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このSARS-CoV-2オミクロン変異株のタイムライン（2021年11月～2022年2月）は動的なリストであり、完全な基準を満たすことは決してないかもしれません。一部の事象は、後になって初めて完全に理解または発見される可能性があります。
南アフリカの科学者たちは、PCR検査でS遺伝子標的の失敗が見られるサンプルを発見し始めた（これはいくつかの変異株で発生するが、10月に国内で圧倒的に優勢だったデルタ株では発生しない）。これにより、疫学の変化に気づいた。[ 3 ]
世界保健機関（WHO）によって最終的にオミクロン変異株と命名されることになる最初の確認サンプルは、南アフリカで採取された。[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]
オミクロン変異体の他のサンプルは、南アフリカの科学者によってボツワナで収集されており[ 7 ] [ 8 ]、南アフリカゲノム監視ネットワーク（NGS-SA）の傘下で収集されている。
南アフリカのハウテン州で配列決定されたサンプルの70%以上がオミクロンであり、これはすでに同州で優勢な変異型になっていることを示している。 [ 9 ]
南アフリカは、11月14日から16日にかけて採取されたサンプルに基づいて、WHOにB.1.1.529（科学的に知られている）の最初の報告を行った。[ 1 ] [ 10 ]
この変異株が最初に公に知られるようになったのは、南アフリカ保健省が開催したオンライン記者会見でのことでした[11]。クワズール・ナタール大学の感染症専門医であるリチャード・レッセルズ氏[ 12 ]は、「この変異株についてはまだよく分かっていないことがたくさんあります…変異プロファイルは懸念材料ですが、今は、この変異株の重要性と、それがパンデミックへの対応にどのような意味を持つのかを理解するための研究を行う必要があります」と述べました。ウィットウォーターズランド大学のウイルス学者であるペニー・ムーア教授[ 13 ]は、この研究のペースについて「ワープスピードで進んでいる」と述べています[ 7 ] 。現時点で、5か国で87例、推定990例の疑い例があり、南アフリカでは確認例が77例と最も多くなっています[ 14 ]。
11月26日、スイスのジュネーブで緊急会議が開かれ、WHOのSARS-CoV-2ウイルス進化に関する技術諮問グループは、PANGO系統B.1.1.529を懸念すべき変異株（VOC）に指定し、オミクロンという名称を与えた（デルタ変異株に導入された命名プロトコルに従い、ギリシャ文字の次の文字であるニューとクサイを飛ばした）。[ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]現時点で、南アフリカ、ボツワナ[ 18 ] 、イングランド[ 19 ] 、香港[ 20 ]、イタリア[ 21 ] 、イスラエル[22]、ベルギー[ 23 ]で世界中で96例の確定症例があり、ドイツ[24 ]で2例、チェコ共和国で1例の疑い例がある。[ 25 ] [ 26 ]
英国で最初の2例が発表された。さらに、マラウイ、モザンビーク、ザンビア、アンゴラが日曜日の午前4時（GMT）から英国のレッドリストに追加されることがTwitterで発表された[ 27 ]。ゲノム配列決定が夜間に実施され、南アフリカ、ボツワナ、レソト、エスワティニ、ジンバブエ、ナミビアに加わった。[ 28 ]さらに、スイスは英国を他の症例のある国々とともに「リスクのある」リストに追加した。[ 29 ]
南アフリカから帰国したデンマーク人2人が陽性反応を示し[ 30 ]、ナイジェリアに最近旅行した別の2人がカナダのオタワで陽性反応を示した。3例目は英国で確認されたが、南アフリカから旅行してきた当該人物はすでに英国国外にいるため、高レベルの接触者追跡が開始された[ 31 ] 。 イスラエルはすべての外国人の入国を禁止し、アフリカ50か国への渡航をレッドリストに載せた。モロッコは2週間国境を閉鎖した[ 32 ] [ 33 ]。
最初の13例は、 11月26日に南アフリカからオランダへ向かった2便のSARS-CoV-2感染者61人のうちに確認された[ 34 ]。関係した乗客は約624人で、EUの制限が課されたとき飛行中だった[ 35 ] [ 36 ]。これらの乗客のうちさらに5例が1週間後に確認された[ 37 ] 。
オーストラリアのシドニーで2件の症例が確認された。2人とも前日にシドニーに到着しており、南アフリカからカタールのドーハ経由でシドニーに渡航していた。ワクチン接種を完了していた2人は隔離され、南アフリカからの旅行者12人も14日間の隔離措置が取られた。また、同便の乗客と乗務員約260人も隔離を指示された。[ 38 ]
南アフリカのシリル・ラマポーザ大統領は、南アフリカ標準時午後8時に国民に向けて演説を行った。[ 39 ] [ 40 ]演説の中で、彼はいくつかの重要な点を強調した。[ 41 ]まず、彼は新しいオミクロン変異株の出現について説明し、今後2週間で南アフリカの科学者たちがこの新しい変異株に対するワクチンの有効性を理解し、テストする作業に取り組むと述べた。[ 42 ]彼は国境を閉鎖した国々に再開を求め、閉鎖は「科学に基づいたものではなく、オミクロンコロナウイルス変異株の拡散を防ぐのに効果的ではない」と述べた。[ 43 ] [ 44 ]次に、彼は国民にワクチン接種を求めた。[ 45 ]最後に、彼は国をロックダウンしないが、軽度の夜間外出禁止令と集会の制限を導入すると発表した。[ 46 ]ロックダウンが必要かどうかを評価するため、来週2021年12月5日にさらなる演説が行われる予定である。[ 47 ] [ 48 ]
南アフリカの内務省は、変異を発見したことに対する「罰」に落胆しており、「優れた科学は罰せられるのではなく、称賛されるべきだ」と述べた。[ 49 ]
オーストラリアでは、ヨハネスブルグから帰国した国民で3例目の変異株が確認された。彼はノーザンテリトリーのハワードスプリングス検疫施設で強制隔離を受けていた。[ 50 ]スコットランドで最初の6例が確認された（英国全体では合計9例）：ラナークシャー地域で4例、グレーターグラスゴーおよびクライド地域で2例。[ 51 ] スペインとスウェーデンで最初の症例が報告され、後者は1週間以内に南アフリカからの旅行者から採取されたサンプルによるものだった。[ 52 ]インドは、自国のワクチン在庫の一部（COVAXの傘下）を感染したアフリカ諸国に送ると発表した。[ 53 ]世界保健総会の特別会合で、WHOは変異株が世界的に非常に高いリスクを持っていると発表。[ 54 ]
エクアドルと日本は国際旅行制限を課した。米国も制限を強化した。日本は最初の症例を報告し、フランスも（インド洋のレユニオン島で）報告した。中国の習近平国家主席は、世界的なワクチン格差に対処するため、アフリカに自国製ワクチン3000万回分を約束し、その後4億回分（アフリカの中国系企業が生産）を提供する予定である。[ 55 ]オランダでは、11月19日と23日に遡って新しい変異株について遡及的に検査された古いサンプルから、さらに2例が確認された。[ 56 ]
アラブ首長国連邦が最初の症例を発表。南アフリカでは過去2週間で症例数が急激に増加し、オミクロン株が急速に優勢株となった。[ 65 ]
フランスのパリ首都圏で感染例が確認されたとBFM TVが報じた。感染者は最近ナイジェリアから帰国したばかりだった。[ 66 ]これはフランス本土での最初の症例である。[ 67 ]アイスランドでも最初の症例が報告された。3回ワクチン接種を受けた人で、海外渡航歴はなかった。[ 68 ]ギリシャは最初の症例（クレタ島）を発表した。南アフリカに渡航歴のある人だった。[ 69 ]フィンランドは最初の症例を報告した。スウェーデンからグループで渡航してきた人だった。[ 70 ]
シンガポールは最初の2例を暫定的に報告した。[ 71 ]米国は、11月下旬にニューヨーク市で開催されたアニメコンベンション「Anime NYC 2021」に参加したミネソタ州在住者で、2例目（および市中感染の最初の例）を報告した。参加にはワクチン接種が義務付けられていた。[ 72 ]このイベントには53,000人が参加し、当局はスーパースプレッダーイベントであったことを懸念し、参加者全員（スタッフや出展者も含む）に検査を受けるよう促した。[ 73 ] [ 74 ] [ 75 ]
マレーシアは、この変異株の最初の症例を発表した。症例は11月26日に確認され、私立大学で学ぶために入国した南アフリカ人学生だった。[ 76 ]現在、米国ではカリフォルニア、コロラド、ミネソタ、ニューヨーク、ハワイで10例が確認されており、ハワイの感染者は最近の渡航歴はなかった。[ 77 ]レユニオン島では2例目の確定症例が報告された。どちらの症例もアフリカ大陸からの渡航に関連していた。[ 78 ]米国では少なくとも10州にわたって10例以上が確認されている。[ 79 ]
ニューヨークでは、互いに関連性のない市中感染が8件報告された。最近南アフリカから帰国した女性が、ニュージャージー州とジョージア州で初の感染確認例となった。メリーランド州では初の3例、ペンシルベニア州とミズーリ州ではそれぞれ1例が確認された。ネブラスカ州の感染者数は6人に増加し、すべて南東部に集中している。[ 84 ]
オミクロン変異株は、WHOの週次運用アップデートの概要、すなわち「南部アフリカにおけるオミクロン変異株の検出とCOVID-19対応の支援」の中で初めてそのように取り上げられました。12月2日現在、ボツワナと南アフリカはそれぞれ19例と172例のオミクロン変異株を報告しており、これは世界の症例の62%を占めています。緊急対応チームが派遣されています。現在までに、世界中で20か国以上が症例を報告しています。[ 86 ]
オーストラリアのクイーンズランド州の保健当局は、州内でこの変異株の最初の症例を検出するとともに、遺伝的に異なる「オミクロン様」変異株を初めて特定した。[ 87 ]
WHOは、この変異株が57か国で検出されたと発表した。[ 88 ]この時点までに、CDCは後に（12月17日に）米国の22州で症例が確認されたことを確認した。「初期追跡調査を行った43症例のうち、入院は1件、死亡は報告されていない。」[ 89 ]
WHOは、「過去60日間に配列決定され、世界のCovidデータベースにアップロードされた899,935件のCovid-19検査サンプルのうち、897,886件（99.8%）がデルタ型、713件（0.1%）がオミクロン型であることが確認された」と発表した。南アフリカでは1週間で症例が110%増加した。[ 91 ]キューバは、モザンビークから渡航してきた人物の感染例を初めて報告した。[ 92 ]
シンガポールでは、空港の最前線で働く従業員が市中感染の最初の症例として確認された。米国では、40人以上が感染していることが確認されており、そのうち75%以上がワクチン接種を受けていた。[ 93 ]
バングラデシュでは、ジンバブエから最近帰国した女性クリケット選手2名が最初の症例として報告された。[ 94 ]米国では、この変異株が症例の2.9%を占めている。[ 95 ]
オミクロン変異株に感染した最初の英国人が死亡。[ 99 ]この変異株は現在、英国の症例の20%を占めている。[ 100 ]中国は天津で最初の症例（海外からの帰国者）を報告。[ 101 ] プエルトリコは最初の症例を確認。[ 102 ]パキスタンも同様。[ 103 ] [ 104 ]
フランスでは130例が報告されている。[ 105 ]イギリスでは20例が入院している。[ 105 ]現在のワクチンはオミクロンに対してはそれほど効果的ではないが、ブースター接種はそれでも有益であることが研究で示され続けている。[ 106 ]
アルジェリアは、12月10日にアルジェリアに入国し、アルジェ国際空港で検査で陽性反応が出た外国人1名を最初の症例として報告した。[ 107 ]
イスラエルでは合計67件のオミクロン感染例が確認されている。[ 108 ]
中国本土では2例目の感染者が報告された。上海国際空港に到着した帰国者だった。この人物は広州での標準隔離中に複数回の核酸検査で陰性だったが、その後陽性となった。比較的ウイルス量が少ないことを示唆する一連の出来事は、地域社会での感染拡大の可能性に対する懸念を引き起こした。[ 109 ]
ニュージーランドは、12月10日にドバイ経由でドイツからオークランドに到着した人物がオミクロン変異株の最初の症例であることを確認した。[ 111 ]
インドネシアが最初の症例を確認した。[ 112 ]マレーシアが2例目を報告し、[ 113 ]ポーランドが最初の症例を報告した。[ 114 ]
英国では15人が入院している。[ 114 ]アストラゼネカ社製の抗体治療薬エブシェルドはオミクロンに対する中和活性を維持することが示されているが、リジェネロン社のロナプレブ療法は効果が低いことが判明している。[ 115 ]
確認された症例は少ないものの、フロリダ州オレンジ郡の廃水サンプルからはほぼ100%オミクロンが検出されている。[ 116 ]カリフォルニア州はマスク着用義務を解除してからちょうど6か月後に再び義務化した。[ 117 ]パレスチナ国は 海外からの帰国者3名に最初の症例が報告された。[ 118 ]
ニュージーランドは国境でさらに3件のオミクロン感染例を報告した。これらの症例は12月11日にドバイからオークランドに到着し、国際線到着者用にチャーターされたバスでロトルアの管理隔離・検疫施設に移動した。 [ 119 ]
米国では、CDCが州の保健当局に提示したモデルによると、オミクロンは2022年1月にピークを迎え、症例数は1週間で7倍に増加すると予測されている。しかし、これらのモデルではオミクロンとデルタがどのように相互作用するかは明らかではなく、さらに、インフルエンザに加えてこれらの主要な変異株が発生する可能性は深刻な懸念事項である。[ 120 ]（春に小規模なオミクロンの急増も起こり得る。）[ 121 ] 現状では、この変異株は1週間以内に優勢な株になると予測されている。[ 122 ]
英国保健安全保障庁の主任医療顧問であるスーザン・ホプキンス博士によると、英国におけるオミクロン株のR値は3～5と推定されている。この変異株はスコットランドで優勢な株となる。[ 123 ]デンマークでは全症例の5分の1を占め、[ 124 ]アイルランドでは35%を占める。[ 125 ]
入院と無症状感染の指標はオミクロン感染と有意な関連はなく、デルタと比較して重症度の変化はせいぜい限定的であることが示唆された。[ 145 ]
アルジェリアは2例目の感染確認例を報告した。南アフリカ滞在から帰国したアルジェリア国民に関するものである。[ 146 ]
航空会社は深刻な人員不足のため、クリスマスイブに600便以上、クリスマス当日には数百便を欠航した。ユナイテッド航空は主要路線の185便（全便の10％）を欠航し、ルフトハンザドイツ航空の堅固な年末年始の緊急対策も、予想外の病欠の増加により対応しきれなかった。ヨーロッパの鉄道も影響を受けたが、その程度は同程度ではなかった。[ 147 ]全世界で合計4,500便以上が欠航となった。[ 148 ]
ポルトガルは12月22日にオミクロン株が優勢株となり、症例の65.5%を占めるようになったと発表し、マレーシアでは最初の症例が確認された。[ 149 ]また、パキスタンの首都イスラマバードで最初の症例が確認されたと報告された。 [ 90 ]
アルジェリアは、フランスとイギリスから帰国したアルジェリア国民2人の新たな感染例を確認した。[ 150 ]
オミクロンは少なくとも115か国に存在している。[ 151 ]最初の症例はガザ地区とドミニカ共和国で確認された。[ 152 ]
オミクロンはポルトガルで優勢な株となる。[ 153 ]
アルジェリアでは新たに12人の感染者が報告された。内訳はアルジェリア国民6人、フランスから帰国した国民2人、イギリス人1人、モーリタニア人3人。[ 158 ]
オミクロン変異株の2例目が北マケドニアのストルガ市で確認された。[ 159 ]
オミクロンによる人員不足のため、米国では多数の救急診療所が一時的に閉鎖されている。[ 160 ]バイデン政権は、南アフリカ、ボツワナ、ジンバブエ、ナミビア、レソト、エスワティニ、モザンビーク、マラウイの8つのアフリカ諸国から空路で到着する外国人に対する1か月間の渡航禁止措置を、東部標準時午前0時1分から解除した 。[ 161 ]
世界保健機関（WHO）のテドロス・アダノム・ゲブレイェソス事務局長は年末の発言で、「一部の国による狭隘なナショナリズムとワクチンの買い占めは公平性を損ない、オミクロン変異株の出現に理想的な条件を作り出しており、不公平が長引けば長引くほど、ウイルスが我々が防ぐことも予測することもできない形で進化するリスクが高まる」と述べている。[ 162 ]
UKHSAは、懸念される変異株がイングランドで優勢な株となったため、2022年1月1日以降、オミクロンは日々の統計で個別に報告されなくなると発表した。 [ 163 ]
フランスの保健当局は、オミクロン変異株が国内で最も優勢な変異株であることを認めた。マクロン大統領は、今後数週間は「非常に困難」になると警告した。[ 162 ]
WHOによると、オミクロンは128か国で出現しており、さらに新しい研究では、以前の変異株ほど重篤な肺損傷を引き起こさないことが示唆されている。[ 165 ]
米国のCOVID-19感染者数は1,082,549人に達したが、これは主にオミクロンの急速な拡散によるものである。[ 166 ]
Nature誌のニュース記事によると、オミクロンは肺組織では容易に増殖しないという兆候が見られるとのことです。最新の結果は、「ウイルスが上気道で非常に局所的な感染を確立し、肺にまで広がって大混乱を引き起こす可能性が低い」ことを意味する可能性があり、そのため「鼻や口から排出される物質に便乗して、ウイルスが新たな宿主を見つけやすくなる」可能性があるとしています。[ 167 ]
インドで最初の死亡例が記録された。74歳の糖尿病の男性で、他の合併症もあった。[ 168 ]
WHOは、入院を必要とする重篤な感染症の規模が世界中の医療システムを圧倒していることから、オミクロンを「軽症」と表現すべきではないと発表した。[ 169 ]英国は、20人の医師を含む200人の軍人をロンドンの病院に派遣した。[ 170 ]
アルジェリアでは新たに47件の感染が確認された。内訳はアルジェで29件、ベジャイアで6件、ブイラで1件、コンスタンティーヌで11件で、確認された感染者総数は63人となった。[ 171 ]
北京に近い主要港湾都市である中国の天津で、20件の症例が集団発生し、そのうち少なくとも2件がオミクロン変異株であることが判明したことを受け、大規模な検査が開始された。 [ 172 ]
ペルーでは、1週間で7万件のCOVID-19感染例が記録され、感染の第3波はオミクロン変異株によるものだった。[ 173 ]
WHOは、6～8週間でヨーロッパの人口の半分がこの変異株に感染すると予測している。[ 174 ]米国では、前週のCOVID-19症例の98%がオミクロン変異株だった。[ 175 ]
アルジェリアでは新たに82件の感染例が確認された。内訳はアルジェで61件、ブリダで11件、ブイラで5件、ハッシ・メサウドで3件、アイン・デフラとラグアでそれぞれ1件で、感染確認例の総数は145件となった。[ 176 ]
米国ではオミクロン変異株による感染者数がピークに達したと報告されているが、米国大統領首席顧問のアンソニー・ファウチ氏は、オミクロン変異株の症例数は1月末までに減少すると予測した。[ 177 ]
北京市は、海淀区で初の国内感染例を報告した。[ 178 ] [ 179 ]当局は、12月31日に遡る患者の行動の詳細な記録を公表し、彼の職場と住居を隔離し、これら2か所から2,430の検査サンプルを収集した。[ 180 ]
中国では、保健当局が、記録された最初のオミクロンウイルス感染例はカナダから送られた郵便物に由来する可能性があると述べた。[ 181 ] [ 182 ] [ 183 ] しかし、最初の感染例と接触した、または接触した可能性のある16,500人以上の検査結果はすべて陰性だった。[ 184 ]
フランスでは、オミクロン変異株の蔓延が収まることなく、新型コロナウイルスの新規感染者数が46万4000人に達し、7日間連続で1日の新規感染者数が30万人を超えている。[ 185 ]
アルジェリアのパスツール研究所（IPA）は、アルジェリアでオミクロン変異株の症例が合計400件記録され、これは流行している変異株の57％に相当すると発表した。[ 186 ]
ニュージーランドでは新たに34件のオミクロン感染例が報告され、オミクロン感染の地域内感染例の総数は90件となった。[ 187 ]
ニュージーランドでは新たに15件のオミクロン感染例が報告され、オミクロン感染の地域内感染例の総数は105件となった。[ 188 ]
オミクロンは人獣共通感染症であることが確認されています。2022年2月、ペンシルベニア州立大学の研究者らがニューヨーク州スタテンアイランドのオジロジカで野生動物への感染の最初の症例を確認しました[ 189 ]。
BA.2サブバリアントは、世界中の症例の3分の1以上を占めている。[ 190 ]
BA2.75.2サブバリアントは疫学的サンプル中の抗体による中和を回避することが観察されている。[ 191 ]
2023年1月9日、欧州疾病予防管理センター（European CDC）は、XBB.1.5変異株が成長優位性を持っていることを示唆する証拠があると述べた。米国で優勢になった後、数ヶ月後にはヨーロッパでも優勢になる可能性がある。[ 192 ]
2024年4月下旬、CDCのデータによると、KP.2が米国で最も一般的な変異株であり、全症例の4分の1を占め、JN.1をわずかに上回った。KP1.1は米国の症例の7%を占めた。[ 193 ] これら2つは、ウイルスのスパイクタンパク質のフェニルアラニン（F）からロイシン（L）への変異とアルギニン（R）からトレオニン（T）への変異を特徴とするため、「FLiRT」変異株と呼ばれることがある。 [ 194 ] 2024年7月までに、スパイクタンパク質にQ493Eという追加のアミノ酸変化を持つKP.2の子孫がKP.3と名付けられ、非公式には「FLuQE」と呼ばれ、オーストラリアの冬の間、ニューサウスウェールズ州で主要な変異株となった。初期の研究では、Q493Eの変化により、KP.3がKP.2よりもヒト細胞への結合に効果的になる可能性があることが示唆された。[ 195 ]
2024年8月初旬、ドイツでXECが発見された。[ 196 ] XECはKS.1.1とKP.3.3という2つの亜変異体の組み換えである。2024年12月初旬、CDCのデータによると、XECは全症例の45%を占め、全症例の24%を占めるKP3.1.1を上回り、米国で最も一般的な変異体であることが示された。[ 197 ]
2025年1月下旬、XFG（「Stratus」と呼ばれることもある）[ 198 ]がカナダで発見された。[ 199 ] XFGは、LF.7とLP.8.1.2という2つの亜変異体の組み換えである。2025年5月下旬、WHOは、XFGが世界で2番目に多い変異体であり、世界の症例全体の22.7%を占めていると報告した。これは、世界の症例の24.9%を占めるNB.1.8.1（「Nimbus」と呼ばれ、しばしば激しい喉の痛みを伴う）[ 200 ]に次ぐもので、LP.8.1が世界の症例の22.6%を占めてそれに僅差で続いている。[ 201 ] 2025年6月下旬、CDCの推定データによると、XFGは全症例の14%を占め、NB.1.8.1とLP.8.1（それぞれ全症例の43%と31%を占める）に次いで米国で3番目に多い変異株である。
2025年9月14日、WHOはJN.1をVOIとして、KP.3.1.1、LP.8.1、NB.1.8.1、XEC、XFGをVUMとしてリストアップした。2025年9月7日までの週の推定有病率は、XFGが68%（8月10日までの週の61%と比較して増加）、NB.1.8.1が20%（8月10日までの週の24%と比較して減少）、その他の4つの変異株は4%以下であった。[ 202 ] 9月下旬、ECDCはVOCをリストアップせず、BA.2.86をVOIとして、NB.1.8.1とXFGをVUMとしてリストアップした。[ 203 ]
4月下旬、ECDCは再びVOCをリストアップせず、BA.2.86をVOI、NB.1.8.1とXFGをVUMとしてリストアップし、2024年11月に南アフリカで初めて検出されたBA.3.2を別のVUMとして追加した。[ 204 ]
オミクロンが現在イングランドで優勢な株であるため、2022年1月1日以降、UKHSAはVOCオミクロンの統計を個別に報告しなくなります。
