チャールズ・ダーウィンの宗教観

イングランドの2つの大学、すなわちオックスフォードとケンブリッジはイングランド国教会の管轄下にあり、学生は英国国教会の信仰の39条に署名する必要があったため、多くのイングランドの非国教徒は、医学などの分野で評判の良いスコットランドの大学に子供を送った。^{[ 20 ]}ダーウィンは当初エディンバラ大学に通い、医学には興味を失っていたが、プリニウス協会で自然史に積極的に関心を持った。協会の推薦者の1人は急進派のウィリアム・A・F・ブラウンで、1827年3月27日、ブラウンは心と意識は単に脳活動の側面であり、体から分離した「魂」や霊的な存在ではないと主張した。激しい議論が起こり、後に誰かがこの唯物論的異端についての記述を議事録からすべて削除した。これがダーウィンが好戦的な自由思想とそれが引き起こす議論に初めて触れた時だった。 ^{[ 21 ]}ある時、ロバート・エドモンド・グラントはラマルクの進化論について議論した。ダーウィンは驚いたが、祖父エラスムスの同様の考えを最近読んでいたので、特に気に留めなかった。^{[ 22 ]}

自然史は、様々な種類の植物や動物が神の創造の驚異を示しており、それらを研究し種に分類することが価値があるという考えから発展した。ダーウィンの時代には、聖職者が博物学者であることは一般的であったが、科学的発見によって創造に関する考え方がすでに開かれていた。イングランドとスコットランドの国教会とイングランドの大学は、種は神によって創造され、人間は「下等な存在」とは区別されると主張し続けたが、ユニテリアン教会はこの教えを拒否し、人間の精神は物理法則に従うとさえ宣言した。エラスムス・ダーウィンはさらに進み、彼の『動物学』では、「…すべての温血動物は、偉大な第一原因が動物性を授けた一つの生きた糸から生じたと考えるのは大胆すぎるだろうか…それは、固有の活動によって継続的に改良し、これらの改良を世代から子孫へと永遠に伝えていく能力を持っている！」と問いかけ、ラマルク主義を先取りした。

ダーウィンが医学の勉強を続けることができなかったため、父親は彼をケンブリッジ大学クライスト・カレッジに送り、聖公会の牧師になるための第一歩として文学士号を取得させた。^{[ 23 ]}ダーウィンは最初は確信が持てず、後にこう書いている。「この件について私が聞いたり考えたりしたことから、イングランド国教会のすべての教義を信じていると公言することにためらいがあった。とはいえ、田舎の聖職者になるという考えは気に入っていた。そこで私は『ピアソンの信条論』や神学に関する他の数冊の本を注意深く読んだ。そして、聖書のすべての言葉の厳密かつ文字通りの真実性を少しも疑っていなかったので、すぐに私たちの信条は完全に受け入れなければならないと確信した。理解できないもの、実際には理解できないものを信じていると言うことが、いかに非論理的であるかは、私には思いもよらなかった。私は、いかなる教義にも異議を唱えるつもりはないと完全に正直に言うこともできたかもしれないが、『信じないから信じる』と感じたり言ったりするほど愚かではなかった。」^{[ 5 ]}彼は特に、ジョン・バード・サムナーの『キリスト教の証拠』の論理に納得した。この論理では、懐疑論者の不信仰が、キリスト教が真実でないならば「イエスは生きていなかったか、あるいは実際に生きていたが神の子ではなく、したがって詐欺師だった」というジレンマを彼らに与えたとされている。福音書は、イエスの奇跡が不信心者を納得させたため、この可能性を極めて低くし、したがって、そのような出来事が起こりうることを「否定する権利はない」とした。イエスの宗教は「この世と来世における幸福についての私たちの考えに驚くほどよく合致しており」、「一連の証拠と蓋然性を説明する他の方法はない」とされた。^{[ 24 ]}

大学は基本的にイングランド国教会と結びついており、ほぼすべての学部長と教授や研究員の大半が聖職者であった。学部生の約半数は、ダーウィンのように快適な教区を望んで聖職者になることを運命づけられていた。ダーウィンの2年目に、急進派のリチャード・カーライルとロバート・テイラー牧師が「無神論者へ​​の国内伝道旅行」でケンブリッジを短期間訪問し、騒動を起こした後、追放されたことで、その調和が乱された。ダーウィンはテイラーを「悪魔の従軍牧師」として記憶しており、キリスト教に異議を唱え、冒涜罪で投獄された社会からの追放者の警告例としていた。^{[ 25 ]}

3年生の時、彼はジョン・スティーブンス・ヘンズローの博物学講座に参加し、ケンブリッジ流の自然神学に触れた。それは、アダム・セジウィック、ジョージ・ピーコック、ウィリアム・ヒューウェルといった同僚たちの自由主義キリスト教の一部であり、彼らは皆、科学を自然法則の探求と捉える強い信念を持っていた。自然の研究は神の御業の研究であり、彼ら自身のようにイングランド国教会の聖職者である科学者は、神学的な困難に直面することなく研究を進めることができたのである。セジウィックは1831年にロンドン地質学会で講演を行い、「真実でない意見以外に異端となる意見はない…矛盾する虚偽は理解できるが、真実同士が争うことは決してない。したがって、誠実な帰納という骨の折れるが確実な道をたどる限り、我々の探求の結果から恐れることは何もないと断言する。このようにして、我々は、物理的であれ道徳的であれ、いかなる真実の源泉から得られたものであれ、いかなる真実にも反する結論に達することは決してないと確信できる。」と述べた。これらの人々にとって、科学は宗教と調和しないはずがなく、ある意味では宗教そのものであった。^{[ 26 ]}

4年生のプレッシャーの中、ダーウィンはヘンズローから神学の指導を受け、学業に励んだ。ダーウィンは特に、指定教科書であったウィリアム・ペイリー牧師の『キリスト教の証拠』と『道徳と政治哲学の原理』に興味を持った。後者は時代遅れになりつつあった。民主主義の拡大を主張する議論には反対したが、君主や国家に統治の神権は認めず、「便宜」のみを認めた。政府に反対できるのは、不満が社会への危険や費用を上回る場合のみであるとした。その判断は「各自が自分のために」であった。これらの考え方は、1785年にこの書物が出版された当時の合理的な統治の状況には適していたが、1830年には危険な考え方とみなされた。当時、フランス国王は中産階級の共和主義者によって廃位され、保守党政権によってイギリスに亡命を許され、その結果として急進的な街頭デモが参政権、平等、信教の自由を要求していたからである。ペイリーのテキストは、ケンブリッジ大学（およびオックスフォード大学）のすべての学生が署名を義務付けられていた英国国教会の三十九箇条の廃止さえも支持していた。ヘンズローは「三十九箇条の一言でも変更されたら悲しむだろう」と主張し、権威を尊重する必要性を強調した。ダーウィンは後に、「証拠のすべてを完璧に正確に書き出すことができたと確信していたが、もちろんペイリーの明快な言葉ではできなかった。この本の論理、そして付け加えるならば彼の自然神学は、ユークリッドと同じくらい私を喜ばせてくれた」と書いている。^{[ 27 ]}

ペイリーの本に関する期末試験で特に良い成績を収めたダーウィンは、ペイリーの自然神学を読んだ。この自然神学は、創造主による「設計」の目的論的議論は、自然の力に対する単なる人間の投影であるというデイヴィッド・ヒュームの主張を反駁することを目的としていた。ペイリーは、幸福な世界におけるそれぞれの場所に精巧に適合した生物の複雑さとニーズへの完全な適応の中に神の存在の合理的な証明を見出し、エラスムス・ダーウィンの進化論は無神論的な計画と一致し、証拠に欠けるとして攻撃した。^{[ 28 ]} ペイリーの慈悲深い神は、恣意的な奇跡や法則の変更ではなく、均一で普遍的な法則を通して自然の中で働き、この二次法則の使用は、トーマス・マルサスの思想を直接的に引き合いに出し、自然と直接的な神の働きを分離することによって悪の問題を説明する神義論を提供した。ペイリーにとって、捕食動物のマルサス的な「自然の敵対関係の体系」は、状況の変化に応じて世界を適切に維持する出生の余剰と密接に結びついており、貧困は、たとえそのような神の目的が明らかでなくても、世界が「将来の状態を見据えて道徳的資質の生産、行使、向上を目的とした試練の状態」にあることを示している。これはチャールズを納得させ、科学への関心を促した。 ^{[ 29 ]}彼は後に「ペイリーの自然神学 ほど賞賛した本はほとんどないと思う。以前はほとんど暗記できた」と書いている。^{[ 30 ]}

彼はジョン・ハーシェルの新しい『自然哲学研究に関する予備的論考』を読み、自然は法則によって支配されており、自然哲学の最高の目的は観察と理論化のバランスを取りながら、秩序だった帰納の過程を通してそれらを理解することであると学んだ。これはダーウィンがそれまでに学んだ自然神学を例証するものであった。^{[ 26 ] [ 31 ]}彼はまたアレクサンダー・フォン・フンボルトの『個人的物語』も読み、この2冊の本は彼に大きな影響を与え、「自然科学の崇高な構造に、たとえ最もささやかな貢献であっても加えたいという燃えるような熱意」を彼の中に掻き立てた。^{[ 27 ]}

ダーウィンは聖職者として落ち着く前に熱帯地方を訪れる計画を立て、ヘンズローの助言でアダム・セジウィックと共に地質学を学び、地球の古代の年齢について発見した^{[ 32 ]} 。その後、彼と共に2週間ウェールズの地層調査に出かけた。戻ってみると、計画は頓挫していたが、紳士博物学者としてロバート・フィッツロイ船長の同行者としてビーグル号の測量探検隊に参加する機会を得た^{[ 33 ]}。彼らがイングランドを出発する前に、フィッツロイはダーウィンにチャールズ・ライエルの『地質学原理』第1巻のコピーを贈った。地質学は後に彼の主要な研究テーマとなる。

ダーウィンは最初から疑問を抱いており、最初の動物学のノートでは、深海のプランクトンがなぜこれほど美しく作られたのに、誰も見ることができないという目的がほとんどないのかと疑問に思っていた。^{[ 34 ]}彼は地形がライエルの斉一説を支持すると考え、地形は長い時間をかけて徐々に形成された結果であると説明し、調査していた地質学について理論化する才能をすぐに示した。彼は土地が実際に隆起したと結論付け、緩い岩石堆積物を「長らく議論されてきた洪水の一部」と呼んだ。1825年頃、ライエルとセジウィックはともにウィリアム・バックランドの激変説を支持しており、洪水説は発見をノアの箱舟の聖書の記述と調和させるために提唱していたが、1830年までに証拠は「洪水」が一連の局地的なプロセスから生じたことを彼らに示していた。彼らは依然として洪水堆積物と沖積堆積物を区別していたが、セジウィックはダーウィンを教える頃にはこれらの堆積物がノアの洪水と関連しているとは考えていなかったものの、議論は続いた。ダーウィンのメモを見ると、彼はそのような地形を説明するために「大洪水」をますます否定するようになったことがわかる。氷河作用がこれらの堆積物の起源として受け入れられたのは、ずっと後のことだった。^{[ 35 ]}

ライエルの第2巻では、絶滅は状況の変化による「一連の死」であり、その後新しい種が創造されたと説明されていたが、ダーウィンは絶滅した哺乳類の巨大な化石を発見したが、「大洪水」や環境変化の地質学的兆候は見られなかったため、ライエルの説明を退け、種は何らかの形で老化して絶滅したというジョヴァンニ・バッティスタ・ブロッキの考えを支持した。 ^{[ 36 ]}ガラパゴス諸島では、ダーウィンは「創造の中心」から種が広がったというライエルの考えに確信を持ち続け、^{[ 37 ]}種は地質学的に最近の火山島で発生したのではなく、本土から広がったと想定した。彼は発見したほとんどの場所を記録しなかったが、幸いにもマネシツグミや植物についてはより注意深く記録していた。^{[ 7 ] [ 38 ]}オーストラリアで、有袋類のカンガルーやポトルーについて考えていたとき、彼はそれらがとても奇妙で、不信心者なら「確かに2人の異なる創造主が働いていたに違いない。しかし、彼らの目的は同じであり、確かにそれぞれの場合の終わりは完了している」と叫ぶかもしれないと思ったが、彼が観察していたアリジゴクはヨーロッパのアリジゴクと非常によく似ていた。「さて、不信心者はこれに対して何と言うだろうか？2人の職人が、これほど美しく、これほど単純でありながら、これほど人工的な仕掛けにたどり着くことがあるだろうか？そうは考えられない。―宇宙全体で、一方の手が確かに働いていたのだ。地質学者は、おそらく創造の時期は互いに異なり、遠く離れていたと示唆するだろう。創造主は自分の仕事で休んだのだ。」ダーウィンはこれらの考えの矛盾に苦慮していた。^{[ 7 ] [ 39 ]}航海の終わりに近づくにつれて、マネシツグミについての彼の考えは、種は固定されており、変異は限られているという彼の確信を揺るがした。^{[ 38 ]}

南アフリカのケープタウンで、ダーウィンとフィッツロイはジョン・ハーシェルを訪ねた。1836年2月20日、ハーシェルはライエルに手紙を書き、彼の著書『地質学原理』が「絶滅した種が他の種に置き換わるという、最大の謎」について大胆な考察への道を開いたと称賛した。ハーシェルは、壊滅的な絶滅と再生は「創造主の不十分な概念」であり、他の中間原因との類推から、「新たな種の起源は、もし我々の認識下に入るならば、奇跡的な過程とは対照的に、自然な過程であることがわかるだろう」と考えていた。この手紙はロンドンで広く出回り、ダーウィンは「最大の謎」という表現を覚えていた。^{[ 40 ]}宣教師たちは人種間の緊張や金儲けの罪で非難されていたため、ビーグル号が6月18日に出航した後、フィッツロイは宣教師たちの名誉を守るために、自身とダーウィンの日記からの抜粋を盛り込んだタヒチの道徳的状況に関する公開書簡を南アフリカの福音派 クリスチャン・レコーダー紙に書いた。これは通りかかった船に渡され、ケープタウンに運ばれてフィッツロイ（とダーウィン）の最初の出版物となった。^{[ 41 ]}

フィッツロイもまた、ライエルの年代尺度を裏付ける地質学的特徴を見出しており、イギリスに帰国した際には、パタゴニアの隆起海岸の途方もない古さを強調した日記の抜粋が王立地理学会で朗読された[ ^{42 ] 。}しかし彼は非常に信心深い女性と結婚し、航海記に補足として、これらの広大な平原は「40日間の洪水では決して形成されなかっただろう」と「友人に発言した」ことを後悔していると記し、その発言は航海中の自身の「心境の変化と聖書に対する無知」によるものだと述べている^{[ 43 ] [ 44 ] 。}

結婚を決意したダーウィンは、1838年7月29日にいとこのエマを訪ね、元素転換に関する自身の考えを彼女に伝えた。11月11日、彼は再びエマを訪れ、プロポーズした。彼は再び自身の考えを話し、約10日後、彼女は次のように書いた。^{[ 47 ]}

あなたと一緒にいるときは、憂鬱な考えはすべて頭から消え去ると思うのですが、あなたがいなくなってからは、最も重要なことについて意見が大きく異なることを恐れて、悲しい考えが押し寄せてくるようになりました。正直で良心的な疑念は罪ではないと理性的に理解していますが、それは私たち二人の間に痛ましい空白を生み出すように感じます。私に心を開いてくれたことに心から感謝しています。あなたが私を傷つけることを恐れて意見を隠していたとしたら、私はぞっとするでしょう。こんなことを言うのは愚かかもしれませんが、愛しいチャーリー、私たちはもうお互いのものなのです。だから、あなたに心を開いてしまうのは仕方がないのです。お願いがあるのですが、お願いがあります。ヨハネの福音書13章の終わりから始まる、救い主が弟子たちに語った別れの説教を読んでほしいのです。そこには弟子たちへの愛と献身、そしてあらゆる美しい感情が満ち溢れています。新約聖書の中で私が一番好きな部分です。これは私の気まぐれで、とても嬉しいことなのですが、なぜかあなたに意見を聞きたくありません。

ダーウィンは、自分の考えに内在する唯物論について既に疑問を抱いており、彼の変容ノートに「思考（あるいはより正確には欲望）は遺伝するものなので、脳の構造が遺伝するもの以外には考えにくい。類推がそれを指摘している。―神への愛は組織化の効果だ、ああ、唯物論者め！」と記している。^{[ 48 ]}この手紙は、エマが信仰の違いによって二人が引き裂かれることを恐れる気持ちと、親密になり、率直に考えを共有したいという願望との間の葛藤を示している。エマは死後の世界を信じており、二人が永遠に「お互いに属し合う」ことを心配していた。^{[ 9 ]}ヨハネの福音書は「互いに愛し合いなさい」（13:34）と述べ、イエスを受肉した言葉 として描写し、「わたしは道であり、真理であり、命である。わたしを通らなければ、だれも父のもとに行くことはできない」（14:6）と述べている。デズモンドとムーアは、この箇所が「わたしにとどまらない者は、枝のように投げ捨てられて枯れてしまう。そのような枝は集められ、火に投げ込まれて焼かれる」（15:6）と続いていると指摘している。^{[ 49 ]}後にダーウィンに徐々に不信感が忍び寄ると、彼は「キリスト教が真実であることを願う人がいるとは到底思えなかった。なぜなら、もしそうなら、聖書の平易な言葉は、信じない人々、つまり私の父、兄弟、そして私の親友のほとんど全員が永遠に罰せられることを示しているように思えるからだ。そしてこれは忌まわしい教義である」^{[ 50 ]と述べるようになった。}

1839年1月にダーウィンがエマ・ウェッジウッドと結婚した後、二人は長年にわたりキリスト教について議論を交わした。ユニテリアン主義は宗教文書や教義の権威よりも内なる感情を重視し、エマの信仰は集中的な研究と問いかけから生まれたものだった。二人はユニテリアン派の聖職者であるジェームズ・マーティノーやジョン・ジェームズ・テイラーと交流し、彼らの著作のほか、フランシス・ウィリアム・ニューマンなどの他のユニテリアン派や自由主義的な英国国教会の著述家の著作も読んだ。ニューマンの『信仰の段階』はカルヴァン主義から有神論への精神的な旅を描いたもので、これらはすべて英国国教会の権威に関する広範かつ激しい議論の一部だった。ダウンではエマは英国国教会の村の教会に通っていたが、ユニテリアン派であったため、三位一体のニカイア信条が唱えられると家族は黙って振り返るようにした。^{[ 9 ]}

結婚後まもなく、エマはダーウィンについて書きながら、「あなたが（チャールズ）誠実に真実を知りたいと願い、努力している限り、間違っているはずがない」と感じ、また「科学的探求において、証明されるまで何も信じないという習慣」が信仰を脅かすことを懸念しつつも、彼が「自分の意見を既成事実とみなさない」ことを願っていたエマの希望は正しかったことが証明された。不信ではなく探求の状態としての体系的かつ誠実な疑いが彼を自然と啓示に開かれたものにし、彼らは互いに心を開き続けた。^{[ 9 ] [ 51 ]}

ダーウィンは自然の「調和の法則」という考え方に興味を持ち、動物の繁殖について調査を行った。 1838年11月下旬頃、トーマス・マルサス牧師の『人口論』第6版を読んだ彼は、形質を選択する育種家を、偶然に生じた変異体から選択するマルサス的な自然と比較し、「新たに獲得した構造のあらゆる部分が完全に実用的で完成されている」^{[ 52 ]}と考え、 「これは私の理論の美しい部分だ」^{[ 53 ]}と考えた。ペイリーとトーマス・マルサスの神義論は、飢餓などの悪を、全体的に良い効果をもたらす慈悲深い創造主の法則の結果として正当化した。ダーウィンにとって、自然選択は適応という善を生み出したが、設計の必要性をなくした^{[ 10 ]。}また、ヒメバチが卵の餌として毛虫を麻痺させるようなあらゆる苦痛や苦しみの中に、全能の神の働きを見出すことはできなかった^{[ 11 ] 。}

1842 年初頭、ダーウィンはライエルに自身の考えについて書き送ったが、ライエルはダーウィンが「各種の始まりを否定している」と記した。^{[ 54 ]} 1844 年 1 月 11 日、ダーウィンは植物学者のジョセフ・ダルトン・フッカーに自身の理論について言及し、大げさなユーモアを交えて次のように書いている。「私は（当初の考えとは全く反対に）種は（殺人を告白するようなものだが）不変ではないとほぼ確信している。ラマルクの『進歩傾向』『動物のゆっくりとした意志による適応』などのナンセンスから私をお守りください。しかし、私がたどり着いた結論は彼のものと大きく異ならない。変化の手段は全く異なるが、私は（思い上がりかもしれないが）種がさまざまな目的に精巧に適応する単純な方法を発見したと思う。」^{[ 55 ] [ 56 ]}フッカーは「私の意見では、異なる場所で一連の生産が行われ、また種の漸進的な変化があったのかもしれません。この変化がどのように起こったのか、あなたの考えをぜひ聞かせていただきたいと思います。というのも、現在考えられているどの意見も私を満足させるものではないからです。」と答えた。^{[ 57 ]}

1844年11月、匿名で出版された『創造の自然史の痕跡』における進化の進歩に関する考え方をめぐって世論の論争が勃発した。この本はよく書かれたベストセラーで、変容に対する世間の関心を広げた。ダーウィンはこの本の素人じみた地質学と動物学を軽蔑したが、自身の議論は注意深く見直した。^{[ 58 ] [ 59 ]}

1849年頃からダーウィンは教会に行かなくなったが、エマと子供たちは礼拝に出席し続けた。^{[ 18 ]}日曜日には、ダーウィンは時々彼らと一緒に教会の墓地の門まで行き、それから散歩に出かけた。礼拝中、会衆が信条を唱えるために祭壇の方を向くときも、エマはユニテリアン派の信仰を守り、正面を向き続けた。

1850 年 6 月末、彼のお気に入りの娘であり慰めでもあった聡明な 9 歳の娘アニーが病に倒れ、苦しい闘病の末、1851 年 4 月 23 日に亡くなった。アニーの長い闘病中、ダーウィンは、キリスト教後の新たな総合を提唱し、「子供の不機嫌さは無限の悪である」と書いたユニテリアン派の進化論者フランシス・ウィリアム・ニューマンの本を読んでいた。ダーウィンは当時、「私たちの唯一の慰めは、彼女が短いながらも喜びに満ちた人生を送ったことだ」と書いた。彼は 3 年間、死のキリスト教的意味について熟考した。これは、悲劇的な状況的性質の新たなビジョンを開いた。^{[ 60 ]}キリスト教に対する彼の信仰はすでに薄れており、教会に行くのをやめていた。^{[ 18 ]}彼はアニーの思い出を書き記したが、もはや死後の世界や救済を信じていなかった。エマはアニーが天国に行ったと信じ、そのこ​​とを子供たちに話した。その結果、ヘンリエッタは「天使がみんな男なら、女の人も天国に行くの？」と疑問に思うという不幸な事態になった。彼女は、アニーが生きている間に自分がしたいたずらのせいで、神が許してくれなければ地獄に落ちるのではないかと何ヶ月も心配した。^{[ 61 ]}

ダーウィンは引き続き公の論争を避け、予想される反論に反して自身の理論を支持する証拠を蓄積した。1858年、アルフレッド・ラッセル・ウォレスが同様の理論を提唱したという情報により、ダーウィンの理論を早期に共同出版せざるを得なくなった。 1859年に『種の起源』が出版された後も、ダーウィンの理論に対する反応は、彼が恐れていたよりも穏やかだった。書評用見本に対する最初の反応の一つは、キリスト教社会主義者の田舎の牧師で小説家のチャールズ・キングズレーからで、彼は「神が自己発展可能な原始的な形態を創造したと信じることは、神自身が作った欠落を補うために新たな介入行為を必要としたと信じることと同じくらい高貴な神の概念である」と書いた。第2版では、ダーウィンはこれらの行を最終章に追加し、「著名な著者で神学者」の著作として紹介した。 ^{[ 62 ] [ 63 ]}

1860年、7人の自由主義的な英国国教会の神学者が『エッセイと評論』というマニフェストを発表し、ダーウィンを支持するとともに、聖書の本文批評を一般の読者にも利用できるようにしようと試み、さらに大きな騒動を引き起こした。彼らの新しい「高等批評」は「ロゴスの合理的言説が神話に勝利した」ことを表していた。^{[ 64 ]}彼らは、聖書は完全に文字通りに読むべきではなく、将来「キリスト教原理主義者の脅威となるだろうが、それは西洋人が神話の本来の意味を失ってしまったからにすぎない」と主張した。^{[ 64 ]}伝統的なキリスト教徒も同様に声高に主張した。

ダーウィンと、敬虔な長老派教徒でアメリカの協力者であったエイサ・グレイとの間には密接な書簡のやり取りがあり、グレイは自然選択と自然神学の関係についてダーウィンと議論し、両者が完全に両立すると詳細に論じたいくつかの書評を発表した。ダーウィンは、これらの書評を集めた小冊子をイギリスで配布するための資金を提供した。^{[ 62 ]} 1860年にグレイに宛てた手紙の中で、ダーウィンは、自然を神の証拠とする目的論的議論に疑問を呈したが、第一原因としての非人格的な神を漠然と信じる傾向は依然として残っていた。^{[ 65 ]}

この問題の神学的見解についてですが、これは私にとって常に苦痛です。私は困惑しています。無神論的に書くつもりは全くありませんでした。しかし、他の人が見るほど、そして私が望むほどはっきりと、私たちの周りのあらゆる場所に計画と慈悲の証拠を見ることができないことを認めざるを得ません。世界にはあまりにも多くの苦しみがあるように思えます。慈悲深く全能の神が、ヒメバチ科の昆虫を、毛虫の生きた体内で餌を食べることを明確な意図をもって意図的に創造したとか、猫がネズミと遊ぶことを意図的に創造したとは、私には到底信じられません。そう信じない以上、目が明確に設計されたものであると信じる必要性も感じません。一方で、この素晴らしい宇宙、特に人間の本質を見て、すべてが野蛮な力の結果であると結論づけることには、どうしても納得できません。私は、すべてが設計された法則の結果であり、その詳細、良いことも悪いことも、いわば偶然の働きに委ねられていると考える傾向があります。この考えには全く納得がいかない。この主題全体が人間の知性には深遠すぎると強く感じている。犬がニュートンの心について推測する方がましだろう。―各人はそれぞれ自分の望むこと、信じられることを信じればいい。^{[ 66 ]}

1876年に書かれた自伝の中で、ダーウィンはキリスト教と他の宗教との関係についての疑問を考察し、「自然の不変の法則を知れば知るほど、奇跡は信じがたいものになる」と述べている。彼は「自分の信仰を捨てることに非常に抵抗があった」ものの、「不信感は非常にゆっくりとした速度で忍び寄ってきたが、ついには完全にそうなった。その速度は非常に遅かったので、私は苦痛を感じず、それ以来、自分の結論が正しいことを一瞬たりとも疑ったことはない」と述べている。彼は、「かつては決定的なものに思えたペイリーによる自然の設計論は、自然選択の法則が発見された今となっては成り立たない」こと、そしてペイリーの目的論的議論が悪の問題で困難を抱えていることを指摘している。^{[ 67 ]}

1850年代に『種の起源』を執筆していた当時でさえ、彼はまだ有神論に傾倒していたが、彼の見解は徐々に不可知論へと変化していった。

神の存在を確信するもう一つの根拠は、感情ではなく理性に基づくものであり、私にははるかに重みがあるように思える。それは、遥か過去と遥か未来を見通す能力を持つ人間を含む、この広大で素晴らしい宇宙を、盲目的な偶然や必然の結果として捉えることが極めて困難、いやむしろ不可能であるという点にある。このように考えると、私は人間とある程度類似した知性を持つ第一原因に目を向けざるを得ないと感じる。そして、私は有神論者と呼ばれるに値するのだ。

この結論は、私の記憶が確かなら、『種の起源』を執筆した頃には、私の心の中で確固たるものとなっていました。そして、それ以来、幾度かの変動を経て、徐々に弱まっていきました。しかし、ここで疑問が生じます。私が確信しているように、最も低級な動物が持つような低級な精神から発達してきた人間の精神が、このような壮大な結論を導き出すことができるのでしょうか？これは、私たちには必然的と思える原因と結果の結びつきの結果であり、おそらく単に遺伝的な経験に依存しているだけではないでしょうか？また、子供たちの心に神への信仰を絶えず植え付けることで、まだ十分に発達していない脳に非常に強い、おそらく遺伝的な影響が生じ、子供たちが神への信仰を捨てることは、猿が蛇に対する本能的な恐怖と憎しみを捨てることと同じくらい困難になる可能性も無視できません。

私はそのような難解な問題に少しでも光を当てられるとは到底思えません。万物の始まりの謎は私たちには解き明かせないものであり、私自身は不可知論者であり続けることに満足せざるを得ません。^{[ 68 ]}

1873年、ダーウィンの息子ジョージは、祈り、神の道徳、そして「未来の報いと罰」を大胆に否定するエッセイを書いた。ダーウィンはこう書いている。「少なくとも数ヶ月は出版しないで、それから、この主題に関して出版された膨大な量の著作を思い出して、それが悪弊を相殺するほど新しく重要なものかどうかを検討してください。他人に苦痛を与え、自分の力と有用性を損なうという悪弊です...若い著者が出版すべき最も重要なことは、本当に良い新しいものだけであるというのが私の古くからの教義です...敵が「この男は何者だ...なぜこの男が最も深い主題について自分の意見を世に発表するのか？」と問うかもしれないことを覚えておいてください...しかし、私の助言は、立ち止まって、立ち止まって、立ち止まることです。」^{[ 85 ]}

近代心霊主義への世間の関心が高まる中、ダーウィンは1874年1月に兄エラスムス・アルヴィー・ダーウィンの家で降霊会に出席したが、部屋が蒸し暑くなったため、ダーウィンは二階に上がって横になり、火花や音、頭上にテーブルが持ち上がるというショーを見逃した。フランシス・ゴルトンはそれを「良い降霊会」と評したが、ダーウィンは後に「こんなくだらないことを信じなければならないとしたら、神よ、我々全員に慈悲を与えたまえ」^{[ 86 ]}と書き、エマには「すべて詐欺だ」と言い、「それを否定するには膨大な証拠が必要だ」と語った。2回目の降霊会でハクスリーとジョージは、霊媒師がただの詐欺師であることを発見し、ダーウィンは安堵した。^{[ 87 ]}

1876年、ダーウィンは自身の公言した不可知論の立場に関して次のように書いた。^{[ 88 ]}

かつて私は、神の存在と魂の不滅を確信していました。日記には、ブラジルの壮大な森の中に立っていると、心を満たし高揚させる驚き、畏敬、そして敬虔といった崇高な感情を十分に表現することは不可能だと書きました。人間には単なる肉体の呼吸以上のものがあるという確信を、私はよく覚えています。しかし今では、どんなに壮大な景色を見ても、そのような確信や感情は私の心に湧き上がってきません。

1878年11月、ジョージ・ロマネスが有神論を反駁する新著『フィジクスによる有神論の率直な考察』を発表した際、ダーウィンはそれを「非常に興味深く」読んだが、納得できなかった。その主張は、神が当初、組織化されるように進化する可能性を持つ物質とエネルギーを創造した可能性を残していたからである。^{[ 89 ] [ 90 ]}

1879年、ジョン・フォーダイスはダーウィンに、神を信じているか、有神論と進化論は両立するかを尋ねる手紙を書いた。ダーウィンは、「人は熱心な有神論者でありながら進化論者にもなり得る」と答え、チャールズ・キングズレーとエイサ・グレイを例に挙げ、自分自身については、「私の最も極端な揺れ動きの中でも、神の存在を否定する意味での無神論者になったことは一度もない。― 一般的に（そして年を取るにつれてますます）だが、常にではないが、不可知論者というのが私の精神状態を最も正確に表す言葉だと思う」と答えた。^{[ 2 ]}

宗教に反対する人々はしばしばダーウィンを自分たちのインスピレーションの源とし、自分たちの主張に対する彼の支持を期待したが、彼はそれをきっぱりと拒否した。1880年、無神論者のチャールズ・ブラッドローが国会議員に選出された後、下院の議席に着くことを阻止されたことで大きな論争が起こった。これに対し、世俗主義者のエドワード・エイヴリングは全国を巡り、抗議活動を主導した。^{[ 91 ]}同年10月、エイヴリングはダーウィンとその著作に関する著書をダーウィンに捧げたいと考え、許可を求めた。ダーウィンはこれを拒否し、「私はあらゆる主題について自由な思考を強く支持しているが、キリスト教や有神論に対する直接的な議論は（それが正しいか間違っているかは別として）一般の人々にほとんど影響を与えないように思われる。そして、思考の自由は、科学の進歩に伴う人々の心の漸進的な啓蒙によって最もよく促進される。したがって、私は常に宗教について書くことを避け、科学に専念してきた。しかし、私が何らかの形で宗教への直接的な攻撃に加担すれば、家族の一部に苦痛を与えることになるため、私は過度に偏った判断をしていたかもしれない」と書いた。^{[ 92 ]}