トランスクリプトミクス技術は 、生物のトランスクリプトーム 、つまりその生物のすべてのRNA転写産物 の総体を研究するために用いられる技術です。生物の情報内容は、ゲノム のDNAに記録され、転写 によって発現されます 。ここで、mRNAは 情報ネットワークにおける一時的な中間分子として機能し、非コードRNAはその他の多様な機能を果たします。トランスクリプトームは、 細胞 内に存在する全転写産物の特定の時点におけるスナップショットを捉えたものです。トランスクリプトミクス技術は、どの細胞プロセスが活性化しており、どのプロセスが休止状態にあるかを包括的に説明します。分子生物学における大きな課題の一つは、単一 のゲノムからどのように多様な細胞が生じるのかを理解することです。もう一つの課題は、遺伝子発現がどのように制御されているかを理解することです。
全トランスクリプトームの研究は1990年代初頭に初めて試みられました。1990年代後半以降の技術進歩により、この分野は繰り返し変革され、トランスクリプトミクスは生物科学 における広く普及した学問分野となりました。この分野には、あらかじめ決められた配列のセットを定量化するマイクロアレイと、 ハイスループットシーケンス を用いてすべての転写産物を記録するRNA-Seq という2つの主要な現代的技術があります。技術の進歩に伴い、各トランスクリプトーム実験で生成されるデータ量は増加しました。その結果、データ解析手法は、ますます増大するデータ量をより正確かつ効率的に解析するために着実に改良されてきました。トランスクリプトームが研究者によって収集・共有され続けるにつれて、トランスクリプトームデータベースはますます大規模化し、有用性も高まっています。過去の実験に関する知識がなければ、トランスクリプトームに含まれる情報を解釈することはほぼ不可能でしょう。
生物の遺伝子 発現を様々な組織 や条件下 、あるいは異なる時期に測定することで、遺伝子がどのように制御され ているかに関する情報が得られ、生物の生物学的特性の詳細が明らかになります。また、これまで注釈が付けられていなかった 遺伝子の機能を推測するためにも利用できます。トランスクリプトーム解析は、様々な生物における遺伝子発現の変化に関するより深い洞察を可能にし、ヒト 疾患 の理解に大きく貢献してきました。遺伝子発現全体を解析することで、より標的を絞ったアッセイ では検出できない、広範囲にわたる協調的な傾向を検出することができます。
歴史 トランスクリプトミクス手法の使用状況の推移。 1990年以降に発表された、RNA-Seq（黒）、RNAマイクロアレイ（赤）、発現配列タグ（青）、デジタル差分表示 （緑）、および遺伝子発現のシリアル/キャップ解析（黄）に関する論文。[ 1 ] トランスクリプトミクスは、10年ごとに可能性を再定義し、以前の技術を時代遅れにする新しい技術の開発によって特徴付けられてきました。部分的なヒトトランスクリプトームをキャプチャする最初の試みは1991年に発表され、ヒト脳 から609個のmRNA 配列が報告されました。[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] 疾患 状態、組織 、または単一細胞 のトランスクリプトームが現在では日常的に生成されています。[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]
データ収集 RNA転写産物に関するデータを生成するには、主に2つの方法があります。個々の転写産物のシーケンス（EST 、またはRNA-Seq）または転写産物をヌクレオチドプローブの配列（マイクロアレイ）にハイブリダイゼーションさせる方法です。 [ 23 ]
発現配列タグ （EST）は、単一のRNA転写産物から生成される短いヌクレオチド配列です。RNAはまず逆転写酵素によって 相補的DNA （cDNA）として複製され、その後、得られたcDNAが配列決定されます。[ 16 ] [ 49 ] [ 16 ] ESTライブラリは 初期のマイクロアレイ設計に配列情報を提供するのに一般的に使用されていました。たとえば、オオムギの マイクロアレイは、以前に配列決定された35万個のESTから設計されました。[ 50 ]
マイクロアレイ DNAマイクロアレイ の概要。蛍光強度を測定する ことで、あらかじめ定められた一連の配列の存在量を示します。これらの配列は通常、生物のゲノム内の目的の遺伝子を報告するために特別に選択されます。[ 51 ]
RNAシーケンス RNA-Seq の概要。ハイスループットの ショートリードシーケンス法を使用してシーケンスされます。これらの配列は、参照ゲノム配列にアラインメントし て、どのゲノム領域が転写されていたかを再構築できます。このデータは、発現遺伝子の位置、相対的な発現レベル、および代替スプライシングバリアントを注釈するために使用できます。[ 51 ]
原理と進歩 RNA-Seq は、 ハイスループット シーケンス 法と計算手法を組み合わせて、RNA 抽出物中に存在する転写産物を捕捉および定量化する手法を指します。[ 10 ] 深くサンプリング することで、参照ゲノムまたは互いにリードをアラインメントする ことによって元の RNA 転写産物を計算によって再構築することを可能にします( de novo アセンブリ )。[ 9 ] ダイナミック レンジ は 5桁 ) - これは、マイクロアレイ トランスクリプトームに対する重要な利点です。さらに、RNA-Seq の入力 RNA 量はマイクロアレイ (マイクログラム量) に比べてはるかに少なく (ナノグラム量)、cDNA の増幅と組み合わせることで、単一細胞解像度でもトランスクリプトームを調べることができます。[ 25 ] [ 60 ] [ 10 ]
RNA-Seq は、ゲノム 内の遺伝子を特定したり、特定の時点でどの遺伝子が活性化しているかを特定したりするために使用でき、リード カウントを使用して相対的な遺伝子発現レベルを正確にモデル化できます。RNA-Seq 手法は、主にスループット、精度、およびリード長を増加させる DNA シーケンス技術の開発を通じて、絶えず改善されてきました。[ 61 ] [ 40 ] [ 62 ] [ 63 ]
個々の細胞レベルでのトランスクリプトームデータの探求は、RNA-Seqライブラリー調製法の進歩を促し、感度の劇的な向上をもたらしました。現在では、単一細胞のトランスクリプトームは 十分に解明されており、固定 組織内で個々の細胞のトランスクリプトームを直接解析するin situ [ 64 ]
方法 RNA-Seqは、さまざまなハイスループットDNAシーケンス技術の急速な発展と並行して確立されました。[ 65 ] [ 65 ]
RNA-Seq 実験の感度は、関心のある RNA クラスを濃縮し、既知の豊富な RNA を除去することによって高めることができます。mRNA 分子は、ポリ A テール に結合するオリゴヌクレオチド プローブを使用して分離できます。あるいは、リボ除去を使用して、分類群の 特定の rRNA 配列 (哺乳類 rRNA、植物 rRNA など)に合わせたプローブとのハイブリダイゼーションにより、豊富だが情報のないリボソーム RNA (rRNA) を特異的に除去することもできます。ただし、リボ除去は、非特異的なオフターゲット転写産物の除去によってバイアスを導入する可能性もあります。[ 66 ] マイクロ RNA などの小さな RNA は、ゲル電気泳動 と抽出によってサイズに基づいて精製できます。
mRNAは一般的なハイスループットシーケンス法の読み取り長よりも長いため、転写産物は通常、シーケンスの前に断片化されます。[ 67 ] 断片化は、 化学的加水分解 、ネブライザー処理 、超音波処理 、または鎖終結ヌクレオチド を用いた逆転写 によって達成できます。[ 67 ] あるいは、トランスポザーゼ酵素 を使用することで、断片化とcDNAタグ付けを同時に行うこともできます。[ 68 ]
シーケンスの準備中に、転写産物の cDNA コピーは、予想される 5' および 3' アダプター配列を含む断片を濃縮するためにPCRによって増幅されることがあります。 [ 69 ] 増幅は、極端なアプリケーションでは 50 pg という非常に少ない入力量の RNA のシーケンスを可能にするためにも使用されます。[ 70 ] 既知の RNA のスパイクイン コントロールは、 GC 含有量 、断片長、および転写産物内の断片の位置によるバイアスの観点から、ライブラリーの準備とシーケンスをチェックするための品質管理評価に使用できます。 [ 71 ] ユニーク分子識別子 (UMI) は、ライブラリーの準備中に配列断片を個別にタグ付けするために使用される短いランダム配列であり、タグ付けされたすべての断片がユニークになります。[ 72 ] UMI は、定量化のための絶対スケール 、ライブラリー構築中に導入された後続の増幅バイアスを補正する機会、および初期サンプルサイズを正確に推定する機会を提供します。 UMIは、入力RNAの量が制限され、サンプルの増幅を長くする必要があるシングルセルRNA-Seqトランスクリプトミクスに特に適しています。[ 73 ] [ 74 ] [ 75 ]
転写産物分子が準備されると、一方向（シングルエンド）または両方向（ペアエンド）に配列決定できます。シングルエンド配列は通常、ペアエンド配列よりも作成が速く、安価で、遺伝子発現レベルの定量化に十分です。ペアエンド配列は、より堅牢なアライメント/アセンブリを生成するため、遺伝子アノテーションと転写産物アイソフォームの 発見に有益です。[ 10 ] ストランド 情報を保持します。[ 76 ] ストランド情報がない場合、リードは遺伝子座 にアライメントできますが、遺伝子がどちらの方向に転写されているかはわかりません。ストランド特異的RNA-Seqは、異なる方向に重複する遺伝子 の転写を解読し、非モデル生物でより堅牢な遺伝子予測を行うのに役立ちます。[ 76 ]
凡例：NCBI SRA – 国立バイオテクノロジー情報センターのシーケンスリードアーカイブ。
現在、RNA-Seq は、シーケンスの前に RNA 分子を cDNA 分子にコピーすることに依存しています。そのため、トランスクリプトーム データとゲノム データの後続のプラットフォームは同じです。したがって、DNA シーケンス技術の開発は RNA-Seq の特徴となっています。[ 78 ] [ 80 ] [ 81 ] ナノポア シーケンス を使用した RNA の直接シーケンスは、現在の最先端の RNA-Seq 技術です。[ 82 ] [ 83 ] 修飾塩基 を検出でき、バイアスを導入する可能性のある増幅 ステップも排除します。[ 11 ] [ 84 ]
RNA-Seq 実験の感度と精度は、各サンプルから得られるリード数に依存します。 [ 85 ] [ 86 ] 数の遺伝子 を持っているため、効果的なトランスクリプトームにはカスタマイズされたシーケンス収量が必要です。初期の研究では適切な閾値が経験的に決定されましたが、技術が成熟するにつれて、トランスクリプトームの飽和によって適切なカバーが計算によって予測されるようになりました。やや直感に反しますが、低発現遺伝子の差次的発現の検出を改善する最も効果的な方法は、リード数を増やすのではなく、生物学的複製数を増やすことです。 [ 87 ] DNAエレメント百科事典 （ENCODE）プロジェクトが推奨する現在のベンチマークは、標準的なRNA-Seqではエクソームカバレッジが70倍、希少な転写産物やアイソフォームを検出するにはエクソームカバレッジが最大500倍である。[ 88 ] [ 89 ] [ 90 ]
データ分析 トランスクリプトミクス法は高度に並列化されており、マイクロアレイ実験とRNA-Seq実験の両方で意味のあるデータを生成するにはかなりの計算が必要です。[ 91 ] [ 92 ] [ 93 ] [ 94 ] [ 95 ] マイクロアレイデータは高解像度 画像として記録され、特徴検出 とスペクトル分析が必要です。[ 96 ] イントロン -エクソン 構造の詳細を明らかにすることができ、結果として得られるシグナルの真正性を判断するために統計モデルが必要です。RNA-Seq研究では数十億の短いDNA配列が生成され、これらは数百万から数十億の塩基対で構成される参照ゲノムにアラインメントする必要があります。データセット内のリードの de novo アセンブリには、非常に複雑なシーケンスグラフ の構築が必要です。[ 97 ] 並列計算 の恩恵を受けるが、最新のアルゴリズムにより、リードのde novo アセンブリを必要としない単純なトランスクリプトミクス実験には、市販のコンピューティング ハードウェアで十分である。[ 98 ] [ 85 ] [ 86 ] fastq 形式で保存すると、サンプルあたり約 1.8 ギガバイトのディスク容量が必要になる。各遺伝子の処理済みカウント データははるかに小さく、処理済みマイクロアレイ強度に相当する。シーケンス データは、 Sequence Read Archive (SRA)などの公開リポジトリに保存できる。[ 99 ] [ 100 ]
画像処理 マイクロアレイとシーケンスフローセル 。マイクロアレイとRNA-seqは、異なる方法で画像解析に依存しています。マイクロアレイチップでは、チップ上の各スポットは定義されたオリゴヌクレオチドプローブであり、蛍光強度が特定の配列の存在量を直接検出します（Affymetrix）。ハイスループットシーケンスフローセルでは、スポットは一度に1ヌクレオチドずつシーケンスされ、各ラウンドの色はシーケンス内の次のヌクレオチドを示します（Illumina Hiseq）。これらの技術の他のバリエーションでは、より多くのまたはより少ないカラーチャネルを使用します。[ 51 ] [ 101 ] マイクロアレイ画像処理では 、画像内の規則的なグリッド状 の特徴を正しく識別し、各特徴の蛍光強度を個別に定量化する必要があります。さらに、 画像アーティファクトを 識別し、全体の解析から除去する必要があります。アレイ上の各プローブの配列は既にわかっているため、蛍光強度は各配列の存在量を直接示します。[ 102 ]
RNA-seq の最初のステップにも同様の画像処理が含まれますが、画像からシーケンス データへの変換は通常、機器のソフトウェアによって自動的に処理されます。 Illumina のシーケンス合成法では、フロー セルの表面にクラスターのアレイが分布します。[ 103 ] Roche のパイロ シーケンス 法では、放出される光の強度によって、ホモポリマー リピート内の連続するヌクレオチドの数が決まります。これらの方法には多くのバリエーションがあり、それぞれ結果データのエラー プロファイルが異なります。[ 104 ]
RNA-Seqデータ解析 RNA-Seq実験では、大量の生のシーケンスリードが生成され、有用な情報を得るためには処理する必要があります。データ解析には通常、実験設計と目的に応じて異なるバイオインフォマティクスソフトウェアツールの組み合わせが必要です（ RNA-Seqバイオインフォマティクスツールのリスト も参照）。プロセスは、品質管理、アライメント、定量化、および差次的発現の4つの段階に分けられます。[ 105 ] 最も一般的なRNA-Seqプログラムは、 Unix 環境またはR / Bioconductor 統計環境のいずれかで、コマンドラインインターフェース から実行されます。[ 94 ]
品質管理 シーケンスの読み取りは完璧ではないため、下流の解析のために、シーケンス内の各塩基の精度を推定する必要があります。生データは、塩基コールの品質スコアが高いこと、GC 含有量が期待される分布と一致すること、短いシーケンスモチーフ ( k-mer ) が過剰に表現されていないこと、およびリードの重複率が許容範囲内に低いことを確認するために検査されます。[ 86 ] [ 106 ] [ 107 ]
アライメント 配列リードの存在量を特定の遺伝子の発現に関連付けるために、転写産物配列は参照ゲノムにアラインメント されるか、参照がない場合は互いにde novo アラインメントされます。 [ 108 ] [ 109 ] [ 110 ] アラインメントソフトウェア の主な課題には、数十億の短い配列を意味のある時間枠でアラインメントできる十分な速度、真核生物mRNAのイントロンスプライシングを認識して処理する柔軟性、および複数の場所にマッピングされるリードの正しい割り当てが含まれます。ソフトウェアの進歩によりこれらの問題が大幅に解決され、シーケンスリード長の増加により、曖昧なリードアラインメントの可能性が減少します。現在利用可能なハイスループットシーケンスアライナーのリストはEBI によって維持されています。[ 111 ] [ 112 ]
真核生物 由来の一次転写産物mRNA 配列をリファレンスゲノムにアライメントするには、成熟mRNAには存在しないイントロン配列の特別な処理が必要です。 [ 113 ] スプライス接合部を 識別するように特別に設計された追加のアライメントラウンドを実行します。イントロンスプライス接合部を識別することで、リードがスプライス接合部をまたいで誤ってアライメントされたり、誤って破棄されたりするのを防ぎ、より多くのリードをリファレンスゲノムにアライメントして、遺伝子発現推定の精度を向上させることができます。遺伝子調節は mRNAアイソフォーム レベルで起こる可能性があるため、スプライスを考慮したアライメントは、バルク解析では失われる可能性のあるアイソフォーム存在量の変化を検出することも可能にします。[ 114 ]
デノボ アセンブリは、参照ゲノムを使用せずにリードを互いに整列させて全長転写産物配列を構築するために使用できます。[ 115 ] デノボ アセンブリ特有の課題には、参照ベースのトランスクリプトームと比較して計算要件が大きいこと、遺伝子変異体または断片の追加検証、およびアセンブルされた転写産物の追加アノテーションが含まれます。N50 など、トランスクリプトームアセンブリを記述するために最初に使用された指標は誤解 を招くことが示されており[ 116 ] [ 117 ] [ 118 ] アノテーションベースの指標は、コンティグ 相互ベストヒット数など、アセンブリの完全性をより適切に評価します。デノボで アセンブリが完了すると、アセンブリは、後続の配列整列方法および定量的遺伝子発現解析の参照として使用できます。
凡例：RAM – ランダムアクセスメモリ、MPI – メッセージパッシングインターフェース、EST – 表現シーケンスタグ。
定量化 ヒートマップによる [ 51 ] [ 129 ] 配列アライメントの定量化は、遺伝子、エクソン、または転写産物レベルで実行できます。[ 91 ] [ 87 ] 一般的なフィーチャー形式 ファイルの遺伝子の場合です。たとえば、HTSeq を使用すると、遺伝子とエクソンのリードカウントを簡単に計算できます。[ 130 ] [ 114 ]
定量化手法の中には、リードをリファレンス配列に正確にアライメントする必要性を全くなくすものがある。kallistoソフトウェアの手法は、擬似アライメントと定量化を単一のステップに組み合わせ、tophat/cufflinksソフトウェアなどで使用されている手法よりも2桁速く、計算負荷も少ない。[ 131 ]
差次的発現 各転写産物の定量的カウントが利用可能になったら、データの正規化、モデリング、統計分析によって差次的遺伝子発現が測定されます。 [ 108 ] バイナリアライメントマップ 形式のリードアライメントを入力として受け入れます。これらの分析の最終出力は、処理間の差次的発現に対する関連するペアワイズ検定と、それらの差の確率推定値を含む遺伝子リストです。[ 132 ]
凡例：mRNA - メッセンジャーRNA。
トランスクリプトームデータベース トランスクリプトミクス研究では、実験の当初の目的をはるかに超えた応用が可能な大量のデータが生成されます。そのため、生データまたは処理済みデータは、より広範な科学コミュニティでの有用性を確保するために、公共データベース に保存されることがあります。たとえば、2018年時点で、Gene Expression Omnibusには数百万件の実験データが含まれていました。[ 166 ]
凡例：NCBI – 米国国立生物工学情報センター、EBI – 欧州バイオインフォマティクス研究所、DDBJ – 日本DNAデータバンク、ENA – 欧州ヌクレオチドアーカイブ、MIAME – マイクロアレイ実験に関する最小情報、MINSEQE – ハイスループットヌクレオチドシーケンス実験に関する最小情報。
参考文献 この記事は、 CC BY 4.0 ライセンス ( 2017 ) (査読者レポート)の下で以下のソースから改変されました: Rohan Lowe; Neil Shirley; Mark Bleackley; Stephen Dolan; Thomas Shafee (2017 年 5 月 18 日) "Transcriptomics technologies" . PLOS Computational Biology 13 (5) e1005457. doi : 10.1371/JOURNAL.PCBI.1005457 . ISSN 1553-734X . PMC 5436640 . PMID 28545146 . S2CID 3714586 . Wikidata Q33703532 .
↑ 「Medlineトレンド：あらゆるクエリに対するPubMed結果の自動年間統計」 . dan.corlan.net . 2016年10月5日 取得 。 1 2 Adams MD、Kelley JM、Gocayne JD、Dubnick M、Polymeropoulos MH、Xiao H、et al . ( 1991 年 6 月) 。 「相補的 DNA シーケンス: 発現配列タグとヒトゲノムプロジェクト」。Science。252 ( 5013 ): 1651–6。Bibcode : 1991Sci...252.1651A。doi : 10.1126 / science.2047873。PMID 2047873。S2CID 13436211 。 ↑ Pan Q、Shai O、Lee LJ、Frey BJ、Blencowe BJ (2008 年 12 月)。 「ハイスループット シーケンス によるヒトトランスクリプトームにおける代替スプライシング複雑性の詳細な調査」 。Nature Genetics。40 ( 12 ) : 1413–5。doi : 10.1038 / ng.259。PMID 18978789。S2CID 9228930 。 1 2 Sultan M、Schulz MH、Richard H 、 Magen A、Klingenhoff A、Scherf M、et al. (2008 年8 月 ) 。 「 ヒトトランスクリプトームのディープシーケンスによる遺伝子活性と選択的スプライシングのグローバルな見解」。Science。321 ( 5891 ) : 956–60。Bibcode : 2008Sci ...321..956S。doi : 10.1126/ science.11 60342。PMID 18599741。S2CID 10013179 。 ↑ Lappalainen T、Sammeth M、Friedländer MR、't Hoen PA、Monlong J、Rivas MA、et al . (2013 年 9 月)。 「 トランスクリプトームとゲノムのシーケンス解析 により 、ヒトの機能的 変異 が 明らかに 」 。Nature。501 ( 7468 ): 506–11。Bibcode : 2013Natur.501..506L。doi : 10.1038/ nature12531。PMC 3918453。PMID 24037378 。 1 2 Melé M 、Ferreira PG、Reverter F、 DeLuca DS、Monlong J、Sammeth M、et al. (2015 年 5 月)。 「 ヒトゲノム 。組織と個人を横断するヒトトランスクリプトーム」 。Science。348 ( 6235 ) : 660–5。Bibcode : 2015Sci ... 348..660M。doi : 10.1126 / science.aaa0355。PMC 4547472。PMID 25954002 。 ↑ Sandberg R (2014年1月) 「生物学と医学におけるシングルセル転写解析の時代への突入」 Nature Methods . 11 ( 1): 22–4 . doi : 10.1038/nmeth.2764 . PMID 24524133. S2CID 27632439 . ↑ Kolodziejczyk AA、Kim JK 、Svensson V、Marioni JC、Teichmann SA (2015 年 5 月)。 「 シングルセル RNA シーケンスの技術と生物学」 。Molecular Cell。58 ( 4 ): 610–20。doi : 10.1016 / j.molcel.2015.04.005。PMID 26000846 。 1 2 3 4 5 6 ペンシルベニア州マクゲティガン (2013 年 2 月)。 「RNA-seq時代のトランスクリプトミクス」。 ケミカルバイオロジーにおける現在の見解 。 17 (1): 4–11 . Bibcode : 2013COCB...17....4M 。 土井 ： 10.1016/j.cbpa.2012.12.008 。 PMID 23290152 。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 Wang Z、Gerstein M、Snyder M (2009 年 1 月)。 「 RNA - Seq: トラン スクリプトミクスのための革新的なツール」 。Nature Reviews Genetics。10 ( 1 ): 57–63。doi : 10.1038 / nrg2484。PMC 2949280。PMID 19015660 。 1 2 3 Ozsolak F、Milos PM (2011 年 2 月)。 「 RNA シーケンス : 進歩、課題、機会」 。Nature Reviews Genetics。12 ( 2 ): 87–98。doi : 10.1038 / nrg2934。PMC 3031867。PMID 21191423 。 1 2 3 Morozova O、Hirst M、Marra MA ( 2009)。「トランスクリプトーム解析 の ための新しいシーケンス技術の応用」。Annual Review of Genomics and Human Genetics。10 ： 135–51。doi ： 10.1146 / annurev - genom - 082908-145957。PMID 19715439 。 ↑ Sim GK、Kafatos FC、Jones CW、Koehler MD、Efstratiadis A 、Maniatis T (1979 年 12 月)。 「 絨毛膜多遺伝子ファミリー の 進化と発生発現の研究のための cDNA ライブラリーの使用」 。Cell。18 ( 4 ): 1303–16。doi : 10.1016 / 0092-8674(79) 90241-1。PMID 519770 。 ↑ Sutcliffe JG、Milner RJ、Bloom FE、Lerner RA (1982 年8 月 )。 「 脳 RNAに特有の共通の 82 ヌクレオチド配列」 。 米国 科学アカデミー紀要 。79 (16): 4942–6。Bibcode : 1982PNAS ...79.4942S。doi : 10.1073 / pnas.79.16.4942。PMC 346801。PMID 6956902 。 ↑ Putney SD、Herlihy WC、Schimmel P (1983 年4 月 )。 「ショットガン シーケンシングにより発見され た 新しいトロポニン T と 13 種類の異なる筋肉タンパク質の cDNA クローン 」 。Nature。302 ( 5910 ) : 718–21。Bibcode : 1983Natur.302..718P。doi : 10.1038 / 302718a0。PMID 6687628。S2CID 4364361 。 1 2 3 4 Marra MA、Hillier L、Waterston RH (1998 年 1 月 )。「発現配列タグ ― ゲノム間の 橋渡し」。Trends in Genetics。14 ( 1): 4–7。doi : 10.1016/S0168-9525(97 ) 01355-3。PMID 9448457 。 ↑ Alwine JC、Kemp DJ、Stark GR (1977 年 12 月)。 「ジアゾベンジルオキシメチル紙への転写と DNA プローブとのハイブリダイゼーションによるアガロースゲル中の特定 RNA の検出方法」 。 米国 科学 アカデミー 紀要 。74 ( 12 ) : 5350–4。Bibcode : 1977PNAS ...74.5350A。doi : 10.1073 / pnas.74.12.5350。PMC 431715。PMID 414220 。 ↑ Becker-André M、Hahlbrock K (1989年11月)。 「ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を用いた絶対mRNA定量。PCR補助転写滴定アッセイ（PATTY）による新しいアプローチ」 。Nucleic Acids Research。17 （ 22 ） ： 9437–46。doi ： 10.1093 / nar / 17.22.9437。PMC 335144。PMID 2479917 。 ↑ Piétu G、Mariage-Samson R、Fayein NA、Matingou C、Eveno E、Houlgatte R、Decraene C、Vandenbrouck Y、Tahi F、Devignes MD、Wirkner U、Ansorge W、Cox D、Nagase T、Nomura N、Auffray C (1999年2月)。 「ヒト 脳トランスクリプトームのGenexpress IMAGE知識ベース：機能ゲノミクスと計算ゲノミクス の ためのプロトタイプ統合リソース」 。Genome Research。9 ( 2 ) : 195– 209。doi : 10.1101 /gr.9.2.195。PMC 310711。PMID 10022985 。 ↑ Velculescu VE、Zhang L、Zhou W、Vogelstein J、Basrai MA、Bassett DE、Hieter P、Vogelstein B、Kinzler KW (1997 年 1 月)。 「酵母トランスクリプトームの特性評価」 。 セル 。 88 (2): 243–51 。 Bibcode : 1997Cell...88..243V 。 土井 ： 10.1016/S0092-8674(00)81845-0 。 PMID 9008165 。 S2CID 11430660 。 1 2 3 4 Velculescu VE、Zhang L、Vogelstein B、Kinzler KW (1995 年 10 月)。「遺伝子発現の 連続 解析 」 。Science。270 ( 5235 ) : 484–7。Bibcode : 1995Sci ... 270..484V。doi : 10.1126 / science.270.5235.484。PMID 7570003。S2CID 16281846 。 ↑ Audic S、Claverie JM (1997 年 10 月)。 「デジタル遺伝子 発現プロファイル の 意義」 。Genome Research。7 ( 10 ) : 986–95。doi : 10.1101 /gr.7.10.986。PMID 9331369 。 1 2 3 4 5 6 Mantione KJ、Kream RM、Kuzelova H、Ptacek R、Raboch J、Samuel JM、Stefano GB (2014 年 8 月)。 「 バイオ インフォマティクスによる遺伝子発現プロファイリング手法の比較: マイクロアレイと RNA-Seq 」 。Medical Science Monitor Basic Research。20 : 138–42。doi : 10.12659 / MSMBR.892101。PMC 4152252。PMID 25149683 。 ↑ Zhao S, Fung-Leung WP, Bittner A, Ngo K, Liu X (2014). "活性化T細胞のトランスクリプトームプロファイリングにおけるRNA-Seqとマイクロアレイの比較" . PLOS ONE . 9 (1) e78644. Bibcode : 2014PLoSO...978644Z . doi : 10.1371/journal.pone.0078644 . PMC 3894192 . PMID 24454679 . 1 2 Hashimshony T 、Wagner F、Sher N、Yanai I (2012 年 9 月)。 「 CEL - Seq: 多重線形増幅 によるシングルセル RNA-Seq」 。Cell Reports。2 ( 3): 666–73。Bibcode : 2012CellR...2..666H。doi : 10.1016 / j.celrep.2012.08.003。PMID 22939981 。 ↑ Stears RL、 Getts RC、Gullans SR（2000年8月）。「デンドリマー技術を用いた高密度マイクロアレイ用の新規高感度検出システム」。Physiological Genomics。3 （ 2 ） ： 93–9。doi ： 10.1152 / physiolgenomics.2000.3.2.93。PMID 11015604 。 1 2 3 4 5 6 Illumina (2011-07-11). "RNA-Seqデータと遺伝子発現マイクロアレイの比較" (PDF) . European Pharmaceutical Review. 1 2 Black MB、Parks BB 、 Pluta L、Chu TM、Allen BC、Wolfinger RD、Thomas RS (2014 年 2 月)。「用量反応実験の遺伝子発現解析におけるマイクロアレイと RNA-seq の比較」。Toxicological Sciences。137 ( 2 ) : 385–403。doi : 10.1093/toxsci / kft249。PMID 24194394 。 ↑ Marioni JC、Mason CE、Mane SM、Stephens M、Gilad Y (2008 年 9 月)。 「 RNA - seq : 技術 的再現性 の 評価と遺伝子発現アレイとの比較」 。Genome Research。18 ( 9 ): 1509–17。doi : 10.1101 / gr.079558.108。PMC 2527709。PMID 18550803 。 ↑ SEQC/ MAQC - III コンソーシアム (2014 年 9 月)。 「シーケンス品質管理コンソーシアムによる RNA-seq の精度、再現性、および情報内容の包括的な評価 」 。Nature Biotechnology。32 ( 9 ) : 903–14。Bibcode : 2014NatBi..32..903 . 。doi : 10.1038 / nbt.2957。PMC 4321899。PMID 25150838 。 ↑ Chen JJ, Hsueh HM, Delongchamp RR, Lin CJ, Tsai CA (2007 年 10 月). "マイクロアレイデータの再現性: マイクロアレイ品質管理 (MAQC) データのさらなる分析" . BMC Bioinformatics . 8 412. doi : 10.1186/1471-2105-8-412 . PMC 2204045 . PMID 17961233 . ↑ Larkin JE 、Frank BC、Gavras H、Sultana R、Quackenbush J ( 2005 年 5 月 )。「マイクロアレイ プラットフォーム間の独立性と再現性」。Nature Methods。2 ( 5 ) : 337–44。Bibcode : 2005NatCB ... 2..337L。doi : 10.1038 / nmeth757。PMID 15846360。S2CID 16088782 。 1 2 Nelson NJ (2001 年 4 月) 「マイクロアレイが登場: 遺伝子発現ツールが成熟」 Journal of the National Cancer Institute . 93 (7): 492–4 . doi : 10.1093/jnci/93.7.492 . PMID 11287436 . ↑ Schena M、Shalon D 、 Davis RW、Brown PO (1995 年10 月 )。「相補的 DNA マイクロアレイによる遺伝子発現パターンの定量的モニタリング」 。Science。270 ( 5235 ) : 467–70。Bibcode : 1995Sci ... 270..467S。doi : 10.1126 / science.270.5235.467。PMID 7569999。S2CID 6720459 。 1 2 Pozhitkov AE、 Tautz D、Noble PA (2007 年 6 月)。 「オリゴヌクレオチドマイクロアレイ: 広く応用されているが、十分に理解されていない」 。Briefings in Functional Genomics & Proteomics。6 ( 2 ): 141–8。doi : 10.1093 /bfgp/elm014。hdl : 11858 /00-001M-0000-000F - D7B3-3。PMID 17644526 。 1 2 3 Heller MJ (2002). "DNAマイクロアレイ技術：デバイス、システム、およびアプリケーション". Annual Review of Biomedical Engineering . 4 : 129–53 . doi : 10.1146/annurev.bioeng.4.020702.153438 . PMID 12117754 . ↑ McLachlan GJ、 Do KA 、Ambroise C (2005)。 マイクロアレイ遺伝子発現データの解析。ホーボーケン：John Wiley & Sons。ISBN 978-0-471-72612-8 。↑ Brenner S、Johnson M、Bridgham J、Golda G、Lloyd DH、Johnson D、Luo S、McCurdy S、Foy M、Ewan M、Roth R、George D、Eletr S、Albrecht G、Vermaas E、Williams SR、Moon K、Burcham T、Pallas M、DuBridge RB、Kirchner J、Fearon K、Mao J、Corcoran K (2000 年 6 月)。「マイクロビーズアレイ上での大規模並列シグネチャーシーケンス (MPSS) による遺伝子発現 解析 」 。Nature Biotechnology。18 ( 6 ) : 630–4。doi : 10.1038 / 76469。PMID 10835600。S2CID 13884154 。 ↑ Meyers BC、Vu TH、Tej SS、Ghazal H、Matvienko M、Agrawal V、Ning J、Haudenschild CD (2004 年 8 月)。「大規模並列シグネチャー シーケンスによるシロイヌナズナの転写複雑 性 の 解析 」 。Nature Biotechnology。22 ( 8 ) : 1006–11。Bibcode : 2004NatBi..22.1006M。doi : 10.1038 / nbt992。PMID 15247925。S2CID 15336496 。 1 2 Bainbridge MN、Warren RL、Hirst M、Romanuik T、Zeng T、Go A、Delaney A、Griffith M、Hickenbotham M、Magrini V、Mardis ER、Sadar MD、Siddiqui AS、Marra MA、Jones SJ (2006 年 9 月)。 「 シーケンス 合成 法 を 用いた前立腺癌細胞株 LNCaP のトランスクリプトーム解析」 。BMC Genomics。7 246。doi : 10.1186 / 1471-2164-7-246。PMC 1592491。PMID 17010196 。 ↑ Mortazavi A、Williams BA、 McCue K、Schaeffer L、Wold B (2008年7 月 )。「RNA-Seqによる哺乳類トランスクリプトームのマッピングと定量化」 。Nature Methods。5 ( 7 ) : 621–8。doi : 10.1038 / nmeth.1226。PMID 18516045。S2CID 205418589 。 ↑ Wilhelm BT、Marguerat S、Watt S、Schubert F 、 Wood V、Goodhead I、Penkett CJ、Rogers J、Bähler J (2008 年 6 月)。「単一ヌクレオチド解像度で調査された真核生物トランスクリプトームの動的 な レパートリー 」 。Nature。453 ( 7199 ) : 1239–43。Bibcode : 2008Natur.453.1239W。doi : 10.1038 / nature07002。PMID 18488015。S2CID 205213499 。 ↑ Sultan M、Schulz MH、Richard H、Magen A、Klingenhoff A、Scherf M、Seifert M、Borodina T、Soldatov A、Parkhomchuk D、Schmidt D、O'Keeffe S、Haas S、Vingron M、Lehrach H、Yaspo ML (2008 年 8 月)。「ヒトトランスクリプトームのディープシーケンスによる遺伝子活性と選択的スプライシングの全体 像 」 。Science。321 ( 5891 ) : 956–60。Bibcode : 2008Sci ... 321..956S。doi : 10.1126 / science.11 60342。PMID 18599741。S2CID 10013179 。 1 2 Chomczynski P、Sacchi N ( 1987 年 4 月)。「酸性グアニジンチオシアネート-フェノール-クロロホルム抽出による RNA 単離の単一ステップ法」。Analytical Biochemistry。162 ( 1 ) : 156–9。doi : 10.1016/0003-2697(87) 90021-2。PMID 2440339 。 1 2 Chomczynski P、Sacchi N (2006)。「酸性グアニジンチオシアネート-フェノール-クロロホルム抽出によるRNA単離の単一ステップ法：20年以上の経過 」 。Nature Protocols。1 ( 2 ) : 581–5。doi : 10.1038 / nprot.2006.83。PMID 17406285。S2CID 28653075 。 ↑ Grillo M 、Margolis FL (1990 年 9 月)。「逆転写ポリメラーゼ連鎖反応を用いたイントロンレス遺伝子の発現のモニタリング」 。BioTechniques。9 ( 3 ) : 262、264、266–8。PMID 1699561 。 ↑ Bryant S、Manning DL (1998)「メッセンジャーRNA の 単離」 RNA単離および特性評価プロトコル 。Methods in Molecular Biology、第86巻、 61～ 64 ページ。doi : 10.1385 /0-89603-494-1: 61。ISBN 978-0-89603-494-5 PMID 9664454 . ↑ Zhao W、He X、Hoadley KA、Parker JS、Hayes DN、Perou CM (2014 年 6 月)。 「発現 プロファイリング の ためのポリ (A )キャプチャ、リボソーム RNA 除去、および DNA マイクロアレイによる RNA-Seqの 比較」 。BMC Genomics。15 (1) 419。doi : 10.1186 / 1471-2164-15-419。PMC 4070569。PMID 24888378 。 ↑ 環境サンプルの例としては、海水、土壌、空気などがあります。 ↑ Close TJ、Wanamaker SI、Caldo RA、Turner SM、Ashlock DA、Dickerson JA、Wing RA、Muehlbauer GJ、Kleinhofs A、Wise RP (2004 年 3 月)。 「 穀物 ゲノミクス のため の新しいリソース: 22K 大麦 GeneChip が 成熟期を迎える」 。Plant Physiology。134 (3): 960–8。doi : 10.1104 / pp.103.034462。PMC 389919。PMID 15020760 。 1 2 3 4 5 Lowe R 、 Shirley N、Bleackley M、Dolan S、Shafee T (2017 年 5 月)。 「 トラン スクリプト ミクス 技術 」 。PLOS Computational Biology。13 ( 5) e1005457。Bibcode : 2017PLSCB..13E5457L。doi : 10.1371 / journal.pcbi.1005457。PMC 5436640。PMID 28545146 。 1 2 Shiraki T, Kondo S, Katayama S, Waki K, Kasukawa T, Kawaji H, Kodzius R, Watahiki A, Nakamura M, Arakawa T, Fukuda S, Sasaki D, Podhajska A, Harbers M, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y (2003 年 12 月). "転写開始点のハイスループット解析とプロモーター使用の同定のためのキャップ解析遺伝子発現" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 100 (26): 15776– 81. Bibcode : 2003PNAS..10015776S . doi : 10.1073/pnas.2136655100 . PMC 307644 . PMID 14663149 . ↑ Romanov V、Davidoff SN、Miles AR、Grainger DW、Gale BK、Brooks BD (2014年3月)。「タンパク質マイクロアレイ作製技術の批判的比較」 。The Analyst。139 ( 6 ) : 1303–26。Bibcode : 2014Ana ... 139.1303R。doi : 10.1039 / c3an01577g。PMID 24479125 。 1 2 Barbulovic-Nad I、Lucente M 、 Sun Y 、Zhang M、Wheeler AR、Bussmann M (2006-10-01)。「バイオマイクロアレイ作製技術 ― レビュー」 。Critical Reviews in Biotechnology。26 ( 4 ) : 237–59。CiteSeerX 10.1.1.661.6833。doi : 10.1080 / 07388550600978358。PMID 17095434。S2CID 13712888 。 ↑ Auburn RP、Kreil DP、Meadows LA、Fischer B、Matilla SS、Russell S (2005年7月)「cDNAおよびオリゴヌクレオチドマイクロアレイのロボットによるスポット」 Trends in Biotechnology . 23 (7): 374–9 . doi : 10.1016/j.tibtech.2005.04.002 . PMID 15978318 . ↑ Shalon D、 Smith SJ、Brown PO (1996年7月)。 「2色蛍光プローブハイブリダイゼーションを用いた複雑なDNAサンプルの分析のためのDNAマイクロアレイシステム」 。Genome Research。6 ( 7 ) : 639–45。doi : 10.1101 / gr.6.7.639。PMID 8796352 。 ↑ Lockhart DJ、Dong H、Byrne MC、Follettie MT、Gallo MV、Chee MS、Mittmann M、Wang C、Kobayashi M、Horton H、Brown EL (1996 年 12 月)。「高密度オリゴヌクレオチドアレイへのハイブリダイゼーションによる発現 モニタリング 」 。Nature Biotechnology。14 ( 13 ) : 1675–80。doi : 10.1038 / nbt1296-1675。PMID 9634850。S2CID 35232673 。 ↑ Irizarry RA、Bolstad BM、Collin F 、Cope LM 、 Hobbs B、Speed TP (2003 年 2 月)。 「 Affymetrix GeneChip プローブ レベル データの概要」 。Nucleic Acids Research。31 ( 4): 15e–15。doi : 10.1093/nar/ gng015。PMC 150247。PMID 12582260 。 ↑ Selzer RR、Richmond TA、Pofahl NJ、Green RD、Eis PS、Nair P、Brothman AR、Stallings RL (2005 年 11 月)。「微細タイリングオリゴヌクレオチドアレイ CGH を使用したサブキロベース解像度での神経芽腫の染色体ブレークポイントの解析」。Genes , Chromosomes & Cancer。44 ( 3 ) : 305–19。doi : 10.1002 / gcc.20243。PMID 16075461。S2CID 39437458 。 ↑ Svensson V、Vento - Tormo R、Teichmann SA (2018 年4 月 )。「過去10年間におけるシングルセルRNAシーケンスの指数関数的スケーリング」。Nature Protocols。13 ( 4 ) : 599–604。doi : 10.1038 / nprot.2017.149。PMID 29494575。S2CID 3560001 。 ↑ 橘C（2015年8月18日） 「今日のトランスクリプトミクス：マイクロアレイ、RNA-seqなど」 . Science . 349 （6247）：544. Bibcode ： 2015Sci...349..544T . doi ： 10.1126/science.opms.p1500095 . 1 2 Nagalakshmi U 、 Wang Z 、 Waern K、Shou C、Raha D、Gerstein M、Snyder M (2008 年 6 月)。 「 RNA シーケンス によって 定義 された酵母ゲノムの転写ランドスケープ」 。Science。320 ( 5881): 1344–9。Bibcode : 2008Sci ...320.1344N。doi : 10.1126/ science.11 58441。PMC 2951732。PMID 18451266 。 ↑ Su Z, Fang H, Hong H, Shi L, Zhang W, Zhang W, Zhang Y, Dong Z, Lancashire LJ, Bessarabova M, Yang X, Ning B, Gong B, Meehan J, Xu J, Ge W, Perkins R, Fischer M, Tong W (2014 年 12 月). "RNA-seq 時代における有用性に関する、従来のマイクロアレイ データから得られたバイオマーカーの調査" . Genome Biology . 15 (12) 523. doi : 10.1186/s13059-014-0523-y . PMC 4290828 . PMID 25633159 . ↑ Lee JH、Daugharthy ER、Scheiman J、Kalhor R、Yang JL、Ferrante TC、Terry R、Jeanty SS、Li C、Amamoto R、Peters DT、Turczyk BM、Marblestone AH、Inverso SA、Bernard A、Mali P、Rios X、Aach J、Church GM (2014 年 3 月)。 「 高 多重 化 細胞 内 RNA sequencing in situ」 。Science。343 ( 6177): 1360–3。Bibcode : 2014Sci ...343.1360L。doi : 10.1126 / science.1250212。PMC 4140943。PMID 24578530 。 1 2 Shendure J 、Ji H (2008 年10 月 )。「次世代 DNA シーケンシング」。Nature Biotechnology。26 ( 10 ) : 1135–45。doi : 10.1038 / nbt1486。PMID 18846087。S2CID 6384349 。 ↑ Lahens NF、Kavakli IH、Zhang R、Hayer K、Black MB、Dueck H、Pizarro A、Kim J、Irizarry R、Thomas RS、Grant GR、Hogenesch JB (2014年6月)。 「 IVT-seqによりRNAシーケンス における 極端なバイアスが明らかに」 。Genome Biology。15 ( 6 ) R86。doi : 10.1186 /gb-2014-15-6- r86。PMC 4197826。PMID 24981968 。 1 2 Knierim E、Lucke B、Schwarz JM、Schuelke M、Seelow D (2011) 「次世代シーケンシングのための長距離PCR産物の断片化に関する3つの方法の体系的比較」 PLOS ONE 6 ( 11) e28240. Bibcode : 2011PLoSO...628240K . doi : 10.1371/journal.pone.0028240 . PMC 3227650 . PMID 22140562 . ↑ Routh A、Head SR、Ordoukhanian P、Johnson JE (2015 年 8 月)。 「ClickSeq: アダプターを確率的 に終結した 3'-アジド cDNA に クリック ライゲーションする ことで断片化のない次世代シーケンシングを実現する」 。Journal of Molecular Biology。427 ( 16 ) : 2610–6。doi : 10.1016/j.jmb.2015.06.011。PMC 4523409。PMID 26116762 。 ↑ Parekh S、Ziegenhain C、Vieth B、Enard W、Hellmann I (2016 年 5 月)。 「 RNA - seq による差次 的発現解析における増幅 の 影響」 。Scientific Reports。6 25533。Bibcode : 2016NatSR ... 625533P。doi : 10.1038 / srep25533。PMC 4860583。PMID 27156886 。 ↑ Shanker S、Paulson A、Edenberg HJ、Peak A、Perera A、Alekseyev YO、Beckloff N、Bivens NJ、Donnelly R、Gillaspy AF、Grove D、Gu W、Jafari N、Kerley-Hamilton JS、Lyons RH、Tepper C、Nicolet CM (2015 年 4 月)。 「総 RNA の非常に少ない入力量を使用 し たRNA シーケンス 用の市販 RNA 増幅キットの評価」 。Journal of Biomolecular Techniques。26 ( 1): 4– 18。doi : 10.7171/ jbt.15-2601-001。PMC 4310221。PMID 25649271 。 ↑ Jiang L 、Schlesinger F、Davis CA、Zhang Y、Li R、Salit M、Gingeras TR、Oliver B (2011年9月)。 「 RNA - seq 実験 用 の合成スパイクイン標準」 。Genome Research。21 (9): 1543–51。doi : 10.1101 /gr.121095.111。PMC 3166838。PMID 21816910 。 ↑ Kivioja T、Vähärautio A、Karlsson K、Bonke M、Enge M、Linnarsson S、Taipale J (2011年11月)。「ユニーク分子識別子を用いた分子の絶対数の カウント 」 。Nature Methods。9 ( 1 ) : 72–4。doi : 10.1038 / nmeth.1778。PMID 22101854。S2CID 39225091 。 ↑ Tang F, Barbacioru C, Wang Y, Nordman E, Lee C, Xu N, Wang X, Bodeau J, Tuch BB, Siddiqui A, Lao K, Surani MA (2009 年 5 月). "mRNA-Seq による単一細胞の全トランスクリプトーム解析". Nature Methods . 6 (5): 377– 82. doi : 10.1038/nmeth.1315 . PMID 19349980 . S2CID 16570747 . ↑ Islam S、Zeisel A、Joost S 、 La Manno G、Zajac P、Kasper M、Lönnerberg P、Linnarsson S (2014年2月)。 「ユニーク な 分子識別子 を 用い た定量的シングルセルRNAシーケンス」 。Nature Methods。11 (2): 163–6。doi : 10.1038 / nmeth.2772。PMID 24363023。S2CID 6765530 。 ↑ Jaitin DA、Kenigsberg E、Keren-Shaul H、Elefant N、Paul F、Zaretsky I、Mildner A、Cohen N、Jung S、Tanay A、Amit I (2014 年 2 月)。 「 マーカー フリー で 組織 を 細胞型 に 分解するための大 規模 並列シングルセル RNA-seq」 。Science。343 (6172): 776–9。Bibcode : 2014Sci...343..776J。doi : 10.1126 / science.1247651。PMC 4412462。PMID 24531970 。 1 2 Levin JZ、Yassour M 、Adiconis X、Nusbaum C、Thompson DA、Friedman N、Gnirke A、Regev A (2010 年 9 月)。 「 鎖 特異 的 RNA シーケンス法の包括的な比較分析」 。Nature Methods。7 ( 9): 709–15。Bibcode : 2010NatCB ... 7..709L。doi : 10.1038 / nmeth.1491。PMC 3005310。PMID 20711195 。 ↑ Quail MA、Smith M、Coupland P、Otto TD、Harris SR、Connor TR、Bertoni A、Swerdlow HP、Gu Y (2012年7月)。 「 次世代 シーケンシングプラットフォーム3 つ の 物語：Ion Torrent、Pacific Biosciences、Illumina MiSeqシーケンサー の比較」 。BMC Genomics。13 ： 341。doi ： 10.1186/1471-2164-13-341。PMC 3431227。PMID 22827831 。 1 2 Liu L, Li Y, Li S, Hu N, He Y, Pong R, Lin D, Lu L, Law M (2012). "次世代シーケンシングシステムの比較" . Journal of Biomedicine & Biotechnology . 2012 251364. doi : 10.1155/2012/251364 . PMC 3398667 . PMID 22829749 . ↑ 「SRA」 。 2016年10月6日 取得 。 ↑ Loman NJ、Misra RV、Dallman TJ、Constantinidou C、Gharbia SE、Wain J、Pallen MJ (2012 年 5 月)。「卓上型ハイスループットシーケンスプラットフォームの性能 比較 」 。Nature Biotechnology。30 ( 5 ) : 434–9。doi : 10.1038 / nbt.2198。PMID 22522955。S2CID 5300923 。 ↑ Goodwin S、McPherson JD、McCombie WR (2016 年 5 月 )。 「成熟期：次世代シーケンシング技術の 10 年間 」 。Nature Reviews Genetics。17 ( 6 ) : 333–51。doi : 10.1038 / nrg.2016.49。PMC 10373632。PMID 27184599。S2CID 8295541 。 ↑ ガラルデ DR、スネル EA、ジャチモウィッツ D、サイポス B、ロイド JH、ブルース M、パンティック N、アドマス T、ジェームズ P、ウォーランド A、ジョーダン M、チッコーネ J、セラ S、キーナン J、マーティン S、マクニール L、ウォレス EJ、ジャヤシンハ L、ライト C、ブラスコ J、ヤング S、ブロックルバンク D、ジュール S、クラーク J、ヘロンAJ、ターナーDJ（2018年3月）。 「ナノポアのアレイ上での高度に並列なダイレクト RNA シークエンシング」。 ネイチャーメソッド 。 15 (3): 201–206 。 Bibcode : 2018NatCB..15..201G 。 土井 ： 10.1038/nmeth.4577 。 PMID 29334379 。 S2CID 3589823 。 ↑ Loman NJ、Quick J、 Simpson JT (2015年8 月 )。 「ナノポアシーケンスデータのみ を使用 し て de novoで 組み立てられた完全な細菌ゲノム」。Nature Methods。12 ( 8 ): 733–5。Bibcode : 2015NatCB..12..733L。doi : 10.1038/ nmeth.3444。PMID 26076426。S2CID 15053702 。 ↑ Ozsolak F、Platt AR、Jones DR、 Reifenberger JG 、 Sass LE、McInerney P、Thompson JF、Bowers J、Jarosz M、Milos PM (2009 年 10 月)。「直接 RNA シーケンス 」 。Nature。461 ( 7265 ) : 814–8。Bibcode : 2009Natur.461..814O。doi : 10.1038 / nature08390。PMID 19776739。S2CID 4426760 。 1 2 Hart SN、Therneau TM 、Zhang Y、Poland GA、Kocher JP (2013 年 12 月)。 「 RNAシーケンスデータのサンプルサイズ推定 値 の 計算」 。Journal of Computational Biology。20 ( 12): 970–8。doi : 10.1089 / cmb.2012.0283。PMC 3842884。PMID 23961961 。 1 2 3 コネーサ A、マドリガル P、タラソナ S、ゴメス カブレロ D、セルベラ A、マクファーソン A、シュチェジニアク MW、ガフニー DJ、エロ LL、チャン X、モルタザヴィ A (2016 年 1 月)。 「RNA-seq データ解析のベスト プラクティスに関する調査」 。 ゲノム生物学 。 17 13. 土井 ： 10.1186/s13059-016-0881-8 。 PMC 4728800 。 PMID 26813401 。 1 2 ラパポート F、カニン R、リアン Y、ピルン M、クレック A、ズンボ P、メイソン CE、ソッチ ND、ベテル D (2013)。 「RNA-seqデータの差次的遺伝子発現解析法の総合的評価」 。 ゲノム生物学 。 14 (9) 3158: R95。 Bibcode : 2013GenBi..14.3158R 。 土井 ： 10.1186/gb-2013-14-9-r95 。 PMC 4054597 。 PMID 24020486 。 ↑ ENCODEプロジェクトコンソーシアム; Aldred, Shelley F.; Collins, Patrick J.; Davis, Carrie A.; Doyle, Francis; Epstein, Charles B.; Frietze, Seth; Harrow, Jennifer; Kaul, Rajinder; Khatun, Jainab; Lajoie, Bryan R.; Landt, Stephen G.; Lee, Bum-Kyu; Pauli, Florencia; Rosenbloom, Kate R.; Sabo, Peter; Safi, Alexias; Sanyal, Amartya; Shoresh, Noam; Simon, Jeremy M.; Song, Lingyun; Altshuler, Robert C.; Birney, Ewan; Brown, James B.; Cheng, Chao; Djebali, Sarah; Dong, Xianjun; Dunham, Ian; Ernst, Jason; 他 (2012年9月)。 「ヒトゲノムにおけるDNA要素の統合百科事典」 Nature 489 ( 7414 ): 57–74 . Bibcode : 2012Natur.489...57T . doi : 10.1038 /nature11247 . PMC 3439153. PMID 22955616 . ↑ Sloan CA 、 Chan ET、Davidson JM、Malladi VS、Strattan JS、Hitz BC、et al. (2016 年 1 月)。 「 ENCODE ポータル での ENCODE データ」 。Nucleic Acids Research。44 ( D1): D726–32。doi : 10.1093 / nar/ gkv1160。PMC 4702836。PMID 26527727 。 ↑ 「ENCODE: DNA要素の百科事典」 . encodeproject.org . 1 2 Thind AS、Monga I、Thakur PK、Kumari P、Dindhoria K、Krzak M、Ranson M、Ashford B (2021年11月)。「新興バルクRNA-Seqアプリケーションの解明：バイオインフォマティクス手法の応用と有用性」。Briefings in Bioinformatics。22 ( 6 ) bbab259。doi : 10.1093/bib / bbab259。PMID 34329375 。 1 2 Ritchie ME、Phipson B、Wu D、Hu Y、Law CW、Shi W、Smyth GK (2015 年 4 月)。 「 limma は RNA シーケンスおよびマイクロアレイ研究の差分発現解析を強化する」 。Nucleic Acids Research。43 ( 7 ) : e47。doi : 10.1093 /nar/ gkv007。PMC 4402510。PMID 25605792 。 1 2 Robinson MD、McCarthy DJ、Smyth GK (2010 年 1 月)。 「 edgeR: デジタル遺伝子発現データ の 差分 発現解析 のため の Bioconductor パッケージ」 。Bioinformatics。26 ( 1): 139–40。doi : 10.1093 /bioinformatics/ btp616。PMC 2796818。PMID 19910308 。 1 2 Huber W 、 Carey VJ、Gentleman R、Anders S、Carlson M、Carvalho BS、et al . (2015 年 2 月)。 「 Bioconductor を 使用したハイスループットゲノム解析のオーケストレーション」 。Nature Methods。12 ( 2 ): 115–21。doi : 10.1038 / nmeth.3252。PMC 4509590。PMID 25633503 。 ↑ Smyth, GK (2005). "Limma: マイクロアレイデータのための線形モデル". Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor . Statistics for Biology and Health. Springer, New York, NY. pp. 397–420 . CiteSeerX 10.1.1.361.8519 . doi : 10.1007/0-387-29362-0_23 . ISBN 978-0-387-25146-2 。↑ スティーブ、ラッセル（2008）。 マイクロアレイ技術の実践 。リサ A. メドウズ。バーリントン：エルゼビア 。ISBN 978-0-08-091976-8 OCLC 437246554。 1 2 Haas BJ、Papanicolaou A、Yassour M、Grabherr M、Blood PD、Bowden J、Couger MB、Eccles D、Li B、Lieber M、MacManes MD、Ott M、Orvis J、Pochet N、Strozzi F、Weeks N、Westerman R、William T、Dewey CN、Henschel R、LeDuc RD、Friedman N、Regev A (2013 年 8 月)。 「 参照 生成と解析のための Trinity プラットフォームを使用 した RNA-seq から の De novo 転写配列再構築」 。Nature Protocols。8 ( 8): 1494–512。doi : 10.1038 / nprot.2013.084。PMC 3875132。PMID 23845962 。 1 2 Pertea M 、 Pertea GM、Antonescu CM、Chang TC、Mendell JT、Salzberg SL (2015 年 3 月)。 「 StringTie によりRNA-seq リードからのトランスクリプトームの再構築 が 改善される」 。Nature Biotechnology。33 ( 3): 290–5。doi : 10.1038 / nbt.3122。PMC 4643835。PMID 25690850 。 ↑ Kodama Y, Shumway M, Leinonen R (2012年1月). "The Sequence Read Archive: explosive growth of sequencing data" . Nucleic Acids Research . 40 (Database issue): D54–6. doi : 10.1093/nar/gkr854 . PMC 3245110 . PMID 22009675 . 1 2 Edgar R、Domrachev M、Lash AE (2002 年 1 月)。 「 Gene Expression Omnibus: NCBI 遺伝子発現およびハイブリダイゼーションアレイデータリポジトリ」 。Nucleic Acids Research。30 ( 1 ) : 207–10。doi : 10.1093 / nar /30.1.207。PMC 99122。PMID 11752295 。 ↑ Petrov A、Shams S (2004-11-01)。「マイクロアレイ画像処理と品質管理」。信号、画像 、ビデオ技術 のためのVLSI 信号 処理システムジャーナル 。38 (3): 211–226。Bibcode : 2004JSPSy..38..211P。doi : 10.1023 / B : VLSI.0000042488.08307.ad。S2CID 31598448 。 ↑ Petrov A、Shams S ( 2004 ) 。「マイクロアレイ画像処理 と 品質管理」。VLSI 信号処理ジャーナル - 信号、画像、ビデオ技術のためのシステム 。38 ( 3 ): 211–226。Bibcode : 2004JSPSy..38..211P。doi : 10.1023 / B :VLSI.0000042488.08307.ad。S2CID 31598448 。 ↑ Kwon YM、Ricke S (2011). ハイスループット次世代シーケンシング . Methods in Molecular Biology. Vol. 733. SpringerLink. doi : 10.1007/978-1-61779-089-8 . ISBN 978-1-61779-088-1 . S2CID 3684245 . ↑ Nakamura K, Oshima T, Morimoto T, Ikeda S, Yoshikawa H, Shiwa Y, Ishikawa S, Linak MC, Hirai A, Takahashi H, Altaf-Ul-Amin M, Ogasawara N, Kanaya S (2011年7月). "Illuminaシーケンサーの配列特異的エラープロファイル" . Nucleic Acids Research . 39 (13): e90. doi : 10.1093/nar/gkr344 . PMC 3141275 . PMID 21576222 . ↑ Van Verk MC、Hickman R、Pieterse CM、Van Wees SC (2013 年 4 月 )。 「 RNA-Seq: メッセンジャーの解明」。Trends in Plant Science。18 ( 4 ) : 175–9。Bibcode : 2013TPS.... 18..175V。doi : 10.1016 / j.tplants.2013.02.001。hdl : 1874 / 309456。PMID 23481128。S2CID 205453732 。 ↑ Andrews S (2010). "FastQC: ハイスループットシーケンスデータの品質管理ツール" . Babraham Bioinformatics . 2017年5月23日 取得 . ↑ Lo CC、Chain PS (2014 年 11 月)。 「 FaQC による 次世代 シーケンス データの迅速な評価と品質管理」 。BMC Bioinformatics。15 ( 1 ) 366。Bibcode : 2014BMCBi..15..366L。doi : 10.1186/ s12859-014-0366-2。PMC 4246454。PMID 25408143 。 1 2 3 Trapnell C、Hendrickson DG、Sauvageau M、Goff L、Rinn JL、Pachter L (2013 年 1 月)。 「 RNA - seq による 転写レベル解像度での遺伝子制御の差分解析」 。Nature Biotechnology。31 ( 1): 46–53。doi : 10.1038 / nbt.2450。PMC 3869392。PMID 23222703 。 1 2 Xie Y, Wu G, Tang J, Luo R, Patterson J, Liu S, Huang W, He G, Gu S, Li S, Zhou X, Lam TW, Li Y, Xu X, Wong GK, Wang J (2014 年 6 月). "SOAPdenovo-Trans: 短い RNA-Seq リードによる de novo トランスクリプトーム アセンブリ". Bioinformatics . 30 (12): 1660– 6. arXiv : 1305.6760 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu077 . PMID 24532719 . S2CID 5152689 . ↑ Siadjeu, Christian; Mayland-Quellhorst, Eike; Pande, Shruti; Laubinger, Sascha; Albach, Dirk C. (2021). "Transcriptome Sequence Reveals Candidate Genes Involving in the Post-Harvest Hardening of Trifoliate Yam Dioscorea dumetorum" . Plants . 10 (4): 787. Bibcode : 2021Plnts..10..787S . doi : 10.3390/plants10040787 . PMC 8074181 . PMID 33923758 . ↑ HTS Mappers。http ://www.ebi.ac.uk/~nf/hts_mappers/ ↑ Fonseca NA 、 Rung J 、Brazma A、Marioni JC (2012年12月)。 「ハイスループットシーケンスデータのマッピングツール」 。Bioinformatics。28 ( 24 ) : 3169–77。doi : 10.1093/bioinformatics/ bts605。PMID 23060614 。 ↑ Trapnell C、 Pachter L、Salzberg SL ( 2009 年5 月 )。 「TopHat: RNA-Seq によるスプライス接合部の発見」 。Bioinformatics。25 ( 9 ) : 1105–11。doi : 10.1093 /bioinformatics/ btp120。PMC 2672628。PMID 19289445 。 1 2 Trapnell C、Williams BA、Pertea G、Mortazavi A、Kwan G、van Baren MJ、Salzberg SL、Wold BJ、Pachter L (2010 年 5 月)。 「 RNA - Seq による転写産物 の アセンブリと定量化により、細胞分化中の注釈なし転写産物とアイソフォームスイッチングが明らかになる」 。Nature Biotechnology。28 ( 5 ): 511–5。doi : 10.1038 /nbt.1621。PMC 3146043。PMID 20436464 。 ↑ Miller JR、Koren S、Sutton G (2010年6月)。 「 次世代 シーケンス データ の ためのアセンブリアルゴリズム」 。Genomics。95 ( 6 ) : 315–27。doi : 10.1016 /j.ygeno.2010.03.001。PMC 2874646。PMID 20211242 。 ↑ O'Neil ST、Emrich SJ (2013 年7 月 ) 。 「 De Novoトランスクリプトームアセンブリ指標の一貫性と有用性の評価」 。BMC Genomics。14 ( 1 ) : 465。Bibcode : 2013BMCG...14..465O。doi : 10.1186 / 1471-2164-14-465。PMC 3733778。PMID 23837739 。 ↑ Smith-Unna R 、 Boursnell C、Patro R、Hibberd JM、Kelly S (2016 年 8 月)。 「 TransRate : de novoトランス クリプ トーム アセンブリの参照フリー品質評価」 。Genome Research。26 ( 8): 1134–44。doi : 10.1101/gr.196469.115。PMC 4971766。PMID 27252236 。 ↑ リー B、フィルモア N、バイ Y、コリンズ M、トムソン JA、スチュワート R、デューイ CN (2014 年 12 月)。 「RNA-Seq データからの de novo トランスクリプトーム アセンブリの評価」 。 ゲノム生物学 。 15 (12) 553. Bibcode : 2014GenBi..15..553L 。 土井 : 10.1186/s13059-014-0553-5 。 PMC 4298084 。 PMID 25608678 。 ↑ Zerbino DR 、Birney E (2008 年5 月 )。 「 Velvet: de Bruijn グラフ を 使用 した de novo ショート リード アセンブリのアルゴリズム」 。Genome Research。18 ( 5): 821–9。doi : 10.1101 /gr.074492.107。PMC 2336801。PMID 18349386 。 ↑ Schulz MH、Zerbino DR 、 Vingron M 、Birney E (2012 年 4 月 )。 「Oases: 発現レベルのダイナミック レンジ全体にわたる堅牢な de novo RNA-seq アセンブリ」 。Bioinformatics。28 ( 8 ) : 1086–92。doi : 10.1093 / bioinformatics / bts094。PMC 3324515。PMID 22368243 。 ↑ Robertson G、Schein J、Chiu R、Corbett R、Field M、Jackman SD、et al. (2010年11月)。「RNA-seqデータのde novoアセンブリと 解析 」 。Nature Methods。7 ( 11 ) : 909–12。doi : 10.1038 / nmeth.1517。hdl : 1885 / 51040。PMID 20935650。S2CID 1034682 。 1 2 Grabherr MG、Haas BJ、Yassour M、Levin JZ、Thompson DA、Amit I、Adiconis X、Fan L、Raychowdhury R、Zeng Q、Chen Z、Mauceli E、Hacohen N、Gnirke A、Rhind N、di Palma F、Birren BW、Nusbaum C、Lindblad-Toh K、Friedman N、Regev A (2011 年 5 月)。 「 参照 ゲノム なし で RNA-Seq データから全長トランスクリプトームをアセンブリする」 。Nature Biotechnology。29 ( 7 ): 644–52。doi : 10.1038 / nbt.1883。PMC 3571712。PMID 21572440 。 ↑ Chevreux B、Pfisterer T、Drescher B、Driesel AJ、Müller WE、Wetter T、Suhai S (2004 年 6 月)。 「配列決定さ れた EST における信頼性 の高い自動 mRNA 転写 産物アセンブリと SNP検出 の ための miraEST アセンブラーの使用」 。Genome Research。14 ( 6): 1147–59。doi : 10.1101/ gr.1917404。PMC 419793。PMID 15140833 。 ↑ Margulies M、Egholm M、Altman WE、Attiya S、Bader JS、Bemben LA、 他。 (2005 年 9 月)。 「微細加工された高密度ピコリットルリアクターにおけるゲノム配列決定」 。 自然 。 437 (7057): 376–80 。 ビブコード : 2005Natur.437..376M 。 土井 ： 10.1038/nature03959 。 PMC 1464427 。 PMID 16056220 。 ↑ Kumar S、Blaxter ML (2010 年10 月 )。 「454 トランスクリプトーム データに対する de novo アセンブラー の 比較」 。BMC Genomics。11 ( 1 ) 571。Bibcode : 2010BMCG... 11..571K。doi : 10.1186 / 1471-2164-11-571。PMC 3091720。PMID 20950480 。 ↑ Bankevich A、Nurk S、Antipov D、Gurevich AA、Dvorkin M、Kulikov AS、Lesin VM、Nikolenko SI、Pham S、Prjibelski AD、Pyshkin AV、Sirotkin AV、Vyahhi N、Tesler G、Alekseyev MA、Pevzner PA (2012 年 5 月)。 「 SPAdes : 新しいゲノムアセンブリアルゴリズムとそのシングルセルシーケンスへの応用」 。Journal of Computational Biology。19 ( 5 ) : 455–77。doi : 10.1089 / cmb.2012.0021。PMC 3342519。PMID 22506599 。 ↑ Li B、Dewey CN (2011 年 8 月)。 「 RSEM : 参照ゲノムの有無にかかわらず、RNA-Seq データからの正確な転写産物 定量 」 。BMC Bioinformatics。12 323。doi : 10.1186 / 1471-2105-12-323。PMC 3163565。PMID 21816040 。 ↑ Kovaka, Sam; Zimin, Aleksey V.; Pertea, Geo M.; Razaghi, Roham; Salzberg, Steven L.; Pertea, Mihaela (2019). "StringTie2 を使用したロングリード RNA-seq アライメントからのトランスクリプトーム アセンブリ" . Genome Biology . 20 (1) 278. bioRxiv 10.1101/694554 . doi : 10.1186/s13059-019-1910-1 . PMC 6912988 . PMID 31842956 . ↑ Gehlenborg N、O'Donoghue SI、Baliga NS、Goesmann A、Hibbs MA、Kitano H、Kohlbacher O、Neuweger H、Schneider R、Tenenbaum D、Gavin AC (2010 年 3 月)。「システム生物学のためのオミクスデータの可視化」。Nature Methods。7 ( 3 Suppl ) : S56–68。Bibcode : 2010NatCB ... 7S..56G。doi : 10.1038 / nmeth.1436。PMID 20195258。S2CID 205419270 。 ↑ Anders S、Pyl PT、Huber W (2015 年1 月 )。 「HTSeq ― 高スループットシーケンスデータを扱うための Python フレームワーク」 。Bioinformatics。31 ( 2 ) : 166–9。doi : 10.1093 / bioinformatics/ btu638。PMC 4287950。PMID 25260700 。 ↑ Bray NL、Pimentel H 、 Melsted P 、 Pachter L (2016 年5 月 ) 。 「ほぼ最適な確率的 RNA-seq 定量化」 。Nature Biotechnology。34 ( 5): 525–7。doi : 10.1038 / nbt.3519。PMID 27043002。S2CID 205282743 。 ↑ Li H、Handsaker B、Wysoker A、Fennell T、Ruan J、Homer N、Marth G、Abecasis G、Durbin R (2009 年 8 月)。 「 配列 アライメント / マップ形式と SAMtools」 。Bioinformatics。25 (16) : 2078–9。doi : 10.1093 / bioinformatics / btp352。PMC 2723002。PMID 19505943 。 ↑ Love MI、Huber W 、Anders S (2014)。 「DESeq2 を 用い たRNA-seq データのフォールドチェンジと分散 の 調整推定」 。Genome Biology。15 ( 12 ) 550。Bibcode : 2014GenBi..15..550L。doi : 10.1186 / s13059-014-0550-8。PMC 4302049。PMID 25516281 。 ↑ Frazee AC、Pertea G 、 Jaffe AE、Langmead B、Salzberg SL、Leek JT (2015年3月)。 「 Ballgown は トランス クリプトームアセンブリと発現解析の間のギャップを埋める」 。Nature Biotechnology。33 ( 3 ): 243–6。Bibcode : 2015NatBi..33..243F。doi : 10.1038 / nbt.3172。PMC 4792117。PMID 25748911 。 ↑ Fang Z、Cui X（2011年5月）。 「 RNA -seq実験における設計と検証 の 問題」 。Briefings in Bioinformatics。12 （3）： 280–7。doi ： 10.1093 /bib/ bbr004。PMID 21498551 。 ↑ Ramsköld D、Wang ET、Burge CB、Sandberg R (2009 年 12 月)。 「組織トランス クリプトーム配列データによって明らか に なった、 遍在的に発現する遺伝子の豊富さ」 。PLOS Computational Biology。5 ( 12 ) e1000598。Bibcode : 2009PLSCB ... 5E0598R。doi : 10.1371 / journal.pcbi.1000598。PMC 2781110。PMID 20011106 。 ↑ Vandesompele J、De Preter K、Pattyn F、Poppe B、Van Roy N、De Paepe A、Speleman F (2002年6月)。 「複数 の 内部コントロール遺伝子の幾何平均によるリアルタイム定量RT-PCRデータの正確な正規化」 。Genome Biology。3 ( 7 ) research0034.1。doi : 10.1186 / gb-2002-3-7- research0034。PMC 126239。PMID 12184808 。 ↑ Core LJ、Waterfall JJ、Lis JT (2008 年 12 月)。 「 新生 RNA シーケンス解析により、ヒトプロモーターにおける広範な一時停止と多様な開始が明らかになった 」 。Science。322 ( 5909 ) : 1845–8。Bibcode : 2008Sci ... 322.1845C。doi : 10.1126 / science.11 62228。PMC 2833333。PMID 19056941 。 ↑ Camarena L、Bruno V、Euskirchen G、Poggio S、Snyder M (2010年4月) 「RNAシーケンスによって明らかになったエタノール誘発性病原性の分子メカニズム」 PLOS Pathogens 6 ( 4) e1000834. doi : 10.1371/journal.ppat.1000834 . PMC 2848557 . PMID 20368969 . 1 2 Govind G、Harshavardhan VT、ThammeGowda HV、Patricia JK、Kalaiarasi PJ、Dhanalakshmi R、Ayer DR、Senthil Kumar M、Muthappa SK、Sreenivasulu N、Nese S、Udayakumar M、Makarla UK (2009 年 6 月)。 「落花生における段階的な水分ストレスに応答して優先的に発現される、独特の干ばつ誘発遺伝子セットの同定と機能検証」 。 分子遺伝学とゲノミクス 。 281 (6): 591–605 . 土井 : 10.1007/s00438-009-0432-z 。 PMC 2757612 。 PMID 19224247 。 ↑ Tavassoly, Iman; Goldfarb, Joseph; Iyengar, Ravi (2018-10-04). "Systems biology primer: the basic methods and approaches". Essays in Biochemistry . 62 (4): 487–500 . doi : 10.1042/EBC20180003 . ISSN 0071-1365 . PMID 30287586. S2CID 52922135 . ↑ Costa V、Aprile M、Esposito R、Ciccodicola A ( 2013年2 月 )。 「RNA-Seqとヒトの複雑疾患：最近の成果と将来の展望」 。European Journal of Human Genetics。21 ( 2): 134–42。doi : 10.1038 / ejhg.2012.129。PMC 3548270。PMID 22739340 。 ↑ Khurana E、Fu Y、Chakravarty D、Demichelis F、Rubin MA、Gerstein M (2016年2月)。「がんにおける非コード配列変異の役割」 。Nature Reviews Genetics。17 ( 2 ) : 93– 108。doi : 10.1038 / nrg.2015.17。PMID 26781813。S2CID 14433306 。 ↑ Slotkin RK、Martienssen R（2007年4月）。 「転移 因子 とゲノムのエピジェネティック制御」。Nature Reviews Genetics。8 （ 4 ） ： 272–85。doi ： 10.1038 / nrg2072。PMID 17363976。S2CID 9719784 。 ↑ Proserpio V、Mahata B (2016 年2 月 ) 。 「免疫系 を 研究するための シングルセル技術」 。Immunology。147 (2 ) : 133–40。doi : 10.1111 / imm.12553。PMC 4717243。PMID 26551575 。 1 2 Byron SA、Van Keuren-Jensen KR、Engelthaler DM、Carpten JD、Craig DW (2016 年 5 月)。 「 RNA シーケンス を 臨床診断に翻訳する: 機会と課題」 。Nature Reviews Genetics。17 ( 5): 257–71。doi : 10.1038 / nrg.2016.10。PMC 7097555。PMID 26996076 。 ↑ Wu HJ、Wang AH、Jennings MP (2008年2月)。 「病原性細菌の毒性因子の発見」 (PDF) 。 Current Opinion in Chemical Biology 。 12 (1): 93– 101。 Bibcode : 2008COCB...12...93W 。 doi : 10.1016/j.cbpa.2008.01.023 。 PMID 18284925 。 ↑ 鈴木S、堀之内T、古澤C（2014年12月） 「遺伝子発現プロファイルによる抗生物質 耐性 の予測」 Nature Communications . 5 5792. Bibcode : 2014NatCo...5.5792S . doi : 10.1038/ncomms6792 . PMC 4351646. PMID 25517437 . ↑ Westermann AJ 、Gorski SA、Vogel J (2012 年 9 月 )。 「病原体と宿主のデュアル RNA-seq」 (PDF) 。Nature Reviews. Microbiology 。10 (9): 618–30。doi : 10.1038 /nrmicro2852 。 PMID 22890146 。 S2CID 205498287 。 ↑ Durmuş S、Çakır T 、Özgür A、Guthke R (2015)。 「病原体 と宿主 の相互作用の計算システム 生物 学に関するレビュー」 。Frontiers in Microbiology。6 ： 235。doi ： 10.3389 /fmicb.2015.00235。PMC 4391036。PMID 25914674 。 1 2 Garg R、Shankar R、Thakkar B、Kudapa H、Krishnamurthy L、Mantri N、Varshney RK、Bhatia S、Jain M (2016 年 1 月)。 「 トランスクリプトーム解析により 、ヒヨコマメの干ばつおよび塩分ストレスに対する遺伝子型および発生段階特異的な分子応答が明らかに なっ た 」 。Scientific Reports。6 19228。Bibcode : 2016NatSR ... 619228G。doi : 10.1038 / srep19228。PMC 4725360。PMID 26759178 。 ↑ García-Sánchez S、Aubert S、Iraqui I、Janbon G、Ghigo JM、d'Enfert C (2004年4月) 「カンジダ・アルビカンスのバイオフィルム：特異的かつ安定した遺伝子発現パターンに関連する発達状態」 . Eukaryotic Cell . 3 (2): 536–45 . doi : 10.1128 / EC.3.2.536-545.2004 . PMC 387656. PMID 15075282 . ↑ Rich SM、Leendertz FH、Xu G、LeBreton M、Djoko CF、Aminake MN、Takang EE、Diffo JL、Pike BL、Rosenthal BM、Formenty P、Boesch C、Ayala FJ、Wolfe ND (2009 年 9 月)。 「 悪性 マラリア の 起源」 。 米国 科学アカデミー紀要 。106 ( 35) : 14902–7。Bibcode : 2009PNAS..10614902R。doi : 10.1073 / pnas.0907740106。PMC 2720412。PMID 19666593 。 ↑ Mok S、Ashley EA、Ferreira PE、Zhu L、Lin Z、Yeo T、et al . (2015 年 1 月)。 「 薬剤 耐性 。ヒトマラリア原虫 の集団トランスクリプトミクス により 、 アルテミシニン耐性のメカニズムが明らかに」 。Science。347 ( 6220): 431–5。Bibcode : 2015Sci...347..431M。doi : 10.1126 /science.1260403。PMC 5642863。PMID 25502316 。 1 2 3 4 Page, Tessa M.; Lawley, Jonathan W. (2022). "次世代が到来：海洋生態学におけるトランスクリプトミクスアプローチのレビュー" . Frontiers in Marine Science . 9 757921. Bibcode : 2022FrMaS...957921P . doi : 10.3389/fmars.2022.757921 . hdl : 10072/428702 . ISSN 2296-7745 . ↑ Verbruggen N 、Hermans C 、Schat H (2009 年3 月 )。 「 植物 における 金属過剰蓄積の分子メカニズム」 (PDF) 。The New Phytologist。181 ( 4): 759–76。Bibcode : 2009NewPh.181..759V。doi : 10.1111/ j.1469-8137.2008.02748.x。PMID 19192189 。 ↑ Li Z, Zhang Z, Yan P, Huang S, Fei Z, Lin K (2011年11月). "RNA-Seqによりキュウリゲノムのタンパク質コード遺伝子の注釈が改善される" . BMC Genomics . 12 (1) 540. Bibcode : 2011BMCG...12..540L . doi : 10.1186/1471-2164-12-540 . PMC 3219749 . PMID 22047402 . ↑ Hobbs M、Pavasovic A、King AG、Prentis PJ、Eldridge MD、Chen Z、Colgan DJ、Polkinghorne A、Wilkins MR、Flanagan C、Gillett A、Hanger J、Johnson RN、Timms P (2014 年 9 月)。 「 コアラ (Phascolarctos cinereus) のトランスクリプトーム リソース: コアラ レトロウイルスの転写と配列の多様性に関する洞察 」 。BMC Genomics。15 ( 1 ) 786。doi : 10.1186 / 1471-2164-15-786。PMC 4247155。PMID 25214207 。 ↑ Howe GT、Yu J、Knaus B、Cronn R、Kolpak S、Dolan P、Lorenz WW、Dean JF (2013 年 2 月)。 「 ダグラス モミ の SNP リソース: de novo トランスクリプトーム アセンブリ、SNP 検出および検証」 。BMC Genomics。14 ( 1 ) : 137。Bibcode : 2013BMCG...14..137H。doi : 10.1186 / 1471-2164-14-137。PMC 3673906。PMID 23445355 。 ↑ McGrath LL、Vollmer SV、Kaluziak ST、Ayers J ( 2016 年 1 月 )。 「 アメリカ ザリガニ Homarus americanus の新規トランスクリプトームアセンブリと神経系組織全体にわたる遺伝子発現の差異の特性 評価 」 。BMC Genomics。17 63。doi : 10.1186 / s12864-016-2373-3。PMC 4715275。PMID 26772543 。 ↑ Noller HF (1991). "リボソームRNAと翻訳". Annual Review of Biochemistry . 60 : 191–227 . doi : 10.1146/annurev.bi.60.070191.001203 . PMID 1883196 . ↑ Christov CP、Gardiner TJ、Szüts D 、Krude T（2006 年 9月）。 「ヒト染色体DNA複製における非コードY RNAの機能的要件」 。Molecular and Cellular Biology。26 （ 18 ） ： 6993–7004。doi ： 10.1128/ MCB.01060-06。PMC 1592862。PMID 16943439 。 ↑ Kishore S、Stamm S（2006 年 1月 ）。 「 snoRNA HBII-52はセロトニン受容体2Cの選択的スプライシングを制御する」 。Science。311 （ 5758 ） ： 230–2。Bibcode ： 2006Sci ... 311..230K。doi ： 10.1126 / science.11 18265。PMID 16357227。S2CID 44527461 。 ↑ Hüttenhofer A、Schattner P、Polacek N (2005 年5 月 )。「非コード RNA: 希望か誇大広告か?」。 Trends in Genetics。21 ( 5): 289–97。doi : 10.1016 / j.tig.2005.03.007。PMID 15851066 。 ↑ Esteller M (2011年 11月). 「ヒト疾患における非コードRNA」. Nature Reviews Genetics . 12 (12): 861–74 . doi : 10.1038/nrg3074 . PMID 22094949. S2CID 13036469 . ↑ 「遺伝子発現オムニバス」 。www.ncbi.nlm.nih.gov 。 2018 年3月26日 取得 。 1 2 Brazma A、Hingamp P、Quackenbush J、Sherlock G、Spellman P、Stoeckert C、Aach J、Ansorge W、Ball CA、Causton HC、Gaasterland T、Glenisson P、Holstege FC、Kim IF、Markowitz V、Matese JC、Parkinson H、Robinson A、Sarkans U、Schulze-Kremer S、Stewart J、Taylor R、Vilo J、Vingron M (2001 年 12 月)。 「 マイクロアレイ 実験に関する最小限の情報 (MIAME) - マイクロアレイデータの標準化 に 向け て 」 。Nature Genetics。29 ( 4 ): 365–71。doi : 10.1038/ ng1201-365。PMID 11726920。S2CID 6994467 。 1 2 Brazma A (2009 年 5月 ) 「マイクロアレイ実験に関する最小限の情報 (MIAME) - 成功、失敗、課題」 TheScientificWorldJournal 9 : 420–3 . doi : 10.1100 /tsw.2009.57 . PMC 5823224 . PMID 19484163 . ↑ コレスニコフ N、ヘイスティングス E、キーズ M、メルニチュク O、タン YA、ウィリアムズ E、ディラグ M、クルバトワ N、ブランディジ M、バーデット T、メギー K、ピリチェバ E、ルスティチ G、チホノフ A、パーキンソン H、ペトリザック R、サルカンス U、ブラズマ A (2015 年 1 月)。 「ArrayExpress の更新 - データ送信の簡素化」 。 核酸研究 。 43 (データベースの問題): D1113–6。 土井 ： 10.1093/nar/gku1057 。 PMC 4383899 。 PMID 25361974 。 ↑ Petryszak R、Keays M、Tang YA、Fonseca NA、Barrera E、Burdett T、Füllgrabe A、Fuentes AM、Jupp S、Koskinen S、Mannion O、Huerta L、Megy K、Snow C、Williams E、Barzine M、Hastings E、Weisser H、Wright J、Jaiswal P、Huber W、Choudhary J、Parkinson HE、Brazma A (2016 年 1 月)。 「 Expression Atlas の更新 - ヒト、動物、植物における遺伝子および タンパク質 発現の統合データベース」 。Nucleic Acids Research。44 ( D1) : D746–52。doi : 10.1093/nar/ gkv1045。PMC 4702781。PMID 26481351 。 ↑ Hruz T、Laule O、Szabo G、Wessendorp F、Bleuler S、Oertle L、Widmayer P、Gruissem W、Zimmermann P (2008)。 「 Genevestigator v3: トランスクリプ トーム のメタ解析のための参照発現データベース」 。Advances in Bioinformatics。2008 420747。doi : 10.1155 / 2008 / 420747。PMC 2777001。PMID 19956698 。 ↑ Mitsuhashi N, Fujieda K, Tamura T, Kawamoto S, Takagi T, Okubo K (2009 年 1 月). "BodyParts3D: 解剖学的概念のための 3D 構造データベース" . Nucleic Acids Research . 37 (データベース特集号): D782–5. doi : 10.1093/nar/gkn613 . PMC 2686534 . PMID 18835852 . ↑ Zhao Y, Li H, Fang S, Kang Y, Wu W, Hao Y, Li Z, Bu D, Sun N, Zhang MQ, Chen R (2016年1月). "NONCODE 2016: 長鎖ノンコーディングRNAの有益で貴重なデータソース" . Nucleic Acids Research . 44 (D1): D203–8. doi : 10.1093/nar/gkv1252 . PMC 4702886 . PMID 26586799 .
さらに読む Lowe R、Shirley N、Bleackley M、Dolan S、Shafee T (2017年5月) 「トランスクリプトミクス技術」 PLOS Computational Biology 13 (5) e1005457. Bibcode : 2017PLSCB..13E5457L . doi : 10.1371 /journal.pcbi.1005457 . PMC 5436640 . PMID 28545146 . 生命科学リファレンスモジュールにおける比較トランスクリプトミクス解析 トランスクリプトミクスで使用されるソフトウェア：
この記事は、 CC BY 4.0ライセンス ( 2017 ) (査読者レポート)の下で以下のソースから改変されました: Rohan Lowe; Neil Shirley; Mark Bleackley; Stephen Dolan; Thomas Shafee (2017 年 5 月 18 日) "Transcriptomics technologies" . PLOS Computational Biology . 13 (5) e1005457. doi : 10.1371/JOURNAL.PCBI.1005457 . ISSN 1553-734X . PMC 5436640 . PMID 28545146 . S2CID 3714586 . Wikidata Q33703532 .