ファム89A

ファム89A
識別子
エイリアス	FAM89A、C1orf153、配列類似性89のメンバーAを持つファミリー
外部ID	MGI : 1916877; HomoloGene : 18887; GeneCards : FAM89A; OMA :FAM89A - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト） クロ。 染色体1（ヒト）[1] バンド 1q42.2 始める 231,018,958 bp [1] 終わり 231,040,254 bp [1]
遺伝子の位置（マウス） クロ。 染色体8（マウス）[2] バンド 8|8 E2 始める 125,466,996 bp [2] 終わり 125,478,571 bp [2]
RNA発現パターン ブギー 人間 マウス（相同遺伝子） トップの表現 胎盤 皮下脂肪組織 右肺 黒質 脚の皮膚 視床下部 C1セグメント 腹部の皮膚 左副腎 左副腎皮質 トップの表現 腰椎神経節 レンズ 水晶体上皮 リップ 三叉神経節 外耳の皮膚 食道 上頸部神経節 胚 脱落膜 参照表現データの詳細 バイオGPS 該当なし
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ 375061 69627 アンサンブル ENSG00000182118 ENSMUSG00000043068 ユニプロット Q96GI7 Q14BJ1 RefSeq (mRNA) NM_198552 NM_001081120 RefSeq (タンパク質) NP_940954 NP_001074589 場所 (UCSC) 1 章: 231.02 – 231.04 Mb 8 章: 125.47 – 125.48 Mb PubMed検索 [3] [4]
ウィキデータ
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タンパク質 FAM89A (配列類似性 89 のファミリー、メンバー A) は、ヒトでは FAM89A遺伝子によってコードされるタンパク質です。これは、染色体 1 オープン リーディング フレーム 153 (C1orf153) としても知られています。最も高い FAM89A 遺伝子発現は、胎盤と脂肪組織で観察されます。その機能はほとんどわかっていませんが、FAM89A はインターロイキンへの曝露に反応して異なる発現を示すことがわかっており、免疫応答経路や、アテローム性動脈硬化症や神経膠腫細胞の発現などのさまざまな病態に関与しています。 ^{[5] [6]}

FAM89A遺伝子は、ヒトのタンパク質をコードする遺伝子で、染色体1のマイナス鎖、マップ位置1q42.2に位置します。染色体1オープンリーディングフレーム153（C1orf153）としても知られています。^{[7] [8] [9]} FAM89A遺伝子の一次mRNA転写産物の長さは1,503塩基対です。^[10] FAM89Aには他の転写産物バリアントはありません。この遺伝子は、 1つの大きなイントロン領域を挟む2つのエクソンで構成されています。^[11] FAM89Aは、染色体1のプラス鎖上のFAM89Aの下流に位置するTRIM67（Tripartite Motif Containing 67）遺伝子と、染色体1のプラス鎖上のFAM89Aの上流に位置するARV1（ARV1ホモログ、脂肪酸恒常性調節因子）遺伝子に隣接している。^{[11] [12]}

FAM89Aタンパク質は184アミノ酸長で、予測分子量は18.6kDa、予測等電点は5.64です。^[13]タンパク質配列内に2つの小さな反復配列、GARAAとASGGが2回見つかりました。FAM89Aタンパク質の構成は、ロイシン（14.1%）、グリシン（12.0%）、アラニン（11.4%）、セリン（11.4%）の4つのアミノ酸が豊富に含まれることで知られています。FAM89Aは、位置81-115の7番目のアミノ酸位置ごとにロイシン残基の5つの周期的な繰り返しを示しており、これは予測されるロイシンジッパー構造モチーフの特徴です。^{[14] [15]}

FAM89Aには、アミノ酸位置84-122に位置するPF14854と呼ばれる保存されたロイシンリッチアダプタータンパク質ドメイン（LURAP）が含まれています。 ^{[16] [17]} LURAPスーパーファミリーのタンパク質は、標準的なNF -κB経路の活性化因子であり、樹状細胞における抗原提示と炎症性サイトカインの産生の促進に関与しています。^[18]

FAM89Aは40%がαヘリックス、11%が伸長鎖、49%がランダムコイルであると予測されている。 ^[19]保存されたLURAPドメインはαヘリックスを形成すると予測されている。^{[20] [21] [22] [23]}

FAM89Aの三次構造はX線結晶構造解析によってまだ決定されていない。I -TASSERソフトウェアは、ロイシンジッパーモチーフを示唆するαヘリックスモノマーの二量体化を予測している。^{[21] [22] [23]}

FAM89Aプロモーター領域の長さは1,104塩基対である。[ ^25] TFIIB（RNAポリメラーゼII転写因子IIB）、PLAG1 （多形性腺腫遺伝子1）、MZF1（骨髄ジンクフィンガー1因子）、SP1（GCボックス因子SP1 / GC）など、さまざまな転写因子の結合部位が含まれている。 ^{[11] [25]}

FAM89Aの最も高い発現は胎盤と脂肪組織で観察されています。^{[26] [27]} RNAシークエンシングデータでは、副腎、肺、皮膚、脾臓、乳房でも中程度のFAM89A発現が明らかになっています。^{[8] [12]マイクロアレイハイブリダイゼーションでは、}胎盤での高いFAM89A発現と、肺、脊髄、皮膚、副腎、網膜での中程度の発現が裏付けられています。^[28]

FAM89Aタンパク質は、核質、ゴルジ体、および/または小胞に局在することが示唆されている。^{[29] [30]} PSORT II検索結果における細胞質/核識別のためのラインハルト法は、信頼性スコア89で核局在を予測する。FAM89Aの局在予測は、核（52.2％）で最も高く、次いでミトコンドリア（34.8％）、細胞骨格（8.7％）、そして細胞質（4.3％）の順であり、最も低いスコアとなっている。^[14] PredictProteinツールは、核内の細胞内局在の予測をサポートする。^[31]

FAM89Aには、遠い相同遺伝子でも保存されているアミノ酸位置30、32、168に位置する 3つの予測リン酸化部位がある。 ^[32]位置32の予測リン酸化部位は、その相同遺伝子であるFAM89Bの位置28で実験的に検証されている。^{[33]位置158にはリン酸化と}O結合型β-N-アセチルグルコサミン（O-GlcNAc）の競合結合部位が存在する可能性があり、 ^[34] FAM89Aが核質に局在することを裏付けている。^{[29] [30]}

NetGlycate 1.0 サーバーは、位置 57 と 95 に 2 つの糖化部位を予測します。 ^{[35]これらの残基は、遠方の FAM89A 相同遺伝子に保存されています。これらのリジンの糖化は、}マクロファージに取り込まれて動脈壁に取り込まれる終末糖化産物(AGE)を生成するため、アテローム性動脈硬化症の重要な要因となることが知られています。^[36]

SUMOplot は、位置 83 にSUMO (Small Ubiquitin-like Modifier) タンパク質部位を予測します。残基は、遠い FAM89A オルソログに保存されています。

FAM89Aの重要なヒトパラログはFAM89Bで、ヒト11番染色体の地図位置11q13.1に位置している。^[37] FAM89Bは、ロイシンリピートアダプタータンパク質25（LRAP25）および乳腺腫瘍ウイルス受容体ホモログ1（MTVR1）としても知られている。^[37] FAM89Aの相同遺伝子は、二枚貝、ウミユリ類、半索動物、ヒトデ、カブトガニに存在するが、FAM89Bは存在しない。^{[38] FAM89Bの相同遺伝子は、}腕足動物と鰓曳動物に存在するが、FAM89Aは存在しない。パラログは約7億3600万年前に分岐したと考えられる。^[39]

FAM89Aは、真正口類（骨脊椎動物）で広く保存されています。その相同遺伝子は、哺乳類、両生類、爬虫類、鳥類、魚類、および様々な昆虫に見られます。^{[40]遠縁のFAM89A相同遺伝子は、}タコ、ホタテ貝、アリ、およびハチに存在します。^{[41] [42] [43] [44]}

分子時計技術を用いると、フィブリノーゲン遺伝子とシトクロム c遺伝子に対するアミノ酸変化の蓄積率は、FAM89A が急速に進化していることを示しています。

FAM89Aは、ゴルジ体と小胞体（ER）の生合成と細胞周期中のERの組み立てと維持に関与するアダプタータンパク質であるUBXN2B（UBXドメインタンパク質2B）と相互作用することが実験的に判明している^{[45] [46]}

FAM89Aは、アテローム性動脈硬化性プラーク負荷のリスクに対する喫煙の影響の調節に関与していることが示唆されている。^{[5] 2014年に実施された研究では、喫煙頻度の異なる264人のカリブ海諸国出身のヒスパニックのコホートを対象に頸動脈プラーク負荷の評価が行われ、頸動脈プラーク負荷に対する喫煙の影響と顕著な相互作用を示す11の}一塩基多型（SNP）が特定された。その中には、FAM89A遺伝子内に位置するSNP rs6700792も含まれていた。^[5]

FAM89Aは発熱患者におけるウイルス感染と細菌感染の区別にも関与していると示唆されている。^[6] 2016年にロンドン大学インペリアル・カレッジ感染症部門で実施された研究では、血液ベースのトランスクリプトームバイオマーカーを評価し、細菌感染を伴う発熱患者ではFAM89Aの発現が増加していることが明らかになった。^{[47] [48]}

2019年に行われたFAM89Aに関する研究は、神経膠腫の原因となるメチル化部位を持つ遺伝子に向けられたものでした。研究者らは、FAM89Aの異常な発現が神経膠腫遺伝子発現プロファイリング研究と相関していることを発見しました。^[49]

マイクロアレイハイブリダイゼーションデータでは、気道上皮細胞のインターロイキン13への曝露とCD8+ Tリンパ球のインターロイキン10への曝露に対するFAM89A発現のわずかな減少が明らかになった。^{[50] [51]}