ネクストストレイン

ネクストストレイン
形成	2015年; 9年前
位置	シアトル、アメリカ合衆国; バーゼル、スイス;
フィールド	バイオインフォマティクス; ウイルスの系統動態; オープンソースソフトウェア;
主要人物	トレバー・ベッドフォード; リチャード・ネハー; エマ・ホドクロフト;
賞	オープンサイエンス賞; ウェビー賞;
Webサイト	https://nextstrain.org

Nextstrainは、米国シアトル^[1]とスイスのバーゼル^[2]の研究者による共同プロジェクトで、ウイルス感染拡大の背後にある遺伝学を視覚化するためのオープンソースツールのコレクションを提供しています。^[3]

その目的は、病原体の拡散と進化の理解を促進することで、公衆衛生対策と監視を支援することです。Nextstrainプラットフォームは2015年に開始されました。^{[2] Nextstrainによって開発されたコードは、}github.comなどを通じて公開されており、そのデータはウェブサイトのページからアクセス可能な形式で入手および閲覧できます。^[4]

アプリケーション

同社のウェブサイトによると、Nextstrainチームは以下の病原体のそれぞれについて最新のゲノム解析を行っているという。^[5]

COVID-19 パンデミック

Nextstrainとその結果はCOVID-19パンデミック中に広く引用されている。^[6]^[7]^{[信頼できない情報源？ ]}^[8]^[9]

賞

2020年5月、NextstrainとTrevor Bedford（フレッド・ハッチンソンがん研究センター准教授）^{[10]は、このウェブツールで}Webby特別功労賞を受賞しました。 ^[11]

参照

参考文献

^ リチャーズ、サラ・エリザベス（2020年3月26日）。「コロナウイルスの変異が拡散を追跡し、陰謀を反証する方法」www.nationalgeographic.com。2020年12月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2020年12月25日閲覧。
^ ab 「2020年夏、ヨーロッパ全土で新型SARS-CoV-2変異株が拡大」www.unibas.ch 2020年10月29日。2020年12月16日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2020年12月25日閲覧。
^ Reza, Nosheen (2020年4月6日). 「nextstrain RNA、DNA、およびCOVID-19]」. earlycareervoice.professional.heart.org . 2021年1月25日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月25日閲覧。
^ Hadfield, James; Megill, Colin; Bell, Sidney; Huddleston, John; Potter, Barney; Callender, Charlton; et al. (2018-05-22). Kelso, Janet (ed.). 「Nextstrain: 病原体進化のリアルタイム追跡」.バイオインフォマティクス. 34 (23): 4121–4123. doi :10.1093/bioinformatics/bty407. ISSN 1367-4803. PMC 6247931. PMID 29790939 .
^ 「Nextstrain 病原体の進化のリアルタイム追跡セクション「病原体の探索」」。nextstrain.org。 2020年12月26日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月26日閲覧。
^ Drake, John (2020年12月19日). 「ロンドンのクリスマスコロナウイルスロックダウンの背後にある科学」www.forbes.com。2020年12月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月25日閲覧。
^ エマ・B・ホドクロフト;ズーバー、モイラ。ナドー、サラ。コマ、イニャキ。ゴンサレス・カンデラス、フェルナンド。スタドラー、タンジャ。ネハー、リチャード A. (2020 年 10 月 28 日) 「2020年夏に欧州でSARS-CoV-2変異種の出現と蔓延」。medRxiv 10.1101/2020.10.25.20219063v1。
^ 「スイス国立COVID-19科学タスクフォース」。2021年12月21日閲覧。
^ 「Nextstrain、シーケンシング、SARS-CoV-2パンデミック」（PDF） 2020年。 2021年12月21日閲覧。
^ “40 Under 40 Healthcare”. fortune.com . 2020年10月20日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月29日閲覧。
^ “Webby Special Achievement”. winners.webbyawards.com . 2021年10月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月29日閲覧。

外部リンク

公式サイト

[1] リチャーズ、サラ・エリザベス（2020年3月26日）。「コロナウイルスの変異が拡散を追跡し、陰謀を反証する方法」www.nationalgeographic.com。2020年12月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2020年12月25日閲覧。

[UniBas-2] 「2020年夏、ヨーロッパ全土で新型SARS-CoV-2変異株が拡大」www.unibas.ch 2020年10月29日。2020年12月16日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2020年12月25日閲覧。

[3] Reza, Nosheen (2020年4月6日). 「nextstrain RNA、DNA、およびCOVID-19]」. earlycareervoice.professional.heart.org . 2021年1月25日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月25日閲覧。

[4] Hadfield, James; Megill, Colin; Bell, Sidney; Huddleston, John; Potter, Barney; Callender, Charlton; et al. (2018-05-22). Kelso, Janet (ed.). 「Nextstrain: 病原体進化のリアルタイム追跡」.バイオインフォマティクス. 34 (23): 4121–4123. doi :10.1093/bioinformatics/bty407. ISSN 1367-4803. PMC 6247931. PMID 29790939 .

[5] 「Nextstrain 病原体の進化のリアルタイム追跡セクション「病原体の探索」」。nextstrain.org。 2020年12月26日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月26日閲覧。

[6] Drake, John (2020年12月19日). 「ロンドンのクリスマスコロナウイルスロックダウンの背後にある科学」www.forbes.com。2020年12月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月25日閲覧。

[7] エマ・B・ホドクロフト;ズーバー、モイラ。ナドー、サラ。コマ、イニャキ。ゴンサレス・カンデラス、フェルナンド。スタドラー、タンジャ。ネハー、リチャード A. (2020 年 10 月 28 日) 「2020年夏に欧州でSARS-CoV-2変異種の出現と蔓延」。medRxiv 10.1101/2020.10.25.20219063v1。

[8] 「スイス国立COVID-19科学タスクフォース」。2021年12月21日閲覧。

[9] 「Nextstrain、シーケンシング、SARS-CoV-2パンデミック」（PDF） 2020年。 2021年12月21日閲覧。

[10] “40 Under 40 Healthcare”. fortune.com . 2020年10月20日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月29日閲覧。

[11] “Webby Special Achievement”. winners.webbyawards.com . 2021年10月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年12月29日閲覧。

ネクストストレイン

形成	2015年; 9年前（2015年）
位置	シアトル、アメリカ合衆国バーゼル、スイス
フィールド	バイオインフォマティクスウイルスの系統動態オープンソースソフトウェア
主要人物	トレバー・ベッドフォードリチャード・ネハーエマ・ホドクロフト
賞	オープンサイエンス賞ウェビー賞
Webサイト	https://nextstrain.org