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バイナリアライメントマップ（BAM）は、ゲノム配列の包括的な生データです。[1]配列アライメントマップファイルのロスレス圧縮バイナリ表現で構成されています。[2] [3]
BAM は、ヌクレオチド配列アラインメントのコンパクトでインデックス可能な表現である SAM (Sequence Alignment Map) の圧縮バイナリ表現です。[4]インデックスの目的は、すべてのアラインメントを調べなくても、特定の場所と重なるアラインメントをすばやく取得することです。インデックスを作成する前に、BAM は参照 ID でソートし、次に左端の座標でソートする必要があります。[5] BAM は圧縮された BGZF 形式です。
BAMファイルの構造には、ヘッダーセクションとアライメントセクションが含まれます。[6]
- ヘッダー - サンプル名、サンプルの長さ、アライメント方法はすべてこのセクションに含まれています。アライメント セクションには、ヘッダー セクションの特定の情報にリンクされたアライメントが含まれています。
- アライメント - 読み取り名、読み取りシーケンス、読み取り品質、アライメント情報、カスタム タグはすべてこのファイルに含まれています。染色体、開始座標、アライメント品質、一致記述子文字列はすべて読み取り名に含まれています。
- アライメント セクションには次の内容が含まれます。
- 読書グループ (RG)
- バーコードタグ（BC）
- シングルエンドアライメント品質（SM）
- ペアエンドアライメント品質 (AS)
- 距離タグを編集 (NM)
- アンプリコン名札（XN）
- アライメント セクションには次の内容が含まれます。
BAM形式は0ベースの座標系を使用するのに対し、SAMは1ベースの座標系を使用する。BAMは[−2^31、2^32)の範囲の値を表すことができる。[5]
SAM/BAM で動作するシーケンスおよび分析ツールのリストを表示するには、ここをクリックしてください。
参照
外部リンク
- SAMフォーマット仕様
参考文献
- ^ 「カール・ジマーのゲノムゲーム、シーズン1：エピソード3、BAMがすべてを明かす」。STAT 。 2016年8月21日閲覧。
- ^ Li, Heng (2009-06-08). 「シーケンスアライメント/マップフォーマットとSAMtools」(PDF) .バイオインフォマティクス. 25 : 2078–9. doi :10.1093/bioinformatics/btp352. PMC 2723002 . PMID 19505943.
- ^ 「バイナリアライメントマップ」。国立がん研究所ウィキ。 2016年8月21日閲覧。
- ^ 「ゲノムブラウザ BAM トラックフォーマット」. genome.ucsc.edu . 2022年5月5日閲覧。
- ^ ab 「配列アライメント/マップフォーマット仕様」(PDF)。SAM /BAMフォーマット仕様ワーキンググループ。2021年6月3日。
- ^ 「BAM ファイル形式」。support.illumina.com 。2022 年 5 月 5 日閲覧。