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以下は、『とある魔術の禁書目録』のライトノベル、漫画、アニメシリーズ、およびそのスピンオフ漫画・アニメシリーズ『とある科学の超電磁砲』と『とある科学のアクセラレータ』、その他多数のスピンオフ作品に登場するキャラクターの一覧です。物語の舞台は主に学園都市。そこは、強力な超能力者を目指す学生たちが集まる街で、魔術師の出現によって争いが巻き起こります。
上条当麻（かみじょう とうま）は高校一年生で、レベル0の超能力者であるが、「イマジンブレイカー」という能力を持ち、右手を使って魔法幻想殺しや科学を問わずあらゆる能力を無効化する。インデックスと出会ったことで、とある魔術の禁書目録シリーズの主要な出来事に関わるようになる。御坂美琴との頻繁な出会いにより、とある科学の超電磁砲シリーズの主要な出来事にも関わっている。
御坂美琴（）は、 『とある魔術の禁書目録』の科学側の主要ヒロインの一人であり、 『とある科学の超電磁砲』の主人公でタイトルキャラクターでもある「レールガン」（ Rērugan、直訳すると「超電磁砲」）超電磁砲と呼ばれる能力で10億ボルトの電気を発生させることができ、学園都市で最も強力な電磁マスターである。
インデックス・リブロルム・プロヒビトルム（ Indekkusu）は禁書目録インデックスとも呼ばれイングランド国教会のネセサリウスに所属する15歳のイギリス人修道女でデディカトゥス545（「献身的な子羊は強者の知識を守る」）である。彼女は常にウォーキング・チャーチと呼ばれる白いローブを着用しており、その縁には金色の刺繍が施されている（後に上条当麻がイマジンブレイカーで破壊した後は金色のピンが付けられる）。インデックスは写真記憶を持ち、通常の魔術師や個人にとって致命的なグリモワールを読むことができる唯一の魔術師であるため、インデックス・リブロルム・プロヒビトルムのグリモワールいる。「ヨハネのペン」と呼ばれる自己防衛システム人格があり、これによって「ジョージの聖域」や「ドラゴンのブレス」といった高位魔法攻撃を繰り出すことができる。彼女の自己防衛システムには「光の羽」と呼ばれる副産物があり、手動でのリセットが失敗した場合に強制的に記憶をリセットする。彼女自身は魔法の能力を持っていることを知らないが、インデックスは魔法を見たり、誰かに説明されたりすることで、魔法の種類を容易に識別し、対処法を知ることができる。禁書目録に関する膨大な知識を蓄えており、これまでのところ最も強力なキャラクターの一人となっています。そのため、アグネーゼ・サンクティス率いるローマ・カトリック教会の戦闘修道女との戦いでは、強制詠唱（スペルインターセプト）やシェオル（シェオルフィア）を使うなど、さまざまな状況を自動書記聖竜王の殺息魔滅の声
インデックスは様々なことに喜びを感じやすく、現代技術にはやや無知で好奇心旺盛です。普段は人に対して優しく礼儀正しく、優しい性格ですが、トーマと一緒の時はわがままな甘やかされた子供のような一面も見せます。また、トーマに対しては乱暴で偽善的で、気に入らないことをすると彼を叱責しながら、自分も同じことをします。状況をよく確認せずに結論に飛びつき、トーマを不当に罰するため、噛みついたり、口論を始めたりして、トーマを困惑させ、苛立たせます。インデックスは食欲旺盛で、『魔法の力を持つカナミン』というアニメシリーズを見るのが好きです。トーマに対して強い感情を抱いており、トーマが自分のせいで記憶を失ったと聞いて、愛を告白したこともあります。しかし、トーマはインデックスに対してどのような感情を抱いていたのか分からず、話題を変えて答えを避けました。
インデックスがイギリスに戻ると、右派のフィアンマが彼女の知識を求めて彼女を捜し出し、遠隔操作の魔法アイテムによってジョンのペンモードで再起動される。その後、聖ジョージ大聖堂にあるネセサリウスの本部に滞在中に、インデックスはフィアンマがトーマの記憶について嘘をついていたことを暴露し、トーマに関する苦い真実を知る。これに激怒したインデックスは、天使のような紅の翼を生やし、翼を羽ばたかせるだけで、彼女を拘束しようとするスティル・マグナスを容易に追い詰める。彼女はまた、北欧神話の同名の神の魔法の剣であるフレイの剣など、伝説の武器やアーティファクトを召喚して攻撃する能力も示している。フィアンマを倒した後、トーマはインデックスの精神を支配から解放し、彼女に謝罪し、二人は再会を約束する。 『とある魔術の禁書目録』第22巻の最後で、インデックスはトーマの状態を知るためにスティルと共に聖ジョージ大聖堂に戻る。『とある魔術の禁書目録 新約』では、インデックスは第三次世界大戦の出来事の後、学園都市に戻ってきたトーマと再会する。その後、ロンドン侵攻の際にトーマ、アクセラレータ、浜面仕上、滝壺理子、アレイスター・クロウリーと合流し、そこでグリモワールを103,001個習得する。また、ウィンザー城でトーマと彼のドッペルゲンガーが争っている最中に、御坂美琴と戦う。『とある魔術の禁書目録 創世記』では、インデックスはクリスマス休暇に合わせてトーマと共に学園都市に戻るが、その後、ロサンゼルスの住民の失踪を調査する任務に派遣される。
白井黒子（しらい くろこ）は、高校1年生で御坂美琴の後輩。とある科学の超電磁砲の主要登場人物の一人「テレポート」（てれほうと）という空間移動能力を持ち、自身または触れた物体（総重量約130～137キログラム）を半径約81～85メートル以内が、この能力を成功させるには集中力が必要となる。彼女はジャッジメントのメンバーで、普段は太ももに釘の帯を巻いており、仕事中に敵を拘束するために使用していた。。美琴のことを「おねえさま」またはアニメの英語吹き替え版では「シシー」と呼んでいる。黒子は美琴と肉体的に親密になる機会を常に探しており、その結果感電してしまう。美琴の気を引いた他の人、特に上条当麻に嫉妬している。黒子は『とある魔術の禁書目録』、ツリーダイアグラムの残骸の強盗事件を調査し、その事件に美琴が関わっていることを発見する。レストランでの喧嘩で粟木遙に負傷させられるが、粟木が巨大なテレポート塊を放つ前に当麻と美琴に救われる。ツリーダイアグラムをめぐる事件の後、黒子は戦いで負った怪我のためしばらくの間車椅子生活を送っている。『とある魔術の禁書目録 創世記』では、黒子はアンチスキルと協力してオペレーション・ハンドカフス中に闇組織のメンバーを逮捕し、その後、作戦終了後にトーマ、アリス・アナザーバイブル、花つゆ陽炎とチームを組んでフリルサンド#Gの暴走を阻止する。
アクセラレータ（ Akuserarēta）、一方通行『とある魔術の禁書目録』の科学サイドの中心人物の一人であり、 『とある科学のアクセラレータ』の主人公でタイトルキャラクターでもある。学園都市で最も強力なレベル5の超能力者でありベクトルため、学園都市の7人のレベル5の中でトップに君臨している。生まれ持った能力で紫外線を全て遮断するため、白髪の容姿をしている。名前は「一方通行」と表記される。本名は不明だが、アクセラレータは苗字が漢字文字、名字が漢字3文字で構成されていると記憶している。第3巻では敵として初登場するが、後に科学サイドの主人公となる。
アクセラレータの特異な能力は、彼を初のレベル6超能力者を生み出す実験の対象とする。都市最高のスーパーコンピューター「ツリーダイアグラム」（インデックスのドラゴンブレスによって破壊される）によれば、この偉業は御坂美琴を128回、一度も失敗することなく殺害することによってのみ達成できる。1人の標的から128回の結果を得ることは不可能であるため、アクセラレータに彼女のクローンを2万体殺害させることで「レベルアップ」させるという代替案が立てられる。彼は、誰も愚かにも自分に挑戦できないように、最強かつ最も恐れられる超能力者としての名声を得るために、自ら進んでこの実験に参加する。この目標を達成しようとする彼の欲望は、邪魔をする多くの者を殺害することへと彼を駆り立てる。美琴はクローンたちを救うために実験を止めようとするが、最終的にそれを成し遂げたのは上条当麻だった。上条はアクセラレータが自身の能力に完全に依存し、超能力を過信していたために肉体的に弱かったという弱点を見抜き、イマジンブレイカーとストリートファイトのスキルを駆使して彼を打ち負かした。
第5巻では、彼の過去が明らかにされる。彼は能力が初めて発見された後、幼い頃に学園都市に連れて行かれるが、理解されないため人々は彼を恐れ、場合によっては彼を殺そうとする。幾度もの命を狙われ、数々の実験を受けたことで、アクセラレータはサディストへと変貌し、彼を気にかけ命を救った唯一の科学者である吉川桔梗以外には誰も信用できなくなる。彼はまた、ラストオーダーという名の少女を守ることで、より英雄的で父親のような役割も果たす。ラストオーダーは、彼と戦ったシスタークローンの記憶を通して、アクセラレータは悪い人間ではなく、クローンを傷つけようとしたのではなく、単に脅して戦わないようにしようとしただけだと信じる最後の御坂クローンである。アクセラレータはこの説を否定する。事件の後、アクセラレータはアオ・アマイに頭を撃たれ、脳損傷により失語症になる。怪我は彼の能力にも影響するが、ヘブンキャンセラーは彼の脳にチョーカーのような装置を応急処置で取り付け、アクセラレータが御坂ネットワークにアクセスして怪我を補い、正常に機能できるようにする。彼はまた、送信機をフルパワーに切り替えることができ、最初は最大15分間能力を回復させるが、後に装置のアップデートにより時間は30分に延長される。第13巻の終盤、アクセラレータは木原天太に殺されそうになった後、「覚醒」し始め、彼の失語症は何らかの理由で一時的に治癒する。彼は第15巻で真に「覚醒」し、別の「覚醒」したレベル5の超能力者、垣根帝徳と戦うときに黒い翼を得る。第19巻の出来事では、彼は高次元の存在であるアイワスと出会い、彼らの存在の次元に召喚される。アイワスは、彼のようなAIMの存在が顕現するとラストオーダーは大きな負担がかかり、治療しなければ死ぬ可能性があると彼に説明する。アイワスを支え続けたことで倒れてしまったラストオーダーを助けるため、アクセラレータはアイワスの助言に従い、インデックスを探して第三次世界大戦中のロシアへと向かう。しかし、彼は以前にインデックスと会ったことがあるとは知らなかった。
ロシアでロシアの魔術師に襲撃された後、彼は学園都市とロシア政府の両方が探し求めていた、大天使と天界に関する知識が記された謎の文書「山羊皮」を入手し、その後、御坂ワーストと呼ばれるクローンに遭遇し、アレイスターが新たな御坂ネットワークを作るために、もはや時代遅れとなったラストオーダーを排除しようとしていることを知る。レベル6の実験後、御坂ワーストよりも強力であるにもかかわらず、アクセラレータは他のクローンを傷つけることができず、クローンがラストオーダーを殺そうとし、その後自殺を図ったことで精神的に不安定になる。アクセラレータは暴走するが、そこにトーマが現れ、ラストオーダーの状態に対する苛立ちを彼にぶつけ、二人の間で戦闘が始まる。アクセラレータが再び敗北した後、トーマはイマジンブレイカーを使ってラストオーダーを安定させ、インデックスの本当の居場所を知らせるメモを残す。その後、彼はエリザリニアの兵士たちや御坂ワーストと手を組み、自国に潜むスパイを探し出し、氷花・風切と共に大天使ガブリエルと戦う。山羊皮を研究した結果、天使の言語を理解できるようになり、その副作用として自らも天使へと変貌する。新たな力を得た彼は、インデックスの歌の一つを解読し、ついにラストオーダーを治療することに成功するが、その過程で負傷してしまう。
第三次世界大戦後、アクセラレータは、学園都市の運営陣を脅迫してラストオーダーと御坂ワーストを放っておくよう命じ、市内の違法なブラックプロジェクトをすべて停止するよう命じた後、浜面仕上氏の助けで自由を得る。しかし、彼と仕上の行動は、魔法の存在を知っており、学園都市と魔法派閥との戦いの障害とみなす「フレッシュマン」と呼ばれる新たな超能力者グループを怒らせる。トーマとレイヴィニア・バードウェイの助けを受けた後、後者は彼を魔法の世界へ誘い、ハワイでの作戦に連れて行く。アレイスター・クロウリーの死と、死にゆくアレイスター・クロウリーから理事長の全権限を受け継ぎ、学園都市の新しい理事長となる。
浜面仕上（）は、 『とある魔術の禁書目録』の科学サイドの主要キャラクターの一人。彼は、様々な手段で超能力に対抗するレベル0の集団「スキルアウト」の元メンバーで、ひょんなことから学園都市のダークサイドに巻き込まれてしまう。彼はサイドストーリー小説で初登場し、理事会の命令で親友の駒場理徳が前リーダーを殺害した後、スキルアウトのリーダーに就任する。新リーダーになったその日、理事会は美琴の母である美鈴を殺害するか、さもなくば抹殺されるかの選択を迫る。しかし、彼と仲間たちは上条当麻とアクセラレータに敗れ、美鈴を殺害することに失敗する。屈辱を感じた彼は、仲間を服部半蔵に任せ、チームITEMの運転手兼情報屋となり、そこでチームメンバーの一人である滝壺理子と恋に落ちる。
第15巻では、チームITEMは様々な地下組織間の戦争に巻き込まれ、シアーゲは街中で車を盗んで移動手段を提供することで彼らを助けます。しかし、チームITEMがリーダーの垣根帝徳率いるチームSCHOOLに敗北すると、チームITEMのリーダーである麦野静流は、屈辱を受けた復讐を何としても果たそうとし、負傷したリコに帝徳を探すために能力を使うよう強要します。能力を繰り返し使うと命を落とすにもかかわらずです。リコを救うため、シアーゲは静流と戦い、不利な状況にもかかわらず、彼女のプライドと能力を利用して静流を倒すことに成功します。しかし、この予期せぬ出来事はアレイスターの計画の邪魔になります。レベル5の静流をシアーゲが倒せるはずがないからです。アレイスターはシアーゲを将来の計画を妨害する予測不能な異端児と見なし、彼に懸賞金をかけ、学園都市の闇の勢力に彼を殺害するよう命じます。皮肉なことに、彼は戦いを生き延びたシズリに救われる。シズリは彼に対して歪んだ愛情を抱いており（愛情の証として彼を去勢すると宣言する）、ジェット機を盗んで彼とリコを学園都市から逃がし、追跡者たちを撃ち落とし、彼は自分の獲物であり、自分だけのものだと宣言する。
仕上と理子はロシアへ逃げるが、学園都市とロシアの戦争に巻き込まれてしまう。バックのアクアに救われた仕上と理子はエリザリーナ国へ向かい、そこで理子はアクセラレータに部分的に治療され、アクアを助ける。クレムリン報告書と呼ばれる文書を守るため、仕上と理子は学園都市軍、そして後に静里に追われていた美琴が向かったのと同じ核軍事基地へ向かう。しかし、静里は理子が能力を発動させるために使用する危険な薬物「ボディクリスタル」の過剰使用による衰弱した体で、過労で倒れてしまう。そんな静里の姿を見かねた仕上は、プライドを捨てて理性を取り戻し、かつて仲間を気遣っていた静里に戻ってほしいと懇願する。その言葉は静里の心に響き、彼女は仕上と理子を侵略してきた学園都市軍から守ることで和解する。学園都市の軍隊を率いていた理事会のメンバーを捕らえ拷問した後、彼はシアーゲに「パラメータリスト」と呼ばれる文書を見せる。その文書には、学園都市の運営側が密かにパワーカリキュラムプログラムに干渉し、市内のほとんどの生徒が能力を獲得したり向上させたりすることを妨げていたことが記されていた。
第三次世界大戦後、アクセラレータのおかげで、シアーゲは恩赦を受け、暗殺命令も取り消され、アカデミーシティの運営側と取引をする。その取引とは、パラメーターリストの真実を暴露しないこと、そしてリコとシズリと共にアカデミーシティに戻り、チームITEMを再結成することを許可されるというものだった。しかし、彼とアクセラレータの行動は、魔法の存在を知っている「フレッシュマン」と呼ばれる新たな超能力者集団と敵対関係に陥らせてしまう。フレッシュマンたちは、アカデミーシティと魔法勢力との戦いにおいて、彼ら二人を邪魔者とみなしていた。トーマとレイヴィニアが「フレッシュマン」との戦いで彼とアクセラレータを助けた後、トーマは彼らを魔法の世界へと導き、ハワイでの作戦に巻き込む。
垣根帝督はSCHOOLのリーダーである。彼は学園都市で2番目に強力なレベル5の超能力者であり、「ダークマター」（、 Dāku Mat；文字通り「未知の物質」）未元物質と呼ばれる能力を持ち、物理法則に縛られない未知の物質を作り出し、制御することができる。垣根帝督は、アクセラレータが期待に応えられなかった場合のアレイスター・クロウリーの予備プランであり、彼はアクセラレータの不振を好ましく思っていない。彼は後に、ピンセットを保管している素粒子工学研究所のセキュリティを混乱させるために、親船最中暗殺未遂事件を画策し、革命を起こす。垣根帝督は、窓のない建物内でアレイスターが情報を収集する唯一の手段である「UNDER_LINE」と呼ばれる極小の機械を奪い、理事長と連絡を取ろうと計画していた。しかし、アレイスターとの取引材料となるような切り札を得られなかったため、代わりにアクセラレータを殺害することに決める。その後、帝徳はラストオーダーの居場所に関する情報を得るために初春飾利を拷問するが、そこにアクセラレータが現れる。二人は戦いを始め、その最中に隠された力に目覚めるが、最終的にアクセラレータが帝徳を辛うじて打ち負かし、彼の体の大部分を引き裂く。帝徳の脳は後に、ヘブンキャンセラーが作った、あらゆるものを生かすために細胞を急速に複製するツールであるダークレガシーに保存される。帝徳は『とある魔術の禁書目録 新約聖書』第6巻で、体を再構築して復活する。一花蘭祭の最中、木原悠一からフロイライン・クロイトゥーネを捕らえるよう依頼される。彼は復讐のためにアクセラレータと戦いながら、ダークマターで作られた日本のカブトムシ「ホワイトビートル」を召喚して彼女を追跡させる。しかし、滝壺理子のAIMストーカー能力によって、ホワイトビートルの1体がプログラムされたコマンドを失い、システムを乗っ取り始め、思いやりのある性格を持つ新たな帝徳、ビートル05。元の帝徳は、トールに変装したオレルスによって連れ去られ、グレムリンのためにグングニルの槍を製作することになる。
彼はまた、スピンオフシリーズ『とある科学ダークマター』の主人公でもある。
食蜂操祈（しょうほう みさき）、常盤台で派閥を率いる2年生でショルダーバッグに隠したリモコンを使って読心術、テレパシー、洗脳、サイコメトリー、記憶消去「メンタルアウト（メンタルオート）」。ただし、この能力は電撃使い、動物、機械には使えない。また、上条当麻にも効果がない。上条当麻を除いて、自分の心が読めない人間は誰も信用しない。人前に出ることを好まず、代わりに自分の部下や精神操作した人物を代理として送り出すことが多い。心理掌握
美咲は、脳の大脳皮質の一部を切除して培養することで自身の力を大幅に増強する「エクステリア・プロジェクト」に関わっていた。その後、クローン・ドリー・プロジェクトの研究者から、ドリーの行方不明の友人「みーちゃん」のふりをするよう依頼される。そのためには、ドリーの記憶を改変し、美咲を友人として認識させる必要があった。美咲は、エクステリア・プロジェクト完了後に研究者たちが自分を処分する計画を知り、プロジェクトに関わる科学者たちを洗脳して建物を乗っ取ることを決意する。
美咲の過去は、ライトノベルシリーズ『とある魔術の禁書目録』第11巻で初登場する。美咲は大学1年生の頃、交差点で初めて冬馬と出会う。その後、夏休みの間に何度か冬馬と会い、緊急時に使うための安物の笛を冬馬からもらい、それをとても大切にする。しかし、美咲が「デッドロック」という組織に狙われ、冬馬が身を挺して美咲を守ったことで、二人の出会いは短命に終わる。美咲は自身の能力で冬馬の脳脊髄液を操作し、痛覚を遮断して救急隊員が治療を続けられるようにするが、冬馬の血圧が低かったため治療は効果がなく、冬馬は脳に損傷を受け、美咲との記憶を失ったり、彼女との思い出を作れなくなったりする。
一花蘭祭編では、美咲は洗脳した人物に追いかけさせることで、御坂美琴が当麻の高校に体験入学するのを阻止する。その後、雲川瀬里亜と水着コンテストで競う。アジタテ・ハレーション編では、美咲は当麻が学園の庭に潜入した魔術師を見つけるのを手伝う。その後、コロンゾン編では、当麻が黄金の夜明け団の魔術結社と対峙する際に、美琴と共にロンドンで当麻と合流する。上条編では、美咲は当麻のドッペルゲンガー（当麻のことを覚えている）と、脳の損傷により当麻が当麻のことを覚えたり、当麻との思い出を作ったりすることができなくなった本物の当麻との混同により精神的に不安定になり、大きく関わることになる。美咲は最後に病院で目撃されている。当麻が瀕死のワクチンを手に入れるためにアンナ・シュプレンゲルと戦った際に負った怪我のため入院している。
彼女はまた、スピンオフシリーズ『とある科学精神アウト』の主人公でもある。