マイクロサテライト

マイクロサテライトは、特定のDNAモチーフ（長さは1塩基対から6塩基対以上）が通常5～50回繰り返される反復DNA領域です。 ^{[1] [2]}マイクロサテライトは、生物のゲノム内の何千もの場所で発生します。マイクロサテライトは、DNAの他の領域よりも突然変異率が高く^{[3] 、}遺伝的多様性が高くなります。マイクロサテライトは、法医学遺伝学者や遺伝子系図学ではショートタンデムリピート（STR）と呼ばれ、植物遺伝学者はシンプルシーケンスリピート（SSR ）と呼びます。 ^[4]

マイクロサテライトと、それより長いミニサテライトは、合わせてVNTR（可変長タンデムリピート）DNAに分類されます。 「サテライト」DNAという名前は、試験管内でゲノムDNAを遠心分離すると、バルクDNAの顕著な層が、それに付随する反復DNAの「サテライト」層から分離するという初期の観察に由来しています。^[5]

マイクロサテライトは、がん診断、血縁関係分析（特に父子鑑定）、法医学的身元確認におけるDNA プロファイリングに広く使用されています。また、特定の形質や疾患の原因となる遺伝子や突然変異を見つけるための遺伝子連鎖分析にも使用されます。マイクロサテライトは、集団遺伝学においても、亜種、グループ、および個体間の血縁関係のレベルを測定するために 使用されます。

最初のマイクロサテライトは、1984年にレスター大学のウェラー、ジェフリーズらによってヒトミオグロビン遺伝子の多型GGATリピートとして特徴付けられましたが、「マイクロサテライト」という用語は、その後、1989年にリットとルートによって導入されました。^[1] 「サテライト」DNAという名前は、試験管内でゲノムDNAを遠心分離すると、バルクDNAの顕著な層が、付随する反復DNAの「サテライト」層から分離するという初期の観察に由来しています。^[5] 1990年代初頭にPCRによるDNA増幅が利用可能になり、マイクロサテライト増幅を法医学、父子鑑定、および形質や疾患の根底にある遺伝子を見つけるための位置クローニングの遺伝子マーカーとして使用する多数の研究が始まりました。初期の著名な応用としては、英国人殺人被害者の8年前の白骨遺体のマイクロサテライト遺伝子型判定（Hagelberg et al. 1991）や、第二次世界大戦後に南米に逃亡したアウシュビッツ強制収容所の医師ヨーゼフ・メンゲレの遺体のマイクロサテライト遺伝子型判定（ Jeffreys et al. 1992）などがある。^[1]

マイクロサテライトは、1～6ヌクレオチド、または最大10ヌクレオチドの長さ（より長いミニサテライトの正確な定義と描写は著者によって異なります）の直列に繰り返される（つまり隣接する）DNAモチーフの領域であり、^{[1] [6]}通常は5～50回繰り返されます。たとえば、配列TATATATATAはジヌクレオチドマイクロサテライトであり、GTCGTCGTCGTCはトリヌクレオチドマイクロサテライトです（Aはアデニン、Gはグアニン、Cはシトシン、Tはチミン）。4ヌクレオチドと5ヌクレオチドの繰り返し単位は、それぞれテトラヌクレオチドモチーフとペンタヌクレオチドモチーフと呼ばれます。ほとんどの真核生物はマイクロサテライトを持っていますが、一部の酵母種は顕著な例外があります。マイクロサテライトはゲノム全体に分布しています。^{[7] [1] [8]}例えば、ヒトゲノムには50,000～100,000個のジヌクレオチドマイクロサテライトと、それより少ない数のトリ、テトラ、ペンタヌクレオチドマイクロサテライトが含まれています。^{[9]多くはヒトゲノムの非コード領域に位置しているためタンパク質を生成しませんが、制御領域や}コード領域に位置することもあります。

非コード領域のマイクロサテライトは特定の機能を持たない可能性があり、そのため淘汰されない可能性がある。これにより、世代を超えて妨げられることなく突然変異が蓄積され、DNAフィンガープリンティングや識別の目的で使用できる変動が生じる。他のマイクロサテライトは、遺伝子の調節フランキング領域またはイントロン領域、または遺伝子のコドンに直接位置している。このような場合のマイクロサテライト変異は、脆弱X症候群やハンチントン病などのトリプレット拡大疾患において特に表現型の変化や疾患を引き起こす可能性がある。^[10]

テロメアは染色体の末端に位置する DNA の線状配列で、細胞分裂の連続サイクル中に「末端複製問題」によりゲノム物質の完全性を保護します (靴ひもの端のアグレットに似ています)。 ^[6]白血球では、テロメア DNA の段階的な短縮は、いくつかのサンプル タイプで老化と逆相関することが示されています。 ^[11]テロメアは反復 DNA で構成され、脊椎動物では 6 ヌクレオチド反復モチーフ TTAGGG です。^{[引用が必要]}したがって、これらはミニサテライトに分類されます。同様に、昆虫のテロメアにはより短い反復モチーフがあり、これはマイクロサテライトと見なすこともできます。^{[引用が必要]}

1つのヌクレオチドのみに影響する点突然変異とは異なり、マイクロサテライト突然変異は、反復単位全体の増加または喪失、時には2つ以上の反復が同時に起こる。したがって、マイクロサテライト遺伝子座での突然変異率は、塩基置換率などの他の突然変異率とは異なると予想される。^{[12] [13]}マイクロサテライト遺伝子座での突然変異率は、反復モチーフ配列、反復モチーフ単位の数、および標準的な反復配列の純度に依存する。^[14] マイクロサテライト遺伝子座の突然変異のさまざまなメカニズムがレビューされており、^{[14] [15]} 結果として生じる多型性が定量化されている。^[16]マイクロサテライトにおける突然変異の実際の原因は議論されている。

このような長さの変化の原因として提案されているものの1つは、減数分裂中に複製される際にDNA鎖間の不一致によって引き起こされる複製スリップです。^{[17]複製中にDNAを読み取る酵素である} DNAポリメラーゼは、テンプレート鎖に沿って移動中にスリップし、間違ったヌクレオチドに進みます。DNAポリメラーゼのスリップは、反復配列（CGCGCGなど）が複製される場合に発生する可能性が高くなります。マイクロサテライトはこのような反復配列で構成されているため、DNAポリメラーゼはこれらの配列領域でより高い割合でエラーを起こす可能性があります。いくつかの研究では、スリップがマイクロサテライト変異の原因であるという証拠が見つかっています。^{[18] [19]}通常、各マイクロサテライトのスリップは、1,000世代に1回程度発生します。^[20]そのため、反復DNAのスリップ変化は、ゲノムの他の部分の点突然変異よりも3桁多く発生します。 ^[21]ほとんどのスリップは、1つの繰り返し単位の変化のみで起こり、スリップ率は対立遺伝子の長さや繰り返し単位のサイズによって異なり、^[3]種によっても異なります。^{[22] [23] [24]}個々の対立遺伝子のサイズに大きな差がある場合、減数分裂時の組み換え中に不安定性が増加する可能性があります。^[21]

マイクロサテライト変異のもう一つの原因は、複製中に1つのヌクレオチドだけが誤ってコピーされる点突然変異です。ヒトと霊長類のゲノムを比較した研究では、短いマイクロサテライトの繰り返し数の変化のほとんどは、ずれではなく点突然変異によるものであることがわかりました。^[25]

マイクロサテライト変異率の直接的な推定は、昆虫からヒトまで、数多くの生物で行われてきました。サバクトビバッタ Schistocerca gregariaでは、マイクロサテライト変異率は1 世代あたり2.1 × 10 ^{−4と推定されました。 [26]}ヒトの男性生殖系列におけるマイクロサテライト変異率は、女性生殖系列の 5 ～ 6 倍高く、 1 世代あたり 1 遺伝子座あたり配偶子あたり0 ～ 7 × 10 ^{−3 の範囲です。 [3]}線虫Pristionchus pacificusでは、推定マイクロサテライト変異率は 1 世代あたり 1 遺伝子座あたり 8.9 × 10 ⁻⁵～ 7.5 × 10 ⁻⁴の範囲です。^[27]

マイクロサテライト変異率は、マイクロサテライトに対する塩基の位置、反復タイプ、塩基の同一性によって異なります。^[25]変異率は反復数に応じて特に上昇し、6～8反復あたりでピークに達し、その後再び減少します。^[25]集団内のヘテロ接合性の増加もマイクロサテライト変異率を高めます。 ^[28]特に対立遺伝子間の長さの差が大きい場合はそうです。これは、不等長の腕を持つ相同染色体が減数分裂中に不安定性を引き起こすためと考えられます。 ^[29]

多くのマイクロサテライトは非コードDNAに位置し、生物学的にはサイレントである。他のものは制御DNAまたはコードDNAに位置しており 、そのような場合のマイクロサテライト変異は表現型の変化や疾患につながる可能性がある。ゲノムワイド研究では、マイクロサテライト変異がヒトの遺伝性遺伝子発現変異の10～15％に寄与していると推定されている。^{[30] [16]}

哺乳類では、タンパク質の20～40%に、短い配列の繰り返しでコードされるアミノ酸の繰り返し配列が含まれています。 ^[31]ゲノムのタンパク質コード部分内の短い配列の繰り返しのほとんどは、3ヌクレオチドの繰り返し単位を持っています。これは、その長さでは変異時にフレームシフトが発生しないためです。^[32]各3ヌクレオチド繰り返し配列は、同じアミノ酸の繰り返しシリーズに転写されます。酵母では、最も一般的な繰り返しアミノ酸は、グルタミン、グルタミン酸、アスパラギン、アスパラギン酸、セリンです。

これらの繰り返しセグメントの変異は、タンパク質の物理的および化学的特性に影響を及ぼし、タンパク質の作用に徐々に予測可能な変化をもたらす可能性があります。^[33]たとえば、Runx2遺伝子の縦列反復領域の長さの変化は、飼い犬 ( Canis familiaris ) の顔の長さの違いにつながり、配列長が長いことと顔が長いことの間に関連しています。^[34]この関連は、より広範囲の食肉目種にも当てはまります。^[35] HOXA13遺伝子内のポリアラニン領域の長さの変化は、ヒトの発達障害である手足生殖器症候群に関連しています。^{[36]他のトリプレット反復の長さの変化は、}脆弱 X 症候群やハンチントン病などのトリヌクレオチド反復疾患を中心に、ヒトの 40 を超える神経疾患に関連しています。^[10]複製のずれによる進化的変化は、より単純な生物でも発生します。 たとえば、^[37]具体的には、FLO1遺伝子の長さの変化が基質への接着レベルを制御します。^[38]短い配列の繰り返しは、病原細菌の表面タンパク質に急速な進化をもたらし、これにより細菌は宿主の免疫学的変化に対応できる可能性があります。^{[39]真菌（} Neurospora crassa ）の短い配列の繰り返しの長さの変化は、その概日時計の周期を制御します。^[40]

プロモーターやその他のシス調節領域内のマイクロサテライトの長さの変化は、世代間で遺伝子発現を急速に変化させる可能性がある。ヒトゲノムには調節領域に多数の（16,000を超える）短い配列反復が含まれており、多くの遺伝子の発現に「調整ノブ」を提供している。^{[30] [41]}

細菌のSSRの長さの変化は、プロモーター間隔を変化させることで、インフルエンザ菌の線毛形成に影響を与える可能性がある。 ^[39]ジヌクレオチドマイクロサテライトは、ヒトゲノムのシス調節制御領域の豊富な変異に関連している。^[41]ハタネズミのバソプレシン1a受容体遺伝子の制御領域にあるマイクロサテライトは、ハタネズミの社会行動や一夫一婦制のレベルに影響を与える。^[42]

ユーイング肉腫（若い人に起こる痛みを伴う骨がんの一種）では、点突然変異によってGGAAマイクロサテライトが拡張され、これが転写因子に結合し、がんを引き起こすEGR2遺伝子を活性化します。^[43]さらに、他のGGAAマイクロサテライトがユーイング肉腫患者の臨床転帰に寄与する遺伝子の発現に影響を及ぼす可能性があります。^[44]

イントロン内のマイクロサテライトも、現在解明されていない方法で表現型に影響を与えます。たとえば、X25遺伝子の最初のイントロンのGAAトリプレットの拡大は転写を妨げ、フリードライヒ運動失調症を引き起こすようです。^[45]アスパラギン合成酵素遺伝子の最初のイントロンのタンデムリピートは、急性リンパ性白血病に関連しています。^[46] NOS3遺伝子の4番目のイントロンのリピート多型は、チュニジア人の高血圧に関連しています。^[47] EGFR遺伝子のリピート長の短縮は、骨肉腫に関連しています。^[48]

ゼブラフィッシュに保存されている古い形式のスプライシングは、U2AF2やその他のスプライシング機構がない場合に、イントロンmRNA内のマイクロサテライト配列を使用してイントロンを除去することが知られています。これらの配列は、3'および5'イントロンスプライス部位を近接させる非常に安定したクローバーリーフ構成を形成し、スプライソソームを効果的に置き換えると理論づけられています。このRNAスプライシングの方法は、四肢動物の形成時に人類の進化から分岐し、 RNAワールドの遺物であると考えられています。^[49]

ヒトゲノムの約50％は、さまざまな種類の転移因子（トランスポゾンまたは「ジャンピング遺伝子」とも呼ばれる）に含まれており、その多くには反復DNAが含まれています。^[50]これらの場所の短い配列の繰り返しも遺伝子発現の調節に関与している可能性があります。^[51]

マイクロサテライトは、がんの診断において染色体 DNA の欠失を評価するために使用されます。マイクロサテライトは、犯罪の痕跡 (法医学) や組織 (移植患者) のDNA プロファイリング(「遺伝子指紋」とも呼ばれる) に広く使用されています。また、親族関係の分析 (最も一般的には父子鑑定) にも広く使用されています。さらに、マイクロサテライトはゲノム内の位置のマッピングにも使用され、具体的には、特定の形質や疾患の原因となる遺伝子または突然変異の位置を特定するための遺伝子連鎖解析で使用されます。マッピングの特殊なケースとして、遺伝子の重複または欠失の研究に使用できます。研究者は、集団遺伝学や種の保全プロジェクトでマイクロサテライトを使用しています。植物遺伝学者は、植物育種における望ましい形質のマーカー支援選択にマイクロサテライトを使用することを提案しています。

複製制御が損なわれた腫瘍細胞では、有糸分裂の各ラウンドでマイクロサテライトが特に高頻度に増加または失われる可能性がある。そのため、腫瘍細胞株は宿主組織の遺伝子指紋とは異なる遺伝子指紋を示す可能性があり、特に大腸がんではヘテロ接合性の消失を呈する可能性がある。^{[52] [53]}そのため、原発組織で分析されたマイクロサテライトは、腫瘍の進行を評価するためにがん診断で日常的に使用されている。^{[54] [55] [56]}ゲノムワイド関連研究（GWAS）は、さまざまながんの遺伝的素因の原因としてマイクロサテライトバイオマーカーを特定するために使用されている。^{[57] [58] [59]}

マイクロサテライト分析は、1990年代に法医学の分野で普及しました。 ^{[60]個人の}遺伝子指紋を採取して法医学的身元確認（典型的には犯罪の痕跡と被害者または加害者の照合）を行うために使用されます。また、骨髄移植患者の追跡調査にも使用されます。^[61]

現在法医学分析に使用されているマイクロサテライトはすべてテトラまたはペンタヌクレオチドの繰り返し配列であり、これらは非理想的な条件下でも劣化に耐えられるほど短い一方で、高度にエラーのないデータを提供する。より短い繰り返し配列はPCRスタッターや優先増幅などのアーティファクトの影響を受ける傾向があり、一方、より長い繰り返し配列は環境劣化の影響をより強く受け、PCRによる増幅は不十分となる。^[62]法医学上のもう1つの考慮事項は、個人の医療上のプライバシーを尊重する必要があるため、法医学的STRは非コード化で遺伝子調節に影響を及ぼさず、ハンチントン病などのトリプレット拡大疾患に関与する可能性のある通常はトリヌクレオチドSTRではないものが選択される。法医学的STRプロファイルは、英国国立DNAデータベース（NDNAD）、米国CODIS、オーストラリアNCIDD などのDNAデータバンクに保存されている。

常染色体マイクロサテライトは、血縁関係の分析（最も一般的には父子鑑定）におけるDNAプロファイリングに広く使用されています。 ^[63]父系遺伝のY-STR（Y染色体上のマイクロサテライト）は、系図DNA検査でよく使用されます。

1990 年代から今世紀の最初の数年間、マイクロサテライトは、サンプルされた家系の世代にわたる分離観察を使用して、特定の表現型または疾患の原因となる遺伝子を見つけるためのゲノム全体のスキャンの主力遺伝子マーカーでした。スループットが高く費用対効果の高い一塩基多型(SNP) プラットフォームの登場により、ゲノムスキャンの SNP の時代が到来しましたが、マイクロサテライトは連鎖および関連研究のためのゲノム変異の非常に有益な指標であり続けています。その継続的な利点は、二対立遺伝子 SNP よりも対立遺伝子の多様性が高いことにあります。そのため、マイクロサテライトは、SNP で定義された連鎖不平衡ブロック内の対立遺伝子を区別できます。したがって、マイクロサテライトは、2 型糖尿病 ( TCF7L2 ) および前立腺がん遺伝子 (8q21 領域) の発見に成功しました。^{[6] [64]}

マイクロサテライトは、PCRが研究室で広く普及したため、研究者がプライマーを設計し、マイクロサテライトのセットを低コストで増幅できるようになったため、1990年代に集団遺伝学で普及しました。その用途は多岐にわたります。 ^[66]中立的な進化史を持つマイクロサテライトは、ボトルネック、^{[67] 、}局所適応、^{[68] 、}対立遺伝子固定指数（F _ST）、^{[69] 、}集団サイズ、^[70]、遺伝子流動の測定や推測に応用できます。^[71]次世代シーケンシングがより手頃な価格になるにつれて、マイクロサテライトの使用は減少していますが、この分野では依然として重要なツールです。^[72]

マーカー補助選択またはマーカー支援選択（MAS）は、形質自体ではなく、関心のある形質（生産性、耐病性、ストレス耐性、品質など）にリンクされたマーカー（形態学的、生化学的、またはDNA / RNA変異）に基づいて関心のある形質を選択する間接的な選択プロセスです。マイクロサテライトは、植物育種を支援するためのそのようなマーカーとして使用することが提案されています。^[73]

反復DNAは次世代DNAシーケンシング法では簡単には解析できません。一部の技術ではホモポリマー領域を解析するのが難しいためです。反復遺伝子座の遺伝子型と変異体を決定するために、生の次世代DNAシーケンシング読み取りを解析するためのさまざまなソフトウェアアプローチが作成されています。^{[75] [76]}マイクロサテライトは、確立されたPCR増幅とアンプリコンサイズの決定によって解析および検証することができ、その後にサンガーDNAシーケンシングが行われることもあります。

法医学では、分析は、対象サンプルの細胞から核DNAを抽出し、次に抽出したDNAの特定の多型領域をポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することによって行われます。これらの配列が増幅されると、ゲル電気泳動またはキャピラリー電気泳動のいずれかによって分解され、分析者は問題のマイクロサテライト配列の繰り返しの数を決定できます。DNAがゲル電気泳動によって分解された場合、DNAは銀染色（感度が低い、安全、安価）、またはエチジウムブロマイドなどの挿入染料（かなり感度が高く、健康リスクは中程度、安価）、またはほとんどの現代の法医学研究所が使用する蛍光染料（高感度、安全、高価）のいずれかによって視覚化できます。^[77]キャピラリー電気泳動によってマイクロサテライト断片を分解するために作られた機器も蛍光染料を使用します。^[77]法医学プロファイルは主要なデータバンクに保存されます。英国のマイクロサテライト遺伝子座同定データベースは、もともと英国のSGM+システム[78] [79]に基づいており、10の遺伝子^座と性別マーカーを使用していました。アメリカ人^[80]はこの数を13の遺伝子座に増やしました。^[81]オーストラリアのデータベースはNCIDDと呼ばれ、2013年以来、DNAプロファイリングに18のコアマーカーを使用しています。^[60]

マイクロサテライトは、隣接する領域の固有の配列をプライマーとして使用して、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）プロセスによって増幅して識別することができます。DNAは、二重鎖を分離するために高温で繰り返し変性され、次に冷却されてプライマーのアニーリングとマイクロサテライトを介したヌクレオチド配列の伸長が可能になります。このプロセスにより、アガロースゲルまたはポリアクリルアミドゲルで確認できる十分なDNAが生成されます。この方法では、熱サイクリングによって複製セグメントが指数関数的に増加するため、増幅に必要なDNAは少量です。^[82] PCR技術が豊富にあるため、マイクロサテライト遺伝子座に隣接するプライマーは簡単にすばやく使用できますが、正しく機能するプライマーの開発は、多くの場合、面倒でコストのかかるプロセスです。

ゲノムの特定の領域、たとえば特定のイントロン内でマイクロサテライト マーカーを検索する場合、プライマーを手動で設計できます。これには、ゲノム DNA 配列でマイクロサテライトの繰り返しを検索することが含まれます。これは、目視または繰り返しマスカーなどの自動ツールを使用して行うことができます。潜在的に有用なマイクロサテライトが決定されたら、隣接する配列を使用して、 PCR 反応で特定のマイクロサテライト繰り返しを増幅するオリゴヌクレオチドプライマーを設計できます。

ランダムマイクロサテライトプライマーは、焦点種からランダムにDNAセグメントをクローニングすることによって開発できます。これらのランダムセグメントは、プラスミドまたはバクテリオファージ ベクターに挿入され、次に大腸菌に移植されます。次にコロニーが生成され、DNAセグメントに存在する場合、マイクロサテライトリピートにハイブリダイズする蛍光標識オリゴヌクレオチド配列でスクリーニングされます。この手順で陽性クローンが得られた場合は、DNAを配列決定し、そのような領域に隣接する配列からPCRプライマーを選択して特定の遺伝子座を決定します。このプロセスでは、マイクロサテライトリピート配列を予測する必要があり、ランダムに分離されたプライマーは有意な多型を示さない可能性があるため、研究者によるかなりの試行錯誤が伴います。^{[21] [83]}マイクロサテライト遺伝子座はゲノム全体に広く分布しており、古い標本の半分解DNAから分離できます。必要なのは、PCRによる増幅に適した基質だけです。

最近の技術では、マイクロサテライト内の反復配列と相補的な反復配列からなるオリゴヌクレオチド配列を使用して、抽出された DNA を「濃縮」します (マイクロサテライト濃縮)。オリゴヌクレオチドプローブはマイクロサテライト内の反復配列とハイブリダイズし、プローブ/マイクロサテライト複合体は溶液から引き出されます。濃縮された DNA は通常どおりにクローン化されますが、成功率は大幅に高くなり、使用領域の開発に必要な時間が大幅に短縮されます。ただし、どのプローブを使用するかは、それ自体が試行錯誤のプロセスになる可能性があります。^[84]

ISSR ( inter-simple sequence repeat の略) は、マイクロサテライト遺伝子座間のゲノム領域を表す一般的な用語です。2 つの隣接するマイクロサテライトの相補配列が PCR プライマーとして使用され、それらの間の可変領域が増幅されます。PCR 中の増幅サイクルの長さが制限されているため、過度に長い連続 DNA 配列の過剰な複製が防止され、結果として、一般的には短いものの、長さが大きく異なるさまざまな増幅 DNA 鎖が混在することになります。

ISSR-PCR で増幅された配列は、DNA フィンガープリンティングに使用できます。ISSR は保存領域または非保存領域である可能性があるため、この手法は個体の区別には役立ちませんが、系統地理学分析や種の境界設定に役立ちます。配列の多様性は SSR-PCR よりも低いですが、実際の遺伝子配列よりも高いです。さらに、マイクロサテライト配列と ISSR 配列は相互に補助し合い、一方が他方のプライマーを生成します。

反復DNAは、ホモポリマー領域を解析するのが難しい次世代DNAシーケンシング法では簡単には解析できません。 ^[85]そのため、マイクロサテライトは通常、従来のPCR増幅とアンプリコンサイズの決定によって解析されます。PCRを使用するということは、マイクロサテライト長の解析が、他のPCR増幅DNA遺伝子座と同様にPCRの制限を受けやすいことを意味します。特に懸念されるのは、「ヌルアレル」の発生です。

• 父子鑑定のケースワークなどの個人のサンプル内で、マイクロサテライトの両側にある DNA の変異により、PCR プライマーが結合してアンプリコンを生成できなくなる (ゲルアッセイで「ヌルアレル」が生成される) 場合があります。そのため、1 つのアレルのみが増幅され (変異していない姉妹染色体から)、個人が誤ってホモ接合体であるように見える場合があります。これは父子鑑定のケースワークで混乱を引き起こす可能性があります。その場合、異なるプライマーセットを使用してマイクロサテライトを増幅する必要がある可能性があります。^{[21] [86]}ヌルアレルは、特に伸長が始まる 3' セクションの変異によって引き起こされます。
• 保全活動などの種または集団の分析では、ある個体または種のマイクロサテライトを増幅する PCR プライマーが他の種でも機能します。ただし、PCR プライマーを異なる種に適用すると、プライマーが結合するには配列の相違が大きすぎる場合にヌルアレルが発生する可能性が高くなります。その結果、種の多様性が低下したように見える場合があります。この場合、ヌルアレルは、ハーディ・ワインベルグ平衡の予測からの逸脱を引き起こすホモ接合体の過剰な頻度によって示されることがあります。

• 既知の疾患を引き起こすすべての短いタンデムリピート
• マイクロサテライトデータベース
• 検索ツール:
  • FireMuSat2+ 2014-02-21 にWayback Machineでアーカイブされました
  • IMEx 2013-09-14 にWayback Machineにアーカイブされました
  • 不完全 SSR ファインダー ( Wayback Machineで 2021-07-23 にアーカイブ) —FASTAシーケンス内の完全または不完全な SSR を検索します。
  • JSTRING—ゲノム内のタンデムリピートの Java 検索
  • マイクロサテライトリピートファインダー
  • MISA—マイクロ衛星識別ツール
  • MREPAT
  • ムレップス
  • フォボスは、完全反復と不完全反復のタンデム反復検索ツールであり、最大パターンサイズは計算能力のみに依存します。
  • ポリ
  • シロコ
  • SSRファインダー
  • 星
  • SERF De Novoゲノム解析とタンデムリピートファインダー
  • タンデムリピートファインダー
  • タンデムSWAN
  • トレッド
  • トロル
  • ゼブラフィッシュの繰り返し アーカイブ 2019-09-12ウェイバックマシン