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| ＷＤＲ８８ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | WDR88、PQWD、WD繰り返しドメイン88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 2686275; HomoloGene : 27838; GeneCards : WDR88; OMA :WDR88 - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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WDR88（WDリピート含有タンパク質88）は、ヒトでは遺伝子WDR88によってコードされるタンパク質である。 [5]これは7つのWD40リピートで構成され、7枚羽根のベータプロペラを形成する。WDR88遺伝子内の変異は、さまざまな癌、統合失調症、真菌感染症と関連している。
WDR88のタンパク質構造は、7つのWD40リピートの存在によって特徴付けられます。これは、約40個のアミノ酸からなる短い構造モチーフであり、多くの場合、トリプトファン-アスパラギン酸（WD）ジペプチドで終わります。これらのリピートは通常、ベータプロペラ構造を形成し、タンパク質間相互作用における潜在的な役割を示唆しています。[6]
遺伝子
WDR88 遺伝子は、19 番染色体のプラス鎖上の 19q13.11 の位置にあります。[8]この遺伝子は、位置 33,132,114 から 33,175,799 にコードされています。[9]この遺伝子は 11 個のエクソンを持ち、長さは約 1702 塩基対です。[5]この遺伝子近傍には、RHPN2 (rhophilin rho GTPase 結合タンパク質 2)、LRP3 (低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質 3)、SLC7A10 (溶質キャリア ファミリー 7 膜 10)、GPATCH1 (G パッチ ドメイン含有 1) などの遺伝子があります。[10] WDR88 遺伝子は、PQWD (PQQ リピート含有および WD リピート含有遺伝子) とも呼ばれます。[要出典]
トランスクリプト
WDR88遺伝子には3つのアイソフォームがある。[8] WDR88転写産物のスプライスバリアントはその最初と最後のエクソンと最後の2つのイントロンによって異なる。このアイソフォーム（aAug10）は1702ヌクレオチドのmRNA配列を持つ。[要出典]
組織発現
WDR88 RNAは、ほとんどの組織タイプで低く普遍的に発現しています。前立腺、甲状腺、胸腺、唾液腺ではわずかに高いレベルで発現しています。[6] [11]これらの組織での存在は、関連疾患に関連している可能性があります。WDR88は前立腺がん、およびC.アンディジア症（唾液腺がんとも関連している可能性があります）の感受性の増加と関連しています。胸腺細胞の機能不全もがん（前立腺がんを含む）につながる可能性があります。[12]
中程度の発現を示す他の組織としては、心臓、骨格筋、脳、腎臓、リンパ節、卵巣などがある。[11]
タンパク質
WDR88タンパク質は核タンパク質である。[13]このタンパク質は472アミノ酸からなり、計算分子量は53kDaである。等電点はおよそpH7.0である。[11] [14]さらに、システイン、アスパラギン酸、セリン残基の含有量が増加している。[15]セリンの含有量の増加は、過剰リン酸化を受けやすいことに寄与している可能性がある。ヒトWDR88は、選択された相同遺伝子とやや類似した等電点を示す。[要出典]
二次構造
5'非翻訳領域は56塩基対の長さで、3'非翻訳領域は227塩基対の長さで、塩基1475から1702に及んでいます。[6] 5' UTRには1つのステムループがあると予測されていますが、3' UTRには最大4つのステムループがありますが、最も安定した構造は2つのステムループです。[16]
三次構造
WDR88タンパク質には7つのWD40リピートがあり、それぞれが反平行ブレードを形成し、すべてが一緒になってベータプロペラを形成します。[6] 7ブレードのベータプロペラの存在は、哺乳類から魚類までの相同遺伝子で一般的に保存されています。[要出典]
トランスクリプトレベルの規制
転写因子
注目すべき転写因子としては、Nr1h::Rxra、EBF1、PLAG1などがある。ZNF（ジンクフィンガータンパク質）とSOX（SRY関連HMGボックス）転写因子が一般的である。[17]
Nr1h3::Rxra（肝臓X受容体α、レチノイド受容体Xα）は、脂質代謝、炎症、コレステロール恒常性維持に関与している。[18]これらのプロセスの調節不全は前立腺がんの進行に関係している。この因子の発現が減少すると、炎症誘発遺伝子の発現が増加し、炎症（前立腺がんの危険因子）を引き起こす可能性がある。この因子はアンドロゲン受容体経路にも干渉し、アンドロゲン依存性前立腺がん細胞の増殖に影響を与える可能性がある。[要出典]
EBF1（初期B細胞因子1）は、神経発達と免疫系機能における役割を通じて、統合失調症の発症に寄与している可能性がある。 [19]具体的には、EBF1はマイクロRNAと連携して、統合失調症の発症と進行に影響を与える制御ループを作成することができる。[要出典]
PLAG1（多形性腺腫遺伝子1）は、唾液腺の多形性腺腫に関連しています。標的配列の染色体転座はPLAG1を過剰に活性化し、細胞増殖に関与する下流因子/標的の過剰活性化につながり、癌性増殖につながります。[20]唾液腺癌は口腔乾燥症を引き起こす可能性があり、これはカンジダ症（カンジダ症）やその他の口腔真菌感染症の危険因子です。[要出典]
マイクロRNA
マイクロRNA（miRNA）結合部位は3'非翻訳領域内にのみ存在する。[21]特に、miRNA hsa-miR-191-5pは、細胞の分化と移動を促進することにより癌遺伝子として作用する能力があるため、さまざまな種類の癌と関連している[22]。
結合タンパク質
RNA結合タンパク質結合領域は、5'および3'非翻訳領域内にあります。[23] 5'領域内の注目すべき例としては、ELF4B（E74様因子4B）およびRBMXタンパク質があります。RBMXは特にDNA損傷を修復する能力があり、膀胱癌の腫瘍形成性/進行を抑制することができます。[24] ELF4Bは細胞の成長と分化に重要であり、この相互作用の調節不全は癌につながる可能性があります。[25]
3' UTR 結合タンパク質には、IGF2BP1 (インスリン様成長因子 2 MRNA 結合タンパク質 1)、PTBP1 (ポリピリミジン トラクト結合タンパク質 1)、RBMX タンパク質、KHSRP (KH 型スプライシング調節タンパク質) などがあります。[引用が必要]
IGF2BP1はmRNAの安定性、スプライシング、翻訳を制御することが知られています。[26]癌の文脈では、IGF2BP1は癌原性mRNAを安定化させ、細胞増殖を促進することで腫瘍の進行と転移に影響を与える可能性があります。[要出典]
PTBP1（ポリピリミジントラクト結合タンパク質1）はスプライシング制御における役割で知られています。[27]また、癌関連転写産物の安定性と翻訳にも影響を与え、癌の発生に寄与する可能性があります。[要出典]
KHSRP（KH型スプライシング制御タンパク質）は、スプライシングや分解を含むmRNA処理の制御に関与している。[28]これは、さまざまな癌関連遺伝子の制御に関与しており、癌の進行に役割を果たしている可能性がある。[要出典]
タンパク質レベルの調節
翻訳後修飾
WDR88タンパク質は過剰リン酸化され、アセチル化部位とユビキチン化部位が追加されると予測される。[30] [31] [32]複数のリン酸化部位の存在は相同遺伝子間で保存されている。WDR88タンパク質はN-およびO-グリコシル化部位も持つ可能性がある< [33]
[34 ]
細胞内位置
WDR88タンパク質は主に核内に存在し、その位置は相同遺伝子間で保存されている。[13]
進化
パラログ
WDR88のパラログには、WDR5（WDリピート含有タンパク質5）、APAF1 （アポトーシスプロテアーゼ活性化因子1）、WDR38、PAF1（プロテアーゼ活性化因子1）、DAW1（WDリピート1を含むダイニンアセンブリ因子）が含まれる。[36]
オルソログ
ホモサピエンスのWDR88は高度に保存されており、他の哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類を含む多くの脊椎動物に見られます。無脊椎動物では確認されていません。[36]表2は、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類の相同遺伝子の選択を示しています。多くの保存領域はWDリピートドメイン内にあり、ほとんどのWDジペプチドは近い相同遺伝子と遠い相同遺伝子の間で保存されていました。
WDR88 タンパク質アライメントギャラリー
ヒトおよび20種の相同遺伝子におけるWDR88タンパク質の多重配列アライメント[38] 。エクソン境界は黒で、WDドメインはオレンジ色の括弧で、WD40リピートは灰色で強調表示されている。 [要出典]
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パート1 -
パート2 -
パート3
系統発生と歴史
WDR88 遺伝子はシトクロム cや DAW1 に比べると比較的速く進化していますが、フィブリノーゲン アルファの速度よりは遅いです。[要出典]
相互作用するタンパク質
ヒトWDR88タンパク質は、細胞周期制御に関連する以下のタンパク質と顕著な相互作用を示す：KIA1429、FOSファミリータンパク質、NUDC 、およびWDR31。これらの相互作用は、ヒトWDR88が細胞制御プロセスに関与していることを示唆している。[39] [40] [41] [42] [43] [44]
WDR88は、argG（クエン酸アスパラギン酸リガーゼ）、metE（コバラミン非依存性メチオニン合成酵素）、GATM（グリシンアミジノトランスフェラーゼ）、TYR（チロシナーゼ）とも関連しており、それぞれアルギニン、メチオニン、クレアチニン、メラニンの合成に関与している。[39]
WDR88はペストを引き起こす細菌であるペスト菌に関連するタンパク質とも相互作用することができる。[38] [40] [44]
臨床的意義
子宮癌および子宮内膜癌では、WDR88遺伝子は関連するバイオマーカーとして機能する可能性があり、潜在的な治療標的となる可能性もあります。[45]前立腺癌では、WDR88は発症のマーカーとして機能する可能性があります[46]
WDR88遺伝子変異と口腔真菌感染症であるC. andididiasisに対する感受性の増加との間には有意な関連性がある。 [47]位置1328の一塩基多型によりシトシンがチミンに変化し、位置424のイソロイシンがアラニンに変異する。[要出典]
エクソームアレイデータによると、7つのまれなWDR88変異体が「統合失調症の遺伝的構造」に寄与していることが明らかになった。 [48]これらの変異体のうち2つは有害であるか、有害である可能性があると予測されている。
ギャラリー
ヒトWDR88タンパク質アイソフォーム1の概念翻訳と変異体のキー。[50]
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パート 1/3 -
パート 2/3 -
パート 3/3 -
バリアントキー
参考文献
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