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マウスゲノムインフォマティクス（MGI ）は、ジャクソン研究所がホストする無料のオンラインデータベースおよびバイオインフォマティクスリソースであり、国立ヒトゲノム研究所（NHGRI）、国立がん研究所（NCI）、ユーニス・ケネディ・シュライバー国立小児保健発達研究所（NICHD）の資金提供を受けています。[1] MGIは、人間の健康と病気の研究を容易にするために、実験用マウスの遺伝学、ゲノミクス、生物学に関するデータへのアクセスを提供します。[2] [3]このデータベースは複数のプロジェクトを統合しており、最大の貢献はマウスゲノムデータベースとマウス遺伝子発現データベース（GXD）からのものです。[4] 2018年現在、MGIには230,000を超える出版物からキュレーションされたデータが含まれています。[5][アップデート]
MGI リソースは 1994 年に初めてオンラインで公開され[5] 、広く使用されているモデル生物である実験用マウスでの使用のために作成され、調整されたデータ、ツール、分析のコレクションです。これは、「マウスの遺伝子、対立遺伝子、系統の正式名称の権威ある情報源」であり、マウスの遺伝子命名に関する国際委員会によって確立されたガイドラインに従っています。[6]ジャクソン研究所の研究および生産施設の歴史と焦点は、研究者が研究を進めるために掘り起こすことができる膨大な知識と深みを生み出します。世界中のマウス研究者の熱心なコミュニティも、知識を強化し、貢献しています。これは、マウスを研究のモデル生物として使用する研究者や、マウスの遺伝子と相同性を共有する遺伝子に関心のある研究者にとって不可欠なツールです。動物コレクションや無料のコロニー管理ソフトウェアなど、さまざまなマウス研究支援リソースも MGI サイトで利用できます。[7]
マウスゲノムデータベース
マウスゲノムデータベースは、マウスの 遺伝子と対立遺伝子の包括的な表現型と機能の注釈を収集し、管理しています。[8]これは、マウスゲノムインフォマティクスデータベースに貢献する NHGRI資金提供プロジェクトです。
マウス遺伝子発現データベース
遺伝子発現データベースは、マウスの発達発現情報のコミュニティリソースです。[9]
歴史
MGI は、1989 年に国立ヒトゲノム研究センターが資金提供したプロジェクトから発展した。ジャクソン研究所の科学者数名のデータベースを統合し、マウスゲノムのデータを視覚化するツールを作成するというプロジェクトである。 [10]ジョセフ H. ナドー、ラリー E. モブラーテン、ジャナン T. エピッグが率いたこのプロジェクトの成果は、「マウスゲノム百科事典」と呼ばれ、フロッピーディスクで半年ごとに世界中の約 300 人の科学者に配布された。[10] 1992 年に、このグループは、ミュリエル T. デイヴィソンとトーマス H. ロデリックが率いた「マウスゲノムデータベース」の開発を担当したチームと合流し、「マウスゲノムインフォマティクス」プロジェクトを開始した。[10]このプロジェクトの結果、1994 年に「マウスゲノムデータベース」が初めてオンラインでリリースされた。[10]
参照
参考文献
- ^ 「MGI-MGI Current Funding Support」jax.org . 2015年6月2日閲覧。
- ^ Shaw D (2004 年 5 月)。「マウスゲノムインフォマティクス (MGI) リソースでマウス生物学に関する情報を検索し、遺伝子型から表現型まで調べる」。Current Protocols in Bioinformatics。第 1 章: ユニット 1.7。doi :10.1002/ 0471250953.bi0107s05。ISBN 0471250953. PMC 5147750 . PMID 18428715.
- ^ Qi D、Blake JA、Kadin JA、Richardson JE、Ringwald M、Eppig JT、Bult CJ (2005 年 8 月 8 ～ 11 日)。マウスゲノムインフォマティクス (MGI) データベースのデータ統合。計算システムバイオインフォマティクス会議、2005 年。ワークショップおよびポスター抄録。IEEE。pp. 37 ～ 8。doi : 10.1109/ CSBW.2005.48。ISBN 0-7695-2442-7。
- ^ 「MGI-マウスゲノムインフォマティクスデータベースリソースについて」jax.org . 2015年6月2日閲覧。
- ^ ab Law, M; Shaw, DR (2018). 「マウスゲノムインフォマティクス（MGI）は、実験用マウスに関する情報の国際リソースです」。真核生物ゲノムデータベース。分子生物学の方法。第1757巻。pp . 141–161。doi :10.1007/978-1-4939-7737-6_7。ISBN 978-1-4939-7736-9. PMID 29761459。
- ^ マウス命名法ホームページ、2016年8月28日閲覧
- ^ Ivica Letunic. 「OpenHelix: Mouse Genome Informatics (MGI)」. openhelix.com . 2017年12月26日時点のオリジナルよりアーカイブ。2015年6月2日閲覧。
- ^ Blake, Judith A. ; Bult, Carol J.; Kadin, James A.; Richardson, Joel E.; Eppig, Janan T.; The Mouse Genome Database Group (2011 年 1 月)。「The Mouse Genome Database (MGD): premier model organic resource for mammalian genomics and genetics」。Nucleic Acids Res . 39 (データベース号)。イギリス: D842-8。doi : 10.1093/ nar /gkq1008。PMC 3013640。PMID 21051359。
- ^ Finger, Jacqueline H; Smith Constance M; Hayamizu Terry F; McCright Ingeborg J; Eppig Janan T; Kadin James A; Richardson Joel E; Ringwald Martin (2011 年 1 月). 「マウス遺伝子発現データベース (GXD): 2011 年更新」. Nucleic Acids Res . 39 (データベース号). イギリス: D835-41. doi :10.1093/nar/gkq1132. PMC 3013713. PMID 21062809 .
- ^ abcd Eppig JT、Richardson JE、Kadin JA、Ringwald M、Blake JA、Bult CJ (2015 年 8 月)。「マウスゲノムインフォマティクス (MGI): 25 年間を振り返る」。Mamm Genome . 26 (7–8): 272–84. doi :10.1007/s00335-015-9589-4. PMC 4534491 . PMID 26238262.
外部リンク
- Bult, Carol J.; Blake, Judith A.; Smith, Cynthia L.; Kadin, James A.; Richardson, Joel E.; Mouse Genome Database Group (2019-01-08). 「マウスゲノムデータベース (MGD) 2019」. Nucleic Acids Research . 47 (D1): D801–D806. doi :10.1093/nar/gky1056. ISSN 1362-4962. PMC 6323923. PMID 30407599 .
Wikidata には次のプロパティがあります:
マウスゲノムインフォマティクスID (P671) (使用法を参照)
- マウスゲノムインフォマティクスホームページ
- Smith, Constance M.; Hayamizu, Terry F.; Finger, Jacqueline H.; Bello, Susan M.; McCright, Ingeborg J.; Xu, Jingxia; Baldarelli, Richard M.; Beal, Jonathan S.; Campbell, Jeffrey; Corbani, Lori E.; Frost, Pete J. (2019-01-08). 「マウス遺伝子発現データベース (GXD): 2019 アップデート」. Nucleic Acids Research . 47 (D1): D774–D779. doi :10.1093/nar/gky922. ISSN 1362-4962. PMC 6324054. PMID 30335138 .
- マウスゲノムインフォマティクス出版物
- Open Door ワークショップのチュートリアル[永久リンク切れ ]
- 遺伝子発現データベース (GXD)