ジョンストン環礁

この環礁で繁殖していることが記録されている海鳥には、ミズナギドリ、オナガミズナギドリ、クリスマスミズナギドリ、シロオネッタイチョウ、アカオネッタイチョウ、カツオドリ、アカアシカツオドリ、カツオドリ、オオグンカンドリ、メガネアジサシ、クロアジサシ、クロアジサシ、シロアジサシなどが含まれます。ここはアカオネッタイチョウの世界最大のコロニーで、2020年には10,800の巣がありました。^{[ 17 ]}太平洋ムナグロ、キアシシギ、オオソリハシシギ、キョウジョシギ、ミユビシギなどの渡り性の海岸鳥が訪れます。^{[ 18 ]}この島とその周辺の海域は、海鳥のコロニーがあることから、バードライフ・インターナショナルによって重要野鳥生息地として認められている。^{[ 19 ]}

環礁に関する西洋人による最初の記録は、1796年9月2日にボストンを拠点とするアメリカのブリッグ船サリー号が偶然にも島々の近くの浅瀬に座礁した時のものである。船長のジョセフ・ピアポントは翌年、アメリカの複数の新聞にその体験を公表し、ジョンストン島とサンド島、そしてサンゴ礁の一部を正確に描写した。しかし、彼はその地域に名前を付けたり、領有権を主張したりはしなかった。^{[ 21 ]}これらの島々に名前が付けられたのは、1807年12月14日にチャールズ・ジェームズ・ジョンストン大佐が指揮するイギリス海軍のHMSコーンウォリス号から発見された後のことだった。  ^{[ 22 ]}船の航海日誌には、「12月14日に新たな発見をした。すなわち、北緯16度52分、東経190度26分に位置する非常に低い2つの島で、東側に危険なサンゴ礁があり、全体で4マイルを超えない」と記録されている。^{[ 23 ]}

1856年、米国はグアノ諸島法を制定し、米国市民がグアノ鉱床のある無人島や未領有の島を所有することを許可した^{[ 24 ]}。この法律に基づき、ウィリアム・パーカーとRF・ライアンはジョンストン環礁を探すためにスクーナー船パレスチナ号をチャーターした。彼らは1858年3月19日に環礁でグアノを発見し、その島を米国領として主張した^{[ 25 ]} 。同年、ハワイ王カメハメハ4世の委任を受けてカラマ号に乗船していたSC・アレンはジョンストン環礁に航海し、アメリカ国旗を撤去し、環礁をハワイ王国のために主張した（1858年6月14日～19日）^{[ 24 ]} 。アレンは環礁を「カラマ」、近くの小さな島を「コーンウォリス」と名付けた^{[ 26 ] [ 27 ]。}

1858年7月22日に再び島に戻ったパレスチナ号の船長は、島に対する米国の主権を再主張するために再びアメリカ国旗を掲げた。^{[ 24 ]しかし、7月27日、「荒廃し放棄された」環礁はカメハメハ4世の領土の一部であると宣言された。 [ 27 ]}しかし、7月の訪問の際、パレスチナ号はリン酸塩を採取するために2人の乗組員を島に残した。その年の後半、カメハメハは環礁が以前に米国によって領有権を主張されていたことを知ると、アレンに与えられたリースを取り消した。^{[ 25 ]}

1872年、パーカーの未亡人は夫がそこで行った開発事業に基づいて島の所有権を求めて訴訟を起こした。米国司法長官はパーカーが数年前に自分の持ち分を売却していたため、その主張を却下した。^{[ 28 ]}

1890 年までに、環礁のグアノ鉱床はグアノ諸島法に基づいて活動する米国の利権者によってほぼ完全に枯渇（採掘）されていました。1892 年、HMSチャンピオンは 電信ケーブル基地としての適性を判断するために島を測量し地図を作成しました。（この調査はファニング島経由でケーブルを敷設することが決定されたため中止されました。）^{[ 24 ]} 1898 年までに米国が領有し、^{[ 29 ]}米国領土政府が設立されました。1909 年 9 月 11 日、この事務所はジョンストン環礁を農業目的でホノルルの民間人マックス・シュレンメンに貸し出しました。リース契約ではココナッツの木を植えること、そして「賃借人は魚を殺したり捕獲したりする目的で、すぐ近くの水域で爆発物を使用することを許可しない…賃借人は鳥を破壊したり捕獲したりすることを許可しない…」と規定されていた。^{[ 24 ]}しかし、賃借人はすぐにこの計画を放棄し、1918年8月9日、リースはホノルルを拠点とする日本の漁業会社に再譲渡された。サンパンが作業員を島に運び、彼らは大きな島の南東海岸に木造小屋を建て、低い丘の斜面に小さな路面電車を敷設してグアノの除去を容易にした。グアノの量も質も収集コストを賄うのに十分ではなく、計画はすぐに放棄された。^{[ 27 ]}

タナジャー探検隊は、米国農務省とハワイのビショップ博物館が共同で後援した探検隊で、1923年に環礁を訪れました。この環礁への探検は、駆逐艦の船団に護衛された2つのチームで構成され、最初のチームは1923年7月7日にホノルルを出発し、USSウィップアーウィルに乗船して、20世紀に初めてジョンストン島の測量を行いました。ジョンストン島上空の航空測量と地図作成飛行は、船尾に搭載されたダグラスDT-2水上飛行機で行われ、離陸時には水上に吊り上げられました。1923年7月10日から22日にかけて、環礁は先駆的な航空写真プロジェクトで記録されました。USSタナジャーは7月16日にホノルルを出発し、ウィップアーウィルと合流して測量を完了し、その後ウェーク島へ移動してそこで測量を完了しました。^{[ 30 ]}細かい白い砂浜の南西の海岸にテントが張られ、徹底的な生物調査が行われた。12種類数百羽の海鳥が主な住人で、トカゲ、昆虫、ヤドカリもいた。サンゴ礁と浅瀬には魚やその他の海洋生物が豊富に生息していた。^{[ 27 ]}  

1926年6月29日、大統領令4467号により、カルビン・クーリッジ大統領はジョンストン島保護区を連邦鳥類保護区として設立し、米国農務省の管轄下に置き、「在来鳥類の保護区および繁殖地」とした。^{[ 31 ]}ジョンストン環礁は1926年に米国国立野生生物保護区システムに追加され、1940年にジョンストン島国立野生生物保護区と改名された。 ^{[ 32 ]}ジョンストン環礁国立野生生物保護区は、熱帯生態系とそこに生息する野生生物を保護するために設立された。^{[ 33 ]}しかし、農務省には船舶がなく、アメリカ海軍は戦略上の理由から環礁に関心を持っていたため、 1934年12月29日の大統領令6935号により、フランクリン・D・ルーズベルト大統領は、島々を「行政上の目的で海軍長官の管理と管轄下」に置いたが、在来鳥類の避難所および繁殖地としての使用は、アメリカ合衆国内務省の管轄下に置いた。

1941年2月14日、フランクリン・ルーズベルト大統領は、中部太平洋地域に海軍防衛区域を設けるため、大統領令8682号を発令した。この布告により、「ジョンストン島海軍防衛海域」が設立され、その海域は、最高潮位線と環礁を囲む3マイルの海域境界線の間の領海となった。また、海軍防衛海域上空の空域へのアクセスを制限するため、「ジョンストン島海軍空域保留地」も設置された。ジョンストン島の海軍防衛区域への進入は、海軍長官の許可がない限り、米国政府の船舶および航空機のみに認められた。

1990年、生物、汚染物質、資源をめぐる紛争活動の増加に対応するため、米国魚類野生生物局の常勤職員2名（保護区管理者と生物学者）がジョンストン環礁に駐在した。^{[ 34 ]}

2004年に島での軍事任務が終了した後、環礁は太平洋遠隔諸島国立野生生物保護区複合体によって管理されました。外側の小島と水利権は魚類野生生物局によって共同で管理され、ジョンストン島の実際の陸地の一部は環境修復のために米国空軍（USAF）の管理下に置かれ、プルトニウム除去のために国防脅威削減局（DTRA）の管理下に残されました。しかし、2009年1月6日、古物法第2条の権限の下、ジョンストン島と他の6つの太平洋諸島を管理および保護するために、ジョージ・W・ブッシュ大統領によって太平洋遠隔諸島海洋国立記念物が設立されました。 ^{[ 35 ]}この国立記念物には、境界内にジョンストン環礁国立野生生物保護区が含まれており、696エーカー（2.82 km ² ）の陸地と80万エーカー（3,200 km ² ）を超える水域が含まれています。^{[ 36 ]} 2014年、バラク・オバマ大統領政権は、すべての商業漁業活動を禁止することで、保護区域を排他的経済水域全体に拡大した。1996年以降に拡大されたすべての国立記念物に関する2017年の見直しにおいて、当時のライアン・ジンケ内務長官は、12マイルの制限区域外での漁業を許可することを勧告した。^{[ 37 ]}  

1934年12月29日、フランクリン・D・ルーズベルト大統領は、大統領令6935号により、ジョンストン環礁の管理権を真珠湾第14海軍管区の米国海軍に移管し、航空基地を設置するとともに、鳥類保護区の管理を米国内務省に移管した。1948年には、米国空軍が環礁の管理権を引き継いだ。^{[ 1 ]}

1958年4月22日から8月19日までのハードタック作戦核実験シリーズの間 、ジョンストン環礁の行政は第7統合任務部隊司令官に委ねられた。実験完了後、島はアメリカ空軍の指揮下に戻った。^{[ 38 ]}

米国の核開発計画全体を通して、特に1940年代後半から1962年にかけて、この環礁では高高度核実験が行われた。^{[ 39 ]}

1970 年、運用管理は空軍に返還され、1973 年 7 月、国防長官により国防特殊兵器局にホスト管理責任が与えられた。長年にわたり、後継組織は 1959 年から 1971 年までの国防原子力支援局 (DASA)、 1971 年から 1996 年までの国防原子力局(DNA)、1996 年から 1998 年までの国防特殊兵器局 (DSWA) であった。1998 年、国防特殊兵器局と国防長官府の一部が統合され、国防脅威削減局(DTRA) が設立された。^{[ 40 ]} 1999 年、ホスト管理責任は国防脅威削減局から再び空軍に移管され、2004 年に空軍の任務が終了し、基地が閉鎖されるまで続いた。

1935年、アメリカ海軍第2哨戒航空団の隊員が、水上飛行機の運用のために環礁を整備する小規模な建設工事を行った。1936年、海軍は環礁の陸地面積を拡大するための多くの変更の最初のものを開始した。彼らはサンド島にいくつかの建物とボート乗り場を建設し、サンゴを爆破して3,600フィート（1,100メートル）の水上飛行機着陸場を確保した。^{[ 3 ]} 1935年11月の6機編隊の飛行のように、ハワイからジョンストンへの飛行を行った水上飛行機が数機あった。 

1939年11月、民間請負業者は、哨戒機1個飛行隊と支援機の運用を可能にするため、サンド島でさらなる工事を開始した。ラグーンの一部が浚渫され、掘削された土砂は、サンド島と2,000フィート（610メートル）の土手道で繋がれた駐機場を作るために使用された。水上機着陸場が3箇所整備され、1箇所は11,000フィート×1,000フィート（3,350メートル×300メートル）、残りの2箇所はそれぞれ7,000フィート×800フィート（2,130メートル×240メートル）で、水深8フィート（2.4メートル）まで浚渫された。サンド島には、400人収容の兵舎、食堂、地下病院、無線局、貯水槽、そして100フィート（30メートル）の鉄製の管制塔が建設された。^{[ 3 ]} 1943年12月、水上飛行機基地にさらに10エーカー（4.0ヘクタール）の駐車場が追加された。 ^{[ 3 ]}     

1942年5月26日、アメリカ海軍のコンソリデーテッドPBY-5カタリナがジョンストン環礁で墜落した。カタリナのパイロットは通常の動力着陸を行い、すぐに離陸のためにスロットルをかけた。約50ノットで、機体は左に急旋回し、激しい水上ループに陥った。機体の胴体は破損し、カタリナはすぐに沈没した。^{[ 41 ]}

戦後、1949年3月27日、PBY-6Aカタリナがクワジェリンからジョンストン島への飛行中に不時着を余儀なくされた。機体は修復不可能なほど損傷し、11人の乗組員は9時間後に海軍艦艇によって救助されたが、艦艇は砲撃によって機体を沈めた。^{[ 42 ]}

1958年には、ジョンストン島での海軍水上機の運用に関する支援協定案が議論されていたが、運用に必要な要件が実現しなかったため、協定は締結されなかった。^{[ 34 ]}

1941年9月までに、ジョンストン島での飛行場の建設が始まった。4,000フィート×500フィート（1,220メートル×150メートル）の滑走路が建設され、400人収容の兵舎2棟、食堂2棟、冷蔵倉庫、地下病院、淡水プラント、作業場、燃料貯蔵庫が建設された。滑走路は1941年12月7日までに完成したが、1943年12月には第99海軍建設大隊が環礁に到着し、滑走路を6,000フィート（1,800メートル）まで延長した。^{[ 3 ]}島が拡張されるにつれて、滑走路は延長され、改良された。  

第二次世界大戦中、ジョンストン環礁は潜水艦の燃料補給基地として、またボーイングB-29エノラ・ゲイを含む太平洋を横断するアメリカの爆撃機の燃料補給地点としても利用されました。^{[ 2 ]} 1944年までに、この環礁は太平洋で最も忙しい航空輸送ターミナルの1つになりました。航空輸送司令部の航空医療後送機は、ハワイに向かう途中でジョンストンに立ち寄りました。 1945年8月14日の対日戦勝記念日の後、ジョンストン環礁では、本土から太平洋に向かってくる人や航空機の流れが反転しました。1947年までに、1,300機以上のB-29とB-24爆撃機が、マザー飛行場と民間生活に向かう途中でマリアナ諸島、クェゼリン、ジョンストン島、オアフ島を通過しました。

第二次世界大戦後、ジョンストン環礁空港はコンチネンタル・エア・ミクロネシアによって商業的に利用され、ホノルルとマジュロの間で着陸した。航空機が着陸すると、兵士が航空機を取り囲み、乗客は航空機から降りることを許されなかった。アロハ航空も民間人や軍人を乗せた定期便を週に1便島に運航していた。1990年代には、ほぼ毎日フライトがあり、1日に最大3便が到着することもあった。^{[ 43 ]}化学兵器がジョンストン環礁に輸送される直前、公衆衛生局の軍医総監が輸送とジョンストン環礁の保管計画を審査した。彼の勧告により、国防長官は1970年12月にミサイル発射とすべての不要不急の航空機の飛行を停止するよう指示を出した。その結果、エア・ミクロネシアのサービスは直ちに停止され、島の任務に不可欠とみなされた1975年の2回の衛星打ち上げを除いてミサイル発射は中止された。^{[ 34 ]}

民間機や軍用機の緊急着陸に滑走路が必要になったことが何度もあった。滑走路が廃止されると、太平洋を横断する飛行ルートを計画する際に、緊急着陸場所として利用することはできなくなった。2003年現在、ジョンストン環礁の飛行場は、整備されていない閉鎖された9,000フィート（2,700メートル）のアスファルト/コンクリート製滑走路5/23、平行誘導路、および滑走路の南東側に沿って設置された大きな舗装されたランプで構成されていた。^{[ 43 ]} 

1941年2月、ジョンストン環礁は海軍防衛海域および空域保留地に指定された。日本軍が真珠湾を攻撃した1941年12月7日、USSインディアナポリス は母港である真珠湾を出て、ジョンストン島で模擬砲撃を行っていた。日本軍の真珠湾攻撃は、同艦が環礁で海兵隊員、民間人、物資を荷揚げしている最中に発生した。^{[ 44 ]} 1941年12月15日、環礁は8日前の真珠湾攻撃に参加していた日本軍潜水艦によって礁の外側から砲撃された。発電所を含むいくつかの建物が被弾したが、人員に負傷者は出なかった。^{[ 3 ] : 159} 1941年12月22日と23日にも日本軍による砲撃があった。いずれの場合も、ジョンストン環礁の沿岸砲が応戦し、潜水艦を追い払った。

1942年7月、環礁の民間請負業者は、第5海軍建設大隊と第10海軍建設大隊の500人の兵士に交代し、基地の燃料貯蔵と水生産を拡張し、追加施設を建設した。第5大隊は1943年1月に撤退した。^{[ 3 ]： 159} 1943年12月、第99海軍建設大隊が環礁に到着した。同大隊は滑走路を6,000フィート（1,800メートル）に延長し、水上機基地に10エーカー（4.0ヘクタール）の駐機場を追加した。 ^{[ 3 ]： 160}  

1957年1月25日、財務省は米国沿岸警備隊（USCG）に対し、ジョンストン環礁に長距離航行援助（LORAN）送信局を運用・維持するための5年間の許可を与えた。2年後の1959年12月、国防長官は財務長官の要請を承認し、サンド島を米国沿岸警備隊のLORAN AおよびC局の設置場所として利用することを許可した。USCGは、1992年6月30日まで米国沿岸警備隊員が常駐するLORAN AおよびC局をサンド島に設置する許可を得た。ジョンストン島でのLORAN局の運用許可は1962年に終了した。1957年11月1日、米国沿岸警備隊の新しいLORAN-A局が運用を開始した。1958年までに、ジョンストン島の沿岸警備隊LORAN局は24時間体制で送信を開始し、中央太平洋に新しいLORANレートを確立した。ジョンストン島とフレンチフリゲート礁間の新しい通信速度により、ハワイ州オアフ島からミッドウェー島までの汽船航路における位置特定精度が向上した。以前は、この重要な航路沿いのいくつかの地域では位置特定が不可能だった。ジョンストン島にあった米国沿岸警備隊の旧LORAN-A局は、近隣のサンド島に新設された局が180フィートの大型アンテナを使用して送信を開始した1961年6月30日に運用を停止した。

LORAN-C 局は 1992 年 7 月 1 日に廃止され、沿岸警備隊の全職員、電子機器、および資産はその月に撤退した。サンド島の建物は他の活動に転用された。ジョンストン島とサンド島の LORAN ホイップ アンテナは撤去され、625 フィートの LORAN タワーとアンテナは 1992 年 12 月 3 日に解体された。その後、サンド島の LORAN A および C 局と建物は解体され、撤去された。^{[ 45 ] [ 46 ]}

プログラム437はPGM-17ソーを運用可能な対衛星兵器（ASAT）システムに変えたもので、その能力は配備後も極秘に保たれていた。プログラム437の任務は1962年11月20日にロバート・マクナマラ米国防長官によって開発が承認され、環礁に拠点が置かれた。プログラム437は英国での配備から返還された改良型ソーミサイルを使用し、米国で2番目に配備された運用可能な核対衛星作戦となった。1964年から1975年にかけて、プログラム437を支援するために、さらに18回の準軌道ソーの発射がジョンストン島から行われた。1965年から1966年にかけて、衛星検査用の「代替ペイロード」を搭載した4つのプログラム437ソーが発射された。これは、標的を破壊する前に目視確認できるようにシステムを改良したものであった。これらの飛行は、赤外線ホーミングと高性能爆薬弾頭を備えたソーの非核バージョンである1960年代後半のプログラム922に関連していた可能性がある。ソーは1964年以降、ジョンストン島の2つの発射台付近で活動していた。しかし、ベトナム戦争の影響もあり、1970年10月、国防総省は経済対策としてプログラム437を待機状態に移行した。戦略兵器制限交渉は弾道ミサイル迎撃条約につながり、「国家検証手段への干渉」を禁止したため、条約によりASATがソ連のスパイ衛星を攻撃することは許されなかった。ソーミサイルはジョンストン環礁から撤去され、 1970年からジョンストン島の施設の対衛星任務が1974年8月10日に終了するまで、ヴァンデンバーグ空軍基地で予備役として保管された。ASATプログラムを再開する可能性が完全に消滅した1975年4月1日に、このプログラムは正式に中止された。プログラム437代替ペイロード（AP）任務を支援する18回のソーミサイル発射がジョンストン環礁の発射台から行われた。^{[ 6 ]} 2発のソーミサイルは、「正式に中止」された日から数か月後の1975年後半に同島から発射された。

宇宙探知追跡システム（SPADATS ） ^{[ 50 ]}は、北米航空宇宙防衛司令部（NORAD ）が、米空軍のスペーストラックシステム、海軍宇宙監視システム、カナダ軍防空司令部衛星追跡ユニットとともに運用していた。スミソニアン天体物理観測所も、人工衛星のカタログ作成のために、3.5トンのベーカー・ナンカメラシステムを12台運用していた（ジョンストン基地にはなかった）。米空軍は、主に1960年から1977年まで、世界中に10か所のベーカー・ナンカメラステーションを保有しており、1964年から段階的に廃止が始まった。^{[ 51 ]}

ベイカー・ナン宇宙カメラ局はサンド島に建設され、1965年までに稼働を開始した。^{[ 34 ]}米空軍第18監視飛行隊は、サンド島の土手道沿いに建設されたステーションでベイカー・ナンカメラを運用していたが、1975年に残りの4つの空軍ステーションの運用契約がベンディックス・フィールド・エンジニアリング社に授与された。1977年頃、サンド島のカメラは韓国の大邱に移設された。^{[ 27 ]}ベイカー・ナンは、韓国の大邱、ハレアカラ山、マウイ、ホワイトサンズミサイル射場の3つのGEODSS光学追跡サイトの初期運用能力により、時代遅れとなった。4番目のサイトは1985年にディエゴガルシアで運用開始され、ポルトガルでの5番目のサイトの提案は中止された。韓国の大邱のサイトは、都市の明かりが迫ってきたため閉鎖された。 GEODSSは夜間に衛星を追跡したが、ホワイトサンズのサイト1と併設されたMITリンカーン研究所のテストサイトでは、1980年代初頭に概念実証として昼間に小惑星を追跡した。^{[ 51 ]}

衛星ミサイル観測システム計画（SAMOS-E）または「E-6」は、1960年代初頭にアメリカ合衆国が開発した比較的短命な視覚偵察衛星シリーズである。SAMOSは、非機密用語であるプログラム101およびプログラム201としても知られていた。 ^{[ 52 ]}この空軍計画は、中央情報局のキーホール（コロナとギャンビットを含む）偵察衛星システムの初期開発の隠れ蓑として使用された。^{[ 53 ]}フィルムカメラとテレビ監視による画像撮影は極低軌道から行われ、フィルム缶はカプセルとパラシュートで回収され、空中回収された。SAMOSは1960年に初めて打ち上げられたが、運用開始は1963年で、すべてのミッションはヴァンデンバーグ空軍基地から打ち上げられた。^{[ 54 ]}

SAMOS プログラムの初期の数ヶ月間は、コロナと GAMBIT の技術的取り組みを SAMOS の活動のスクリーンの下に隠すだけでなく、2 つのシステムの軌道車両部分を外見上互いに似せることも不可欠でした。そのため、SAMOS の構成の詳細の一部は、エンジニアリングの論理よりも GAMBIT を偽装する必要性によって決定されました。したがって、理論的には、GAMBIT は、その本当の性質を多くの人に気づかれることなく打ち上げられる可能性があります。追跡ネットワーク、通信、および回収に関する問題は、1961 年 2 月下旬にジョンストン島をプログラムのフィルム カプセル降下および回収ゾーンとして使用するという決定により解決されました。^{[ 55 ]} 1961 年 7 月 10 日、国家偵察局のジョンストン島回収作戦センターの 4 棟の建物の建設が開始されました。ジョンストン環礁施設の職員は、レーダーを装備したJC-130航空機でパラシュート降下するフィルム キャニスター カプセルを、特殊な回収装置で空中で捕獲することにより回収します。 ^{[ 56 ]} 回収センターは、ミサイル発射と核爆発後に投下された放射性科学データポッドの回収も担当していた。^{[ 57 ]}

この環礁は1965年から4年間にわたり、大規模な生物兵器実験の対象となった。アメリカの戦略的な生物兵器実験は、エニウェトク環礁で行われた最初の水素爆弾実験と同様に費用がかかり、複雑なものであった。これらの実験には、世界で5番目に大きな独立海軍を編成できるほどの艦船が使用された。ある実験では、数百匹のアカゲザルを乗せた複数のバージが使用された。生物兵器スプレーを搭載したジェット機1機は、「10メガトンの水素爆弾よりも人間の死を引き起こすのに効果的である可能性が高い」と推定されている。^{[ 5 ]}

プロジェクト112とプロジェクトSHADの下で太平洋で行われた生物兵器実験に先立ち、太平洋生物調査プログラムに参加していた米国陸軍のタグボートに乗船していたスミソニアン鳥類部門のチームによって、新しいウイルスが発見された。当初、この取り組みの名前は太平洋鳥類プロジェクトであったが、誰かが「POOP」という自然な頭字語に気付いたため変更された。^{[ 58 ]} 1964年に初めて分離されたこのダニ媒介性ウイルスは、ジョンストン環礁のサンド島で発見されたクロアジサシ（Anous stolidus ）の巣で見つかったOrnithodoros capensisダニから発見された。ジョンストン環礁ウイルスと命名され、インフルエンザに関連している。^{[ 59 ]}

1965年2月、3月、4月、ジョンストン環礁は、プロジェクト112の下、プロジェクトSHAD中にデゼレット試験センターによって実施された脆弱性、防御、除染テストにおいて、ジョンストン島の南西100マイル（160km ）にある米陸軍および海軍の艦艇に対する生物兵器攻撃の発射に使用された。テストDTC 64-4（デゼレット試験センター）は当初「RED BEVA」（生物学的評価）と呼ばれていたが、後に作戦上のセキュリティ上の理由から「Shady Grove」に名称が変更された。このテスト中に放出された生物剤には、野兎病の原因菌であるフランシセラ・ツラレンシス（以​​前はパスツレラ・ツラレンシスと呼ばれていた）（剤UL）、 Q熱の原因菌であるコクシエラ・バーネッティ（剤OU）、バチルス・グロビギイ（剤BG）が含まれていた。^{[ 60 ]} SHAD計画中、バチルス・グロビギイは、当時は人体への健康被害がほとんどない汚染物質と考えられていたため、生物兵器（炭疽菌など）をシミュレートするために使用されましたが、現在ではヒト病原体と考えられています。 ^{[ 61 ]} E-2マルチヘッド散布装置を搭載した艦船と、エアロ14Bスプレータンクを搭載したA-4C航空機は、 1965年2月12日から3月15日までの試験シリーズのフェーズBで9回の空中試験と4回の地上試験、および1965年3月22日から4月3日までの試験シリーズのフェーズDで4回の空中試験において、生きた病原体を散布しました。^{[ 60 ]} 

プロジェクトSHADのベテランで陸軍タグボートを指揮したジャック・アルダーソンによると、ジョンストン環礁のエリア3は島の風下側の最も下流側に位置し、武器の準備と通信のための折りたたみ式ニッセン小屋で構成されていた。^{[ 62 ]}

1970年、議会は島の軍事任務を化学兵器の保管と廃棄と再定義した。アメリカ陸軍は、日本の沖縄に保管されている化学兵器を保管するために、環礁の41エーカー（17ヘクタール）をリースした。ジョンストン環礁は1971年に化学兵器保管所となり、米軍の化学兵器兵器庫の約6.6パーセントを保管するようになった。^{[ 7 ]}化学兵器は、第267化学中隊の再配置を伴うレッドハット作戦の下、沖縄から持ち込まれた。それらは、ロケット弾、機雷、砲弾、サリン、VXガス、催吐剤、マスタードガスなどのびらん剤を詰めた1トンの大型容器で構成されていた。 1990年以降、西ドイツからの化学兵器とソロモン諸島からの第二次世界大戦時代の兵器も島に保管された。^{[ 63 ]}化学兵器は、武器保管エリアの強化されたイグルー、レッドハットビル（#850）、2つのレッドハット有害廃棄物倉庫（#851と#852）、屋外保管エリア、セキュリティ入口と監視塔を含む、高セキュリティのレッドハット保管エリア（RHSA）に保管された。 

同施設に保管されていた他の兵器の一部は、1990年に西ドイツの米国の備蓄から輸送された。これらの輸送は、1986年に米国と西ドイツの間で弾薬を移動させる合意に基づいて行われた。^{[ 64 ]}弾薬を積んだ商船は、 1990年10月にゴールデン・パイソン作戦とスティール・ボックス作戦の下で西ドイツを出港し、1990年11月6日にジョンストン島に到着した。船は9日以内に荷揚げされたが、弾薬の開梱と保管は1991年まで続いた。^{[ 65 ]}残りの化学兵器は、ソロモン諸島から輸送された第二次世界大戦時代の兵器のごく少数であった。^{[ 66 ]}

エージェントオレンジは、1972年にオペレーション・ペイサー・アイビーの下、南ベトナムとミシシッピ州ガルフポートからジョンストン環礁に持ち込まれた。それは、除草剤オレンジ貯蔵所として知られる島の北西の角に保管され、「エージェントオレンジヤード」と呼ばれた。エージェントオレンジは最終的に、1977年の夏にオランダの焼却船MTバルカヌス号でオペレーション・ペイサーHO中に破壊された。 ^{[ 8 ]}米国環境保護庁（EPA）は、180万ガロンの除草剤オレンジがジョンストン環礁に保管され、さらにミシシッピ州ガルフポートに保管されていた48万ガロンが破壊のためにジョンストン環礁に持ち込まれたと報告した。^{[ 67 ]}保管中の樽の漏れや再ドラム作業中のこぼれにより、保管エリアとラグーンの両方が除草剤残留物とその有毒汚染物質である2,3,7,8-テトラクロロジベンゾジオキシンで汚染された。^{[ 68 ] [ 69 ]}

陸軍のジョンストン環礁化学兵器処理システム（JACADS）は、最初の本格的な化学兵器処理施設でした。島内で化学兵器弾薬を焼却するために建設され、計画は1981年に始まり、建設は1985年に始まり、5年後に完成しました。建設と施設の特性評価の後、JACADSは1990年6月に運用検証試験（OVT）を開始しました。1990年から1993年まで、陸軍は公共法100-456で義務付けられている運用検証試験（OVT）を4回実施しました。OVTは1993年3月に完了し、逆組立焼却技術が適切であり、JACADSの運用がすべての環境パラメータを満たしていることが実証されました。本格的な運用への移行は1993年5月に始まりましたが、施設が本格的な運用を開始したのは1993年8月でした。

ジョンストン島にかつて保管されていた化学兵器はすべて非武装化され、JACADSで焼却処分され、そのプロセスは2000年に完了した。その後、化学兵器の保管と浄化に関連する過去の有害廃棄物の破壊が完了した。JACADSは2003年までに解体され、島には残っていたインフラが撤去され、環境修復が行われた。^{[ 63 ]}

2003年、JACADSで使用されていたものを含む建造物や施設が撤去され、滑走路は閉鎖された。公式職員の最後の飛行は2004年6月15日だった。この日以降、基地は完全に無人となり、残っている建造物は滑走路の東端にある統合作戦センター（JOC）の建物、武器保管区域にある化学兵器バンカー、そして少なくとも1つのクォンセットハットだけとなった。^{[ 70 ]}

1964年に建設されたJOCは、島のための4階建てのコンクリートと鉄骨造りの管理棟で、窓はなく、カテゴリーIVの熱帯低気圧や大気圏核実験にも耐えられるように設計されていました。建物は現存していますが、2004年にアスベスト除去プロジェクト中に内部が完全に解体されました。JOCのドアは1つを除いてすべて溶接されて閉ざされています。1階には除染施設として機能する別棟が付属しています。そこには3つの長く蛇行した廊下と、除染中に通り抜けることができる55のシャワーヘッドがあります。^{[ 71 ]}

レッドハット保管区域のバンカー列はそのまま残っているが、2003年8月21日に米陸軍とEPA第9地域の間で、JACADSの弾薬非武装化ビル（MDB）を解体し、RHSAのバンカーを建設残骸や瓦礫の処分に使用するという合意がなされた。瓦礫をバンカー内に置いた後、バンカーは施錠され、バンカー内部への立ち入りを防ぐために、入口はコンクリートブロックの障壁（別名キング・ツタンカーメン・ブロック）で塞がれた。^{[ 34 ]}

長年にわたり、枯葉剤の漏洩や、兵器貯蔵区域での化学兵器の漏洩が発生し、清掃中に毒性物質を軽減するために水酸化ナトリウムなどの腐食性化学物質が使用されました。JACADSのMCD内では、神経剤やマスタード剤の大規模な流出も発生しました。EPAは、JACADSからの化学兵器コンポーネントの小規模な放出を指摘しました。ジョンストン環礁の環境と生態系に関する複数の研究が行われており、この環礁はおそらく太平洋で最も研究されている島です。^{[ 34 ]}

環礁で行われた、 PCB汚染がリーフダムセルフィッシュ（Abudefduf sordidus）に及ぼす影響に関する研究では、胚の異常が汚染地域と非汚染地域を比較するための指標として使用できることが実証された。^{[ 72 ]}ラグーンのPCB汚染の一部は、沿岸警備隊によるPCB含有変圧器の廃棄方法に起因することが判明した。

1962年、3回の核ミサイル発射失敗によるプルトニウム汚染は、破壊された発射台付近、発射台沖のラグーン、サンド島付近で最も深刻だった。汚染された発射場は撤去され、残骸は集められ、1962年の島の拡張部分に埋められた。1980年には、1962年のTHORミサイルの中止による超ウラン汚染を記録するための包括的な放射線調査が完了した。空軍はまた、保管されていた除草剤エージェントオレンジの漏洩によって土壌からダイオキシン汚染を除去する方法の研究を開始した。^{[ 34 ]}それ以来、米国の国防当局は一連の調査で島を調査してきた。

汚染された構造物は、浄化プログラムの開始として、旧ソー発射台第1号（LE-1）内で解体され隔離された。放射性同位体で汚染された約45,000トンの土壌が収集され、島の北にある24エーカー（9.7ヘクタール）のフェンスで囲まれた区域に置かれた。この区域は放射線管理区域として知られ、高放射性プルトニウムでひどく汚染されていた。 ^{[ 38 ] [ 73 ]}プルートヤードは、1962年のミサイル爆発が発生したLE1の跡地にあり、海に投棄された小型ボートにプルトニウムで汚染された残骸を積み込むために作られた、ひどく汚染された積み込みランプが埋められている場所でもある。修復には、ジョンストン環礁プルトニウム汚染土壌浄化プロジェクトと呼ばれるプルトニウム「採掘」作業が含まれていた。収集された放射性土壌やその他の廃棄物は、2002年6月から2002年11月11日まで、旧LE-1区域内に作られた埋立地に埋められた。放射線管理区域での修復作業には、埋立地を封じる厚さ61センチメートルのサンゴのキャップの建設が含まれていた。埋立地区域を識別するために、埋立地の各角に恒久的な標識が設置された。^{[ 34 ]} 

この環礁は、2005年に米国一般調達局（GSA）を通じて競売にかけられたが、その後取り下げられた。剥ぎ取られたジョンストン島は、2005年にGSAの不動産利用処分局によって「住居または休暇用別荘」として、また「エコツーリズム」への利用の可能性を秘めた物件として、いくつかの権利制限付きで一時的に売りに出された。提案された売却には、かつて太平洋軍に割り当てられていた固有の郵便番号96558が含まれていた。提案された売却には、水道、電気、閉鎖された滑走路の稼働は含まれていなかった。この物件の詳細は、GSAのウェブサイトと土地利用解釈センターのニュースレターで、珍しい不動産リスト番号6384、ジョンストン島として概説された。^{[ 74 ] [ 75 ]}

2006年8月22日、ジョンストン島はハリケーン・アイオケに襲われた。東側の眼壁が環礁を直撃し、風速は時速100マイル（時速160キロ）を超えた。ハリケーン襲来時、島には12人がおり、そのうちの1人は地下水汚染レベルを採取する米空軍の請負業者を島に送り届けるために派遣されていた。12人全員が無事生還し、そのうちの1人がJOCビルで嵐から避難した際の体験談を記した。^{[ 71 ]}  

2007年12月9日、米国沿岸警備隊はジョンストン島の滑走路から瓦礫を撤去し、その滑走路を使用して病気の台湾人漁師をハワイ州オアフ島へ移送・救助した。この漁師は2007年12月6日に台湾の漁船「盛一仔166号」から沿岸警備隊のブイ敷設船「ククイ」に移送された。その後、島へ運ばれ、アラスカ州コディアックから沿岸警備隊のHC-130ハーキュリーズ救助機で救助された。^{[ 76 ]}

基地が閉鎖されて以来、この環礁は太平洋を横断する多くの船舶に訪れられており、かつてそこで行われていた活動のため、この無人環礁には強い魅力がある。訪問者は旅行中に立ち寄ったことをブログに書いたり、訪問時の写真を投稿したりしている。^{[ 77 ]}

2010 年、魚類野生生物調査チームが、ジョンストン環礁国立野生生物保護区に侵入したアノプロレピス属のアリの大群を発見した。この狂ったアリは重要な海鳥のコロニーを脅かしており、駆除が必要だった。^{[ 78 ]}「狂ったアリ駆除チーム」プロジェクトは、米国魚類野生生物局が主導し、2013 年までにアリの数を 99% 削減することに成功した。チームは、以前は核シェルターや事務所として使用されていたバンカーにキャンプした。^{[ 9 ] [ 79 ]} 2021 年に、環礁からこの種のアリが完全に駆除された。^{[ 80 ]}

2025年、空軍のロケット貨物プログラムに基づき、再利用可能なロケットによる貨物輸送の試験を行うための空軍研究所の計画地として発表された。このプログラムの目的は、世界中のどこへでも数時間以内に軍事貨物を輸送できるようにすることである。空軍は、4年間で年間最大10回の再突入機着陸をサポートする着陸パッドを2つ建設する予定である。この試験段階は、プログラムの能力を実証および評価するために設計されている。^{[ 81 ]}