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第二次スーダン内戦は、1983年から2005年にかけてスーダン中央政府とスーダン人民解放軍の間で繰り広げられた紛争である。これは、1955年から1972年にかけての第一次スーダン内戦の延長線上にあるものであった。内戦は南スーダンで始まったが、ヌバ山地や青ナイル川流域にも拡大した。約22年間続いたこの内戦は、記録に残る最長の内戦の一つである。この戦争の結果、南スーダンは終戦から6年後に独立を果たした。
紛争によって引き起こされた戦争、飢饉、病気の結果、およそ200万人が死亡した。南スーダンでは400万人が少なくとも一度は避難を余儀なくされ、通常は戦争中に繰り返し避難した。民間人の死者数は第二次世界大戦以降の戦争の中で最も多い部類に入り[ 27 ] 、奴隷制や大量虐殺を含む数多くの人権侵害が特徴的だった。
スーダンの戦争は、中央政府が周辺地域の住民を拡大・支配し、疎外されているという非難を招いている戦いとして特徴づけられることが多い。ナイル川沿いに拠点を置く王国や大国は、何世紀にもわたってスーダン内陸部の住民と戦ってきた。少なくとも18世紀以降、中央政府はスーダンの未開発の南部および内陸部を規制し、搾取しようと試みてきた。[ 28 ]
一部の情報源は、この紛争を民族宗教的な紛争と表現しており、1983年にアラブ系イスラム教徒の中央政府が非イスラム教徒の南部住民にシャリア法を押し付けようとしたことが暴力につながり、最終的に内戦に発展したとしている。[ 29 ] [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ]歴史家のダグラス・ジョンソンは、搾取的な統治が根本原因であると指摘している。[ 33 ]
イギリスがスーダンを植民地として統治していたとき、北部と南部の州は別々に管理されていた。南部は他の東アフリカの植民地であるケニア、タンガニーカ、ウガンダに似ていると考えられていた一方、北部スーダンはアラビア語を話すエジプトに似ていると考えられていた。北部のアラブ人はアフリカの伝統を持つ南部で権力の座に就くことを禁じられ、両地域間の貿易は奨励されなかった。しかし、1946年、イギリスは北部の圧力に屈し、両地域を統合した。アラビア語が南部の行政言語となり、北部の人々がそこで役職に就くようになった。英語で訓練を受けた南部のエリートは、自分たちが政府から排除されたため、この変化に憤慨した。[ 34 ]脱植民地化後、権力の大部分はハルツームに拠点を置く北部のエリートに与えられ、南部で不安を引き起こした。イギリスはスーダンの独立を認める方向へ進んだが、1950年代の移行期間中の交渉に南スーダンの指導者を招かなかった。 1953年の植民地後の政府では、スーダン化委員会の800の上級管理職のうち、南部出身者はわずか6人だった。[ 33 ]
第二次戦争は、部分的には天然資源をめぐるものでした。北部と南部の間には大きな油田があり、したがって大きな外国の利権が存在します[ 35 ]（石油収入はナイジェリアと同様に西側諸国の利権に私有化されています）。北部の人々は、農業開発に適さないサハラ砂漠の端に住んでいるため、これらの資源を支配したいと考えていました。石油収入はスーダンの輸出収入の約70％を占めています。スーダン南部はナイル川の支流が多く、降水量も多いため、水へのアクセスが良く、より肥沃な土地があります。
南部では部族間の抗争による死者も多数出ている。紛争の大部分はヌエル族とディンカ族の間で起きているが、他の民族グループも関与している。これらの部族間の紛争は、南スーダン独立後も続いている。
第一次内戦は1972年にアディスアベバ合意によって終結した。この合意の一部は南部に宗教的および文化的自治権を与えた。 [ 36 ]それにもかかわらず、1974年、1975年、1976年2月に旧アニャニャによる反乱が何度か発生し、1975年3月のアコボでの反乱では200人が死亡、150人の兵士が処刑され、さらに48人が最長15年の懲役刑を宣告された。[ 37 ]
アディスアベバ合意の協定はスーダン憲法に組み込まれていたが、その協定違反が第二次内戦につながった。[ 38 ]
最初の違反は、ガアファル・ニメイリ大統領が南北国境にまたがる油田を支配しようとした際に発生した。1978年にベンティウ、 1979年にコルドファン南部と青ナイル上流、 1980年にユニティ油田、1981年にアダール油田、そして1982年にヘグリグで石油が発見された。油田へのアクセスは、それを支配する者に多大な経済的利益をもたらした。[ 38 ]
北部のイスラム原理主義者たちは、非イスラム教徒が多数を占める南スーダン自治地域に相対的な自治権を与えたアディスアベバ合意に不満を抱いていた。原理主義者たちは勢力を拡大し続け、1983年にニメイリ大統領はスーダン全土をイスラム国家と宣言し、南スーダン自治地域を廃止して第二次スーダン内戦を開始した。[ 39 ]
1983年5月、スーダン軍第1師団第105大隊がボルとピボルの町で反乱を起こした。[ 40 ]政府軍は反乱鎮圧のために出動したが、反乱軍に撃退された。[ 41 ]
スーダン人民解放軍（SPLA）は、中央政府と戦って自治的な南スーダンを再建するために、 1983年に反乱グループとして設立された。南スーダンに拠点を置いていたが、抑圧されたすべてのスーダン国民のための運動であると自認し、ジョン・ガランが率いていた。当初、SPLAは統一スーダンを求めて運動し、中央政府の政策が国家の「分裂」につながっていると批判した。[ 38 ]
1985年9月、スーダン政府は非常事態宣言の解除と非常事態裁判所の解体を発表したが、間もなく新たな司法法を公布し、非常事態裁判所の慣行の多くを引き継いだ。ニメイリ首相は非イスラム教徒の権利を尊重すると公言したが、南部の人々やその他の非イスラム教徒は依然として強い疑念を抱いていた。
1985年4月6日、アブデル・ラフマン・スワル・アル・ダハブ将軍率いる軍高官らがクーデターを起こした。新政府の最初の行動の一つは、1983年憲法の停止、スーダンがイスラム国家となる意向を宣言した法令の撤回、そしてニメイリのスーダン社会主義連合の解散であった。しかし、イスラム法（シャリーア）を制定する「9月法」は停止されなかった。
1985年、アル・ダハブを議長とする15名の暫定軍事評議会が任命された。同評議会は、「集会」として知られる政党、労働組合、専門家団体の非公式会議と協議の上、アル・ジャズーリ・ダファッラー博士を首相とする暫定文民内閣を任命した。 1986年4月に選挙が行われ、暫定軍事評議会は約束通り文民政府に権力を移譲した。新政府はウンマ党のサディク・アル・マフディ首相が率いた。同政府は、ウンマ党、民主統一党（DUP）（旧国民統一党）、ハッサン・アル・トゥラビ率いる国民イスラム戦線（NIF）、および南部地域の複数の政党による連立政権であった。この連立政権はその後数年間で何度か解散と再編成を繰り返したが、サディク・アル・マフディ首相と彼のウンマ党は常に中心的な役割を担った。
1986年5月、サディク・アル・マフディ政権連合は、ジョン・ガラン大佐率いるスーダン人民解放軍（SPLA）との和平交渉を開始した。同年、SPLAとスーダンの複数の政党がエチオピアで会合を開き、イスラム法（シャリーア）の廃止と憲法会議の開催を求める「コカ・ダム宣言」に合意した。1988年、SPLAと民主統一党（DUP）は、エジプトとリビアとの軍事協定の破棄、シャリーアの凍結、非常事態宣言の解除、停戦を求める和平案に合意した。しかし、この期間中、第二次内戦は激化し、国家経済は悪化の一途を辿った。1988年に生活必需品の価格が引き上げられると暴動が発生し、値上げは撤回された。1988年11月、サディク・アル・マフディ首相がDUPとSPLAが合意した和平案の承認を拒否したため、DUPは政権を離脱した。新政権は、主にウンマ党とイスラム原理主義政党であるNIFによって構成されていた。1989年2月、軍はサディク・アル＝マフディ首相に対し、和平に向けて行動するか、さもなくば解任されるかの二者択一を迫った。首相はDUPとの新政権樹立を選択し、SPLAとDUPの和平案を承認した。憲法制定会議は、暫定的に1989年9月に開催される予定だった。
しかし、1989年6月30日、オマル・ハッサン・アル＝バシール大佐率いる軍将校らは、NIFの扇動と支援があったとされ、[ 42 ]サディク・アル＝マフディ政権を、文民内閣の支援を受けた15人の軍将校（1991年に12人に削減）からなる軍事政権である国家救済革命評議会（RCC）に置き換えた。こうしてアル＝バシール将軍は、大統領、国家元首、首相、軍最高司令官となった。
革命憲法裁判所は、労働組合、政党、その他の「非宗教的」組織を禁止した。政府再編のため、軍、警察、行政機関の職員約7万8000人が粛清された。
1991年3月、新たな刑法である1991年刑法が制定され、切断刑や石打ち刑を含む厳しい刑罰が全国的に導入された。南部諸州は公式にはこれらのイスラム教の禁止事項や刑罰から免除されていたが、1991年法は将来的に南部でイスラム法（シャリーア）が適用される可能性を規定していた。1993年、政府は南部の非イスラム教徒の裁判官のほとんどを北部に異動させ、南部ではイスラム教徒の裁判官と交代させた。[ 43 ]シャリーア法を執行するための公安警察の導入により、南部出身者や北部に住む他の非イスラム教徒が逮捕され、シャリーア刑罰の下で扱われることになった。
スーダン人民解放軍（SPLA）は、エクアトリア州、バハル・アル・ガザル州、上ナイル州の広範囲を支配し、ダルフール州、コルドファン州、青ナイル州の南部でも活動していた。政府は、ジュバ、ワウ、マラカルなど、南部の主要都市のいくつかを支配していた。5月に非公式に合意された停戦は、1989年10月に崩壊した。
1992年7月、政府軍の攻勢により南スーダンの多くの地域が占領され、トリトにあるSPLA本部が制圧された。[ 44 ]
政府の正規軍と人民防衛軍（PDF）の両方が、南部とヌバ山地の村々を攻撃し、襲撃するために使用された。[ 45 ] [ 46 ]スーダン政府は、戦争を戦い、正規軍を維持するために、南スーダンと南北国境地帯で代理勢力を使用する長い歴史がある。これらの民兵は地元で募集され、中央政府と秘密裏につながりを持っていた。ハルツーム寄りのグループの多くは、意図的な「分断統治」戦略でNIFによって作られ、その後武装された。[ 47 ]
南スーダンでは反乱軍と政府軍の活動が広がり、無法状態が拡大した結果、多くのコミュニティが軍事化されました。民族間の暴力が蔓延し、あらゆる勢力がライバルの権力基盤や徴兵拠点を破壊するために民間人を標的にしました。自衛グループを結成できた人々は、多くの場合、家族や部族のつながりを基盤としていました。なぜなら、南部のほとんどの人々が頼れるのは、家族や部族のつながりだけだったからです。こうして、ヌエル白軍やディンカ・ティトウェン（「牛の番人」）民兵のようなグループが誕生しました。[ 16 ]当初は民間コミュニティを守ることを目的としていましたが、しばしば他の民族の民間人を標的とする残忍なギャングと化しました。政府と反乱グループは、こうした緊張と自衛グループを利用し、敵を不安定化させるために利用しました。[ 48 ]
スーダン軍は、あらゆる市民の反体制派を容赦なく弾圧することで悪名高くなった。不忠や反乱軍への同情が疑われた人々は逮捕され、刑務所や兵舎に連行され、そこで拷問を受け、処刑された。悪名高い「ホワイトハウス」、つまりジュバのジャダ兵舎だけでも、数百人、おそらく数千人が殺害された。 [ 49 ]同時に、SPLAは、アニャニャII反乱軍[ 50 ]などの他の反乱派閥や、自らの陣営内の批判者を含め、あらゆる内外の反対勢力を可能な限り容赦なく弾圧した。ガランは独裁的な指導スタイルで悪名高くなり、数人のSPLA司令官の反抗を拷問し処刑するよう命じた。時が経つにつれ、SPLAのメンバーの間で彼の統治を警戒する者が増え、彼に対する陰謀を企てるようになった。[ 51 ]
1991年8月、反乱軍内部の不和により、ガラン指導部の反対派、特にリエック・マチャールとラム・アコルがガランに対するクーデターを試みた。クーデターは失敗に終わり、反乱派は分裂して独自のSPLA派閥[ 52 ]であるSPLA-ナシルを結成した。1991年11月15日、マチャールのSPLA-ナシルはヌエル白軍と共にボル虐殺を実行し、推定2000人のディンカ族の民間人を殺害した。1992年9月、ウィリアム・ニュオン・バニーが2番目の反乱派閥を結成し、1993年2月、ケルビノ・クアニン・ボルが3番目の反乱派閥を結成した。1993年4月5日、3つの反乱派閥はケニアのナイロビで記者会見を開き、SPLAユナイテッドと呼ばれるグループの連合を発表した。
1990年から1991年にかけて、スーダン政府は湾岸戦争でサダム・フセインを支援した。これにより、アメリカのスーダンに対する姿勢は変化した。ビル・クリントン政権はスーダンへのアメリカからの投資を禁止し、スーダンの侵攻を撃退するために近隣諸国に資金を提供した。アメリカはまた、スーダンを「孤立」させようと試み始め、スーダンをならず者国家と呼ぶようになった。
1993年以来、エリトリア、エチオピア、ウガンダ、ケニアの指導者たちは、政府間開発機構（IGAD）の主導の下、スーダン和平イニシアチブを推進してきたが、その成果はまちまちであった。こうした状況にもかかわらず、IGADイニシアチブは、公正かつ包括的な和平解決に必要な基本要素、すなわち宗教と国家の関係、権力分担、富の分担、そして南部の民族自決権を特定することを目的とした1994年の原則宣言（DOP）を公布した。スーダン政府は、スーダン人民解放軍（SPLA）との大規模な戦闘で敗北した後、1997年までDOPに署名しなかった。
1995年、北部の野党は南部の政党と合流し、国民民主同盟（NDA）と呼ばれる野党連合を結成した。この動きにより、内戦に北東部戦線が開かれ、南北間の紛争ではなくスーダン全土に及ぶ紛争となった。SDLA、DUP、ウンマ党がNDAを構成する主要グループであり、その他にもいくつかの小政党や北部の民族グループが参加した。[ 39 ]
1995年、エリトリア、エチオピア、ウガンダはスーダン人民解放軍（SPLA）への軍事支援を強化し、スーダンに実戦部隊を派遣するまでになった。エリトリアとエチオピアの軍事的関与は、1998年に両国が国境紛争に突入したことで弱まった。ウガンダの支援は、コンゴ民主共和国の紛争に注意を向けたことで弱まった。[ 53 ]
1997年までに、元ガラン中尉のリエック・マチャール率いる政府陣営の7つのグループがNIFとハルツーム和平協定に署名し、これにより、主に象徴的な南スーダン国防軍（SSDF）の傘が形成された。[ 47 ]さらに、政府は反乱派とヌバ山地協定とファショダ協定に署名した。これらには、政府と主要な反乱派との間の軍事衝突を終結させたハルツーム協定が含まれていた。これらの指導者の多くはその後ハルツームに移り、中央政府で周辺的な役割を担ったり、SPLAに対する軍事作戦で政府と協力したりした。これら3つの協定はIGAD協定の条件と類似しており、南部の一定の自治と民族自決権を求めていた。しかしながら、SPLAは1997年にサンダーボルト作戦の成功により大きな前進を遂げた。この作戦では、南スーダンの分離主義者が中央エクアトリアと西エクアトリアの大部分を政府から奪取した。[ 41 ] [ 2 ] [ 54 ] [ 55 ]
2000年7月、リビアとエジプトによるスーダンに関する共同イニシアチブは、暫定政府の樹立、権力分担、憲法改正、そして新たな選挙の実施を求めた。南部の批判者たちは、この共同イニシアチブが宗教と国家の関係という問題に触れておらず、民族自決権についても言及していないとして反対した。一部の批判者は、このイニシアチブはスーダンの統一よりも、北部の政党間の解決と、エジプトの安全保障上の利益を守ることを目的としていると見ていた。
南部反乱軍と政府間の和平交渉は、南部の一部地域で小競り合いが続いたものの、2003年から2004年初頭にかけて大幅に進展した。2005年1月9日、ナイロビで包括的和平協定が署名された。和平条約の条項は以下のとおりである。[ 56 ]
交渉において、中央部と東部の3つの州の地位が争点となった。
SPLAによると、戦争により南スーダンだけで約200万人が死亡した。[ 57 ]
2025年1月に合意20周年を迎えた際、ノルウェー、英国、ドイツ、カナダ、オランダ、米国の各国政府は共同声明を発表し、南スーダンの不安定な状況、度重なる選挙の延期、そして現在も続く人道危機を指摘し、CPAの約束した永続的な平和は「果たされていない」と述べた。[ 58 ]
第二次スーダン内戦は経済活動の多くの分野を破壊した。最も大きな被害を受けたのは農業部門だった。紛争により多くの農民が暴力から逃れ、農地を放棄せざるを得なくなった。国連が資金提供した一部の農業プロジェクトは、耕作方法の改善を目的としていたが、破壊されたり、人々が働かなくなったりしたため中止された。こうしたプロジェクトには、ポンプ灌漑システムも含まれる。さらに、農民の「家畜資産」も大幅に減少した。戦争中に600万頭以上の牛、200万頭の羊、100万頭のヤギが殺された。[ 59 ]
紛争の影響を受けた別のセクターは、製造業と加工業からなる工業セクターである。製造施設は、石鹸、繊維、砂糖、加工食品などの必需品を生産できなくなった。加工食品施設には、果物や野菜の缶詰などの食品保存、植物油の生産などが含まれる。[ 60 ]
貧困は増加し続け、農村地域の人々に深刻な影響を与えた。壊滅的な農業部門は、約10世帯中8世帯にとって主要な収入源であった。農村地域に住むことは、住民が基本的なサービスや経済的機会、雇用機会にアクセスできないため、生活の質が低いことにも関連している。[ 61 ]
戦争前、スーダンには包括的なインフラシステムがなかった。道路、橋、通信設備が不足しており、既存のインフラが破壊される結果となった。水路や運河などの重要なインフラは空爆によって破壊された。[ 62 ]
スーダンが戦争に突入すると、教育予算は削減され、軍隊と治安部隊に再配分された。[ 63 ]スーダンの軍事費は10%から20%に増加し、教育やその他の分野への支出は削減された。[ 64 ]戦争後、教育への資金提供は減少し、死亡や負傷により教育者が不足し、教育施設は破壊された。[ 65 ]
2015年時点で、南スーダンの予算の42%が軍事および治安関連支出に充てられていました。同年、南スーダンの教師のうち初等教育を受けたのはわずか35%でした。[ 66 ]学生が直面するもう一つの障害は、武装民兵や国軍への強制徴募です。国連の報告によると、南スーダンの子どもの50%は学校に通っていません。学校に通っている少年少女は兵士に拉致され、軍隊や武装反乱グループへの参加を強制されます。連れ去られた少女のほとんどは捕虜にレイプされ、抵抗した少女は殺されます。少年は「去勢され、性器を切断される」のです。国連の報告によると、南スーダンでは推定430人の子どもが軍の徴募による性的暴力の犠牲者となっています。[ 67 ] USAIDは、少年少女に9,000の奨学金を与えるなど、教育イニシアチブに引き続き取り組んでいます。また、12以上の教育プロジェクトを実施しており、140の小学校と4つの中学校を建設しました。[ 66 ] 140万人以上の学生がこの地域のUSAIDの教育プログラムに参加しています。[ 66 ]
歴史的に、スーダンにおける紛争は肥沃な土地と水をめぐるものでした。スーダンで石油が発見されて以来、石油も紛争の種となりました。[ 68 ]しかし、石油が利用可能であるにもかかわらず、スーダンは「豊かさのパラドックス」を経験しています。これは、国が豊富な天然資源（この場合は石油）を持っているにもかかわらず、経済的に十分に競争するのに苦労している現象です。
避難を余儀なくされた難民たちは、破壊された家から逃れるために森林を伐採した。彼らは木材を燃料、建築資材、そして食料の調達に利用した。[ 69 ]
戦争は、かつて文化と経済活動の中心地であった町々を破壊した。南スーダン人の文化の多くは、難民として北へ逃れた際に失われた。その地域に残った部族や集団は、領土に対する主張を強化し、互いに紛争に陥った。[ 70 ]紛争中の暴力と不安定さは大規模な避難民の発生につながり、共同体間の暴力は、より広範な政治的不安定と地域危機によって激化し、長期化した。[ 71 ]
2012年に『南スーダン－スーダン：非常事態宣言』が出版されてからも、難民の流入はその後も長く続いた。最初の避難民の波が南スーダンから逃れてきた後も、北スーダン政府とスーダン人民解放軍（SPLA）との間の緊張関係は数十年にわたって続いた。その後すぐに南スーダンの他の地域に移住した難民は、暴力の脅威に直面し、しばしば再び避難を余儀なくされた。
南スーダン全土で続く暴力は、ハルツームに住む南スーダン人の心情を決定づけてきた。ハルツーム大学の記事は、こうした避難民を南スーダンの現状に対して「怒り、悲しみ、失望」していると表現している。著者は、南スーダン人を「国境を越えた」「ディアスポラ的な」人々だと表現し、第二次スーダン内戦の結果として避難民が広範囲に移動した状況に言及している。
戦争終結までに、南スーダンでは400万人が少なくとも一度は避難を余儀なくされ、通常は戦争中に繰り返し避難した。[ 27 ] [ 72 ]
戦争中、女性たちは戦争の影響を受けた地域社会や人々を大いに支援した。女性たちは食料支援活動を組織し、食事を作り、物資を届け、負傷者の看護をし、孤児の親代わりとなり、高齢者の世話をした。[ 73 ]男性指導者たちは女性の仕事の種類を伝統的な社会的役割に限定したが、男性指導者たちは平時と戦後にはジェンダー関係を変えると約束した。[ 73 ]
戦争が終わると、女性たちは内戦中と同じように、自ら組織化、連合構築、擁護活動を行った。[ 73 ]女性たちは、「性的虐待やジェンダーに基づく虐待」、教育、医療、「法と司法へのアクセス」など、女性に直接影響を与える社会変革や問題について擁護活動を行った。[ 73 ]政治への関与の拡大により、南スーダン政府は、あらゆるレベルの政府における代表の25%を女性に割り当てるというアファーマティブ・アクション政策を実施することができた。[ 73 ]国家の事柄に関与する女性たちによって、南スーダン女性エンパワーメントネットワークや南スーダン女性連合など、複数の擁護団体が設立された。[ 73 ]これらの団体は、米国を含む世界中でプロジェクトを実施している。[ 73 ]
2000年、外交官のジョン・ハーカーは、タリズマン社（当時ジム・バッキーが率いていた）がスーダンの内戦に関与していたことを示す詳細な報告書を提出した。報告書には、スーダン政府に流れたロイヤリティや、石油関連の輸送専用の滑走路を軍に使用させたことによる怠慢が、民間人への攻撃につながったことなどが含まれている。カナダ合同教会をはじめとするカルガリーの教会が主導した抗議活動では、内戦が終わるまで石油の採掘を一時停止するよう求められた。その後、同社は2002年に売却された。援助関係者は、タリズマン社がロイヤリティを戦争のための武器資金に充てたと主張したが、タリズマン社はこれを否定し、ロイヤリティはスーダンのインフラ整備に再投資されたと述べた。それ以来、カナダは同社に正式な制裁を課していない。[ 74 ]
ルンディン・オイルの元幹部2名、イアン・ルンディンとアレックス・シュナイターは、1999年から2003年にかけての戦争犯罪の幇助と教唆の罪でスウェーデンで起訴される予定である。両幹部はスーダン政府に対し、自社の油田の警備に軍隊を投入するよう要請し、民間人への攻撃につながったとされている。[ 75 ]
1999年、エジプトとリビアはエジプト・リビア・イニシアチブ（ELI）を開始した。この時までに、干ばつと開発に関する政府間機関（IGADD）の和平プロセスは行き詰まっていた。ELIの主な目的は、南部以外の反体制派（特に北部の反体制派）を協議に引き入れることであった。しかし、ELIは分離独立などの論争の的となる問題を避けたため、SPLAからの支持を得られなかったが、NDAの指導部はこれを受け入れた。2001年までに、ELIは当事者間の合意をもたらすことができなかった。[ 53 ]
2001年9月、元米国上院議員のジョン・ダンフォースがスーダン特使に任命された。[ 76 ]彼の役割は、米国がスーダンの内戦終結に役割を果たす可能性を探り、スーダン国民の苦しみを軽減するのに役立つ人道支援サービスの提供を強化することであった。[ 77 ]
1989年3月、国内の抗議を受けて、サディク・アル・マフディ政権は、国連および援助国（米国を含む）と「オペレーション・ライフライン・スーダン（OLS）」と呼ばれる計画に合意し、その下で約10万トンの食糧がスーダンの政府支配地域とSPLA支配地域の両方に輸送された。OLSは広範囲にわたる飢餓を回避するのに役立った。[ 77 ] 1990年、スーダンは2年間の干ばつと食糧不足に直面し、[ 78 ]スーダン政府とSPLAの両方によってOLSのフェーズIIが承認された。[ 77 ]米国、国連、その他の援助国は、大惨事を防ぐためにスーダン北部と南部の両方で協調的な国際救援活動を実施しようとした。しかし、スーダンの人権侵害と湾岸戦争中の親イラクの姿勢のため、多くの援助国がスーダンへの援助を大幅に削減した。 2000年と2001年の同様の干ばつで、国際社会は再びスーダンでの大規模な飢餓を回避しようと試みた。[ 77 ]
2002年10月21日の米国政府のスーダン平和法は、 1983年以降の内戦中に南部で200万人以上の民間人を殺害したとしてスーダンをジェノサイドで非難した。 [ 79 ]
戦争が始まる前は、米国はスーダンへの主要な武器供給国であったが、戦争が始まると米国の援助は減少し、最終的に1987年に中止された。[ 80 ]
1980年代、東ドイツはSPLAにAK-47を供給した。[ 81 ]
1993年11月、イランがスーダンによる中国製地上攻撃機約20機の購入資金を提供したと報じられた。イランはスーダン政府に1700万ドルの財政援助を約束し、スーダン軍に3億ドル相当の中国製兵器が納入されるよう手配した。[ 82 ]
一方、反乱軍SPLAはエリトリア、エチオピア、ウガンダを経由して武器の供給を受けていた。ケニアのイスラエル大使館も反乱軍に対戦車ミサイルを供給していた。 [ 25 ]
あらゆる陣営の軍隊が子供たちを兵士として徴兵した。2005年の合意では、少年兵を動員解除して帰国させることが義務付けられていた。SPLAは2001年から2004年の間に1万6000人の少年兵を解放したと主張した。しかし、国際監視団（国連およびグローバルレポート2004）は、動員解除された子供たちがSPLAによって再徴兵されることが多いことを発見した。2004年の時点で、SPLAには2500人から5000人の子供が従軍していた。SPLAは2010年末までにすべての子供を動員解除すると約束した。[ 83 ]
ヌエル白軍は、大ナイル川上流地域での戦争における小規模な参加者であり、主に武装したヌエル族の若者で構成されていたが、基本的には自主的に組織され、長老の権威や主要派閥の指示から独立して行動することが多かった。[ 84 ]
1980年代後半、第二次スーダン内戦により約2万人の南スーダン人少年が故郷を追われた。彼らはエチオピアを何千マイルも歩き、ケニアのカクマ難民キャンプにたどり着いた。飢餓、脱水症状、病気のため、難民のほぼ半数が道中で死亡したという推計もある。ケニアに到着した南スーダン難民は様々な外国に受け入れられ、そのうち約4,000人がアメリカ合衆国に渡った。この4,000人の若者は高等教育を受け、最終的には学者や作家として活躍するようになった。2004年、ジェームズ・ディスコとスーザン・クラークは、アメリカ社会に溶け込んでいく4人の南スーダン人少年の物語を描いたグラフィックノベル「スーダンの失われた少年たちのこだま」を制作した。[ 85 ]
2006年、デイヴ・エガーズは、ヴァレンティーノ・アチャク・デンの視点から書かれた架空の自伝『 What Is the What』を出版した。ヴァレンティーノ・アチャク・デンは、スーダンの「失われた少年たち」プログラムによってアメリカに渡ってきた架空の南スーダン難民である。この本は全米年間最優秀図書賞の最終候補作となった。
これらの作品は、第二次スーダン内戦の影響を受けた人々が異国の社会に溶け込もうと奮闘する姿を浮き彫りにしている。両作品の主人公たちは、米国で新たな生活を築こうとする中で、人種差別、貧困、そしてトラウマと闘った。
エマニュエル・ジャルの自伝『戦争の子供：少年兵の物語』は、ジャルが内戦中に少年兵として経験した出来事を中心に描いている。また、見過ごされてきたSPLA内部の葛藤も明らかにしている。[ 86 ]
戦争中、スーダン軍はイスラム法がそれを許可しているという理由で、南部[ 87 ]、特にキリスト教徒の捕虜[ 88 ]に対する武器として奴隷化の使用を復活させた[ 89 ] 。
ムラヘリーン、すなわち武装したバッガラ族の牧畜民は、スーダン政府によって、南スーダンのディンカ族と同一視される反乱軍スーダン人民解放運動/軍（SPLM/A）に対する対反乱戦争の低コストな一部として民兵として徴募された。[ 90 ]これらの民兵はしばしばキリスト教徒の村を破壊し、すべての男性を処刑し、その後、女性と子供を奴隷として連れ去った。[ 88 ]ディンカ族に対する最初の奴隷襲撃は1986年2月に行われた。[ 91 ] 2000人の女性と子供が連れ去られた。1987年2月の2回目の襲撃では、1000人の女性と子供が連れ去られた。襲撃者たちは十分な戦利品を得ると、捕虜を自分たちと家族の間で分配した。襲撃はその後毎年続いた。[ 92 ]
スーダン北部の家庭で飼育されていたディンカ族の少女たちは性奴隷として利用された。[ 93 ]そのうち何人かはリビアで売られた。西側の訪問者は、奴隷市場ではライフル1丁で5人以上の奴隷が買えることもあったと指摘している。1989年の内戦がピークに達した頃には、黒人女性奴隷は奴隷市場で90ドルで売られていた。数年後、黒人女性奴隷の平均価格は15ドルにまで下がった。多くの西側組織が資金を持ってスーダンに渡り、これらの奴隷にされた捕虜を買い取って解放した。[ 88 ]
軍事クーデターを引き起こした要因、主にイスラム法と南部の内戦という密接に絡み合った問題は、1991年時点でも未解決のままだった。1983年9月に全国でシャリーアが施行されたことは物議を醸し、イスラム教徒が大多数を占める南部で広範な抵抗を引き起こした。シャリーア、特に窃盗に対する公開手切断刑などのイスラム刑であるハッド（単数形：ハッド）の適用に対する反対は南部に限ったものではなく、ジャアファル・アン・ニメイリ政権を打倒した1985年4月の民衆蜂起の主要因となった。
アーカイブ。1983年、当時のジャアファル・ニメリ大統領が和平協定を破棄し、スーダンをイスラム法（シャリーア）が南部諸州を含む地域に適用されるイスラム・アラブ国家にすると宣言したことで、戦争は再び激化した。シャリーアには、窃盗に対する手足の切断、公開鞭打ち、石打ちなどが含まれる。政府と複数の反乱グループの間で戦われたこの戦争は、20年間続いた。