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ベータ変異体[ 1 ] [ 2 ]（B.1.351）[ a ]は、 COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2の変異体[ 5 ] [ 6 ]でした。当初特に重要であると考えられていたいくつかのSARS-CoV-2変異体の1つで、 2020年10月下旬に南アフリカの東ケープ州のネルソン・マンデラ・ベイ[ 7 ]都市圏で初めて検出され、 2020年12月18日に同国の保健省によって報告されました[ 8 ] [ 9 ] 。系統地理学的分析によると、この変異体は2020年7月または8月にネルソン・マンデラ・ベイ地域で出現したと考えられます[ 10 ] 。
世界保健機関はこの変異株をベータ変異株と名付けたが、これは科学名に取って代わるものではなく、一般の人々が一般的に言及するための名称としてである。[ 11 ] [ 12 ] WHOはこれを、もはや流通していない懸念される変異株とみなしている。 [ 5 ]
この変異株は南アフリカ変異株としても知られています。
系統B.1.351ゲノムのスパイク領域には、特に注目すべき3つの変異がある。[ 14 ]
さらに、これまでのところ懸念が少ない5つのスパイク変異体も存在する。[ 14 ]
スパイク領域から離れた領域には、K1655N、SGF 3675-3677欠失、P71L、およびT205Iも存在する。[ 15 ]
科学者らは、この変異株がヒト細胞により容易に付着できるのは、ウイルスのスパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（RBD）における3つの変異、すなわちN501Y [ 9 ] [ 16 ] （アミノ酸位置501のアスパラギン（N）からチロシン（Y）への変化[ 17 ]）、K417N、およびE484K [ 18 ] [ 19 ]によるものであると指摘した。これらの変異のうち、E484KとN501Yの2つは、受容体結合ドメイン（RBD）の受容体結合モチーフ（RBM）内にある[ 20 ] [ 21 ] 。
N501Y変異は英国でも検出されている。[ 9 ] [ 22 ]ベータ変異体で見つかった2つの変異、E484KとK417Nはアルファ変異体には見られない。また、ベータには他の変異体で見つかった69-70del変異がない。[ 16 ] [ 23 ]
2021年1月4日、英国の新聞テレグラフは、オックスフォード大学の免疫学者ジョン・ベル卿が、南アフリカで新たに発生した変異株のCOVID-19ワクチンに対する潜在的な耐性について「大きな疑問符」があると述べ、ワクチンがその変異株に対して効果的に作用しない可能性があるという懸念が高まっていると報じた。[ 24 ]同日、ウィットウォーターズランド大学のワクチン学教授シャビール・マディはCBSニュースに対し、新たなベータ変異株（501.V2変異株）がワクチンを回避できるかどうかは「確実ではない」が、「ワクチンが完全な有効性を持たない可能性がある」ことを考慮すべきだとコメントした。[ 25 ]ベータのスパイクタンパク質への追加の変異は、レディング大学の細胞微生物学准教授サイモン・クラークによって懸念される要因として挙げられ、これらの変異によって「ウイルスがワクチンによって引き起こされる免疫反応に対して感受性が低くなる可能性がある」としている。[ 26 ]ウォーリック大学のウイルス学者ローレンス・ヤング氏も、この変異株の複数のスパイク変異が「免疫防御からの逃避につながる可能性がある」と指摘した。[ 26 ]
受容体結合ドメイン（RBD）変異であるE484Kアミノ酸変化は、「中和抗体からの逃避と関連している」と報告されており、スパイクタンパク質依存性COVIDワクチンの有効性に悪影響を及ぼす可能性がある。[ 27 ] [ 28 ] E484Kスパイク変異は、ブラジルでSARS-CoV-2のベータ変異株による再感染例と関連付けられており、研究者らはこの変異を伴う再感染例としては初めてであると考えている。[ 29 ]抗原性の変化の可能性は、SARS-CoV-2のスパイクタンパク質変異株を中和する能力を持つモノクローナル抗体からの「逃避変異」と呼ばれている。[ 30 ] [ 31 ]これは、段階的試験に頼ることなく、既存のワクチンを更新して新しい株に対抗できる、また更新すべきであることを示唆している。
1月、南アフリカでヤンセン（Ad26.COV2.S）ワクチンの臨床試験を実施したジョンソン・エンド・ジョンソンは、中等度から重度のCOVID-19感染に対する防御レベルは米国では72%であったが、南アフリカでは64%であったと報告した。[ 32 ] [ 33 ]
2021年2月17日、ファイザーはベータ変異株に対する中和活性が3分の2減少したと発表したが、この変異株による病気の予防におけるワクチンの有効性については主張を控えた。[ 34 ]
2021年3月16日、南アフリカ保健製品規制当局（SAHPRA）は、ファイザー・ビオンテック製ワクチン（BNT162b2）をセクション21緊急使用許可で承認した。[ 35 ]
2021年4月1日、南アフリカのワクチン治験に関する最新情報では、ワクチンはこれまでのところ100％有効（つまり、ワクチン接種を受けた参加者には症例が見られなかった）であり、プラセボ対照群の9人の感染者のうち6人がベータ変異株（系統B.1.351）であったと述べられた。[ 36 ]しかし、9日後、イスラエルの研究では、この変異株はワクチンを2回接種した人にも存在し、ワクチン接種を受けた人の間では野生株と比較して8倍も不均衡に増加していることが判明した。[ 37 ]
2021年5月5日、カタール国立COVID-19ワクチン研究グループの結果をまとめた書簡では、感染に対する有効性が75％で、重症症例はゼロであったことが示された。[ 38 ]
2021年2月6日、フィナンシャル・タイムズ紙は、南アフリカのウィットウォーターズランド大学がオックスフォード大学と共同で実施した研究の暫定的な試験データにより、オックスフォード・アストラゼネカのCOVID-19ワクチン（AZD1222）のベータ変異株に対する有効性が低下していることが示されたと報じた。この研究では、2,000人のサンプルサイズにおいて、AZD1222ワクチンはCOVID-19の最も重症な症例を除いて「最小限の保護」しか提供しないことがわかった。[ 39 ]
2021年2月7日、南アフリカ政府は、データを検討し、今後の進め方に関する助言を待つ間、約100万回分のワクチンの配備計画を一時停止した。[ 40 ]その後、南アフリカ政府はワクチンの使用を中止し、供給分を他のアフリカ諸国に売却し、ワクチン接種プログラムをヤンセン社のCOVID-19ワクチンを使用するものに切り替えた。[ 41 ] [ 42 ]
2021年7月、フランスでベータウイルスの発生が増加したことを受け、アストラゼネカ製ワクチンの主要使用国である英国は、フランスから英国への渡航者に対する追加的な制限を設けた。しかし、フランスでの発生はインド洋に浮かぶ領土レユニオン島で発生しており、[ 43 ]フランスの政治家で医師のヴェロニク・トリレ＝ルノワールが指摘している。[ 44 ]
他のアフリカ諸国もシノファームBIBPワクチンの展開を開始しており、モロッコ、エジプト、セーシェル、ジンバブエが大規模展開を開始している。[ 45 ]これまでのところ、このワクチンはジンバブエで実証されたように、ベータ変異株に対して耐性があることが証明されている。[ 46 ] 2021年2月2日、プレプリント論文で、ベータ変異株に対する中和活性が1.6倍低下したことが発表された。[ 47 ]
2月、モデルナは、現在のワクチン（mRNA-1273 ）が、南アフリカの変異株に対して、元のウイルスと比較してわずか6分の1の抗体しか生成しなかったと報告した。彼らはベータ変異株に対処するための新しいワクチンの治験も開始した。[ 48 ]
南アフリカ保健製品規制当局（SAHPRA）は、ロシアのガマレヤ研究所が開発したワクチンの文書を受け取ったことを確認した。[ 49 ]
スプートニクV（Gam-COVID-Vac）は、症状のある症例で90%以上の有効性を示す、世界で3つのCOVIDワクチンのうちの1つです。効果はわずかに劣るものの、競合製品よりも効果が高いことがわかりました。 [ 50 ]ベータ変異株に対しては、VNAが3分の1に減少することがわかりました。[ 51 ] [ 52 ] Nature Communications誌に掲載された12サンプルの小規模な研究では、ベータ変異株に対する中和抗体反応は約6.1分の1に減少することが示されました。[ 53 ]
CoronaVacは、南アフリカ保健製品規制庁（SAHPRA）による使用承認をまだ受けていない。[ 54 ]これまでのところ、シノバックは南アフリカに500万回分のワクチンを供給することを申し出ている。 [ 55 ]
コバキシンはベータ変異株に対して有効であることが分かっているが、中和効果は3分の1に低下している。
EpiVacCoronaワクチンに関する情報は、まだ南アフリカ政府に提供されていません。[ 57 ]
ノババックス社のNVX-CoV2373ワクチンの研究では、南アフリカでは60％の有効性（HIV陰性参加者）が示されたのに対し、英国では90％の有効性が示された。[ 59 ]
南アフリカの国営ワクチン会社であるバイオバック研究所は、獲得した契約を利用してコロナウイルスワクチンを製造する計画である。米国に拠点を置くイミュニティバイオ社との契約により、現在、米国と南アフリカで同社のhAd5ワクチンの第1相臨床試験が実施されている。 [ 60 ]
ImmunityBioとBioVacは、南アフリカとアフリカ全土にワクチンを配布する計画である。[ 61 ] [ 62 ]
研究者や当局は、この変異株の蔓延は基礎疾患のない若者の間で高く、他の変異株よりも重篤な疾患を引き起こす頻度が高いと報告した。[ 63 ] [ 64 ]南アフリカ保健省も、この変異株はウイルスの他の以前の変異株よりも速く広がるため、国内のCOVID-19パンデミックの第2波を引き起こしている可能性があると指摘した。 [ 9 ] [ 63 ]
クワズール・ナタール大学のクワズール・ナタール研究イノベーションおよびシーケンスプラットフォーム（KRISP）が率いるゲノムチームが、この新しい変異を発見した。[ 65 ]これは全ゲノムシーケンスによって発見された。この系統のいくつかのゲノム配列がGISAID配列データベースに提出された。[ 66 ]
2020年12月23日、英国の保健大臣マット・ハンコックは、南アフリカから英国に渡航した2人がベータ変異株（501.V2変異株）に感染したと発表した。[ 23 ] [ 67 ] 12月28日、この変異株はスイスの2人[ 68 ]とフィンランドの1人[ 69 ]で検出された。12月29日、この株は南アフリカから日本に渡航した人[ 70 ]とオーストラリアのクイーンズランド州に渡航した人[ 71 ]で検出された。12月30日、この変異株はザンビアで検出された。 [ 72 ] 12月31日、南アフリカから帰国した乗客でフランスでも検出された。 [ 73 ] 2021年1月2日、この変異株の最初の症例が韓国で検出された。[ 74 ]オーストリアは1月4日、アルファ変異株4例とともに、この変異株の最初の症例を報告した。 [ 75 ]ボツワナ共和国も1月4日に最初の症例を検出した。[ 76 ]中華人民共和国は1月6日に広東省南部でこの変異株の最初の症例を報告した。[ 77 ]
2021年1月8日、アイルランド共和国は、南アフリカからの旅行に関連した3件の症例の検出を報告した。[ 78 ]同日、ブラジルから、COVID-19に感染した女性が新たな変異株に再感染した症例が報告された。これは世界で初めて報告された再感染例である。[ 29 ]カナダは1月9日にアルバータ州でこの変異株の最初の症例を報告し、 [ 79 ]イスラエルは4件の症例を報告したが、いずれも南アフリカからの旅行者による輸入症例であった。[ 80 ]ニュージーランドは1月10日にこの変異株の最初の症例を報告した。[ 81 ] [ 82 ] 1月12日、ドイツは3つの異なる世帯の6人から変異株が検出されたと報告した。[ 83 ]同日、英国では合計29件の症例があり、そのうち2件は以前に報告されていたと報告された。[ 84 ]翌日、ベルギーは渡航歴のない西フランダース出身者の最初の症例を報告し、 [ 85 ]イスラエルはさらに4例を報告し、[ 86 ]台湾は1月1日にCOVID-19の検査で陽性となった30代のスワジランド人男性の最初の症例を報告した。 [ 87 ]
1月14日、ドイツでさらに1例が確認され[ 88 ]、翌日、カナダはブリティッシュコロンビア州で検出された2例目の変異株を報告した[ 89 ]。同日、ドイツでもさらに1例が報告された[ 90 ] 。1月16日、デンマークとレユニオンで最初の症例が報告され、イスラエルではさらに4例が発見された[ 91 ] [ 92 ] [ 93 ]。 1月17日、イスラエルはさらに4例を報告し、この変異株の症例数は合計20例となった[ 94 ]。 1月18日、オランダでさらに2例が報告され、同国の合計は3例となった[ 95 ] 。ガーナは1月19日にこの変異株の最初の症例を報告した[ 96 ] 。 1月23日、パナマは南アフリカから旅行してきたジンバブエ出身者からこの株の最初の症例を検出した。[ 97 ]また、1月23日にはベルギーがオステンドで少なくとも15例の変異株を報告し、[ 98 ]コモロでは6例が確認された。[ 99 ] 1月26日にはアイルランド共和国がさらに6例の検出を報告した。[ 100 ]米国は2021年1月28日にサウスカロライナ州で変異株の最初の症例を報告した。[ 101 ] 1月27日にはイスラエルがさらに3例を報告した。これらは感染源が不明なまま地域社会で無作為に採取されたサンプルから得られた変異株の最初の症例であった。[ 102 ] 1月29日にアフリカCDCが報告した予備データによると、変異株はガーナに到達していた。[ 103 ] 1月31日にはイスラエルがトルコから帰国した男性による新変異株の再感染の最初の症例を報告した。[ 104 ]
2021年2月1日、英国保健社会福祉大臣は、国際旅行との関連がない変異株11例のランダム検出を報告した。[ 105 ]同日、カナダのオンタリオ州は、ピール地域で変異株の最初の症例を報告したが、同様に旅行歴はなく、最近海外に行った人との接触もなかった。[ 106 ] 2月8日、アイルランド共和国はさらに2例の検出を報告した。[ 107 ]
2021年2月8日、オーストリアはこれまででヨーロッパ最大のベータ変異株の発生を検出した。シーケンス解析により、合計293件の確定症例と200件の疑い症例が特定され、そのほとんどがほぼ確実に確定される見込みである。症例はすべてチロル地方で発見され、PCR検査で陽性となった症例の約9%がシーケンス解析によりベータ変異株と特定された。[ 108 ]活動症例は約140件と推定された。チロル地方の隔離の可能性について1週間にわたる公開討論と政治的圧力の後、オーストリア政府は懸念される地域を隔離することを控え、代わりにチロル地方への出入りを減らし、チロル地方を訪れた後に検査を受けるよう正式に要請した。[ 109 ] チロル地方当局は、オーストリアの他の地域と同様に、チロル地方のロックダウン規則を緩和する意向を表明した。[ 110 ]
2月22日、イスラエル保健省は、3,000件の地域サンプルの1%弱でこの変異株の遺伝子配列が決定されたと発表した。[ 111 ]その後、イスラエルは合計444件の変異株の症例を報告し、南アフリカを除く世界で最も高い感染率となった。[ 112 ] 2月25日、アイルランド共和国はさらに4件の症例を検出したと報告した。[ 113 ] 2月下旬までに、トルコではベータ変異株の症例が49件に達した。[ 114 ]
2021年3月3日、フィリピンは南アフリカ型変異株の最初の6例を確認した。うち3例はパサイ在住で渡航歴なし、残りの3例はカタールとUAEへの渡航歴ありであった。[ 115 ] 2021年3月5日、ルーマニアは南アフリカ型変異株の最初の2例を報告した。ブカレストとピテシュティの2人の患者からのものであった。[ 116 ]
2021年3月23日、リトアニアは南アフリカ株の新たな感染者2名を初めて確認した。1名はカウナス郡、もう1名はヴィリニュス郡である。さらに10名の感染疑い例がある。感染者はどこにも旅行していないと述べている。[ 117 ] 3月26日にはさらに3名の感染が確認され、ウイルスが国内で蔓延していることを意味する。
2021年4月1日、マレーシアは南アフリカ変異株の最初の症例を検出した。保健省は、クアラルンプール国際空港（KLIA）に勤務する従業員を含む、ジャラン・リマ・クラスターに由来すると考えられる2症例を報告し、その他報告された症例はセランゴール州内で散発的に検出された。[ 118 ] 4月1日現在、この変異株に関連する症例は合計9例報告されている。[ 119 ] 5月2日までに、少なくとも5つのクラスターと接触者追跡から合計48例が検出され、そのうち20例はペラ州とクランタン州の2つのクラスターで発見された。[ 120 ]
2021年4月12日時点で、トルコでは11の県で285件の症例が確認された。[ 121 ]
2022年3月、世界保健機関は、過去数週間および数か月間に症例が検出されなかったことを理由に、アルファ、ベータ、ガンマ変異株を以前に流行していたものとしてリストアップした。[ 122 ]
...は英国を含む他の国でも発見されている。
時空間的系統地理学的分析によると、501Y.V2系統は8月上旬（2020年7月上旬～8月末、95%最高事後密度）にネルソン・マンデラ湾で出現した。
ここで、南アフリカには同様の懸念を引き起こしている別の株があることを指摘しておくべきだろう。この株はスパイクタンパク質に8つの変異があり、そのうち3つ（K417N、E484K、N501Y）は何らかの機能的役割を担っている可能性がある。
南アフリカ変異株「501.V2」は、Sタンパク質のN501Y、E484K、K417N変異を特徴としており、N501Y変異は英国変異株と共有しているが、他の2つの変異は英国変異株には見られない。同様に、南アフリカ変異株には、英国変異株に見られる69-70del変異は含まれていない。
その中でも特に注目すべきは、de Oliveira氏のチームが501Y.V2変異株で特定した、E484Kと呼ばれる別の受容体結合ドメイン変異である。
南アフリカは、オックスフォード大学とアストラゼネカが開発中のコロナウイルスワクチンが、同国で最初に検出された新たな変異株による軽度から中等度のコロナウイルス感染症に対して「最小限の防御効果」しか提供しないことを研究者らが発見したことを受け、同ワクチンの使用を一時停止する。
臨床医は、状況が変わっており、以前は健康だった若い人々が重症化していると警告しています。
この変異株は10月のサンプルで初めて確認され、それ以来、南アフリカでは501.V2変異株の症例が300件以上、全ゲノムシーケンス（WGS）によって確認されている。
…501V2変異株として知られるCOVID-19ウイルスの新株がボツワナで検出された。
Mittlerweile gebe es sechs Virusnachweise bei sechs personen aus drei Haushalten, teilte das Ministerium mit.
(同省によると、現在、3世帯6人から6件のウイルスが検出されているという。)
科学者たちは、B1351と名付けられた南アフリカの変異株について特に懸念している。
英国では少なくとも29例、アイルランドでは3例が記録されている。
国内では、7つの感染経路から発生した変異株の症例が20件確認されている。
Verder zijn er inmiddels drie gevallen van de Zuid-Afrikaansevariant bekend, een andere besmettelijke mutatie van het コロナウイルス。 (さらに、コロナウイルスの別の伝染性変異である南アフリカ変異株の症例が3件確認されている） 。
さらに444人が南アフリカ変異株を保有していることが判明した。
さらに444人が南アフリカ変異株を保有していることが判明した。