インドネシアとマレーシアの対立

コンフロンタシ以前、スカルノはインドネシア独立の外交政策を策定しようと努め、インドネシア国民革命の終結としてオランダ領ニューギニアの併合に焦点を当て、第一世界や第二世界とは異なる独自の課題を支持する注目すべき国際大国としてのインドネシアの地位を確立しようとした。インドネシアは非同盟運動の発展において重要な国であり、 1955年にはバンドン会議を主催した。インドネシアは1950年から1962年にかけて、国際社会にその主張を認めてもらうために国連総会で幾度も挫折を経験したにもかかわらず、オランダ領ニューギニアに対する領有権主張を執拗に追求した。

1958年のインドネシア危機（インドネシア東部でのペルメスタ反乱とインドネシア共和国革命政府の宣言を含む）の後、インドネシアは東南アジアで注目すべき新興軍事大国として台頭した。^{[ 18 ]}中央情報局（CIA）は、主に台湾に拠点を置く子会社である民間航空輸送（CAT）を通じて、スカルノ大統領の政権を弱体化させるか、あるいは完全に打倒しようと、遠隔地の反乱軍に秘密裏に支援を提供していた。1957年から、CIAは政権に批判的なスマトラ島とスラウェシ島の軍指導者との接触を増やしていた。1957年末までに、商船や夜間潜水艦によるスマトラ島への武器弾薬の輸送はますます一般的になっていたが、アメリカは、秘密裏の支援を真に効果的にするためには、シンガポールのイギリスの施設を使用して、バンコク、台湾、またはフィリピンで開始されたCATの任務に燃料を補給し、支援する必要があると考えていた。^{[ 19 ]}

ソ連からの武器援助の流入により、インドネシアはオランダ領ニューギニアに対する領有権主張をより強力に推し進めることができた。外交紛争は1962年にインドネシアがオランダ領ニューギニアへの大規模な空挺・海上侵攻作戦を開始したことで頂点に達した。侵攻部隊はオランダ軍とパプア軍によって完敗したが、インドネシアはオランダ領ニューギニアへの侵攻という脅威に信憑性を与えることができた。インドネシアからの高まる外交圧力と、インドネシアが共産主義に傾倒することを懸念していたアメリカからの圧力に直面したオランダは譲歩し、外交的妥協案に同意した。インドネシアは1969年までに同地域で住民投票（自由選択法）を実施することを約束する代わりに、同地域の支配権を獲得することを認めた。こうして1962年末までに、インドネシアは相当な外交的勝利を収め、地域における有力国としての自己認識をさらに強めた可能性がある。インドネシアが英国による統一マレーシア国家構想に注目したのは、こうした最近の外交的勝利という背景があったからである。

1968年に英国政府がスエズ以東政策を発表する以前、 1950年代後半にはすでに極東におけるプレゼンス維持への取り組みを再評価し始めていた。東南アジア植民地からの撤退の一環として、英国は北ボルネオの植民地をマラヤ連邦（1957年に英国から独立）およびシンガポール（1959年に自治権を獲得）と統合する動きを見せた。1961年5月、英国政府とマラヤ政府は、マラヤ、北ボルネオ、サラワク、ブルネイ、シンガポールの各州を含む、マレーシアと呼ばれるより大きな連邦を提案した。当初、インドネシアは提案された連邦にやや賛成していたが、インドネシア共産党（PKI）はこれに強く反対していた。^{[ 1 ]}

ブルネイでは、オマル・アリ・サイフディン3世国王が、自身の政治的地位の低下を暗に示唆するマレーシア国家へのブルネイの加盟を支持するかどうかは不明であった。また、ブルネイの石油収入は、独立を選択した場合のブルネイの財政的存続を保証していた。さらに、ブルネイの政治家であるAMアザハリ・ビン・シェイク・マフムード博士は、統一された北ボルネオを支持する一方で、より広範なマレーシア連邦には反対していた。1961年、彼はボルネオの新兵の訓練に対する援助の可能性についてインドネシアに打診した。アブドゥル・ナスーション将軍は道義的支援を示唆し、インドネシア外務大臣兼情報機関長官のスバンドリオはより実質的な援助を提供する可能性を示唆した。アザハリはインドネシアの独立戦争で戦った左派であった。^{[ 1 ]}これらの会談の後、インドネシアはカリマンタンで北カリマンタン国民軍（TNKU）と呼ばれる小規模な義勇軍の訓練を開始した。

1962年12月8日、TNKUはブルネイ反乱と呼ばれる蜂起を起こした。しかし、訓練も装備も不十分な部隊は、ブルネイ国王、ブルネイの油田、ヨーロッパ人人質といった重要な目標を奪取することができず、蜂起は惨憺たる失敗に終わった。蜂起開始から数時間以内に、シンガポールに駐留するイギリス軍が迅速な対応のために動員された。シンガポールから空輸されたグルカ兵がブルネイの町を制圧し、国王の安全を確保した30時間以内に、蜂起の失敗は明らかになった。

インドネシアがTNKUをどの程度支援していたかは依然として議論の的となっている。当時インドネシアは直接関与を否定していたものの、提案されたマレーシア国家を不安定化させるというTNKUの目的には共感していた。ブルネイでのTNKUの軍事的敗北後、1963年1月20日、インドネシア外相スバンドリオは、インドネシアがマレーシアとの対決政策を追求すると発表し、それまでのイギリスの提案に従うというインドネシアの政策を覆した。これに続いて、1963年4月12日、サラワク州テベドゥの警察署が襲撃され、インドネシア軍による最初の潜入が記録された。^{[ 20 ]}

1961年、ボルネオ島は4つの独立した地域に分割された。4つのインドネシア州からなるカリマンタンは島の南部に位置していた。北部には、ブルネイ・スルタン国（イギリスの保護領）と、イギリスの2つの植民地、イギリス領北ボルネオ（後にサバ州と改名）とサラワクがあった。これら3つのイギリス領の総人口は約150万人で、その約半数がダヤク族であった。サラワクの人口は約90万人、サバ州は約60万人、ブルネイは約8万人であった。サラワクのダヤク族以外の人口のうち、31%が中国人、19%がマレー人であった。サバのダヤク族以外の人口のうち、21%が中国人、7%がマレー人であった。ブルネイのダヤク族以外の人口のうち、28%が中国人、54%がマレー人であった。サバ州南部のタワウにはインドネシア人が多く居住し、サラワク州には経済的に活発な中国人が多く居住していた。人口規模は大きかったものの、ダヤク族は全国各地の村落に点在して暮らしており、政治的な組織は存在しなかった。

サラワクは5つの行政区に分けられた。北海岸のジェッセルトン（コタキナバル）を首都とするサバは、いくつかの居住区に分けられ、内陸部とタワウは国境沿いにあった。両端を除いて、インドネシアとの国境は概ね尾根に沿っており、第5区では標高が2,500メートル近くまで上昇していた。第1区には、クチンからブルネイ、そしてサバ東海岸のサンダカンへと続く連続道路など、いくつかの道路があった。第4区と第5区、内陸居住区には道路はなく、第3区には国境から約150マイル離れた海岸道路しかなかった。地図は概して不正確で、イギリスの地図には地形の詳細がごくわずかしか示されていなかった。インドネシアの地図はさらに悪く、ベテラン兵士たちは1964年に「学校の教科書から破り取られたカリマンタン全土の白黒の紙1枚」を回想している。^{[ 21 ]}

カリマンタンは4つの州に分かれており、そのうち東カリマンタンと西カリマンタンはイギリス領ボルネオと国境を接していた。西カリマンタンの州都は西海岸のポンティアナックで、国境から約160km 、東カリマンタンの州都は南海岸のサマリンダで、国境から約350km離れていた。国境地帯には西側にいくつか道路があった以外は道路はなく、東カリマンタンと西カリマンタンを結ぶ道路も存在しなかった。国境の両側に車両に適した道路や小道がなかったため、移動手段はほとんど地図に載っていない徒歩の道と、水上および航空輸送に限られていた。国境の両側には多くの大きな川があり、これらが主な移動手段であった。また、軽飛行機やパラシュートによる物資投下地点、ヘリコプターに適した小さな草地の滑走路も数多くあった。  

赤道はクチンから南へ約160km （100マイル）のところにあり、ボルネオ島北部の大部分では年間3,000mm （120インチ）以上の降雨量があります。ボルネオ島はもともと熱帯雨林に覆われています。この熱帯雨林は、多くの川が切り開いた山岳地帯を覆っており、非常に急峻な斜面と、幅がわずか数メートルしかない山頂の尾根が特徴です。降雨量が多いということは、大きな川が存在することを意味します。これらの川は主要な交通手段であると同時に、手ごわい戦術的障害物でもあります。ブルネイや国境の両端を含む多くの沿岸地域では、広大な干潟を覆う密生したマングローブ林が多数の小川と交差しています。谷や村の周辺には耕作地があります。放棄された集落や現在の集落の周辺には、密生した二次林が広がっています。    

1946年、サラワクのラージ総督チャールズ・ヴァイナー・ブルックは、第二次世界大戦終結後、サラワクの人々の最善の利益になると信じて、サラワクをイギリス王室に割譲した。^{[ 22 ]}サラワクはイギリスの直轄植民地となり、ロンドンの植民地省から統治され、植民地省はサラワクに総督を派遣した。サラワクのイギリスによる接収を拒否し、サラワクの初代イギリス高等弁務官ダンカン・スチュワートを暗殺した、主にマレー人による反割譲運動は、アフマド・ザイディ・アドルースが率いるその後のサラワクの反マレーシア運動の先駆けであった可能性がある。

ヴァーノン・L・ポリットとホン・カー・フォンによれば、サラワクの都市部の華人コミュニティには、1930年代から1940年代にかけて左翼および共産主義の細胞が存在していた。サバ州における初期の共産主義グループには、後に民族解放軍となった反ファシスト連盟や、北ボルネオ抗日連盟と西ボルネオ抗日連盟からなるボルネオ抗日連盟などがあった。後者は呉昌が率いており、呉昌は1952年にサラワク植民地政府によって中国に追放された。サラワクの他の共産主義グループには、1946年に結成された華僑青年協会や、1950年代に出現した解放連盟とその青年部である先進青年協会などがあった。これらの組織は、マレーシアに反対する北カリマンタン人民軍（PARAKU）とサラワク人民ゲリラ（PGRS）という2つの共産主義ゲリラ運動の中核となった。これらの様々な共産主義グループは、イギリスやその他の西側諸国の情報源によって、秘密共産主義組織（CCO）またはサラワク共産主義組織（SCO）と呼ばれた。^{[ 23 ]}

SCOは主に華人系の人々で構成されていたが、ダヤク族の支持者も含まれていた。しかし、SCOはマレー系の人々や他のサラワクの先住民族からの支持はほとんど得られなかった。最盛期にはSCOには24,000人のメンバーがいた。^{[ 5 ]} 1940年代と1950年代には、毛沢東主義がサラワクの中国語学校に広まった。第二次世界大戦後、共産主義の影響は労働運動や、主に華人系の人々で構成されるサラワク統一人民党（1959年6月に設立された州初の政党）にも浸透した。サラワク反乱は1962年のブルネイ反乱後に始まり、SCOはインドネシア・マレーシアの対立中にブルネイの反乱軍とインドネシア軍と共に戦った。 ^{[ 23 ] [ 24 ]}

SCOとブルネイの反乱軍は、イギリス領ボルネオ全土を統合して独立した左派の北カリマンタン国家を形成することを支持・推進した。この構想はもともと、 1940年代にジャワ島でアフマド・ザイディと共にスカルノの民族主義運動と関係を築いたブルネイ人民党の指導者AMアザハリによって提案された。しかし、ブルネイ人民党は、独自のスルタンを持つ北ボルネオの3つの地域と統合し、マラヤ、シンガポール、マレー人行政官、または中国商人による支配に抵抗できるほど強力になることを条件に、マレーシアへの加盟を支持していた。^{[ 4 ]}

北カリマンタン（またはカリマンタン・ウタラ）構想は、マレーシア計画に反対する地元住民によって脱植民地化後の代替案として捉えられていた。ボルネオ島全域における地元住民の反対は、主にボルネオ諸州とマラヤとの経済的、政治的、歴史的、文化的相違、そして半島部の政治的支配下に置かれることへの拒否に基づいていた。対立の間、アザハリとザイディはともにインドネシアに亡命した。ザイディはサラワクに戻って政治的地位を回復したが、アザハリは2002年9月3日に亡くなるまでインドネシアに留まった。

ブルネイ反乱の余波で、TNKUの残党はインドネシアにたどり着いた。おそらくイギリスの報復（実際には起こらなかった）を恐れて、数千人もの中国共産党員もサラワクから逃亡した。サラワクに残った同胞はイギリスではCCOと呼ばれていたが、インドネシアではPGRS（Pasukan Gelilya Rakyat Sarawak、サラワク人民ゲリラ部隊）と呼ばれていた。スバンドリオはボゴールで彼らの指導者候補グループと会談し、ナスーションは第2パラコマンド大隊（RPKAD）から3人の教官をサラワク国境近くのナンガバダンに派遣した。そこには約300人の訓練生がいた。約3か月後、2人の少尉がそこに派遣された。^{[ 1 ]} PGRSは約800人で、西カリマンタンのバトゥ・ヒタムに拠点を置き、インドネシア情報機関からの120人の派遣部隊と中国で訓練を受けた少数の幹部がいた。PKI（インドネシア共産党）は確固たる存在感を示し、アラブ系革命家のソフィアンが率いていた。PGRSはサラワクに何度か襲撃を行ったが、サラワクでの支持者の育成に多くの時間を費やした。インドネシア軍はPGRSの左翼的な性質を快く思わず、概して彼らを避けていた。^{[ 2 ]}

スカルノが対立を始めた動機については諸説ある。インドネシアの元外務大臣イデ・アナク・アグン・グデ・アグンは数年後、インドネシアが西ニューギニア領有権の主張に注力している間、スカルノはマレーシア建国案に対するインドネシアの反対を意図的に抑え込んだと主張した。西ニューギニア紛争におけるインドネシアの外交的勝利後、スカルノはより弱い近隣諸国に対するインドネシアの支配力を拡大する自信を深めたのかもしれない。逆に、スカルノはインドネシア共産党（PKI）からの継続的な圧力とインドネシア政治全般の不安定さから、新たな対外紛争に人々の注意をそらす必要性を感じたのかもしれない。

1950年代後半、スカルノはマレーシアはイギリスの傀儡国家であり、新植民地主義の実験であり、マレーシアの拡大はこの地域に対するイギリスの支配を強め、インドネシアの国家安全保障に影響を与えるだろうと主張した。スカルノは、マレー半島とイギリス領ボルネオ島からなるマレーシア連邦の形成を含むイギリスの脱植民地化構想に強く反対した。スカルノは、マレーシアは東南アジアに新帝国主義と新植民地主義を確立し、インドネシアが地域の覇権国となる野望を抑え込むことを目的としたイギリスの傀儡国家であると非難した。^{[ 25 ]}

また、スカルノがマレーシア建国に反対した動機は、マラヤ、北ボルネオ、サラワク、シンガポールを別国として分離したいという願望であり、イギリスの脱植民地化提案には従わず、それをイギリス国家がこの地域にイギリスの覇権を広げる手段として行う新植民地主義と呼んだという説もある。 ^{[ 26 ] [ 27 ]}同様に、フィリピンは北ボルネオ東部を領有権主張し、ボルネオ植民地はスールー王国を通じてフィリピンと歴史的なつながりがあると主張した。しかし、スカルノは北ボルネオをインドネシア領カリマンタンに組み入れるという直接的な主張はしなかったものの、マレーシア建国はマラヤ、フィリピン、インドネシアにまたがる非政治的で領土回復主義的な連合であるマフィリンドの障害になると考えていた。^{[ 28 ]}フィリピン大統領ディオスダド・マカパガルは当初この構想に反対せず、マニラ協定を主導した。フィリピンは敵対行為には参加しなかったものの、マレーシアをマラヤの後継国家として承認することを延期した。その結果、マレーシアはフィリピンとの外交関係を断絶した。インドネシアは、マレーシアの設立により英国がシンガポール基地の使用に関する独自の特権を維持し、東南アジアにおける英国の防衛ニーズとの緊密な関係を維持できることは暗黙の脅威であると主張した。インドネシア外相のスバンドリオは、対決政策はマレーシアではなくマラヤに関するものであり、1958年のマラヤと英国の反ジャカルタ、反乱軍支持活動、そして1963年夏にマニラでの閣僚級および首脳級会談を通じてマレーシア紛争解決のための外交努力が勢いを増す中でのスマトラ分離計画の推進に対する反応であると、米国大使ハワード・P・ジョーンズに慎重に説明した。^{[ 19 ]}

1963年4月、ボルネオで最初の記録に残る潜入と攻撃が発生した。ナンガバダンで訓練していた潜入部隊は2つに分かれ、最初の作戦の準備を行った。1963年4月12日、一方の潜入部隊はサラワク第1管区のテベドゥにある警察署を攻撃し、占拠した。テベドゥはクチンから約64km （40マイル） 、カリマンタンとの国境から3.2km （2マイル）の地点にある。 ^{[ 29 ]}もう一方のグループは同月後半にクチンの南西にあるグンバン村を攻撃した。帰還したのは約半数のみだった。^{[ 30 ]}軍事的観点から言えば、この対立はテベドゥ攻撃から始まったと言えるだろう。^{[ 31 ]}  

1963年1月20日にインドネシアがマレーシア国家の提案に対して対立を宣言する前、 1962年にコボルド委員会はマレーシア国家の実現可能性について報告し、ボルネオ植民地にはより大きなマレーシア国家の創設に対する十分な支持があることを発見した。しかし、マレーシア提案に対するインドネシアとフィリピンの反対が強まったため、インドネシアとフィリピンの反対意見を聞くための新たな交渉ラウンドが提案された。この紛争を解決するために、マレーシアの加盟予定国は1963年7月30日から数日間、マニラでインドネシアとフィリピンの代表と会談した。サミットのわずか数日前の1963年7月27日、スカルノは「マレーシアを粉砕する」（インドネシア語：Ganyang Malaysia ）と宣言し、扇動的なレトリックを続けた。マニラ会議で、フィリピンとインドネシアは、国連が主催する住民投票で北ボルネオとサラワクの過半数が賛成票を投じれば、マレーシアの結成を正式に承認することに合意した。国連の事実調査団は8月22日に開始される予定だったが、インドネシアの遅延戦術により、調査団は8月26日に開始せざるを得なかった。それでも、国連は1963年9月14日までに報告書が公表されることを期待していた。^{[ 32 ]}

マニラ会談に先立ち、マラヤ政府はマレーシアの建国日を8月31日（マラヤの独立記念日である8月31日と重なる）に設定していた。しかし、マニラでの交渉において、インドネシア政府とフィリピン政府に説得され、マレーシアの建国を1963年9月15日まで延期した。この日までに、国連の調査団がボルネオの2つの植民地がマレーシアの提案を支持しているかどうかについて報告する予定だった。^{[ 33 ]}しかし、マニラ会談の終了後、マラヤの首相トゥンク・アブドゥル・ラーマンは、最新の国連報告とは無関係に、提案されたマレーシア国家が1963年9月16日に建国されると発表した。^{[ 34 ]}

北ボルネオとサラワクは、マレーシアを支持する国連報告書を期待して、国連報告書が公表される前の1963年8月31日、マラヤ独立6周年記念日にマレーシアの一部として独立を宣言した。^{[ 32 ]} 9月14日、国連報告書が公表され、提案されたマレーシア国家に対する一般的な支持が再び示された。マレーシアは1963年9月16日に正式に設立された。インドネシアは直ちにジャカルタのマレーシア大使を追放することで反応した。2日後、PKIが組織した暴徒がジャカルタの英国大使館を焼き討ちした。数百人の暴徒がジャカルタのシンガポール大使館とシンガポール外交官の家を略奪した。マレーシアでは、インドネシアのスパイが捕らえられ、群衆がクアラルンプールのインドネシア大使館を襲撃した。^{[ 35 ]}

和平交渉が進展したり停滞したりする中でも、インドネシアは侵入作戦を継続した。8月14日、村長が第3師団への侵入を報告し、その後の調査で約50人規模であることが分かった。第2/6グルカ連隊がパトロールと待ち伏せを展開し、一連の接触が続いた結果、1か月後には15人が死亡、3人が捕虜となった。グルカ兵は、自分たちはよく訓練され、専門的な指揮を受けているが、弾薬の消費量が多く、射撃規律が崩壊したと報告した。捕虜たちは、1週間以内にさらに300人、2週間以内に600人の侵入者がいたと報告した。^{[ 36 ]}ロングジャワイの戦いは、その年の初めにナンガバダンに派遣されていたRPKADのムリョノ・スエルジョワルドジョ少佐^{[ 37 ]}が指揮する第3師団中央部にとって最初の大規模な侵入であった。^{[ 30 ]} 1963年9月のマレーシア建国宣言により、マレーシア軍部隊は旧イギリス領ボルネオ（現在の東マレーシア）に展開した。^{[ 38 ]}

インドネシア軍によるマレーシア軍への意図的な攻撃は、スカルノの「反帝国主義」としての信頼性を高めることはなかったが、インドネシア政府は、海軍特殊部隊（Korps Komando、KKO）が独立して行動する熱狂的な理想主義者であると非難しようとした。また、インドネシア軍は作戦行動に関与していないと主張するアザハリも登場させた。次にスカルノは和平攻勢を開始し、1月下旬には（インドネシアの直接的な関与を否定していたにもかかわらず）停戦の準備ができていると宣言した。バンコクで協議が始まったが、国境侵犯は続き、協議はすぐに失敗に終わった。協議は年中頃に東京で再開されたが、数日で失敗に終わった。しかし、タイの使節団がサラワクを訪問し、その日の早い時間に少し離れた国境を越えて撤退する装備の整ったインドネシア兵を目撃する時間を与えた。^{[ 39 ]}

一方、アフマド・ヤニ中将率いるインドネシア軍は、インドネシア国内情勢の悪化をますます懸念し、対立を阻止し最小限に抑えながら、マレーシア政府と秘密裏に接触し始めた。^{[ 40 ]}これは、最近西ニューギニアでトリコラ作戦を実施した疲弊した軍を温存するとともに、対立の熱烈な支持者であるインドネシア共産党に対抗して、インドネシア政治における自らの政治的立場を維持するためであった。^{[ 41 ]}

1964年5月3日、戦闘が続く中、スカルノは人民二重司令部、すなわちドウィ・コマンド・ラキャット（ドウィコラ）を宣言した。ドウィコラには、インドネシア革命を守り、マレーシアを破壊するためにマラヤ、シンガポール、サラワク、サバでの革命を支援するというスカルノの呼びかけが含まれていた。インドネシア独立記念日の祝典でスカルノが「危険な生き方の年」を発表したのに合わせて調整され、インドネシア軍は1964年8月17日にマレー半島への空挺および海挺の浸透作戦を開始した。1964年8月17日、空軍即応部隊（パスカン・ゲラク・チェパット、PGT）の空挺兵、KKO、および約12人のマレーシア共産主義者からなる約100人の海上部隊がボートでマラッカ海峡を渡り、夜間に3つのグループに分かれてポンティアンに上陸した。 ^{[ 42 ]}しかし、彼らは解放者として歓迎されるどころか、様々な連邦軍によって封じ込められ、潜入者のうち​​4人を除く全員が数日のうちに捕らえられた。^{[ 43 ]}

9月2日、3機のロッキードC-130ハーキュリーズ輸送機がレーダー探知を避けるため低空飛行でジャカルタからマレー半島に向けて出発した。翌夜、2機のC-130は機内のPGT空挺部隊を乗せて目的地に到着し、空挺部隊は降下してジョホール州ラビス周辺（シンガポールの北約160キロメートル）に着地した。残りのC-130は、RAFテンガ基地から発進したRAFジャベリンFAW 9による迎撃を回避しようとしてマラッカ海峡に墜落した。^{[ 42 ]}雷雨のため、96名の空挺部隊の降下地点は広範囲に分散した。その結果、彼らは第1/10グルカ連隊の近くに着地し、第28（コモンウェルス）旅団とともにマラッカ近郊に駐屯していた第1大隊、ロイヤル・ニュージーランド歩兵連隊（1 RNZIR）と合流した。作戦はマレーシア軍の4個旅団によって指揮されたが、治安部隊が96人の空挺兵のうち90人を捕獲または殺害するのに1か月かかり、作戦中に2人が死亡した。^{[ 44 ] [ 45 ] [ 46 ]}

9月3日、ラビス襲撃事件を受けて、マレーシア国王はマレーシア内閣の助言に基づき、捕らえられた侵略者に対する迅速な裁判と死刑執行を可能にする目的で、全国に非常事態を宣言した。 ^{[ 47 ] [ 48 ]}非常事態宣言は、マレーシア議会の代議院と上院によってそれぞれ9月10日^{[ 49 ] [ 50 ] [ 51 ]}と9月11日^{[ 52 ] [ 53 ]}に承認され、その直後に両院で1964年非常事態（必須権限）法が可決された。^{[ 51 ] [ 53 ]}

一方、インドネシアが紛争をマレー半島に拡大したことで、スンダ海峡危機が勃発した。この危機は、イギリスの航空母艦HMSヴィクトリアスと2隻の駆逐艦護衛艦によるスンダ海峡通過が懸念されたことに起因する。インドネシアがマレー半島へのさらなる侵入を試みた場合、英連邦軍はスマトラ島のインドネシア侵入拠点に対する空爆の準備を整えた。緊迫した3週間の膠着状態が続いた後、危機は平和的に解決された。^{[ 54 ]}

1964年の最後の数ヶ月までに、紛争は再び膠着状態に陥ったように見えた。英連邦軍は、インドネシアによる東マレーシアへの侵入作戦を一時的に阻止し、最近ではマレー半島への侵入も阻止していた。しかし、1964年12月、英連邦の情報機関がクチン対岸のカリマンタンでインドネシアの侵入部隊が増強されていると報告し始めたことで、この不安定な均衡は再び変化する可能性が高まった。これは敵対行為のエスカレーションの可能性を示唆していた。その後、さらに2個大隊のイギリス軍がボルネオに派遣された。^{[ 55 ] [ 56 ]}一方、マレーシアへの上陸とインドネシアの継続的な部隊増強のため、オーストラリアとニュージーランドも1965年初頭にボルネオへの戦闘部隊の派遣を開始することに合意した。^{[ 57 ]}

クラレット作戦は、1964年6月から1966年初頭にかけて英連邦軍がボルネオで実施した一連の秘密裏の国境越え襲撃作戦であった。これらの襲撃作戦は、英国特殊空挺部隊、オーストラリア特殊空挺部隊連隊、ニュージーランド特殊空挺部隊などの特殊部隊と、正規歩兵によって実行された。紛争の初期段階では、英連邦軍とマレーシア軍は国境の管理と人口密集地をインドネシアの攻撃から守ることのみを試みていた。しかし、1965年までに、彼らはより積極的な行動を取ることを決定し、国境を越えて情報を入手し、撤退するインドネシアの侵入者を「追跡」した。^{[ 31 ]} 1965年5月に最初に承認され、7月には国境越え待ち伏せを含むように拡大された。^{[ 58 ]}

当時極秘とされていたこれらのパトロールでは、マレーシアのサラワク州またはサバ州からインドネシアのカリマンタンに小規模な偵察チームが国境を越え、東マレーシアに侵入しようとしているインドネシア軍を探知することが多かった。当初、侵入は2,700メートル（3,000ヤード）に制限されていたが、後に5,500メートル（6,000ヤード）に拡大され、1965年4月のプラマン・マプの戦いの後にはさらに9,100メートル（10,000ヤード）に拡大された。 ^{[ 59 ] [ 60 ]}その後、小隊や中隊規模の通常の後続部隊が配置され、インドネシア軍が国境を越える際、または多くの場合まだカリマンタンにいる間に待ち伏せ攻撃を行った。このような作戦は「否認可能」であり、「積極的防衛」政策の下で実施された。^{[ 58 ]}これらの作戦の機密性と、それが暴露された場合の潜在的な結果を考慮して、作戦は最高レベルで管理され、「黄金律」として知られる厳格なパラメーター内で実施され、参加者は秘密保持を誓わされた。^{[ 61 ]}

クラレットは戦争末期に活動を停止されるまで、英連邦軍の主導権を握ることに大きく成功し、インドネシア軍に大きな損害を与え、国境の向こう側で防衛に回らせた。^{[ 58 ] [ 62 ]}

1963年1月初旬、ブルネイ反乱に対応して1962年12月に到着した北ボルネオの軍部隊は、ラブアン島に拠点を置くボルネオ作戦部長（DOBOPS）であり、極東軍総司令官のデイビッド・ルース提督に直接報告していた、ボルネオ英国軍司令官（COMBRITBOR）ウォルター・ウォーカー少将の指揮下にあった。^{[ 63 ]}ルースは1963年初頭にヴァリル・ベッグ提督と定期的に交代した。 ^{[ 64 ]} 1963年半ば、通常はシンガポールの准将参謀長であるパット・グレニー准将が副DOBOPSとして到着した。

政治・軍事権限は、サラワクと北ボルネオの緊急委員会（植民地の最高司令官である知事を含む）にあった。ブルネイには、スルタンに責任を負う州諮問委員会があった。^{[ 65 ]}独立後、最高権限はクアラルンプールのマレーシア国防評議会に移り、サバとサラワクには州執行委員会が置かれた。軍事指導は、マレーシア軍参謀総長トゥンク・オスマン将軍と警察長官サー・クロード・フェナーが共同議長を務めるマレーシア国家作戦委員会から行われた。英国極東軍総司令官もメンバーであった。DOBOPSは定期的に会議に出席した。^{[ 66 ]}

ボルネオのイギリス軍には、サラワク西部、第1、第2、第3師団を担当するクチンの第3コマンドー旅団司令部と、東部、第4、第5師団、ブルネイ、サバを担当するブルネイの第99グルカ歩兵旅団司令部が含まれていた。^{[ 67 ]これらの司令部は、1962年後半にブルネイ反乱に対応してシンガポールから展開した。地上部隊は当初、通常マラヤ、シンガポール、香港に拠点を置くイギリスとグルカの歩兵大隊5個[ 68 ]}と装甲車中隊^{[ 69 ]}のみに限定されていた。警察はまた、警察野戦部隊の軽歩兵中隊をいくつか展開した。^{[ 70 ]}しかし、追加のリソースが利用可能になるにつれて、ウォーカーが利用できる部隊の規模は拡大し、1964 年末までにイギリス軍は約 14,000 人の兵力にまで増加し、3 つの旅団に編成された (1965 年に 4 つに増加)。^{[ 8 ]} DOBOPS の指揮下にある海軍の取り組みは、主にウォレス湾周辺の沿岸水域とより大きな内陸水路を哨戒する掃海艇によって提供された。警備艦(フリゲートまたは駆逐艦) がタワウ沖に配備された。^{[ 71 ]}

衝突前は、サバ州やサラワク州にイギリス軍部隊は駐留していなかった。紛争が進展するにつれて、より多くの部隊が必要となった。イギリス陸軍の派遣には3つのタイプがあった。極東に2年間駐留する部隊は、4ヶ月間の単回派遣を行った（これはオーストラリア軍とニュージーランド軍に適用された）。グルカ部隊（すべて極東に常駐）は、通常12ヶ月ごとに1回、6ヶ月間の派遣を行った。イギリスを拠点とする部隊（陸軍戦略司令部所属）は、マレー半島での6週間のジャングル戦訓練を含む12ヶ月間の派遣を行った。

ボルネオに最初に配備された航空部隊は、マラヤとシンガポールに駐屯する飛行隊からの分遣隊で構成されていた。これには、ツインパイオニアとシングルパイオニアの輸送機、おそらく2機か3機のブラックバーン・ビバリーとハンドレー・ページ・ヘイスティングスの輸送機、そして約12機の様々なタイプのヘリコプターが含まれていた。ウォーカーの最初の「課題」の1つは、RAFの中央集権的な指揮統制体制を縮小し、ボルネオでの作戦のための航空機の任務はシンガポールのRAF極東航空司令部ではなく、彼の司令部が行うよう主張することであった。^{[ 72 ]}マラヤとシンガポールに駐屯するその他多くの種類の航空機は、クチンとラブアンへの定期的な輸送支援を含め、必要に応じて出撃を行った。回転翼機による支援には、60機の海軍および空軍の兵員輸送ヘリコプターと、さらに40機の小型の陸軍型が含まれていた。^{[ 8 ]}

マレーシア国内の哨戒部隊は、当初は低空から哨戒部隊に物資を投下し、その後、密林地帯に着陸地点を確保した後は着陸して補給を行った。また、ジョン・シンプソン少佐の指揮の下、タワウではウェストランドSR.N5ホバークラフトの統合運用試験も実施された。

地上部隊と空軍部隊に加えて、1963年から1966年の間に、イギリス海軍、オーストラリア海軍、マレー海軍、ニュージーランド海軍、および王立補助艦隊から最大80隻の艦艇が投入された。^{[ 73 ]}これらの艦艇のほとんどは、インドネシアの反乱軍を阻止するために沿岸を哨戒する哨戒艇、掃海艇、フリゲート艦、駆逐艦であった。2隻のコマンドー空母のうちの1隻、HMSアルビオンとHMSブルワークも、シンガポールとボルネオの間で兵員、ヘリコプター、陸軍機を輸送する役割で、この紛争を通して投入された。^{[ 74 ]}

紛争の初期段階では、インドネシア軍は西カリマンタンの海岸沿い、国境から約200km （120マイル）離れたポンティアナックでズルキプリ中将の指揮下にあった。インドネシア将校に率いられたインドネシアの非正規兵は約1,500人と考えられており、正規軍と地元の防衛非正規兵の数は不明である。彼らは8つの作戦部隊に分かれて国境の全長にわたって展開し、主に第1師団と第2師団と対峙した。これらの部隊には「サンダーボルト」、「ナイトゴースト」、「ワールドスイーパー」などの名前が付けられていた。^{[ 75 ]}しかし、紛争が進展するにつれて、訓練と装備が不十分な「志願兵」は正規部隊に置き換えられた。^{[ 76 ]} 1964年末にかけて、カリマンタンの国境沿いに展開したインドネシア軍は大幅に増加し、1964年半ばの約2,500人から15,000人から30,000人にまで増加したと推定されている。^{[ 77 ]}  

インドネシア軍の封じ込めに役立った要因の一つは、情報活動の活用であった。英国陸軍通信隊はインドネシア軍の通信を傍受することに成功した。暗号は、シンガポールにある政府通信本部（GCHQ）の傍受基地に拠点を置く情報部隊によって解読された。その傍受基地の一つがRAFチアケン基地であり、 RAFチャンギ基地にあるRAF極東空軍司令部と直接接続されていた。この傍受によって得られた情報は、クラレット作戦の国境を越えた作戦計画の一部に利用された可能性がある。

ボルネオでの指揮権を掌握して間もなく、ウォーカー将軍はマラヤ非常事態での経験に基づき、成功のための要素を列挙した指令を発令した。

• 統合作戦（陸軍、海軍、空軍が完全に連携して作戦行動を行う）
• タイムリーかつ正確な情報（継続的な偵察と情報収集の必要性）
• スピード、機動性、柔軟性
• 基地の警備
• ジャングルの支配
• 人々の心をつかむこと（これは数か月後に追加された）。^{[ 78 ]}

ウォーカーは限られた兵力と長い国境という困難を認識し、1963年初頭にイギリスからSAS部隊の増援を受け、年中頃には別の部隊と交代した。SASが一時的に4人編成から3人編成のパトロールを採用したため、国境を綿密に監視することができなかった。歩兵部隊の監視網構築能力を高めることも不可欠と考えられた。

ウォーカーは、ブルネイ反乱から逃走するTNKU軍を阻止するために動員されたハリソンのケラビット部隊を基に、ボーダースカウトを編成した。彼はまた、マラヤ非常事態中に任務に就いていたサラワクレンジャーの知識と技能に加え、ロイヤルマリーンズの経験も活用した。これは5月にサラワク政府によって「補助警察」として承認された。ウォーカーは、ジャングルでの経験が豊富なグルカ将校のジョン・クロス中佐をこの任務に選んだ。第5師団のムラット山の僻地に訓練センターが設立され、主にSASが配置された。ボーダースカウトは歩兵大隊に配属され、地元の知識と大家族を利用して情報収集部隊へと発展した。^{[ 79 ]}さらに、マラヤ非常事態中に共産主義組織内の情報源の募集に非常に効果的であることが証明された警察特別支部が拡大された。^{[ 80 ]}

イギリス軍のジャングル戦術は、マレー危機において、狡猾で捉えどころのない敵に対抗するために開発され、磨き上げられた。彼らは、身軽に移動すること、敵に気づかれないこと、そして何日も補給なしで行動することを重視した。敵に気づかれないためには、静かに行動すること（手信号を使う、装備をガタガタ鳴らさない）と「無臭」であることが求められた。香りのついた化粧品は禁止されていた（優秀なジャングル戦士なら1キロメートル先からでも匂いを嗅ぎつけることができた）。また、調理臭を防ぐために、時には冷たいまま食事を摂ることもあった。

1962年頃、国民兵役の終了に伴い、イギリス歩兵大隊は3個ライフル中隊、支援中隊、兵站責任を担う本部中隊に再編成された。大隊本部には情報部が設けられた。各ライフル中隊は32名からなる3個小隊で構成され、軽機関銃と自動小銃を装備していた。支援中隊には、6門の中型迫撃砲（ 1965年末頃に81mm迫撃砲に置き換えられるまでは3インチ迫撃砲）を装備した迫撃砲小隊があり、3個分隊に編成されていたため、必要に応じて小隊をライフル中隊に配属することができた。同様に編成された対戦車小隊と突撃工兵小隊もあった。機関銃小隊は廃止されたが、各中隊が携行する持続射撃キットを備えた7.62mm汎用機関銃の配備が間近に迫っており、中型機関銃の能力が提供される予定だった。その間、ビッカース機関銃は引き続き使用可能であった。新編成における革新は、大隊偵察小隊の編成であり、多くの大隊では「選りすぐりの兵士」からなる小隊であった。 ^{[ 81 ]}ボルネオでは、迫撃砲は通常ライフル中隊に配備され、一部の大隊は残りの支援中隊を別のライフル中隊として運用した。

基本的な活動は小隊パトロールであり、これは作戦全体を通して継続され、パトロール隊はヘリコプターで展開され、必要に応じてロープで出入りした。移動は通常一列縦隊で、先頭の小隊は交代したが、2人の先導斥候、その後ろに指揮官、そして残りの隊員が火力支援グループとして編成された。「正面接触」（または「後方接触」）や「左翼待ち伏せ」（または「右翼待ち伏せ」）の戦闘訓練は高度に発達していた。地図が不十分であったため、ナビゲーションが重要であったが、ボルネオの国境斥候隊の現地知識が不十分な地図を補った。そのため、待ち伏せの可能性や地雷の可能性がない限り、時には轍が使用された。川などの障害物の横断も戦闘訓練として扱われた。夜間は、小隊は全方位防御を備えた密集陣地に潜伏した。

移動しながらの接触は常に可能であった。しかし、攻撃行動は通常、キャンプへの攻撃か待ち伏せの2つの形態をとった。キャンプに対処する戦術は、部隊をキャンプの背後に回り込ませてから正面に突撃することであった。しかし、待ち伏せは恐らく最も効果的な戦術であり、何日も継続することができた。待ち伏せは、特にボルネオ島の一部では、道路や水路を標的とした。道路での待ち伏せは、10～20メートル（11～22ヤード）の近距離で行われ、殺傷範囲は通常、標的の予想される戦力に応じて20～50メートル（22～55ヤード）であった。コツは、標的が待ち伏せエリアに入ったときに気づかれずに、一斉に発砲することであった。    

作戦前半の火力支援は限られていた。105mmパック榴弾砲を装備したコマンド軽砲兵中隊が1963年初頭にブルネイに展開したが、ブルネイ反乱の掃討作戦が終わると数か月後にシンガポールに戻った。マレーシア建国後のインドネシアの攻撃の激化にもかかわらず、火力支援の必要性はほとんど見られなかった。砲の射程が限られていること（10km ）、ヘリコプターの利用可能性が限られていること、そして国土の広さから、適切な場所に適切なタイミングで砲兵を配置することが困難だった。しかし、マレーシアに駐屯していた2個連隊のうちの1個中隊が1964年初頭から中頃にかけてボルネオに戻った。これらの中隊は対立が終わるまで交代で配置された。1965年初頭には、英国を拠点とする完全な連隊が到着した。3インチ迫撃砲は射程が短く重量も大きかったため、ほとんど役に立たなかった。  

砲兵は新たな戦術を採用せざるを得なかった。ほぼすべての砲は、中隊または小隊基地内に単砲分隊として配備された。分隊は砲兵隊の下級将校、准尉、または軍曹のいずれかが指揮した。分隊は約10名で構成され、独自の射撃管制を行った。侵入への対処や支援作戦の必要に応じて、ウェセックスまたはベルベデアヘリコプターで吊り下げられて移動した。前線観測員は不足していたが、通常の歩兵クラレット作戦には常に同行し、特殊部隊の作戦には時折同行していたようである。しかし、砲兵観測員は、既知の侵入を追跡していて砲が射程内にある場合を除き、サバ州とサラワク州内のパトロールに同行することはほとんどなかった。観測班はほぼ常に将校が率い、わずか2、3名で構成されていた。

通信は問題だった。無線機は小隊内では使用されず、後方でのみ使用された。通信範囲は、携帯型VHF無線機（AN/PRC 9および10のコピーであるA41およびA42）の能力を常に超えていたが、戦術的に可能な場合は中継局や再送信局の使用が役立った。パトロール基地では、第二次世界大戦時代のHF No 62セット（操作パネルに英語とロシア語のラベルが付いているのが特徴）を使用することができた。1966年に携帯型A13が到着するまで、唯一の軽量HF無線機はオーストラリア製のA510だったが、これは音声通信はできず、モールス信号のみだった。

イギリスの心理作戦

暴露された情報の中には、スカルノ大統領を失脚させる決定はハロルド・マクミラン首相 によってなされ、その後ハロルド・ウィルソン首相の下で実行されたという外務省の匿名の情報源が含まれていた。暴露によると、英国は「コンフロンタシ」政策の発表ですでに警戒感を抱いていた。^{[ 82 ]} 1962年の中央情報局の覚書には、マクミランとジョン・F・ケネディ米大統領がマレーシアとの対立が拡大する可能性にますます警戒感を抱き、「状況と利用可能な機会に応じてスカルノ大統領を抹殺する」ことで合意したことが示されていたと主張されている。^{[ 83 ]}

英国外務省とMI6の対立における役割は、 1997年からインディペンデント紙に掲載されたポール・ラシュマーとオリバー・ジェームズによる一連の暴露記事で明らかにされ、軍事史や諜報史に関する専門誌でも取り上げられている。政権を弱体化させるため、英国外務省情報調査部（IRD）は英国軍と連携して心理作戦（サイオプス）を調整し、インドネシア共産党（ PKI）、華人系インドネシア人、そしてスカルノを悪く見せる黒プロパガンダを流布した。これらの取り組みは、マラヤ非常事態における英国の心理作戦の成功を再現することを目的としていた。

これらの取り組みはシンガポールの英国高等弁務官事務所から調整され、BBC、AP通信、ニューヨーク・タイムズはインドネシアの危機に関する記事をシンガポールから送った。当時シンガポールにいたBBC特派員のローランド・チャリスによると、スカルノがジャーナリストの入国を拒否したため、ジャーナリストはIRDによる操作を受けやすかった。「奇妙なことに、スカルノは特派員を国外に締め出すことで、彼らを公式ルートの犠牲者にした。なぜなら、得られる情報のほとんどはジャカルタの英国大使からのものだったからだ。」^{[ 82 ]}これらの操作には、共産主義者がジャカルタ市民を虐殺する計画を立てているとBBCが報じることも含まれていた。この告発は、IRDの宣伝専門家であるノーマン・レダウェイが仕掛けた偽造に基づいていた。彼は後にジャカルタ駐在の英国大使、サー・アンドリュー・ギルクリストへの手紙で、「世界中に広まり、また戻ってきた」と自慢し、「BBCを通じてほぼ瞬時にインドネシアに送り返された」と述べている。^{[ 84 ]}ギルクリスト自身も1965年10月5日に外務省に、「インドネシアでのちょっとした銃撃が効果的な変化の不可欠な前段階となるという私の信念を、私はあなた方に隠したことはない」と伝えている。^{[ 85 ]}

2000年4月、当時国防大臣であったデニス・ヒーリーは、この時期にIRDが活動していたことを確認した。彼はMI6の関与を公式に否定し、英国が陸軍の右派に武器を供与していたことについて「個人的には知らなかった」と否定したが、そのような計画があったならば「間違いなく支持しただろう」とコメントした。 ^{[ 86 ]} MI6はIRD（MI6の事務所と見なされていた）の使用によりこの計画に強く関与していたが、英国政府はMI6自身の関与を公式に否定しており、関連する文書は内閣府によってまだ機密解除されていない。^{[ 86 ]}

イギリス陸軍

1963 年初頭、ブルネイ反乱の余波の中、イギリス陸軍第 22 特殊空挺部隊連隊の 1 個飛行隊が、インドネシアの侵入に関する国境地帯の情報を収集するため、ボルネオに派遣された。^{[ 87 ]}作戦終了までイギリス陸軍は駐留していた。1,563キロメートル (971マイル)の国境を前に、あらゆる場所に駐留することは不可能であり、この時点では第 22 SAS には 3 個飛行隊しかなかった。また、王立海兵隊コマンドーの特殊舟艇部隊 (SBS) も駐留していた。彼らはシンガポールに 2 つのセクションを拠点としていた。^{[ 88 ]}第 22 SAS の戦術本部が 1964 年にクチンに派遣され、すべての SAS および SBS 作戦を統制した。^{[ 89 ] [ 90 ]} SASとSBSの人員不足は、南アラビアでの彼らの必要性によってさらに悪化した。多くの点で、狡猾で攻撃的な敵を相手に困難な状況下での、はるかに厳しい任務であった。 

解決策は、ボルネオに新しい部隊を編成することだった。ボルネオで最初に投入されたのは、第16落下傘旅団の先導部隊として既に存在していた近衛独立落下傘中隊の先導小隊だった。次に、グルカ独立落下傘中隊が編成された。^{[ 91 ]} SBSの一部も使用されたが、主に水陸両用任務のためだった。^{[ 92 ]}最後に、落下傘連隊大隊がパトロール中隊を編成した（第2大隊のC中隊と第3大隊のD中隊）。^{[ 93 ]} 1965年にオーストラリア政府とニュージーランド政府が自国の部隊をボルネオで使用することに同意したことで状況は緩和され、オーストラリアとニュージーランドのSAS中隊がボルネオで交代で活動できるようになった。^{[ 94 ]}

SASの活動は主に4人1組のチームによる秘密偵察と監視パトロールであった。しかし、SBSによる水陸両用作戦を含む、より大規模な襲撃作戦もいくつか行われた。クラレット作戦が承認されてからは、ほとんどの作戦はカリマンタン島内で行われたが、1964年初頭頃からはクラレット作戦以前にも国境を越えて作戦を行っていた。^{[ 95 ]}

1965年末までに、紛争は膠着状態に陥った。新たに選出されたフィリピン大統領フェルディナンド・マルコスは緊張緩和に熱心で、前任者とは異なり、北サバの領有権主張をそれほど熱心に追求しなかった。その際、新政府はマレーシア連邦を承認する計画を立てた。2月5日、フィリピンはインドネシアに対し、クアラルンプールとの関係正常化を前日に通知すると発表した。完全に孤立したスカルノは、演説でマルコスの行動を非難し、マニラを大いに驚かせた。スカルノの演説は、対決を支持する新たな波を引き起こし、青年団体や宗教団体はマルコスの計画を非難した。^{[ 96 ]}

「マルコスがマレーシアを支援したいなら、それは彼の勝手だが、我々はたとえ単独で戦わなければならないとしても、マレーシアを徹底的に叩き潰し続けるだろう。」

インドネシア国内の政治闘争を経て、1965年に対立は緩和し始めた。1965年10月1日、インドネシア共産党（PKI）によるクーデター未遂事件で、数名の陸軍高官が誘拐され殺害されたが、スハルト将軍率いる軍によって速やかに鎮圧された。ナスーション将軍は、誘拐犯から間一髪で逃れた。その後の混乱の中で、スカルノはスハルトにジャカルタとそこに駐留する軍の緊急指揮権を委ねることに同意した。クーデター未遂の責任はインドネシア共産党（PKI）に帰せられ、その後数週間から数ヶ月にわたり、ジャカルタとインドネシア全土でPKI党員や同調者の投獄とリンチのキャンペーンが勃発した。^{[ 97 ]}ジャカルタとインドネシアにおけるスハルトの権力掌握が微妙なバランスを保つ中、インドネシアによる東ボルネオへの浸透作戦の規模と激しさは緩和し始めた。^{[ 98 ]}

しかしながら、クラレット作戦は継続され、3月にはグルカ大隊がカリマンタンへの2回の襲撃中に、作戦中最も激しい戦闘のいくつかに参加した。^{[ 99 ]}インドネシア軍による小規模な行動は国境地帯で継続され、 中央旅団の105mm砲陣地に対する対砲兵射撃の試みも含まれていた（地元住民の報告によると、イギリス軍の反撃によりインドネシア軍の砲（76mm砲と思われる）がひっくり返ったという ）。

この指導者交代後、インドネシアの対立継続への関心は低下し、軍事活動は縮小した。^{[ 100 ]} 1964年から1965年にかけて日本、タイ、フィリピンが仲介を試みたが失敗に終わった。1966年4月、インドネシアの新指導部は和平交渉への意欲を示し始め、正式に交渉が開始された。

インドネシアの政治的混乱が安定し始めたのと同時に（インドネシアはイギリス人捕虜を捕らえるための大規模なRPKAD作戦を中止していた）、RPKADはPGRSと連携してサバ州とサラワク州にゲリラ部隊を設立した。サバ州での活動は国境を越えることはなかったが、2つのグループが2月と5月にサラワク州に入り、地元の同調者から支援を得た。最初のグループは、何度かの接触で損失を出したにもかかわらず6月まで持ちこたえ、コンフロンタシの終結を知って脱出した。2番目のグループの生存者も、オーストラリア軍と接触した後、インドネシアに帰還した。^{[ 101 ]}

インドネシア軍の最後の侵攻は5月と6月に行われた。中央旅団にかなりの規模の部隊が侵入している痕跡が発見された。これは約80名の兵力で、ほとんどが志願兵であり、ソンビ中尉（またはスンビ）と第600襲撃中隊のチームが率いていた。彼らはブルネイに向けて急速に進軍し、第1/7グルカ連隊が追跡して待ち伏せ攻撃を仕掛けた。ほぼ全員が死亡した。これに対し、最後のクラレット作戦が開始され、第38軽砲兵中隊による砲撃待ち伏せ攻撃が成功した。

5月28日、バンコクでの会議で、マレーシア政府とインドネシア政府は紛争の終結を宣言した。しかし、スハルトが（スカルノではなく）インドネシアを完全に掌握しているかどうかは不明であり、ボルネオでの警戒を緩めることはできなかった。6月までに、マレーシアの副首相トゥン・アブドゥル・ラザクとインドネシアのアダム・マリク外務大臣 の会談を経て、両国は和平合意に原則的に合意した。^{[ 97 ]}

スハルトの協力により、8月11日に和平条約が署名され、2日後に批准され^{[ 8 ]} 、宣戦布告なき戦争は終結した^{[ 102 ] [ 103 ] [ 104 ]} 。この条約は、敵対行為の停止、外交関係の即時回復、そしてサバ州とサラワク州の人々が民主的なプロセスを通じてマレーシア国内での地位を再確認する機会を規定していた。

イギリス連邦軍はボルネオ島に最大1万7000人を配備し、さらに1万人がマラヤとシンガポールに配備可能であった。^{[ 8 ]}

イギリス連邦軍の死傷者は合計280名が死亡、180名が負傷し、その大多数はイギリス人であった。^{[ 8 ]}グルカ兵の死傷者は43名が死亡、83名が負傷し、その他のイギリス軍の死傷者は19名が死亡、44名が負傷した。オーストラリア軍の死傷者は16名が死亡（うち7名は戦闘で死亡）、9名が負傷した。ニュージーランド軍の死傷者は7名が死亡、さらに7名が負傷または負傷した。^{[ 112 ] [ 113 ]}残りの死傷者はマレーシア軍、警察、国境警備隊の死傷者であった。イギリス軍の死傷者の多くはヘリコプター事故で発生し、その中にはベルヴェデーレの墜落事故も含まれ、この事故では数名のSAS司令官と外務省職員（おそらくMI6のメンバー）が死亡した。ウェセックスの衝突事故で第2落下傘大隊の数名が死亡し、1964年7月16日、クルアン飛行場近くでウェストランド・スカウトの墜落事故が発生し、陸軍航空隊第656飛行隊の乗員2名が死亡した。最終的に、1966年8月時点で、イギリス兵2名とオーストラリア兵2名が行方不明で死亡したと推定されており、オーストラリア兵（いずれもSASR所属）は増水した川を渡っている最中に溺死した可能性が高い。^{[ 114 ]}約20年後、海兵隊員の遺体が回収された。合計で民間人36名が死亡、53名が負傷、4名が捕虜となり、そのほとんどが地元住民であった。^{[ 8 ]}

インドネシア側の死傷者は、死者590人から2300人、負傷者222人、捕虜771人と推定されている。^{[ 8 ] [ 115 ]}

作戦中の功績により、多数の英連邦軍兵士に武勲勲章が授与された。ただし、殊勲飛行十字章や海軍の勲章は授与されなかった。

紛争に関与したインドネシア軍または警察の全職員には北ボルネオ軍事作戦勲章（サティヤランチャナ・ウィラ・ダルマ）が授与され、^{[ 116 ] [ 117 ]} 2人のインドネシア海兵隊員（ウスマンとハルン）はインドネシアの国家英雄として称えられた。