イントロン

イントロンとは、遺伝子内のヌクレオチド配列のうち、最終的なRNA産物では発現も機能もしない配列のことです。イントロンという言葉は、遺伝子内領域という用語に由来しています。[ 1 ^]イントロンという用語は、遺伝子内のDNA配列と、RNA転写産物内の対応するRNA配列の両方を指します。^{[2]このRNA処理によって結合されて成熟RNAを形成する非イントロン配列は}エクソンと呼ばれます。^[3]

イントロンは、ほとんどの真核生物および多くの真核生物ウイルスの遺伝子に存在し、タンパク質コード遺伝子と RNA として機能する遺伝子 (非コード遺伝子) の両方に存在します。イントロンには、tRNA イントロン、グループ I イントロン、グループ II イントロン、およびスプライソソームイントロンの 4 つの主な種類があります (以下を参照)。細菌および古細菌 (原核生物) ではイントロンはまれです。

発見と語源

イントロンは、最初にアデノウイルスのタンパク質コード遺伝子で発見され、^[4]^{[5] 、その後、転移RNAとリボソームRNA遺伝子をコードする遺伝子で特定されました。イントロンは現在、すべての生物界内の生物、細菌、}^[6]およびウイルスのさまざまな遺伝子内に出現することが知られています。

遺伝子がイントロンによって分割または中断されるという事実は、1977年にフィリップ・アレン・シャープとリチャード・J・ロバーツによって独立して発見され、この功績により1993年にノーベル生理学・医学賞を共同受賞したが、[ ^7]発見につながった実験を行った彼らの研究室の研究者および協力者であるスーザン・バーゲットとルイーズ・チョウの功績は除外された。^[8]^[9]イントロンという用語は、アメリカの生化学者ウォルター・ギルバートによって導入された。^[1]

「シストロン（つまり遺伝子）という概念は、成熟したメッセンジャーから失われる領域（私はこれをイントロン（遺伝子内領域）と呼ぶことを提案します）と、発現される領域（エクソン）が交互に含まれる転写ユニットという概念に置き換えられなければなりません。」（ギルバート 1978）

イントロンという用語は、シストロン内、すなわちシストロン内に生じる追加のDNA断片を指すこともある。^[10]

イントロンは介在配列と呼ばれることもありますが、^[11]「介在配列」という用語は、イントロンに加えて、インテイン、非翻訳領域（UTR）、RNA編集によって除去されたヌクレオチドなど、最終的な遺伝子産物には存在しない内部核酸配列のいくつかのファミリーのいずれかを指すこともあります。

分布

異なるゲノム内のイントロンの頻度は、生物のスペクトル全体で大きく異なることが観察されています。たとえば、イントロンは顎のある脊椎動物（例：ヒト、マウス、フグ）の核ゲノム内では非常に一般的であり、タンパク質コード遺伝子にはほぼ常に複数のイントロンが含まれていますが、一部の真核微生物の核遺伝子内ではイントロンはまれです。^[12]たとえば、パン酵母/ビール酵母（サッカロミセス・セレビシエ）です。対照的に、脊椎動物のミトコンドリアゲノムにはイントロンがまったくありませんが、真核微生物のミトコンドリアゲノムには多くのイントロンが含まれている場合があります。^[13]

特に極端な例は、3.6メガベース（Mb）以上のイントロンを含むショウジョウバエのdhc7遺伝子で、転写には約3日かかります。^[14]^[15]もう一方の極端な例として、2015年の研究では、後生動物の最も短いイントロンの長さは、ヒトのMST1L遺伝子に属する30塩基対（bp）であると示唆されています。[ 16 ]^{最も短い既知のイントロンは、}Stentor coeruleusなどの異毛繊毛虫に属し、そのほとんど（> 95％）のイントロンの長さは15または16 bpです。^[17]

分類

前述のように、イントロンを含むすべての RNA 分子のスプライシングは表面的には似ています。しかし、DNA 配列分析によるイントロン構造の調査と、RNA スプライシング反応の遺伝的および生化学的分析により、異なるタイプのイントロンが特定されました。少なくとも 4 つの異なるクラスのイントロンが特定されています。

スプライソソームによって除去される核タンパク質コード遺伝子のイントロン（スプライソソームイントロン）
タンパク質によって除去される核および古細菌の転移RNA遺伝子のイントロン（tRNAイントロン）
RNA触媒によって除去される自己スプライシンググループIイントロン
RNA触媒によって除去される自己スプライシンググループIIイントロン

グループIIIイントロンは5番目のファミリーであると提案されているが、そのスプライシングを媒介する生化学的装置についてはほとんどわかっていない。グループIIイントロンと関連しているようで、おそらくスプライソソームイントロンとも関連していると思われる。^[18]

スプライソソームイントロン

核プレmRNAイントロン（スプライソソームイントロン）は、イントロンとエクソンの境界に位置する特定のイントロン配列によって特徴付けられる。^[19]これらの配列は、スプライシング反応が開始されるとスプライソソームRNA分子によって認識される。^[20]さらに、それらには分岐点、つまりイントロンの3'末端近くの特定のヌクレオチド配列が含まれており、スプライシングプロセス中にイントロンの5'末端に共有結合して、分岐した（ラリアット）^{[説明が必要（複雑な専門用語） ]}イントロンを生成する。これら3つの短い保存要素とは別に、核プレmRNAイントロン配列は非常に多様である。核プレmRNAイントロンは、周囲のエクソンよりもはるかに長いことが多い。

tRNAイントロン

除去にタンパク質を必要とする転移RNAイントロンは、スプライスされていないtRNA前駆体のアンチコドンループ内の特定の場所に存在し、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼによって除去されます。その後、エクソンは2番目のタンパク質であるtRNAスプライシングリガーゼによって連結されます。^[21]自己スプライシングイントロンはtRNA遺伝子内にも時々見られることに注意してください。^[22]

グループ I およびグループ II イントロン

グループ I およびグループ II のイントロンは、非常に広範囲の生物において、タンパク質 (メッセンジャー RNA )、転移 RNA、およびリボソーム RNAをコードする遺伝子に見られます。 ^[23]^{[24] RNA への転写後、グループ I およびグループ II のイントロンは広範な内部相互作用も行い、特定の複雑な}3 次元構造に折り畳まれます。これらの複雑な構造により、グループ I およびグループ II のイントロンの一部は自己スプライシングが可能になります。つまり、イントロンを含む RNA 分子は、自身の共有結合構造を再配置して、イントロンを正確に除去し、エクソンを正しい順序で結合することができます。場合によっては、特定のイントロン結合タンパク質がスプライシングに関与し、自己スプライシング活性に必要な 3 次元構造にイントロンが折り畳まれるのを助けるように作用します。グループ I とグループ II のイントロンは、内部に保存された配列と折り畳まれた構造の異なるセットによって区別され、グループ II イントロンを含む RNA 分子のスプライシングによって分岐イントロン (スプライソソーム RNA のもののような) が生成されるのに対し、グループ I イントロンはコード化されていないグアノシンヌクレオチド (通常は GTP) を使用してスプライシングを開始し、それを切除されたイントロンの 5' 末端に追加します。

接合の精度について

スプライソソームは、最大 100 個のタンパク質と 5 種類の RNA を含む非常に複雑な構造です。反応の基質は長い RNA 分子であり、スプライソソームによって触媒されるエステル交換反応では、数千ヌクレオチド離れた部位を結合する必要があります。^[25]^[26]すべての生化学反応には既知のエラー率が伴い、反応が複雑になるほどエラー率が高くなります。したがって、スプライソソームの補助因子があり、隠れたスプライス部位の偶発的な切断が抑制されているにもかかわらず、スプライソソームによって触媒されるスプライシング反応にかなりのエラー率があるのは驚くことではありません。^[27]

理想的な状況下では、スプライシング反応は 99.999% 正確（エラー率 10 ⁻⁵）である可能性が高く、正しいエクソンが結合され、正しいイントロンが削除されます。^[28]しかし、これらの理想的な条件では、最良のスプライスサイトシーケンスに非常に近い一致が必要であり、イントロン内に競合する潜在的なスプライスサイトシーケンスが存在しない必要があり、これらの条件は、40 キロベースペアを超える可能性のある大きな真核生物遺伝子ではほとんど満たされません。最近の研究では、実際のエラー率は 10 ⁻⁵よりもかなり高くなる可能性があり、遺伝子あたり 2% または 3% のエラー（エラー率 2 または 3 x 10 ⁻²）に達する可能性があることが示されています。^[29]^[30]^[31]追加の研究では、エラー率はイントロンあたり 0.1% 以上であることが示唆されています。^[32]^[33]この比較的高いレベルのスプライシングエラーは、ほとんどのスプライスバリアントがナンセンス変異によって急速に分解される理由を説明しています。^[34]^[35]

遺伝子内のずさんな結合部位の存在はスプライシングエラーを引き起こし、これらの部位が自然淘汰によって排除されていないのは奇妙に思えるかもしれない。これらの部位が存続している理由はジャンクDNAの議論と似ている。^[32]^[36]

結合部位を生成したり破壊したりする突然変異は多少有害であるかもしれないが、そのような突然変異は多数存在するため、集団内で固定化に至ることは避けられない。これは、長期的に見て有効な集団サイズが比較的小さい人間などの種では特に当てはまる。したがって、ヒトゲノムには、異常な転写アイソフォームの生成を引き起こす、最適ではない配列がかなり多く含まれていると考えられる。本研究では、これが事実であることを示す直接的な証拠を提示する。^[32]

触媒反応はほとんどの場合、効果的な処理に十分な精度があるかもしれないが、転写エラーによって潜在的スプライス部位を作り出す変異が導入されるため、全体的なエラー率は転写の忠実度によって部分的に制限される可能性がある。さらに、10 ⁻⁵～ 10 ⁻⁶という転写エラー率は十分に高いため、転写されたエクソン 25,000 個のうち 1 個はスプライス部位の 1 つに組み込みエラーを持ち、イントロンまたはエクソンがスキップされることになる。ほぼすべてのマルチエクソン遺伝子は、誤ってスプライスされた転写産物を生成するが、このバックグラウンドノイズの頻度は、遺伝子のサイズ、イントロンの数、およびスプライス部位配列の品質に依存する。^[30]^[33]

場合によっては、スプライスバリアントは遺伝子（DNA）の変異によって生成される。これらは、潜在的スプライス部位を作成したり、機能部位を変異させるSNP多型である可能性がある。また、特定の組織または細胞株のスプライシングに影響を与える体細胞変異である場合もある。^[37]^[38]^[39]変異対立遺伝子がヘテロ接合状態にある場合、2つの豊富なスプライスバリアント（1つは機能的、もう1つは非機能的）が生成されます。ホモ接合状態では、変異対立遺伝子は、ビクトリア女王の子孫に見られる血友病などの遺伝病を引き起こす可能性があります。この病気では、血液凝固因子遺伝子のイントロンの1つに変異があると、潜在的3'スプライス部位が作成され、異常なスプライシングが発生します。^[40]病気による人間の死亡のかなりの割合は、正常なスプライシングを妨げる変異によって引き起こされる可能性があります。そのほとんどは、潜在的スプライス部位を作成することによるものです。^[41]^[38]

不適切にスプライシングされた転写産物は簡単に検出され、その配列はオンラインデータベースに入力されます。これらは通常、「選択的スプライシング」転写産物として説明されますが、この用語は実際の生物学的に重要な選択的スプライシングとスプライシングエラーによる処理ノイズを区別しないため、混乱を招く可能性があります。選択的スプライシングの分野における中心的な問題の 1 つは、これら 2 つの可能性の違いを解明することです。多くの科学者は、帰無仮説はスプライシングノイズであるべきであり、生物学的に重要な選択的スプライシングを主張する人々に立証責任を負わせるべきだと主張しています。これらの科学者によると、機能の主張には、同じ遺伝子から複数の機能的産物が生成されるという説得力のある証拠が伴わなければなりません。^[42]^[43]

生物学的機能と進化

イントロンはタンパク質産物をコードしませんが、遺伝子発現制御に不可欠です。一部のイントロンは、スプライシング後にさらに処理されて非コードRNA分子を生成することで、機能性RNAをコードします。^[44] 選択的スプライシングは、単一の遺伝子から複数のタンパク質を生成するために広く使用されています。さらに、一部のイントロンは、ナンセンス介在分解^[45]やmRNA輸出など、幅広い遺伝子発現制御機能において重要な役割を果たしています。^[46]

真核生物の核のタンパク質コード遺伝子におけるイントロンの最初の発見後、現代の生物におけるイントロンが共通の古代の祖先から受け継がれたのか（イントロン早期仮説と呼ばれる）、それとも進化の過程で比較的最近に遺伝子に現れたのか（イントロン後期仮説と呼ばれる）について、大きな議論がありました。別の理論では、遺伝子のスプライソソームとイントロン-エクソン構造はRNAワールドの名残であるとされています（イントロン先行仮説）。^[47]これらの仮説のどれが最も正しいかについてはまだかなりの議論がありますが、現時点での一般的なコンセンサスは、最初の真核細胞の形成に続いて、細菌の共生菌からのグループIIイントロンが宿主ゲノムに侵入したということです。当初、これらの自己スプライシングイントロンはmRNA前駆体から自らを切り出していたが、時が経つにつれてその一部はその能力を失い、それらの切り出しは他のグループIIイントロンによってトランス的に助けられなければならなくなった。最終的に、いくつかの特定のトランスアクティングイントロンが進化し、これらがスプライソソームのsnRNAの前駆体となった。スプライシングの効率は、安定化タンパク質との関連によって改善され、原始的なスプライソソームを形成した。^[48]^[49]^[50]^[51]

広範囲の生物のゲノムDNA配列に関する初期の研究では、異なる生物の相同遺伝子のイントロン-エクソン構造は大きく異なる可能性があることが示されています。^[52]より最近の真核生物ゲノム全体の研究では、イントロンの長さと密度（イントロン/遺伝子）は、関連した種間でかなり異なることが示されています。たとえば、ヒトゲノムには平均8.4個のイントロン/遺伝子（ゲノム全体で139,418個）が含まれていますが、単細胞真菌のエンセファリトゾーン・クニクリには、わずか0.0075個のイントロン/遺伝子（ゲノム全体で15個のイントロン）が含まれています。^{[53] 真}核生物は共通の祖先（共通の祖先）から発生したため、進化の過程でイントロンが大幅に増加または減少したに違いありません。^[54]^[55]このプロセスは選択の影響を受けると考えられており、大型種では個体数が小さいためイントロンが増加する傾向があり、小型種（特に単細胞種）ではその逆の傾向がある。^[56]生物学的要因もゲノム内のどの遺伝子がイントロンを失うか蓄積するかに影響を与える。^[57]^[58]^[59]

イントロン除去後の遺伝子内のエクソンの選択的スプライシングは、単一の遺伝子から翻訳されるタンパク質配列の多様性を高め、単一の遺伝子と単一の前駆体 mRNA 転写産物から複数の関連タンパク質を生成できるようにします。選択的 RNA スプライシングの制御は、広範囲の細胞内および細胞外シグナルに応答するシグナル伝達分子の複雑なネットワークによって行われます。

イントロンには、イントロンの両端にあるアクセプター部位とドナー部位、および分岐点部位など、スプライソソームによる適切なスプライシングに必要となる、効率的なスプライシングに重要な短い配列がいくつか含まれています。一部のイントロンは、イントロン媒介増強(IME) と呼ばれるプロセスによって、それが含まれる遺伝子の発現を増強することが知られています。

DNAの活発に転写されている領域は、 DNA損傷に対して脆弱なRループを頻繁に形成します。高度に発現している酵母遺伝子では、イントロンがRループ形成とDNA損傷の発生を阻害します。^[60]酵母とヒトの両方でゲノム全体の解析を行ったところ、イントロンを含む遺伝子は、同様の発現を示すイントロンを含まない遺伝子と比較して、RループレベルとDNA損傷が減少していることが明らかになりました。^[60] Rループが発生しやすい遺伝子内にイントロンを挿入すると、Rループ形成と組み換えも抑制されます。Bonnet et al. (2017) ^[60]は、遺伝的安定性を維持するイントロンの機能が、特に高度に発現している遺伝子において、特定の場所でのイントロンの進化的維持を説明できるのではないかと推測しました。

飢餓適応

イントロンの物理的な存在は、栄養感知経路のリボソームタンパク質遺伝子のイントロンによる抑制を増強し、細胞の飢餓に対する抵抗性を促進する。^[61]

可動性遺伝要素として

イントロンは、相同遺伝子の多くの比較研究によって示されているように、進化の過程で失われたり得られたりすることがあります。その後の分析により、イントロンの喪失と獲得のイベントの例が何千も特定され、真核生物の出現、または真核生物の進化の初期段階にイントロンの侵入が関与していたことが提案されています。 ^[62]イントロン喪失の2つの明確なメカニズム、逆転写酵素介在性イントロン喪失（RTMIL）とゲノム欠失が特定されており、発生することが知られています。^[63]しかし、イントロン獲得の明確なメカニズムは、とらえどころがなく、議論の的となっています。これまでに、イントロン転位、トランスポゾン挿入、タンデムゲノム重複、イントロン転移、二本鎖切断修復中のイントロン獲得（DSBR）、グループIIイントロンの挿入、およびイントロン化の少なくとも7つのイントロン獲得のメカニズムが報告されています。理論的には、最近獲得したイントロンの起源は、宿主誘発性突然変異がないため推測するのが最も簡単なはずであるが、最近獲得したイントロンでさえ、前述のメカニズムのいずれからも生じていない。したがって、これらの発見は、提案されたイントロン獲得のメカニズムが正確なイントロン獲得のメカニズムではないために多くの新規イントロンのメカニズム的起源を説明できないのか、それとも、まだ発見されていない新規イントロンを生成する他のプロセスがあるのだろうかという疑問を提起する。^[64]

最も一般的に考えられているイントロン獲得メカニズムであるイントロン転位では、スプライスされたイントロンは、それ自身の mRNA または以前はイントロンがなかった位置にある別の mRNA に逆スプライスされると考えられています。その後、このイントロンを含む mRNA は逆転写され、結果として生じるイントロンを含む cDNA は、元のゲノム座位との完全または部分的な組み換えによってイントロン獲得を引き起こす可能性があります。

トランスポゾン挿入は、さまざまな真核生物種にわたって何千もの新しいイントロンを生成することが示されている。^[65]トランスポゾン挿入は、トランスポゾンの両側でこの配列の重複をもたらすことがある。このような挿入は、トランスポゾンがAGGT配列に挿入されるか、トランスポゾン配列内のスプライス部位をコードする場合、コード配列を破壊することなくトランスポゾンをイントロン化することができる。イントロン生成トランスポゾンが標的部位の重複を生成しない場合、要素にはスプライス部位GT（5'）とAG（3'）の両方が含まれるため、タンパク質コード配列に影響を与えることなく正確にスプライシングされる。^[65]これらの要素がなぜスプライシングされるのか、偶然なのか、トランスポゾンによる何らかの優先的な作用によるのかはまだわかっていない。

タンデムゲノム重複では、コンセンサスドナースプライスサイトとアクセプタースプライスサイトが類似しており、どちらもAGGTによく似ているため、AGGT配列を含むエクソンセグメントのタンデムゲノム重複により、2つの潜在的なスプライスサイトが生成されます。スプライソソームによって認識されると、元のAGGTと複製されたAGGTの間の配列がスプライシングされ、遺伝子のコード配列を変更することなくイントロンが作成されます。研究者がミジンコで獲得したイントロンの43％を挟む短い直接反復配列を特定したとき、非相同末端結合による二本鎖切断修復がイントロン増加の原因であることが最近特定されました。^[64]ただし、統計的な関連性については、これらの数値を他の生物の反復配列に挟まれた保存されたイントロンの数と比較する必要があります。グループIIイントロン挿入については、グループIIイントロンの核遺伝子へのレトロホーミングが、最近のスプライソソームイントロン増加を引き起こすと提案されました。

イントロン転移は、パラログまたは擬似遺伝子がイントロンを獲得し、その後、組み換えによってこのイントロンを姉妹パラログのイントロンのない場所に転移させることで、イントロン増加をもたらすと仮定されている。イントロン化は、突然変異によって以前はエクソンであった配列から新しいイントロンが作成されるプロセスである。したがって、提案されている他のイントロン獲得メカニズムとは異なり、このメカニズムでは、新しいイントロンを作成するためにDNAの挿入または生成を必要としない。^[64]

最近のイントロン増加について仮説的に考えられているメカニズムのうち、直接的な証拠がないのは、グループ II イントロンの挿入のみであり、これが生体内で実証されると、遺伝子発現が消失する。^[66]そのため、グループ II イントロンは、スプライソソームイントロンの推定祖先であり、部位特異的なレトロエレメントとして機能し、もはやイントロン増加の原因ではない。^[67]^[68]タンデムゲノム重複は、生体内での実験的証拠がある唯一の提案されたメカニズムである。短い遺伝子内タンデム重複により、タンパク質コード遺伝子に新しいイントロンが挿入され、対応するペプチド配列は変更されない。^[69]このメカニズムには、タンデムゲノム重複がイントロン増加の一般的なメカニズムであるという考えを支持する広範な間接的証拠もある。 DSBR、イントロン転移、およびイントロン化中のイントロン増加など、提案されている他のメカニズムの生体内でのテストは可能であるが、これらのメカニズムがイントロン増加の実際のメカニズムであることを確固たるものにするには、生体内で実証されなければならない。さらなるゲノム解析、特に集団レベルでの解析により、各メカニズムの相対的な寄与を定量化し、種特有のバイアスを特定して、種間でのイントロン増加率の違いを明らかにすることができる可能性がある。^[64]

参照

構造：

スプライシング:

関数

マイクロRNA

その他:

参考文献

^ ab 「シストロン（すなわち遺伝子）という概念は、成熟したメッセンジャーから失われる領域（私はこれをイントロン（遺伝子内領域）と呼ぶことを提案する）と、発現される領域（エクソン）が交互に含まれる転写単位という概念に置き換えられなければならない。」（ギルバート 1978 年）ギルバート W （1978 年 2 月）。「なぜ遺伝子は断片化されているのか？」。ネイチャー。271 （ 5645）：501。Bibcode ： 1978Natur.271..501G。doi ： 10.1038 / 271501a0。PMID 622185。S2CID 4216649 。
^ Kinniburgh AJ、Mertz JE、Ross J (1978年7月)。「マウスβグロビンメッセンジャーRNAの前駆体には2つの介在RNA配列が含まれている」。Cell . 14 (3): 681–693. doi :10.1016/0092-8674(78)90251-9. PMID 688388. S2CID 21897383.
^ Lewin B (1987). Genes (第3版). ニューヨーク: Wiley. pp. 159–179, 386. ISBN 0-471-83278-2. OCLC 14069165.
^ Chow LT、Gelinas RE、Broker TR、Roberts RJ (1977 年 9 月)。「アデノウイルス 2 メッセンジャー RNA の 5' 末端における驚くべき配列配置」。Cell . 12 (1): 1–8. doi :10.1016/0092-8674(77)90180-5. PMID 902310. S2CID 2099968.
^ Berget SM、Moore C、Sharp PA (1977年8月)。「アデノウイルス2後期mRNAの5'末端のスプライスセグメント」。米国科学アカデミー紀要。74 (8):3171–3175。Bibcode : 1977PNAS ...74.3171B。doi : 10.1073 / pnas.74.8.3171。PMC 431482。PMID 269380。
^ Belfort M、 Pedersen-Lane J、 West D、 Ehrenman K、 Maley G、 Chu F、 Maley F (1985 年 6 月)。「ファージ T4 のイントロン含有チミジル酸合成酵素 (td) 遺伝子の処理は RNA レベルで行われる」。Cell . 41 (2): 375–382. doi :10.1016/s0092-8674(85)80010-6. PMID 3986907. S2CID 27127017.
^ 「1993年ノーベル生理学・医学賞」。
^ Abir-Am, Pnina Geraldine (2020年9月). 「RNAスプライシングを発見した女性たち」. American Scientist . 108 (5): 298–305 . 2024年1月12日閲覧。
^ フリント、アンソニー（1993年11月8日）。「ノーベル医学賞が恨みと羨望を呼ぶ」アイダホ・ステイツマン。2024年1月12日閲覧 – Newspapers.com経由。
^ Tonegawa S, Maxam AM, Tizard R, Bernard O, Gilbert W (1978年3月). 「免疫グロブリン軽鎖の可変領域におけるマウス生殖系列遺伝子の配列」.米国科学アカデミー紀要. 75 (3): 1485–1489. Bibcode :1978PNAS...75.1485T. doi : 10.1073/pnas.75.3.1485 . PMC 411497. PMID 418414 .
^ Tilghman SM、Tiemeier DC、Seidman JG、Peterlin BM、Sullivan M、Maizel JV、Leder P (1978 年 2 月)。「マウス β グロビン遺伝子の構造部分で特定された DNA の介在配列」。米国科学アカデミー紀要。75 ( 2 ): 725–729。Bibcode : 1978PNAS ...75..725T。doi : 10.1073 / pnas.75.2.725。PMC 411329。PMID 273235。
^ Stajich JE、Dietrich FS、Roy SW (2007)。「真菌ゲノムの比較ゲノム解析によりイントロンに富む祖先が明らかに」。ゲノム生物学。8 (10): R223。doi : 10.1186 / gb -2007-8-10- r223。PMC 2246297。PMID 17949488。
^ Taanman JW (1999年2月). 「ミトコンドリアゲノム：構造、転写、翻訳、複製」. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics . 1410 (2): 103–123. doi :10.1016/s0005-2728(98)00161-3. PMID 10076021. S2CID 19229072.
^ Tollervey D, Caceres JF (2000年11月). 「RNA処理は進む」. Cell . 103 (5): 703–709. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00174-4 . PMID 11114327.
^ Reugels AM、Kurek R、Lammermann U、Bünemann H (2000 年 2 月)。「ヘテロクロマチン Y 染色体上のダイニン遺伝子 DhDhc7(Y) のメガイントロンが、ショウジョウバエの一次精母細胞に巨大な糸ループを生じさせる」。遺伝学。154 ( 2 ): 759–769。doi :10.1093/ genetics /154.2.759。PMC 1460963。PMID 10655227。
^ Piovesan A、Caracausi M、Ricci M、Strippoli P、Vitale L、Pelleri MC (2015 年 12 月)。「NCBI 遺伝子データバンクを解析するためのユーザーフレンドリーなツールである GeneBase による最小真核生物イントロンの識別」。DNA 研究。22 ( 6 ) : 495–503。doi :10.1093/dnares/dsv028。PMC 4675715。PMID 26581719。
^ Slabodnick MM、Ruby JG、Reiff SB、Swart EC、Gosai S、Prabakaran S、他 (2017 年 2 月)。「青虫の大核ゲノムは巨大細胞内の小さなイントロンを明らかにする」。Current Biology . 27 (4): 569–575. Bibcode :2017CBio...27..569S. doi :10.1016/j.cub.2016.12.057. PMC 5659724 . PMID 28190732.
^ Copertino DW 、Hallick RB (1993 年 12 月)。「ツイントロンのグループ II およびグループ III イントロン: 核プレ mRNA イントロンとの潜在的な関係」。生化学科学の動向。18 (12): 467–471。doi :10.1016/0968-0004(93)90008-b。PMID 8108859 。
^ Padgett RA、Grabowski PJ、Konarska MM、Seiler S、Sharp PA (1986)。「メッセンジャーRNA前駆体のスプライシング」。Annual Review of Biochemistry。55 :1119–1150。doi : 10.1146 /annurev.bi.55.070186.005351。PMID 2943217 。
^ Guthrie C, Patterson B (1988). 「スプライソソーム snRNA」. Annual Review of Genetics . 22 : 387–419. doi :10.1146/annurev.ge.22.120188.002131. PMID 2977088.
^ Greer CL、Peebles CL、Gegenheimer P、Abelson J (1983 年 2 月)。「tRNA スプライシングにおける酵母 RNA リガーゼの作用メカニズム」。Cell . 32 (2): 537–546. doi :10.1016/0092-8674 ( 83)90473-7. PMID 6297798. S2CID 44978152.
^ Reinhold -Hurek B、 Shub DA ( 1992 年 5 月)。「広範囲に異なる細菌の tRNA 遺伝子における自己スプライシングイントロン」。Nature。357 ( 6374): 173–176。Bibcode :1992Natur.357..173R。doi : 10.1038/357173a0。PMID 1579169。S2CID 4370160。
^ Cech TR (1990). 「グループ I イントロンの自己スプライシング」. Annual Review of Biochemistry . 59 : 543–568. doi :10.1146/annurev.bi.59.070190.002551. PMID 2197983.
^ Michel F, Ferat JL (1995). 「グループ II イントロンの構造と活性」. Annual Review of Biochemistry . 64 : 435–461. doi :10.1146/annurev.bi.64.070195.002251. PMID 7574489.
^ Wan R、Bai R、Zhan X、Shi Y (2020)。「前駆体メッセンジャーRNAはスプライソソームによってどのようにスプライシングされるのか？」。Annual Review of Biochemistry。89：333–358。doi ：10.1146 / annurev -biochem-013118-111024。PMID 31815536 。S2CID 209167227。
^ Wilkinson ME、Charenton C、 Nagai K (2020)。「スプライソソームによるRNAスプライシング」。Annual Review of Biochemistry。89 : 359–388。doi : 10.1146 /annurev-biochem-091719-064225。PMID 31794245。S2CID 208626110。
^ Sales-Lee J、Perry DS、Bowser BA、Diedrich JK、Rao B、Beusch I、Yates III JR、Roy SW、Madhani HD (2021)。「スプライソソームの複雑さとイントロンの多様性の結合」。Current Biology。31 ( 22 ) : 4898–4910 e4894。Bibcode : 2021CBio...31E4898S。doi :10.1016/ j.cub.2021.09.004。PMC 8967684。PMID 34555349。S2CID 237603074。
^ Hsu SN、Hertel KJ (2009)。「スプライソソームは境界線を歩く：スプライシングエラーと細胞機能への影響」。RNA Biology . 6 (5): 526–530. doi :10.4161/rna.6.5.9860. PMC 3912188 . PMID 19829058. S2CID 22592978.
^ Melamud E、 Moult J (2009)。「スプライシング機構における確率的ノイズ」。核酸研究。gkp471 (14): 4873–4886。doi :10.1093 / nar /gkp471。PMC 2724286。PMID 19546110。
^ ab Fox-Walsh KL、Hertel KJ (2009)。「スプライス部位のペアリングは本質的に高い忠実度のプロセスである」。米国科学アカデミー紀要。106 (6): 1766–1771。Bibcode : 2009PNAS..106.1766F。doi : 10.1073 / pnas.0813128106。PMC 2644112。PMID 19179398。
^ Stepankiw N、Raghavan M、Fogarty EA、Grimson A 、 Pleiss JA (2015)。「ラリアットシーケンシングで明らかになった広範囲の選択的および異常なスプライシング」。核酸研究。43 ( 17 ): 8488–8501。doi :10.1093/nar/gkv763。PMC 4787815。PMID 26261211。
^ abc Pickrell JK、Pai AA、Gilad Y、Pritchard JK (2010)。「ノイジースプライシングがヒト細胞におけるmRNAアイソフォームの多様性を促進する」。PLOS Genet . 6 (12): e1001236. doi : 10.1371/journal.pgen.1001236 . PMC 3000347 . PMID 21151575。
^ ab Skandalis, A. (2016). 「脊椎動物における最小mRNAスプライシングエラー率の推定」。突然変異研究/突然変異誘発の基礎および分子メカニズム。784–785: 34–38。doi :10.1016/ j.mrfmmm.2016.01.002。PMID 26811995 。
^ Zhang Z, Xin D, Wang P, Zhou L, Hu L, Kong X, Hurst LD (2009). 「発現調節よりもノイズの多いスプライシングが、なぜ一部のエクソンがナンセンス変異を介したmRNA崩壊の影響を受けるのかを説明する」BMC Biology . 7:23 . doi : 10.1186/1741-7007-7-23 . PMC 2697156. PMID 19442261 .
^ Bitton DA、Atkinson SR、Rallis C、Smith GC、Ellis DA、Chen YY、Malecki M、Codlin S、Lemay JF、Cotobal C (2015)。「広範囲にわたるエクソンスキッピングが分裂酵母の核RNA監視による分解を引き起こす」。ゲノム研究。25 ( 6 ): 884–896。doi :10.1101/ gr.185371.114。PMC 4448684。PMID 25883323。
^ Saudemont B、Popa A、Parmley JL、Rocher V、Blugeon C、Necsulea A、Meyer E、Duret L (2017)。「誤ったスプライシングの適応コストは、選択的スプライシングパターンの主な決定要因である」。ゲノム生物学。18 ( 1): 208。doi : 10.1186/ s13059-017-1344-6。PMC 5663052。PMID 29084568。
^ Scotti MM 、 Swanson MS (2016) 。「疾患におけるRNAのミススプライシング」。Nature Reviews Genetics。17 (1): 19–32。doi :10.1038/nrg.2015.3。PMC 5993438。PMID 26593421。
^ ab Shirley B、Mucaki E、 Rogan P (2019)。「検証済みの自然および潜在的mRNAスプライシング変異の汎がんリポジトリ」。F1000Research。7 : 1908。doi : 10.12688 / f1000research.17204.3。PMC 6544075。PMID 31275557。S2CID 202702147 。
^ Mucaki EJ、Shirley BC 、Rogan PK (2020)。「発現の変化により、対立遺伝子特異的な選択的mRNAスプライシングにつながると予測されるゲノム変異が確認される」。Frontiers in Genetics。11 : 109。doi : 10.3389 / fgene.2020.00109。PMC 7066660。PMID 32211018。
^ Rogaev EI、Grigorenko AP、Faskhutdinova G、Kittler EL、 Moliaka YK (2009)。「遺伝子型分析により「王室病」の原因が特定」。Science。326 ( 5954 ) : 817。Bibcode : 2009Sci ...326..817R。doi : 10.1126 /science.11 80660。PMID 19815722。S2CID 206522975。
^ Lynch M (2010). 「ヒト突然変異の速度、分子スペクトル、および結果」。米国科学アカデミー紀要。107 (3): 961–968。Bibcode :2010PNAS..107..961L。doi : 10.1073 / pnas.0912629107。PMC 2824313。PMID 20080596。
^ Mudge JM 、 Harrow J (2016)。「高等真核生物遺伝子アノテーションの現状」。Nature Reviews Genetics。17 ( 12): 758–772。doi :10.1038/ nrg.2016.119。PMC 5876476。PMID 27773922。
^ Bhuiyan SA, Ly S, Phan M, Huntington B, Hogan E, Liu CC, Liu J, Pavlidis P (2018). 「選択的スプライシングの文献報告におけるアイソフォーム機能の体系的評価」BMC Genomics . 19 (1): 637. doi : 10.1186/s12864-018-5013-2 . PMC 6114036 . PMID 30153812.
^ Rearick D、Prakash A、McSweeny A、Shepard SS、Fedorova L、Fedorov A (2011 年 3 月)。「ncRNA とイントロンの重要な関連性」。核酸研究。39 ( 6 ) : 2357–2366。doi :10.1093/nar/gkq1080。PMC 3064772。PMID 21071396。
^ Bicknell AA、Cenik C、 Chua HN、Roth FP 、 Moore MJ (2012 年 12 月)。「UTR 内のイントロン: 無視をやめるべき理由」。BioEssays。34 ( 12 ) : 1025–1034。doi : 10.1002 /bies.201200073。PMID 23108796。S2CID 5808466 。
^ Cenik C, Chua HN, Zhang H, Tarnawsky SP, Akef A, Derti A, et al. (2011年4月). Snyder M (編). 「ゲノム解析により、分泌遺伝子およびミトコンドリア遺伝子の5'UTRイントロンと核mRNA輸出の相互作用が明らかに」. PLOS Genetics . 7 (4): e1001366. doi : 10.1371/journal.pgen.1001366 . PMC 3077370. PMID 21533221 .
^ Penny D、 Hoeppner MP、Poole AM、Jeffares DC (2009 年 11 月)。「イントロン優先理論の概要」。Journal of Molecular Evolution 69 ( 5): 527–540。Bibcode :2009JMolE..69..527P。doi : 10.1007 /s00239-009-9279-5。PMID 19777149。S2CID 22386774 。
^ Cavalier-Smith T (1991). 「イントロン系統発生：新たな仮説」. Trends in Genetics . 7 (5): 145–148. doi :10.1016/0168-9525(91)90377-3. PMID 2068786.
^ Doolittle WF (1991). 「イントロンの起源」Current Biology . 1 (3): 145–146. Bibcode :1991CBio....1..145D. doi :10.1016/0960-9822(91)90214-h. PMID 15336149. S2CID 35790897.
^ シャープPA (1991). " 「5つの簡単なピース。（細胞プロセスにおけるRNA触媒の役割）」。サイエンス。254 （5032）：663–664。doi ：10.1126 / science.1948046。PMID 1948046。S2CID 508870。
^ Irimia M、Roy SW (2014)。「スプライソソームイントロンの起源と選択的スプライシング」。Cold Spring Harbor Perspectives in Biology。6 ( 6 ): a016071。doi : 10.1101/cshperspect.a016071。PMC 4031966。PMID 24890509。
^ Rodríguez - Trelles F、Tarrio R、Ayala FJ (2006)。「スプライソソームイントロンの起源と進化」。Annual Review of Genetics。40 :47–76。doi : 10.1146 /annurev.genet.40.110405.090625。PMID 17094737 。
^ Mourier T、Jeffares DC (2003 年 5 月)。「真核生物のイントロン損失」。Science . 300 ( 5624): 1393. doi :10.1126/science.1080559. PMID 12775832. S2CID 7235937。
^ Roy SW、Gilbert W (2006 年 3 月)。「スプライソソームイントロンの進化: パターン、パズル、進歩」。Nature Reviews 。遺伝学。7 (3): 211–221。doi : 10.1038/nrg1807。PMID 16485020。S2CID 33672491 。
^ de Souza SJ (2003 年 7 月). 「イントロン進化の総合理論の出現」. Genetica . 118 (2–3): 117–121. doi :10.1023/A:1024193323397. PMID 12868602. S2CID 7539892.
^ Lynch M (2002年4月). 「集団遺伝学的プロセスとしてのイントロンの進化」.米国科学アカデミー紀要. 99 (9): 6118–6123. Bibcode :2002PNAS...99.6118L. doi : 10.1073/pnas.092595699 . PMC 122912. PMID 11983904 .
^ Jeffares DC、Mourier T、 Penny D (2006 年 1 月)。「イントロンの増加と減少の生物学」。Trends in Genetics 22 ( 1): 16–22。doi :10.1016/j.tig.2005.10.006。PMID 16290250 。
^ Jeffares DC、 Penkett CJ、Bähler J (2008 年 8 月)。「急速に調節される遺伝子はイントロンが少ない」。Trends in Genetics 24 ( 8): 375–378。doi :10.1016/j.tig.2008.05.006。PMID 18586348 。
^ Castillo-Davis CI、Mekhedov SL、Hartl DL、Koonin EV、Kondrashov FA（2002年8月）。「高発現遺伝子における短いイントロンの選択」。Nature Genetics。31 （ 4 ）： 415–418。doi ： 10.1038/ng940。PMID 12134150。S2CID 9057609。
^ abc Bonnet A, Grosso AR, Elkaoutari A, Coleno E, Presle A, Sridhara SC, et al. (2017年8月). 「イントロンは真核生物ゲノムを転写関連の遺伝的不安定性から保護する」. Molecular Cell . 67 (4): 608–621.e6. doi : 10.1016/j.molcel.2017.07.002 . PMID 28757210.
^ Parenteau J、Maignon L、Berthoumieux M、Catala M、Gagnon V、Abou Elela S (2019年1月)。「イントロンは飢餓に対する細胞応答のメディエーターである」。Nature . 565 ( 7741): 612–617。Bibcode :2019Natur.565..612P. doi : 10.1038 /s41586-018-0859-7。PMID 30651641。S2CID 58014466 。
^ Rogozin IB、Carmel L 、Csuros M 、 Koonin EV（2012年4月）。「スプライソソームイントロンの起源と進化」。Biology Direct。7：11。doi：10.1186 / 1745-6150-7-11。PMC 3488318。PMID 22507701。
^ Derr LK、Strathern JN (1993 年1 月)。「遺伝子変換における逆転写の役割」。Nature . 361 ( 6408): 170–173。Bibcode :1993Natur.361..170D。doi : 10.1038/361170a0。PMID 8380627。S2CID 4364102 。
^ abcd Yenerall P、 Zhou L（2012年9月）。「イントロン増加のメカニズムの特定：進歩と傾向」。Biology Direct。7：29。doi：10.1186 / 1745-6150-7-29。PMC 3443670。PMID 22963364。
^ ab Gozashti L, Roy S, Thornlow B, Kramer A, Ares M, Corbett-Detig R (2022年11月). 「転移因子が多様な真核生物におけるイントロン増加を促進する」. PNAS . 119 ( 48): 48. Bibcode :2022PNAS..11909766G. doi : 10.1073/pnas.2209766119 . PMC 9860276. PMID 36417430.
^ Chalamcharla VR、Curcio MJ、Belfort M (2010年4 月)。「グループ II イントロンの核内発現はスプライソソームイントロンの祖先と一致する」。遺伝子と発達。24 (8): 827–836。doi :10.1101/gad.1905010。PMC 2854396。PMID 20351053。
^ Cech TR (1986年1月). 「自己スプライシングRNAの一般性：核mRNAスプライシングとの関係」. Cell . 44 (2): 207–210. doi :10.1016/0092-8674(86)90751-8. PMID 2417724. S2CID 11652546.
^ Dickson L、Huang HR、Liu L、Matsuura M、Lambowitz AM、Perlman PS (2001 年 11 月)。「酵母グループ II イントロンのレトロ転位は、異所性 DNA サイトへの逆スプライシングによって直接起こる」。米国科学アカデミー紀要。98 (23): 13207–13212。Bibcode : 2001PNAS ...9813207D。doi : 10.1073 / pnas.231494498。PMC 60849。PMID 11687644。
^ Hellsten U 、Aspden JL、Rio DC、Rokhsar DS (2011 年 8 月)。「分節ゲノム重複により機能的イントロンが生成される」。Nature Communications。2 : 454。Bibcode : 2011NatCo ... 2..454H。doi : 10.1038/ncomms1461。PMC 3265369。PMID 21878908。

外部リンク

NCBI によって定義されたエクソン/イントロン配列の検索エンジン
ブルース・アルバーツ、アレクサンダー・ジョンソン、ジュリアン・ルイス、マーティン・ラフ、キース・ロバーツ、ピーター・ウォルター『Molecular Biology of the Cell』、2007年、ISBN 978-0-8153-4105-5。第4版はNCBI Bookshelfからオンラインで入手可能です: リンク
Jeremy M Berg、John L Tymoczko、Lubert Stryer、Biochemistry 5th edition、2002、WH Freeman。NCBI Bookshelf からオンラインで入手可能: リンク
植物ゲノム配列のイントロン検索ツール
エクソンイントロングラフィックメーカー

[Gilbert1978-1] 「シストロン（すなわち遺伝子）という概念は、成熟したメッセンジャーから失われる領域（私はこれをイントロン（遺伝子内領域）と呼ぶことを提案する）と、発現される領域（エクソン）が交互に含まれる転写単位という概念に置き換えられなければならない。」（ギルバート 1978 年）ギルバート W （1978 年 2 月）。「なぜ遺伝子は断片化されているのか？」。ネイチャー。271 （ 5645）：501。Bibcode ： 1978Natur.271..501G。doi ： 10.1038 / 271501a0。PMID 622185。S2CID 4216649 。

[2] ^ Kinniburgh AJ、Mertz JE、Ross J (1978年7月)。「マウスβグロビンメッセンジャーRNAの前駆体には2つの介在RNA配列が含まれている」。Cell . 14 (3): 681–693. doi :10.1016/0092-8674(78)90251-9. PMID 688388. S2CID 21897383.

[Lewin1987-3] Lewin B (1987). Genes (第3版). ニューヨーク: Wiley. pp. 159–179, 386. ISBN 0-471-83278-2. OCLC 14069165.

[4] Chow LT、Gelinas RE、Broker TR、Roberts RJ (1977 年 9 月)。「アデノウイルス 2 メッセンジャー RNA の 5' 末端における驚くべき配列配置」。Cell . 12 (1): 1–8. doi :10.1016/0092-8674(77)90180-5. PMID 902310. S2CID 2099968.

[5] Berget SM、Moore C、Sharp PA (1977年8月)。「アデノウイルス2後期mRNAの5'末端のスプライスセグメント」。米国科学アカデミー紀要。74 (8):3171–3175。Bibcode : 1977PNAS ...74.3171B。doi : 10.1073 / pnas.74.8.3171。PMC 431482。PMID 269380。

[6] Belfort M、 Pedersen-Lane J、 West D、 Ehrenman K、 Maley G、 Chu F、 Maley F (1985 年 6 月)。「ファージ T4 のイントロン含有チミジル酸合成酵素 (td) 遺伝子の処理は RNA レベルで行われる」。Cell . 41 (2): 375–382. doi :10.1016/s0092-8674(85)80010-6. PMID 3986907. S2CID 27127017.

[NobelPR1993-7] 「1993年ノーベル生理学・医学賞」。

[8] Abir-Am, Pnina Geraldine (2020年9月). 「RNAスプライシングを発見した女性たち」. American Scientist . 108 (5): 298–305 . 2024年1月12日閲覧。

[9] フリント、アンソニー（1993年11月8日）。「ノーベル医学賞が恨みと羨望を呼ぶ」アイダホ・ステイツマン。2024年1月12日閲覧 – Newspapers.com経由。

[10] Tonegawa S, Maxam AM, Tizard R, Bernard O, Gilbert W (1978年3月). 「免疫グロブリン軽鎖の可変領域におけるマウス生殖系列遺伝子の配列」.米国科学アカデミー紀要. 75 (3): 1485–1489. Bibcode :1978PNAS...75.1485T. doi : 10.1073/pnas.75.3.1485 . PMC 411497. PMID 418414 .

[11] Tilghman SM、Tiemeier DC、Seidman JG、Peterlin BM、Sullivan M、Maizel JV、Leder P (1978 年 2 月)。「マウス β グロビン遺伝子の構造部分で特定された DNA の介在配列」。米国科学アカデミー紀要。75 ( 2 ): 725–729。Bibcode : 1978PNAS ...75..725T。doi : 10.1073 / pnas.75.2.725。PMC 411329。PMID 273235。

[12] Stajich JE、Dietrich FS、Roy SW (2007)。「真菌ゲノムの比較ゲノム解析によりイントロンに富む祖先が明らかに」。ゲノム生物学。8 (10): R223。doi : 10.1186 / gb -2007-8-10- r223。PMC 2246297。PMID 17949488。

[13] Taanman JW (1999年2月). 「ミトコンドリアゲノム：構造、転写、翻訳、複製」. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics . 1410 (2): 103–123. doi :10.1016/s0005-2728(98)00161-3. PMID 10076021. S2CID 19229072.

[tollervey2000-14] Tollervey D, Caceres JF (2000年11月). 「RNA処理は進む」. Cell . 103 (5): 703–709. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00174-4 . PMID 11114327.

[reugels2000-15] Reugels AM、Kurek R、Lammermann U、Bünemann H (2000 年 2 月)。「ヘテロクロマチン Y 染色体上のダイニン遺伝子 DhDhc7(Y) のメガイントロンが、ショウジョウバエの一次精母細胞に巨大な糸ループを生じさせる」。遺伝学。154 ( 2 ): 759–769。doi :10.1093/ genetics /154.2.759。PMC 1460963。PMID 10655227。

[piovesan2015-16] Piovesan A、Caracausi M、Ricci M、Strippoli P、Vitale L、Pelleri MC (2015 年 12 月)。「NCBI 遺伝子データバンクを解析するためのユーザーフレンドリーなツールである GeneBase による最小真核生物イントロンの識別」。DNA 研究。22 ( 6 ) : 495–503。doi :10.1093/dnares/dsv028。PMC 4675715。PMID 26581719。

[slabodnick2017-17] Slabodnick MM、Ruby JG、Reiff SB、Swart EC、Gosai S、Prabakaran S、他 (2017 年 2 月)。「青虫の大核ゲノムは巨大細胞内の小さなイントロンを明らかにする」。Current Biology . 27 (4): 569–575. Bibcode :2017CBio...27..569S. doi :10.1016/j.cub.2016.12.057. PMC 5659724 . PMID 28190732.

[18] ^ Copertino DW 、Hallick RB (1993 年 12 月)。「ツイントロンのグループ II およびグループ III イントロン: 核プレ mRNA イントロンとの潜在的な関係」。生化学科学の動向。18 (12): 467–471。doi :10.1016/0968-0004(93)90008-b。PMID 8108859 。

[19] Padgett RA、Grabowski PJ、Konarska MM、Seiler S、Sharp PA (1986)。「メッセンジャーRNA前駆体のスプライシング」。Annual Review of Biochemistry。55 :1119–1150。doi : 10.1146 /annurev.bi.55.070186.005351。PMID 2943217 。

[20] Guthrie C, Patterson B (1988). 「スプライソソーム snRNA」. Annual Review of Genetics . 22 : 387–419. doi :10.1146/annurev.ge.22.120188.002131. PMID 2977088.

[21] Greer CL、Peebles CL、Gegenheimer P、Abelson J (1983 年 2 月)。「tRNA スプライシングにおける酵母 RNA リガーゼの作用メカニズム」。Cell . 32 (2): 537–546. doi :10.1016/0092-8674 ( 83)90473-7. PMID 6297798. S2CID 44978152.

[22] Reinhold -Hurek B、 Shub DA ( 1992 年 5 月)。「広範囲に異なる細菌の tRNA 遺伝子における自己スプライシングイントロン」。Nature。357 ( 6374): 173–176。Bibcode :1992Natur.357..173R。doi : 10.1038/357173a0。PMID 1579169。S2CID 4370160。

[23] Cech TR (1990). 「グループ I イントロンの自己スプライシング」. Annual Review of Biochemistry . 59 : 543–568. doi :10.1146/annurev.bi.59.070190.002551. PMID 2197983.

[24] Michel F, Ferat JL (1995). 「グループ II イントロンの構造と活性」. Annual Review of Biochemistry . 64 : 435–461. doi :10.1146/annurev.bi.64.070195.002251. PMID 7574489.

[25] Wan R、Bai R、Zhan X、Shi Y (2020)。「前駆体メッセンジャーRNAはスプライソソームによってどのようにスプライシングされるのか？」。Annual Review of Biochemistry。89：333–358。doi ：10.1146 / annurev -biochem-013118-111024。PMID 31815536 。S2CID 209167227。

[26] ^ Wilkinson ME、Charenton C、 Nagai K (2020)。「スプライソソームによるRNAスプライシング」。Annual Review of Biochemistry。89 : 359–388。doi : 10.1146 /annurev-biochem-091719-064225。PMID 31794245。S2CID 208626110。

[27] Sales-Lee J、Perry DS、Bowser BA、Diedrich JK、Rao B、Beusch I、Yates III JR、Roy SW、Madhani HD (2021)。「スプライソソームの複雑さとイントロンの多様性の結合」。Current Biology。31 ( 22 ) : 4898–4910 e4894。Bibcode : 2021CBio...31E4898S。doi :10.1016/ j.cub.2021.09.004。PMC 8967684。PMID 34555349。S2CID 237603074。

[28] Hsu SN、Hertel KJ (2009)。「スプライソソームは境界線を歩く：スプライシングエラーと細胞機能への影響」。RNA Biology . 6 (5): 526–530. doi :10.4161/rna.6.5.9860. PMC 3912188 . PMID 19829058. S2CID 22592978.

[29] ^ Melamud E、 Moult J (2009)。「スプライシング機構における確率的ノイズ」。核酸研究。gkp471 (14): 4873–4886。doi :10.1093 / nar /gkp471。PMC 2724286。PMID 19546110。

[Fox-30] Fox-Walsh KL、Hertel KJ (2009)。「スプライス部位のペアリングは本質的に高い忠実度のプロセスである」。米国科学アカデミー紀要。106 (6): 1766–1771。Bibcode : 2009PNAS..106.1766F。doi : 10.1073 / pnas.0813128106。PMC 2644112。PMID 19179398。

[31] ^ Stepankiw N、Raghavan M、Fogarty EA、Grimson A 、 Pleiss JA (2015)。「ラリアットシーケンシングで明らかになった広範囲の選択的および異常なスプライシング」。核酸研究。43 ( 17 ): 8488–8501。doi :10.1093/nar/gkv763。PMC 4787815。PMID 26261211。

[Pickrell-32] Pickrell JK、Pai AA、Gilad Y、Pritchard JK (2010)。「ノイジースプライシングがヒト細胞におけるmRNAアイソフォームの多様性を促進する」。PLOS Genet . 6 (12): e1001236. doi : 10.1371/journal.pgen.1001236 . PMC 3000347 . PMID 21151575。

[Skandalis-33] Skandalis, A. (2016). 「脊椎動物における最小mRNAスプライシングエラー率の推定」。突然変異研究/突然変異誘発の基礎および分子メカニズム。784–785: 34–38。doi :10.1016/ j.mrfmmm.2016.01.002。PMID 26811995 。

[34] Zhang Z, Xin D, Wang P, Zhou L, Hu L, Kong X, Hurst LD (2009). 「発現調節よりもノイズの多いスプライシングが、なぜ一部のエクソンがナンセンス変異を介したmRNA崩壊の影響を受けるのかを説明する」BMC Biology . 7:23 . doi : 10.1186/1741-7007-7-23 . PMC 2697156. PMID 19442261 .

[35] Bitton DA、Atkinson SR、Rallis C、Smith GC、Ellis DA、Chen YY、Malecki M、Codlin S、Lemay JF、Cotobal C (2015)。「広範囲にわたるエクソンスキッピングが分裂酵母の核RNA監視による分解を引き起こす」。ゲノム研究。25 ( 6 ): 884–896。doi :10.1101/ gr.185371.114。PMC 4448684。PMID 25883323。

[36] ^ Saudemont B、Popa A、Parmley JL、Rocher V、Blugeon C、Necsulea A、Meyer E、Duret L (2017)。「誤ったスプライシングの適応コストは、選択的スプライシングパターンの主な決定要因である」。ゲノム生物学。18 ( 1): 208。doi : 10.1186/ s13059-017-1344-6。PMC 5663052。PMID 29084568。

[37] ^ Scotti MM 、 Swanson MS (2016) 。「疾患におけるRNAのミススプライシング」。Nature Reviews Genetics。17 (1): 19–32。doi :10.1038/nrg.2015.3。PMC 5993438。PMID 26593421。

[Shirley-38] Shirley B、Mucaki E、 Rogan P (2019)。「検証済みの自然および潜在的mRNAスプライシング変異の汎がんリポジトリ」。F1000Research。7 : 1908。doi : 10.12688 / f1000research.17204.3。PMC 6544075。PMID 31275557。S2CID 202702147 。

[39] ^ Mucaki EJ、Shirley BC 、Rogan PK (2020)。「発現の変化により、対立遺伝子特異的な選択的mRNAスプライシングにつながると予測されるゲノム変異が確認される」。Frontiers in Genetics。11 : 109。doi : 10.3389 / fgene.2020.00109。PMC 7066660。PMID 32211018。

[40] ^ Rogaev EI、Grigorenko AP、Faskhutdinova G、Kittler EL、 Moliaka YK (2009)。「遺伝子型分析により「王室病」の原因が特定」。Science。326 ( 5954 ) : 817。Bibcode : 2009Sci ...326..817R。doi : 10.1126 /science.11 80660。PMID 19815722。S2CID 206522975。

[41] Lynch M (2010). 「ヒト突然変異の速度、分子スペクトル、および結果」。米国科学アカデミー紀要。107 (3): 961–968。Bibcode :2010PNAS..107..961L。doi : 10.1073 / pnas.0912629107。PMC 2824313。PMID 20080596。

[42] Mudge JM 、 Harrow J (2016)。「高等真核生物遺伝子アノテーションの現状」。Nature Reviews Genetics。17 ( 12): 758–772。doi :10.1038/ nrg.2016.119。PMC 5876476。PMID 27773922。

[43] Bhuiyan SA, Ly S, Phan M, Huntington B, Hogan E, Liu CC, Liu J, Pavlidis P (2018). 「選択的スプライシングの文献報告におけるアイソフォーム機能の体系的評価」BMC Genomics . 19 (1): 637. doi : 10.1186/s12864-018-5013-2 . PMC 6114036 . PMID 30153812.

[44] Rearick D、Prakash A、McSweeny A、Shepard SS、Fedorova L、Fedorov A (2011 年 3 月)。「ncRNA とイントロンの重要な関連性」。核酸研究。39 ( 6 ) : 2357–2366。doi :10.1093/nar/gkq1080。PMC 3064772。PMID 21071396。

[45] ^ Bicknell AA、Cenik C、 Chua HN、Roth FP 、 Moore MJ (2012 年 12 月)。「UTR 内のイントロン: 無視をやめるべき理由」。BioEssays。34 ( 12 ) : 1025–1034。doi : 10.1002 /bies.201200073。PMID 23108796。S2CID 5808466 。

[Cenik2011-46] Cenik C, Chua HN, Zhang H, Tarnawsky SP, Akef A, Derti A, et al. (2011年4月). Snyder M (編). 「ゲノム解析により、分泌遺伝子およびミトコンドリア遺伝子の5'UTRイントロンと核mRNA輸出の相互作用が明らかに」. PLOS Genetics . 7 (4): e1001366. doi : 10.1371/journal.pgen.1001366 . PMC 3077370. PMID 21533221 .

[47] ^ Penny D、 Hoeppner MP、Poole AM、Jeffares DC (2009 年 11 月)。「イントロン優先理論の概要」。Journal of Molecular Evolution 69 ( 5): 527–540。Bibcode :2009JMolE..69..527P。doi : 10.1007 /s00239-009-9279-5。PMID 19777149。S2CID 22386774 。

[48] Cavalier-Smith T (1991). 「イントロン系統発生：新たな仮説」. Trends in Genetics . 7 (5): 145–148. doi :10.1016/0168-9525(91)90377-3. PMID 2068786.

[49] Doolittle WF (1991). 「イントロンの起源」Current Biology . 1 (3): 145–146. Bibcode :1991CBio....1..145D. doi :10.1016/0960-9822(91)90214-h. PMID 15336149. S2CID 35790897.

[50] シャープPA (1991). " 「5つの簡単なピース。（細胞プロセスにおけるRNA触媒の役割）」。サイエンス。254 （5032）：663–664。doi ：10.1126 / science.1948046。PMID 1948046。S2CID 508870。

[51] Irimia M、Roy SW (2014)。「スプライソソームイントロンの起源と選択的スプライシング」。Cold Spring Harbor Perspectives in Biology。6 ( 6 ): a016071。doi : 10.1101/cshperspect.a016071。PMC 4031966。PMID 24890509。

[52] ^ Rodríguez - Trelles F、Tarrio R、Ayala FJ (2006)。「スプライソソームイントロンの起源と進化」。Annual Review of Genetics。40 :47–76。doi : 10.1146 /annurev.genet.40.110405.090625。PMID 17094737 。

[53] Mourier T、Jeffares DC (2003 年 5 月)。「真核生物のイントロン損失」。Science . 300 ( 5624): 1393. doi :10.1126/science.1080559. PMID 12775832. S2CID 7235937。

[54] ^ Roy SW、Gilbert W (2006 年 3 月)。「スプライソソームイントロンの進化: パターン、パズル、進歩」。Nature Reviews 。遺伝学。7 (3): 211–221。doi : 10.1038/nrg1807。PMID 16485020。S2CID 33672491 。

[55] Souza SJ (2003 年 7 月). 「イントロン進化の総合理論の出現」. Genetica . 118 (2–3): 117–121. doi :10.1023/A:1024193323397. PMID 12868602. S2CID 7539892.

[56] Lynch M (2002年4月). 「集団遺伝学的プロセスとしてのイントロンの進化」.米国科学アカデミー紀要. 99 (9): 6118–6123. Bibcode :2002PNAS...99.6118L. doi : 10.1073/pnas.092595699 . PMC 122912. PMID 11983904 .

[57] ^ Jeffares DC、Mourier T、 Penny D (2006 年 1 月)。「イントロンの増加と減少の生物学」。Trends in Genetics 22 ( 1): 16–22。doi :10.1016/j.tig.2005.10.006。PMID 16290250 。

[58] ^ Jeffares DC、 Penkett CJ、Bähler J (2008 年 8 月)。「急速に調節される遺伝子はイントロンが少ない」。Trends in Genetics 24 ( 8): 375–378。doi :10.1016/j.tig.2008.05.006。PMID 18586348 。

[59] Castillo-Davis CI、Mekhedov SL、Hartl DL、Koonin EV、Kondrashov FA（2002年8月）。「高発現遺伝子における短いイントロンの選択」。Nature Genetics。31 （ 4 ）： 415–418。doi ： 10.1038/ng940。PMID 12134150。S2CID 9057609。

[pmid28757210-60] Bonnet A, Grosso AR, Elkaoutari A, Coleno E, Presle A, Sridhara SC, et al. (2017年8月). 「イントロンは真核生物ゲノムを転写関連の遺伝的不安定性から保護する」. Molecular Cell . 67 (4): 608–621.e6. doi : 10.1016/j.molcel.2017.07.002 . PMID 28757210.

[61] ^ Parenteau J、Maignon L、Berthoumieux M、Catala M、Gagnon V、Abou Elela S (2019年1月)。「イントロンは飢餓に対する細胞応答のメディエーターである」。Nature . 565 ( 7741): 612–617。Bibcode :2019Natur.565..612P. doi : 10.1038 /s41586-018-0859-7。PMID 30651641。S2CID 58014466 。

[62] Rogozin IB、Carmel L 、Csuros M 、 Koonin EV（2012年4月）。「スプライソソームイントロンの起源と進化」。Biology Direct。7：11。doi：10.1186 / 1745-6150-7-11。PMC 3488318。PMID 22507701。

[63] ^ Derr LK、Strathern JN (1993 年1 月)。「遺伝子変換における逆転写の役割」。Nature . 361 ( 6408): 170–173。Bibcode :1993Natur.361..170D。doi : 10.1038/361170a0。PMID 8380627。S2CID 4364102 。

[Yenerall2012-64] Yenerall P、 Zhou L（2012年9月）。「イントロン増加のメカニズムの特定：進歩と傾向」。Biology Direct。7：29。doi：10.1186 / 1745-6150-7-29。PMC 3443670。PMID 22963364。

[Gozashtietal2022-65] Gozashti L, Roy S, Thornlow B, Kramer A, Ares M, Corbett-Detig R (2022年11月). 「転移因子が多様な真核生物におけるイントロン増加を促進する」. PNAS . 119 ( 48): 48. Bibcode :2022PNAS..11909766G. doi : 10.1073/pnas.2209766119 . PMC 9860276. PMID 36417430.

[66] Chalamcharla VR、Curcio MJ、Belfort M (2010年4 月)。「グループ II イントロンの核内発現はスプライソソームイントロンの祖先と一致する」。遺伝子と発達。24 (8): 827–836。doi :10.1101/gad.1905010。PMC 2854396。PMID 20351053。

[67] Cech TR (1986年1月). 「自己スプライシングRNAの一般性：核mRNAスプライシングとの関係」. Cell . 44 (2): 207–210. doi :10.1016/0092-8674(86)90751-8. PMID 2417724. S2CID 11652546.

[68] Dickson L、Huang HR、Liu L、Matsuura M、Lambowitz AM、Perlman PS (2001 年 11 月)。「酵母グループ II イントロンのレトロ転位は、異所性 DNA サイトへの逆スプライシングによって直接起こる」。米国科学アカデミー紀要。98 (23): 13207–13212。Bibcode : 2001PNAS ...9813207D。doi : 10.1073 / pnas.231494498。PMC 60849。PMID 11687644。

[69] ^ Hellsten U 、Aspden JL、Rio DC、Rokhsar DS (2011 年 8 月)。「分節ゲノム重複により機能的イントロンが生成される」。Nature Communications。2 : 454。Bibcode : 2011NatCo ... 2..454H。doi : 10.1038/ncomms1461。PMC 3265369。PMID 21878908。