SARS-CoV-2 イオタ変異体

イオタ変異体^[1]は、系統B.1.526としても知られ、COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2の変異体の1つです。2020年11月にニューヨーク市で初めて検出されました。この変異体は、ウイルスが抗体を回避するのに役立つ可能性のあるE484Kスパイク変異と、ウイルスがヒト細胞にさらに強く結合するのに役立つS477N変異という2つの注目すべき変異を伴って出現しました。^[2]

2021年2月までに、この変異株はニューヨーク地域で急速に広がり、ウイルス配列の約4分の1を占めました。^[3]^[4] 2021年4月11日までに、この変異株は少なくとも米国の48州と18か国で検出されました。^[5]^[6]

世界保健機関が提案した簡略化された命名体系では、B.1.526はイオタ変異体と呼ばれ、注目の変異体（VOI）であると考えられているが、まだ懸念される変異体ではない。^[7]

突然変異

イオタ（B.1.526）ゲノムには、ウイルスのスパイクタンパク質コードに含まれる以下のアミノ酸変異が含まれています：L5F、T95I、D253G、E484K、D614G、A701V。^[8]

SARS-CoV-2イオタ変異体のアミノ酸変異を、スパイク部に焦点を当ててSARS-CoV-2のゲノムマップ上にプロットした図。^[9]

歴史

イオタ変異体の増加は、カリフォルニア工科大学の研究者らが、SARS-CoV-2のゲノム配列70万件以上を記録した世界的な科学イニシアチブであるGISAIDと呼ばれるデータベースで変異をスキャンすることによって捉えられた。^[10]^[11]

2021年7月末までにデルタ変異株が優勢となり、イオタ変異株に代表される米国の症例の割合は急激に減少した。^[12]

統計

参照

SARS-CoV-2 の変異体:アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、イプシロン、ゼータ、イータ、シータ、カッパ、ラムダ、ミュー、オミクロン

参考文献

^ 「SARS-CoV-2変異体の追跡」www.who.int . 2021年6月1日閲覧。
^ Barton, Michael I; MacGowan, Stuart A; Kutuzov, Mikhail A; Dushek, Omer; Barton, Geoffrey John; van der Merwe, P Anton (2021年8月26日). Fouchier, Ron AM; Van der Meer, Jos W; Fouchier, Ron AM (編). 「SARS-CoV-2 Spike RBDとそのリガンドであるヒトACE2受容体の一般的な変異が結合親和性と速度論に及ぼす影響」. eLife . 10 : e70658. doi : 10.7554/eLife.70658 . ISSN 2050-084X. PMC 8480977 . PMID 34435953.
^ ローザ・アキノ、マット・スティーブ、パオラ（2021年3月21日）。「ニューヨーク市で広がるコロナウイルス変異株について私たちが知っていることすべて」。インテリジェンサー。 2021年4月10日閲覧。{{cite web}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
^ Mandavilli, Apoorva (2021年2月24日). 「ニューヨークで新たなコロナウイルス変異株が広がっていると研究者が報告」.ニューヨーク・タイムズ. ISSN 0362-4331 . 2021年4月10日閲覧。
^ “outbreak.info”. Outbreak.info . 2021年4月10日閲覧。
^ “PANGO lineages Lineage B.1.526”. cov-lineages.org . 2021年4月22日. 2021年4月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。2021年4月22日閲覧。
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^ 「SARS-CoV-2 変異株の分類と定義」。CDC.gov。米国疾病予防管理センター。2020年2月11日。 2021年7月5日閲覧。
^ 「スパイク変異体：イオタ変異体、別名B.1.526」。covdb.stanford.edu。スタンフォード大学コロナウイルス抗ウイルス・耐性データベース。2021年7月1日。 2021年7月5日閲覧。
^ Corum, Jonathan; Zimmer, Carl (2021年2月9日). 「コロナウイルスの変異体と突然変異」.ニューヨークタイムズ. ISSN 0362-4331 . 2021年4月10日閲覧。
^ West, Anthony P.; Barnes, Christopher O.; Yang, Zhi; Bjorkman, Pamela J. (2021年2月23日). 「ニューヨーク地域で出現しているSARS-CoV-2系統B.1.526が、スパイク変異ランドスケープを照会するために作成されたソフトウェアユーティリティによって検出されました」。bioRxiv : 2021.02.14.431043. doi : 10.1101/2021.02.14.431043. PMC 8077570. PMID 33907745. S2CID 231981267.
^ SARS-CoV-2 変異体による配列、2021年7月26日、米国 Our World in Data
^ 「GISAID - hCov19 変異株」www.gisaid.org . 2021年7月2日閲覧。

[1] 「SARS-CoV-2変異体の追跡」www.who.int . 2021年6月1日閲覧。

[2] Barton, Michael I; MacGowan, Stuart A; Kutuzov, Mikhail A; Dushek, Omer; Barton, Geoffrey John; van der Merwe, P Anton (2021年8月26日). Fouchier, Ron AM; Van der Meer, Jos W; Fouchier, Ron AM (編). 「SARS-CoV-2 Spike RBDとそのリガンドであるヒトACE2受容体の一般的な変異が結合親和性と速度論に及ぼす影響」. eLife . 10 : e70658. doi : 10.7554/eLife.70658 . ISSN 2050-084X. PMC 8480977 . PMID 34435953.

[3] ローザ・アキノ、マット・スティーブ、パオラ（2021年3月21日）。「ニューヨーク市で広がるコロナウイルス変異株について私たちが知っていることすべて」。インテリジェンサー。 2021年4月10日閲覧。{{cite web}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)

[4] Mandavilli, Apoorva (2021年2月24日). 「ニューヨークで新たなコロナウイルス変異株が広がっていると研究者が報告」.ニューヨーク・タイムズ. ISSN 0362-4331 . 2021年4月10日閲覧。

[5] “outbreak.info”. Outbreak.info . 2021年4月10日閲覧。

[6] “PANGO lineages Lineage B.1.526”. cov-lineages.org . 2021年4月22日. 2021年4月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。2021年4月22日閲覧。

[7] 「SARS-CoV-2変異体の追跡」www.who.int . 2021年6月1日閲覧。

[CDC_variants-8] 「SARS-CoV-2 変異株の分類と定義」。CDC.gov。米国疾病予防管理センター。2020年2月11日。 2021年7月5日閲覧。

[Stanford1-9] 「スパイク変異体：イオタ変異体、別名B.1.526」。covdb.stanford.edu。スタンフォード大学コロナウイルス抗ウイルス・耐性データベース。2021年7月1日。 2021年7月5日閲覧。

[10] Corum, Jonathan; Zimmer, Carl (2021年2月9日). 「コロナウイルスの変異体と突然変異」.ニューヨークタイムズ. ISSN 0362-4331 . 2021年4月10日閲覧。

[11] West, Anthony P.; Barnes, Christopher O.; Yang, Zhi; Bjorkman, Pamela J. (2021年2月23日). 「ニューヨーク地域で出現しているSARS-CoV-2系統B.1.526が、スパイク変異ランドスケープを照会するために作成されたソフトウェアユーティリティによって検出されました」。bioRxiv : 2021.02.14.431043. doi : 10.1101/2021.02.14.431043. PMC 8077570. PMID 33907745. S2CID 231981267.

[12] SARS-CoV-2 変異体による配列、2021年7月26日、米国 Our World in Data

[13] 「GISAID - hCov19 変異株」www.gisaid.org . 2021年7月2日閲覧。