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系統B.1.617は、 COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2の系統です。[1] 2021年3月下旬、新たに設立されたINSACOGがインドのさまざまな州で陽性サンプルのゲノム配列を解析した後、初めて国際的な注目を集めました。マハラシュトラ州のサンプルを分析したところ、2020年12月と比較して、E484QとL452Rの変異を持つサンプルの割合が増加していることが明らかになりました。[2]系統B.1.617は後にニュースメディアによって二重変異体と呼ばれるようになりました。[3]
系統 B.1.617 には、 PANGO命名法に従って 3 つのサブ系統があります。
- B.1.617.1（カッパ変異体）、2020年12月にインドで初めて検出
- B.1.617.2（デルタ変異株）、2020年後半にインドで初めて検出
- B.1.617.3、2021年1月に初めて確認された[4]
突然変異
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以下は、系統 B.1.617 のスパイクタンパク質に存在する一般的な変異の一部です。B.1.617 のすべてのサブ系統が同じ変異を共有するわけではありません。
- L452R。452番目の位置でのロイシンからアルギニンへの置換は、スパイクタンパク質のACE2受容体に対する親和性を強め、免疫系の認識能力を低下させる。[5] [6]これらの変異は、個別に見ると、変異体に特有のものではなく、むしろ同時に発生することが特有である。[5] [7]この変異は、B.1.617の3つの亜系統すべてに存在している。
- T478K。位置478の置換、すなわちスレオニンからリジンへの置換[8]は、系統B.1.617.2にのみ見られる。[9]
- E484Q 。484番目の位置の置換、すなわちグルタミン酸からグルタミンへの置換は、系統B.1.617にヒトACE2受容体へのより強い結合能を与え、また他の変異体と比較して宿主の免疫システムを回避する能力を高めます。この変異はB.1.617.2ゲノムには存在しません。[10]
- D614G。位置614の置換、すなわちアスパラギン酸からグリシンへ の置換は、 B.1.1.7、B.1.351、P.1などの他の伝達性の高い系統と共有されています。[11]
- P681R 。681番目の位置の置換はプロリンからアルギニンへの置換であり、ウィリアム・A・ハゼルティンによれば、この変異体は「S前駆体タンパク質の活性S1/S2構成への切断を促進することによって」細胞レベルの感染性を高める可能性がある。[10]この変異は、B.1.617の3つの亜系統すべてに存在している。
歴史
ある情報源によると、最初のB.1.617ゲノム配列は2020年秋にGISAIDに提出された。 [12] SARS-CoV-2の系統樹を手動でキュレーションしているPANGOのチームは、最も古い配列は2020年12月7日のものだと指摘した。彼らは、スパイクタンパク質の変異（G142D、L452R、E484Q、D614G、P681Rなど）を含む変異体に対して新しい指定を提案し、この変異体は2021年4月1日にPANGO系統B.1.617に割り当てられました。[13]彼らは、PANGOLINツールによって割り当てられているすべてのゲノム配列に同じ一連の変異が含まれているわけではないことに気づき、2021年4月21日に系統樹を改訂してB.1.617の3つの亜系統を含めました。[14]
2021年4月中旬までに、インドがB.1.617ゲノムを最も多く提出し、次いで英国と米国であった。ゲノム情報に基づくと、B.1.617系統は2021年2月22日に英国で初めて検出され、2021年2月23日に米国で検出された。[12]
2021年4月中旬に英国で系統B.1.617の症例77件を検出した後、イングランド公衆衛生局は、この系統を調査中の変異体に指定した。[15] 2か月も経たないうちに、デルタ変異体は英国で優勢な変異体となり、研究者らは、初期の証拠から、デルタ変異体は以前優勢だったアルファ変異体と比較して入院リスクが高まる可能性があることが示唆されていると述べた。[16]
参考文献
- ^ 「Lineage B.1.617」。PANGO系統。 2021年6月12日閲覧。
- ^ 「INSACOGによるゲノム配列解析でインドで懸念される変異体と新たな変異体が判明」インド政府報道情報局。2021年3月24日。
- ^ 「Covid-19: 二重変異型が恐怖を煽る」The Telegraph online . 2021年3月17日。
- ^ “Lineage B.1.617.3”. cov-lineages.org . 2021年7月10日閲覧。
- ^ ab Starr, Tyler N.; Greaney, Allison J.; Dingens, Adam S.; Bloom, Jesse D. (2021年4月). 「モノクローナル抗体LY-CoV555およびLY-CoV016とのカクテルを回避するSARS-CoV-2 RBD変異の完全マップ」. Cell Reports Medicine . 2 (4): 100255. doi : 10.1016/j.xcrm.2021.100255 . ISSN 2666-3791. PMC 8020059. PMID 33842902 .
- ^ Zhang, Wenjuan; Davis, Brian D.; Chen, Stephanie S.; Sincuir Martinez, Jorge M.; Plummer, Jasmine T.; Vail, Eric (2021年4月6日). 「南カリフォルニアにおける新型SARS-CoV-2変異体の出現」. JAMA . 325 (13): 1324–1326. doi : 10.1001/jama.2021.1612 . PMC 7879386. PMID 33571356 .
- ^ Koshy, Jacob (2021年4月8日). 「コロナウイルス | インドの「二重変異」株、B.1.617と命名」. The Hindu . 2021年4月19日閲覧。
これらの変異は他のいくつかのコロナウイルス変異体で個別に発見されているが、これら2つの変異が一緒に存在するのは、インドのコロナウイルスゲノムで初めて発見された。
- ^ グリーンウッド、マイケル（2021年3月30日）。「SARS-CoV-2変異T478K、メキシコで驚くべきスピードで拡散」。メディカルニュース。 2021年9月6日閲覧。T478K
変異は、位置478の非荷電アミノ酸スレオニンが正に荷電したリジンと交換されるものです...
- ^ Delphine Planas (2021年7月8日). 「SARS-CoV-2変異体Deltaの抗体中和に対する感受性の低下」. Nature . 596 (7871): 276–280. Bibcode :2021Natur.596..276P. doi : 10.1038/s41586-021-03777-9 . PMID 34237773. S2CID 235775860.
RBDのT478K変異はDelta変異体に特有である...
- ^ ab ウィリアム・ハゼルティン。「インドのSARS-CoV-2変異株がカリフォルニアに上陸。さらなる危険が待ち受けているか？」フォーブス。 2021年4月20日閲覧。
- ^ 「2021年6月3日現在、懸念されるSARS-CoV-2変異株」。欧州疾病予防管理センター。2021年6月11日時点のオリジナルよりアーカイブ。
- ^ ab 「英国で調査中の変異株B.1.617（「インド変異株」）の症例に対する専門家の反応」サイエンスメディアセンター。2021年4月20日閲覧。
- ^ 「インドで流通している新しいB.1亜系統の提案#38」。GitHub 。 2021年4月2日閲覧。
- ^ 「B.1.617 #49 に含めるべき潜在的なシーケンス」。GitHub。2021年2月 28 日閲覧。
- ^ 「英国で確認されたCOVID-19変異株の症例」www.gov.uk 2021年4月15日。2021年4月16日時点のオリジナルよりアーカイブ。
この記事には、British Open Government Licence v3.0 に基づいて公開されたテキストが組み込まれています。
- ^ 「英国で確認されたCOVID-19変異株の症例」www.gov.uk 2021年6月3日。2021年6月4日時点のオリジナルよりアーカイブ。 この記事には、British Open Government Licence v3.0 に基づいて公開されたテキストが組み込まれています。