1998-99シーズンのUEFAカップは、パルマが決勝でマルセイユを破り優勝した。これはパルマにとって同大会2度目のタイトル獲得となった。
これは、国内カップ優勝チームが参加するカップウィナーズカップが統合され、ノックアウト方式のラウンドが追加される前の、旧形式のUEFAカップ最後の大会だった。新形式は2003-04シーズンに最後に実施され、その後2004-05シーズンにはグループステージ方式に変更された。
括弧内のラベルは、各チームがどのようにして予選ラウンドの出場権を獲得したかを示しています。[ 1 ]
アルゲシュ・ピテシュティが合計7対1で勝利した。
インテル・ブラチスラバが合計スコア4対0で勝利した。
ポロニア・ワルシャワが合計スコア5対1で勝利した。
合計スコアは3対3。アウェーゴール差でザルギリス・ヴィリニュスが勝利した。
ヴィスワ・クラクフが合計7-0で勝利した。
CSKAソフィアが合計スコア3対1で勝利した。
ハポエル・テルアビブが合計スコア6対2で勝利した。
シャフタール・ドネツクが合計スコア6対1で勝利した。
ムラは合計スコア8対2で勝利した。
VPSが合計スコア4対2で勝利した。
マルメが合計スコア7対0で勝利した。
IFKヨーテボリは合計7-0で勝利した。
レッドスター・ベオグラードが合計スコア11対0で勝利した。
ジェルミナル・エケレンが合計4対1で勝利した。
オシェルル・ガラツィが合計4対1で勝利した。
アンデルレヒトは合計スコア6対0で勝利した。
オモニアが合計スコア8対6で勝利した。
キルマーノックが合計スコア2対1で勝利した。
レンジャーズが合計スコア7対3で勝利した。
フェレンツヴァーロシュが合計14対1で勝利した。
ブランが合計スコア1対0で勝利した。
ヴェイレは合計スコア6対0で勝利した。
CSKAソフィアが合計スコア2対0で勝利した。
ディナモ・モスクワが合計スコア2対0で勝利した。
レッドスター・ベオグラードが合計スコア4対2で勝利した。
チューリッヒが合計スコア6対3で勝利した。
合計スコアは3対3。ラピード・ウィーンがアウェーゴール差で勝利した。
シルケボーは合計2-0で勝利した。
スラヴィア・プラハが合計スコア4対2で勝利した。
ハイドゥク・スプリトが合計スコア3対2で勝利した。
合計で 1 対 1。ストロムスゴセットはPK戦で4対2で勝利した。
合計スコアは2対2。フェネルバフチェがアウェーゴール差で勝利した。
ヴィスワ・クラクフが合計7対2で勝利した。
AEKアテネが合計スコア6対4で勝利した。
セルヴェットが合計スコア5対3で勝利した。
合計スコアは3対3。アンデルレヒトがアウェーゴール差で勝利した。
レンジャーズが合計スコア2対0で勝利した。
GAKが合計スコア3対0で勝利した。
シグマ・オロモウツが合計スコア4対0で勝利した。
合計4-4。アルゲシュ・ピテシュティがアウェイゴールで勝利した。
ヴィスワ・クラクフが合計5-0で勝利した。
合計スコアは1対1。PK戦の末、スラヴィア・プラハが5対4で勝利した。
ボローニャが合計スコア4対1で勝利した。
ヴィレムIIが合計スコア6対0で勝利した。
合計スコアは2対2。アウェーゴール差でCSKAソフィアが勝利した。
ディナモ・モスクワが合計スコア5対4で勝利した。
フィオレンティーナが合計スコア2対1で勝利した。
アストン・ヴィラが合計スコア6対2で勝利した。
GAKが合計スコア3対1で勝利した。
合計スコアは3対3の同点。PK戦の末、レッドスター・ベオグラードが4対3で勝利した。
ヴェルダー・ブレーメンが合計スコア4対2で勝利した。
チューリッヒが合計スコア7対2で勝利した。
マルセイユが合計スコア6対2で勝利した。
レアル・ソシエダが合計スコア5対2で勝利した。
シュトゥットガルトが合計スコア4対3で勝利した。
フィテッセが合計スコア6対3で勝利した。
モナコが合計スコア3対1で勝利した。
グラスホッパーズは合計スコア2対0で勝利した。
クラブ・ブルッヘが合計スコア7対2で勝利した。
ボルドーが合計スコア3対2で勝利した。
アトレティコ・マドリードが合計スコア3対0で勝利した。
パルマが合計スコア3対2で勝利した。
セルティックが合計スコア4対2で勝利した。
ローマは合計スコア3対0で勝利した。
リバプールは合計スコア8対0で勝利した。
バイエル・レバークーゼンが合計スコア2対1で勝利した。
リヨンが合計スコア3対2で勝利した。
セルタ・デ・ビーゴが合計8-0で勝利した。
レアル・ベティスが合計スコア5対1で勝利した。
バレンシアが合計スコア7対3で勝利した。
1–1 on aggregate; Leeds United won 4–1 on penalties.
Rangers won 5–3 on aggregate.
Bologna won 4–1 on aggregate.
Bordeaux won 3–1 on aggregate.
Parma won 3–2 on aggregate.
Club Brugge won 4–3 on aggregate.
Monaco won 7–3 on aggregate.
Real Sociedad won 6–2 on aggregate.
Zürich won 5–3 on aggregate.
Lyon won 5–3 on aggregate.
The match was abandoned at half-time after the fourth official, Philippe Flament of Belgium, sustained a knee injury and bruising from a firecracker thrown onto the pitch by fans in the stands. At the moment of the incident, Fiorentina led 2–1 on the night and 4-1 on aggregate. Four days later at a UEFA emergency meeting, Fiorentina was kicked out of the UEFA Cup and the match was recorded as a 0–3 Grasshopper win. Future expulsion from European competition for Fiorentina was also considered by UEFA but eventually ruled out because of mitigating circumstances, specifically that the match, as part of an earlier punishment, was not played at Fiorentina's home stadium but in Salerno and credible evidence that the firecracker was likely thrown by fans of the local club Salernitana holding a grudge following a recent Serie A fixture between the two clubs.[2]Grasshopper won 3–2 on aggregate.
Celta de Vigo won 3–2 on aggregate.
Marseille won 4–3 on aggregate.
Roma won 1–0 on aggregate.
Atlético Madrid won 5–2 on aggregate.
2–2 on aggregate; Liverpool won on away goals.
Real Betis won 4–1 on aggregate.
Rangers won 3–2 on aggregate.
Parma won 4–2 on aggregate.
Bologna won 4–2 on aggregate.
Lyon won 5–3 on aggregate.
3–3 on aggregate; Bordeaux won on away goals.
Roma won 3–2 on aggregate.
Celta de Vigo won 4–1 on aggregate.
Marseille won 3–2 on aggregate.
Atlético Madrid won 5–3 on aggregate.
Parma won 7–2 on aggregate.
Bologna won 3–2 on aggregate.
Atlético Madrid won 4–2 on aggregate.
Marseille won 2–1 on aggregate.
1–1 on aggregate; Marseille won on away goals.
Parma won 5–2 on aggregate.