SARS-CoV-2 シータ変異体

シータ変異株は系統P.3としても知られ、^[a]、COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2の変異株の1つです。この変異株は、2021年2月18日にフィリピンで初めて特定され、中部ビサヤ地方で懸念される2つの変異が検出されました。^[1]日本では、 2021年3月12日にフィリピンからの旅行者が東京の成田国際空港に到着したときに検出されました。^[2]

これは英国、南アフリカ、ブラジルで最初に発見されたものとは異なり、同様の脅威をもたらすと考えられています。この変異株は、南アフリカとブラジルの変異株と同様に、ワクチン接種によって得られた抗体を含む中和抗体に対する耐性が強いようです。 ^[3]

世界保健機関が提案した簡略化された命名体系では、P.3はシータ変異体と呼ばれ、注目される変異体（VOI）ではあるが、懸念される変異体とはみなされなかった。^[4]

2021年7月現在、シータはWHOによって関心対象の変異体とはみなされなくなった。^[4]

分類

ネーミング

2021年3月17日、イングランド公衆衛生局（PHE）は系統P.3をVUI-21MAR-02と命名した。^[5]

2021年6月1日、世界保健機関（WHO）はP.3系統をシータ変異体と命名した。^[6]

突然変異

SARS-CoV-2シータ変異体のアミノ酸変異を、スパイク部に焦点を当ててSARS-CoV-2のゲノムマップ上にプロットした図。^[7]

すべてのサンプルで合計 14 個のアミノ酸置換が観察され (以下に赤で表示)、その中には 7 個のスパイクタンパク質変異が含まれていました。スパイクタンパク質変異のうち 4 個は以前から懸念される系統と関連付けられていました (すなわち、E484K、N501Y、D614G、および P681H)。また、タンパク質の C 末端領域に向かって 3 個の追加の置換が観察されました (すなわち、E1092K、H1101Y、および V1176F)。ORF8のN 末端での単一のアミノ酸置換(すなわち、K2Q) もすべてのサンプルで見つかりました。スパイクタンパク質の位置 141 から 143 での 3 アミノ酸の欠失を含む 3 つの他の変異が 33 個のサンプルのうち 32 個で見られました (緑色で表示)。最後に、5 つの同義変異 (灰色で表示) もすべてのケースで検出されました。^[8]

歴史

2021年2月18日、フィリピン保健省は、患者から採取したサンプルをゲノム配列解析に送った後、中部ビサヤ地方でCOVID-19の2つの変異が検出されたことを確認した。変異は後にE484KとN501Yと命名され、50のサンプルのうち37で検出され、そのうち29のサンプルで両方の変異が同時に発生していた。変異体に正式な名前はなく、完全な配列はまだ特定されていない。^[1]

2021年3月12日、日本はフィリピンからの旅行者から変異株を検出した。^[2]

保健省は2021年3月13日、この変異が新たな変異体であることを確認し、系統P.3と命名した。同日、国内で初めて系統P.1の症例も確認された。系統P.1とP.3は同じ系統B.1.1.28に由来するものの、保健省は系統P.3がワクチンの有効性と感染性に与える影響はまだ確認されていないと述べた。^[10]

2021年3月17日、英国は最初の2件の症例を確認し、イングランド公衆衛生局（PHE）はこれをVUI-21MAR-02と名付けました。^[11]

2021年4月30日、マレーシアはサラワク州でP.3系統の症例を8件検出した。^[12]

統計

参照

注記

^ その他の名称:
– VUI-21MAR-02
–系統 B.1.1.28.3
–フィリピンの変種
^ 香港の事例。

参考文献

^ ab News、CNNフィリピン（2021年2月18日）。「保健省、中部ビサヤ地方で新たなCOVID-19変異を確認」。2021年11月26日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)
^ ab ニュース、共同通信（2021年3月12日）。「フィリピンからの旅行者から新たなコロナウイルス変異種が見つかる：日本」。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)
^ ニュース、ジャパンタイムズ（2021年3月12日）。「日本当局、フィリピンからの旅行者に新たなコロナウイルス変異種を発見」。2021年5月4日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)
^ ab 「SARS-CoV-2変異体の追跡」。who.int。世界保健機関。
^ 「変異株：症例データの分布」gov.uk政府デジタルサービス。
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^ 「スパイク変異体：シータ変異体、別名B.1.128」。covdb.stanford.edu。スタンフォード大学コロナウイルス抗ウイルスおよび耐性データベース。2021年7月1日。 2021年7月5日閲覧。
^ センター、フィリピンゲノム。「PGC SARS-CoV-2速報第7号：強化されたUP-PGC、UP-NIH、DOHバイオサーベイランスプログラムを通じて配列決定されたサンプルから、スパイクタンパク質変異E484K、N501Y、P681H、およびLGV 141-143欠失を伴う新しいSARS-CoV-2系統P.3の検出と特徴付け」。フィリピンゲノムセンター。
^ ab 「P.3 系統レポート」。outbreak.info。
^ ニュース、ABS-CBN（2021年3月13日）。「保健省、フィリピンで初めて検出されたCOVID-19の新たな変異株を確認、ブラジル変異株の初事例」。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)
^ ニュース、Rappler（2021年3月17日）。「イングランド、フィリピンで新型コロナの新たな変異株2例が発見されたと報告」。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)
^ 「Covid-19: サラワク州、フィリピンで報告された変異株を検出」。2021年4月30日。 2021年4月30日閲覧。
^ “PANGO lineages”. cov-lineages.org . 2021年5月5日時点のオリジナルよりアーカイブ。2021年5月2日閲覧。
^ 「Regeneron COVID-19ダッシュボード」covid19dashboard.regeneron.com . 2021年8月27日閲覧。
^ ロペス、ヴァージル（2021年9月29日）。「保健省、デルタ変異株の症例を新たに339件検出」GMAニュース。 2021年10月1日閲覧。
^ ペイペイ、ゴー（2021年7月8日）。「サラワクでデルタ変異株が検出」。2021年7月13日閲覧。彼は、シータ変異株については、クチンで6件、サマラハン市で7件が検出されたと述べた。
^ 「変異株：症例データの分布、2021年8月13日」。2021年8月13日。 2021年8月13日閲覧。
^ 「オランダのバリアント」rivm.nl。2021年7月16日閲覧。

外部リンク

PANGO 系統: 新しい変異体レポート - 系統 B.1.1.7 の世界的分布に関するレポート
GISAID シークエンシングデータベース – COVID-19 変異体の追跡

[1] その他の名称:
– VUI-21MAR-02
–系統 B.1.1.28.3
–フィリピンの変種

[20] 香港の事例。

[mutation-2] News、CNNフィリピン（2021年2月18日）。「保健省、中部ビサヤ地方で新たなCOVID-19変異を確認」。2021年11月26日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)

[Japan-3] ニュース、共同通信（2021年3月12日）。「フィリピンからの旅行者から新たなコロナウイルス変異種が見つかる：日本」。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)

[4] ニュース、ジャパンタイムズ（2021年3月12日）。「日本当局、フィリピンからの旅行者に新たなコロナウイルス変異種を発見」。2021年5月4日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)

[WHO-5] 「SARS-CoV-2変異体の追跡」。who.int。世界保健機関。

[6] 「変異株：症例データの分布」gov.uk政府デジタルサービス。

[7] 「SARS-CoV-2変異体の追跡」2021年6月1日。 2021年6月1日閲覧。

[Stanford1-8] 「スパイク変異体：シータ変異体、別名B.1.128」。covdb.stanford.edu。スタンフォード大学コロナウイルス抗ウイルスおよび耐性データベース。2021年7月1日。 2021年7月5日閲覧。

[9] センター、フィリピンゲノム。「PGC SARS-CoV-2速報第7号：強化されたUP-PGC、UP-NIH、DOHバイオサーベイランスプログラムを通じて配列決定されたサンプルから、スパイクタンパク質変異E484K、N501Y、P681H、およびLGV 141-143欠失を伴う新しいSARS-CoV-2系統P.3の検出と特徴付け」。フィリピンゲノムセンター。

[Theta-10] 「P.3 系統レポート」。outbreak.info。

[11] ニュース、ABS-CBN（2021年3月13日）。「保健省、フィリピンで初めて検出されたCOVID-19の新たな変異株を確認、ブラジル変異株の初事例」。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)

[12] ニュース、Rappler（2021年3月17日）。「イングランド、フィリピンで新型コロナの新たな変異株2例が発見されたと報告」。 2021年5月2日閲覧。 {{cite news}}:|last=一般的な名前があります (ヘルプ)

[13] 「Covid-19: サラワク州、フィリピンで報告された変異株を検出」。2021年4月30日。 2021年4月30日閲覧。

[14] “PANGO lineages”. cov-lineages.org . 2021年5月5日時点のオリジナルよりアーカイブ。2021年5月2日閲覧。

[15] 「Regeneron COVID-19ダッシュボード」covid19dashboard.regeneron.com . 2021年8月27日閲覧。

[16] ロペス、ヴァージル（2021年9月29日）。「保健省、デルタ変異株の症例を新たに339件検出」GMAニュース。 2021年10月1日閲覧。

[17] ペイペイ、ゴー（2021年7月8日）。「サラワクでデルタ変異株が検出」。2021年7月13日閲覧。彼は、シータ変異株については、クチンで6件、サマラハン市で7件が検出されたと述べた。

[18] 「変異株：症例データの分布、2021年8月13日」。2021年8月13日。 2021年8月13日閲覧。

[19] 「オランダのバリアント」rivm.nl。2021年7月16日閲覧。