Loading article…
 | |
| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | タンパク質データバンクに含まれる構造の概要。 |
キャプチャされたデータの種類 | タンパク質構造 |
| 生物 | 全て |
| 接触 | |
| 研究センター | 欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI) |
| 著者 | ローマン・ラスコウスキー他 (1997) |
| 主な引用 | 9433130 のID |
| アクセス | |
| Webサイト | 英文 |
| その他 | |
| ブックマーク可能な エンティティ | はい |
PDBsumは、タンパク質データバンク（PDB）に登録されている各3D高分子構造 の内容の概要を提供するデータベースです。[1] [2] [3] [4]
データベース
このデータベースのオリジナル版は、1995年頃にロンドン大学ユニバーシティ・カレッジのローマン・ラスコウスキーと共同研究者によって開発されました。[5] 2014年現在、PDBsumは、欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）のジャネット・ソーントン研究室のラスコウスキーと共同研究者によって管理されています。
PDBsumデータベースの各構造には、構造の画像（メインビュー、ボトムビュー、右側ビュー）、複合体に含まれる分子成分（構造）、適切な場合は酵素反応図、遺伝子オントロジー機能割り当て、 PfamおよびInterProドメイン割り当てによって注釈が付けられた1D配列、結合分子の説明とタンパク質と二次構造の相互作用を示すグラフィック、タンパク質間相互作用の模式図、構造内に含まれる溝の分析、外部データベースへのリンクが含まれています。[6] RasMolおよびJmol分子グラフィックスソフトウェアは、PDBsum内で分子とその相互作用の3Dビューを提供するために使用されます。[5]
2012年10月に1000ゲノムプロジェクトが発表されて以来、プロジェクトで特定されたすべての単一アミノ酸変異体は、タンパク質データバンクの対応するタンパク質配列にマッピングされています。これらの変異体はPDBsum内でも表示され、関連するUniProt識別子と相互参照されています。[6] PDBsumには、構造ベースの薬物設計で興味深い可能性のあるタンパク質構造が多数含まれています。PDBsumの1つのブランチであるDrugPortは、これらのモデルに焦点を当てており、 DrugBank薬物ターゲットデータベースにリンクされています。[6] [7]
参照
参考文献
- ^ Laskowski RA、Hutchinson EG、Michie AD、Wallace AC、Jones ML、Thornton JM (1997 年 12 月)。「PDBsum: すべての PDB 構造の概要と分析の Web ベース データベース」。Trends in Biochemical Sciences。22 ( 12): 488–90。doi :10.1016/S0968-0004(97)01140-7。PMID 9433130 。
- ^ Laskowski RA (2001年1月). 「PDBsum: PDB構造の要約と分析」. Nucleic Acids Research . 29 (1): 221–2. doi : 10.1093/nar/29.1.221. PMC 29784. PMID 11125097.
- ^ Laskowski RA、Chistyakov VV、 Thornton JM (2005 年 1 月)。「PDBsum more: タンパク質と核酸の既知の 3D 構造の新しい概要と分析」。Nucleic Acids Research。33 (データベース号): D266-8。doi : 10.1093 / nar/gki001。PMC 539955。PMID 15608193。
- ^ Laskowski RA (2009 年 1 月). 「PDBsum の新機能」. Nucleic Acids Research . 37 (データベース号): D355-9. doi : 10.1093/nar/gkn860. PMC 2686501. PMID 18996896.
- ^ ab 「PDBsumドキュメント: PDBsumについて」。欧州分子生物学研究所 – 欧州バイオインフォマティクス研究所。 2014年9月9日閲覧。
- ^ abc de Beer TA、Berka K、Thornton JM、 Laskowski RA (2014 年 1 月)。「PDBsum の追加」。核酸研究。42 (データベース号): D292-6。doi : 10.1093/ nar /gkt940。PMC 3965036。PMID 24153109。
- ^ Knox C、Law V、Jewison T、Liu P、Ly S、Frolkis A、Pon A、Banco K、Mak C、Neveu V、Djoumbou Y、Eisner R、Guo AC、Wishart DS (2011 年 1 月) 。 「DrugBank 3.0: 薬物に関する「オミクス」研究のための包括的なリソース」。核酸研究。39 (データベース号): D1035-41。doi : 10.1093/nar/gkq1126。PMC 3013709。PMID 21059682。
外部リンク
- Laskowski RA、Thornton JM。「PDBsum ホームページ」。欧州バイオインフォマティクス研究所。