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プエルトリコの動物相は、固有種が多く、分類学的多様性が低く偏っている点で、他の島嶼群の動物相と似ている。[ 1 ]コウモリは、プエルトリコに現存する唯一の在来陸生哺乳類である。この地域の他の陸生哺乳類はすべて人間によって持ち込まれたもので、ネコ、ヤギ、ヒツジ、小型のインドマングース、逃げ出したサルなどの種が含まれる。海洋哺乳類には、イルカ、マナティー、クジラが含まれる。349種の鳥類のうち、約120種が群島で繁殖し、47.5%は偶発的または希少種である。
プエルトリコで最もよく知られ、有名な動物はおそらくコキーでしょう。コキーは小型の固有種のカエルで、プエルトリコの爬虫両生類を構成する86種のうちの1種です。プエルトリコには固有の淡水魚も生息していますが、人間によって持ち込まれた種の中には、貯水池や河川に定着した個体群を持つものもあります。種の豊富さは低いが多様性が高いというパターンは、群島の動物相の大部分を占める無脊椎動物にも見られます。
約4,000年前の最初の人々の到来と500年以上前のヨーロッパ人の到来は、プエルトリコの動物相に大きな影響を与えた。 [ 2 ]狩猟、生息地の破壊、プエルトリコへの外来種の導入は、絶滅と局所的絶滅（地域的絶滅）につながった。プエルトリコオウムの保護活動が最も注目されたのは20世紀後半で、保護活動が始まった。IUCNによると、2002年時点でプエルトリコには21種の絶滅危惧種が生息しており、内訳は哺乳類2種、繁殖鳥類8種、爬虫類8種、両生類3種である。[ 3 ]
プエルトリコとアンティル諸島（キューバを除く）が位置する海洋地殻プレートであるカリブプレートは、中生代後期に形成された。[ 4 ]ローゼンによれば、南アメリカがアフリカから分離したとき、「プロト・アンティル」として知られる火山列島が形成された。その後、 「プロト・アンティル」に新たな断層線ができたため、現在の大アンティル諸島と小アンティル諸島に分裂した。 [ 5 ]地質学的には、プエルトリコの群島は約 1億3500 万年前に形成された若い島々である。ハワード・マイヤーホフが提唱した有力な仮説では、プエルトリコ、その周辺の島々、およびセントクロイ島を除くバージン諸島からなるプエルトリコバンクは、白亜紀の火山活動によって形成されたとされている。[ 6 ]プエルトリコ南西部のシエラ・ベルメハの岩石サンプルは、後期ジュラ紀/前期白亜紀のものと年代測定されており、この理論を裏付けている。[ 7 ]
脊椎動物の祖先がいつ、どのようにアンティル諸島に定着したのか、特に原アンティル諸島が海洋島だったのか、それともかつて南アメリカと北アメリカを結ぶ陸橋だったのかについては、現在も議論が続いている。有力な説は、大陸、主に南アメリカの動物相からの海上分散を支持するものであり、もう一方の説は原アンティル諸島の動物相の隔離を示唆している。ヘッジスらは、分散が「西インド諸島の生物相の起源の主要なメカニズム」であったと結論付けている。エレウテロダクティルスなどの陸生脊椎動物属は、隔離事象が発生する前に、島々の間で「フィルター」効果によって分散した。しかし、アンティル諸島固有の食虫動物（ネソフォンテス属、ソレノドン・マルカノイなど）や淡水魚などの他の動物相は、別の手段によってより早く西インド諸島に定着したようである。[ 8 ]ウッズは、アンティル諸島のカプロミス科とエキミス科の祖先の到来を分析することでこの仮説を裏付ける証拠を提供し、古代のエキミス科の生物が小アンティル諸島を島伝いに渡るか、プエルトリコ島かイスパニョーラ島に筏で渡るかのいずれかで南米から大アンティル諸島に到来したに違いないと結論付けている。[ 9 ]
マクフィーとイトゥラルデは、陸生哺乳類の系統群の始祖が始新世と漸新世の境界付近の中期第三紀までに原アンティル諸島に到達したという別の仮説を提示している。この時期には、「GAARlandia」（大アンティル諸島＋アベス海嶺の土地）と呼ばれる短命（約100万年）の陸塊が南米北西部と大アンティル諸島の3つ（キューバ、イスパニョーラ島、プエルトリコ）をつないでいた。[ 10 ]その後、原アンティル諸島の分裂中に、隔離された系統の分岐が始まったと考えられる。[ 11 ]
プエルトリコの動物相における最後の大きな変化は、氷河期後の海面上昇とそれに伴う環境変化の結果として約1万年前に起こった。プエルトリコが乾燥したサバンナ環境から現在の湿潤な森林地帯へと変化したことで、特に脊椎動物の大量絶滅が起こった。[ 12 ]この頃、プエルトリコ諸島（モナ、モニート、デセチェオを除く）とバージン諸島（セントクロイを除く）からなる単一の陸塊であるプエルトリコバンクが分離した。[ 6 ]プエルトリコバンクは、最も近い東側のバンクであるセントマーチン島とは一度も繋がったことがない。[ 6 ]
プエルトリコの哺乳類の多様性は、他の多くの島々と同じように、本土地域に比べて低い。現在、プエルトリコに生息する陸生哺乳類はわずか13種で、すべてコウモリである。マナティー、イルカ、クジラなど18種の海洋哺乳類がプエルトリコの海域に生息している。[ 13 ]化石記録によると、1 種のトガリネズミ (プエルトリコトガリネズミ、Nesophontes edithae )、1 種のナマケモノ(プエルトリコナマケモノ)、[ 14 ] 3 種のコウモリ( Macrotus waterhousii、Monophyllus plethodon、およびPhyllonycteris major )、[ 15 ]および 5 種の齧歯類(1 種のオオフティア: Elasmodontomys obliquus、1 種のフティア: Isolobodon portoricensis、および 3 種のトゲネズミ: Heteropsomys antillensis、Heteropsomys insulans、およびPuertoricomys corozalus ) が存在していたことが示されている。[ 16 ]ウッズは絶滅の理由として次のように示唆している。「競争や捕食者のいない海洋島で孤立して進化してきた分類群は、氷河期の広範囲にわたる気候変動や、外来動物による突然の競争や捕食など、急速に変化する環境に適応できない可能性がある」。[ 17 ]
プエルトリコの歴史を通じて、他の陸生哺乳類が導入されてきました。先住民の入植者が最初に南米または中央アメリカから犬とモルモットを導入しました。その後、タイノ族がイスパニョーラ島から食料源としてフティアを導入しました。16世紀初頭にスペイン人がこの島を植民地化したとき、犬、猫、ヤギ、豚、牛、馬、ロバなどの家畜を導入しました。[ 18 ]クマネズミ( Rattus rattus )、ドブネズミ( Rattus norvegicus )、ハツカネズミ ( Mus sp.)などの他の種は、おそらく1493 年のクリストファー・コロンブスの到着以来、密航者として意図せず導入されました。より最近では、生物的害虫駆除の手段として種が導入されています。例えば、19世紀には、サトウキビ農園におけるネズミによる被害を抑制するために、小型のインドマングース（Urva auropunctata ）が導入されました。しかし、この導入は失敗に終わりました。マングースはネズミの個体数を抑制することができず、それどころか、キイロカタクロムクドリモドキや、おそらくコビトウヒチョウといった在来種の動物相の減少に拍車をかけてしまったのです。
適応に関する研究の一環として、1967年に57頭のアカゲザル（Macaca mulatta ）がデセチェオ島と他の南部の沖合の島々や小島に導入されました。 [ 18 ]導入前は、デセチェオ島はカツオドリの最大の営巣地でしたが、主に導入されたアカゲザルによる卵の捕食の結果、現在では島に営巣する鳥類はいません。この種を捕獲して駆除する試みは成功せず、プエルトリコ南西部に生息域を拡大しました。他の霊長類もプエルトリコに定着しています。1970年代後半、サバナセカの研究施設から107頭のリスザルが破壊行為によって脱走しました。この個体群の最新の推定値は35頭です。[ 18 ]
プエルトリコの海域に生息する水生哺乳類の中で最もよく知られているのは、 IUCNによって絶滅危惧種に指定されているアンティルマナティー（Trichechus manatus manatus）でしょう。群島の海域は、この種の主な繁殖地のひとつです。カリブ海座礁ネットワーク（CSN）によって、生後2か月のマナティー「モイセス」が救助され、27か月間育てられたとき、マナティーは地元メディアの注目を集めました。モイセスは、孤児で飼育下で育てられたマナティーがカリブ海の海洋環境に放された最初の成功例でした。[ 19 ]トニー・クロアットが「モイセス」というタイトルの歌を書いたとき、この動物はプエルトリコの文化的、そして科学的な象徴となりました。プエルトリコの自治体であるマナティは、この種にちなんで名付けられたと考えられています。
プエルトリコの海域は、北半球の冬の間、ザトウクジラの重要な繁殖地でもあります。ザトウクジラの観察は、プエルトリコ西部のリンコン市で人気の観光アクティビティです。
プエルトリコに現存するコウモリは、5つの科（ヤコウモリ科、モルモウ科、ヘビコウモリ科、ヒナコウモリ科、モロッソコウモリ科）に属し、合計13種が含まれます。そのうち6亜種は群島固有種です。13種のうち7種は昆虫食、4種は果実食、1種は蜜、もう1種は魚を食べます。種の総数は、他の大アンティル諸島と比較すると比較的少ないです。たとえば、面積がプエルトリコの約1.2倍のジャマイカには、21種（プエルトリコの1.6倍）が生息しています。この理由として考えられるのは、群島と大陸の分散地域との距離が比較的大きいことです。たとえば、ジャマイカはキューバやイスパニョーラ島に近く、これらの島々は北米や中央アメリカの大陸の分散地域に近くなっています。
コウモリはプエルトリコの森林や洞窟の生態系において重要な役割を果たし、蚊の個体数を抑制するのに役立っています。ほとんどの種（13種中10種）は繁殖率の低い洞窟性コウモリです。種の多様性が最も高い地域はカリブ海国立森林で、11種が生息しています。[ 20 ]プエルトリコバンク固有のアカイチジクコウモリ（アカオオコウモリ）は、ルキージョ山脈のタボヌコ[ 21 ]森林の生態系において重要な役割を果たしています。これは、アカオオコウモリがブレットウッド（ Manilkara bidentata ）の唯一の種子散布者であると考えられているためです。洞窟生態系はコウモリの糞（グアノ）によって強化されています。これは、洞窟に生息する無脊椎動物の多くがグアノの腐肉食動物、腐食動物、または前二者の捕食動物であるためです。
プエルトリコ諸島に生息するコウモリの種類は、オオコウモリ( Noctilio leporinus )、アンティルオオコウモリ( Mormoops blainvillii ) 、パーネルヒゲコウモリ( Pteronotus parnellii )、ススヒゲコウモリ( Pteronotus quadridens ) 、ジャマイカオオコウモリ( Artibeus jamaicensis )、アンティルオオコウモリ( Brachyphylla cavernarum )、バフィーフラワーコウモリ( Erophylla sezekorni bombifrons )、リーチシングルリーフコウモリ( Monophyllus redmani )、アカオコウモリ( Stenoderma rufum )、オオヒゲコウモリ( Eptesicus fuscus )、ヒガシアカコウモリ( Lasiurus borealis )、ビロードヒキコウモリ( Molossus molossus )、メキシコオオコウモリ、オヒキコウモリ（Tadarida brasiliensis）。
プエルトリコの鳥類相は349種で構成されており、そのうち18種は群島固有種です。種のほぼ半分（166種）は偶発種であり、つまり1回か2回しか目撃されておらず、42種は人間によって直接的または間接的に（主に生息地の改変を通じて）持ち込まれたものです。在来種と移入種の両方を含め、約120種が群島で定期的に繁殖しています。[ 23 ]
西インド諸島の鳥類相は主に熱帯北アメリカ（北アメリカ南部と中央アメリカ）起源で、攻撃的な南アメリカ種はごく最近になってこの地域に定着した。[ 24 ]大アンティル諸島に生息する南アメリカ科は、ハチドリ科（Trochilidae）、タイランチョウ科（Tyrannidae）、バナナクイット科（Coerebidae） 、フウキンチョウ科（Thraupidae）で、これらはすべてプエルトリコにも生息している。有力な説では、鳥類相は更新世の氷河期に大洋を越えて分散し、西インド諸島に定着したとされている。西インド諸島で最も原始的な鳥はトディで、プエルトリコにはプエルトリコトディという固有種がいる。[ 24 ]
プエルトリコの鳥類相は、自然の力または人間の介入によって絶滅や地域絶滅により減少しています。たとえば、後期更新世（17,000～21,000年前）に生息していたアマツバメの一種、Tachornis uranocelesの化石証拠が発見されています。[ 25 ]この種は、ウィスコンシン氷期後の生息地の変化の結果として絶滅したと考えられています。[ 12 ]少なくとも 6 種の固有種が過去 1000 年の間に絶滅しました。プエルトリコメンフクロウ( Tyto cavatica )、プエルトリコカラカラ ( Polyborus latebrosus )、プエルトリココニュア( Aratinga chloroptera maugei )、プエルトリコヤマシギ ( Scolopax anthonyi )、プエルトリコウズラバト( Geotrygon larva )、およびアンティル洞窟クイナ( Nesotrochis debooyi ) です。[ 26 ] 1975 年時点で 13 個体しかいなかったプエルトリコオウムは、7 番目に絶滅するところでしたが、保護活動により絶滅を免れました。しかし、現在でも世界で最も絶滅の危機に瀕している鳥類10 種のうちの 1 つです。プエルトリコに生息していた鳥類のうち、ヒスパニオラインコ、シロエリガラス、キューバガラス、ツルモドキの4種は、19世紀後半のプエルトリコの人口増加に伴い絶滅し、さらにクロハラオオハシガモ、クロクイナ、アメリカフラミンゴの3種は、もはやこの群島では繁殖しなくなった。
プエルトリコの爬虫両生類は、両生類25種と爬虫類61種から構成されています。西インド諸島の陸生爬虫類の系統群の大部分は、南米から漂流物によって運ばれてきたと考えられています。原アンティル諸島の隔離という代替仮説を支持する証拠はほとんどありません。[ 27 ]他の陸生爬虫両生類は、同じ方法で西インド諸島（およびプエルトリコ）に運ばれ、その後、バンクや島々によって隔離されたと考えられています。[ 28 ]その結果、プエルトリコ、そして一般的にカリブ海地域は、世界の両生類と爬虫類の中で固有種の割合が最も高い地域の一つとなっています。プエルトリコの両生類は、ヒキガエル科（2種）、アマガエル科（3種）、レプトダクティルス科（18種）、アカガエル科（2種）の4科に属しています。爬虫類には、カメ（淡水カメと海水カメ）、トカゲ、ミミズトカゲ、ヘビ、カイマンなどが含まれる。
プエルトリコに生息するアカガエル科とアマガエル科の全種は外来種である。ヒキガエル科の1種、オオヒキガエルは外来種であるが、もう1種のプエルトリコヒキガエルは固有種で絶滅の危機に瀕している。オオヒキガエルは、サトウキビの害虫であるコガネムシ科の幼虫（Phyllophaga spp.）の個体数を抑制するために1920年代にプエルトリコに導入された。レプトダクティルス科の全種はこの地域に固有の種である。レプトダクティルス科の18種のうち、17種はEleutherodactylus属に属し、プエルトリコでは一般的にコキーとして知られている。これらのうち、水かきのあるコキー、ゴールデンコキー、マダラコキーの3種は絶滅した可能性が高い。ゴールデンコキーはレプトダクティルス科の中で唯一の胎生種であり、クックロバガエル（E. cooki ）はエレウテロダクティルス属の中で唯一、大きさと色の両方で性的二形性を示す種である。一般的なコキー（Eleutherodactylus coqui）はプエルトリコの非公式な国章であり、プエルトリコ文化の重要な側面である。17種のコキーのうち14種が群島固有種であるため、プエルトリコ人が自国の誇りを表明する際によく使うフレーズは「De aquí como el coquí」（ここからプエルトリコはコキーのように）である。
プエルトリコのウミガメ類には、淡水ガメ（絶滅種2種を含む5種）とウミガメ（5種）が生息しています。これらのうち、タイマイとオサガメの2種は絶滅の危機に瀕しています。これらの種に対する脅威としては、生息地の破壊や卵および個体の違法捕獲などが挙げられます。外来種であるメガネカイマンは、プエルトリコに生息するワニ目唯一の種です。
プエルトリコに生息する11種のヘビは一般的に無毒と考えられているが、少なくとも1種、プエルトリコレーサー（Alsophis portoricensis）は毒を分泌するという研究結果が出ている。[ 29 ]これらの種は3科4属に属し、メクラヘビ科（Typhlops属）、ボア科（Epicrates属）、ナミヘビ科（Alsophis属およびArrhyton属）である。プエルトリコ最大のヘビは固有種のプエルトリコボア（Epicrates inornatus）で、最大体長は12 フィート（3.7 メートル）である。プエルトリコのヘビの食性は爬虫類（Ameiva属、Anolis属、ヤモリ）、コキー類、その他のカエル類、そして程度は低いもののネズミ、鳥類、コウモリ類（プエルトリコボア類のみ）である。
プエルトリコ諸島で最大の陸生トカゲは、モナジグアナ（Cyclura stejnegeri）です。以前はサイイグアナ（Cyclura cornuta）の亜種と考えられていましたが、プエルトリコ本島とドミニカ共和国の間のモナ海峡にあるモナ島に固有です。同じくらいの大きさの別のCyclura属の種であるアネガダジグアナ（Cyclura pinguis）は、かつては諸島に生息していましたが、犬、猫、人間による捕食、生息地の破壊、ヤギや豚との競争により絶滅し、現在はアネガダ島にのみ生息しています。プエルトリコで最も一般的なトカゲは、シャープマウストカゲ（Anolis pulchellus）です。[ 30 ]プエルトリコ、そして大アンティル諸島全般のアノールトカゲは、適応放散の興味深い事例である。大アンティル諸島のアノールトカゲは、隣接する島の種よりも、同じ島内の他の種とより近縁である。驚くべきことに、種の分岐は各島で独立して起こったにもかかわらず、同じ生態形態（生息地特化型）が各島で進化してきた。[ 31 ]
プエルトリコの最初の魚類の記述は、 1828 年にキュヴィエとヴァランシエンヌによってまとめられました。彼らは群島に 33 の分類群があると報告しました。[ 32 ]プエルトリコには固有の淡水魚種はほとんどいませんが、主にアフリカ、南米、米国南東部を起源とする 30 種以上の移入種が定着しており、60 種の海洋種が年間を通じて断続的にプエルトリコの淡水域を利用しています。[ 18 ]導入は意図的なものと偶発的なものがあります。意図的な導入の目的は、レクリエーションや食料のためのスポーツフィッシング、蚊の駆除、オオクチバスの餌魚の提供です。[ 33 ]セイルフィンアーマードキャットフィッシュ ( Pterygoplichthys multiradiatus )などの偶発的な導入は、主に観賞魚の放流によるものです。[ 34 ] 1936年以来、プエルトリコ天然環境資源省はマリカオ市で孵化場を運営している。オオクチバス、ピーコックバス、チャネルキャットフィッシュなどの魚類約25,000匹と数種類のカメが毎年養殖され、プエルトリコの貯水池や河川に放流されている。[ 35 ]
プエルトリコの海域には、マングローブ、サンゴ礁、海草藻場の 3 種類の生息地があります。これらの生息地には合計 677 種の魚が生息しており、そのうち 242 種はサンゴ礁に生息しています。[ 13 ] [ 36 ] [ 37 ]プエルトリコのサンゴ礁で見られる魚種は、カリブ海の一般的な動物相を代表するものです。一般的なサンゴ礁の魚には、ベラ、スズメダイ、シロイサキ ( Haemulon plumieri )、アオイサキ ( Haemulon sciurus )、クイーンパロットフィッシュ ( Scarus vetula )、サメ(メジロザメ科) などがあります。[ 38 ]タイ ( Archosargus rhomboidalis ) やキイロヒレモハラ ( Gerres cinereus ) は、マングローブの生息地でよく見られる種です。[ 38 ]その他注目すべき種としては、記録されている21種のヒラメ類、 [ 39 ]および20種以上のサメ類が挙げられる。モナ海峡では、ヨゴレザメやメジロザメがよく見られる。
プエルトリコの無脊椎動物相は、種数は豊富だが、規模や生息環境の多様性が同程度の本土の新熱帯区の動物相と比較すると、種多様性は低い。プエルトリコは、他のアンティル諸島と比較して、無脊椎動物に関して最も広範な研究が行われている。
プエルトリコの昆虫相は、群島の主要な無脊椎動物分類群の大部分と同様に、本土の昆虫相と比較すると貧弱であると考えられている。 [ 40 ]例えば、プエルトリコには約300種の蝶が生息しているが、トリニダードには600種以上、ブラジルの7.5 km 2 の地域では1,500種以上が記録されている。 [ 40 ] 1998 年現在、記載されている推定925,000種の昆虫のうち、プエルトリコで記録されているのはわずか5,573種である。[ 41 ]多様性に関しては、現存する31の昆虫目のうち、27目にプエルトリコに代表種が存在する。報告されている代表種がない目は、Microcoryphia、Grylloblattaria、Plecoptera、Mecopteraである。プエルトリコ最大の昆虫標本保管所は、プエルトリコ大学農業試験場の一部である熱帯昆虫学・生物多様性博物館にあります。[ 42 ]
クモ類は、捕食者と被食者の両方として森林生態系にとって重要である。タボヌコ林などの一部の森林タイプでは、クモ類は樹上性無脊椎動物の主要な捕食者であり、クモが最も多く生息している。 [ 43 ]マリカオ連邦森林の27種のクモは、ウロボリ科、アシナシグモ科、ヒメグモ科、ササビグモ科、コガネグモ科の5つの科に属している。[ 44 ] カリブ海国立森林に多く生息する小型のクモであるTheotima minutissimaは、単為生殖、つまり雄による受精なしに繁殖すると考えられている。[ 45 ]
プエルトリコで記載されているその他の陸生無脊椎動物には、ミミズや洞窟に生息する動物が含まれます。18種の在来種のミミズが記載されており、そのうち11種はGlossoscolecidae科、3種はMegascolecidae科、4種はExxidae科に属しています。[ 46 ] [ 47 ] 78種の無脊椎動物がプエルトリコの洞窟に生息していることが知られています。これらの種のうち6種はアンティル諸島に限定されており、23種は北アメリカから、23種はプエルトリコの固有種です。洞窟に生息する、つまり洞窟に限定されていると確認されている種はわずか2種です。種の45%は捕食者であり、残りの55%はグアノのスカベンジャー、腐食動物、草食動物です。これらの動物相のほとんどは更新世にプエルトリコに到達したと考えられています。[ 48 ]
プエルトリコの海洋無脊椎動物相は、61種の海綿動物、171種の刺胞動物、8種の紐形動物、1,176種の軟体動物、129種の環形動物（多毛類）、342種の甲殻類、165種の棘皮動物、131種のコケムシ類、117種の硬質サンゴ、99種の軟質サンゴとヤギ類、13種のサンゴ類、8種のヒドロサンゴで構成されています。[ 13 ] [ 49 ]プエルトリコのサンゴ礁で見られるサンゴ種は、カリブ海の動物相を代表するものです。よく見られるサンゴには、ボルダースターサンゴ（Montrastaea annularis）、フィンガーサンゴ（Porites porites）、エルクホーンサンゴ（Acropora palmata）などがあります。
無脊椎動物の導入はプエルトリコの動物相に目に見える影響を与えている。在来の淡水巻貝であるPhysa cubensisなどは、外来種によって悪影響を受けている。現在、プエルトリコで最も多く生息する淡水巻貝は、外来種のQuilted Melania ( Tarebia granifera ) である。 [ 50 ]プエルトリコに導入されたもう 1 つの無脊椎動物はミツバチである。この動物は、カリブ海国立森林公園で、絶滅危惧種のプエルトリコオウムと二次営巣場所をめぐって競合している。二次営巣場所の鳥類にとってさらに大きな脅威となるアフリカ化ミツバチは、最近プエルトリコに生息域を拡大している。その他の導入種には、落葉層生息地で最も多く生息する分類群の 1 つである18 種のアリが含まれる。[ 51 ]
プエルトリコの動物相は、約4000年前にプエルトリコ最初の入植者であるオルトイロイド族が到来して以来、人間の影響を受けてきました。島の先住民は、在来の動物を食料源として利用し、また、毛皮や交易品として利用していました。島の動物相の個体数と多様性の著しい減少は、16世紀にヨーロッパからの入植者が到来した後に始まったと考えられています。19世紀後半には、主にサトウキビ農園のための森林伐採による生息地の破壊が、プエルトリコの動物相に壊滅的な影響を与えました。さらに、ネズミ、ネコ、小型アジアマングース、オオヒキガエルといった人間が持ち込んだ種も、プエルトリコの在来動物相に深刻な影響を与えています。モニート島のネズミは、固有種のモニートヤモリの個体数を制限する要因であると考えられており、[ 52 ]モナ島の野良猫は、一般的な地上バトや固有種の爬虫類を襲うことが記録されており、モナ地上イグアナの幼獣の減少と関連付けられています。 [ 53 ]また、マングースは、プエルトリコオウムの雛を捕食することが記録されています。[ 54 ]
保護活動には、土地と種の保護の両方が含まれます。プエルトリコでは、34の保護区に分かれた約8.95 km 2 (総面積の3.4%) が保護されています。[ 3 ] IUCNによると、プエルトリコには21種の絶滅危惧種がいます。哺乳類2種、繁殖鳥類8種、爬虫類8種、両生類3種です。米国連邦政府は、連邦絶滅危惧種法に基づき、哺乳類5種、両生類2種、鳥類8種、爬虫類10種をリストアップしています。プエルトリコ政府は、天然環境資源局 (DNER) を通じて、絶滅危惧種リストを作成しており、そこには絶滅寸前種18種 (両生類3種、鳥類7種、爬虫類3種、魚類2種、無脊椎動物3種) と絶滅危惧種14種が含まれています。[ 55 ] DNERは、種の優先順位付けにIUCNの分類体系に従っています。
鳥類は現在、保全に関して最も注目されている。プエルトリコで最も成功した動物相回復計画は、プエルトリコオウム回復計画であると言えるだろう。1968年に開始されたこの計画の主な目的は、2020年までにプエルトリコオウムのステータスを「危機的」から「絶滅危惧」に引き下げることであった。その他の目的には、2つの独立した効果的な野生個体群（5年間で500羽以上）の確立、これらの個体群の生息地の保護、およびこの種の捕食者、寄生虫、競争相手の制御が含まれる。現在、野生のオウムの総個体数は44羽と推定され、105羽が飼育されている。[ 56 ]このプログラムは、プエルトリコの生態学的意識を高める上で重要な役割を果たした。
1997 年に設立されたプエルトリコ繁殖鳥類調査 (PRBBS) は、プエルトリコの繁殖鳥類の個体群の状態と傾向を監視することを目的としたプログラムです。[ 57 ]これらの調査で収集された情報は、米国魚類野生生物局(USFWS) が鳥類保護の優先順位を評価するために使用します。USFWS によるその他の保護プログラムには、プエルトリコおよび米国領ヴァージン諸島の渡り鳥保護と、カボ・ロホ、ラグナ・カルタヘナ、ビエケス、クレブラ、デセチェオの 5 つの野生生物保護区の維持が含まれます。プエルトリコで鳥類保護を支援するその他の機関には、プエルトリコ鳥類学会とプエルトリコ国立歴史協会があります。
海洋保護は最近プエルトリコで支持を集めている。この群島には推定700 マイル（1,126.5 km）の海岸線と1,300 平方マイル（3,370 km 2 ）のサンゴ礁群落がある。[ 58 ]プエルトリコ天然資源局は海洋要素を含む25の区域を管理しているが、そのうち禁漁区域に指定されているのは2つ（11 km 2）のみである。プエルトリコの海域に生息するすべてのウミガメ種は絶滅危惧種または絶滅の危機に瀕している種に分類されている。アースウォッチが支援するウミガメ保護プログラムと米国連邦政府のプログラムは、地元の意識を高め、卵の密猟とウミガメ肉の消費の減少に貢献している。