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山本五十六（やまもといそろく、1884年4月4日- 1943年4月18日）は、 大日本帝国海軍の提督であり、第二次世界大戦中の連合艦隊司令長官を務めた。1939年から1943年に戦死するまで艦隊を指揮し、1941年の太平洋戦争の開戦と、ニューギニア上空で米軍戦闘機に撃墜されるまでの日本の初期の戦果と敗北を指揮した。
山本五十六は1904年に海軍兵学校を卒業し、日露戦争に従軍。対馬沖海戦で指を2本失った。その後、アメリカのハーバード大学で学び、ワシントンの日本大使館の海軍駐在武官に任命された。彼は自身の経験から、海軍力は石油へのアクセスと工業力に依存しており、したがって日本が戦争でアメリカに勝利する見込みはほとんどないと確信した。彼は、将来のあらゆる紛争において海軍航空と航空母艦が決定的な役割を果たすと結論づけた最初の海軍指導者の一人であった。
1936年、山本五十六は海軍次官に任命され、 1940年の日独日同盟における日本とドイツ、イタリアの同盟に反対した。1939年には連合艦隊司令長官に任命され、アメリカとの戦争戦略の策定を任された。山本は奇襲攻撃を主張し、1941年12月の真珠湾攻撃という形で開戦当初からその戦略を実行に移した。
開戦当初、日本艦隊は一連の決定的な海戦勝利を収めた。しかし、1942年6月のミッドウェー海戦で日本の空母4隻が撃沈され、その勢いは止まった。山本五十六はガダルカナル島の戦いでソロモン諸島の防衛に尽力したが、占領を防ぐことはできなかった。1943年4月、山本はアメリカの暗号解読者が彼の飛行計画を傍受したことで、アメリカ陸軍航空隊が彼の乗機を撃墜し、戦死した。
山本五十六は新潟県長岡市で高野五十六（たかのいぞろく）として生まれた。父の高野貞吉（たかの さだよし）は長岡藩の中級武士であった。「五十六」は日本語で「56」を意味し、五十六が生まれた時の父の年齢を表している。[ 4 ] 五十六は貞吉の六男で七番目の子であった。母は貞吉の三番目の妻であった。三人の妻は姉妹で、最初の二人は若くして亡くなった。当時、未亡人が亡くなった妻の妹と結婚することは一般的であった。[ 5 ]
1916年、磯六は山本家（長岡の元武士の家系）に養子として迎えられ、山本姓を名乗るようになった。息子がいない武士の家系では、家名、地位、収入を継承するために、このようにふさわしい若い男性を養子に迎えるのが一般的だった。磯六は1918年に三橋玲子と結婚し、2男2女をもうけた。[ 6 ]
山本は1904年に海軍大学校を卒業し、クラスで11位の成績を収めた。[ 7 ]その後、日露戦争中は装甲巡洋艦「日進」の信号兵として勤務した。対馬沖海戦で、艦の前部砲塔の爆発により、太ももに「赤ん坊の頭ほどの大きさ」の傷を負い、左手の人差し指と中指を失った。爆発はロシア軍の砲撃によるものではなく、砲自体の爆発によるものだったようだ。[ 8 ] 1914年に海軍大学校に戻り、 1916年に少佐に昇進した。 1919年12月には大佐に昇進した。[ 9 ]
山本は、より攻撃的な陸軍、特に関東軍の将校たちと対立していた日本海軍の一員でした。彼は、陸軍内の政敵の一部が望んでいたように、侵攻する陸上部隊の輸送を主目的とした艦隊ではなく、砲艦外交を通じて戦力を投射するための強力な艦隊の政策を推進しました。 [ 10 ]この姿勢から、彼は中国侵攻に反対しました。また、ハーバード大学での研究（1919～1921年）[ 11 ]や、ワシントンDCでの海軍駐在武官としての2回の赴任[ 12 ]で流暢な英語を習得したこともあって、彼は米国との戦争にも反対しました。山本は駐在中に米国を広く旅し、米国の習慣やビジネス慣習を学びました。
山本大佐は1923年に大佐に昇進した。1924年2月13日、山本大佐は米国海軍大学校を訪問した日本代表団の一員であった。[ 13 ]同年後半、彼は砲術から海軍航空へと専門分野を変更した。1928年に巡洋艦いすゞを初めて指揮し、その後航空母艦赤城を指揮した。
山本は、1930年のロンドン海軍軍縮会議には少将として、1935年のロンドン海軍軍縮会議には中将として参加した。当時、政府に対する軍の影響力は増大しており、軍備制限交渉には職業軍人が外交官に同行する必要があると判断されたためである。山本は海軍航空の強力な推進者であり、航空部長を務めた後、第一空母師団司令官に就任した。山本は、1931年の日本による中国東北部侵攻、それに続く1937年の中国との全面的な陸上戦、そして1940年のナチス・ドイツおよびファシスト・イタリアとの三国同盟に反対した。海軍副大臣として、1937年12月の砲艦パナイ号爆撃について、ジョセフ・C・グルー駐米大使に謝罪した。これらの問題により、彼は戦争を支持する軍国主義者による暗殺の脅迫の標的となった。
1938年を通して、多くの若い陸海軍将校が、山本五十六や米内光正、井上茂義といった他の日本の提督たちに対し、ナチス・ドイツとファシスト・イタリアとの三国同盟に強く反対していることを理由に、公然と批判し始めた。提督たちは、この同盟を「日本の自然な利益」に反するものとみなしていた。[ 14 ]： 101山本は、日本のナショナリストから絶え間なく嫌がらせの手紙や殺害予告を受け取った。暗殺される可能性に対する彼の反応は、受動的で受け入れるものであった。提督は次のように書いている。
皇帝と国家のために死ぬことは、軍人にとって最高の希望である。勇敢で激しい戦いの後、戦場には花びらが散る。しかし、もし人が命を奪うことを望むならば、それでもなお、軍人は皇帝と国家のために永遠の命を捧げるだろう。一人の人間の生死は重要ではない。重要なのは帝国である。孔子が言ったように、「辰砂を砕いてもその色は消えず、香草を燃やしても香りは消えない」。私の肉体を滅ぼしても、私の意志を奪うことはできない。[ 14 ]： 101-02
山本五十六がローマ・ベルリン・東京条約に断固反対したことに苛立った日本陸軍は、彼を「警護」するために憲兵を派遣したが、これは陸軍が彼を監視するための策略であった。[ 14 ]： 102-03 その後、1939年8月30日、山本は海軍省から連合艦隊司令長官として海上に異動となった。これは、平沼喜一郎男爵の短命に終わった海軍大臣代行、米内光政の最後の行動の一つであった。これは、暗殺者が山本を標的にすることを困難にするためでもあった。米内は、山本が陸上にとどまれば、1939年が終わる前に殺されると確信していた。[ 14 ]： 103
山本は1940年11月15日に海軍大将に昇進した。これは、 1941年10月18日に東條英機が首相に任命された際、多くの政治評論家が山本のキャリアは事実上終わったと考えていたにもかかわらずである。[ 14 ]： 114東條は、山本が日本の海軍副大臣を務めていた頃から山本の政敵であり、東條は日本の満州占領の立役者であった。
山本は横須賀海軍基地司令官に任命されるだろうと考えられていた。「大きな家と何の権力もない、安全で快適な降格」である。[ 14 ]： 114しかし、その職に短期間就いた後、新しい日本内閣が発表され、山本は、ヨーロッパ列強や米国との戦争を支持する東條英機や他の陸軍寡頭制のメンバーと公然と対立していたにもかかわらず、権力の座に復帰することになった。
山本が政治的に生き残った主な理由の2つは、艦隊内での絶大な人気と、部下や将校からの尊敬、そして皇室との親密な関係であった。[ 14 ]： 115彼はまた、日本の海軍の階級制度からも認められていた。
山本五十六提督以上に連合艦隊を勝利に導く能力のある将校はいなかった。真珠湾攻撃という大胆な作戦は、日本海軍の厳しい試練を経て、多くの懸念が表明された後、同僚の提督たちは、山本提督が「この（来るべき）戦争における日本の勝利の望みは時間と石油によって制限される」と述べたのは真実であると悟った。海軍の賢明な将校は皆、長年にわたる石油問題を十分に認識していた。また、敵が日本の商船を深刻な形で妨害できれば、艦隊はさらに危険にさらされるということも認識しなければならなかった。[ 14 ]： 115-116
その結果、山本はそのままその地位にとどまった。東條が日本の最高政治責任者となったことで、陸軍が海軍を率いて戦争に突入することは明らかになったが、山本はその戦争に深刻な懸念を抱いていた。彼はある超国家主義者に次のような手紙を書いた。
もし日本とアメリカの間で敵対行為が勃発した場合、グアムやフィリピンを占領するだけでは不十分であり、ハワイやサンフランシスコを占領するだけでも不十分だろう。勝利を確実にするためには、ワシントンに進軍し、ホワイトハウスで和平条件を決定しなければならない。日米戦争を軽々しく語る我々の政治家たちは、最終的な結果に自信を持ち、必要な犠牲を払う覚悟ができているのだろうか。[ 15 ]
この引用は軍国主義者によって最後の文を除いて広められたため、アメリカでは日本がアメリカ大陸全体を征服するという自慢話として解釈された。[ 15 ]省略された文は、日本に大きな損失をもたらす可能性のある戦争に対する山本氏の慎重な助言を示していた。それにもかかわらず、山本氏は差し迫った戦争の現実を受け入れ、先制攻撃で真珠湾のアメリカ太平洋艦隊を壊滅させることで迅速な勝利を計画し、同時に東南アジアの石油とゴムが豊富な地域、特にオランダ領東インド、ボルネオ、マレー半島に攻め込んだ。海軍に関しては、山本氏は戦艦大和と武蔵の建造を 資源の無駄遣いとして反対した。
山本五十六は、日本の海軍航空において数々の革新を成し遂げた。空母との関わりで記憶されているが、山本は陸上基地を拠点とする海軍航空、特に三菱G3MとG4M中型爆撃機の開発に、より大きな影響を与えた。航続距離の延長と魚雷搭載能力を要求したのは、太平洋を進撃するアメリカ艦隊を消耗させるという日本の構想に沿ったものであった。これらの機体は確かにかなりの航続距離を達成したが、長距離戦闘機による護衛は不可能だった。機体は軽量構造で、燃料満載時には敵の攻撃に脆弱だった。そのため、G4Mは皮肉にも「空飛ぶライター」というあだ名で呼ばれるようになった。山本は最終的に、これらの機体のうちの1機で戦死した。
G3MとG4Mの航続距離は、戦闘機における長距離飛行能力への需要を高めた。それが、航続距離と機動性の両方で注目を集めた零戦（A6M Zero）の開発要求を部分的に押し上げた。しかし、これらの特性は軽量構造と可燃性によってのみ実現されたものであり、それが後に戦争の進行に伴う零戦の高い損害率の一因となった。
1940年、日本が戦争拡大に向けて動き出すと、山本は戦略と戦術の両面で革新を検討し始めたが、結果はまたもや賛否両論だった。源田実中佐のような有能な若手将校の働きかけもあり、山本は日本の空母部隊を第一航空艦隊に再編成することを承認した。これは、日本最大の空母6隻を一つの部隊に集約した統合攻撃部隊である。この革新は大きな攻撃能力をもたらしたが、同時に脆弱な空母が密集した標的となるという問題も引き起こした。山本はまた、同様の大規模な陸上部隊である第11航空艦隊の編成も監督し、後にこの部隊はG3MとG4Mを使用してフィリピンのアメリカ空軍を無力化し、イギリスのZ部隊を撃沈した。
1941年1月、山本五十六はさらに踏み込み、日本の海軍戦略の根本的な見直しを提案した。アルフレッド・T・マハン大佐のドクトリン[ 16 ]に従って、海軍参謀本部は20年間、日本の軽水上部隊、潜水艦、陸上航空部隊が太平洋を横断するアメリカ艦隊を徐々に減らし、最終的に日本海軍が北フィリピン海（琉球諸島とマリアナ諸島の間）で決戦（「決戦」）を行い、戦艦が伝統的な戦列で戦うという計画を立てていた。
山本は、この計画が日本の戦争演習でさえ一度も成功したことがないことを正しく指摘し、アメリカの軍事生産能力における戦略的優位性を痛感していたため、代わりに、まず先制攻撃でアメリカ軍の戦力を弱体化させ、その後、防御ではなく攻撃的な「決戦」を行うことでアメリカ軍との均衡を図ることを提案した。山本は、戦争初期にアメリカ軍に大きな打撃を与えれば、アメリカ軍が戦争終結のための交渉に応じるかもしれないと期待していたが、おそらくそうは思っていなかっただろう。海軍参謀本部はこれに難色を示し、山本は最終的に、艦隊内での人気を利用して辞任をちらつかせ、自分の主張を通そうとした。長野修三提督と海軍参謀本部は最終的にこの圧力に屈したが、それは真珠湾攻撃を承認するにとどまった。
1941年1月、山本はハワイの真珠湾にあるアメリカ軍基地を攻撃する計画の策定を開始し、日本軍はその後数ヶ月にわたってその計画を練り続けた。[ 17 ] 1941年11月5日、山本は連合艦隊に発した「極秘作戦命令第1号」で、大日本帝国はイギリスとアメリカを大東亜から追い出し、中国の解決を急がなければならないと述べ、一方、イギリスとアメリカがフィリピンとオランダ領東インドから追い出された場合には、独立した自立した経済主体が確固として確立されるだろうと述べ、大東亜共栄圏の原則を別の形で反映させた。[ 18 ]
2日後、彼は真珠湾への奇襲攻撃の予定日を12月7日と定めた。理由は単純で、その日は日曜日であり、アメリカ軍関係者が攻撃に対して最も警戒していない日だったからだ。[ 19 ]
第一航空艦隊は真珠湾攻撃の準備を開始し、その過程で、真珠湾の浅瀬で魚雷を発射する方法や、戦艦の砲弾を機械加工して徹甲爆弾を製造する方法など、数々の技術的な問題を解決していった。
1941年12月7日、6隻の空母からなる第一航空艦隊が攻撃を開始した時、米国と日本は公式には平和条約を結んでいた。353機[ 20 ]の航空機が2波に分かれて真珠湾とホノルル市内の他の地点に向けて発進した。この攻撃は、少なくとも4隻のアメリカ戦艦を撃沈し、少なくとも6ヶ月間はアメリカが日本の南進を妨害できないようにするという作戦の目標からすれば成功だった。3隻のアメリカ空母も有力な標的と考えられていたが、当時それらは海上にいた。
最終的に、アメリカの戦艦4隻が沈没、4隻が損傷し、その他巡洋艦、駆逐艦、補助艦艇11隻が沈没または深刻な損傷を受け、アメリカの航空機188機が破壊され、159機が損傷を受け、2,403人が死亡、1,178人が負傷した。日本軍は兵士64人と航空機29機を失い、地上からの対空砲火により74機が損傷した。損傷した航空機は急降下爆撃機と雷撃機が不釣り合いに多く、最初の2波の成功を活かす能力が著しく低下したため、第一航空艦隊司令官の南雲忠一海軍中将は撤退した。山本五十六は後に、南雲がアメリカの空母を探し出して破壊したり、真珠湾の石油タンクなどオアフ島の戦略的に重要な施設をさらに爆撃したりする主導権を握らなかったことを嘆いた。
南雲はアメリカの空母がどこにいるのか全く分からず、部隊が空母を探している間その場に留まることは、航空機が捜索に出ていない間に自軍が先に発見され攻撃される危険を冒すことになった。いずれにせよ、最初の2波の航空機を回収した後、暗くなる前に空母が3波目を発艦・回収するには日照時間が足りず、南雲の護衛駆逐艦には長時間滞空できる燃料容量がなかった。山本五十六の後知恵については多くのことが語られているが、指揮官をその場で批判しないという日本の軍事伝統に従い[ 22 ] 、彼は南雲の撤退を罰しなかった。戦略的、道徳的、政治的なレベルで、この攻撃は日本にとって大惨事であり、有名な「奇襲攻撃」によってアメリカ人の復讐心を掻き立てた。予想外の場所で壊滅的な結果をもたらし、宣戦布告もなかったこの攻撃の衝撃は、アメリカ国民の復讐の決意を強めた。 1941年半ば、近衛文麿首相から米国との戦争の可能性について尋ねられた山本は、よく知られた予言的な発言をした。「もし戦闘を命じられたら、最初の6ヶ月か1年はかなり暴れまわるだろうが、2年目と3年目については全く自信がない」[ 23 ] 。彼の予言は正しかった。なぜなら、日本は戦争の最初の6ヶ月でアジアと太平洋の領土と島々を容易に征服したが、1942年6月4日から7日にかけてのミッドウェー海戦で大敗を喫し、最終的に太平洋の勢力均衡は米国側に傾いたからである。
真珠湾攻撃でアメリカ艦隊がほぼ無力化されたため、山本五十六の連合艦隊は、大日本帝国陸海軍参謀本部が立案したより大規模な日本の戦争計画の実行に着手した。第一航空艦隊は太平洋を周回し、ウェーク島からオーストラリア、インド洋のセイロン島に至るまで、アメリカ、オーストラリア、オランダ、イギリスの施設を攻撃した。第11航空艦隊は真珠湾攻撃から数時間後、フィリピンでアメリカ第5空軍を地上で捕捉し、その後、イギリスZ部隊の戦艦HMSプリンス・オブ・ウェールズ と巡洋戦艦HMSレパルスを 洋上で撃沈した。
山本五十六の有能な部下である小沢治三郎中将、近藤信武中将、高橋伊保中将の指揮の下、日本軍は1942年2月27日のジャワ海海戦を頂点とする一連の上陸作戦と海戦によって、オランダ領東インド諸島に残っていた不十分なアメリカ、イギリス、オランダ、オーストラリアの海軍力を一掃した。オランダ領東インド諸島の占領と同時に、 2月15日にはシンガポールが陥落し、 4月9日にはフィリピンのバターン半島、5月6日にはコレヒドール島に残っていたアメリカ・フィリピン連合軍の防衛陣地も最終的に制圧された。日本軍は石油とゴムが豊富な「南部資源地帯」を確保したのである。
3月下旬までに、日本軍は当初の目標を驚くべき速さとわずかな損害で達成したが、敵は抵抗する準備が不十分だったため、次の行動を検討するために一旦立ち止まった。山本五十六と数名の日本軍指導者および官僚は、米国または英国が休戦協定または平和条約を締結して戦争を終結させることを期待して待っていた。しかし、英国も米国も交渉に興味を示さなかったため、日本軍は新たに占領した領土を確保し、敵国を戦争から脱落させることを視野に入れて、さらに領土を拡大することに考えを向けた。
この段階では、イギリス領インドに対する西進、オーストラリアに対する南進、アメリカ合衆国に対する東進など、複数の作戦計画が策定された。山本五十六はこの議論に関与し、時期によって熱意の度合いや目的が異なる様々な作戦計画を支持した。その中には、自身の目的達成のために他勢力との駆け引きを行うことも含まれていた。
計画には、インドやオーストラリアへの侵攻、ハワイの占領といった野心的な構想も含まれていた。これらの壮大な計画は、陸軍が最初の2つに必要な兵力（最低でも25万人）を中国から十分に割くことができず、また、後の2つを支援するための輸送船もなかったため、必然的に棚上げされた（輸送船は海軍と陸軍に別々に割り当てられ、厳重に管理されていた）。[ 24 ]その代わりに、帝国参謀本部は、イギリスの支配に反抗するインドの民族主義者と合流することを期待してビルマに押し込まれた陸軍と、オーストラリアとアメリカ合衆国との通信線を危険にさらすことを目的としたニューギニアとソロモン諸島への攻撃を支援した。山本はアメリカ艦隊を壊滅させるために東方への決定的な攻撃を主張したが、より保守的な海軍参謀本部の将校たちはそれを危険にさらすことを望まなかった。
4月18日、こうした議論の最中、ドーリットル空襲が東京とその周辺地域を攻撃し、アメリカの空母がもたらす脅威を露呈させ、山本五十六が自らの意向を通すために利用できる出来事を与え、軍事戦略に関するさらなる議論はあっという間に終結した。海軍参謀本部は、オーストラリアとアメリカの連絡路に対する作戦の第一段階に続き、アリューシャン列島侵攻計画と並行して、山本五十六のミッドウェー島作戦（MI作戦）に同意した。
山本五十六はミッドウェー海戦とアリューシャン列島作戦の計画を急ぎ立てる一方、高木武雄中将率いる部隊（新型大型空母「翔鶴」と「瑞鶴」を含む第5空母師団）を派遣し、ツラギ島とガダルカナル島を水上機と航空機の基地として占領する作戦、およびオーストラリアに面したパプアニューギニア南岸のポートモレスビーの町を占領する作戦を支援した。
ポートモレスビー（MO）作戦は、望ましくない後退となった。ツラギ島とガダルカナル島は占領されたものの、ポートモレスビー侵攻艦隊は、5月初旬の珊瑚海海戦で高木がアメリカ空母機動部隊と衝突したため、引き返すことを余儀なくされた。日本軍は空母USSレキシントン を撃沈し、USSヨークタウン に損傷を与えたが、アメリカ軍は空母翔鶴に甚大な損傷を与え、ドックでの修理が必要となり、日本軍は軽空母祥鳳を失った。同様に重要なことに、日本軍の作戦上のミスとアメリカ軍の戦闘機および対空砲火により、翔鶴と瑞鶴の両航空隊の急降下爆撃機と雷撃機編隊は壊滅的な打撃を受けた。これらの損失により、瑞鶴は補充機と乗組員を待つ間、作戦から外され、戦術統合と訓練が遅れた。この2隻の艦艇は、1か月後のミッドウェー海戦で大きな痛手となった。[ 25 ]
山本五十六のミッドウェー島攻略計画は、アメリカ太平洋艦隊を一時的に無力化し、その間に日本が太平洋諸島における防衛線を強化するという彼の戦略の延長線上にあるものだった。山本は、早期に決定的な攻勢をかける必要性を感じていた。
この計画は、第5艦隊（空母1隻、軽空母1隻、戦艦4隻、巡洋艦8隻、駆逐艦25隻、輸送船4隻）をアリューシャン列島に向けて派遣し、ウナラスカ島のダッチハーバーを襲撃し、さらに遠く離れたキスカ島とアッツ島に侵攻することで、真珠湾からアメリカの注意、ひいては空母部隊を北へ引きつけるためのものだったと長らく信じられてきた。[ 26 ] [ 27 ]
第5艦隊がアリューシャン列島を攻撃する一方、第1機動部隊（空母4隻、戦艦2隻、巡洋艦3隻、駆逐艦12隻）はミッドウェー島を攻撃し、同島の航空部隊を壊滅させる。これが無力化された後、第2艦隊（軽空母1隻、戦艦2隻、巡洋艦10隻、駆逐艦21隻、輸送船11隻）が5,000名の兵員を上陸させ、アメリカ海兵隊から同環礁を奪取する。
ミッドウェー島の占領は、アメリカの空母を西へ誘い込み、そこで第一機動部隊が交戦して撃破するという罠を仕掛けるものと予想されていた。その後、第一艦隊（軽空母1隻、戦艦3隻、軽巡洋艦1隻、駆逐艦9隻）が第二艦隊の一部と連携し、残存するアメリカ水上艦隊を掃討し、アメリカ太平洋艦隊の壊滅を完了させる計画だった。
山本五十六は作戦の失敗を防ぐため、二つの安全対策を講じた。一つ目は、真珠湾上空での航空偵察（K作戦）を行い、アメリカ空母がそこにいるかどうかを確認すること。二つ目は、潜水艦による哨戒線を張り、敵空母がミッドウェー島へ向かう動きを察知し、第一機動部隊、第一艦隊、第二艦隊が合同で迎撃できるようにすることである。しかし、結局、一つ目の対策は中止され、二つ目の対策はアメリカ空母が出撃した後まで延期された。
この計画は妥協案であり、対馬海戦の記念日に間に合うように急いで準備されたものと思われるが、[ 28 ]日本側の視点から見ると、よく考え抜かれ、よく組織され、タイミングも絶妙だった。主戦場付近に4隻の艦隊空母、2隻の軽空母、7隻の戦艦、14隻の巡洋艦、42隻の駆逐艦がいると予想されるのに対し、米国は3隻の空母、8隻の巡洋艦、15隻の駆逐艦しか投入できなかった。その差は圧倒的に大きかった。空母の甲板の数、使用可能な航空機、潜水艦の数だけが、両陣営のほぼ互角だった。実行中に様々な不手際が生じたにもかかわらず、予期せぬ事態でもない限り、山本五十六がすべての切り札を握っているように見えた。
山本が知らなかったのは、アメリカ軍が日本の海軍暗号D（アメリカではJN-25として知られている）の解読によって日本の計画を知っていたことだった。[ 27 ]その結果、太平洋艦隊司令官チェスター・ニミッツ提督は、数で劣る自軍を待ち伏せ攻撃を行う位置に配置できた。ニミッツの計算では、使用可能な3つの空母とミッドウェー島を合わせると、南雲の第一機動部隊とほぼ互角の戦力となるはずだった。
5月に日本の飛行艇による嫌がらせ攻撃があった後、[ 29 ]ニミッツは掃海艇を派遣して、K作戦の給油予定地点であるフレンチフリゲート礁付近を警備させ、偵察任務を中止させ、山本は太平洋艦隊の空母がまだ真珠湾にいるかどうかを知ることができなかった。山本がなぜ以前の攻撃を許可したのか、また、偵察がミッドウェーでの成功に不可欠であったにもかかわらず、なぜ潜水艦がもっと早く出撃しなかったのかは依然として不明である。ニミッツも空母を早くミッドウェーに向けて派遣し、空母は哨戒線に向かう途中で日本の潜水艦を通過した。ニミッツの空母は、機動部隊がミッドウェーを攻撃したときに待ち伏せできるように配置した。少数の巡洋艦と駆逐艦がアリューシャン列島に派遣されたが、それ以外はニミッツはそれらを無視した。 1942年6月4日、山本五十六がミッドウェー作戦への介入を予想していた数日前、アメリカの空母艦載機は機動部隊の空母4隻を撃沈し、日本の空母が特に脆弱な状態にあるところを襲撃した。
山本は航空戦力を失っており、艦隊戦に向けて戦力をまだ集中させていなかったため、紙面上では依然として強力であった残りの戦力を操り、アメリカ軍を包囲しようとした。しかし、当初の配置では水上戦闘艦がミッドウェー島から遠すぎたため[ 30 ] 、またレイモンド・スプルーアンス提督が（誤った潜水艦報告に基づいて）日本軍がまだ侵攻を企てていると信じ、ミッドウェー島をさらに防衛するために賢明にも東へ撤退したため[ 31 ] 、それはできなかった。強力な大和を含む数隻の戦艦が日本軍の戦闘序列に入っていることを知らなかった山本は、空母や巡洋艦が不利になる夜間の水上戦闘の深刻なリスクを理解していなかった[ 31 ] 。しかし、東への移動によってその可能性は回避された。敗北を正しく認識し、水上部隊を戦闘に投入できないと悟った山本は撤退した。この敗北は、日本の拡張主義の絶頂期を告げるものとなった。
山本氏の作戦計画は多くの批判の対象となってきた。歴史家の中には、それが戦力集中原則に違反し、過度に複雑であったと述べる者もいる。また、MB8作戦のような同様に複雑な連合軍作戦が成功した例を挙げ、アメリカの情報機関による作戦の妨害が作戦開始前にどれほど作戦を頓挫させたかを指摘する者もいる。山本氏の配置によって南雲氏が十分な事前偵察資産を得られなかったならば、アメリカの暗号解読の成功も、アメリカ空母の予期せぬ出現も無関係であったかもしれない。[ 30 ]
ミッドウェー海戦は日本軍の勢いを鈍らせたものの、日本海軍は依然として強力な戦力であり、主導権を取り戻す能力を持っていた。日本海軍はFS作戦で攻勢を再開し、最終的にはフィジーとサモアを占領して、オーストラリアへのアメリカの生命線を断つことを計画した。
日本国民には敗北は知らされず、山本は引き続き最高司令官の地位にとどまった。しかし、ミッドウェー海戦での敗北により、彼は海軍内での信頼をいくらか失った。彼は普段は攻撃的な性格だったが、海軍参謀本部はこれ以上の賭けに出る気はなかった。こうして山本は、避けようとしていた消耗戦に巻き込まれることになった。[ 32 ]
山本は連合艦隊を南太平洋と中部太平洋に展開し、アメリカ軍に打撃を与えた一連の小規模な消耗戦に投入したが、その見返りに、到底許容できないほどの損失を被った。ガダルカナル島へ進軍するアメリカ軍を撃退するための3つの主要な試みは、山本が自ら指揮した2つの空母戦を引き起こした。9月と10月にそれぞれ東ソロモン諸島海戦とサンタクルーズ諸島海戦、そして最後に11月に行われた2つの激しい水上戦闘であり、これらはすべて日本陸軍の進撃と同時期に行われた。山本の海軍は、サボ島海戦、エスペランス岬海戦、タサファロンガ島海戦など、ガダルカナル島周辺のいくつかの海戦で勝利を収め、アメリカ艦隊にかなりの損害を与えたが、それでも島内の日本陸軍部隊への補給を完全に行うことはできなかった。また、訓練された航空兵が補充されないため、消耗戦は日本にとって特に不利なものであった。[ 33 ]
ガダルカナルでの敗北後、士気を高めるため、山本は南太平洋を巡視することを決めた。この巡視中に、アメリカ当局は山本暗殺作戦を開始した。1943年4月14日、アメリカ海軍の情報活動「マジック」は、山本の巡視の詳細、到着・出発時刻と場所、そして彼を輸送・同行する航空機の数と種類などを含むメッセージを傍受し、解読した。旅程表によると、山本は1943年4月18日の朝、ラバウルからソロモン諸島のブーゲンビル島近くのバララエ飛行場へ向かう予定だった。
フランクリン・D・ルーズベルト大統領は海軍長官フランク・ノックスに「山本を捕らえる」よう指示したかもしれないが、そのような命令の公式記録は存在せず[ 34 ] 、彼がそうしたかどうかは情報源によって異なっている[ 35 ] 。 ノックスは基本的にチェスター・W・ニミッツ提督に決定を委ねた[ 35 ] 。ニミッツはまず南太平洋司令官ウィリアム・ハルゼー・ジュニア提督に相談し、4月17日に山本氏の飛行を迎撃して撃墜する作戦を承認した。十分な航続距離を持つのはロッキードP-38ライトニング戦闘機のみであったため、アメリカ陸軍航空隊 の飛行隊にこの任務が割り当てられた。3つの部隊から選抜されたパイロットには、「重要な高官」を迎撃すると伝えられたが、具体的な名前は明かされなかった。
4月18日の朝、待ち伏せを恐れて現地の指揮官が中止を強く求めたにもかかわらず、爆弾を搭載していない高速輸送機として使用される山本五十六の三菱G4M 「ベティ」爆撃機2機は、予定通りラバウルを出発し、 315マイル（507キロ）の旅に出発した。ブーゲンビル上空で16機のP-38が同機を迎撃し、護衛の三菱A6M零式艦上戦闘機6機と空中戦が始まった。レックス・T・バーバー中尉は、 2機の日本軍輸送機のうち最初の機体、山本が乗っていたT1-323に攻撃を仕掛けた。彼は左エンジンから煙を噴き出すまで機体に発砲した。山本機がジャングルに墜落した時、バーバーはもう1機の輸送機を攻撃するために向きを変えた。
山本氏の遺体は、墜落現場（南緯6度47分09.9秒、東経155度33分08.2秒）とともに、翌日、陸軍工兵隊の浜砂剛中尉率いる日本の捜索救助隊によってブーゲンビル島のジャングルで発見された。浜砂中尉によると、山本氏は飛行機の残骸から投げ出され、白い手袋をはめた手で刀の柄を握りしめ、木の下の座席に直立した状態で倒れていたという。浜砂中尉は、山本氏は深く考え込んでいるかのように頭を下げており、すぐにそれと分かったと述べている。検死の結果、山本氏には50口径の銃弾が2発撃ち込まれており、1発は左肩の後ろ、もう1発は下顎の左側に命中し、右目の上から貫通していたことが判明した。遺体を検視した海軍軍医は、頭部の銃創が山本氏の死因であると判断した。山本氏の死に関するより詳細な事実は、日本国民には伏せられた。伝記作家の阿川博之によると、医療報告書は「上層部からの命令」により変更されたという。[ 36 ] [ 37 ]
山本五十六の死は、日本軍の士気に大きな打撃を与えた。[ 38 ] [ 39 ]彼の幕僚はパプアニューギニアのブインで彼の遺体を火葬し、遺灰は彼の最後の旗艦である戦艦武蔵に乗って東京に帰還した。1943年6月5日、彼は国葬に付され、 [ 40 ]死後、元帥の称号と一等菊章を授与された。また、ナチス・ドイツの柏葉剣付騎士鉄十字章も授与された。遺灰の一部は東京の多摩霊園に埋葬され、残りは長岡市の中光寺にある先祖の墓地に埋葬された。連合艦隊司令長官には古賀峯一が就任した。
山本は書道を習っていた。妻の玲子との間には、息子2人と娘2人の計4人の子供がいた。山本は熱心なギャンブラーで、囲碁[41]、将棋、ビリヤード、ブリッジ、麻雀、ポーカーなど、頭脳を試され、頭を研ぎ澄ますゲームを楽しんでいた。モナコに移住して自分のカジノを始めるという冗談をよく言っていた。
山本は芸者との交際を楽しみ、1954年に妻の玲子が、山本は自分よりもお気に入りの芸者である河合千代子と親しかったことを日本国民に明かし、物議を醸した。 [ 42 ]山本は葬列が墓地に向かう途中で河合の宿舎の前を通った。[ 43 ]山本は海軍大将で海軍兵学校の同級生だった堀貞吉と親しい友人だった。堀はワシントン海軍軍縮条約を支持したために海軍を追放された。戦前と戦中、山本は堀と頻繁に手紙をやり取りしており、これらの個人的な手紙はNHKのドキュメンタリー「山本真実」の題材となった。[ 44 ]
山本五十六がカトリック教徒だったという主張[ 45 ]は、五十六より10歳年上で1942年に亡くなった退役海軍大将、山本進次郎ステファノとの混同によるものと思われる[ 46 ]。
山本五十六は、東宝の1953年の映画『太平洋の鷲』で大河内傳次郎によって演じられた。
1960年の映画『勇敢なる時』は、1942年8月のガダルカナル戦役開始から1943年4月の山本五十六の死に至るまでの、ウィリアム・ハルゼー・ジュニア中将と山本五十六の知恵比べを描いている。しかし、この映画では山本五十六の死は1942年11月、ガダルカナル海戦の翌日に起こったとされ、彼を殺害したP-38戦闘機はガダルカナルから飛来したとされている。
1960年に東宝スタジオが製作した映画『太平洋の嵐』では、山本元柳斎重國を藤田進が演じている。
大映の1969年の映画『アー、海軍』（後にアメリカでは『Gateway to Glory 』として公開）では、山本元柳斎重國は島田正吾によって演じられた。[ 47 ]
山本五十六は、1970年の映画『トラ！トラ！トラ！ 』で日本の俳優、山村蒼によって演じられており、真珠湾攻撃後に次のように述べている。
我々がしたことは、眠れる巨人を起こし、恐ろしい決意を植え付けただけなのではないかと危惧している。
―映画『トラ！トラ！トラ！ 』（1970年）の中で、真珠湾攻撃に言及した際に山本五十六の発言とされている。しかし、山本が実際にこの発言をしたという証拠はない。
プロレスラーのハロルド・ワタナベは、山本五十六と東條英機の両方にちなんで、日本の悪役ギミックである東條山本を採用した。
数々の賞を受賞した日本の俳優、三船敏郎（『七人の侍』の主演俳優）は、3本の映画で山本五十六を演じた。
山本五十六の死を脚色したエピソードが、アニメ「バーバー・ブラックシープ」の「日曜日に飛ぶ鷹」で描かれたが、山本の写真しか映し出されなかった。このエピソードは、史実よりもずっと後の戦争を舞台としており、海兵隊のコルセア戦闘機部隊であるブラックシープが、陸軍のP-51マスタング戦闘機部隊と合流する。海兵隊は敵戦闘機の援護を妨害し、陸軍は山本を撃墜した。
松林周恵監督の1981年の映画『連合艦隊』（後にアメリカでは『帝国海軍』として公開）では、山本五十六を小林圭寿が演じた。
1993年のOVAシリーズ『紺碧の艦隊』では、山本五十六は乗機が撃墜された直後、 1905年の対馬海戦後の若き日の高野伊五六として突然目を覚ます。元の時間軸の記憶をそのままに、山本は未来の知識を利用して日本をより強力な軍事力へと導き、最終的には東條英機政権に対するクーデターを起こす。続く太平洋戦争では、技術的に進んだ日本の海軍がアメリカを決定的に破り、アジアにあった旧欧米植民地すべてに完全な独立を与える。山本は日本を説得し、アメリカとイギリスと手を組んでナチス・ドイツを倒す。このシリーズは、日本国外では、帝国日本の近隣諸国に対する意図を美化し、ナチス・ドイツとの戦時同盟から距離を置いているとして批判された。
ニール・スティーブンソンの1999年の著書『クリプトノミコン』では、山本五十六の最期の瞬間が描かれており、彼は日本の海軍暗号が解読されたことに気づき、本部へ報告しなければならないと悟る。
2001年の映画『パール・ハーバー』では、山本五十六は日系アメリカ人俳優の岩松真子によって演じられた。『トラ！トラ！トラ！』と同様に、山本五十六も「眠れる巨人」というセリフを言う。
2004年のアニメシリーズ『ジパング』では、鳥山文明が声を担当する山本が、1942年にタイムスリップしてきた海上自衛隊の潜水艦「みらい」の乗組員たちとのぎこちない協力関係を築こうと奮闘する。
ジョン・バーミンガム著の「時間の軸」三部作では、2021年の海軍機動部隊が偶然にも1942年にタイムスリップした後、山本五十六が日本の戦争戦略の劇的な変化において指導的役割を担うことになる。
テレビドラマ『ザ・ホワイトハウス』のエピソード「山本五十六を殺した」では、統合参謀本部議長が山本五十六の殺害を例に挙げ、平時における暗殺を主張する。
ダグラス・ナイルズが2007年にマイケル・ドブソンと共著した『マッカーサーの戦争：日本侵攻の小説』は、ダグラス・マッカーサー将軍と太平洋戦争のもう一つの歴史（ミッドウェー海戦の結果がかなり異なった場合）に焦点を当てたもので、山本五十六は好意的に描かれており、日本政府の多くの出来事が彼の視点から描かれているが、彼は第二次世界大戦における日本の主要な決定を変えることはできなかった。
東映が2011年に製作した戦争映画『連合艦隊司令長官 山本五十六』（Blu-rayタイトル：英語「The Admiral」、ドイツ語「Der Admiral」）では、山本五十六を役所広司が演じた。この映画は、真珠湾攻撃から復讐作戦での戦死までの彼の経歴を描いている。
ロバート・コンロイの2011年の著書『ライジング・サン』では、山本五十六はアメリカ西海岸への一連の攻撃を日本海軍に指示し、アメリカを説得して和平を申し込ませ、日本を世界大国としての地位に据えようと目論むが、戦争が最終的に日本を破滅させるのではないかという拭いきれない不安から逃れることができない。
2019年の映画『ミッドウェイ』では、山本五十六を豊川悦司が演じている。『トラ！トラ！トラ！』や『パール・ハーバー』と同様に、ここでも「眠れる巨人」のセリフが登場する。
山本五十六大佐、日本大使館駐在武官