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生物学を研究する学者たちは、進化の兆候や様々な生物群の近縁性を説明するために、ダーウィン進化論に代わる理論を提唱してきた。これらの理論は、時間の経過に伴う進化的な変化が生命の多様性の起源であることや、今日生きている生物が遠い過去（あるいは複数の祖先）から共通の祖先を共有していることを否定するものではない。むしろ、自然選択によって作用する突然変異が進化の最も重要な原動力であるという説に反論し、時間の経過に伴う進化的な変化の代替的なメカニズムを提案しているのである。
これは、ある種の創造論のように、いかなる種類の大規模な進化も起こっていないと否定する他の種類の議論とは区別される。創造論は、進化の変化の代替メカニズムを提案するのではなく、進化の変化自体が起こっていないと否定する。創造論のすべての形態が進化の変化を否定するわけではない。特に、生物学者のアサ・グレイのような有神論的進化論の支持者は、進化の変化は実際に起こり、地球上の生命の歴史の原因であると主張するが、このプロセスは何らかの意味のある意味で神または複数の神によって影響を受けているという条件付きである。
進化の事実は受け入れられたものの、チャールズ・ダーウィンが提唱した自然選択のメカニズムが否定された時代には、ラマルク主義、激変説、正統発生説、生気論、構造主義、突然変異説（1900年以前は跳躍説と呼ばれていた）といった進化の説明が検討された。人々がダーウィン以外の進化のメカニズムを提唱する動機となった要因は様々であった。死と競争を重視する自然選択は、一部の博物学者にとっては不道徳だと感じられ、生命の発展における目的論や進歩（正統発生）の概念の余地をほとんど残さないため、受け入れられなかった。進化を受け入れたものの自然選択を嫌う人々の中には、宗教的な異議を唱える者もいた。また、進化は本質的に進歩的なプロセスであり、自然選択だけでは説明しきれないと考える者もいた。さらに、生命の発展を含む自然は、自然選択では説明できない秩序だったパターンに従っていると考える者もいた。
20世紀初頭までに、進化論は生物学者の間で広く受け入れられるようになったが、自然選択説は衰退していた。[ 2 ]多くの代替理論が提案されたが、生物学者は進化のメカニズムを提示しない正統発生説、生気論、ラマルク主義などの理論をすぐに否定した。突然変異説はメカニズムを提唱したが、広く受け入れられることはなかった。一世代後の現代総合説は、ダーウィン進化論の代替理論をすべて一掃したと主張したが、分子メカニズムが発見されたことで、一部の理論は復活した。
アリストテレスは、神による創造も進化も受け入れず、生物学において、各生物種（eidos）は不変であり、その理想的な永遠の形態に忠実に繁殖すると主張した（プラトンのイデア論とは異なる）。[ 3 ] [ 4 ]アリストテレスが『動物発生論』で提唱した自然界の固定された階層構造、すなわち「自然の梯子」は、生物の連続性に関する初期の説明を提供した。[ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]アリストテレスは、動物は目的論的（機能的に目的指向的）であり、他の動物のそれと相同な部分を持っていると認識したが、これらの考えを進化の進歩という概念に結びつけることはなかった。[ 8 ]
中世において、スコラ学はアリストテレスの見解を、存在の大連鎖という概念へと発展させた。[ 1 ]梯子のイメージは本質的に登る可能性を示唆するが、古代ギリシャ人とラモン・リュル[ 1 ]のような中世のスコラ学者は、それぞれの種は創造された瞬間から固定されたままであると主張した。[ 9 ] [ 8 ]
しかし、1818年までに、エティエンヌ・ジェフロワ・サンティレールは著書『解剖学の哲学』の中で、連鎖は「漸進的な系列」であり、連鎖の下位に位置する軟体動物のような動物は、十分な時間が与えられれば、「部分の追加によって、最初の形態の単純さから、階層の頂点に位置する生物の複雑さへと上昇する」ことができると主張した。そのため、ジェフロワと後の生物学者たちは、このような進化の変化の説明を求めた。[ 10 ]
ジョルジュ・キュヴィエの1812年の著書『化石骨の研究』では、生物は全体システムであるため、そのすべての部分が相互に対応し、全体の機能に貢献するという、部分相関の教義が述べられています。そのため、動物学者は1つの骨から、その動物がどの綱、あるいは属に属するかを判断できることがよくありました。また、動物が肉を切るのに適した歯を持っていれば、動物学者は見なくても、その感覚器官は捕食者のものであり、腸は肉食動物のものであると確信できました。種は還元不可能な機能的複雑性を持っており、「そのどの部分も、他の部分も変化することなく変化することはできない」のです。[ 11 ]進化論者は、一度に1つの部分だけが変化し、1つの変化が別の変化に続くと考えていました。キュヴィエの見解では、1つの変化が繊細なシステム全体のバランスを崩すため、進化は不可能でした。[ 11 ]
ルイ・アガシーの1856年の「分類論」は、ドイツ哲学の観念論を典型的に表している。この思想では、各生物種はそれ自体が複雑であり、他の生物と複雑な関係を持ち、森の中の松の木のように、その環境に正確に適合しており、その範囲外では生存できないとされた。このような理想形態からの議論は、実際の代替メカニズムを提示することなく進化論に反対した。リチャード・オーウェンもイギリスで同様の見解を持っていた。[ 12 ]
ラマルク主義の社会哲学者であり進化論者でもあるハーバート・スペンサーは、皮肉にもダーウィンが採用した「適者生存」という言葉の考案者であり[ 13 ]、キュヴィエと同様の議論を用いて自然選択に反対した。1893年、彼は身体のいずれかの構造に変化が生じると、他のすべての部分が新しい配置に適応する必要があると述べた。このことから、それぞれの変化がランダムな変異に依存している場合、すべての変化が適切なタイミングで現れる可能性は低いと主張した。一方、ラマルク主義の世界では、すべての部分が使用と不使用のパターンの変化を通じて自然に同時に適応するだろうと彼は主張した[ 14 ]。
生物学者によって進化の変化の事実は受け入れられたものの、自然選択は否定された。これには19世紀後半のダーウィニズムの衰退も含まれるが、これに限定されるものではない。ラマルク主義、正統発生論、構造主義、激変説、生気論、有神論的進化論[ a ]などの代替的な科学的説明が、必ずしも別々に検討されたわけではない。（若い地球創造論や古い地球創造論、あるいはインテリジェント・デザインといった純粋に宗教的な観点はここでは考慮しない。）さまざまな要因が、人々をダーウィン主義以外の進化メカニズムを提案するように促した。死と競争を強調する自然選択は、一部の博物学者にとっては不道徳だと感じられ、生命の発展における目的論や進歩の概念の余地がほとんど残されていないため、魅力的ではなかった。[ 15 ] [ 16 ]進化を受け入れたものの自然選択を嫌ったセント・ジョージ・ジャクソン・ミヴァートやチャールズ・ライエルなどの科学者や哲学者の中には、宗教的な異議を唱えた者もいた。 [ 17 ]生物学者で哲学者のハーバート・スペンサー、植物学者のジョージ・ヘンズロー（ダーウィンの師であるジョン・スティーブンス・ヘンズローの息子で、彼も植物学者だった）、作家のサミュエル・バトラーなど、進化は本質的に進歩的なプロセスであり、自然選択だけでは説明できないと考える人もいた。また、アメリカの古生物学者エドワード・ドリンカー・コープやアルフェウス・ハイアットなど、理想主義的な視点を持つ人もおり、生命の発達を含む自然は、自然選択では説明できない秩序だったパターンに従うと考えていた。[ 18 ]
ケルビン卿などの物理学者が当時地球と太陽の年齢を推定していた（1000万～1億年）ことを考えると、自然選択は遅すぎると考える人もいた。また、遺伝のモデルが遺伝形質の混合を伴うものであったため、自然選択は機能しないと考える人もいた。これは、出版直後に書かれた『種の起源』のレビューでエンジニアのフリーミング・ジェンキンが提起した反論である。 [ 18 ] [ 19 ] 19世紀末のもう1つの要因は、ヒューゴ・ド・フリースやトーマス・ハント・モーガンなどの遺伝学者に代表される、生物学を実験室科学として再構築したいと考える新しい生物学者の派閥の台頭であった。彼らは、変異、適応、生物地理の野外観察に依存するダーウィンやアルフレッド・ラッセル・ウォレスなどの博物学者の研究を、逸話的すぎるとして信用しなかった。その代わりに、彼らは実験室で制御された実験によって調査できる生理学や遺伝学などのトピックに焦点を当て、自然選択や環境への適応といったアクセスしにくい現象を軽視した。 [ 20 ]
生気論は、生物は、液体や生命の精霊など、非物質的なものを含んでいる点で他のものと異なり、それによって生きていると主張する。[ 33 ]この理論は古代エジプトにまで遡る。[ 34 ] [ 21 ]近世初期 以来、生気論はデカルトによって始められた生物システムの機械論的説明とは対照的であった。19世紀の化学者たちは、有機化合物の形成には生気論の影響が必要であるという主張を否定しようとした。[ 33 ] 1828年、フリードリヒ・ヴェーラーは、尿素は完全に無機化学物質から作ることができることを示した。 [ 35 ]ルイ・パスツールは、発酵には生物全体が必要であり、生物は生物にのみ見られる化学反応を実行すると考えていた。発生学者のハンス・ドリーシュは、ウニの卵を使った実験で、最初の2つの細胞を分離すると、完全ではあるが小さな2つの胚盤胞ができることを示し、細胞分裂は卵をサブメカニズムに分割するのではなく、新しい生物を形成する生命能力を持つ細胞をさらに多く作り出すことを示しているように見えた。生気論は、生きた細胞や生物の各機能についてより満足のいくメカニズム的説明が実証されるにつれて衰退していった。[ 33 ] [ 36 ] 1931年までに、生物学者は「生気論を公認された信念としてほぼ満場一致で放棄した」。[ 37 ]
アメリカの植物学者エイサ・グレイは、1876年の著書『ダーウィニズムに関するエッセイとレビュー』[ 38 ]で提示した自身の見解を「有神論的進化論」 [ b ]と名付けた。彼は、神が進化を導くために有益な突然変異を提供すると主張した。一方、セント・ジョージ・ジャクソン・ミヴァートは、 1871年の著書『種の起源について』で、予知能力を備えた神が、進化を支配する（正統発生）法則を指定することによって進化の方向を設定し、種は時間の経過とともに経験する条件に従って進化するに任せると主張した。アーガイル公爵は、 1867年の著書『法の支配』で同様の見解を示した。[ 23 ] [ 39 ]歴史家のエドワード・ラーソンによれば、この理論は、19世紀後半の生物学者たちが期待していた方法論的自然主義の規則を破ったため、彼らの心の中では説明として失敗した。 [ 22 ]そのため、1900 年頃までに、生物学者はもはや有神論的進化論を有効な理論とは見なさなくなっていた。ラーソンの見解では、その頃には「科学者の間では、もはや注目すらされていなかった」。[ 23 ] 20 世紀には、有神論的進化論は、テイヤール・ド・シャルダンの正統進化論など、他の形態をとることもあった。 [ 40 ]
正進化論または進歩主義は、生命には変化する生来の傾向があり、特定の方向に一直線的に発展するか、あるいは単に何らかの明確な進歩を遂げるという仮説である。さまざまなバージョンが提案されており、テイヤール・ド・シャルダンのように公然と精神的なものもあれば、テオドール・アイマーのように明らかに生物学的なものもある。これらの理論は、正進化論と他の想定されるメカニズムを組み合わせることが多かった。たとえば、アイマーはラマルク進化論を信じていたが、成長の内部法則がどの特性が獲得されるかを決定し、進化の長期的な方向性を導くと考えていた。[ 41 ] [ 42 ]
正進化説は、ヘンリー・フェアフィールド・オズボーンなどの古生物学者の間で人気があった。彼らは化石記録が一方向の変化を示していると信じていたが、正進化を推進するメカニズムが目的論的（目標指向的）であるとは必ずしも受け入れていなかった。オズボーンは1918年の著書『生命の起源と進化』の中で、ティタノテリウムの角の傾向は正進化的かつ非適応的であり、生物にとって有害である可能性があると主張した。例えば、アイルランドオオツノジカの大きな角がその絶滅の原因になったと彼らは考えた。[ 41 ] [ 42 ]
1940年代の現代総合説の時代には、化石記録の統計分析によって明らかになった進化の複雑な分岐パターンを説明できないことが明らかになったため、正統進化説への支持は低下した。[ 18 ] [ 19 ] 21世紀の研究は、突然変異偏向適応（突然変異の一形態）のメカニズムと存在を支持しており、制約付き正統進化が可能であると考えられている。[ 43 ] [ 44 ] [ 45 ]さらに、胚発生の特定の側面に関わる自己組織化プロセスは、しばしば定型的な形態学的結果を示し、重要な分子構成要素が整えば進化は好ましい方向に進行することを示唆している。[ 46 ]
ジャン＝バティスト・ラマルクの1809年の進化論、種の変異説は、より複雑なものへと向かう漸進的（正統的）な衝動に基づいていた。ラマルクはまた、当時一般的だった、生物の生涯で獲得した特性が次世代に遺伝し、環境への適応を生み出すという信念も共有していた。そのような特性は、影響を受けた身体部分の使用または不使用によって引き起こされた。ラマルクの理論のこの小さな要素は、ずっと後になってラマルキズムとして知られるようになった。[ 26 ]ダーウィンは、 『種の起源』の中で、自然選択によって制御される部分の使用と不使用の増加の影響を含め、運動によって脚が強くなる大型の地上採食鳥や、ダチョウのように全く飛べなくなるまで飛ばないことで翼が弱くなるなどの例を挙げている。[ 47 ] 19 世紀後半、ネオ ラマルク主義は、ドイツの生物学者エルンスト ヘッケル、アメリカの古生物学者エドワード ドリンカー コープとアルフェウス ハイアット、アメリカの昆虫学者アルフェウス パッカードによって支持された。バトラーとコープは、これにより生物が効果的に自らの進化を推進できると信じていた。[ 48 ]パッカードは、彼が研究した盲目の洞窟昆虫の視力喪失は、不使用による萎縮のラマルク的プロセスと獲得形質の遺伝の組み合わせによって最もよく説明できると主張した。[ 48 ] [ 49 ] [ 50 ]一方、イギリスの植物学者ジョージ ヘンズローは、環境ストレスが植物の発達にどのように影響するかを研究し、そのような環境要因によって誘発される変異が進化を大部分説明できると書いた。彼は、そのような変異が実際に遺伝することを証明する必要はないと考えた。[ 51 ]批評家は、獲得形質の遺伝の確固たる証拠はないと指摘した。その代わりに、ドイツの生物学者アウグスト・ヴァイスマンの実験的研究により、遺伝の生殖質説が生まれました。ヴァイスマンは、ヴァイスマン障壁によって出生後に体に生じた変化が次世代に遺伝するのを防ぐため、獲得形質の遺伝は不可能だと述べました。[ 49 ] [ 52 ]
現代のエピジェネティクスでは、生物学者は表現型がDNA配列の変化を伴わない遺伝子発現の遺伝可能な変化に依存することを観察している。これらの変化は植物、動物、原核生物において世代を超えて受け継がれる可能性がある。これは、変化が永久に続くわけではなく、生殖細胞系列に影響を与えず、したがって遺伝子の進化にも影響を与えないため、伝統的なラマルク主義とは異なる。[ 53 ]
激変説とは、フランスの解剖学者で古生物学者のジョルジュ・キュヴィエが1812年の著書『四足動物の化石骨の研究』で主張した仮説で、化石記録に見られる様々な絶滅や動物相の遷移パターンは、火山噴火などの大規模な自然災害、そしてユーラシア大陸における最近の絶滅については、低地の海による浸水によって引き起こされたというものである。これは純粋に自然現象によって説明されており、彼はノアの洪水[ 54 ]には言及しておらず、絶滅事象後の再増殖のメカニズムとして神の創造に言及したこともない。ただし、彼は同時代のラマルクやジェフロワ・サンティレールのような進化論を支持したわけでもない。[ 55 ] [ 56 ]キュヴィエは、地層の記録から、地球上の生命の歴史の中で、長い安定期を挟んで、そのような大災害、つまり繰り返される自然現象が何度かあったことが分かると考えました。このことから、彼は地球が数百万年前のものであると考えるようになりました。[ 57 ]
激変説は、1980年にウォルターとルイス・アルバレスが発表した論文で提唱された 白亜紀末期の白亜紀-古第三紀境界絶滅事象によって、現代生物学にその地位を確立した。この論文では、 6600万年前の白亜紀末期に直径10キロメートル（6.2マイル）の小惑星が地球に衝突したと主張している。この事象が何であれ、恐竜を含む全種の約70%が絶滅し、白亜紀-古第三紀境界が残された。[ 58 ] 1990年には、メキシコのユカタン半島のチクシュルーブで、衝突を示す直径180キロメートル（110マイル）の候補クレーターが特定された。[ 59 ]
生物学的構造主義は、自然選択のダーウィン主義的な説明のみに反対し、他のメカニズムも進化を導いていると主張し、時にはそれらが選択を完全に凌駕することを暗示している。[ 28 ]構造主義者は、体構造の形成を導いた可能性のあるさまざまなメカニズムを提案してきた。ダーウィン以前、エティエンヌ・ジェフロワ・サンティレールは、動物は 相同な部分を共有しており、1つが大きくなると、他の部分は補償として縮小すると主張した。[ 60 ]ダーウィン以降、ダーシー・トンプソンは、1917年の古典的名著『成長と形態について』の中で、生命主義をほのめかし、幾何学的な説明を提供した。[ 28 ]アドルフ・ザイラッハーは、ディッキンソニアなどのエディアカラ生物群化石の「pneu」構造の機械的膨張を提案した。[ 61 ] [ 62 ]ギュンター・P・ワグナーは、発生バイアス、胚発生に対する構造的制約を主張した。[ 63 ] [ 64 ]スチュアート・カウフマンは自己組織化を支持し、複雑な構造は生物のすべての部分の動的な相互作用から全体的かつ自発的に出現するという考えを支持した。[ 65 ]マイケル・デントンは、プラトン的な普遍または「タイプ」が自己組織化される形式の法則を主張した。 [ 66 ] 1979年、スティーブン・J・グールドとリチャード・レウォンティンは、近くの構造の適応の副産物として作られた特徴である生物学的「スパンドレル」を提案した。 [ 63 ]ゲルト・ミュラーとスチュアート・ニューマンは、カンブリア爆発で現在の門のほとんどが化石記録に現れたのは、物理的メカニズムによって部分的に組織化された形態形成システムの可塑的反応によって引き起こされた「メンデル以前の」進化であると主張した。[ 67 ] [ 68 ]ワグナーが「進化生物学の周縁運動」の一部と評したブライアン・グッドウィン[ 63 ]は、生物学的複雑性は自然選択に還元され、パターン形成は形態形成場によって駆動されると主張した。[ 69 ]ダーウィン主義の生物学者は構造主義を批判し、進化の歴史を通じて遺伝子が生物の形成に関与してきたという深い相同性からの豊富な証拠があることを強調した。彼らは細胞膜などの構造が自己組織化することは認めているが、自己組織化が大規模な進化を駆動する能力に疑問を呈している。[ 70 ] [ 71 ]
跳躍説[ 72 ] [ 73 ]は、新種は大きな突然変異の結果として生じると主張した。これは、小さなランダムな変異が自然選択によって徐々に作用するというダーウィンの概念よりもはるかに速い代替案と見なされた。これは、カール・コレンスとともに1900年にグレゴール・メンデルの遺伝法則を再発見したフーゴー・ド・フリース、遺伝学に転向したイギリスの動物学者ウィリアム・ベイトソン、そしてキャリア初期のトーマス・ハント・モーガンなどの初期の遺伝学者に人気があった。これらの考えは、突然変異説、すなわち突然変異進化論へと発展した。 [ 29 ] [ 30 ]これは、種は環境ストレスの結果として急速な突然変異の時期を経て、1世代で複数の突然変異、場合によってはまったく新しい種を生み出す可能性があるという主張であり、1886年のデ・フリースによる月見草（Oenothera）の実験に基づいていた。月見草は、形や色に著しい変化のある新しい品種を絶えず生み出しているように見え、その中には、新世代の植物同士でしか交配できず、親とは交配できないため、新しい種のように見えるものもあった。[ 74 ]しかし、ヘルマン・ヨーゼフ・ミュラーは1918年に、デ・フリースが観察した新しい品種は急速な遺伝子突然変異ではなく、倍数体雑種の結果であることを示した。 [ 75 ]
当初、ド・フリースとモーガンは、突然変異は非常に大きく、亜種や種といった新しい形態を瞬時に生み出すと考えていた。しかし、モーガンが1910年に行ったショウジョウバエの実験で、白い目などの特徴の突然変異を分離したことで、彼の考えは変わった。彼は、突然変異は小さなメンデル遺伝形質であり、自然選択によって有利な場合にのみ集団中に広がることを理解した。これが現代総合説の萌芽であり、進化の力としての突然変異主義の終焉の始まりとなった。[ 76 ]
現代の生物学者は、突然変異と自然選択の両方が進化において役割を果たしていることを認めている。主流の見解では、突然変異は変異という形で自然選択の材料を提供するが、すべての非ランダムな結果は自然選択によって引き起こされる。[ 77 ]正敏根井は、突然変異によるより効率的な遺伝子型の生成が進化の基本であり、進化はしばしば突然変異によって制限されると主張している。[ 78 ]内共生説は、共生発生による跳躍的進化のまれではあるが重要な出来事を示唆している。[ 79 ]カール・ウーズらは、細菌、古細菌、真核生物のドメイン間でRNAシグネチャーの連続性が欠如していることは、これらの主要な系統が細胞組織の大きな跳躍によって具現化したことを示していると示唆した。[ 80 ]さまざまなスケールでの跳躍は、確かに新しい植物種を生み出すことができる倍数性、[ 81 ] [ 82 ]遺伝子重複、水平遺伝子伝達、[ 83 ]および転移因子（ジャンプ遺伝子） [ 84 ]などのメカニズムによって可能であると合意されている。
1968年に木村元夫によって提唱された分子進化の中立説は、分子レベルでは、ほとんどの進化的変化と種内および種間の変異の大部分は自然選択ではなく、中立的な突然変異アレルの遺伝的浮動によって引き起こされると主張している。中立突然変異とは、生物の生存と繁殖能力に影響を与えない突然変異のことである。中立説は、ほとんどの突然変異が有害である可能性を認めているが、これらは自然選択によって急速に除去されるため、分子レベルでの種内および種間の変異に大きく寄与しないと主張している。有害でない突然変異は、有益というよりは中立であると想定されている。[ 31 ]
この理論はダーウィン進化論への挑戦のように聞こえたため物議を醸し、1969年にジャック・レスター・キングとトーマス・H・ジュークスが「非ダーウィン進化」という挑発的だが誤解を招くタイトルの論文を発表したことで論争が激化した。この論文は、タンパク質配列の比較、大腸菌のトレファーズ変異誘発遺伝子の研究、遺伝暗号の分析、比較免疫学など、さまざまな証拠を提示し、タンパク質の進化の大部分は中立突然変異と遺伝的浮動によるものであると主張した。[ 85 ] [ 86 ]
木村によれば、この理論は分子レベルの進化にのみ適用され、表現型の進化は自然選択によって制御されるため、中立理論は真の代替案とはならない。[ 31 ] [ 87 ]
自然選択によるダーウィン進化論に代わる様々な理論は、必ずしも互いに排他的ではなかった。アメリカの古生物学者エドワード・ドリンカー・コープの進化論はその一例である。敬虔なクリスチャンであったコープは、当初は進化の可能性を否定していた。1860年代には進化は起こり得ると認めたものの、アガシーの影響を受け、自然選択説を否定した。コープは代わりに、胚の成長過程における進化史の反復説、すなわち個体発生が系統発生を反復するという説を受け入れた。アガシーは、この説は発生学と古生物学の両方で明らかになったパターンで、人間へとまっすぐに導く神の計画を示していると信じていた。コープはそこまで踏み込まず、進化はダーウィンが示唆したように、形態の枝分かれした樹形を作り出すものだと考えた。しかし、それぞれの進化段階はランダムではなく、方向はあらかじめ決定され、規則的なパターン（正統進化）を持ち、段階は適応的なものではなく、神の計画の一部（有神論的進化）であると考えた。これにより、各段階がなぜ起こるのかという疑問が未解決のまま残され、コープは各変化に対する機能的適応を考慮に入れるために理論を変更した。適応の原因として自然選択を依然として否定していたコープは、進化を導く力としてラマルク主義に目を向けた。最終的に、コープは、ラマルク主義的な使用と不使用は、最も集中的に使用されている身体の領域に生命力成長力物質「バトミズム」を集中させることによって作用し、その結果、これらの領域が他の領域を犠牲にして発達すると考えた。このようにして、コープの複雑な信念体系は、反復説、正発生説、有神論的進化論、ラマルク主義、生命主義という5つの進化哲学をまとめた。[ 88 ]他の古生物学者や野外博物学者は、1930年代の現代総合説まで、正発生説とラマルク主義を組み合わせた信念を持ち続けた。[ 89 ]
20世紀初頭、ダーウィニズムが衰退する頃には、生物学者たちは自然選択に懐疑的になっていたが、同時に、進化のメカニズムを提供しない正発生説、生気論、ラマルク主義などの理論もすぐに否定した。突然変異説はメカニズムを提唱したが、一般には受け入れられなかった。[ 90 ] 1世代後の現代総合説は、おおよそ1918年から1932年の間に、ダーウィニズムの代替案をほぼ一掃したが、正発生説の形態[ 45 ] 、ラマルクの獲得形質遺伝に似たエピジェネティックなメカニズム[ 53 ]、激変説[ 58 ]、構造主義[ 69 ]、突然変異説[ 78 ]など、分子メカニズムの発見などを通じて復活したものもある。[ 91 ]
生物学はダーウィン主義的になったが、何らかの形の進歩（正統進化）への信念は、一般の人々の間でも生物学者の間でも依然として残っている。ルースは、進化生物学者がおそらく進歩を信じ続けるであろう理由として、次の3つを挙げている。第一に、人間原理は、あたかも自分たちがそのような進歩の頂点であるかのように、自分たちの存在につながった過程について問いかけることができる人間を要求する。第二に、科学者全般、特に進化論者は、知識が増えるにつれて、自分たちの研究が現実の真の理解に徐々に近づいていると信じており、したがって（議論によれば）自然界にも進歩がある。ルースはこの点に関して、リチャード・ドーキンスが文化の進歩をミームで、生物学的進歩を遺伝子で明確に比較していることを指摘している。第三に、進化論者は自己選択的である。彼らは、昆虫学者で社会生物学者のE.O.ウィルソンのように、人生に意味を与える進歩に関心を持つ人々である。[ 92 ]
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