ホモロ遺伝子

HomoloGeneは、米国国立生物工学情報センター（NCBI）のツールであり、完全に配列決定された複数の真核生物ゲノムの注釈付き遺伝子間の相同性（共通の祖先からの派生に起因する類似性）を自動的に検出するシステムです。 [ ^1]

HomoloGene 処理は、入力生物からのタンパク質分析から構成されます。配列は blastp を使用して比較され、次に配列類似性から構築された分類ツリーを使用してマッチングされ、グループ分けされます。分類ツリーでは、まず関連度の高い生物がマッチングされ、次にさらに生物がツリーに追加されます。タンパク質のアラインメントは対応する DNA 配列にマッピングされ、次に分子距離としての距離メトリック ( Jukes および Cantor (1969))、Ka/Ks 比を計算できます。

シーケンスは、二部マッチングで、局所的ではなく全体的にスコアを最大化するヒューリスティック アルゴリズムを使用してマッチングされます (完全な二部グラフを参照)。次に、各マッチングの統計的有意性を計算します。位置ごとにカットオフが行われ、Ks 値が設定されて、誤った「オルソログ」がグループ化されるのを防ぎます。「パラログ」は、種内で他の種よりも近いシーケンスを見つけることによって識別されます。

このリソースは2014年に更新を停止しました。^[2]

「ホモ・サピエンス、パン・トログロダイト、ハツカネズミ、ドブネズミ、イヌ・ルプス・ファミアリス、ボス・タウルス、ガルス・ガルス、アフリカツメガエル、ダニオ・レリオ」

「キイロショウジョウバエ、ハマダラカ、線虫」

「サッカロミセス・セレビシエ、シゾサッカロミセス・ポンベ、クルイベロミセス・ラクティス、エレモテシウム・ゴシッピ、マグナポルテ・グリセア、 ニューロスポラ・クラッサ」

「シロイヌナズナ」

「イネ」

「熱帯熱マラリア原虫」。

HomoloGene はすべての Entrez データベースにリンクされており、これらのリンクの相同性と表現型の情報に基づいています。

• マウスゲノムインフォマティクス（MGI）、
• ゼブラフィッシュ情報ネットワーク（ZFIN）
• サッカロミセスゲノムデータベース（SGD）、
• オルソロググループクラスター（COG）
• フライベース、
• ヒトにおけるオンラインメンデル遺伝(OMIM)

その結果、HomoloGene は遺伝子、タンパク質、表現型、保存ドメインに関する情報を表示します。

Wikidata には次のプロパティがあります:

• HomoloGene ID (P593) (用途を参照)