シーケンス読み取りアーカイブ

シーケンス読み取りアーカイブ
コンテンツ
説明	FASTQ シーケンス; BAM データ
生物	全て
接触
研究センター	国立生物工学情報センター; 欧州バイオインフォマティクス研究所; 日本DNAデータバンク
アクセス
Webサイト	www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/www.ebi.ac.uk/ena/trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/index_e.html; ;

シーケンスリードアーカイブ（SRA、以前はショートリードアーカイブと呼ばれていました）は、 DNA配列データ、特にハイスループットシーケンシングによって生成された「ショートリード」（通常は長さが1,000塩基対未満）の公開リポジトリを提供するバイオインフォマティクスデータベースです。 ^{[1]このアーカイブは}、国際ヌクレオチド配列データベースコラボレーション（INSDC）の一部であり、NCBI、欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）、日本DNAデータバンク（DDBJ）の共同作業として運営されています。

このアーカイブは、RNA-SeqおよびChIP-Seq研究、ならびにヒトマイクロバイオームプロジェクトや1000ゲノムプロジェクトなどの大規模研究によって生成されたデータのリポジトリを提供するために、2007年に国立生物工学情報センター（NCBI）によって設立されました。^[1]^[2]当初はショートリードアーカイブと呼ばれていましたが、将来のシーケンシング技術によりより長いシーケンスリードが生成できるようになることを見越して名前が変更されました。^[3]

シーケンスリードアーカイブに保管されているデータの量は急速に増加しています。2010年9月現在、SRAの65%はヒトゲノム配列で、残りの16%はヒトメタゲノム配列の読み取りに関連しています。^[6]このデータの多くは1000ゲノムプロジェクトを通じて保管されています。2011年6月、SRAに含まれるデータは100テラベースDNAを超えました。^[2]

SRAに提出されるファイルの推奨データ形式はBAM形式であり、アラインメントされたリードとアラインメントされていないリードの両方を保存できます。^[6] SRAは内部的に、3つのINSDCメンバーデータベースすべてで使用されているNCBI SRAツールキットに依存して、柔軟なデータ圧縮、APIアクセス、およびFASTQなどの他の形式への変換を提供しています。^[5]

NCBIは2011年2月に資金削減のためNCBI SRAを閉鎖する計画を発表しました。^[2]^[7]しかし、EBIとDDBJはSRAを引き続き支援すると発表した。^[8] 2011年10月、NCBIはSRAへの資金提供の継続を発表しました。^[2]

SRAへのデータの登録は、ほとんどの資金提供機関とオープンアクセスジャーナルによって義務付けられています。ネイチャー・パブリッシング・グループのジャーナルでは、DNAおよびRNAの配列データをSRAを通じて公開することが義務付けられています。^[9]

参照

生物学データベースのリスト

参考文献

^ ab Wheeler, DL; Barrett, T; Benson, DA; Bryant, SH; Canese, K; Chetvernin, V; Church, DM; Dicuccio, M; Edgar, R; Federhen, S; Feolo, M; Geer, LY; Helmberg, W; Kapustin, Y; Khovayko, O; Landsman, D; Lipman, DJ; Madden, TL; Maglott, DR ; Miller, V; Ostell, J; Pruitt, KD; Schuler, GD; Shumway, M; Sequeira, E; Sherry, ST; Sirotkin, K; Souvorov, A; Starchenko, G; Tatusov, RL; Tatusova, TA; Wagner, L; Yaschenko, E (2008 年 1 月)。「国立バイオテクノロジー情報センターのデータベースリソース」。Nucleic Acids Research。36 （データベース号）：D13-21。doi ：10.1093 / nar /gkm1000。PMC 2238880。PMID 18045790。
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^ 「データと資料の入手可能性：著者と審査員@npg」www.nature.com 。 2014年9月2日閲覧。

外部リンク

欧州ヌクレオチドアーカイブ、SRA での検索ページ
NCBI の SRA ホームページ。
EBI での ERA 提出。
DDBJのDRAホームページ。

[sra-ref-1] Wheeler, DL; Barrett, T; Benson, DA; Bryant, SH; Canese, K; Chetvernin, V; Church, DM; Dicuccio, M; Edgar, R; Federhen, S; Feolo, M; Geer, LY; Helmberg, W; Kapustin, Y; Khovayko, O; Landsman, D; Lipman, DJ; Madden, TL; Maglott, DR ; Miller, V; Ostell, J; Pruitt, KD; Schuler, GD; Shumway, M; Sequeira, E; Sherry, ST; Sirotkin, K; Souvorov, A; Starchenko, G; Tatusov, RL; Tatusova, TA; Wagner, L; Yaschenko, E (2008 年 1 月)。「国立バイオテクノロジー情報センターのデータベースリソース」。Nucleic Acids Research。36 （データベース号）：D13-21。doi ：10.1093 / nar /gkm1000。PMC 2238880。PMID 18045790。

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