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ダーウィンの理論の着想は、 チャールズ・ダーウィンがビーグル号の調査航海から帰還した直後の多忙な時期に起こった。彼はすでに化石収集家および地質学者としての名声を確立していた。父親から聖職者ではなく博物学者になるための手当を与えられ、最初の仕事は、自分の収集品を記述してくれる適切な専門家を探し、航海日誌と考察を執筆し、ロンドン地質学会に研究成果に関する論文を発表することだった。
ダーウィンが地質学に足を踏み入れた当初、解剖学者のリチャード・オーウェンは化石に関する報告で、絶滅した種が同じ地域の現存する種と関連していることを示し、鳥類学者のジョン・グールドはガラパゴス諸島の鳥類標本が単なる変種ではなく、場所に関連した明確な種のものであることを示した。これらの点から、ダーウィンは種の変異が起こっているに違いないと確信し、赤いノートに最初の進化論的な考えを書き留めた。彼は「変化する世界に適応し、種を変容させる」ために子孫に変異が生じるという推測から具体的な変異ノートを始め、単一の進化系統樹の「不規則に分岐した」系譜の概略図を描いた。
動物園でオランウータンを観察したことで、その表情が人間に似ていることに気づき、ビーグル号の航海で抱いた、人間と動物の間にはほとんど隔たりがないという考えが確信に変わった。彼は動物の繁殖について調査し、自然が弱者を淘汰し、適者を残すのと似ている点を発見した。農家は繁殖用の動物を意図的に選別し、「千の中間形態」を経て子孫が大きく変化した。本能や精神的特性についての彼の推測は、習慣、信念、表情が進化してきたことを示唆しており、社会的な意味合いについても考察した。これが彼の「最大の趣味」であったが、膨大な仕事量に苦しみ、病気にも悩まされるようになった。仕事から一時的に離れると、結婚を考えるようになったのは従姉妹のエマ・ウェッジウッドだった。
マルサスと自然法則に関する文献を読んだことで、彼はマルサスの社会思考の論理、すなわち施しのない生存競争という考え方を自身の研究に適用し、「ついに研究の基盤となる理論を手に入れた」。彼はエマにプロポーズし、受け入れられた。彼の理論では、育種家が形質を選択することを、 「偶然」によって生じた変異体からの自然選択になぞらえ、裏付けとなる情報を求めて田園地帯に目を向け続けた。1839年1月24日、彼は王立協会のフェローに選出され、29日にエマと結婚した。その後、ダーウィンの理論が発展した。
ダーウィンは、生物の種が時間の経過とともに変化する可能性があると最初に提唱した人物ではなかった。ダーウィンは『種の起源』第3版で、変異を伴う子孫あるいは自然選択について書いた先人たちの歴史的概略を記しており、その中には1859年の『種の起源』出版後に初めて知った人物も含まれている。彼の記述は主に19世紀の著者たちを扱っており、「古典期からビュフォンの時代までの著者たち（私は彼らの著作に精通していない）はさておき、この主題に関する結論で大きな注目を集めた最初の人物はラマルクであった」と述べている。しかし、脚注では、祖父のエラスムス・ダーウィン博士、ゲーテ、ジェフロワ・サンティレールが1794年から1795年にかけて種の起源について同じ結論に達し、ラマルクに先んじていたことを指摘している。[ 1 ]
ユニテリアン派の家庭で幼少期を過ごした後、チャールズ・ダーウィンは自然史への関心を深めていった。エディンバラ大学では、ロバート・エドマンド・グラントの教え子として、ラマルクとエラスムス・ダーウィンの相同性に関する共通祖先説の先駆的な研究に携わったが、同時に、こうした理論がいかに物議を醸し、厄介なものであるかも痛感した。ロバート・ジェイムソンの講義では、ダーウィンは地層地質学を学び、最後は「動物の種の起源」に関する講義で締めくくった。ケンブリッジ大学クライスト・カレッジで聖公会の聖職者になるための勉強をしていたダーウィンは、甲虫の採集に熱中し、その後、ジョン・スティーブンス・ヘンズローの植物学の講義で才能を発揮した。彼は、自然界における「設計」の複雑さが神の創造主としての役割を証明するという目的論的議論を展開したペイリーの自然神学、そして、創造は科学が発見できる法則によるものであり、断続的な奇跡によるものではないというペイリーとジョン・ハーシェルの見解に感銘を受けた。アダム・セジウィックの地質学の授業と、ウェールズでの地層マッピングの夏季実習を通して、地球上の生命は遥か昔に遡るということが強調された。
その後、ビーグル号での航海中に、ダーウィンはチャールズ・ライエルの漸進的な地質学的過程に関する斉一説（ダーウィンがビーグル号に持参したライエルの『地質学原理』を参照）に確信を持つようになり、様々な創造論が彼が見た証拠にどのように適合するのかについて頭を悩ませた。しかし、ダーウィンはビーグル号の航海中に進化論を思いついたわけではなく、後に次のように述べている。
周囲の環境条件の作用も、生物の意志（特に植物の場合）も、あらゆる種類の生物がそれぞれの生息環境に美しく適応している無数の事例を説明できないことは、同様に明らかだった。例えば、キツツキやアマガエルが木に登る様子、あるいは種子が鉤や羽毛で散布される様子などである。私はこうした適応に常に感銘を受けており、これらが説明できるまでは、間接的な証拠によって種の変異を証明しようとするのはほとんど無意味に思えた。
ビーグル号が帰港した際、1836年10月2日にコーンウォールのファルマスに停泊した。その嵐の夜、ダーウィンは郵便馬車に乗って、シュロップシャー州シュルーズベリーにある実家、マウント・ハウスへ2日間かけて旅に出た。彼は10月4日の夜遅くに到着した。[ 2 ]そして、最後の訪問で馬車に乗ったので、[ 3 ]真夜中に家族を起こすよりはライオン・コーチ・インで寝ようと思った。[ 4 ]彼は朝食で家族に挨拶し、家族や国の近況を聞き始めた。「イングランド全体が変わってしまったようだ」。改革法案は、保守党のウェリントン公爵が言うところの、まともな保守党の英国国教会信者からホイッグ党の製造業者、商店主、無神論者への権力の移行をもたらした。教養のある人々は、人口が資源を上回るというトーマス・マルサスの著作について議論していた。反対派からは「貧困層を国外移住させ、低賃金で働かせ、粗末な食料で生活させることを目的としたマルサス主義的な法案」と評された新救貧法が施行され、暴動や放火にもかかわらず、南部諸州に救貧院が建設された。政府はまだロンドンや工業地帯の北部にはこうした措置を導入する勇気はなく、不況は大量失業の脅威をもたらしていた。
ダーウィンはヘンズローに「喜びと混乱でまだ浮かれています…たくさんの点であなたの助言が欲しいのです。まさに夢見心地です」と手紙を書き、10月15日にはケンブリッジへ行き、ビーグル号探検で集めた標本の記述と目録作成の整理についてヘンズローとセジウィックから助言を求めた。ヘンズローは植物を担当し、ダーウィンはロンドンの著名な博物学者たちに紹介されたが、彼らはすでに他の仕事で忙しいだろうと警告された。
チャールズはその後、ロンドンの兄エラスムスのもとに滞在した。そこは、下水道やガス灯の設置のために街全体が掘り返されている一方で、科学機関が改修工事の真っ最中だった。彼は大英博物館、王立外科医師会、リンネ協会、動物学会、地質学会を訪ね歩き、専門家たちに自分のコレクションを引き受けてもらおうと奔走した。ヘンズローは、ビーグル号探検隊の際に、選抜された博物学者たちに送り返された化石標本へのアクセスを許可したり、ケンブリッジ哲学協会でヘンズロー宛の手紙からの抜粋を読み上げたりすることで、かつての教え子の名声をすでに確立していた。ケンブリッジ哲学協会はそれを私的に印刷して配布した。一方、ダーウィンの手紙からの地質学的なメモは、地質学会のセジウィックによって要約され、その抜粋が雑誌に掲載された。ダーウィンは「科学界の教授たちの間で大いに羽目を外して」おり、チャールズ・バンバリーの報告によれば、「彼はあらゆる収集家のようで」、「大物教授たちを驚かせて」新種を発見していた。地質学者たちは岩石標本をすぐに引き受けたが、動物学者たちはすでに処理しきれないほどの標本を受け取っていた。民主主義者たちが、フランスの研究所のように貴族的なアマチュアを専門的な給与制の科学者に置き換える改革を主張したため、彼らの組織は混乱に陥っていた。動物学会では、改革派を率いたのは、エディンバラ時代からのダーウィンの家庭教師、ロバート・エドマンド・グラントであった。ダーウィンは父親から手当と株券を受け取っており、年間約400ポンドの収入があり、ケンブリッジのアマチュア聖職者「科学界の教授たち」に共感していた。
地質学者のチャールズ・ライエルは、 1836年10月29日にダーウィンを夕食に招待した。夕食の席でライエルはダーウィンの話（ライエルの斉一説を支持する内容だった）に熱心に耳を傾け、彼をリチャード・オーウェンとウィリアム・ブロデリップに紹介した。二人は保守党員で、ちょうどグラントを動物学会の役職から追放する投票に関わっていた。オーウェンは急速にグラントを凌駕し、国内屈指の解剖学者となっていた。ダーウィンはオーウェンの王立外科医師会を訪ね、オーウェンはアルコール漬けの動物標本と化石の骨の研究を引き受けた。オーウェンはダーウィンの熱意に共感していた。彼は「エネルギーの組織化」というドイツの思想の支持者であり、グラントの進化論に猛烈に反対していた。この頃、グラントはコレクションの目録作成を手伝おうと申し出た数少ない人物の一人だった。ダーウィンは、ケンブリッジの友人たちを非難する評判の悪い急進派と関わりたくなかったため、その申し出を断った。
11月12日、ダーウィンはメア・ホールに住むウェッジウッド家の親戚を訪ね、彼らはダーウィンに日記を基にした旅行記を出版するよう勧めた。このアイデアは、ダーウィンが実家を訪れた際に姉妹たちが思いついたものだった。
12月2日、彼はロンドンに戻り、標本の買い手を探し始めた。爬虫類にはトーマス・ベルとウィリアム・バックランド牧師が興味を示した。ダーウィンの名声は巨大哺乳類の化石によって築かれつつあった。オーウェンの最初の驚くべき発見は、モンテビデオから190kmを疾走する旅の途中で、メルセデス近郊でダーウィンが約2シリングで購入した、長さ710mmのカバほどの大きさの 化石の頭蓋骨が、巨大なカピバラに似た絶滅した齧歯類のような生き物のもので、オーウェンはそれをトクソドンと名付けた。ダーウィンは妹のキャロラインに「化石からは素晴らしい宝物が次々と出てきている」と書き、トクソドンについては「サイほどの大きさの頭部がもう一つあり、推測する限りでは、それは齧歯動物だったに違いない。ネズミやウサギがそんな大きさだったらどうなるか想像してみてほしい。当時、どんなに有名なネコ科動物がいただろうか！」と書いた。[ 5 ]外科医協会は化石のレプリカを主要な科学機関に配布した。
ダーウィンは、兄エラスムスの恋人で文学者でありホイッグ党員のハリエット・マーティノーを訪ねた。マーティノーは平等主義を強く主張し、その著作でトーマス・マルサスの思想を広めていた。この頃、彼女は『アメリカ社会』を執筆中で、その中でナイアガラの滝を訪れた際に見た地質学的な「世界形成の過程」について論じていた。[ 6 ]ダーウィンはそこで1時間近く座っていた。「彼女はとても感じが良く、限られた時間の中で実に多くの話題について話してくれた。私は彼女がそれほど醜くないことに驚いたが、私には、彼女は自分の計画、自分の考え、自分の能力に圧倒されているように見えた。エラスムスは、彼女を女性として見てはいけないと言って、この状況を和らげた。」[ 7 ]チャールズ・ダーウィンは、1838年8月前半に彼女の著書『道徳とマナーの観察方法』を読んだとノートに記している。彼はマルティノーの文化相対主義に触発され、道徳は文化の影響を受けるだけでなく、遺伝によって形成される社会的本能でもあると結論づけた。「これはおそらく、人間が鹿などと同様に社会的な動物であることの自然な結果であり、この良心または本能は最もしっかりと固定されているかもしれないが、他のものが移植されるのを防ぐことはできないだろう。」[ 8 ]彼女は後に自伝の中で、チャールズを「単純で、子供っぽく、勤勉で、有能」だったと回想している。[ 9 ]
「汚くて忌まわしいロンドン」での生活に不満を抱いていたダーウィンは、12月13日にケンブリッジに戻り、チリの海岸と南米大陸がゆっくりと隆起していることを示す最初の論文を書き、ライエルと自分の考えについて議論した。ライエルを喜ばせたのは、ダーウィンが隆起する大陸と沈下する山々がサンゴ礁の環礁の基盤を形成しているという点についてさらに議論を進めたことだった。さらに、ダーウィンのノートの同時期の記述によると、彼はライエルと、後に出版されることになるライエルの原稿『地質学の要素』（1838年）について議論した。ライエルの地質学的発見、特に地球の年齢の推定は、ダーウィンが種の変異に関する考えをまとめる際に役立った。[ 10 ]
ダーウィンは1837年1月4日、地質学会で論文を発表するため、一時的にロンドンに戻った。デビューに緊張していたダーウィンだったが、講演は大変好評で、「自分の尾羽を眺める孔雀のようだった」という。同日、ダーウィンは動物学会に哺乳類80点と鳥類450点の標本を提出した。哺乳類の標本はジョージ・R・ウォーターハウスが巧みに扱った。
鳥類はほとんど後付けのように思われたが、鳥類学者のジョン・グールドがそれらに取り組み、ガラパゴス諸島の標本の重要性にすぐに気づいた。彼は1月10日の次の会合で、ダーウィンがミソサザイ、クロウタドリ、わずかに異なるフィンチと考えていたものが、「非常に特異な一連の地上フィンチ」であり、「まったく新しいグループ」である11種を形成していると驚くべきことに明らかにした。現在「ダーウィンのフィンチ」と呼ばれるものの話は日刊紙で報道されたが、ダーウィンはケンブリッジにいて、この時点では詳細を知らなかった。会議の議事録では、その数は12種に拡張された。[ 11 ]
オーウェンは化石から予想外の関係性を発見していた。その中には、アリクイと近縁と思われる馬サイズのスケリドテリウム[ 5 ]、巨大な地上ナマケモノ、そしてグリプトドンと名付けたウシサイズの装甲アルマジロが含まれていた。ダーウィンがマストドンのものかもしれないと考えていたポート・セント・ジュリアン産のパタゴニアの脊椎と脚の骨は、どうやら巨大なグアナコかラマ、あるいはラクダのもので、オーウェンはそれをマクラウケニアと名付けた。ライエルは、各大陸で哺乳類が同種の動物に置き換えられる「継承の法則」を見出し、2月17日に地質学会の会長講演で、ダーウィンの化石に関するオーウェンのこれまでの発見を発表し、絶滅した種が同じ地域の現在の種と関連しているという推論を指摘した。彼はダーウィンを招待し、その講演は、なぜ同じ場所に生息する過去と現在の種がこれほど密接に関連しているのかという疑問にダーウィンの注意を向けさせた。同じ会合で、ダーウィンは協会の評議員に選出された。ライエルにとってこれは「私の地質学者協会への素晴らしい追加」であり、紳士（そして独立した財力を持つアマチュア）であり、科学的誠実さ、社会の安定、そして責任ある宗教のみに義務を負う人々であった。ダーウィンにとっては、地球の年齢と創造の日々を扱う科学を発展させている、尊敬すべき著名な地質学者のエリートに加わることを意味した。
ダーウィンはすでにフィッツロイから、ビーグル号の航海の記録の自然史のセクションとして、野外調査の記録に基づいた日誌を寄稿するよう依頼されており、このことで3月13日から9月末まで完全に忙しくなった。[ 12 ]また、南米の地質に関する本の執筆にも没頭し、2年前に着手した大陸に関する複数巻の記述の中でアルシド・ドルビニが提唱していた、山脈形成の激変説に対抗して、自身とライエルの考えを提示した。
2月27日月曜日、ダーウィンはケンブリッジ哲学協会で、マルドナドの砂丘で発見したガラス管について講演し、雷が砂を溶着させたものだと説明した。[ 13 ]
ダーウィンはコレクションを管理するためにロンドンに戻らなければならず、ライエルの助言に従って、1837年3月3日金曜日に到着し、チャールズ・バベッジの土曜日のパーティーに間に合うように計画した。このパーティーには「おしゃれな女性たち、文学者や科学者の紳士たち」や「美しい女性たち」、銀行家や政治家が華やかに参加し、バベッジは機械式計算機などのプロジェクトを宣伝していた。[ 13 ]最初はダーウィンはエラスムスの家に滞在し、日記（後に書き起こされたもの）には引っ越しの日付を1837年3月6日と記している。13日には近くの下宿に移り、マルティノーやヘンズリーを含むエラスムスの友人たちの輪に加わり、ライエル、バベッジ、トーマス・カーライルなどの客との親密な夕食会を楽しんだ。[ 14 ]
詳細な調査結果について話し合う最初の会合で、グールドはダーウィンに、ガラパゴス諸島の異なる島に生息するマネシツグミは単なる変種ではなく別種であり、フィンチのグループには「ミソサザイ」が含まれると伝えた。[ 15 ] 2種のレアも別種であり、3月14日にグールドがロンドン動物学会でこの発見を発表した際、ダーウィンも同席し、2種のレアの分布が南下するにつれてどのように変化するかについての論文を発表した。[ 16 ]
ダーウィンは、発表されたものか私的なものかを問わず、自分の理論が同時代の科学者たちの受け入れられた科学的方法論に完全に準拠していることを確認することに気を配っていた。科学協会や非公式の夕食会で、彼はこの分野の二人の権威、ジョン・ハーシェルとウィリアム・ヒューウェルと方法論について議論した。[ 17 ]
科学界では自然神学の思想が盛んに議論されていた。ハーシェルはライエルへの手紙の中で、「絶滅した種が他の種に取って代わられるという、謎の中の謎」について書いていた。この考えは広く知れ渡り、科学者たちは自然法則を通して答えを探し、場当たり的な奇跡を説明として拒否するというハーシェルのアプローチを共有した。 [ 18 ]チャールズ・バベッジは、第九ブリッジウォーター論文（1837年）の中で、そのような法則をプログラムする者のような「自然の神」についての見解を表明した。[ 19 ] ダーウィンの自由思想家の弟エラスムスはこのホイッグ党のサークルの一員であり、作家ハリエット・マーティノーの親友でもあった。マーティノーは、福祉が人口過剰とさらなる貧困を引き起こすのを防ぐために物議を醸したホイッグ党の救貧法改革（1834年）の根底にあるマルサス主義を推進したが、この改革は当時、新しい救貧院への反対に直面して断片的に実施されていた。ユニテリアン派のマルティノーは、グラントや一部の医師が提唱した種の変異という急進的な意味合いを歓迎したが、ダーウィンの英国国教会の友人たちはそれを社会秩序への脅威とみなし、忌まわしいものとした。種の変異は人間と動物の本質的な区別を脅かし、進歩的な進歩を意味し、下層階級が貴族の支配者の特権を切望できる可能性を示唆していた。[ 20 ]
ロンドンの教育病院を支配していた医療機関（王立外科医師会を含む）は、英国国教会信者に限定され、完璧な動物の設計を、神から与えられた地位と特権という自分たちの考えを裏付ける自然神学の証拠とみなす貴族階級によって支配されていた。1820年代以降、多数の私立医学校が新設のロンドン大学に加わり、種の変容と両立する計画の統一性に基づくジェフロワ・サンティレールの「哲学的解剖学」を導入し、漸進的改善の考えを暗示し、民主主義に対する急進的な要求を支持した。この解剖学はすでにパリからエディンバラの医学校に広まっており、ロンドンの新設の医学校はグラントを含むスコットランド人を惹きつけた。トーマス・ウェイクリーの『ランセット』（1823年にウィリアム・コベットとウィリアム・ローレンスの支援を受けて創刊。ローレンスは1819年に進化論の考えを発表し、王室から冒涜罪で訴追された）など、多くの雑誌がこれらの急進的な考えを宣伝していた。これに対し、医学界は、ドイツの自然哲学とプラトン主義的観念論の生命主義に基づき、解剖学的形態を神の精神における「原型」とみなし、伝統的な階層に従って神の権威の「降下」的委任の力によって課せられたと考えるジョセフ・ヘンリー・グリーン（1791-1863）と彼の若い弟子リチャード・オーウェン（1804-1892）の観念論的生物学を支持した。[ 21 ]
1836年、ダーウィンはビーグル号の航海の最終段階である5月から9月25日まで、赤いノートを使って現地での観察を記録した。113ページには、 10月に船がイギリスに戻った後にリチャード・オーウェンと会ったことが記されている。後のメモには、地理学者のサー・ウッドバイン・パリッシュ、地質学者のチャールズ・ライエルとロデリック・マーチソン、貝類学者のジェームズ・デ・カール・ソーワービーなど、他の専門家との議論が記されている。ダーウィンはまた、読んでいるものについての簡単なメモ、航海日誌を含む予定されている出版物のリマインダー、そして発展途上の「理論」、「推測」、「仮説」についてもメモを取っていた。彼は1837年の5月か6月までノートを使い続けた。[ 22 ]
後の「日記」で、ダーウィンは「前年の3月頃から南米の化石とガラパゴス諸島の種の性質に非常に感銘を受けた。これらの事実が（特に後者が）私のすべての見解の起源である」と回想している。[ 23 ]変異に関する彼の最初の言及は、ジョン・グールドが一般的なレアとペティスは別の種であると彼に伝えた 後の、1837年3月初旬頃の赤いノートに現れる。ダーウィンは「2羽のダチョウの中立的な地面について推測する。大きい方が小さい方に侵入する。変化は漸進的ではなく、一撃で生じる。ある種が変化した場合」と書き、ラマルクの種が互いに徐々に移行していくという考えとは対照的に、突然の変化または跳躍を提案した。後にダーウィンはこの跳躍を接吻と呼んだ。彼は、絶滅した巨大なマクラウケニアの化石と、ダーウィンがパタゴニアで狩猟した現代のグアナコとの間にオーウェンが示した関係性に着目した。「一般的なダチョウと[ペティス]の関係と同じ種類の関係、つまり絶滅したグアナコと現生のグアナコの関係である。前者の場合は位置が、後者の場合は位置が。… – 最初のケースで異なる種が交雑したように、古代の種もそうであると信じなければならない。状況から徐々に変化したり退化したりするのではない。ある種が別の種に変化するとすれば、それは跳躍によるものでなければならない。そうでなければ種は絶滅するかもしれない。」ここで彼は種の地理的分布と時間の経過に伴う種の置き換えを関連付け、レアには共通の祖先がいたと暫定的に提案した。[ 24 ]
彼は繁殖と絶滅についての考えを記した。「動物は一定の期間のために創造されたと信じたくなる。状況の変化によって絶滅することはない」とし、様々な家畜が「すべて野生化して繁殖し、間違いなく完全に成功した。これは、非創造が動物の適応のみに関係するものではないことを示している。絶滅も同様の方法で依存するとは限らない。種の絶滅は個体の絶滅よりも驚くべきことではない。」[ 24 ]
ダーウィンのメモには、航海中に彼が書いた地質学に関する論文がいくつか言及されている。[ 25 ] 1837年5月3日の地理学会の会合で、ダーウィンはトクソドンなどの化石を発見したラプラタ川周辺の地層に関する論文を発表した。[ 26 ]同じ会合で、古代の霊長類の化石の最初の発見が発表された。プロビー・コートリーとヒュー・ファルコナーがシヴァリク丘陵の新第三紀の地層で、エドゥアール・ラルテがジェール県サンサンの中新世の地層で発見したものである。[ 27 ]後にライエルは妹に「ラマルクの見解によれば、彼らの尻尾がすり減って人間に変わるまでに何千世紀もの時間がかかったかもしれない」と気まずそうに冗談を言ったが、ダーウィンはこれらの「素晴らしい」化石を変異との関連で調べ始めていた。[ 28 ] ダーウィンのメモには、彼が元々1835年に草稿を書いた「サンゴ論文」について言及されている。彼はこれを1837年5月31日にロンドン地質学会で発表し、後にそれを『サンゴ礁の構造と分布』という本の基礎として使用した。[ 25 ]
オーウェンは、頻繁に開かれる会合で、「胚芽」に内在する「組織化エネルギー」が種の寿命を決定し、変異を阻止すると主張した。植物学者のロバート・ブラウンは、胚芽内部の「群集する原子」という異なる概念をダーウィンに示し、自然の自己発達を可能にした。フィンチの標本にラベルを付けていないことを恥じた彼は、大英博物館でフィッツロイの標本を調べ、シムズ・コヴィントンを含む船員に連絡を取り、彼らのコレクションを入手した。これにより、フィンチを別々の島に関連付け、各島に異なる種が存在することを明らかにできた。彼は日誌の執筆を続ける傍ら、コレクションに関する専門家の報告書を、ビーグル号航海の動物学の複数巻として出版するという野心的なプロジェクトを開始した。スポンサー探しはヘンズローが財務大臣トーマス・スプリング・ライスとの人脈を利用して1,000ポンドの国庫補助金を手配したことで解決した[ 29 ] 。これは現在の価値で約97,000ポンドに相当する[ 30 ] 。
ビーグル号の航海中、ダーウィンはガラパゴス諸島の2種のイグアナの分布を観察し、「この属は、その種がそれぞれの地域に非常によく適応しており、このイグアナのグループに特有のものである」と推測した。彼は船上の本から、メキシコに到着した標本（おそらく太平洋岸で発見されたもの）に基づいてベルがAmblyrhyncus Cristatusと名付けたウミイグアナを特定した。 [ 31 ] 6月に彼はこの情報をウィリアム・バックランドに伝えた。[ 32 ]ヴィクトリア朝時代が始まると、ダーウィンは日記の執筆を続け、1837年8月には印刷校正刷りの修正を始めた。[ 33 ]
1837年7月中旬、赤いノートがいっぱいになったため、ダーウィンはノートの取り方を見直し、2つの新しいノートを使い始めました。1つは地質学に関する「A」ノート、もう1つは「種の変異」に関する一連のノートの最初の「B」ノートです。 [ 23 ] [ 34 ]このノートには、ダーウィンが推測の枠組みを書き留め、進化についての考えを書き留めました。後に彼が使った言葉で言えば、これは「精神的な暴動」となりました。[ 35 ]
「B」ノートの表紙には、亡くなった祖父の進化論的考えにちなんで「動物学」という見出しが付けられており、無性生殖では元のコピーが作られ、有性生殖では子孫に変異が生じ、生物の寿命は短いという「世代」の理由についての疑問から始まっていた。世界は時間の経過とともに変化してきたことが知られており、「生物の幼体は、状況に応じて永久に変化したり、変異の影響を受けたりする」。これには植物、動物、そして人間も含まれる。「世代を重ねるにつれて、精神や本能さえも影響を受ける。―文明人ではなく野蛮人の子供」。成体の生物は変化しないかもしれないが、その子孫の変異によって「変化する世界に適応し、種族を変える」ことになるだろう。[ 36 ] [ 37 ]彼の考えは遺伝学の概念に先立つものであり、変異は環境の変化に対応して意図的に生殖によって生じると信じ続けていた。 [ 38 ]全てが成功するわけではない。「父親が気候に慣れると、子供も気候に慣れる。あらゆる動物が何世紀にもわたって1万の品種を生み出し（おそらく環境の影響を受けながら）、その中でよく適応したものだけが保存される。」[ 39 ]
大規模な集団では、「異種交配」（交雑）によってこれらの変異が均一化され、種が一定に見える理由が説明されるが、小さな亜集団の生殖隔離は分化と地理的種分化につながる可能性がある。「別々の島にいる動物は、わずかに異なる状況で十分に長い間隔離されていれば、異なる種になるはずだ」と、彼が見たガラパゴスゾウガメやマネシツグミ、フォークランドギツネやチロエギツネ、「イギリスとアイルランドの野ウサギ」などのさまざまな種に見られる。ダーウィンが「交雑」と呼んだものは、最も近縁な種の間でも突然明確な区別をもたらし、重複する縄張りを持ちながらも別種として残ったレアを説明する。 [ 41 ]
当時としては珍しく、彼はこの分岐した適応を共通の祖先からの系譜的分岐、進化の樹として構想した。「組織化された生物は不規則に枝分かれした樹を表し、枝の中にははるかに枝分かれしているものもある（したがって属）。新しい芽が生成されるのと同じくらい多くの末端芽が死滅する」。概念を洗練させ、彼は生命の珊瑚を提案した。「生命の樹はおそらく生命の珊瑚と呼ばれるべきで、枝の基部は死んでいる。そのため通路は見えない」。[ 42 ]彼は「思う」という言葉で、この分岐パターンの図をスケッチした。[ 40 ] この斬新な見解は、当時（ラマルクやグラントを含む）の変容論者の考えとは対照的であった。彼らは、内的な力によってより高次の形態へと進歩するように促される独立した並行系統を想定していた。ダーウィンは、このような直線的な進歩の考えに抗議した。 「ある動物が別の動物より優れているなどと言うのはばかげている。―我々は、知的能力や脳構造が最も発達した動物を最高位と考える。―蜂は、本能が発達した時に間違いなく最高位になるだろう」。ノートの後半で、彼は人類の起源に関する進歩主義的な概念を書き留めている。「もしすべての人間が死んだら、猿が人間を作る。―人間が天使を作る」。[ 43 ]
ダーウィンは、カモノハシのような奇妙な動物が存在する以上、「哺乳類と魚類」の共通祖先の可能性は否定できないと考えた。ガラパゴス諸島の固有の動植物はアメリカ大陸の種と特徴を共有している一方、シギなどの渡り鳥は変化していないことから、「創造力がガラパゴスでどのように作用したか」が示され、「創造主が何らかの法則に従って創造したと信じるならば、これらの島の動物学的特徴そのものがそれを裏付けている」と考えた。絶滅した装甲巨獣グリプトドンは現代の南米のアルマジロに似ており、時間的に同様の関係性を示した。彼は、かつて天文学者が神が個々の惑星の動きを定めたと考えていた方法は、特定の国における種の個々の創造に匹敵すると考えていたが、神の力は最初の動物を創造する際には「はるかに単純かつ崇高」であり、その後種は「固定された発生の法則」によって生じたと考えた。「新たな創造」の仮説は「単なる仮定であり、それ以上の説明にはならない」と彼は考えた。[ 44 ] オーウェンから、ジョン・ハンターが誕生時に「怪物」（突然変異体）を生み出すことについて観察したことを知り、これは「種の生成に類似している可能性がある」と指摘した。[ 45 ]生物が新しい島に到達する方法についての考えを書き留めた。「フクロウはネズミを生きたまま運ぶことができるだろうか？」。種子は風で運ばれたり、浮いている木によって運ばれたり、島に飛んできた鳥に食べられたりするかもしれない。彼は「海水中の陸生貝類とトカゲで実験する」というメモを書き留めた。[ 46 ]
動物学の編纂や雑誌の校正（フィッツロイが「職員の協力に対する言及が全くないことに驚いた」と苦情を言ったため、序文を修正しなければならなかった）のプレッシャーで、ダーウィンの健康状態は悪化した。1837年9月20日、彼は「不快な動悸」に襲われた。医師たちは彼に「すべての仕事を中止し」、田舎へ行くように強く勧めた。2日後、彼はウェッジウッド家の邸宅であるメア・ホールへ1か月の療養のために向かった。親戚たちはガウチョの生活について質問攻めにして彼を疲れさせた。病弱な叔母はまだ結婚していないエマが世話をしており、叔父のジョスは、灰が土の下に消えた場所を指さし、ジョスはそれがミミズの仕業かもしれないと思った。ダーウィンは10月21日にロンドンに戻り、11月1日に地質学会で土壌形成におけるミミズの役割についての講演を行った。それは彼らにとっては風変わりに思えたかもしれないありふれたテーマだった。ウィリアム・バックランドはその後、ダーウィンの論文の出版を推薦し、「地球表面で普遍的に起こる現象を説明する新しい重要な理論、つまり新しい地質学的力」と称賛したが、白亜地が同様の方法で形成された可能性があるというダーウィンの提案は正しく否定した。[ 47 ]
ダーウィンは貴重な時間を費やすことになる公職を引き受けることを避けており、ウィリアム・ヒューウェルから地質学会の事務局長になるよう依頼された際も、「私を完全に動揺させるものは何でも、その後私を打ちのめし、ひどい動悸を引き起こす」などの言い訳をして断っていた[ 48 ] [ 49 ]が、1838年1月にその職を引き受けた[ 50 ]。3月7日、彼は学会でこれまでで最も長い論文を発表し、チリのコンセプシオンで目撃した地震を、地殻の緩やかな動きという観点から説明し、ライエルを喜ばせた。何時間も練習したにもかかわらず、後に彼が回想したように、「最初はとても緊張して、どういうわけか周りが何も見えず、体がなくなって頭だけが残っているような気がした」[ 51 ] 。
同時に、ダーウィンは自分の考えに対する反対意見を熟考した。現代のカワウソと陸生の祖先の間には「千もの中間形態」があったに違いないと確信していた。「反対者は『見せてみろ』と言うだろう。ブルドッグとグレイハウンドの間のすべての段階を見せてくれるなら、私は『はい』と答えよう」と彼は考えた。[ 52 ] [ 53 ]彼は人間中心の宇宙、人間に完全に適応した宇宙というホイウェルの信念を密かに軽蔑し、「私の理論は、近世と化石の比較解剖学に活気を与え、本能、遺伝、精神遺伝、形而上学全体の研究につながるだろう」と書いた。[ 54 ] ケンブリッジの教授たちが人間は「神のような存在」だと考えているのとは反対に、ダーウィンは1838年2月頃、Bノートにこう書いた。 「我々が奴隷にした動物を、我々と同等と見なすことは好まない。奴隷所有者は、黒人を愛情、模倣、死への恐怖、痛み、死者への悲しみ、敬意を持つ別の種類の動物にしたいとは思わないのだろうか。」 「人類の父」を見つけるという期待は、マクラウケニアを見つけるのと同等であり、「もし我々が憶測を自由にさせることを選ぶならば、痛み、病気、死、苦しみ、飢饉における我々の同胞である動物、最も骨の折れる仕事における我々の奴隷、我々の娯楽における我々の仲間は、我々の起源から一つの共通の祖先を共有しているかもしれない。我々は皆、共に結びついているかもしれない。」[ 55 ]
1838年2月までに、ダーウィンは新しい手帳、えんじ色のCノートを手に取り、家畜の品種改良について研究を始めていた。彼は動物学博物館で新聞卸売業者のウィリアム・ヤレルから豊富な知識を得ており、品種改良者たちが「品種選択」によって自然に逆らっているのではないかと疑問を呈した。彼はもはや変異ではなく「子孫」について書き始め、気候への「適応」という概念をほのめかしていた。
3月28日、動物園でダーウィンは初めて類人猿を目にし、飼育員がリンゴを差し控えた時のオランウータンの「いたずらっ子のような」振る舞いに感銘を受けた。彼はメモにこう記している。「人間は家畜化されたオランウータンを訪ね、表情豊かな鳴き声を聞き、その知性を見るべきだ……野蛮で、裸で、無邪気で、進歩していないが、進歩する可能性を秘めている動物を見て、自らの誇り高き優位性を誇示する勇気を持つべきだ」。ここでダーウィンは、ティエラ・デル・フエゴの先住民との経験に基づき、人間だけが魂を持つという神学的教義にもかかわらず、人間と動物の間にはほとんど隔たりがないと考える勇気を持っていたのだ。
4月1日、チャールズは姉のスーザンに手紙を書き、その春初めて動物園から放たれたサイが「蹴ったり立ち上がったり」して喜びのあまり駆け回っているのを見たと伝えた。そして、マルティノー嬢が「最近、サイのように元気いっぱいだ」という噂話を伝えた。「エラスムスは昼も朝も夜も彼女と一緒にいる。もし彼女の性格が極地の山のように堅固でなければ、きっと崩れてしまうだろう。先日ライエルが訪ねてきたとき、テーブルの上に美しいバラが置いてあった。彼女はそれを冷静に彼に見せて、『エラスムス・ダーウィンがくれたの』と言った。彼女がとても地味なのは幸いだ。そうでなければ、私は怖がっていただろう。彼女は素晴らしい女性だ」。[ 56 ]彼自身も結婚について考え始め、古い手紙の裏（1838 年 4 月 7 日付け）に、ロンドン、ケンブリッジ、田舎の長所と短所を列挙し、「私は直接観察することにずっと喜びを感じているので、ライエルのように古い情報を修正したり新しい情報を追加したりし続けることはできません。ロンドンに縛られた人間がたどれる道筋が私には分かりません。田舎では、下等動物の実験と観察ができます。より広い空間があります」と記した。[ 57 ] 5 月 8 日、最近結婚したケンブリッジの友人チャールズ・トーマス・ウィットリーへの手紙で、ダーウィンは自分が「完全な書き手になった」と述べ、「未来については何も知りません。2、3 章より先は考えません。私の人生は今や巻数、章数、紙枚数で測られ、太陽とはほとんど関係がありません。脊椎動物の全シリーズの中で最も興味深い標本である妻については、私がいつか妻を捕まえることができるか、捕まえたとしても妻に餌を与えることができるかどうかは、神の摂理のみぞ知るところです」と述べた。[ 58 ]
ダーウィンはヤレルの友人であるジョン・セブライト卿 の小冊子を発見し、そこには次のような一節があった。
厳しい冬や食糧不足は、弱者や不健康な者を淘汰することで、最も巧みな選抜と同じ効果をもたらす。寒冷地や不毛の地では、体質の強い動物以外は成体まで生きられない。弱者や不健康な者は、その弱点を子孫に伝えることができない。[ 59 ]
セブライトは、雌は「最も精力的な雄」のもとへ行き、「両性の最も強い個体は、最も弱い個体を追い払うことで、自分自身と子孫のために最良の食物と最も好ましい地位を享受する」と述べた。パンフレットを読んだ後、ダーウィンは「病弱な子孫が自然によって繁殖しないように切り捨てられるという優れた観察。品種を作る技術全体が、述べられた事実から推測できる」とコメントした。[ 60 ] [ 61 ]
ダーウィンは、本能や精神的特性がどのように子孫に受け継がれるのかを疑問に思い、ノートに思索を深めていった。「思考（あるいはより正確には欲望）は遺伝するものであり、脳の構造が遺伝する以外には考えにくい。類推がそれを指摘している。―神への愛は組織化の効果だ、ああ、唯物論者め！」と書き、バークレーの「組織化について」を読むように自分に言い聞かせた。 [ 62 ] 彼はビーグル号の地質調査に苦労し、過労と心配で胃の不調や頭痛に苦しみ、何日も寝込んでしまった。個人的には進化の社会的意味について考え、「すべての階級を教育し、カーストの汚染を避け、女性を向上させ（二重の影響力）、人類は向上しなければならない」と書いた。これは急進的なラマルク主義者 の立場と似ていたが、女性教育はすでにウェッジウッド＝ダーウィン一家全員に支持され、マルティノーによって強く提唱されていた。[ 63 ]
ダーウィンは「人間は傲慢にも、自分を神の介入に値する偉大な作品だと考えているが、人間は動物から創造されたと考える方が謙虚で、より真実であると私は信じている」と書いた。[ 64 ]『人間と動物の感情表現』 の初期の先駆けとなる著作の中で、ダーウィンは、人間は笑うときに犬歯を露出するように設計されているというチャールズ・ベルの神学的考えを覆し、その表現を共通の祖先から説明した。「これは間違いなく、かつて大きな犬歯を持つヒヒであったことによって得られた習慣である。―この議論を、そもそも犬歯を持っているという事実と結びつけよう。―この主題の見方は重要である。笑うことは吠えることを変化させ、微笑むことは笑うことを変化させた。吠えることは、関連する種類の良い知らせや獲物の発見を他の動物に伝えるためであり、間違いなく助けがないことから生じる。―泣くことは謎である。―この観点からすると、すべての動物の表現は非常に興味深いものになる―遊びで唸る犬。」ダーウィンは従兄弟のヘンズリー・ウェッジウッドと人間と動物の関係について個人的に話し合っていた。「ヘンズリーは、神への愛と神や永遠についての考えが、人間と動物の心の唯一の違いだと言っている。しかし、フエゴ人やオーストラリア人には、それはなんとかすかなことだろう！」ビーグル号探検で出会った「野蛮人」とのダーウィン自身の経験は、すべての人間がこれらの宗教的信念を共有しているわけではないことを示していた。[ 65 ]
彼がこれらの考えや地質学について心配するにつれて、胃の不調、頭痛、心臓の不調などの病状が悪化し、過労で何日も寝込んでしまうようになった。[ 66 ] 5月に彼は妹のキャロライン・ウェッジウッドに手紙を書き、7月か8月初めに親戚を訪ねたいと希望したが、「地質学の仕事でスコットランドに行かなければならないので、ひどく急かされるだろう」と書き、また、動物学の出版のために2か月に1度ロンドンに行かなければならなかった。「今後3年間は一生懸命仕事ができるといいのだが、そうでなければ決して完成しないだろう。しかし、麺と胃は相反する力であり、1日に考えすぎる方が考えなさすぎるよりもずっと簡単だとわかっている。思考がローストビーフの消化とどう関係があるのかはわからないが、それらは兄弟のような機能である。」[ 67 ] ダーウィンのいとこであるウィリアム・ダーウィン・フォックスは、家畜の品種交配に関する彼の質問に有益な回答を与え、6月15日の返信でダーウィンは初めて「それは私の最大の趣味であり、いつか、種と品種という最も複雑な主題について何かをすることができるようになるだろうと本当に思っています」と認めた。[ 52 ] [ 68 ]
同時にダーウィンは公的な地位を獲得し、1838年6月21日にはチャールズ・ディケンズとともにアテネウム・クラブの会員に選出された。8月初旬からダーウィンは毎日アテネウムに通い始め、「紳士のように、いやむしろ貴族のようにアテネウムで食事をした。あの大きな応接室で、ソファに一人で座った最初の晩は、まるで公爵になったような気分だった。アテネウムには感嘆するばかりだ。そこではたくさんの人に会えるし、会いたいと思う。…私はそこを嫌うだろうと思っていたからこそ、より一層楽しんでいる。」[ 69 ] [ 70 ]
ヘンズリー・ウェッジウッド一家は当時エラスムスの隣に住んでいた。1838年6月初旬、パリでの家族の集まりから帰ってきたキャサリン・ダーウィンとエマ・ウェッジウッドが一家を1週間訪れた。数週間後、エマは叔母にこう語っている。「チャールズはよく隣から来ていたから、私たちはとても楽しくて陽気な一行だったのよ。」
病気のため、ダーウィンは仕事のプレッシャーから解放されるために休暇を取ることにした。6月15日、彼は従兄弟のウィリアム・ダーウィン・フォックスにこう伝えた。「最近体調があまり良くないので、急にロンドンを予定より早く出発することにした。蒸気船でエディンバラに行く。ソールズベリーの岩山を一人で散歩して昔の思い出に浸り、それからグラスゴーとインヴァネスの大渓谷へ向かう。その近くで1週間滞在して、グレン・ロイの平行する道路の地質を調査するつもりだ。それからシュルーズベリー、メアに1日滞在し、ロンドンで煙草と病気と重労働に明け暮れる。」[ 68 ] 1838年6月23日、彼は蒸気船でエディンバラへ行き、スコットランドで「地質調査」を行った。6月28日（ヴィクトリア女王がロンドンで戴冠式を行った日）にエディンバラを再訪した後、フォート・ウィリアムへ向かった。グレン・ロイで素晴らしい天候に恵まれた彼は、谷の周囲に見られる「平行な道」の謎を解明したと確信していた。彼はそれらを隆起海岸だと特定したが、後の地質学者たちは、それらが氷河作用によって形成されたというルイ・アガシーの考えを支持することになる。
完全に回復し、楽観的になった彼は、シュルーズベリーのマウントにある自宅に戻った。彼は父親と自分の考えを話し合い、エマについて助言を求めた。ロバート・ウォーリング・ダーウィン医師は、自身の経験から、息子に「極度の苦しみ」を引き起こす可能性のある宗教的な疑念を隠すように言った。「夫または妻が健康を害するまでは物事はうまくいっていたが、その後、一部の女性は夫の救済について疑念を抱き、その結果、夫も同様に苦しむことになった。」チャールズは紙切れに2列のリストを作成した。[ 71 ]結婚の項目には、「子供ができれば、老後の絶え間ない仲間と友人となり、自分に興味を持ってくれるだろう。愛され、一緒に遊ぶ対象となり、いずれにせよ犬よりはましだ」と利点を挙げ、結婚しない項目には「好きなところへ自由に行ける …親戚を訪ねることを強制されない …子供の出費と心配をしなくて済む …太って怠惰になる …多くの子供がいて、自分のパンを稼がなければならない場合 …」と書いた。彼はさらに考えを書き留め、こう結論づけた。「ああ、去勢された蜂のように、一生働き続け、結局何も得られないなんて、耐え難い。―いや、そんなのはダメだ。―ロンドンの薄暗い汚い家で一日中孤独に暮らすことを想像してみてくれ。―暖炉の火が燃えるソファで、本や音楽に囲まれた、優しくて柔らかな妻を思い浮かべてみよう。―この光景を、グレート・マールブロの薄暗い現実と比べてみろ。メアリー、メアリー、メアリー、証明終了」[ 72 ]
その後、彼は「シュルーズベリーで非常に暇を持て余して」2週間を過ごし、その間に「D」ノートには物質変成の過程について、「M」ノートには道徳的および社会的行動の進化論的基盤について書き始め、父親から聞いた患者との経験に関するメモや逸話で60ページを埋め尽くした。
好意を得た彼は、7月29日にいとこのエマを訪ねた。プロポーズはしなかったものの、錬金術に関する考えを隠しきれなかった。エマは「彼は私が今まで会った中で最も率直で、隠し事のない人で、一言一句に彼の本当の考えが表れている」と記している。彼女が究極的な起源について尋ねると、彼は「最初の目がどのように形成されるかを示す必要が出てくるだろう」と認識していたが、まだそれができないため、その話題を避けた。
1838年8月1日にロンドンに戻ったダーウィンは、アテネウム・クラブでオーギュスト・コントの『実証哲学』の書評を読んだ。それは自然法則に関する彼の汎神論的な考えを強化し、[ 73 ]すべてが「ある種の調和の法則」によって同期している世界について「なんと壮大な眺めだろう」と述べ、全能の神が「卑しい軟体動物の長い列」を個別に創造するよりも「はるかに壮大な」ビジョンである。「神の尊厳にふさわしくないことだ」！神が「自らがすべての有機的自然界に定めた法則に逆らって戦っている」と考えるのは「狭量な想像力」だけである。[ 74 ]サンゴ礁に関する研究と、グレン・ロイが海の腕であったという理論を提唱する論文は続いた。彼は実験のために動物園を訪れ、類人猿の反応を観察し、「復讐や怒り」といった感情を目にし、「我々の悪しき情念の根源は、我々の祖先である」と示唆した。彼は味方を必要としており、ライエルに自分の研究が「種の問題を扱っている」こと、そして「下位法則の下に明確に分類され始める事実」を集めていることをほのめかした。 [ 75 ]
そして9月下旬、彼は「気晴らしに」マルサスの『人口論』第6版を読み始めた。この版は、マルサスが人間の人口は能力を超えて繁殖し、生き残るために競争するという統計的証明を彼に思い出させた。当時、彼はこれらの考えを動物種に適用する準備ができていた。マルサスは以前の版の悲観的な論調を和らげ、人口の急増は教育、独身、そして移住によって緩和できると認めていた。すでに急進派の群衆は救貧法におけるマルサスの思想の厳しい押し付けに抗議してデモを行っており、不況は大規模な移住を引き起こしていた。ライエルは動物も人口過剰によって縄張りを広げざるを得ないと考えていたが、ダーウィンはさらに進んで、施しなしの生存競争というホイッグ党の社会思想を適用した。彼の見解は世俗的であったが、無神論ではなかった。彼は、神の法則がどのようにして私たちのような「高尚な精神」を生み出したのか、そして「より高次の動物の生産」を目指した進化によって示された目的によって、「私たちはより高次の目的への一歩である」ことを示唆した。[ 76 ] [ 77 ]
マルサスの論文では、出生率から人間の人口は25年ごとに倍増する可能性があると計算しているが、実際には、人口増加は死亡、病気、戦争、飢饉によって抑制されている。[ 78 ] [ 79 ] [ 80 ] [ 81 ]ダーウィンは、これがド・カンドルの「自然の戦争」の概念と関連しており、野生生物間の生存競争にも当てはまることをすぐに理解する準備ができていた。 [ 82 ] [ 83 ]そのため、資源が維持できるよりも人口が多い場合、生物が利用可能な限られた資源をよりよく利用できる有利な変異は保存される傾向があり、不利な変異は生存手段を得ることができず、新しい種が形成されることになる。[ 84 ] 1838年9月28日、彼はこの洞察をメモし、これを一種の楔として表現し、適応した構造が、弱い構造が押し出されたことで形成された自然経済の隙間に押し込まれると説明した。彼は今、研究するための理論を手に入れた。[ 80 ]
ダーウィンは思考と研究を続け、度々病に苦しんだ。11月11日、彼はメア・ホールに戻り、エマにプロポーズした。
再び彼は自分の考えを話し、その後彼女は彼に手紙を書き、「最も重要な問題について私たちの意見が大きく異なることを恐れています。正直で良心的な疑いは罪にはならないと理性では分かっていますが、それは私たちの間に痛ましい空白を生み出すと思います。私に心を開いてくれたことに心から感謝します。あなたが私を傷つけることを恐れて自分の意見を隠していたとしたら、私は恐ろしくなります。」と伝えました。彼女は続けて、「私の愛しいチャーリー、私たちは今やお互いに属し合っています。あなたに心を開いてしまうのは仕方ありません。お願いがあるのですが、ヨハネによる福音書第13章の終わりから始まる、救い主が弟子たちに語った別れの説教を読んでください。それは弟子たちへの愛と献身とあらゆる美しい感情に満ちています。」[ 85 ]ヨハネによる福音書の別れの説教の中で、イエスは弟子たちに「互いに愛し合いなさい」と教えています。これは信仰の必要性を強調するキリスト教の教義の中心部分です。エマにとって信仰の重要性は、1832年に妹のファニーが亡くなったことと、死後の世界でファニーと再会したいという思いによってさらに強固なものとなった。彼女は明らかに、ダーウィンなら疑念を克服して信じることができると感じていた。[ 86 ]ヨハネによる福音書15章には「もし人がわたしにとどまらないなら…彼らは焼かれる」とも書かれている。ダーウィンの温かい返答は彼女を安心させ、彼女は「この件についてあなたが真剣に話してくださるのを見るのが私にとって最大の慰めであり、あなたがそうであると確信しています。私はあなたの言葉すべてに賛成だと思いますし、あなたがこの件についてもう少し深く掘り下げてくださることを嬉しく思います」と答えた。しかし、この緊張は残ることになる。[ 87 ] [ 88 ]
エマの父親は持参金として5000ポンドと年間400ポンドを約束し、ダーウィン博士はチャールズのために投資資金として1万ポンドを追加した。彼らはチャールズが執筆への衝動で「地質学界をうんざりさせる」までロンドンに住み、その後「引退後の田舎暮らしの楽しみが社交界よりも好ましいかどうかを決める」ことにした。
チャールズは昼間は家探しに出かけ、夜は「無数の変異」（彼はまだそれらが何らかの形で獲得されたものだと考えていた）について考え、競争的な性質が最良のものを選び出し、段階的な変化につながると考えていた。一方、人間の尾骨（尻尾）のような痕跡器官は、一般的に考えられているように、神が「最初の考えを徹底的に完成させた」ものではなく、「人類の祖先」を指し示す祖先の名残であると考えていた。
ダーウィンは、マルサスの主張、すなわち人間の集団は能力を超えて繁殖し、生き残るために競争するという主張を、地域に関連する種についての自身の発見、以前の動物の繁殖に関する調査、そして自然の「調和の法則」の考え方と関連付けて検討した。1838年11月下旬頃、彼は形質を選択する育種家を、今や「偶然」によって生み出されたランダムな変異体から選択するマルサス的な自然と比較し、12月中旬にはこの比較を「有機体の家畜化された種は、種とまったく同じ手段で作られるが、後者ははるかに完璧で無限に遅い」[ 89 ]と表現し、そのため「種では、新たに獲得した構造のあらゆる部分が完全に実用的で完成されている」[ 90 ]と述べている。
チャールズ・バベッジの『ブリッジウォーター第九論文』第２版。その年に出版された断片には、ジョン・ハーシェルが1836年にチャールズ・ライエルに送った手紙のコピーが含まれていた[ 91 ]。これはダーウィンがケープタウンでハーシェルを訪ねる少し前のことだった。12月2日、ダーウィンはEノートに「バベッジ第２版、226ページ ― ハーシェルは新種の出現を謎の中の謎と呼び、この問題について素晴らしい記述をしている。万歳 ― 『中間原因』 」と記した[ 92 ] 。ハーシェルの手紙は奇跡的な原因ではなく自然的原因を探求することを提唱し、ダーウィンのプロジェクトに哲学的正当性を与えた[ 93 ] 。
動物学は困難に直面し、リチャード・オーウェンは化石哺乳類の研究を中断せざるを得なくなり、ジョン・グールドはタスマニアへ船で出発し、ダーウィンは未完成の鳥類を完成させることになった。[ 94 ]「午前中ずっとタカやフクロウの記述に取り組み、その後慌てて外に出て、戸惑った様子で通りを上り下りし、『貸家』という文字を探し回っている男に、一体何が言えるだろうか。」[ 95 ]エマはヘンズリー・ウェッジウッド一家と一緒に1週間ロンドンに来て家探しを手伝う手はずを整えており、[ 96 ] 12月6日に到着する前に「かわいそうなおじいさんの面倒を見に行くことができてよかった」と手紙を書いた。[ 97 ]
1838年12月19日、ロンドン地質学会の書記を務めていたダーウィンは、オーウェンとセジウィックやバックランドを含む彼の仲間たちが、かつての恩師ロバート・エドマンド・グラントを激しく尋問するのを目撃した。彼らはグラントのラマルク主義的異端説を嘲笑し、進化論に対する体制側の憎悪をはっきりと示した。[ 98 ]
エマは訪問中、ダーウィンが体調が悪そうで疲れ切っているように見えた。[ 99 ] 12月末に彼女は手紙を書き、「すぐに町を出て休養を取ってください。しばらく前から体調が悪そうに見えたので、寝込んでしまうのではないかと心配しています…愛するチャールズが体調を崩している時に、私が少しでも役に立てたり、慰めになったりできると感じられることほど嬉しいことはありません。ですから、私がそばにいて看病できるまで、もう病気にならないでね、愛しいチャーリー」と勧めた。[ 100 ]
1838年12月29日、ダーウィンはアッパー・ゴワー・ストリート12番地の家具付き物件を借りた。彼はエマに「ゴワー・ストリートは私たちのもの、黄色いカーテンもすべて」と書き、マコー・コテージの所有者になった喜びを綴った。[ 101 ]彼はそのコテージを、けばけばしい色の壁と「コンゴウインコのあらゆる色を醜悪な不調和で組み合わせた」家具で長く記憶していた。 [ 102 ]エマは気に入った家を手に入れたことを喜ぶとともに、「庭からあの死んだ犬を追い出せた」ことを願っていた。[ 103 ]ダーウィンは12月31日にせっかちに「博物館」を運び込み、地質標本が入った荷物の重さに自分自身、エラスムス、ポーターたちを驚かせた。[ 104 ]
1839年1月24日、彼は王立協会のフェローに選出されるという栄誉に浴し、グレン・ロイの道路に関する論文を発表した。翌日、彼は列車でシュルーズベリーの自宅に戻り、28日にはメア・ホールへ向かった。
1839年1月29日、チャールズはスタッフォードシャー州メアでエマと結婚した。式は英国国教会の儀式で、ユニテリアン派にも合うようにアレンジされ、牧師は彼らのいとこであるジョン・アレン・ウェッジウッドが務めた。寝たきりのエマの母親は式の間ずっと眠っていたため、エマは「別れの辛さ」を味わうことはなかった。その後すぐにチャールズとエマは親戚の眉をひそめさせながら駅に駆けつけ、列車の中で「水のボトル」でサンドイッチを食べ、未来に乾杯した。マコー・コテージに戻ったチャールズは日記に「メアで結婚し、30歳でロンドンへ戻る」と記し、「E」ノートには叔父のジョン・ウェッジウッドのカブについての見解を記録した。
ダーウィンの理論の発展については、彼の人生、業績、そして当時の外部からの影響といった文脈の中で、その後の展開を参照してください。
セント・オールバンズに到着し、ワンダー号で1831年9月22日木曜日にシュルーズベリーへ向かった。ワンダー号はシュルーズベリーからロンドンまで、ウルヴァーハンプトン、コヴェントリー、セント・オールバンズを経由して毎日運行しており、158マイルを15 3/4時間で走破した。1825年にライオン・インのオーナー、アイザック・テイラーとその2人の兄弟によって始められた。
考案者の修復の手が頻繁に、あるいは長い間隔を置いて加えられるシステムと、その存在全体を通してその動作の多様でありながらも必要な法則を予見する著者の意志が最初の形成時に刻み込まれたシステムとの区別を説明するには、人間の技能の産物である何らかの機械に頼らなければならない。しかし、そのようなあらゆる仕組みは、自然の最も単純な働きよりも計り知れないほど低いレベルに位置づけられるに違いない。それでもなお、人間の工夫によってさえ、場合によっては私たちの目に映る膨大な周期性から、私たちは、自然の神へと至る推論の連鎖における最も低い段階の大きさを、かすかに推測することができるかもしれない。
なお、この記事は主にデズモンドとムーアの著書に基づいており、解説は別の言葉で要約され、引用（または引用からの抜粋）はそのまま繰り返されています。