WD40 繰り返し

WDドメイン、Gβリピート
酵母の転写コプレッサーであるTup1のC末端WD40ドメインのリボン図。7枚羽根のβプロペラ構造をとる。リボンは青（N末端）から赤（C末端）へと色分けされている。[ 1 ]
識別子
シンボル	WD40
Pfam	PF00400
Pfam一族	CL0186
インタープロ	IPR001680
プロサイト	PDOC00574
SCOP2	1gp2 / SCOPe / SUPFAM
CDD	cd00200
利用可能なタンパク質構造： PDB   1b9x ​、1b9y ​、1erj ​、1gg2 ​、1got ​、1gp2 ​、1gxr ​、1nex ​、1nr0 ​、1omw ​、1p22 ​、1pev ​、1pgu ​、1pi6 ​、1s4u ​、1sq9 ​、1tbg ​、1u4c ​、1xhm ​、1yfq ​、2bcj ​、2ce8 ​、2ce9 ​、2trc ​IPR001680PF00400 ( ECOD ; PDBsum )   アルファフォールド IPR001680 PF00400

WD40リピート（ WDまたはベータトランスデューシンリピートとも呼ばれる）は、約40個のアミノ酸からなる短い構造モチーフで、多くの場合、トリプトファン-アスパラギン酸（WD）ジペプチドで終わる。^{[ 2 ]}これらのリピートのタンデムコピーは通常、一緒に折り畳まれて、 WD40ドメインと呼ばれる環状ソレノイドタンパク質ドメインを形成する。

WD40ドメイン含有タンパク質は4～16個の繰り返し単位を持ち、それらはすべて環状βプロペラ構造を形成すると考えられている（右図参照）。^{[ 3 ] [ 4 ]} WD40ドメインは約40～60個のアミノ酸から構成され^{[ 4 ]}、N末端付近にグリシンとヒスチジンのジペプチド、C末端にトリプトファンとアスパラギン酸のジペプチドが最も一般的である。2つの可変領域が存在する。繰り返し配列は通常、4本の逆平行βシートまたはブレードを形成する。これらのブレードが集まってプロペラを形成し、最も一般的なのは7枚のブレードを持つβプロペラである。ブレードは相互に連結し、1つの繰り返し配列の最後のβストランドが次の繰り返し配列の最初の3つのβストランドと結合して3Dブレード構造を形成する。^{[ 3 ] [ 4 ]}

WD40リピートタンパク質は、すべての真核生物に存在する大きなファミリーであり、シグナル伝達や転写調節から細胞周期制御、オートファジー、アポトーシスに至るまで、さまざまな機能に関与している。^{[ 5 ]}すべてのWD40リピートタンパク質の基本的な共通機能は、多タンパク質複合体アセンブリの調整であり、繰り返し単位はタンパク質相互作用のための強固な足場として機能する。タンパク質の特異性は、繰り返し単位自体の外側の配列によって決定される。このような複合体の例としては、Gタンパク質（βサブユニットはβプロペラ）、TAFII転写因子、E3ユビキチンリガーゼなどがある。^{[ 3 ] [ 4 ]}

ヒトゲノムの初期解析によると、WD40リピートは8番目に大きなタンパク質ファミリーである。合計277個のタンパク質がこれらを含んでいることが確認されている。^{[ 6 ]}このドメインを含むタンパク質をコードするヒト遺伝子には以下が含まれる。

• AAAS、AAMP、AHI1、AMBRA1、APAF1、ARPC1A、ARPC1B、ATG16L1、
• BOP1、BRWD1、BRWD3、BTRC、BUB3、
• C6orf11、CDC20、CDC40、CDRT1、CHAF1B、CIAO1、CIRH1A、COPA、COPB2、CORO1A、CORO1B、CORO1C、CORO2A、CORO2B、CORO6、CORO7、CSTF1、
• DDB2、DENND3、DMWD、DMXL1、DMXL2、DNAI1、DNAI2、DNCI1、DTL、DYNC1I1、DYNC1I2、EDC4、
• EED、EIF3S2、ELP2、EML1、EML2、EML3、EML4、EML4-ALK、EML5、ERCC8、
• FBXW10、FBXW11、FBXW2、FBXW4、FBXW5、FBXW7、FBXW8、FBXW9、FZR1、
• GBL、GEMIN5、GNB1、GNB1L、GNB2、GNB2L1、GNB3、GNB4、GNB5、GRWD1、GTF3C2、
• HERC1、HIRA、HZGJ、
• IFT121、IFT122、IFT140、IFT172、IFT80、IQWD1、
• KATNB1、KIAA1336、KIF21A、KIF21B、KM-PA-2、
• KEAP1、
• LLGL1、LLGL2、LRBA、LRRK1、LRRK2、LRWD1、LYST、
• MAPKBP1、MED16、MORG1、
• NBEA、NBEAL1、NEDD1、NLE1、NSMAF、NUP37、NUP43、NWD1、
• PAAF1、PAFAH1B1、PAK1IP1、PEX7、PHIP、PIK3R4、PLAA、PLRG1、PPP2R2A、PPP2R2B、PPP2R2C、PPP2R2D、PPWD1、PREB、PRPF19、PRPF4、PWP1、PWP2、
• RAE1、RPTOR、RBBP4、RBBP5、RBBP7、RFWD2、RFWD3、RRP9、
• SCAP、SEC13、SEC31A、SEC31B、SEH1L、SHKBP1、SMU1、SPAG16、SPG、ストラップ、STRN、STRN3、STRN4、STXBP5、STXBP5L、
• TAF5、TAF5L、TBL1X、TBL1XR1、TBL1Y、TBL2、TBL3、TEP1、THOC3、THOC6、TLE1、TLE2、TLE3、TLE4、TLE6、TRAF7、TSSC1、TULP4、TUWD12、
• UTP15、UTP18、
• WAIT1、WDF3、WDFY1、WDFY2、WDFY3、WDFY4、WDHD1、WDR1、WDR10、WDR11、WDR12、WDR13、WDR16、WDR17、WDR18、WDR19、WDR20、WDR21A、WDR21C、WDR22、WDR23、WDR24、WDR25、WDR26、WDR27、WDR3、WDR31、WDR32、WDR33、WDR34、WDR35、WDR36、WDR37、WDR38、WDR4、WDR40A、WDR40B、WDR40C、WDR41、WDR42A、WDR42B、WDR43、WDR44、WDR46、WDR47、WDR48、WDR49、WDR5、WDR51A、WDR51B、WDR52、WDR53、WDR54、WDR55、WDR57、WDR59、WDR5B、WDR6、WDR60、WDR61、WDR62、WDR63、WDR64、WDR65、WDR66、WDR67、WDR68、WDR69、WDR7、WDR70、WDR72、WDR73、WDR74、WDR75、WDR76、WDR77、WDR78、WDR79、WDR8、WDR81、WDR82、WDR85、WDR86、WDR88、WDR89、WDR90、WDR91、WDR92、WDSOF1、WDSUB1、WDTC1、WSB1、WSB2、
• ZFP106

• ベータプロペラ
• トモシンは、2つのWD40ドメインを持つタンパク質である。
• タンパク質タンデムリピート

• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_APCC_Dbox_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_APCC_KENbox_2
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_COP1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_CRL4_Cdt2_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_CRL4_Cdt2_2
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_EH1_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_GLEBS_BUB3_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_RAPTOR_TOS_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_SCF_FBW7_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_SCF_FBW7_2
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_SCF-TrCP1_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_WRPW_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスLIG_WRPW_2
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスTRG_ER_diArg_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスTRG_ER_diLys_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスTRG_Golgi_diPhe_1
• 真核生物線状モチーフリソースモチーフクラスTRG_PTS2