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大日本帝国海軍軍令部（軍令部）は、大日本帝国海軍（IJN）における最高機関であった。計画立案と作戦遂行を担い、東京に本部を置く海軍大将が長を務めた。
1893年に創設された海軍参謀本部は、海軍省から大日本帝国海軍の作戦指揮権（行政権限とは対照的に）を引き継いだ。国家防衛戦略の立案と実行を担い、帝国海軍本部を通じて天皇陛下に直接報告を行い、首相、国会、海軍省には報告を行わなかった。常に現役の海軍大将が長を務め、東京に拠点を置いていた。
「海軍省は、海軍予算、艦船建造、兵器調達、人事、国会および内閣との関係、海軍政策全般を担当していた。参謀本部は艦隊の作戦と戦争計画の策定を指揮した。」[ 1 ]
1921年から22年にかけてのワシントン海軍軍縮会議で、日本は艦隊規模をイギリスとアメリカよりも小さくすることに合意したが、その後、大日本帝国海軍は互いに敵対する艦隊派と条約派という政治的派閥に分裂した。海軍省は条約派寄りで、日英同盟の維持を強く望んでいた。しかし、海軍参謀本部は艦隊派に支配されるようになり、1930年代の日本の軍国主義の高まりとともに徐々に勢力を拡大していった。海軍参謀本部は、より外交的な海軍省の意向に反して、真珠湾攻撃を強行した。
1937年以降、海軍大臣と海軍参謀総長はともに帝国総司令部の一員となった。
第二次世界大戦における大日本帝国の敗北に伴い、海軍参謀本部は1945年11月にアメリカ占領当局によって大日本帝国海軍とともに廃止され、戦後の日本国憲法によって復活されることはなかった。
参謀本部は以下のように組織されていた。
