | |
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| 一般的な詳細 | |
|---|---|
| WHO指定 | オミクロン |
| 系統 | B.1.1.529 |
| 最初に検出された | ボツワナ |
| 報告日 | 2021年11月24日 |
| 状態 | 懸念される変異体 |
| 症状 | |
| 無症候性感染、[1] 体の痛み、[1] 咳、[1] 失神、[2] 疲労、[3] 発熱、頭痛、[4] 嗅覚または味覚の喪失、[5] [6] — まれに 鼻づまりまたは鼻水[4]寝汗、[7] — オミクロン特有の症状、上気道感染症[8]皮膚の発疹、[9]くしゃみ、[4]喉の痛み[2] | |
| 主な変種 | |
オミクロン（B.1.1.529）は、2021年11月24日に南アフリカのゲノム監視ネットワークによって世界保健機関（WHO）に初めて報告されたSARS-CoV-2の変異体です。 [10] [11]ボツワナで最初に検出され、世界中に広がって優勢な変異体になりました。[12]オリジナルのB.1.1.529変異体に続いて、 BA.1、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5など、オミクロンのいくつかの亜変異体が出現しました。[13] 2022年10月以降、 BQ.1とBQ.1.1と呼ばれるBA.5の2つの亜変異体が出現しています。
2024年9月28日現在、XECと呼ばれるオミクロンの新しい亜種が出現しました。この新しい亜種はヨーロッパとアメリカ合衆国の25州で発見されており、カリフォルニア州でも3件の症例があります。[14]
COVID-19ワクチンを3回接種すると、オミクロンとその亜種によって引き起こされる重症化や入院を防ぐことができます。[15] [16] [17] [18] 3回接種した人の場合、BA.4とBA.5の変異株は以前の亜種よりも感染力が強いですが、病気や重症度が増すという証拠はありません。[13] [19] [20]
2024年9月24日現在、世界保健機関[update]が指定する注目の変異株はBA.2.86とJN.1であり、監視対象の変異株はJN.1.7、KP.2、KP.3、KP.3.1.1、JN.1.18、LB.1、XECである。[21]
分類
2021年11月26日、WHOのSARS-CoV-2ウイルスの進化に関する技術諮問グループは、PANGO系統B.1.1.529を懸念される変異株と宣言し、ギリシャ文字の オミクロンで指定した。[10] WHOは、英語の単語「new」と中国の姓「Xi」の類似性による混乱を避けるため、ギリシャ語アルファベットの先頭の文字nuとxiを省略した。[22]
英語圏の人々の中には、ギリシャ語のアルファベットに馴染みがないことや、他の一般的な会話でラテン語の接頭辞「omni」が比較的頻繁に使われることから、この変種の名称を「オムニクロン」と間違える人が時々いる。[23] [24]
GISAIDプロジェクトでは、この系統群にGR/484Aという系統群識別子を割り当てており[25]、Nextstrainプロジェクトでは、この系統群に21Kと21Lという系統群識別子を割り当てており、どちらもより大きなオミクロングループ21Mに属しています[26] 。
歴史
オミクロンは、2021年11月22日、ボツワナと南アフリカの研究所で11月11～16日に採取されたサンプルに基づいて初めて検出され、[27]最初の既知のサンプルは2021年11月8日に南アフリカのヨハネスブルグで採取された。 [28]南アフリカ国外で最初に判明した症例は、11月11日に旅行した2人であった。1人は南アフリカからカタール経由で香港に飛び、もう1人はエジプトからトルコ経由でベルギーに旅行した。[29] [30] 2021年11月26日、WHOはB.1.1.529を懸念される変異株に指定し、ギリシャ語アルファベットの15番目の文字にちなんで「オミクロン」と名付けた。[10] 2022年1月6日までに、この変異株は149か国で確認された。[31]
遡ってみると、オミクロンの症例は2021年10月にすでに発生していたことが確認されている。[32]
起源仮説
オミクロンは他の変種から進化したのではなく、おそらく2020年に独自の軌道で分岐した。[31] [33]競合する仮説が検討されている。
起源に関する仮説の1つは、9ヌクレオチド配列からなるオミクロン変異体のさまざまな変異が、風邪の原因となる別のコロナウイルス（ HCoV-229Eとして知られる）から獲得された可能性があるというものです。 [34]これはまったく予想外の ことではありません。体内のウイルスは、遺伝物質の一部を互いに獲得して交換することがあります。これが突然変異の一般的な手段の1つです。[34]
オミクロン変異体の配列に多数の変異が見られるのは、 HIV感染との関連が説明できるかもしれない。 [35]実際、これほど多数の変異の影響を受けるには、ウイルスは宿主を殺さずに長い時間をかけて進化することができたに違いない。宿主を殺してしまうことは、免疫力が弱っている人が生き延びるのに十分な医療を受ければ起こり得る。[35] [36]これは南アフリカのHIV患者のケースで、人口の約14%を占めている（2017年現在）。[37] HIV予防は、制御不能なHIVがSARS-CoV-2変異体の出現を引き起こすリスクを減らす鍵となる可能性がある。[35]
この新たな変異を説明する仮説の一つは、SARS-CoV-2がヒトからマウスに伝染し、2020年から2021年の間にマウスの集団内で変異し、その後ヒトに再感染したというものである。[33]
2022年12月1日、シャリテ（ベルリン）の研究チームが、現在は撤回されている研究をサイエンス誌に発表し、「データにより、遺伝的に多様なオミクロンの祖先が2021年8月までにアフリカ全土に存在していたことが明らかになった」と主張した。[38]疑念から再分析した後、[39]チームはサンプルの汚染を理由に2022年12月20日に論文を撤回した。[40] [41]
広める
2021年11月24日、11月14日から16日にかけて採取されたサンプルに基づき、この変異株が南アフリカからWHOに初めて報告された。[27]南アフリカの科学者たちは、11月初旬のサンプルでPCR検査でS遺伝子標的の失敗が見られたこと（いくつかの変異株では発生するが、10月に国内で優勢だったデルタでは発生しない）と、ハウテン州でのCOVID-19症例の急増によって初めて警戒を強めた。配列解析により、11月14日から23日の間に同州で採取されたサンプルの70％以上が新しい変異株であることが明らかになった。[42]
オミクロンの最初の確認標本は、2021年11月8日に南アフリカで、11月9日にボツワナで採取されました。[43]オミクロン（SGTF）の可能性のあるサンプルは、2021年11月4日に南アフリカのプレトリアで発生しました。[要出典]
11月24日にWHOが警告を受けた時点で、アフリカ以外でオミクロンの症例が確認されていたのは香港のみだった。1人は11月11日に南アフリカから旅行し、もう1人は同じ隔離ホテルに滞在していた間にこの症例から交差感染した旅行者だった。[29]
11月25日、イスラエルではマラウイから帰国した旅行者1名が確認されたほか、 [44]南アフリカから帰国した2名とマダガスカルから帰国した1名が確認された。[45]ボツワナから報告された当初の4症例はすべて、ワクチン接種を完了した個人に発生した。[46]
11月26日、ベルギーは最初の症例を確認した。これは11月11日にトルコ経由でエジプトから旅行した未接種者であった。[30]イスラエルから報告された最初の確認症例と疑い症例の3件はすべて、完全にワクチン接種を受けた人々であり、[44]ドイツでも1件の疑い症例があった。[47]
11月27日には英国で2件、ドイツのミュンヘンで2件、イタリアのミラノで1件の症例が確認された。[48]
11月28日、11月26日に南アフリカから到着した航空便の乗客624人のうち、13人の感染がオランダで確認された。[49]その後、これらの乗客の中からさらに5人の感染が確認された。[50]オランダへの入国には通常、ワクチン接種またはPCR検査を受けているか、回復していることが求められている。この2便の乗客は、新たに課せられた制限（飛行中に実施された）のため、到着時に検査を受けており、その結果、61人がSARS-CoV-2の陽性反応を示した。[51]オーストラリアでさらに2人の感染が確認された。2人は前日にシドニーに到着し、南アフリカからドーハ空港経由でシドニー空港に到着した。ワクチン接種を完了していた2人は隔離に入った。南アフリカからの他の12人の旅行者も14日間の検疫に入り、同便の他の約260人の乗客と乗員は隔離するよう指示された。[52] 11月28日には両者ともオミクロン変異体を保有していることが確認された。[53] [54]同日、オーストリアでも初のオミクロン症例が確認された。[55]チェコ共和国では、ナミビアに滞在していた旅行者からオミクロン症例が検出されたと報告された。[56]カナダでも初のオミクロン症例が報告され、ナイジェリアからの旅行者2名からであったため、北米で初めてオミクロン症例が報告された国となった。[57]
11月29日、オーストラリアのダーウィンで陽性例が記録された。この人物は11月25日に南アフリカのヨハネスブルグからの送還便でダーウィンに到着し、検疫施設に移送され、陽性反応が記録された。[58]南アフリカからシンガポール経由でシドニーに渡航したさらに2人も陽性反応を示した。[59]ポルトガルは13人のオミクロン症例を報告したが、全員がサッカークラブのメンバーであった。[60]スウェーデンも11月29日に最初の症例を確認した。[61]スペインでも南アフリカからの旅行者が来た際に同様の症例が確認された。[62]
11月30日、オランダは、11月19日という早い時期に2つのサンプルからオミクロンの症例が検出されたと報告した。[63]シドニーでは、旅行制限が課される前に南アフリカを訪れ、その後コミュニティで活動していた旅行者から陽性症例が記録された。[64]日本でも最初の症例が確認された。[65]イスラエルの医師2人が陽性反応を示し、隔離された。2人とも、陽性反応が出る前にファイザーのワクチンを3回接種していた。[66]ブラジルでは、サンパウロでオミクロン変異体の症例3件が確認された。[67]さらに5件が疑われている。[68] [69]ドイツのライプツィヒでは、旅行歴も旅行者との接触もない人物がオミクロン陽性反応を示した。[70]
12月1日、オミクロン変異株は、過去1週間以内に南アフリカからの旅行者から採取されたナイジェリアの3つのサンプルから検出された。[71] [72]同日、米国の公衆衛生当局は、同国で初めてオミクロンの症例が確認されたと発表した。ワクチン接種を受けたサンフランシスコ在住者が11月22日に南アフリカから帰国し、11月25日に軽度の症状が出始め[73]、11月29日に軽度のCOVID-19感染が確認された。[74]アイルランドと韓国でも初の症例が報告された。[75]韓国は、ナイジェリアから韓国に到着した5人の旅行者から症例を報告した。[76]
12月2日、オランダ保健当局は、11月26日にオミクロン感染が確認された乗客14人全員が以前にワクチン接種を受けていたことを確認した。[77]同日、ノルウェー公衆衛生研究所は、ノルウェーの首都オスロのレストランで開催された企業のクリスマスパーティーの出席者50人がオミクロン変異株に感染していたことを確認した。[78]フランスでは、新しいオミクロン変異株の症例は25件のみ確認されているが、当局は今後数週間でその数は大幅に増加する可能性があると述べている。[79]
12月6日までに、マレーシアでこの変異株の最初の症例が確認された。症例は私立大学に留学していた南アフリカ人学生だった。[80]ナミビアでは、11月11日から26日の間に採取された19件のCOVID-19陽性サンプルのうち18件がオミクロンであることが判明し、国内で高いレベルの蔓延が見られた。[81]フィジーでもこの変異株の陽性症例が2件確認された。彼らはナイジェリアから11月25日にフィジーに到着した。[82]
12月9日、世界保健機関のアフリカ予防接種・ワクチン開発プログラムのコーディネーターであるリチャード・ミヒゴ氏は、世界で報告されたオミクロン変異株の症例の46%がアフリカで発生していると発表した。[83]
12月13日、英国でオミクロンによる最初の死亡者が報告された。[84]
12月16日、ニュージーランドはドイツからドバイ経由で渡航した人物がオミクロン変異株に感染した最初の症例であることを確認した。[85]
オミクロンによる最初の死亡例は12月23日にドイツで報告され[86] 、12月27日にオーストラリアで報告された[87]。
2021年のクリスマスまでに、オミクロン株は米国で優勢になりました。[88]
2022年1月3日、韓国は死後オミクロン検査で陽性となった2人の死亡を初めて報告した。[89]
2022年2月時点で、オミクロンは世界中で公開されている遺伝子配列の98％を占めていた。[90]
2022年3月29日、オミクロン亜種BA.2がBA.1を追い越し、米国で優勢な株となった。[91] [92] [93]
2022年5月現在、BA.2.12.1は米国で蔓延しており、2022年1月に初めて検出されたBA.4とBA.5というオミクロンの2つの新しい亜種が南アフリカで蔓延している。3つの亜種はすべてL452のスパイクタンパク質変異を持ち、以前のBA1感染による免疫を回避している。[94]
2023年3月16日、WHOは公衆衛生への脅威が軽減されていないことから、オミクロンを懸念変異株として分類することをやめ、この分類を新たな脅威に対してのみ維持することにした。代わりに、WHOはその亜種を関心のある変異株として分類し、監視下に置いた。[90]
反応
ワクチン製造業者
2021年11月26日、ビオンテックは、現在のワクチンが変異株に対して有効かどうか2週間以内にわかり、必要に応じて更新されたワクチンを100日以内に出荷できると述べた。アストラゼネカ、モデルナ、ジョンソン・エンド・ジョンソンも、変異株が自社のワクチンの有効性に与える影響を研究している。[95]同日、ノババックスは、オミクロン変異株に対して2回の投与を必要とする更新されたワクチンを開発中であり、数週間以内に試験と製造の準備が整うと予想していると述べた。 [96] [97] 2021年11月29日、ガマレヤ研究所は、スプートニクライトは変異株に対して有効であるはずであり、スプートニクVの適応を開始し、修正版は45日以内に量産できる可能性があると述べた。[98] シノバックは、変異株に対する不活化ワクチンを迅速に量産でき、新しいワクチンが必要かどうかを判断するために研究を監視し、変異株のサンプルを収集していると述べた。[99]
2021年12月7日、シノバックはパートナーのブタンタン研究所とブラジルで行ったシンポジウムで、自社のワクチンを新しい変異株に合わせて更新し、3か月以内に提供できるようにすると発表した。[100] 12月2日、フィンレイ研究所はすでにこの変異株に対するソベラナプラスのバージョンを開発していた。 [101]ファイザーは、オミクロンに対する免疫を目的としたワクチンを2022年3月までに準備したいと望んでいる。[102]
世界保健機関
2021年11月26日、WHOは各国に対し、監視と配列解析の取り組みを強化し、完全なゲノム配列と関連メタデータをGISAIDなどの公開データベースに提出し、能力がある場合は国際保健規則（IHR）メカニズムを通じて、懸念されるウイルス感染に関連する初期の症例/クラスターをWHOに報告し、国際社会と連携して、懸念されるウイルスがCOVID-19の疫学、重症度、公衆衛生および社会的対策、診断方法、免疫反応、抗体中和、またはその他の関連する特性の有効性に及ぼす潜在的な影響についての理解を深めるための現地調査と実験室評価を実施するよう求めた。[103] 2021年11月26日、WHOは各国に対し、新たな渡航制限を課さないよう助言し、代わりに「リスクに基づいた科学的な」渡航対策アプローチを推奨した。[104]同日、欧州疾病予防管理センター（ECDC）は、厳格な渡航制限により、変異株が欧州諸国に与える影響が2週間遅れ、各国が対応できるようになる可能性があるというモデル化を報告した。[105] 他の変異株と同様に、WHOは人々に、引き続き密閉された空間で換気を十分に行い、混雑や密接な接触を避け、ぴったりフィットするマスクを着用し、頻繁に手を洗い、ワクチン接種を受けることを推奨した。[106] [107] 2021年11月29日、WHOは、ワクチン接種を受けた人の間で症例や感染が発生することは予想されるが、その割合は小さく予測可能であると述べた。[108]
国際的な反応
WHOの発表後、同日、変異株の特定を受けて、いくつかの国が南アフリカからの渡航禁止を発表した。その中には、アフリカ8カ国からの渡航を禁止した米国も含まれる[109]。ただし、2021年11月30日時点では、渡航禁止を発表した時点で感染者も確認されていたヨーロッパ諸国、イスラエル、カナダ、オーストラリアからの渡航は禁止していない。渡航禁止を実施した他の国には、日本、カナダ、欧州連合、イスラエル、オーストラリア、イギリス、シンガポール、マレーシア、インドネシア、モロッコ、ニュージーランドなどがある[110] [111] 。
2021年11月26日、ブラジル保健規制庁は、この新しい変異種に関する飛行制限を勧告した。[112]ニューヨーク州は、オミクロンの感染者急増の可能性に備えて非常事態を宣言したが、同州や米国の他の地域ではまだ感染者は確認されていない。[113] 2021年11月27日、スイスでは、当初ベルギーとイスラエルも含まれていた変異種が検出された国から到着するすべての訪問者に対して、義務的な検査と検疫を導入した。[114]
2021年11月26日、南アフリカのジョー・ファアラ保健大臣は 、自国のパンデミックへの対応を擁護し、渡航禁止は世界保健機関の「規範と基準」に反すると述べた。[115]
渡航禁止は観光を制限することで南アフリカの経済に大きな影響を与える可能性があり、観光に依存した経済を持つ他の国々が懸念される新しい変異株の発見を隠すことにつながる可能性があると推測する人もいた。発展途上国でのワクチン接種率が低いと、新しい変異株の出現の機会が生まれる可能性があり、これらの国々はまた、国内でワクチンを開発・製造するための知的財産の獲得に苦労していた。[116]同時に、南アフリカではワクチンへの躊躇と無関心のためにワクチン接種が遅れており、2021年11月24日時点で全国のワクチン接種率はわずか35％でした。[117]
2021年11月29日、WHOは、この変異株は深刻な結果を伴う非常に高い世界的リスクをもたらし、各国は優先度の高いグループへのワクチン接種を加速し、保健システムを強化することで備える必要があると各国に警告した。WHOのテドロス・アダノム事務局長は、世界情勢は危険で不安定であると述べ、現在のシステムでは、必然的に自国に上陸する脅威について各国が他国に警告する意欲をそぐため、パンデミックへの対応に関する新たな合意を求めた。CEPI
のCEOリチャード・ハッチェットは、この変異株は、ワクチン接種率の低い地域でのウイルスの伝染がその進化を加速させるという予測を裏付けていると述べた。[108]
オミクロン変異株が米国に到着することに備えて、ジョー・バイデン大統領は、この変異株は「パニックではなく懸念すべきものだ」と述べ、政府はこの変異株に備えており、これを制御できると改めて強調し、パンデミックが始まった2020年に行われたような大規模なロックダウンは「今のところ検討されていない」と述べた。[118]
2021年12月、カナダの複数の州がスポーツ大会などの集会やイベントに対する制限を復活させ、ワクチン接種証明の指示の執行を強化した。ブリティッシュコロンビア州は着席しない「組織的な大晦日のイベント」を明示的に禁止した[119] [120] [121]一方、ケベック州は2021年12月20日に部分的なロックダウンを発表し、すべてのバー、カジノ、ジム、学校、劇場の閉鎖を命じたほか、レストランの収容人数と営業時間に制限を課し、プロスポーツイベントへの観客の入場を禁止した[122] 。
2021年12月18日、オランダ政府は休暇期間中の変異株の拡散を防ぐことを目的としたロックダウンを発表した。[123]
2021年12月、一部の国では、オミクロンの波に備えて、2回の接種では感染を止めるのに十分ではないため、ワクチンの追加接種の通常の6か月間隔を短縮しました。英国、韓国、タイは3か月に短縮、ベルギーは4か月、フランス、シンガポール、台湾、イタリア、オーストラリアは5か月に短縮しました。フィンランドはリスクグループに対して3か月に短縮しました。他の国は6か月の追加接種スケジュールを継続しました。抗体レベルは4か月で低下し始めますが、間隔を長くすると、免疫システムの反応が成熟する時間を確保できます。[124]
生物学
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オミクロン変異体のゲノム配列は上図の通りである。
突然変異
2022年6月の時点で、オミクロンは武漢Hu-1またはB変異体と比較して約50の変異を有しており[125] [126]、これはこれまでのSARS-CoV-2変異体よりも多い。このうち32はスパイクタンパク質に関係しており、ほとんどのワクチンはウイルスを中和するためにこれを標的としている。[127] 2021年12月現在、多くの変異は新規であり、以前の変異体には見られなかった。[43] 2022年4月現在、この変異体は、元のウイルスと比較して、スパイクタンパク質に30のアミノ酸変化、3つの小さな欠失、および1つの小さな挿入が特徴であり、そのうち15は受容体結合ドメイン（残基319〜541）に位置している。[128] 2022年12月現在、このウイルスは他のゲノム領域にも多数の変化と欠失を有してい た。[129] [130]
サブバリアント
オミクロンにはいくつかの亜変異体が発見されており、新しいものが出現し続けています。[12]現在、オミクロン変異体に関連付けられているパンゴ系統は310あります[説明が必要] 。 [133]「標準」亜系統は現在BA.1（またはB.1.1.529.1）と呼ばれ、他の2つの亜系統はBA.2（またはB.1.1.529.2）とBA.3（またはB.1.1.529.3）として知られています。[134] 2022年には、BA.4（またはB.1.1.529.4）とBA.5（またはB.1.1.529.5）がいくつかの国で検出されました。[135]これらは多くの変異を共有していますが、大幅に異なります。一般的に、BA.1とBA.2は32の変異を共有していますが、28の点で異なります。[136] BA.1自体は、元のBA.1とBA.1.1（またはB.1.1.529.1.1）の2つに分けられており、主な違いは後者にはR346K変異があることです。[137]
標準的なPCR検査と迅速検査では、引き続きオミクロン亜変異株のすべてをCOVID-19として検出していますが、亜変異株同士、および他のCOVID-19変異株と区別するためには、さらなる検査が必要です。[138]
BA.2
BA.2は、2021年11月15日のサンプルで初めて検出された。[140] 2022年2月に発表されたプレプリント（5月に発表）では、BA.2はBA.1よりも伝染性が高く、より重篤な疾患を引き起こす可能性があることが示唆された。 [141]これは後に、2022年10月下旬の研究によって反証され、BA.2は実際にはBA.1に比べて重篤な疾患を引き起こさないことが判明した（BA.1はデルタ変異体に比べて重篤な疾患を引き起こさない）。[142] COVID-19に感染した人々の治療に使用される治療用モノクローナル抗体は、カシリビマブとイムデビマブに対して「ほぼ完全に耐性」であり、ソトロビマブに対してBA.1亜種よりも35倍耐性が高いBA.2にはほとんど効果がなかった。[要出典]
広める
2022年1月17日の時点で、BA.2は少なくとも40か国、南極を除くすべての大陸で検出されている。[143] 1月31日までに少なくとも57か国で検出された。[144] 2月4日から3月5日までに収集され、GISAIDにアップロードされた世界のサンプルのうち、BA.2は約34％を占め、BA.1.1は41％、BA.1は25％、BA.3は1％未満であった。[145] 2週間後の2月16日から3月17日を対象としたレビューでは、BA.2が最も頻繁に発生していた。[146] [147] GISAIDのアップロードに基づくと、BA.1は2022年1月にピークを迎え、その後、BA.1.1とBA.2に追い抜かれた。[148]北米、ヨーロッパの一部、アジアの一部では、BA.1は最初にBA.1.1に打ち負かされました。例えば、米国、フランス、日本では、2022年1月にBA.1.1が優勢な亜種になりました。[149] [150] [151]
2021年12月から2022年1月までに、BA.2はインドの一部（2021年12月にはすでにコルカタで約80％を占めていた[152]）とフィリピンで優勢となり、スカンジナビア、南アフリカ、シンガポールで頻繁に見られるようになり、ドイツとイギリスでも増加の兆候を見せていた。[153] [154] [155] [156]全ての海外旅行者に対して検疫と詳細なスクリーニングを実施している日本では、1月24日の時点で、BA.2の大部分は少なくとも2021年12月1日以前に遡る症例を有するインドまたはフィリピンから到着した人々から検出されていた（その期間に両国からの到着者から検出されたBA.1またはその他の変異株ははるかに少なかった）が、他の国から到着した人々からも少数検出された。[157] [158] [159]
デンマークでは、2021年12月5日に採取されたサンプルで初めてBA.2が検出されました。 [160]第50週（12月13～19日）までに増加し始め、配列決定された症例のうちBA.2は約2％であったのに対し、BA.1（残りのデルタ）は46％でした。両方のオミクロン亜種の頻度は12月後半を通して増加し続け、年末までにBA.2は20％に達し、BA.1は72％でピークに達しました。2022年1月には、BA.1は減少し始めましたが、BA.2は増加を続けました。2022年の第2週までに、両者の頻度はほぼ同等になり、両方とも50％近くになりました。[160]翌週には、デンマークではBA.2が明らかに優勢となり、新規症例の65％を占めました。[161]他のスカンジナビア諸国、インド、南アフリカ、イギリスの傾向でも、BA.2がBA.1に比例して増加していることが示されました。[162] [163] 2022年2月には南アフリカで優勢な亜種となり、2月にはドイツで優勢となり、3月にはイギリスで優勢となりました。[164] [165] [166] 3月には、BA.1.1が依然として米国で圧倒的に優勢でしたが（1月にBA.1を追い抜いて）、BA.2の頻度が増加し、その後3月29日までに米国で優勢になりました。[149] [167]
XE
2022年1月、英国で新たなBA.1-BA.2組み換え体が分離され、「XE」組み換え体と名付けられた。WHOは、この組み換え体はBA.2よりも10％伝染性が高く、BA.1よりも約43％から76％伝染性が高く、XE組み換え体は当時確認された変異体の中で最も伝染性が高かったことを明らかにした。[168]
BA.2.12
米国ニューヨーク州では、BA.2の新たな亜種が2つ検出された。BA.2.12（またはB.1.1.529.2.12）とBA.2.12.1（またはB.1.1.529.2.12.1）である。どちらもBA.2に比べて23～27%の大幅な増殖優位性があり、シラキュースとオンタリオ湖を中心としたニューヨーク州中部での感染増加に寄与しており、その後2022年5月24日までに米国で優勢となった。[169]
BA.2.75 および BA.2.75.2
2022年5月にインドで初めて検出された亜変異体BA.2.75（またはB.1.1.529.2.75、メディアではケンタウルスというニックネームが付けられている[170] ）は、WHOによって監視下の変異体に分類されました。[171]この系統の追加のより新しい変異（BA.2.75.2、別名B.1.1.529.2.75.2またはカイロンなど）は、中和抗体を逃れることができる可能性があります。[172]
XBB および XBB.1
XBBは、BA.2.10.1.1とBA.2.75.3.1.1.1亜系統の組み換え体であり[173]、 2022年8月に初めて検出されたオミクロン亜種である。[174]
2022年10月20日、世界保健機関（WHO）の主任科学者であるソウミヤ・スワミナサン氏は、オミクロンのXBB亜変異体が一部の国で感染を引き起こす可能性があるが、新しい変異体の重症度はまだわかっていないと警告した。[175]
2023年1月9日、欧州CDCは、XBB.1.5変異株が増殖上の優位性を持っていることを示唆する証拠があり、米国で優勢になった後、数ヶ月以内に欧州でも優勢になる可能性があると述べた。[176]予備的な証拠から、彼らはXBB変異株が病気の重症度と伝染性に影響を与えないと評価した。[177]
2023年3月、XBB.1.16はインドで初めて出現し、入院患者の急増を引き起こした。[178] T・ライアン・グレゴリーによってアークトゥルスと名付けられました。[178] [179] [180]
EG.5 および EG.5.1
EG.5（またはXBB.1.9.2.5）は、一部のメディアで「エリス」というニックネームで呼ばれており[181] 、 XBB.1.9.2の子孫です。この系統は2023年2月にはすでに検出されていました。[182] 8月6日、英国保健安全保障庁は、7月の第3週に英国で発生した新規症例の7分の1がEG.5株によるものであると報告しました。[183] 2023年8月9日、WHOによって「注目の変異体」として特定されました。他の株との主な違いは、「F456Lアミノ酸変異」です。[184]
HV.1
HV.1 (または XBB.1.9.2.5.1.6.1) は、2023 年 7 月に初めて検出されたオミクロン ファミリーの XBB.1.9.2 のサブ系統です。
HV.1は2023年10月にEG.5を追い抜いて米国で優勢な亜変異株となった。[185] 10月に専門家は、HV.1が他のオミクロン亜変異株よりも重篤または伝染性が高いという証拠はないと述べた。[186]
BA.2.86
BA.2.86は、COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2のオミクロン亜変異体である。BA.2.86は、 BA.2と比較してスパイクタンパク質に30以上の変異があることで注目されている。[187] 2023年7月24日のサンプルで最初に検出されたこの亜変異体は、 [188] 2019年12月に武漢で最初に配列決定された参照株であるWuhan-Hu-1と比較して、元のオミクロン変異体が行った進化の飛躍と同等の進化を遂げているため懸念されている。 [189] [190] [191] [192]これはBA.2の変異であり、それ自体がオミクロンファミリーの非常に初期の変異である。[190] BA.2.86は2023年8月17日に世界保健機関によって監視対象の変異株に指定された。[193]この変異株はメディアによってピローラというニックネームが付けられたが、公式の情報源はこの名前を使用していない。[194]その子孫であるJN.1（BA.2.86.1.1）は2023年冬から2024年冬にかけて優勢な系統となった。[195] [196]
BA.4 と BA.5
2022年4月、WHOはBA.4とBA.5の亜変異株を追跡しており、BA.4は南アフリカ、ボツワナ、デンマーク、スコットランド、イングランドで検出されたと発表した。[197]南アフリカで収集されたデータからの初期兆候は、BA.4とBA.5がBA.2よりも大幅に増加していることを示唆しており、BA.2は5月12日までに欧州疾病予防管理センターから懸念される変異株のステータスを取得し、5月20日までに英国保健安全保障庁からステータスを取得しました。[198] [199] [200] [201] BA.5は5月25日までにポルトガルで優勢となり、同国の新規症例の3分の2を占めました。[202] 6月24日までに、BA.4とBA.5は英国とドイツで優勢な変異株となった。[203] [204] [205] [206]これら2つの亜変異体は6月28日までに米国で優勢となった。[207] [208] 6月までに、フランスではBA.5が優勢な亜変異体となり、新規症例の59%がこれに関連していた。[209] [210]
2022年5月、カリフォルニア州で新たな亜変異株BA.5.2.1の症例が報告された。[211] 7月10日、上海市はウガンダから飛行機で到着した男性でBA.5.2.1の初の症例を報告し、新たな検査の波を引き起こした。[212] 7月22日、カナダのオンタリオ州は、7月2日頃に亜変異株BA.5.2.1がオンタリオ州で流通している主要な変異株としてBA.2.12.1を追い抜いたと発表した。[213]リジェネロン社は、BA.5.2.1がオーストラリア、ベルギー、ブルネイ、ギリシャ、アイスランドで主要な変異株であると報告している。[214]カナダ政府はまた、6月と7月に、飛行機で到着しCOVID-19の検査で陽性となった旅行者のうち、かなりの割合がBA.5.2.1であったと報告した。[215] BF.7は、亜種のフルネームであるBA.5.2.1.7の短縮版です。この亜種は、オミクロン社のBA.5亜種の一部であり、世界中で最も多くの症例が報告され、全症例の76.2%を占めています。[216]
BQ.1 および BQ.1.1
2022年10月には、BA.5の2つの亜変異体が発見された。BQ.1（またはB.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1）とBQ.1.1（またはB.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1）である。[217] [218] [219]これらの変異体はもともとフランスで最も蔓延していた。[220] 11月17日の時点で、フランスの配列の93％はオミクロン亜系統BA.5であり、BA.5亜系統のうち、BQ.1.1は増加し続けている（前週の25％に対して32％）。[221] 2022年11月、米国ではこれらの変異体が新規感染の44％を占めていると報告された。初期の実験室検査では、これらの亜変異体は以前の変異体よりも初回ワクチンとブースターワクチンを逃れやすいことが判明した。[222] BQ.1とBQ1.1は「ケルベロス」として知られるようになった。[223] [224]
後の亜種
2024
2024年4月下旬、CDCのデータによると、KP.2は米国で最も一般的な変異体であり、全症例の4分の1を占め、JN.1をわずかに上回った。KP1.1は米国の症例の7％を占めた。[225]これら2つは、ウイルスのスパイクタンパク質のフェニルアラニン（F）からロイシン（L）への変異とアルギニン（R）からスレオニン（T）への変異 を特徴とするため、 「FLiRT」変異体と呼ばれることもある。 [226] 2024年7月までに、スパイクタンパク質Q493Eの余分なアミノ酸変化を伴うKP.2の子孫は、KP.3、非公式には「FLuQE」と名付けられ、オーストラリアの冬の間ニューサウスウェールズで主要な変異体となった。初期の研究では、Q493Eの変化により、KP.3はKP.2よりもヒト細胞への結合がより効果的になる可能性があることが示唆された。[227]
2024年9月現在、ドイツで最初に発見されたXECが次の主要な変異体になると予想されています。XECは、KS.1.1とKP.3.3という2つの亜変異体の組み換えです。米国では数例しか検出されていませんが[228]、伝染性の点で他の変異体よりもわずかに優れていると報告されています。[229]伝染 ; 感染
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人間の場合
2022年1月、ヴァンダービルト大学医療センターの感染症教授ウィリアム・シャフナーは、オミクロン変異株の伝染性を麻疹の伝染性と比較した。 [ 230]
2021年12月15日、英国保健安全保障庁長官ジェニー・ハリーズ氏は議会委員会に対し、英国のワクチン接種率が高いにもかかわらず、英国のほとんどの地域でCOVID-19の感染者数が倍増するまでの時間が2日未満になったと述べた。同氏は、COVID-19のオミクロン変異株は「パンデミックが始まって以来、おそらく最も重大な脅威」であり、今後数日間の感染者数は「以前の変異株の感染者数の増加率と比較して、かなり驚異的なものになるだろう」と述べた。[231]
2021年の研究では、「オミクロンのような」ブレイクスルー感染や抗体耐性を促進する変異が、SARS-CoV-2のウイルス進化の成功の新たなメカニズムである可能性があり、それが進化の支配的なメカニズムになる可能性があることが示唆された。[232]プレプリントは、オミクロンの拡散のそのような説明を支持し、「基本的な伝染性の固有の増加ではなく、主に免疫回避に起因する可能性がある」ことを示唆している。[233] [234]研究では、この変異体が、ワクチン接種を受けた人や回復した人の血清中の抗体を含む、既存のSARS-CoV-2中和抗体の大部分を回避することが示されている。[235] [236] [237] [238]それにもかかわらず、既存のワクチンはオミクロンによる重症化、入院、死亡を防ぐことが期待されており[239]、個人レベルでは、オミクロン変異体は、オミクロンが出現したときよりも抗体/ワクチンの割合が低かったときに進化した以前の変異体よりも軽度です。[240]
調査された他の変異株とは対照的に、オミクロンは、以前の感染からの免疫を集団レベルで大幅に回避し、ワクチンによって誘導された免疫を回避する能力も高かった。[241]他の研究では、オミクロンの拡散が再感染に対する大きな自然免疫に寄与する可能性があることが判明した。[242] [疑わしい–議論する]
人間以外の動物では
2022年2月、ペンシルベニア州立大学の研究者らは、ニューヨーク州スタテン島のオジロジカで野生動物への感染が確認された最初の症例を確認した[243]
表面
媒介物による感染はまれであるが、予備データによれば、この変異株はプラスチック表面では194時間、皮膚では21時間持続するのに対し、元の株ではそれぞれ56時間と7時間しか持続しないことが示されている。[244] [245]
ワクチンの有効性
ファイザー-ビオンテック（BNT162b2）とモデルナ（mRNA-1273）のmRNAワクチンは、無症状の病気に対する防御力は低下しますが、重症化のリスクは低下します。[246] [247] [248] 2021年12月22日、インペリアルカレッジCOVID-19対応チームは、約41% (95% CI、37 –研究チームは、デルタ変異株と比較して、少なくとも1泊の入院を必要とするリスクが45％低く、ファイザー・ビオンテック、モデルナ、オックスフォード・アストラゼネカのワクチンを2回接種した受信者は入院から大幅に保護されたことをデータから示唆したと報告した。[249] 2022年1月、イスラエルの結果は、オミクロンに対して4回目の接種は部分的にしか効果的ではないことを示唆した。試験参加者は4回目の接種後に抗体レベルが高かったにもかかわらず、「対照群よりも少し少ない」とはいえ、多くの感染例が突破した。[250] 2021年12月23日、ネイチャーは、オミクロンはワクチンの防御力を弱める可能性が高いが、現在利用可能なワクチン接種とブースティングのアプローチでオミクロンに対する妥当な有効性が維持される可能性があると示唆している。[251] [252]
12月には、イスラエルとデンマークの大規模な全国規模のデータセットを使用した研究により、複数の一般的な2回接種COVID-19ワクチンのワクチン効果は、デルタ変異体を含む他の一般的な変異体よりもオミクロン変異体に対して大幅に低く、ブースター接種ではなく2回接種を受けたコホートと比較して、病気による死亡者数を大幅に減らすため、新しい（多くの場合3回目の）接種、つまりブースター接種が必要かつ効果的であることが判明しました。[253] [254] [255] [256] [257] [258]
オミクロンとその亜種に対しては、引き続きワクチン接種が推奨されている。カーディフ大学の免疫学者ポール・モーガン教授は、「免疫が完全に失われるというよりは、免疫が弱まるという結果になる可能性が高いと思います。ウイルスが表面のエピトープをすべて失うことはあり得ません。そうなると、スパイクタンパク質が機能しなくなるからです。したがって、以前のウイルスやワクチンに対して作られた抗体やT細胞クローンの一部は効果がないかもしれませんが、効果のあるものもあります。（中略）免疫反応の半分、または3分の2、あるいはそれ以上が効果がなく、残りの半分が残った場合、その免疫反応を増強すればするほど良いのです。」と述べた。 [259]ロンドン大学遺伝学研究所のフランソワ・バルー教授は、「これまでにわかったことから、他の変異株と比較して、オミクロンは以前に感染し、COVID-19に対してある程度の防御を受けた人々を再感染させる能力が高い傾向があるとかなり確信できます。これはかなり明白であり、そのタンパク質構造で特定した突然変異の変化から予測されていました。これにより、抗体がウイルスを中和することがより困難になります。」と述べています。 [260]
JAMA Network Openに掲載された2024年の研究では、 COVID-19のオミクロンまたはデルタ変異株に感染したワクチン接種を受けた人は、感染していない人と比較して、新しい自己免疫疾患を発症する全体的なリスクが高くないことがわかりました。 [261]研究者らは、これらの結果は、以前のCOVID-19変異株に感染した後にさまざまな自己免疫疾患の長期リスクが増加すると報告した多くの以前の研究とは大きく異なると指摘しました。[262]しかし、それらの研究では、ブースター投与を含むCOVID-19ワクチン接種の潜在的な保護効果を考慮していませんでした。
BA.1 と BA.2
2022年1月に英国保健安全保障庁が実施した調査では、ワクチンはBA.1とBA.2による症状のある疾患に対して同程度の予防効果があり、どちらの場合も2回接種してブースター接種をした場合の方が、ブースター接種なしの2回接種よりもかなり高いことが分かりました。 [ 263] [264]ただし、ワクチンの効果は徐々に弱まるため、後でさらにブースター接種が必要になる場合があります。[166]
BA.4 と BA.5
2022年5月、プレプリントでは、オミクロンの亜種BA.4とBA.5が、オミクロンBA.1に感染した人でも、特にワクチン未接種者における免疫回避の増加により、オミクロン系統による再感染の増加を超えて、COVID-19の 再感染の大部分を引き起こす可能性があることが示唆された。しかし、観察されたBA.4とBA.5のBA.1感染による免疫からの逃避は、研究された以前の免疫事例（特定のワクチンによる免疫など）に対するBA.1のそれよりも穏やかである。[265] [266]
ワクチン接種を受けておらず、以前に感染したことのない人に対するオミクロン感染からの免疫は、「非オミクロン変異体に対して」弱いことが判明したが、 [267]当時、オミクロンは、配列決定された人間の症例において、圧倒的に優勢な変異体であった。[268]
BQ.1 および BQ.1.1
2022年に発見された亜種BQ.1とBQ.1.1は、以前の変異株よりも初回ワクチンと追加ワクチンを逃れやすく、モノクローナル抗体治療の有効性をさらに低下させた。[269]
ワクチンの調整
2022年6月、ファイザーとモデルナは、SARS-CoV-2野生型とオミクロン変異体に対する防御として二価ワクチンを開発した。二価ワクチンは忍容性が高く、従来のmRNAワクチンよりも優れたオミクロンに対する免疫を提供する。 [270] 2022年9月、米国食品医薬品局（FDA）は二価ワクチンを承認した。[271] [272] [273]
2023年6月、FDAは製造業者に対し、米国で使用するCOVID-19ワクチンの2023～2024年製剤を、オミクロン変異体のXBB.1.5系統を使用した一価COVID-19ワクチンに更新するよう勧告した。[274] [275] 2024年6月、FDAは製造業者に対し、米国で使用するCOVID-19ワクチンの2024～2025年製剤を、JN.1系統を使用した一価COVID-19ワクチンに更新するよう勧告した。[276]
2024年10月、欧州医薬品庁（EMA ）のヒト用医薬品委員会（CHMP）は、オミクロンXBB.1.16亜種を標的としたワクチンであるビメルバックスの成分を更新することについて肯定的な意見を出した。[277]
兆候と症状
味覚や嗅覚の喪失は他の株に比べて珍しいようです。[5] [6]オミクロン変異株の報告された独特の症状は寝汗です。[7] [278]特にBA.5亜株の場合。[279] [280] 2021年12月1日から7日の間に疾病予防管理センターによって実施された調査では、「最も一般的に報告された症状は咳、倦怠感、鼻づまりまたは鼻水でした」と判明し、被害の少ない変異株や他のウイルスとの区別が困難でした。[281] 2021年12月25日にロンドンで発表された研究によると、Zoe Covidアプリのユーザーが述べた最も頻繁な症状は「鼻水、頭痛、倦怠感、くしゃみ、喉の痛み」でした。[4]
2022年3月までの英国のオミクロン変異株の症例対照観察研究では、オミクロン変異株はデルタ変異株と比較して、年齢とワクチン接種後の経過時間に応じて、 COVID-19の長期化のオッズが0.24～0.5減少することが示されました。[282]
毒性
2022年1月6日現在、オミクロンは気管支（肺気道）内でデルタ変異株よりも約70倍速く増殖したが、以前の変異株、特にデルタ変異株と比較すると、より軽度であることが示唆されている。 [283] [240]これは、オミクロンが肺の深部組織に浸透する能力が低いためである可能性がある。[284] 2022年1月現在、南カリフォルニアでは、感染による致死率はデルタ変異株よりも91％低く、入院リスクは51％低かった。[285]しかし、再感染を除外すると、イングランドでの入院の内在的リスクの推定差は0～30％に大幅に減少した。[286]
2022年1月21日現在、デンマーク、インド、南アフリカ、イギリスからのレビューに基づくと、BA.1とBA.2の入院リスクは同じでした。[287] [145] [161] [288]ノルウェーの研究では、上気道内のウイルス量はBA.1とBA.2に感染した人で同様であることが示されました。[163]
診断
2021年11月現在、オミクロンの症例を検出する可能性は特に国のシークエンシング率に依存しており、南アフリカはアフリカの他のどの国よりもはるかに多くのサンプルをシークエンシングしているが、ほとんどの西側諸国と比べるとかなり低い率となっている。[289] [290]サンプルからウイルスをシークエンシングするには数週間かかることがあり、早期のデータの入手可能性が制限される。[291]
2022年1月、オーストラリア政府の医薬品・治療規制機関である医薬品管理局（TGA）は、承認済みのCOVID-19迅速抗原検査（RAT）23種のうち1種のみを検査し、オミクロンを検出したことを確認した。[292] TGAはその後、承認リストを更新し、他の変異体を検出したすべてのRATがオミクロン感染を検出できることを示した。[293] 2022年6月、ドイツ連邦パウル・エールリッヒ研究所は、ほとんどのRATがオミクロン変異体を検出したという調査結果を発表した。[294]
PCR検査
2021年12月、米国FDAはPCR検査がオミクロンによってどのような影響を受けるかについてのガイドラインを発表しました。[295]複数の遺伝子ターゲットを検出する検査では、引き続き被験者がCOVID-19陽性であると特定されることになりました。S遺伝子のドロップアウトまたはターゲットの失敗は、オミクロンとデルタを区別するための簡単な方法として提案されました。シーケンシングとジェノタイピングの他に。[296]
2021年12月現在、デンマークとノルウェーは、比較的迅速で複数の遺伝子を検査する変異qPCR検査で発見された症例を、完全な配列決定の前にオミクロンとしてカウントするのに十分であるとみなしている[297]。[298] [299]
BA.1 と BA.2 の違い
2021年12月7日の時点で、BA.2はBA.1とは異なり、特徴的なS遺伝子標的不全（SGTF）を引き起こす欠失（Δ69-70）を欠いていることがわかっており、これにより多くのqPCR検査は、以前は優勢だったデルタ変異体からオミクロン（またはアルファ）変異体として症例を迅速に検出することができました。[300] [301]そのため、検出に主にSGTFに依存している国はBA.2を見逃す可能性があり、[300]英国当局はSGTFだけではオミクロンの拡散を監視するには不十分であると考えています。[287]このため、BA.2は「ステルスオミクロン」というニックネームが付けられましたが、[287]通常の完全なシークエンシングや他の特定の突然変異のチェックによってBA.2を他の変異体から分離できるため、このニックネームは正確ではありません。[136] [302] 2022年1月現在、デンマークや日本など一部の国では、L452Rを含むいくつかの変異を検査する変異型qPCRが使用されている。[297] [157]また、L452Rを持つDelta [303]と、L452Rを持たないすべてのOmicron亜種を区別することもできる。 [304] [143] 2022年にOmicronが優勢になり、Delta変異体がまれになったため、qPCR検査でDeltaとBA.2を類似させていたSGTF変異が、BA.1とBA.2を区別するのに有用であることが判明した。[305]
処理
2021年11月28日現在、デキサメタゾンなどのコルチコステロイドやトシリズマブ（アクテムラ）などのIL6受容体遮断薬は、重症COVID-19の初期株の患者の管理に有効であることがわかっていましたが、他の治療法の有効性への影響は評価中でした。[306] [307]
モノクローナル抗体（mAb）治療に関しても、同様の試験と研究が進行中です。in vitro擬似型ウイルスデータに関する前臨床データは、高度に保存されたエピトープを使用するように設計された一部のmAbが、オミクロン置換の主要な変異に対する中和活性を保持していることを示しています。[308] 同様の結果はクライオ電子顕微鏡法とX線データによって確認されており、オミクロン抗原シフトによって示される体液性免疫の回避に対する構造的アプローチと分子的根拠、およびワクチンと治療薬の設計において保存されたエピトープを標的とすることの重要性も提供しています。 7つの臨床mAbまたはmAbカクテルは、プロトタイプウイルスと比較して1〜2桁以上の中和活性の低下を経験しましたが、ソトロビマブの親mAbであるS309 mAbは、効力を2〜3倍低下させただけでオミクロンを中和しました。[309]
2021年12月現在、ほとんどのモノクローナル抗体はオミクロンに対する試験管内中和活性を失っており、別の研究で検査された29のmAbsのうち、効力が変化しなかったのは3つだけだった。さらに、ソトロビマブ（VIR-7831）、S2X259、S2H97など、広範囲に中和するサルベコウイルスmAbsの一部は、RBM外の抗原部位を認識することでオミクロンを中和した。[310]しかし、ソトロビマブはBA.2オミクロン亜系統に対して完全に活性ではなく、2022年3月、米国準備対応次官補室（ASPR）は、BA.2が優勢な州への抗体治療の配布を停止した。[311] 2022年2月のデータは、オミクロンが著しい体液性免疫回避を引き起こしたが、サルベコウイルス保存領域 を標的とする中和抗体が最も効果的であったことを示唆した。[312]
疫学
2021年11月26日、南アフリカ国立感染症研究所は、30,904件のCOVID-19検査（1日）で2,828人の新たなCOVID-19感染者が検出された（陽性率9.2％）と発表した。[313] 1週間後の2021年12月3日、NICDは65,990件のCOVID-19検査で16,055人の新たな感染者が見つかり（7日前の5.7倍、陽性率24.3％）、そのうち72％がハウテン州で見つかったと発表した。[314] [315]南アフリカの この州は、 1km2あたり約850人の住民と人口密度が高い。ハウテン州の州都ヨハネスブルグは巨大都市である（市内に約550万人、都市部に950万人の住民がいる）。[要出典]
2021年11月時点では、オミクロン変異株の伝染性は、デルタ変異株やCOVID-19ウイルスの他の変異株と比較してまだ不明であった。[306]オミクロンは、以前にCOVID-19陽性であった人々に頻繁に感染する可能性がある。[316] [317]
オミクロンのゲノム比較に基づくと、オミクロン変異体は2021年9月か10月に分岐したと推定されている。[318] 配列データによると、オミクロンは2021年11月までに南アフリカで優勢な変異体になっていたことが示唆されており、同月は同国で初めて確認された月であった。[319] [320]
系統発生学は、最近出現したことを示唆している。南アフリカのデータによると、オミクロンはそこで顕著な成長上の優位性を持っていることが示唆されている。しかし、これは伝染性または免疫逃避に関連する、あるいはその両方によるものである可能性がある。」[321]また、シリアル間隔も成長に影響を与えている。
南アフリカのハウテン州から採取した廃水サンプル中のCOVID-19濃度の変化は、10月17～23日（第42週）には早くも確認されていた。[322]国立感染症研究所は、南アフリカのツワネにあるオミクロン発見地点では、2歳未満の子供が入院患者の10％を占めていると報告している。 [323]南アフリカで採取された症例のS遺伝子標的不全（SGTF）に関するデータは、デルタ株と比較して1日あたり21％の増加を示しており、再生産数は2.4倍に増加している。[a]オミクロン株は11月10日頃に南アフリカで主流株となった。[324] [325]別の分析では、南アフリカのハウテン州で1日あたり32％の増加が示され、11月6日頃には優勢となった。[326]
英国では、オミクロン関連S遺伝子標的不全（SGTF）症例のS遺伝子標的陽性（SGTP）症例に対する対数増加率は1日あたり0.37と推定されており[b] 、これは例外的に高い。[327]さらに、12月14日までにオミクロンは最も優勢な株となったようである。[c] [328]変異株に対する行動変化を想定せずに、12月24日までに1日あたり100万人の感染が、2.5日の倍加時間で予測されている。[d] [296]デンマークでは、増加率はほぼ同様で、倍加時間は約2〜3日で、12月17日に最も蔓延している株となった。[329] [330] [331]スイスもそれほど遅れてはいない。[332]ドイツでは、オミクロンは1月1日に最も蔓延している変異株となった。 [333 [334] [335]カナダのオンタリオ州では12月13日に最も蔓延している株となった。[336]米国では、この変異株は12月18日に最も蔓延している株となったようで、1日あたり0.24の増加率を示した。[337]ポルトガルでは、オミクロン株は12月22日に症例の61.5％に達した。[338]ベルギーでは、12月25日にこの株が最も蔓延し、[339]オランダでは12月28日に最も蔓延した。[340]イタリアでは、12月20日に症例の28％に達し、2日ごとに倍増しており、[341]ノルウェーでは12月25日に優勢な変異株となった。[342]フランスでは、12月のCOVID-19症例の約15％を占めていたが、12月27日頃には60％以上に増加した。[343] [344]研究者らは、オミクロンやその他の新たな変異株を検出するために、COVID-19患者の検体の少なくとも5％を採取することを推奨している。[345]
2022年1月、デンマークではBA.2変異株がBA.1（従来のオミクロン変異株）に対する比率で1日あたり約0.10（1日あたり+11％）増加し、2022年第2週に優勢な株となった。[160]英国では、BA.2変異株がBA.1に対する比率で1日あたり約0.11（1日あたり+12％）増加していた。[346]
2022年1月13日、BBCは米国とカナダの入院率が欧州や南アフリカよりも高いと報じた。これは南アフリカよりも高齢者が多いこと、欧州よりも高血圧や肥満などの併存疾患の有病率が高いこと、冬季のため屋内での感染が多いこと、米国のワクチン接種率が欧州やカナダよりも低いこと、入院につながることが多いデルタ変異株の有病率が依然として高い可能性があることなどが原因とされている。[347]
報告された症例
参照
- SARS-CoV-2オミクロン変異株のタイムライン
- SARS-CoV-2の変異体
- SARS-CoV-2オミクロンを発見した科学者、シクリル・モヨ
注記
- ^ 同一の人から人への連続間隔がlog e (2.4)/0.21 ~ 4.2日であると推定されるか、または同様の効果をもたらす分布。
- ^ 対数増加率が 0.37/日ということは、対数オッズ log e (SGTF/SGTP) が 1 日で 0.37 増加していることを意味します。したがって、SGTF/SGTP は exp(0.37) ~ 1.45 の乗数で増加していました。これは、単純な 100%+37% の増加よりも大幅に高い値です。この差は数学的には 1 日の複合増加によるもので、流行的に人々が 1 日以内にすでに感染性があることを意味するものではありません。むしろ、モデル化の便宜上、簡略化された (遅延のない) 微分方程式が使用されています。これは、オミクロン対デルタの有病率比の倍増時間が log e (2)/(0.37/日) ~ 1 日であることも示しています。
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エストニアでは合計26人のコロナ陽性者が確認されており、その場合のジェノタイピングによりオーミクロン株が示されており、そのうち6人は期間中に確認されました順序付け中...
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Во Македонија вчера беа детектирани девет случаи на омикрон, од кои 8 од Скопје и едно лице од Кочани. （昨日、マケドニアで9人のオミクロン感染者が検出され、そのうち8人はスコピエ出身、1人はコチャニ出身でした。）
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29 din 29confirmaţi...
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ウイルス対策としてのコロナウイルスの変種は、エスペランサ基地での 24 件の covid-19 感染を検出する可能性があります...
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外部リンク
ScholiaはSARS-CoV-2オミクロン変異体の疾患プロファイルを持っています。
ウィキメディア・コモンズには、 SARS-CoV-2 系統 B.1.1.529に関連するメディアがあります。
- アーカイブされたビデオ:
- Mohale F, Phaahla J, Oliveira T, Lessels R, Gottberg A, Moore P, et al. (2021年11月25日). 保健省がメディアに新たないわゆるスーパー変異株について説明。南アフリカ: eNCA。2021年11月27日時点のオリジナルよりアーカイブ。2021年11月27日閲覧– YouTube経由。
- Oliveira T、Kamwendo S (2021年11月26日). Tulio de Oliviera教授が新たなCOVID-19変異株について語る。SABCニュース。2021年11月26日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2021年11月27日閲覧– YouTube経由。Ghostarchiveにもアーカイブされています。
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