レプリケーション ヒトミトコンドリアDNAの2本の鎖は、重鎖と軽鎖として区別される。[ 33 ] ミトコンドリアDNAの複製と転写開始の調節は、単一の遺伝子間非コード領域(NCR)に位置する。[ 33 ] ヒトでは、1,100塩基対のNCR領域には、2つのL鎖プロモーター(LSPとLSP2)と1つのH鎖プロモーター(HSP)の3つのプロモーターが含まれている。[ 34 ] 核DNA複製の双方向かつ特異的な開始点とは異なり、ミトコンドリアDNAには、NCRに位置するリーディングH鎖( OH )とtRNA遺伝子クラスターに位置するラギングL鎖(OL ) の2つの鎖特異的かつ一方向性の複製開始点がある。[ 35 ]
ミトコンドリアDNAは、POLG 遺伝子によってコードされる140 kDaの触媒DNAポリメラーゼとPOLG2遺伝子によってコードされる2つの55 kDaの補助サブユニットから構成されるDNAポリメラーゼγ複合体によって 複製さ れる。[ 36 ] レプリソーム機構は、DNAポリメラーゼ、 TWINKLE、 およびミトコンドリアSSBタンパク質 によって形成される。TWINKLEはヘリカーゼ であり、5'から3'の方向に短いdsDNAの断片をほどく。[ 37 ] ミトコンドリア一本鎖DNA結合タンパク質(SSB)は、 DNA複製中にPOLGと協調してその活性を発揮する。[ 38 ] これらのポリペプチドはすべて核ゲノムにコードされている。
胚発生 中、mtDNAの複製は受精卵から着床前胚まで厳密に下方制御される。[ 39 ] その結果生じる細胞あたりのmtDNAコピー数の減少は、ミトコンドリアのボトルネックに関与し、細胞間のばらつき を利用して有害な突然変異の遺伝を軽減する。[ 40 ] ジャスティン・セント・ジョンらによると、「胚盤胞段階では、mtDNA複製の開始は 栄養外胚葉 の細胞に特異的である。[ 39 ] 対照的に、内細胞塊 の細胞は、特定の細胞型に分化する ためのシグナル を受け取るまでmtDNA複製を制限する。」[ 39 ]
DNA修復 ミトコンドリアではいくつかのDNA修復経路が報告されているが、現在、塩基除去修復経路が最も包括的に記述されている。[ 41 ] ミトコンドリアDNAの維持に用いられるタンパク質は核遺伝子によってコードされ、ミトコンドリアに転座する。[ 41 ] ヒト細胞のミトコンドリアは、 核のDNAミスマッチ修復 経路とは異なる経路によってDNA 塩基 対ミスマッチを修復することができる。 [ 42 ] このミトコンドリア特有の経路には、ミスマッチ修復のミスマッチ結合および認識ステップで作用すると考えられるYボックス結合タンパク質1(YB-1またはYBX1と命名)の活性が含まれる。[ 42 ] ミトコンドリアに特有のDNA修復機構は、ミトコンドリアDNAが酸化的リン酸化系に近接していること、ひいてはATP産生中に生成されるDNA損傷性活性酸素種に近接していることを反映している可能性がある。[ 43 ]
ヒトミトコンドリアDNA。37 個の遺伝子がそれぞれH鎖とL鎖上に配置されている。
ヒトミトコンドリアDNA上の遺伝子とその転写 ヒトゲノム の模式図。23 対の染色体とミトコンドリアゲノム(左下に縮尺を合わせて「MT」と注釈)が示されている。ヒトゲノムは他のゲノムに比べて比較的小さく、ヒト細胞あたりのコピー数は0(赤血球 )[ 44 ] から1,500,000(卵母細胞 )[ 45 ] まで変化する。ヒトミトコンドリアDNAの2本の鎖は、重鎖と軽鎖として区別される。重鎖はグアニン に富み、酸化的リン酸化 システムの12個のサブユニット、2つのリボソームRNA (12Sと16S)、および14個のトランスファーRNA (tRNA)をコードする。軽鎖は1つのサブユニットと8個のtRNAをコードする。したがって、mtDNAは合計で2つのrRNA、22個のtRNA、および13個のタンパク質サブユニット をコードしており、これらはすべて酸化的リン酸化プロセスに関与している。[ 46 ] [ 47 ]
ヒトミトコンドリアDNAの完全な配列をグラフィック形式で示したもの ほとんどの(ただし全てではない)タンパク質コード領域の間にはtRNAが存在する(ヒトミトコンドリアゲノムマップを 参照)。転写中、tRNAは特徴的なL字型になり、特定の酵素によって認識され切断される。ミトコンドリアRNAプロセシングにより、個々のmRNA、rRNA、およびtRNA配列が一次転写産物から放出される。[ 49 ] したがって、折り畳まれたtRNAは二次構造の句読点として機能する。[ 50 ]
転写は、単一サブユニットのミトコンドリアRNAポリメラーゼ(POLRMT)によって行われます。2つの補助因子、ミトコンドリア転写因子A(TFAM)およびミトコンドリア転写因子B2(TFB2M)と結合して、POLRMT複合体はプロモーターを認識し、転写を開始します。[ 51 ] 転写の結果、ポリシストロン転写産物が生成され、それが個別のミトコンドリアRNA顆粒内で処理されて、個々のmRNA、tRNA、およびrRNAになります。[ 52 ]
転写の調節 重鎖と軽鎖の転写開始のプロモーターは、mtDNAの主要な非コード領域である置換ループ、Dループ に位置している。[ 46 ] ミトコンドリアrRNAの転写は重鎖プロモーター1(HSP1)によって制御され、タンパク質サブユニットをコードするポリシストロン転写産物の転写はHSP2によって制御されるという証拠がある。[ 46 ]
ウシ組織におけるmtDNAコードRNAのレベルの測定により、ミトコンドリアRNAの発現が全組織RNAと比較して大きな違いがあることが示されています。[ 53 ] 検査した12の組織の中で、最も高い発現レベルは心臓で観察され、次いで脳とステロイド産生組織のサンプルでした。[ 53 ]
栄養ホルモンACTHが 副腎皮質細胞に及ぼす影響によって示されるように、ミトコンドリア遺伝子の発現は外部因子によって強く調節される可能性があり、これは明らかにエネルギー産生に必要なミトコンドリアタンパク質の合成を促進するためである。[ 53 ] 興味深いことに、タンパク質をコードする遺伝子の発現はACTHによって刺激されたが、ミトコンドリア16S rRNAのレベルには有意な変化は見られなかった。[ 53 ]
ミトコンドリア遺伝 ほとんどの多細胞生物 では、mtDNAは母親から受け継がれます(母系遺伝)。そのメカニズムとしては、単純な希釈(卵子には平均20万個のmtDNA分子が含まれているのに対し、健康なヒトの精子 には平均5個の分子しか含まれていないと報告されている)[ 54 ] [ 55 ] 、男性生殖器および受精卵における精子mtDNAの分解、そして少なくとも一部の生物では、精子mtDNAが卵子に侵入できないことなどが挙げられます。メカニズムが何であれ、この単一親(単親遺伝 )によるmtDNA遺伝のパターンは、ほとんどの動物、ほとんどの植物、そして菌類にも見られます。[ 56 ]
2018年に発表された研究では、人間の赤ちゃんは父親と母親の両方からmtDNAを受け継ぎ、mtDNAヘテロプラスミー が生じると報告されたが、[ 57 ] この発見は他の科学者によって否定されている。[ 58 ] [ 59 ] [ 60 ]
女性遺伝 有性生殖 では、ミトコンドリアは通常母親からのみ受け継がれます。哺乳類の精子のミトコンドリアは、受精後に卵細胞によって破壊されるのが一般的です。また、ミトコンドリアは精子を推進するために使用される中片にのみ存在し、中片は尾部とともに受精中に失われることがあります。1999年に、父親の精子ミトコンドリア(mtDNAを含む)は、胚 内で後に破壊されるようにユビキチン で標識されていることが報告されました。[ 61 ] 一部の体外 受精技術、特に卵母細胞 に精子を注入する技術は、これを妨げる可能性があります。
ミトコンドリアDNAが主に母系遺伝するという事実により、系図研究者は 母系の系統を はるか昔まで遡って追跡することができます。(父系遺伝するY染色体DNAは、 父系の 歴史を決定するために同様の方法で使用されます。)これは通常、系図DNA検査として、 ヒトミトコンドリアDNAの 超可変制御領域 (HVR1またはHVR2)をシーケンスし、場合によってはミトコンドリアDNA分子全体をシーケンスすることによって行われます。[ 62 ] 例えば、HVR1は約440塩基対から構成されています。これらの440塩基対は、母系の系統を決定するために、他の個人(特定の人またはデータベース内の対象)の同じ領域と比較されます。ほとんどの場合、比較は改訂ケンブリッジ参照配列 で行われます。Vilàらは、 イヌがオオカミから母系的に派生したことをたどる研究を発表しました。[ 63 ] ミトコンドリア・イブ の概念は、人類 の起源を過去に遡って追跡することで発見しようとする、同じタイプの分析に基づいています。
ミトコンドリアの提供 ミトコンドリア移植またはミトコンドリア置換療法(MRT)として知られる体外受精技術では、ドナー女性のミトコンドリアDNAと、母親と父親の核DNAを持つ子孫が生まれます。紡錘体移植手順では、核が除去されているがドナー女性のミトコンドリアDNAが残っているドナー女性の卵子の細胞質に、卵子の核を挿入します。その後、複合卵子を男性の精子で受精させます。この手順は、遺伝的に欠陥のあるミトコンドリア を持つ女性が、健康なミトコンドリアを持つ子孫を産むことを希望する場合に使用されます。[ 81 ] ミトコンドリア移植の結果として生まれた最初の子供として知られているのは、2016年4月6日にメキシコでヨルダン人夫婦から生まれた男の子です。[ 82 ]
突然変異と疾患 タンパク質、rRNA、tRNAをコードする遺伝子群を含むヒトミトコンドリアDNA ミトコンドリアDNAがいくつかのヒト疾患に関与していること
感受性 mtDNAが呼吸鎖 によって生成される活性酸素種 に特に敏感であるという概念は、その近接性ゆえに依然として議論の的となっている。[ 83 ] mtDNAは核DNAよりも酸化塩基損傷を多く蓄積することはない。[ 84 ] 少なくとも一部の種類の酸化DNA損傷は、核よりもミトコンドリアでより効率的に修復されることが報告されている。[ 85 ] mtDNAは、核クロマチンのタンパク質と同じくらい保護的なタンパク質とともにパッケージ化されている。[ 86 ] さらに、ミトコンドリアは、過度に損傷したゲノムの分解と、無傷/修復されたmtDNAの複製によってmtDNAの完全性を維持する独自のメカニズムを進化させてきた。このメカニズムは核には存在せず、ミトコンドリアに存在する複数のmtDNAコピーによって可能になっている。[ 87 ] mtDNAの突然変異の結果、一部のタンパク質のコーディング指示が変化する可能性があり、[ 88 ] これは生物の代謝や適応度に影響を与える可能性がある。
加齢との関係 この考えは議論の的となっているが、老化とミトコンドリアゲノム機能不全との関連性を示唆する証拠もある。[ 97 ] 本質的に、mtDNAの変異は、活性酸素種 (ROS)の生成と酵素によるROS除去(スーパーオキシドジスムターゼ 、カタラーゼ 、グルタチオンペルオキシダーゼ などの酵素による)の慎重なバランスを崩す。しかし、線虫においてROS生成を増加させる(例えば、抗酸化防御を低下させる)変異の中には、寿命を縮めるのではなく延ばすものもある。[ 83 ] また、ハダカデバネズミは 、ネズミ ほどの大きさの齧歯類 で、ネズミに比べて抗酸化防御が低下し、生体分子への酸化損傷が増加しているにもかかわらず、ネズミの約8倍長生きする。[ 98 ] かつては、正のフィードバックループ(「悪循環」)が働いていると考えられていた。ミトコンドリアDNAにフリーラジカルによる遺伝的損傷が蓄積すると、ミトコンドリアは機能を失い、フリーラジカルが細胞質 に漏れ出す。ミトコンドリア機能の低下は、全体的な代謝効率を低下させる。[ 99 ] しかし、この概念は、mtDNA変異を加速的に蓄積して早老するように遺伝子操作されたマウスが、「悪循環」仮説で予測されるように組織がより多くのROSを生成しないことが実証されたときに、決定的に否定された。[ 100 ] 寿命とミトコンドリアDNAの関連性を支持するいくつかの研究では、ミトコンドリアDNAの生化学的特性と種の寿命との相関関係が見つかっている。[ 101 ] 研究されたマウスの寿命を大幅に延ばしたミトコンドリア特異的ROSスカベンジャーの適用[ 102 ] は、ミトコンドリアが依然として老化に深く関わっている可能性を示唆している。この関連性や老化対策の方法をさらに調査するために、広範な研究が行われています。現在、遺伝子治療 や栄養 補助食品の摂取は、進行中の研究の人気の分野です。[ 103 ] [ 104 ] Bjelakovic らは、1977年から2012年の間に実施された合計296,707人の参加者を含む78件の研究結果を分析し、抗酸化サプリメントは全死因死亡率を低下させたり寿命を延ばしたりするものではなく、ベータカロテン、ビタミンE、高用量のビタミンAなど、一部のサプリメントは実際に死亡率を増加させる可能性があると結論付けました。[ 105 ] 最近の研究では、食事制限がラットのいくつかの臓器におけるミトコンドリアDNA損傷の蓄積に影響を与えることで、老化の変化を逆転させることができることが示されました。たとえば、食事制限は、皮質における加齢に伴うミトコンドリアDNA損傷の蓄積を防ぎ、肺と精巣におけるそれを減少させました。[ 106 ]
ミトコンドリアDNAの塩基組成と動物の寿命との相関関係 動物種のミトコンドリアDNA塩基組成はMitoAgeデータベースから取得され、AnAgeデータベースから得られた最大寿命と比較された。 過去 10 年間、ヴァディム フライフェルド教授率いるイスラエルの研究グループは、mtDNA の塩基組成と動物種固有の最大寿命の間に強い有意な相関関係が存在することを示しました。 [ 113 ] [ 114 ] [ 115 ] 彼らの研究で示されているように、mtDNA のグアニン +シトシン 含有量 ( GC% ) が高いほど、動物種全体で最大寿命が 長くなることに強く関連しています。さらに、mtDNA GC% と最大寿命の相関関係は、動物種の代謝率と最大寿命の間のよく知られた相関関係とは独立していることが観察されています。mtDNA GC% と安静時代謝率は、動物種の最大寿命の差を乗法的に説明します (つまり、種の最大寿命 = その mtDNA GC% * 代謝率)。[ 114 ] 動物間で mtDNA の特徴と寿命の比較分析を行う科学コミュニティを支援するために、 MitoAgeという専用データベースが構築されました。[ 116 ]
ミトコンドリアDNAの変異スペクトルは、種特有の生活史特性に影響を受ける。 新規突然変異は、DNA複製中のミス、または内因性および外因性変異原によって引き起こされた修復されない損傷のいずれかによって発生します。mtDNAは活性酸素種(ROS)によって引き起こされる損傷に特に敏感であると長い間考えられてきましたが、核ゲノムの酸化損傷の特徴であるG>T置換はmtDNAでは非常にまれであり、加齢とともに増加しません。数百種の哺乳類のmtDNA変異スペクトルを比較すると、寿命が長い種では一本鎖重鎖のA>G置換率が増加していることが最近実証されました。[ 117 ] この発見により、A>Gは加齢に伴う酸化損傷のミトコンドリア特異的マーカーであるという仮説が立てられました。この発見は、長寿種がGC含量の高いミトコンドリアDNAを持つという観察結果に対し、選択説とは対照的に、突然変異説に基づく説明を提供する。すなわち、長寿種がGC含量の高いミトコンドリアDNAを持つのは、単に突然変異の過程が偏っているためである。哺乳類におけるミトコンドリアDNAの突然変異スペクトルと種特異的な生活史特性との関連性は、これらの要因を結びつけ、様々な生物群において新たな生活史特異的な突然変異誘発物質を発見する可能性を開くものである。
非B型(非標準型)DNA構造との関係欠失ブレークポイントは、非標準的(非B)構造、すなわちヘアピン、十字形、クローバーリーフ様要素を示す領域内またはその近傍で頻繁に発生する。[ 118 ] さらに、データは、不安定性イベントの誘発に、らせんを歪ませる本質的に湾曲した領域と長いGテトラッドが関与していることを支持している。加えて、GC偏向領域内および縮重配列モチーフYMMYMNNMMHMの近傍では、一貫して高いブレークポイント密度が観察された。[ 119 ]
法医学での使用 両親から受け継がれ、遺伝子が組み換え の過程で再配置される核DNAとは異なり、mtDNAは通常、母親から子孫に変化しません。mtDNAも組み換えを起こしますが、それは同じミトコンドリア内の自身のコピーとの間で行われます。このことと、動物のmtDNAの突然変異率が 核DNAよりも高いことから、[ 120 ] mtDNAは女性を通して祖先を追跡するための強力なツール(母系 )であり、この役割で何百世代も遡って多くの種の祖先を追跡するために使用されてきました。
mtDNA検査は、核DNAが著しく劣化している場合に法医学者が使用できます。常染色体細胞には核DNAのコピーが2つしかありませんが、各細胞に複数のミトコンドリアが存在するため、mtDNAのコピーは数百個存在する可能性があります。これは、STR分析には適さない高度に劣化している証拠でも、mtDNA分析に使用できることを意味します。mtDNAは、骨、歯、または毛髪に存在する可能性があり、これらは、著しく劣化している場合に残された唯一の遺物である可能性があります。STR分析とは対照的に、mtDNAシーケンスは、1970年代にフレデリック・サンガーによって開発されたサンガーシーケンス によって従来行われてきました。最も古く、最も広く使用されている方法であるサンガーシーケンスは、大規模並列シーケンス(MPS)を検証する法医学的mtDNAタイピングのゴールドスタンダードであり続けています。[ 121 ] [ 122 ] アンダーソンらは1981年に最初のミトコンドリアゲノムを配列決定し、ケンブリッジ参照配列(CRS)として報告した。 [ 123 ] これは後に1999年に改訂され、改訂ケンブリッジ参照配列(rCRS)と改名された。[ 124 ] その後、rCRSに代わるものとして再構築サピエンス参照配列(RSRS)が提案された。[ 125 ] 既知の配列と疑問のある配列は両方とも改訂ケンブリッジ参照配列と比較され、それぞれのハプロタイプが生成される。既知のサンプル配列と疑問のある配列が同じ母系に由来する場合、同一の配列とrCRSとの同一の差異が見られると予想される。[ 126 ] 収集する既知のサンプルがなく、未知の配列をEMPOPなどのデータベースで検索できるケースが発生する。 EMPOPは、欧州DNAプロファイリング(EDNAP)グループのミトコンドリアDNA集団データベースプロジェクトの略で、現在のバージョンV.14には63,400を超える品質管理されたミトタイプを含む最大の法医学DNAデータベースです。[ 127 ] DNA分析方法に関する科学作業部会は、既知のmtDNA配列と問題のあるmtDNA配列の違いを説明するために、3つの結論を推奨しています。配列間に2つ以上の違いがある場合は除外、1つのヌクレオチドの違いがある場合は結論が出ない、または2つの配列間にヌクレオチドの違いがない場合は除外できない、です。[ 128 ]
動物における急速な突然変異率のため、ミトコンドリアDNA(mtDNA)は、種内の個体または集団の遺伝的関係を評価するだけでなく、異なる種間の系統発生(進化上の関係、系統発生学を 参照)を特定し定量化するのに有用です。これを行うために、生物学者は異なる個体または種のmtDNA配列を決定し、比較します。比較から得られたデータは、配列間の関係のネットワークを構築するために使用され、mtDNAが採取された個体または種間の関係の推定値を提供します。mtDNAは、近縁種と遠縁種の両方の関係を推定するために使用できます。動物のmtDNAは突然変異率が高いため、コドンの3番目の位置は比較的急速に変化し、近縁の個体または種間の遺伝的距離に関する情報を提供します。一方、mtタンパク質の置換率は非常に低いため、アミノ酸の変化はゆっくりと蓄積され(対応するコドンの1番目と2番目の位置の変化もゆっくりです)、遠縁種の遺伝的距離に関する情報を提供します。コドン位置間の置換率を別々に扱う統計モデルは、近縁種と遠縁種の両方を含む系統樹を同時に推定するために使用できる[ 92 ]。
ミトコンドリアDNAは、1996年のテネシー州対ポール・ウェア事件 において、米国法廷で初めて証拠として認められた。[ 129 ]
1998年の米国裁判所の訴訟、ペンシルベニア州対パトリシア・リン・ローラー事件[ 130 ] において、ミトコンドリアDNAがペンシルベニア州で初めて証拠として認められた。[ 131 ] [ 132 ] この事件は、真実の犯罪ドラマシリーズ「フォレンジック・ファイルズ」 シーズン5のエピソード55で取り上げられた。[ 133 ]
ミトコンドリアDNAは、米国カリフォルニア州で、2002年に サンディエゴ で7歳のダニエル・ヴァン・ダム を誘拐・殺害したデビッド・ウェスターフィールドの有罪判決において初めて証拠として採用された。これは人間と犬の両方の識別に使用された。[ 134 ] これは米国で犬のDNAが証拠として採用された最初の裁判だった。[ 135 ]
1485年に亡くなったリチャード3世 の遺骨は、彼の死後527年後の2013年に生存していた彼の妹の母系子孫2人のミトコンドリアDNAと比較することによって特定された。[ 136 ]
ミトコンドリア配列データベース ミトコンドリアゲノム配列やその他の情報を収集するために、いくつかの専門データベースが設立されている。それらのほとんどは配列データに重点を置いているが、系統発生情報や機能情報を含むものもある。
AmtDB: 古代ヒトミトコンドリアゲノムのデータベース。[ 141 ] InterMitoBase :ヒトミトコンドリアのタンパク質間相互作用に関する注釈付きデータベースおよび解析プラットフォーム。[ 142 ] (最終更新は2010年と思われるが、現在も利用可能)MitoBreak :ミトコンドリアDNAのブレークポイントデータベース。[ 143 ] MitoFish とMitoAnnotator :魚類のミトコンドリアゲノムデータベース。[ 144 ] Cawthornら[ 145 ]も参照。 Mitome: 多細胞動物における比較ミトコンドリアゲノム解析のためのデータベース[ 146 ] (現在は利用不可)MitoRes: 後生動物の核コード型ミトコンドリア遺伝子とその産物のリソース[ 147 ] (現在は更新されていないようです)MitoSatPlant :緑色植物のミトコンドリアマイクロサテライトデータベース。[ 148 ] MitoZoa 2.0: 後生動物のミトコンドリアゲノムの比較および進化解析のためのデータベース。[ 149 ] (現在は利用不可)
ミトコンドリアDNAと表現型の関連データベース ゲノムワイド関連研究で は、mtDNA遺伝子とその変異と、寿命 や疾患リスクなどの表現型 との関連性を明らかにすることができます。2021年には、英国バイオバンク を基盤としたミトコンドリアDNAのゲノムワイド関連研究で、寿命 や2型糖尿病などの疾患リスクを含む表現型との260の新たな関連性が明らかになりました。[ 150 ] [ 151 ]
ミトコンドリア変異データベース ヒトミトコンドリアDNAの多型や変異、およびそれらの病原性の評価を報告する専門的なデータベースがいくつか存在する。
MitImpact : ヒトミトコンドリアタンパク質コード遺伝子における非同義置換を引き起こすすべてのヌクレオチド変化に対する事前計算された病原性予測のコレクションMitImpact 3D - IRCCS-CSS バイオインフォマティクスラボ。MITOMAP : ヒトミトコンドリアDNAの多型と変異の概要WebHome < MITOMAP < Foswiki。
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