SARS-CoV-2デルタ変異株

デルタ変異株（B.1.617.2）は、 COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2の変異株です^{[ 6 ] [ 7 ]}。2020年10月5日にインドで初めて検出されました。デルタ変異株は2021年5月31日に命名され、2021年11月22日までに179か国以上に広がりました。世界保健機関（WHO）は2021年6月に、デルタ変異株が世界的に優勢な株になりつつあると指摘しました^{[ 8 ] 。}

このウイルスは、SARS-CoV-2スパイクタンパク質をコードする遺伝子に突然変異があり^{[ 9 ]} 、T478K 、P681R、L452Rの置換を引き起こします^{[ 10 ] [ 11 ]。}これらの置換は、ウイルスの伝染性や、以前に流行した COVID-19 ウイルスの変異株に対する抗体によって中和されるかどうかに影響を与えることが知られています^{[ 12 ]} 。2021年 8 月、英国公衆衛生庁(PHE) は、デルタの非旅行または不明の症例の家庭内接触者における二次感染率が 10.8% であり、アルファ変異株の 10.2%と比較して高いと報告しました^{[ 13 ]。}デルタに感染した 386,835 人の致死率は0.3% であり、症例の 46% と死亡者の 6% はワクチン未接種で 50 歳未満です。^{[ 14 ]}以前の回復による免疫^{[ 15 ] [ 16 ]}またはCOVID-19 ワクチンは、変異株の感染による重症化や入院を防ぐのに効果的です。^{[ 17 ]}

2021 年 5 月 7 日、PHE は、伝染性が少なくとも B.1.1.7 (アルファ変異株)と同等であるとの評価に基づき、系統 B.1.617.2 の分類を調査中の変異株 (VUI) から懸念される変異株(VOC) に変更しました。 ^{[ 18 ]}英国のSAGE は5 月のデータを使用して、伝染性が 50% 高い「現実的な」可能性を推定しました。^{[ 19 ]} 2021 年 5 月 11 日、WHO もこの系統を VOC に分類し、伝染性が高く中和能が低下している証拠があると述べました。2021 年 6 月 15 日、疾病管理予防センター(CDC) はデルタを懸念される変異株と宣言しました。^{[ 20 ]}

この変異株は、2021年2月に始まったインドでの致命的な第2波のパンデミックの一因となったと考えられている。 ^{[ 21 ] [ 22 ] [ 23 ]}その後、フィジー、英国^{[ 24 ] [ 25 ] [ 26 ]}、南アフリカ^{[ 27 ]}での第3波にも寄与し、WHOは2021年7月に、ヨーロッパやアフリカの他の地域でも同様の影響を与える可能性があると警告した。^{[ 28 ] [ 27 ]} 7月下旬までに、アジアの一部^{[ 29 ]}、米国^{[ 30 ]}、オーストラリア、ニュージーランド^{[ 31} ]でも1日あたりの感染者^数の増加を引き起こした。

Delta変異株は、SARS-CoV-2スパイクタンパク質をコードする遺伝子に変異があり^{[ 9 ]} 、 D614G、T478K、P681R、L452Rの置換を引き起こします。^{[ 32 ] [ 11 ]} Nextstrain系統分類システムでは、21A、21I、21Jクレードとして識別されます。 ^{[ 33 ]}

デルタ変異株の感染症状は、他のSARS-CoV-2変異株の症状と概ね類似している。一般的な症状としては、発熱、乾いた咳、倦怠感、痰を伴う咳、頭痛、息切れ（呼吸困難）、筋肉痛などがある。ほとんどの人は、最初の症状として、体の一部における感覚の喪失（感覚低下）または嗅覚と味覚の喪失を報告している。重症例では、症状発現後約1週間で呼吸困難と血中酸素濃度の低下（低酸素血症）が現れる一方、急性呼吸窮迫症候群、敗血症性ショック、代謝性アシドーシス、凝固障害、多臓器不全が急速に発症する人もいる。^{[ 67 ]}

WHOはデルタウイルスに対する予防措置を特に発表していません。野生型COVID-19の予防に推奨されている非薬物的対策は依然として有効です。これには、手洗い、マスクの着用、他人との距離の維持、口、鼻、目を触らないこと、特に人が話しているような換気の悪い混雑した屋内空間を避けること、症状が出たら検査を受けること、病気になったら隔離することなどが含まれます。^{[ 70 ]} 公衆衛生当局は、検査を使用して感染者を見つけ、接触者を追跡し、検査で陽性となった人や感染の疑いのある人を隔離し続ける必要があります。^{[ 71 ]} イベント主催者は、あらゆる大規模集会の潜在的なリスクを評価し、これらのリスクを軽減するための計画を策定する必要があります。^{[ 72 ]}非薬物的介入（疫学） も参照してください。

インド医学研究評議会（ICMR）は、COVID-19患者の回復期血清とBharat Biotech社のBBV152（Covaxin）投与を受けた患者の血清が、VUI B.1.617を中和できることを発見したが、その有効性は低かった。^{[ 73 ]}

ゲノミクス・統合生物学研究所（IGIB）所長のアヌラグ・アグラワル氏は、B.1.617系統に対する既存のワクチンの有効性に関する研究では、ワクチン接種後には感染がより軽度になることが示唆されていると述べた。^{[ 74 ]}

米国大統領首席医療顧問のアンソニー・ファウチ氏も、予備的な結果について自信を表明している。4月28日のインタビューで、彼は次のように述べた。

これは、私たちが日々データを収集している分野です。しかし、最新のデータは、COVID-19患者の回復期血清と、インドで使用されているワクチンであるコバクシンを接種した人々の血清を調べたものです。617の変異株を中和することが分かりました。^{[ 75 ]}

ハイデラバードの細胞分子生物学センター（CCMB）による別の研究では、 Covishield（オックスフォード大学とアストラゼネカ社）ワクチン接種血清が系統B.1.617に対する防御効果を示すことがわかった。 ^{[ 76 ]}

英国公衆衛生庁（PHE）が実施した調査によると、ワクチン未接種者と比較して、ファイザー・ビオンテックまたはアストラゼネカ・オックスフォードのいずれかのワクチンを接種した人は、初回接種後に変異株による症候性疾患の発生が33%少なかった。ファイザー・ビオンテックのワクチンを2回目接種してから2週間後には、ワクチン未接種者と比較してデルタ変異株による症候性疾患の発症が88%少なかった。アストラゼネカ・オックスフォードのワクチンを2回目接種してから2週間後には、ワクチン未接種者と比較してデルタ変異株による症候性疾患の発症が60%少なかった。^{[ 77 ] [ 78 ]}

フランシス・クリック研究所の研究者グループによる研究がランセット誌に掲載され、ファイザー・ビオンテックのワクチンを完全に接種した人は、デルタ変異株に対する中和抗体のレベルが元のCOVID-19株に比べて5倍以上低い可能性が高いことが示されている。^{[ 79 ] [ 80 ]}

2021年6月、PHEは、ファイザー・ビオンテック製ワクチンとアストラゼネカ製ワクチンを2回接種した場合、デルタ変異株による入院をそれぞれ96％と92％予防する効果があるという研究結果を発表した。^{[ 81 ] [ 82 ]}

7月3日、カナダのオンタリオ州にあるトロント大学とオタワ大学の研究者らは、モデルナ社のワクチンがデルタ変異株による死亡や入院に対して有効である可能性を示唆するプレプリント研究を発表した。 ^{[ 83 ]}

2021年7月にスリ・ジャヤワルデネプラ大学で行われた研究では、シノファームBIBPワクチンは、 2回接種した被験者の95%で血清転換を引き起こしたことが判明した。その割合は20～39歳グループで高く（98.9%）、60歳以上グループではやや低かった（93.3%）。ワクチン接種を受けた被験者の81.25%に中和抗体が存在していた。^{[ 84 ] [ 85 ]}

2021年6月29日、ガマレヤ研究所所長のデニス・ログノフ氏は、スプートニクVはデルタ型に対して約90％の効果があると述べた。^{[ 86 ]}

7月21日、PHEの研究者らは、ファイザー製ワクチンは2回接種後、デルタウイルスによる症候性疾患に対して93.7%の有効性を示したのに対し、アストラゼネカ製ワクチンは67%の有効性を示したという研究結果を発表した。^{[ 87 ]}

8月2日、複数の専門家は、デルタ変異株が現在のワクチンで免疫を受けた人々の間で伝播しているため、集団免疫の達成は現状では不可能かもしれないと懸念を表明した。^{[ 88 ]}

8月10日、ある研究により、16か国における完全なワクチン接種率がSARS-CoV-2デルタ変異株の変異頻度と逆相関していることが示された（R二乗=0.878）。データは、COVID-19に対する完全なワクチン接種がウイルスの進化を遅らせる可能性があることを強く示唆している。^{[ 89 ]}

試験管内実験では、バムラニビマブ単独ではデルタに対して効果がない可能性が示唆されている。^{[ 90 ]} 十分な濃度であれば、カシリビマブ、エテセビマブ、イムデビマブは依然として効果があるようだ。プレプリント研究では、ソトロビマブもデルタに対して効果がある可能性が示唆されている。^{[ 91 ]}シンガポールの医師は、以前の変異株よりも多くのデルタ患者に酸素補給、レムデシビル、コルチコステロイド を使用している。^{[ 92 ]}

デルタ症例を検出する確率は、特に各国のシーケンス率によって大きく異なります（シーケンス率が最も低い国ではCOVID-19症例全体の0.05%未満がシーケンスされているのに対し、最も高い国では約50%です）。^{[ 142 ] [ 143 ]}

2021年6月22日までに、約78か国で4,500以上の変異株の配列が検出されている。^{[ 144 ] [ 145 ] [ 146 ]}検出された国における報告された配列数は以下のとおりである。

インド国外でこの変異株の最初の症例が検出されたのは2021年2月下旬で、2月22日に英国、2月23日に米国、2月26日にシンガポールで確認された。^{[ 201 ] [ 43 ] [ 144 ]}

英国公衆衛生庁の科学者たちは、2021年5月に、B.1.617.2変異株がウイルスの元のバージョンよりも速く広がるという証拠を指摘した後、2021年5月7日にB.1.617.2変異株を「懸念される変異株」（VOC-21APR-02）に再指定しました。^{[202 ]また、別}の理由として、B.1.617.2のクラスターが48件特定され、そのうちのいくつかは地域社会での感染拡大を示していました。^{[ 203 ] [ 204 ] Delta変異株の症例が急速に増加したため、英国の科学者たちは、} 2021年6月初旬に英国でデルタ変異株がアルファ変異株を上回り、SARS-CoV-2の優勢な変異株になったと考えました。^{[ 205 ]}その後、英国公衆衛生庁の研究者たちは、2021年6月初旬の英国の新規症例の90%以上がデルタ変異株であることを発見しました。彼らはまた、デルタ変異株はアルファ変異株と比較して家庭内感染のリスクが約60％増加することと関連しているという証拠を挙げた。^{[ 206 ]}

カナダで最初に確認された変異株の症例は、 2021年4月21日にケベック州で確認され、同日、ブリティッシュコロンビア州で39例が確認された。^{[ 207 ]}アルバータ州は2021年4月22日に変異株の症例を1例報告した。^{[ 208 ]}ノバスコシア州は2021年6月にデルタ変異株の症例を2例報告した。^{[ 209 ]}

フィジーでは2021年4月19日にラウトカでこの変異株の最初の症例が確認され、それ以来症例数は47,000件にまで増加している。^{[ 210 ]}この変異株はスーパースプレッダーとして特定され、国の人口のほぼ3分の2を占める5つの都市（ラウトカ、ナンディ、スバ、ラミ、ナウソリ）の封鎖につながった。

2021年4月29日、フィンランド社会保健省（STM）とフィンランド国立保健福祉研究所（THL）の保健当局は、2021年3月に遡る3つのサンプルからこの変異株が検出されたと報告した。^{[ 172 ]}

フィリピンは、インド亜大陸諸国（ブータンとモルディブを除く）からの渡航禁止措置が課されているにもかかわらず、2021年5月11日にこの変異株の最初の2例を確認した。両患者とも過去14日間インドへの渡航歴はなく、オマーンとUAEからの渡航歴がある。^{[ 211 ]}

北マケドニアは、イラクでウイルスから回復していた人が北マケドニアに移送された後、2021年6月7日にこの変異株の最初の症例を確認した。検査で、その人から変異株が検出された。2021年6月22日、同国は、最初の症例の同僚で、イラクに滞在していた後、症状を発症したデルタ変異株の2例目を報告した。^{[ 212 ]}

B.1.617 の検出は、一部の国では、この変異株専用のキットや遺伝子検査を実施できる検査室の不足により妨げられた。^{[ 213 ] [ 214 ]}例えば、5 月 18 日の時点でパキスタンでは症例は報告されていなかったが、当局は国内の COVID-19 サンプルの 15% が「未知の変異株」であると指摘した。検査できなかったため、それが B.1.617 であるかどうかは断言できなかった。他の国では、パキスタンから到着した旅行者が B.1.617 に感染していたと報告されている。^{[ 213 ]}

2021年6月、インドのゲノム統合生物学研究所の科学者ヴィノード・スカリアは、デルタ変異体と比較してK417N変異が追加されたB.1.617.2.1変異体（AY.1またはデルタプラスとしても知られる）の存在を強調した。^{[ 56 ]} B.1.617.2.1は2021年3月にヨーロッパで検出され、その後アジアとアメリカでも検出されている。^{[ 56 ]}

2021年6月23日、欧州疾病予防管理センター（ECDC）は、この変異株が8月末までに欧州連合における新規症例の90％を占めるだろうと警告した。^{[ 215 ]}

2021年7月3日までに、デルタ航空は米国で支配的な地位を確立した。^{[ 216 ]}

2021年7月9日、イングランド公衆衛生庁はSARS-CoV-2変異株に関する技術ブリーフィング18を発行し、28日間の追跡調査を行った英国におけるSARS-CoV-2デルタ変異株45,136例のうち112例が死亡し、致死率は0.2%であったことを記録した。^{[ 217 ]}ブリーフィング16では、「死亡率は遅行指標であり、28日間の追跡調査を完了した症例数は非常に少ないため、他の変異株と比較して、年齢別に層別化したデルタの症例致死率を正式に評価するには時期尚早である」と指摘している。^{[ 218 ]} ブリーフィング18では、「症例致死率は、パンデミックの異なる時点でピークを迎えたため、病院の負担、ワクチンの入手可能性と接種率、症例プロファイル、治療オプション、報告遅延の影響など、さまざまな要因で変異株間で比較できない」と警告している。^{[ 217 ]} 最も懸念される問題は、アルファに対するロジスティック成長率が週0.93であることです。これは、週ごとにデルタのサンプル数/症例数がアルファ変異株に対してexp(0.93)=2.5倍に増加していることを意味します。同じ感染予防対策の下では、時間の経過とともに症例数が大幅に増加し、最終的には多くの人々が感染することになります。^{[ 219 ] [ 220 ]}

2021年10月、英国保健安全保障庁の最高責任者であるジェニー・ハリーズ博士は、アルファなどの以前流行していた変異株が「消え」、デルタ変異株に取って代わられたと述べた。^{[ 242 ]} 2022年3月、世界保健機関は、アルファ、ベータ、ガンマ変異株を以前流行していたものとしてリストアップし、デルタ変異株とその後のオミクロン変異株の優勢により、過去数週間と数か月間に症例が検出されなかったことを理由に挙げた。^{[ 243 ]}数か月以内に、オミクロン変異株の爆発的な増加を受けて、デルタ変異株が以前流行していた変異株としてリストアップされ、オーストラリアなどの国ではデルタ変異株が12週間検出されなかった。^{[ 7 ]} Delta のいくつかのバージョンは、Delta-Omicron 組換え体としてしばらくの間存続し、Leondios G. Kostrikisによって「 Deltacron 」と名付けられました。^{[ 244 ] [ 245 ] [ 246 ] [ 247 ] [ 248 ]}例えば、2022 年初頭に検出された Delta AY.4/Omicron BA.1 組換え体などです。^{[ 249 ]}その年の後半には、Omicron 変異体が Delta 変異体や他の以前の変異体を効果的に絶滅させました。^{[ 250 ] [ 251 ]}

• SARS-CoV-2 の変異体:アルファ、ベータ、ガンマ、イプシロン、ゼータ、イータ、シータ、イオタ、カッパ、ラムダ、ミュー、オミクロン、系統 B.1.617