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| ホメオドメイン | |||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||
| シンボル | ホメオドメイン | ||||||||||
| パム | PF00046 | ||||||||||
| ファム一族 | CL0123 | ||||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||||
| 頭いい | SM00389 | ||||||||||
| プロサイト | PDOC00027 | ||||||||||
| SCOP2 | 1ahd / スコープ / SUPFAM | ||||||||||
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ホメオボックスは、約 180塩基対の長さのDNA 配列であり、胚発生の初期段階で大規模な解剖学的特徴を制御します。ホメオボックスの変異により、成熟した生物の大規模な解剖学的特徴が変化する可能性があります。
ホメオボックスは、動物、真菌、植物、および多数の単細胞真核生物の解剖学的発達（形態形成）のパターンの調節に関与する遺伝子内に存在します。[2]ホメオボックス遺伝子は、DNAに結合して標的遺伝子の発現を調節する特徴的なタンパク質フォールド構造を共有する転写因子であるホメオドメインタンパク質産物をコードします。[3] [4] [2] ホメオドメインタンパク質は初期胚発生中の遺伝子発現と細胞分化を調節するため、ホメオボックス遺伝子の変異は発達障害を引き起こす可能性があります。[5]
ホメオシスはウィリアム・ベイトソンが造った用語で、特定の体の一部を別の体の一部に完全に置き換えること、例えば、ミバエの頭の触角を脚に置き換えること、アンテナペディアなどを表す。 [6]「ホメオボックス」と「ホメオドメイン」の接頭辞「ホメオ」は、動物でこれらの遺伝子の一部が変異したときに観察されるこの変異表現型に由来する。ホメオボックスドメインは、ショウジョウバエのホメオティックタンパク質と分節タンパク質で最初に特定されたが、現在では脊椎動物を含む他の多くの動物でよく保存されていることが知られている。[3] [7] [8]
発見
ホメオボックス遺伝子の存在は、頭部から予想される触角ではなく脚が生えるホメオティック変換の原因となる遺伝子を単離することによって、ショウジョウバエで初めて発見されました。ウォルター・ゲーリングは、このホメオティック表現型を引き起こすアンテナペディアと呼ばれる遺伝子を特定しました。[9]アンテナペディアの分析により、この遺伝子には、ウィリアム・マクギニスが「ホメオボックス」と名付けた DNA 結合ドメインをコードする 180 塩基対の配列が含まれていることが明らかになりました。 [10]アンテナペディアのホメオボックス配列を含む追加のショウジョウバエ遺伝子の存在は、スイスのバーゼル大学のエルンスト・ハーフェン、マイケル・レバイン、ウィリアム・マクギニス、ウォルター・ヤコブ・ゲーリングと、ブルーミントンにあるインディアナ大学のマシュー・P・スコットとエイミー・ワイナーによって1984 年に独立して報告されました。 [11] [12]エドワード・デ・ロベルティスとウィリアム・マクギニスによる相同遺伝子の単離により、さまざまな種の多数の遺伝子がホメオボックスを含んでいることが明らかになりました。[13] [14]その後のホメオボックス含有遺伝子間の進化的関係を詳述した系統学的研究により、これらの遺伝子は全ての左右相称動物に存在することが示された。
ホメオドメイン構造
特徴的なホメオドメインタンパク質フォールドは、3つのアルファヘリックスからなる60アミノ酸長のドメインで構成されています。以下はコンセンサスホメオドメイン（約60アミノ酸鎖）を示しています。[15]
ヘリックス 1 ヘリックス 2 ヘリックス 3/4
＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
RRRKRTAYTRYQLLELEKEFHFNRYLTRRRRIELAHSLNLTERHIKIWFQNRRMKWKKEN
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| ....|....|
10 20 30 40 50 60
ヘリックス2とヘリックス3は、いわゆるヘリックスターンヘリックス（HTH）構造を形成し、2つのアルファヘリックスが短いループ領域で接続されています。ホメオドメインのN末端の2つのヘリックスは反平行であり、より長いC末端ヘリックスは最初の2つによって確立された軸に対してほぼ垂直です。この3番目のヘリックスが、多数の水素結合と疎水性相互作用を介してDNAと直接相互作用し、また、特定の側鎖とDNAの主溝内の露出した塩基との間で水分子を介した間接的な相互作用も行います。 [7]
ホメオドメインタンパク質は真核生物に見られる。[2] HTHモチーフを通して、ホメオドメインタンパク質は原核生物の転写因子[16] 、例えば原核生物の遺伝子発現を変化させるラムダファージタンパク質と限定的な配列類似性および構造類似性を共有している。HTHモチーフは、広範囲のDNA結合タンパク質（例えば、croおよびリプレッサータンパク質、ホメオドメインタンパク質など）において、ある程度の配列類似性を示すが、類似した構造を示す。これらの異なるタンパク質のHTHモチーフ間の主な違いの1つは、主鎖とのβ炭素の立体干渉を避けるために必要な、ターン中のグリシンの立体化学的要件から生じる。croおよびリプレッサータンパク質の場合、グリシンは必須であるように見えるが、多くのホメオティックおよびその他のDNA結合タンパク質の場合、要件は緩和されている。
配列特異性
ホメオドメインは、C 末端認識ヘリックスが DNA の主溝に整列し、N 末端の構造化されていないペプチド「テール」が副溝に整列することで、B -DNAに特異的にも非特異的にも結合できます。認識ヘリックスとヘリックス間のループには、 DNA バックボーンと水素結合を形成するアルギニンとリジン残基が豊富に含まれています。認識ヘリックスの中心にある保存された疎水性残基は、ヘリックスパッキングの安定化に役立ちます。ホメオドメインタンパク質は、DNA 配列 5'-TAAT-3' を優先します。配列に依存しない結合は、大幅に低い親和性で発生します。単一のホメオドメインタンパク質の特異性は通常、特定の標的遺伝子プロモーターを認識するのに十分ではないため、結合配列の特異性と標的遺伝子の発現を制御するための重要なメカニズムとして補因子結合が重要になります。より高い標的特異性を実現するために、ホメオドメインタンパク質は他の転写因子と複合体を形成し、特定の標的遺伝子のプロモーター領域を認識します。
生物学的機能
ホメオドメインタンパク質は、保存されたHTHモチーフのDNA結合特性により転写因子として機能します。ホメオドメインタンパク質はマスター制御遺伝子であると考えられており、単一のタンパク質が多くの標的遺伝子の発現を制御できることを意味します。ホメオドメインタンパク質は、初期胚発生中に体軸と体構造の形成を指示します。[17]多くのホメオドメインタンパク質は、個々の組織や臓器を生成するために必要な共制御遺伝子のカスケードを開始することにより、細胞分化を誘導します。NANOGなどのファミリーの他のタンパク質は、多能性の維持と細胞分化の防止 に関与しています。
規制
Hox遺伝子とそれに関連するマイクロRNAは、組織特異的かつ時空間的に厳密に制御される、高度に保存された発達マスターレギュレーターです。これらの遺伝子は、いくつかの癌で調節不全になることが知られており、DNAメチル化によって制御されることが多いです。[18] [19] Hox遺伝子の制御は非常に複雑で、主に抑制的な相互作用を伴います。ショウジョウバエは、幼虫の発達中に起こるペアルール遺伝子とギャップ遺伝子のダウンレギュレーション後、ポリコーム複合体とトリソラックス複合体を使用してHox遺伝子の発現を維持することが知られています。ポリコームグループのタンパク質は、クロマチン構造の調整によってHox遺伝子をサイレンシングすることができます。 [20]
突然変異
ホメオボックス遺伝子の変異は、ショウジョウバエのアンテナペディアやビソラックスの変異表現型のように、体節のアイデンティティにおいて容易に目に見える表現型の変化を生み出す可能性がある。ホメオボックス遺伝子の複製は新しい体節を生み出す可能性があり、そのような複製は体節動物の進化において重要であった可能性が高い。
進化
ホメオボックス遺伝子配列とホメオドメインタンパク質構造の系統発生解析から、植物、菌類、動物の最後の共通祖先は少なくとも2つのホメオボックス遺伝子を持っていたことが示唆されている。[21]分子的証拠は、限られた数のHox遺伝子が最古の真性二側動物以前から刺胞動物に存在していたことを示し、これらの遺伝子は古生代以前のものである。[22] 3つの主要な動物ANTPクラスのクラスター、Hox、ParaHox、NK（MetaHox）は、分節重複の結果であると認められている。最初の重複によってMetaHoxとProtoHoxが作成され、後者は後にHoxとParaHoxに重複した。クラスター自体は、単一のANTPクラスのホメオボックス遺伝子の直列重複によって作成された。[23]遺伝子重複とそれに続く新機能化は、真核生物に見られる多くのホメオボックス遺伝子の原因である。[24] [25]ホメオボックス遺伝子と遺伝子クラスターの比較は、後生動物全体のゲノム構造と体形態の進化を理解するために使用されてきた。[26]
ホメオボックス遺伝子の種類
Hox遺伝子
Hox遺伝子は、ホメオボックス遺伝子の最もよく知られているサブセットです。これらは、前後軸に沿った胚領域のアイデンティティを決定する重要な後生動物遺伝子です。 [27]最初の脊椎動物Hox遺伝子は、1984年にエドワード・デ・ロバーティスとその同僚によってアフリカツメガエル で単離されました。[28]この遺伝子セットの主な関心は、ゲノム内でのそのユニークな動作と配置に由来しています。Hox遺伝子は通常、組織化されたクラスターで見つかります。クラスター内のHox遺伝子の線形順序は、発生中に時間と空間の両方で発現される順序に直接相関しています。この現象は共線性と呼ばれます。
これらのホメオティック遺伝子の変異は、胚発生中に体節の変位を引き起こす。これはエクトピアと呼ばれる。例えば、1つの遺伝子が失われると、その節はより前方の節に発達するが、機能獲得につながる変異は、節をより後方の節に発達させる。有名な例は、ショウジョウバエのアンテナペディアとビトラークスであり、それぞれ触角の代わりに脚の発達と重複した胸部の発達を引き起こす可能性がある。[29]
脊椎動物では、4つのパラログクラスターは部分的に機能が重複していますが、いくつかの派生機能も獲得しています。たとえば、HoxAとHoxDは、四肢軸に沿ったセグメントのアイデンティティを指定します。[30] [31] Hoxファミリーの特定のメンバーは、マトリックス分解、インテグリン、ECMの成分の変化を調整することにより、血管リモデリング、血管新生、および疾患に関与しています。 [32] HoxA5はアテローム性動脈硬化症に関与しています。[33] [34] HoxD3とHoxB3は、それぞれECでb3とa5インテグリンとEfna1をアップレギュレーションする、浸潤促進性の血管新生遺伝子です。[35] [36] [37] [38] HoxA3は、MMP14とuPARをアップレギュレーションすることにより、内皮細胞（EC）の移動を誘導します。逆に、HoxD10とHoxA5は、それぞれTIMP1の上方制御/uPARとMMP14の下方制御、およびTsp2の上方制御/VEGFR2、Efna1、Hif1alpha、COX-2の下方制御によって、ECの移動と血管新生を抑制し、接着結合を安定化するという逆の効果があります。 [39] [40] HoxA5はまた、PTENの下方制御によって腫瘍抑制因子p53とAkt1を上方制御します。[41] HoxA5の抑制は、血管腫の成長を減弱させることが示されています。 [42] HoxA5は遺伝子発現に広範囲に影響を及ぼし、乳がん細胞株で誘導されると約300個の遺伝子が上方制御されます。[42] HoxA5タンパク質伝達ドメインの過剰発現は、HUVECへのTNFalpha誘導性単球結合の阻害によって示される炎症を防ぎます。[43] [44]
LIM遺伝子
LIM遺伝子（特徴的なドメインが最初に特定された3つのタンパク質の名前の頭文字にちなんで名付けられた）は、60アミノ酸のシステインとヒスチジンに富む2つのLIMドメインとホメオドメインをコードしている。LIMドメインはタンパク質間相互作用で機能し、亜鉛分子と結合することができる。LIMドメインタンパク質は細胞質と核の両方に見られる。それらは細胞骨格のリモデリング、接着部位、タンパク質複合体の足場、転写因子として機能する。[45]
パックス遺伝子
ほとんどのPax遺伝子にはホメオボックスと、DNAに結合して結合特異性を高めるペアドメインが含まれていますが、一部のPax遺伝子はホメオボックス配列の全部または一部を失っています。[46] Pax遺伝子は、胚の分節、神経系の発達、前頭眼野の生成、骨格の発達、顔の構造の形成に機能します。Pax 6は眼の発達のマスターレギュレーターであり、この遺伝子は眼胞とそれに続く眼の構造の発達に必要です。[47]
POU遺伝子
POU 領域を含むタンパク質は、ホメオドメインと、 2 つのヘリックス-ターン-ヘリックスモチーフを含み、DNA にも結合する、構造的に相同な別の POU ドメインから構成されます。2 つのドメインは、DNA ヘリックスの周囲に広がるのに十分な長さの柔軟なループによって連結されており、2 つのドメインが標的 DNA の反対側に結合して、コンセンサス配列5'-ATGCAAAT-3' を持つ 8 塩基セグメントを集合的にカバーします。POU タンパク質の個々のドメインは DNA に弱くしか結合しませんが、連結されると強い配列特異的親和性を持ちます。POU ドメイン自体は、バクテリオファージ、特にラムダファージで発現するリプレッサーと構造的にかなり類似しています。
植物ホメオボックス遺伝子
動物と同様に、植物のホメオボックス遺伝子は、典型的な 60 アミノ酸長の DNA 結合ホメオドメインをコードしますが、TALE (3 アミノ酸ループ拡張) ホメオボックス遺伝子の場合は、63 アミノ酸からなる非典型的なホメオドメインをコードします。保存されたイントロン - エクソン構造と独自のコドメイン構造により、これらは 14 の異なるクラスに分類されています: HD-ZIP I から IV、BEL、KNOX、PLINC、WOX、PHD、DDT、NDX、LD、SAWADEE、PINTOX。[24]コドメインの保存は、TALE [48]と非 TALE ホメオドメインタンパク質の共通の真核生物の祖先を示唆しています。 [49]
ヒトホメオボックス遺伝子
ヒトの Hox 遺伝子は 4 つの染色体クラスターに編成されています。
ParaHox遺伝子は、同様に4つの領域に存在します。CDX1 、CDX2、CDX4、GSX1、GSX2、PDX1です。Hox様遺伝子として考えられる他の遺伝子には、EVX1、EVX2、GBX1、GBX2、MEOX1、MEOX2、MNX1があります。NK様遺伝子（NKL）は、一部が「MetaHox」と考えられており、Hox様遺伝子とともにANTP様の大きなグループにまとめられています。[50] [51]
ヒトは「遠位のないホメオボックス」ファミリーを持っています：DLX1、DLX2、DLX3、DLX4、DLX5、DLX6。Dlx遺伝子は神経系と四肢の発達に関与しています。[52]これらはNK様遺伝子のサブセットであると考えられています。[50]
ヒトのTALE（3アミノ酸ループ拡張）ホメオボックス遺伝子は「非定型」ホメオドメインで、60アミノ酸ではなく63アミノ酸で構成されています： IRX1、IRX2、IRX3、IRX4、IRX5、IRX6、MEIS1、MEIS2、MEIS3、MKX、PBX1、PBX2、PBX3、PBX4、PKNOX1、PKNOX2、TGIF1、TGIF2、TGIF2LX、TGIF2LY。[50]
さらに、ヒトには以下のホメオボックス遺伝子とタンパク質がある。[50]
- LIMクラス: ISL1、ISL2; LHX1、LHX2、LHX3、LHX4、LHX5、LHX6、LHX8、LHX9; [a] LMX1A、LMX1B
- POU クラス: HDX; POU1F1 ; POU2F1; POU2F2 ; POU2F3 ; POU3F1 ; POU3F2 ; POU3F3 ; POU3F4 ; POU4F1 ; POU4F2 ; POU4F3 ; POU5F1; POU5F1P1; POU5F1P4; POU5F2; POU6F1; およびPOU6F2
- CERS クラス: LASS2、LASS3、LASS4、LASS5、LASS6;
- HNF クラス: HMBOX1 ; HNF1A、HNF1B ;
- SINE クラス: SIX1、SIX2、SIX3、SIX4、SIX5、 SIX6 [b]
- CUT クラス: ONECUT1、ONECUT2、ONECUT3; CUX1、CUX2; SATB1、SATB2 ;
- ZF クラス: ADNP、ADNP2; TSHZ1、TSHZ2、TSHZ3 ; ZEB1、ZEB2 ; ZFHX2、ZFHX3、ZFHX4; ZHX1、HOMEZ;
- PRD クラス: ALX1 (CART1)、ALX3、ALX4、ARGFX、ARX、DMBX1、DPRX、DRGX、DUXA、DUXB、DUX (1、2、3、4、4c 、 5)、[c] ESX1、GSC、GSC2、HESX1、 HOPX、 ISX、LEUTX、MIXL1、NOBOX、OTP、OTX1、OTX2、CRX、PAX2、PAX3 、 PAX4、PAX5、PAX6、PAX7、PAX8、[d] PHOX2A、PHOX2B、PITX1、PITX2、PITX3、PROP1、PRRX1、PRRX2、RAX 、 RAX2、RHOXF1、RHOXF2 /2B;セボックス;ショックス、ショックス2 ; TPRX1; UNCX; VSX1、VSX2
- NKL クラス: BARHL1、BARHL2 ; BARX1、BARX2; BSX ; DBX1、DBX2 ; EMX1、EMX2 ; EN1、EN2 ; HHEX ; HLX1 ; LBX1、LBX2 ; MSX1、MSX2 ; NANOG ; NOTO ; TLX1、TLX2、TLX3 ; TSHZ1、TSHZ2、TSHZ3 ; VAX1、VAX2、VENTX;
- ^ Lmx 1/5、2/9、3/4、6/8 としてグループ化されます。
- ^ 6 1/2、3/6、4/5 としてグループ化されます。
- ^ 疑わしい、[50]
- ^ Pax遺伝子。Pax2 /5/8、Pax3/7、Pax4/6に分類されます。
- ^ 参考4.
- ^ 参考 5.
参照
参考文献
- ^ PDB : 1AHD ; Billeter M, Qian YQ, Otting G, Müller M, Gehring W, Wüthrich K (1993年12月). 「アンテナペディアホメオドメイン-DNA複合体の核磁気共鳴溶液構造の決定」. Journal of Molecular Biology . 234 (4): 1084–93. doi :10.1006/jmbi.1993.1661. PMID 7903398.
- ^ abc Bürglin TR、Affolter M (2016年6月)。「ホメオドメインタンパク質：最新情報」。Chromosoma . 125 ( 3): 497–521. doi :10.1007/s00412-015-0543-8. PMC 4901127 . PMID 26464018.
- ^ ab Gehring WJ (1992年8月). 「ホメオボックスの展望」.生化学の動向. 17 (8): 277–80. doi :10.1016/0968-0004(92)90434-B. PMID 1357790.
- ^ Gehring WJ (1993年12月). 「ホメオボックスの探究」. Gene . 135 (1–2): 215–21. doi :10.1016/0378-1119(93)90068-E. PMID 7903947.
- ^ 「Homeoboxes」。遺伝学ホームリファレンス。米国国立医学図書館。2019年12月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2019年11月20日閲覧。
- ^ 種の起源における不連続性に特に留意した変異の研究のための資料 ウィリアム・ベイトソン 1861-1926. ロンドン：マクミラン 1894 xv、598 ページ
- ^ ab Schofield PN (1987). 「パターン、パズル、パラダイム - ホメオボックスの謎」. Trends Neurosci . 10 : 3–6. doi :10.1016/0166-2236(87)90113-5. S2CID 53188259.
- ^ Scott MP、 Tamkun JW、Hartzell GW (1989年7 月)。「ホメオドメインの構造と機能」。Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Reviews on Cancer。989 ( 1): 25–48。doi :10.1016/ 0304-419x (89)90033-4。PMID 2568852。
- ^ Garber RL, Kuroiwa A, Gehring WJ (1983). 「ショウジョウバエのホメオティック遺伝子座 Antennapedia のゲノムおよび cDNA クローン」. The EMBO Journal . 2 (11): 2027–36. doi :10.1002/j.1460-2075.1983.tb01696.x. PMC 555405. PMID 6416827 .
- ^ “Walter Jakob Gehring (1939-2014) | The Embryo Project Encyclopedia”. embryo.asu.edu . 2019年12月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。2019年12月9日閲覧。
- ^ McGinnis W, Levine MS, Hafen E, Kuroiwa A, Gehring WJ (1984). 「ショウジョウバエのアンテナペディアとビソラックス複合体のホモエオティック遺伝子における保存された DNA 配列」. Nature . 308 (5958): 428–33. Bibcode :1984Natur.308..428M. doi :10.1038/308428a0. PMID 6323992. S2CID 4235713.
- ^ Scott MP、Weiner AJ (1984 年 7 月)。「発達を制御する遺伝子間の構造的関係: ショウジョウバエの Antennapedia、Ultrabithorax、および fushi tarazu 遺伝子座間の配列相同性」。米国科学アカデミー紀要。81 (13): 4115–9。Bibcode : 1984PNAS ... 81.4115S。doi : 10.1073 / pnas.81.13.4115。PMC 345379。PMID 6330741 。
- ^ Carrasco AE、McGinnis W、Gehring WJ、De Robertis EM (1984 年 6 月)。 「ショウジョウバエのホメオティック遺伝子と相同なペプチド領域をコードする、初期胚発生中に発現する X. laevis 遺伝子のクローニング」。Cell。37 ( 2 ) : 409–414。doi :10.1016/0092-8674(84)90371-4。PMID 6327066。S2CID 30114443。
- ^ McGinnis W, Garber RL, Wirz J, Kuroiwa A, Gehring WJ (1984年6月). 「ショウジョウバエのホメオティック遺伝子における相同タンパク質コード配列と他の後生動物におけるその保全」. Cell . 37 (2): 403–8. doi :10.1016/0092-8674(84)90370-2. PMID 6327065. S2CID 40456645. 2021年5月4日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2019年12月9日閲覧。
- ^ Bürglin TR. 「ホメオボックスページ」（gif）。カロリンスカ研究所。2011年7月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。2010年1月30日閲覧。
- ^ “CATH Superfamily 1.10.10.60”. www.cathdb.info . 2017年8月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。2018年3月27日閲覧。
- ^ Corsetti MT、Briata P、Sanseverino L、Daga A、Airoldi I、Simeone A、他 (1992 年 9 月)。「3 つのヒトホメオドメインタンパク質の異なる DNA 結合特性」。 核酸研究。20 ( 17): 4465–72。doi :10.1093 / nar /20.17.4465。PMC 334173。PMID 1357628。
- ^ Dunn J、Thabet S、Jo H（2015年7月）。「内皮遺伝子発現と動脈硬化における血流依存性エピジェネティックDNAメチル化」。動脈硬化、血栓症、血管生物学。35 （7）：1562–9。doi ： 10.1161 / ATVBAHA.115.305042。PMC 4754957。PMID 25953647 。
- ^ Bhatlekar S 、Fields JZ、Boman BM（2014年8月）。「HOX遺伝子とヒト癌の発症におけるその役割」。Journal of Molecular Medicine。92（ 8） ： 811–23。doi ： 10.1007 /s00109-014-1181-y。PMID 24996520。S2CID 17159381。
- ^ Portoso M、Cavalli G (2008)。「ポリコームを介した遺伝子発現とゲノムプログラミングの制御における RNAi と非コード RNA の役割」。RNA と遺伝子発現の調節: 複雑性の隠れた層。Caister Academic Press。ISBN 978-1-904455-25-7. 2012年1月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。2008年2月27日閲覧。
- ^ Bharathan G、Janssen BJ、Kellogg EA、Sinha N (1997 年 12 月)。「ホメオドメインタンパク質は、被子植物、菌類、後生動物の起源以前に複製されたか?」米国科学アカデミー紀要。94 (25): 13749–53。Bibcode : 1997PNAS ... 9413749B。doi : 10.1073 / pnas.94.25.13749。JSTOR 43805。PMC 28378。PMID 9391098。
- ^ Ryan JF、Mazza ME、Pang K、Matus DQ、Baxevanis AD、Martindale MQ、他。 (2007 年 1 月)。 「ホックス星団とホックスコードの左右相称以前の起源：イソギンチャク、Nematostella vectensis からの証拠」。プロスワン。2 (1): e153。ビブコード:2007PLoSO...2..153R。土井：10.1371/journal.pone.0000153。PMC 1779807。PMID 17252055。
- ^ Garcia-Fernàndez J (2005年12月). 「ホメオボックス遺伝子クラスターの起源と進化」. Nature Reviews Genetics . 6 (12): 881–92. doi :10.1038/nrg1723. PMID 16341069. S2CID 42823485.
- ^ ab Mukherjee K, Brocchieri L, Bürglin TR (2009年12月). 「植物ホメオボックス遺伝子の包括的な分類と進化的分析」.分子生物学と進化. 26 (12): 2775–94. doi :10.1093/molbev/msp201. PMC 2775110. PMID 19734295 .
- ^ Holland PW (2013). 「ホメオボックス遺伝子の進化」Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology 2 ( 1): 31–45. doi :10.1002/wdev.78. PMID 23799629. S2CID 44396110.
- ^ Ferrier DE (2016). 「動物におけるホメオボックス遺伝子クラスターの進化：ギガクラスターと一次クラスタリングと二次クラスタリング」。Frontiers in Ecology and Evolution . 4 . doi : 10.3389/fevo.2016.00036 . hdl : 10023/8685 . ISSN 2296-701X.
- ^ Alonso CR (2002 年 11 月). 「Hox タンパク質: 局所的な細胞死を活性化して体の各部を形成する」. Current Biology . 12 (22): R776-8. Bibcode :2002CBio...12.R776A. doi : 10.1016/S0960-9822(02)01291-5 . PMID 12445403. S2CID 17558233.
- ^ Carrasco AE、McGinnis W、Gehring WJ、De Robertis EM (1984 年 6 月)。 「ショウジョウバエのホメオティック遺伝子と相同なペプチド領域をコードする、初期胚発生中に発現する X. laevis 遺伝子のクローニング」。Cell。37 ( 2 ) : 409–14。doi :10.1016/0092-8674(84)90371-4。PMID 6327066。S2CID 30114443。
- ^ Schneuwly S, Klemenz R, Gehring WJ (1987). 「同種遺伝子 Antennapedia の異所性発現によるショウジョウバエのボディプランの再設計」Nature . 325 (6107): 816–8. Bibcode :1987Natur.325..816S. doi :10.1038/325816a0. PMID 3821869. S2CID 4320668.
- ^ Fromental-Ramain C、Warot X、Messadecq N、LeMeur M、Dollé P、Chambon P (1996 年 10 月)。「Hoxa-13 と Hoxd-13 は、四肢の自肢のパターン形成に重要な役割を果たす」。Development。122 ( 10 ) : 2997–3011。doi :10.1242/dev.122.10.2997。PMID 8898214 。
- ^ Zákány J, Duboule D (1999年4月). 「指の発達と進化におけるHox遺伝子」.細胞と組織の研究. 296 (1): 19–25. doi :10.1007/s004410051262. PMID 10199961. S2CID 3192774.
- ^ Gorski DH、Walsh K (2000 年 11 月)。「血管 リモデリングと血管新生におけるホメオボックス遺伝子の役割」。Circulation Research。87 ( 10): 865–72。doi : 10.1161 /01.res.87.10.865。PMID 11073881。
- ^ Dunn J、Thabet S、Jo H（2015年7月）。「内皮遺伝子発現と動脈硬化における血流依存性エピジェネティックDNAメチル化」。動脈硬化、血栓症、血管生物学。35 （7）：1562–9。doi ： 10.1161 / ATVBAHA.115.305042。PMC 4754957。PMID 25953647 。
- ^ Dunn J、Simmons R、Thabet S 、 Jo H (2015 年 10 月)。「内皮細胞のせん断応力応答と動脈硬化におけるエピジェネティクスの役割」。国際生化学・ 細胞生物学誌。67 :167–76。doi : 10.1016 /j.biocel.2015.05.001。PMC 4592147。PMID 25979369。
- ^ Boudreau N、Andrews C、Srebrow A、Ravanpay A、Cheresh DA (1997 年 10 月)。「Hox D3 による血管新生表現型の誘導」。The Journal of Cell Biology。139 ( 1 ) : 257–64。doi :10.1083/ jcb.139.1.257。PMC 2139816。PMID 9314544 。
- ^ ニュージャージー州ブードロー、JA ヴァーナー (2004 年 2 月)。 「ホメオボックス転写因子 Hox D3 は、血管新生中のインテグリン α5β1 の発現と機能を促進します。」生物化学ジャーナル。279 (6): 4862–8。土井：10.1074/jbc.M305190200。PMID 14610084。
- ^ Myers C、Charboneau A、Boudreau N (2000 年 1 月)。 「 Homeobox B3 は毛細血管の形態形成と血管新生を促進する」。The Journal of Cell Biology。148 ( 2): 343–51。doi : 10.1083 /jcb.148.2.343。PMC 2174277。PMID 10648567。
- ^ Chen Y, Xu B, Arderiu G, Hashimoto T, Young WL, Boudreau N, et al. (2004 年 11 月). 「レトロウイルスによるホメオボックス D3 遺伝子の送達はマウスの脳血管新生を誘導する」. Journal of Cerebral Blood Flow and Metabolism . 24 (11): 1280–7. doi : 10.1097/01.WCB.0000141770.09022.AB . PMID 15545924.
- ^ Myers C, Charboneau A, Cheung I, Hanks D, Boudreau N (2002年12月). 「ホメオボックスD10の持続的発現は血管新生を阻害する」.アメリカ病理学ジャーナル. 161 (6): 2099–109. doi :10.1016/S0002-9440(10)64488-4. PMC 1850921. PMID 12466126.
- ^ Mace KA、Hansen SL、Myers C、Young DM、Boudreau N (2005 年 6 月)。「HOXA3 は血管新生と創傷修復を促進する内皮細胞と上皮細胞の細胞移動を誘導する」。Journal of Cell Science。118 ( Pt 12): 2567–77。doi : 10.1242/ jcs.02399。PMID 15914537。
- ^ Rhoads K, Arderiu G, Charboneau A, Hansen SL, Hoffman W, Boudreau N (2005). 「血管新生と血管パターン形成の調節における Hox A5 の役割」.リンパ研究生物学. 3 (4): 240–52. doi :10.1089/lrb.2005.3.240. PMID 16379594.
- ^ ab Arderiu G, Cuevas I, Chen A, Carrio M, East L, Boudreau NJ (2007). 「HoxA5 は Akt1 の増加により接着結合を安定化する」. Cell Adhesion & Migration . 1 (4): 185–95. doi :10.4161/cam.1.4.5448. PMC 2634105. PMID 19262140.
- ^ Zhu Y、Cuevas IC、Gabriel RA、Su H、西村 S、Gao P、他。 (2009 年 6 月)。 「転写因子 HoxA5 の発現を回復すると、脳内の実験的血管腫の増殖が阻害されます。」神経病理学および実験神経学のジャーナル。68 (6): 626–32。土井：10.1097/NEN.0b013e3181a491ce。PMC 2728585。PMID 19458547。
- ^ Chen H, Rubin E, Zhang H, Chung S, Jie CC, Garrett E, et al. (2005年5月). 「HOXA5の転写標的の同定」. The Journal of Biological Chemistry . 280 (19): 19373–80. doi : 10.1074/jbc.M413528200 . PMID 15757903.
- ^ Kadrmas JL 、 Beckerle MC (2004 年 11 月)。「LIM ドメイン: 細胞骨格から核へ」。Nature Reviews Molecular Cell Biology。5 ( 11): 920–31。doi : 10.1038/nrm1499。PMID 15520811。S2CID 6030950。
- ^ Gruss P, Walther C (1992年5月). 「Pax in development」. Cell . 69 (5): 719–22. doi :10.1016/0092-8674(92)90281-G. PMID 1591773. S2CID 44613005. 2021年5月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2019年12月11日閲覧。
- ^ Walther C, Gruss P (1991年12月). 「マウスのペアボックス遺伝子Pax-6は発達中の中枢神経系で発現する」.発達. 113 (4): 1435–49. doi :10.1242/dev.113.4.1435. PMID 1687460.
- ^ Bürglin TR (1997 年 11 月). 「TALE スーパークラス ホメオボックス遺伝子 (MEIS、PBC、KNOX、Iroquois、TGIF) の解析により、植物と動物の間で保存されている新しいドメインが明らかになりました」. Nucleic Acids Research . 25 (21): 4173–80. doi :10.1093/nar/25.21.4173. PMC 147054. PMID 9336443 .
- ^ Derelle R、Lopez P、Le Guyader H、Manuel M (2007)。「ホメオドメインタンパク質は真核生物の祖先分子ツールキットに属する」。 進化と発達。9 (3): 212–9。doi :10.1111/ j.1525-142X.2007.00153.x。PMID 17501745。S2CID 9530210 。
- ^ abcde Holland PW、Booth HA、Bruford EA（2007年10月） 。「ヒトホメオボックス遺伝子の分類と命名法」 BMC Biology。5（1）：47。doi ：10.1186 / 1741-7007-5-47。PMC 2211742。PMID 17963489。
- ^ Coulier F, Popovici C, Villet R, Birnbaum D (2000 年 12 月 15 日). 「MetaHox 遺伝子クラスター」. Journal of Experimental Zoology . 288 (4): 345–351. Bibcode :2000JEZ...288..345C. doi :10.1002/1097-010X(20001215)288:4<345::AID-JEZ7>3.0.CO;2-Y. PMID 11144283.
- ^ Kraus P、Lufkin T (2006 年 7 月)。「哺乳類の四肢および頭蓋顔面の発達における Dlxホメオボックス遺伝子の制御」。American Journal of Medical Genetics。パート A。140 ( 13): 1366–74。doi :10.1002 / ajmg.a.31252。PMID 16688724。S2CID 32619323。
さらに読む
- Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, et al. (2003).分子細胞生物学(第 5 版). ニューヨーク: WH Freeman and Company. ISBN 978-0-7167-4366-8。
- Tooze C, Branden J (1999).タンパク質構造入門（第2版）. ニューヨーク: Garland Pub. pp. 159–66. ISBN 978-0-8153-2305-1。
- Ogishima S, Tanaka H (2007 年 1 月). 「Hox クラスターの進化におけるミッシングリンク」. Gene . 387 (1–2): 21–30. doi :10.1016/j.gene.2006.08.011. PMID 17098381.
外部リンク
- ホメオドメイン リソース (国立ヒトゲノム研究所、国立衛生研究所)
- HomeoDB: ホメオボックス遺伝子の多様性のデータベース。Zhong YF、Butts T、Holland PWH、2008年以降。2021年6月1日にWayback Machineにアーカイブされました。
- 真核生物線形モチーフリソースモチーフクラス LIG_HOMEOBOX
- 米国国立医学図書館の医学件名標目表(MeSH)の Homeobox