SARS-CoV-2 カッパ変異体

カッパ変異体^[1]は、 COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2の変異体です。パンゴ系統B.1.617の3つの亜系統の1つです。SA​​RS-CoV-2カッパ変異体は系統B.1.617.1としても知られ、2020年12月にインドで初めて検出されました。^[2] 2021年3月末までに、カッパ亜変異体はインドから提出された配列の半分以上を占めました。^{[3] 2021年4月1日、イングランド公衆衛生局によって調査中の変異体（} VUI-21APR-01）に指定されました。 ^[4]

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  SARS-CoV-2カッパ変異体のアミノ酸変異を、スパイクに焦点を当ててSARS-CoV-2のゲノムマップ上にプロットした。^[5]

カッパ変異体ではアミノ酸配列に3つの注目すべき変化があり、そのすべてがウイルスのスパイクタンパク質コードにあります。^[5]

注目すべき3つの置換は、L452R、E484Q、P681Rである^[8]

• L452R。452番目の位置での置換、ロイシンからアルギニンへの置換。この置換により、スパイクタンパク質のACE2受容体に対する親和性が高まり、免疫システムの認識能力が低下します。^{[9] [10]}
• E484Q。484番目の位置の置換、グルタミン酸からグルタミンへの置換。この変化により、変異体はアンジオテンシン変換酵素2への結合力が強くなり、宿主の免疫システムを回避する能力も向上します。^{[11] [12]}
• P681R . 681番目の位置での置換、プロリンからアルギニンへの置換。^{[13] [11]}

欧州疾病予防管理センター（ECDC）は、4番目の興味深いスパイク変異も挙げている。^[14]

• D614G。これは614番目の位置での置換であり、アスパラギン酸からグリシンへの置換である。^[15] D614G変異を持つ他の変異体にはベータ変異体とデルタ変異体があり、この変異は感染力の増加と関連している。^{[16] [17]}

スパイク領域の両端に近い位置で見つかる他の2つの変異はT95IとQ1071Hである。^[5]

カッパ変異株は2020年12月にインドで初めて確認された。^[2]

2021年5月11日までに、WHOの週刊疫学アップデートでは、34か国で亜変異株が検出されたと報告されていたが^[18]、2021年5月25日までにその数は41か国に増加した。^{[19] [20]} 2021年5月19日現在^[update]、英国では合計418人のSARS-CoV-2カッパ変異体の確定症例が確認されている。^[21] 2021年6月6日、オーストラリアのメルボルン市で確認された60人の症例クラスターがカッパ変異体に関連していた。^{[22] 2021年7月の}GISAIDによると、インドは他のどの国よりも多くのカッパ変異体の遺伝子サンプルを提出していた。^[23]

2021年4月22日のイングランド公衆衛生局の技術報告書によると、イングランドでは亜変異株の症例が119件確認されており、ロンドン地域とイングランド北西部および東部に集中している。119件のうち94件は旅行との関連が確立されており、22件はまだ調査中だが、残りの3件は旅行との関連が不明であると特定されている。^[6]

6月2日、ガーディアン紙は、オーストラリアのビクトリア州で発生した感染例のうち少なくとも10件中1件は他人との接触によるものであり、コミュニティ感染はカッパ変異株のクラスターに関連していると報じた。しかし、感染症の専門家であるグレッグ・ドーレ教授は、カッパ変異株はオーストラリアの他の変異株と比較して「これまで見てきたものと同じ」動きをしていると述べた。^[24]

ワクチンの有効性

ワクチンは、元の株よりも効果は低いものの、カッパ変異株に対しては有効です。^[要出典]

2021年6月にオックスフォード大学が実施した研究によると、オックスフォード-アストラゼネカワクチンとファイザー-ビオンテックワクチンはカッパ変異体とデルタ変異体に対して有効であり、現在のワクチンは中和効果がわずかに低下しているものの、これらの変異体に対する防御力を提供していることを示唆している。^[25]

コバキシンは他の変異株と同様にカッパ変異株（B.1.617.1）に対しても有効であることが判明した。^[26]

モデルナ社のCOVID-19ワクチンも、中和効果が3.3～3.4倍低下したものの、カッパ変異株に対して有効であることがわかった。^[27]

• SARS-CoV-2 の変異体:アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、イプシロン、ゼータ、イータ、シータ、イオタ、ラムダ、ミュー、オミクロン