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有機化学および生化学において、側鎖とは、分子の「主鎖」または骨格と呼ばれる中心部分に結合している化学基のことです。側鎖は、より大きな炭化水素骨格に結合している分子の炭化水素分岐要素です。これは、分子の性質と反応性を決定する要因の1つです。 [ 2 ]側鎖はペンダント鎖とも呼ばれますが、ペンダント基（側鎖）は定義が異なります。
構造式において、プレースホルダーRはアルキル基（飽和炭化水素）側鎖の一般的なプレースホルダーとしてよく用いられる。構造図において、炭素以外の基を示すには、X、Y、またはZがよく用いられる。
R記号は、19 世紀のフランスの化学者シャルル・フレデリック・ゲルハルトによって導入されました。彼は、複数のヨーロッパ言語で「root」または「residue」の最初の文字に対応していることから、広く認識され理解しやすいという理由で、その採用を提唱しました。フランス語のracine (「root」) とrésidu (「residue」)、これらの用語のそれぞれの英語訳、 radical (それ自体は下記のラテン語のradixに由来)、ラテン語のradix (「root」) とresiduum (「residue」)、ドイツ語のRest (「remnant」、化学の文脈では「residue」と「radical」の両方)。[ 3 ]
高分子科学では、オリゴマーまたはポリマー分岐の側鎖は、ポリマーの主鎖から伸びています。側鎖は、ポリマーの特性、主に結晶性と密度に顕著な影響を与えます。オリゴマー分岐は短鎖分岐、ポリマー分岐は長鎖分岐と呼ばれることがあります。側鎖基は側鎖とは異なり、オリゴマーでもポリマーでもありません。[ 4 ]
アミノ酸残基から構成されるタンパク質では、側鎖はアミド主鎖のα炭素原子に結合しています。α炭素に結合している側鎖は各アミノ酸に固有であり、アミノ酸の電荷と極性を決定する役割を担っています。アミノ酸側鎖は、タンパク質の適切な折り畳みと機能につながる多くの相互作用にも関与しています。[ 5 ]極性が似ているアミノ酸は通常互いに引き合いますが、非極性側鎖と極性側鎖は通常互いに反発します。非極性/極性相互作用は、タンパク質全体に比較的多く存在するため、二次構造の安定化に重要な役割を果たす可能性があります。[ 6 ]側鎖再構築のための計算ツールを使用して、タンパク質主鎖の幾何学に基づいて側鎖原子の空間的位置を予測できます。[ 7 ]
