RNAに関する背景知識 RNAの化学構造。RNA分子ごとに塩基配列が異なる。 RNAは、個々の構成要素がヌクレオチドと呼ばれる大きな生体分子の一種です。ポリ(A)テール （ポリアデニル酸テール）[ 8 ] アデニン 、Cはシトシン 、Gはグアニン 、Uはウラシル）で略記される方法を反映しています。RNAは DNA テンプレートから生成（転写 [ 9 ]
メッセンジャーRNA（mRNA）は、タンパク質合成（翻訳 非翻訳領域は 、mRNAの活性を調節します。[ 10 ] [ 11 ]
核ポリアデニル化
機構 真核生物の核内の進行性 ポリアデニル化複合体は、前駆体mRNA などのRNAポリメラーゼII の産物に作用します。ここで、多タンパク質複合体（右側の構成要素を参照） [ 19 ] CPSF [ 14 ] [ 19 ] [ 20 ] ポリアデニル化シグナル配列AAUAAAが存在することが多いが、 CPSF との結合が弱い変異体も存在する。[ 19 ] [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] RNA切断複合体によって認識される配列モチーフであるポリアデニル化シグナルは 、真核生物のグループによって異なる。ヒトのポリアデニル化部位のほとんどはAAUAAA配列を含んでいるが[ 22 ] [ 28 ]
RNAは通常、転写終結前に切断される。これは、CstFがRNAポリメラーゼIIにも結合するためである。[ 29 ] [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ]
RNAが切断されると、ポリアデニル化が始まり、ポリアデニル酸ポリメラーゼによって触媒されます。ポリアデニル酸ポリメラーゼは、 アデノシン三リン酸 からアデノシン一リン酸 単位をRNAに付加し、ピロリン酸を 切断することによってポリ(A)テールを構築します。[ 33 ] ヌクレオチド 長になると、酵素はCPSFに結合できなくなり、ポリアデニル化が停止し、ポリ(A)テールの長さが決定されます。[ 34 ] [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] 3 '、一次転写産物上の⁵'AAUAAA 3 '）に到達すると、転写の終了が通知される。[ 38 ] イントロンを 除去する複合体であるスプライソソームにも物理的に連結している。 [ 27 ]
下流への影響 ポリ(A)テールは、ポリ(A)結合タンパク質 の結合部位として機能します。ポリ(A)結合タンパク質は、核からの輸送と翻訳を促進し、分解を阻害します。[ 39 ] エキソソーム によって分解されます。[ 40 ] [ 41 ] [ 40 ] 開始因子 -4Gであり、これは40S リボソームサブユニットをリクルートします。[ 42 ] [ 43 ] [ 44 ]
脱アデニル化 真核体細胞 では、細胞質内のほとんどのmRNAのポリ(A)テールは徐々に短くなり、ポリ(A)テールが短いmRNAは翻訳が少なくなり、より早く分解される。[ 45 ] [ 46 ] 3'非翻訳領域 に相補的なマイクロRNAによって加速されることがある。 [ 47 ] 未成熟卵細胞 では、ポリ(A)テールが短縮したmRNAは分解されず、代わりに保存され、翻訳活性を持たない。これらの短いテールを持つmRNAは、受精後、卵活性化 中に細胞質ポリアデニル化によって活性化される。[ 48 ]
動物では、ポリ(A)リボヌクレアーゼ( PARN )が5'キャップ に結合し、ポリ(A)テールからヌクレオチドを除去することができる。5'キャップとポリ(A)テールへのアクセスレベルは、mRNAが分解される速さを制御する上で重要である。RNAが開始因子4E(5'キャップ)と4G(ポリ(A)テール)によって結合されている場合、PARNの脱アデニル化は少なくなるため、翻訳によって脱アデニル化が減少する。脱アデニル化の速度は、RNA結合タンパク質によっても調節される可能性がある。さらに、RNA三重らせん構造や、ポリ(A)テール3'末端結合ポケットなどのRNAモチーフは、脱アデニル化プロセスを遅らせ、ポリ(A)テールの除去を阻害する。[ 49 ] 出芽酵母 やヒト細胞における脱アデニル化には、他にもいくつかのタンパク質が関与しており、中でもCCR4-Not 複合体が最も注目されている。[ 50 ]
細胞質ポリアデニル化 動物細胞の一部の細胞質、すなわち生殖細胞 、初期胚発生 期、および神経細胞 のシナプス 後部ではポリアデニル化が起こる。これにより、ポリ(A)テールが短いmRNAのポリ(A)テールが長くなり、mRNAが翻訳さ れるようになる。[ 45 ] [ 51 ] [ 3 ]
マウスの初期胚では、卵細胞由来の母性RNAの細胞質ポリアデニル化により、転写が2細胞期（ヒトでは4細胞期）の中頃まで開始されないにもかかわらず、細胞は生存し成長することができる。[ 52 ] [ 53 ] 長期増強 に役割を果たしている可能性があり、学習と記憶の形成に重要である。[ 3 ] [ 54 ]
細胞質ポリアデニル化にはRNA結合タンパク質CPSF とCPEBが必要であり、 Pumilio などの他のRNA結合タンパク質も関与する可能性がある。[ 55 ] GLD-2の 場合もある。[ 56 ]
同一遺伝子上で異なるポリアデニル化部位を使用した結果
代替ポリアデニル化 多くのタンパク質コード遺伝子には複数のポリアデニル化部位があるため、1つの遺伝子で3'末端 が異なる複数のmRNAをコードできます。[ 28 ] [ 57 ] [ 58 ] [ 59 ] [ 60 ] [ 61 ] [ 62 ] リボシークエンシング データ（リボソーム内のmRNAのみの配列決定）は、3'UTRが短いmRNAアイソフォームの方が翻訳されやすいことを示している。[ 59 ]
代替ポリアデニル化は3' UTR の長さを変えるため、[ 63 ] マイクロRNA の結合部位も変化します。 [ 20 ] [ 64 ] [ 65 ] [ 66 ] [ 67 ] [ 68 ] [ 28 ]
ポリ(A)部位の選択は細胞外刺激によって影響を受ける可能性があり、ポリアデニル化に関与するタンパク質の発現に依存します。[ 69 ] [ 70 ] マクロファージでは、 リポ多糖類 （免疫応答を引き起こす細菌化合物のグループ）に応答して、切断刺激因子 （CstF）のサブユニットであるCstF-64 の発現が増加します。これにより、弱いポリ(A)部位が選択され、転写産物が短くなります。これにより、リゾチーム やTNF-α などの防御関連産物のmRNAの3'非翻訳領域にある調節エレメントが除去されます。これらのmRNAは半減期が長くなり、これらのタンパク質をより多く産生します。[ 69 ] [ 71 ] [ 72 ] [ 73 ] [ 74 ] ポリアデニル化シグナル付近のDNAメチル化 も同様である。[ 75 ] [ 76 ]
歴史 ポリ(A)ポリメラーゼは、1960年に細胞核抽出物中の酵素活性 として初めて同定され、 ATPをポリアデニンに重合できるがADPは重合できないことが分かった。 [ 101 ] [ 102 ] [ 103 ] [ 104 ] [ 103 ]
参考文献 1 2 Guhaniyogi J 、Brewer G (2001 年3 月 )。 「哺乳類細胞における mRNA 安定 性 の調節」 。Gene。265 ( 1–2 ): 11–23。doi : 10.1016 /S0378-1119(01) 00350 - X。PMC 3340483。PMID 11255003 。 1 2 3 Richter JD (1999 年 6 月) 「発生とその後の細胞質ポリアデニル化」 Microbiology and Molecular Biology Reviews 63 (2): 446–56 . doi : 10.1128/MMBR.63.2.446-456.1999 . PMC 98972 . PMID 10357857 . ↑ Steege DA (2000年8月) 「細菌におけるmRNA分解の新たな特徴」 RNA 6 ( 8 ) S1355838200001023: 1079–90 . doi : 10.1017/S1355838200001023 . PMC 1369983 . PMID 10943888 . ↑ Zhuang Y, Zhang H, Lin S (2013年6月). "藻類における18S rRNAのポリアデニル化(1)". Journal of Phycology . 49 (3): 570–9 . Bibcode : 2013JPcgy..49..570Z . doi : 10.1111/jpy.12068 . PMID 27007045. S2CID 19863143 . ↑ Anderson JT (2005 年 8 月) 「RNA ターンオーバー: テール化の予期せぬ結果」 Current Biology 15 ( 16): R635-8. Bibcode : 2005CBio...15.R635A . doi : 10.1016/j.cub.2005.08.002 . PMID 16111937 . S2CID 19003617 . 1 2 Sarkar N (1997年6月)「原核生物におけるmRNAのポリアデニル化」 Annual Review of Biochemistry . 66 (1): 173–97 . doi : 10.1146/annurev.biochem.66.1.173 . PMID 9242905 . ↑ Stevens A (1963). "リボ核酸-生合成と分解". Annual Review of Biochemistry . 32 : 15– 42. doi : 10.1146/annurev.bi.32.070163.000311 . PMID 14140701 . ↑ Lehninger AL 、 Nelson DL、Cox MM 編 (1993)。 生化学 の原理 （第 2 版）。ニューヨーク: Worth。pp. 870–872。ISBN 0-87901-711-2 。↑ Abaza I 、Gebauer F (2008 年3 月 ) 。 「RNA結合タンパク質との翻訳の交換」 。RNA。14 ( 3 ): 404–9。doi : 10.1261 / rna.848208。PMC 2248257。PMID 18212021 。 ↑ Mattick JS、Makunin IV (2006 年 4 月)。 「非コード RNA」 。Human Molecular Genetics。15 特集号 No 1 (90001) : R17-29。doi : 10.1093/hmg/ ddl046。PMID 16651366 。 ↑ "PABPC1 ポリ(A)結合タンパク質細胞質1 [ ヒト ] " 。米国 国立医学図書館 。米国国立生物工学情報センター。2025年9月14日。 2025年 9月14日 取得 。 1 2 Hunt AG、Xu R、Addepalli B、Rao S、Forbes KP、Meeks LR、Xing D、Mo M、Zhao H、Bandyopadhyay A、Dampanaboina L、Marion A、Von Lanken C、Li QQ (2008 年 5 月)。 「 シロイヌナズナ mRNA ポリアデニル 化 機構: タンパク質間相互作用と遺伝子発現プロファイリングの包括的解析」 。BMC Genomics。9 : 220。doi : 10.1186 /1471-2164-9-220。PMC 2391170。PMID 18479511 。 1 2 Dávila López M 、Samuelsson T (2008 年 1 月 ) 。 「ヒストン mRNA 3′ 末端 処理 の 初期進化」 。RNA。14 (1): 1– 10。doi : 10.1261 / rna.782308。PMC 2151031。PMID 17998288 。 ↑ Marzluff WF、Gongidi P 、 Woods KR、Jin J、Maltais LJ (2002 年11月)。「 ヒト とマウス の 複製依存性ヒストン遺伝子」。Genomics。80 ( 5): 487–98。doi : 10.1016/S0888-7543(02) 96850-3。PMID 12408966 。 ↑ Saini HK、Griffiths - Jones S、Enright AJ (2007 年 11月)。 「ヒトマイクロRNA転写産物のゲノム解析」 。 米国 科学 アカデミー 紀要 。104 ( 45 ): 17719–24。Bibcode : 2007PNAS..10417719S。doi : 10.1073 / pnas.0703890104。PMC 2077053。PMID 17965236 。 ↑ Yoshikawa M, Peragine A, Park MY, Poethig RS (2005 年 9 月). "シロイヌナズナにおけるトランス作用型 siRNA の生合成経路" . Genes & Development . 19 (18): 2164–75 . doi : 10.1101/gad.1352605 . PMC 1221887 . PMID 16131612 . ↑ Amaral PP、Mattick JS（2008年8月）。「発生における 非 コード RNA 」 。Mammalian Genome。19 （ 7–8 ） ： 454–92。doi ： 10.1007 / s00335-008-9136-7。PMID 18839252。S2CID 206956408 。 1 2 3 4 Bienroth S 、 Keller W、Wahle E ( 1993 年2 月 ) 。 「プロセス型メッセンジャー RNA ポリアデニル化複合体の構築」 。The EMBO Journal。12 ( 2): 585–94。doi : 10.1002 /j.1460-2075.1993.tb05690.x。PMC 413241。PMID 8440247 。 1 2 Liu D, Brockman JM, Dass B, Hutchins LN, Singh P, McCarrey JR, MacDonald CC, Graber JH (2006). "マウス精子形成中のmRNA 3′-プロセシングシグナルの系統的変動" . Nucleic Acids Research . 35 (1): 234– 46. doi : 10.1093/nar/gkl919 . PMC 1802579 . PMID 17158511 . ↑ Lutz CS (2008 年 10 月)「代替ポリアデニル化: mRNA 3′ 末端形成のひねり」 ACS Chemical Biology . 3 (10): 609–17 . doi : 10.1021/cb800138w . PMID 18817380 . 1 2 Beaudoing E、Freier S、Wyatt JR、Claverie JM、Gautheret D (2000年7月)。 「 ヒト 遺伝子 における バリアントポリアデニル化シグナル使用 パターン」 。Genome Research。10 ( 7): 1001–10。doi : 10.1101 /gr.10.7.1001。PMC 310884。PMID 10899149 。 ↑ Brown KM、Gilmartin GM（2003年12月）。 「 ヒト 切断因子Imによるpre-mRNA 3 ′プロセシングの調節機構」 。Molecular Cell。12 （ 6）： 1467–76。doi ： 10.1016/S1097-2765(03) 00453-2。PMID 14690600 。 ↑ Yang Q、Gilmartin GM、 Doublié S (2010年6月)。 「Nudixタンパク質CFI(m)25によるUGUA認識の構造的基盤とmRNA 3′プロセシングにおける調節的役割への示唆 」 。 米国 科学 アカデミー 紀要 。107 ( 22 ) : 10062–7。Bibcode : 2010PNAS..10710062Y。doi : 10.1073 / pnas.1000848107。PMC 2890493。PMID 20479262 。 ↑ Yang Q、Coseno M、Gilmartin GM、Doublié S (2011年3月)。 「ヒト切断因子CFI(m)25/CFI(m)68/RNA複合体の結晶構造は、ポリ(A)部位認識とRNAループ形成に関する知見 を 提供 する 」 。Structure。19 ( 3 ) : 368–77。doi : 10.1016 / j.str.2010.12.021。PMC 3056899。PMID 21295486 。 ↑ Venkataraman K、Brown KM、Gilmartin GM (2005 年 6 月)。 「非標準的なポリ(A)部位の解析により、脊椎動物のポリ(A)部位認識のための三者機構が明らかになっ た 」 。Genes & Development。19 ( 11 ) : 1315–27。doi : 10.1101 / gad.1298605。PMC 1142555。PMID 15937220 。 1 2 Millevoi S、Loulergue C、Dettwiler S、Karaa SZ、Keller W、Antoniou M、Vagner S (2006 年 10 月)。 「 U2AF 65と CF I(m) の相互作用により 、 スプライシングと 3′ 末端処理機構が連結される」 。The EMBO Journal。25 ( 20): 4854–64。doi : 10.1038 / sj.emboj.7601331。PMC 1618107。PMID 17024186 。 1 2 3 Shen Y, Ji G, Haas BJ, Wu X, Zheng J, Reese GJ, Li QQ (2008 年 5 月). 「イネ mRNA 3′-末端プロセシングシグナルと代替ポリアデニル化のゲノムレベル解析」 . Nucleic Acids Research . 36 (9): 3150–61 . doi : 10.1093/nar/ gkn158 . PMC 2396415. PMID 18411206 . ↑ Glover-Cutter K、Kim S、Espinosa J、Bentley DL (2008 年 1 月)。 「RNA ポリメラーゼII は 一時停止し、遺伝子の両端で pre-mRNA プロセシング因子と結合する」 。Nature Structural & Molecular Biology。15 ( 1 ) : 71–8。doi : 10.1038 /nsmb1352。PMC 2836588。PMID 18157150 。 ↑ 細胞の分子生物学、第 6 章「DNA から RNA へ」。第 4 版。Alberts B、Johnson A、Lewis J 他。ニューヨーク: Garland Science; 2002 年。 ↑ Stumpf G, Domdey H (November 1996). "Dependence of yeast pre-mRNA 3′-end processing on CFT1: a sequence homolog of the mammalian AAUAAA binding factor". Science . 274 (5292): 1517– 20. Bibcode :1996Sci...274.1517S. doi :10.1126/science.274.5292.1517. PMID 8929410. S2CID 34840144. ↑ Iseli C, Stevenson BJ, de Souza SJ, Samaia HB, Camargo AA, Buetow KH, Strausberg RL, Simpson AJ, Bucher P, Jongeneel CV (July 2002). "Long-range heterogeneity at the 3′ ends of human mRNAs". Genome Research . 12 (7): 1068– 74. doi :10.1101/gr.62002. PMC 186619 . PMID 12097343. ↑ Balbo PB, Bohm A (September 2007). "Mechanism of poly(A) polymerase: structure of the enzyme-MgATP-RNA ternary complex and kinetic analysis". Structure . 15 (9): 1117– 31. doi :10.1016/j.str.2007.07.010. PMC 2032019 . PMID 17850751. ↑ Viphakone N, Voisinet-Hakil F, Minvielle-Sebastia L (April 2008). "Molecular dissection of mRNA poly(A) tail length control in yeast". Nucleic Acids Research . 36 (7): 2418– 33. doi :10.1093/nar/gkn080. PMC 2367721 . PMID 18304944. ↑ Wahle E (February 1995). "Poly(A) tail length control is caused by termination of processive synthesis". The Journal of Biological Chemistry . 270 (6): 2800– 8. doi :10.1074/jbc.270.6.2800 . PMID 7852352. ↑ Dichtl B, Blank D, Sadowski M, Hübner W, Weiser S, Keller W (August 2002). "Yhh1p/Cft1p directly links poly(A) site recognition and RNA polymerase II transcription termination". The EMBO Journal . 21 (15): 4125– 35. doi :10.1093/emboj/cdf390. PMC 126137 . PMID 12145212. ↑ Nag A、Narsinh K、Martinson HG (2007年7月)。「ポリ(A)依存性転写一時停止は、ポリメラーゼ本体に作用するCPSFによって媒介される」。Nature Structural & Molecular Biology。14 ( 7 ) : 662–9。doi : 10.1038 / nsmb1253。PMID 17572685。S2CID 5777074 。 ↑ Tefferi A、Wieben ED、Dewald GW、Whiteman DA、Bernard ME、Spelsberg TC (2002 年 8 月)。「医療ゲノミクス入門 パート II: 分子遺伝学における背景原理と方法 」 。Mayo Clinic Proceedings。77 ( 8 ) : 785–808。doi : 10.4065 / 77.8.785。PMID 12173714。S2CID 2237085 。 ↑ Coller JM、Gray NK、Wickens MP (1998 年 10 月)。 「 ポリ (A)結合タンパク質による mRNA の安定化はポリ(A)とは独立しており、翻訳を必要とする 」 。Genes & Development。12 ( 20 ) : 3226–35。doi : 10.1101 / gad.12.20.3226。PMC 317214。PMID 9784497 。 1 2 Siddiqui N、Mangus DA、Chang TC、Palermino JM、Shyu AB、Gehring K (2007 年 8 月)。 「 ポリ ( A) ヌクレアーゼはポリ(A) 結合タンパク質の C 末端ドメインと相互作用する」 。The Journal of Biological Chemistry。282 ( 34): 25067–75。doi : 10.1074 / jbc.M701256200。PMID 17595167 。 ↑ Vinciguerra P、Stutz F (2004年6月)「mRNA輸出：遺伝子から核膜孔までの組み立てライン」 Current Opinion in Cell Biology . 16 (3): 285–92 . doi : 10.1016/j.ceb.2004.03.013 . PMID 15145353 . ↑ Gray NK、Coller JM、Dickson KS、Wickens M（2000年9 月 ）。 「ポリ(A)結合タンパク質の複数の部分がin vivoでの翻訳を刺激する」 。The EMBO Journal。19 （ 17 ） ： 4723–33。doi ： 10.1093 / emboj /19.17.4723。PMC 302064。PMID 10970864 。 ↑ Meaux S、Van Hoof A ( 2006 年7月)。 「内部リボザイムによって切断された酵母転写産物は、翻訳とmRNA分解におけるキャップとポリ(A)テールの役割に関する新たな知見を 提供 する 」 。RNA。12 ( 7 ) : 1323–37。doi : 10.1261 / rna.46306。PMC 1484436。PMID 16714281 。 ↑ Kargapolova Y、Levin M、Lackner K、Danckwardt S (2017年6月)。 「sCLIP - 生物医学研究におけるRNA-タンパク質相互作用ネットワークを研究するための統合プラットフォーム：小型核RNAの代替プロセシングにおけるCSTF2tauの同定」 。Nucleic Acids Research。45 ( 10 ) : 6074–6086。doi : 10.1093 / nar / gkx152。PMC 5449641。PMID 28334977 。 1 2 Meijer HA、Bushell M、Hill K、Gant TW、Willis AE、Jones P、de Moor CH (2007)。 「ポリ(A)分画 のための新しい方法により 、 哺乳類細胞における短いポリ(A)テールを 持つmRNAの大きな集団が明らかになった」 。Nucleic Acids Research。35 ( 19 ): e132。doi : 10.1093/nar/ gkm830。PMC 2095794。PMID 17933768 。 ↑ Lehner B 、Sanderson CM ( 2004 年7 月 ) 。 「ヒト mRNA 分解 の ためのタンパク質相互作用フレームワーク」 。Genome Research。14 (7): 1315–23。doi : 10.1101/ gr.2122004。PMC 442147。PMID 15231747 。 ↑ Wu L、Fan J、Belasco JG (2006 年 3 月 )。 「マイクロ RNA は mRNA の迅速な脱アデニル化を誘導する」 。 米国 科学 アカデミー 紀要 。103 ( 11 ) : 4034–9。Bibcode : 2006PNAS..103.4034W。doi : 10.1073 / pnas.0510928103。PMC 1449641。PMID 16495412 。 ↑ Cui J 、Sackton KL、Horner VL、Kumar KE、Wolfner MF (2008 年 4 月)。 「 GLD - 2 の ショウジョウバエ相同体 Wispy は卵形成と卵活性化に必要である」 。Genetics。178 ( 4 ): 2017–29。doi : 10.1534 / genetics.107.084558。PMC 2323793。PMID 18430932 。 ↑ Torabi, Seyed-Fakhreddin; Vaidya, Anand T.; Tycowski, Kazimierz T.; DeGregorio, Suzanne J.; Wang, Jimin; Shu, Mei-Di; Steitz, Thomas A.; Steitz, Joan A. (2021-02-05). "RNA stabilization by a poly(A) tail 3′-end binding pocket and other modes of poly(A)-RNA interaction" . Science . 371 (6529) eabe6523. doi : 10.1126/science.abe6523 . ISSN 0036-8075 . PMC 9491362 . PMID 33414189 . S2CID 231195473 . ↑ Wilusz CJ、Wormington M 、Peltz SW (2001 年 4月)。「mRNAターンオーバーの キャップからテールへのガイド」。Nature Reviews Molecular Cell Biology。2 ( 4 ): 237–46。doi : 10.1038/35067025。PMID 11283721。S2CID 9734550 。 ↑ Jung MY、Lorenz L、Richter JD (2006 年 6 月)。 「ニューログイジン による 翻訳制御、真核生物の開始因子 4E および CPEB 結合タンパク質」 。 分子 細胞 生物 学 。26 ( 11 ): 4277–87。doi : 10.1128 /MCB.02470-05。PMC 1489097。PMID 16705177 。 ↑ Sakurai T, Sato M, Kimura M (2005年11月). "成熟卵母細胞から2細胞胚段階までのマウス母性mRNAのポリ(A)テールの伸長と短縮の多様なパターン". Biochemical and Biophysical Research Communications . 336 (4): 1181–9 . Bibcode : 2005BBRC..336.1181S . doi : 10.1016/j.bbrc.2005.08.250 . PMID 16169522 . ↑ Taft RA (January 2008). "Virtues and limitations of the preimplantation mouse embryo as a model system". Theriogenology . 69 (1): 10– 6. doi :10.1016/j.theriogenology.2007.09.032. PMC 2239213 . PMID 18023855. ↑ Richter JD (June 2007). "CPEB: a life in translation". Trends in Biochemical Sciences . 32 (6): 279– 85. doi :10.1016/j.tibs.2007.04.004. PMID 17481902. ↑ Piqué M, López JM, Foissac S, Guigó R, Méndez R (February 2008). "A combinatorial code for CPE-mediated translational control". Cell . 132 (3): 434– 48. doi :10.1016/j.cell.2007.12.038 . PMID 18267074. S2CID 16092673. ↑ Benoit P, Papin C, Kwak JE, Wickens M, Simonelig M (June 2008). "PAP- and GLD-2-type poly(A) polymerases are required sequentially in cytoplasmic polyadenylation and oogenesis in Drosophila". Development . 135 (11): 1969– 79. doi :10.1242/dev.021444 . PMC 9154023 . PMID 18434412. ↑ Tian B, Hu J, Zhang H, Lutz CS (2005). "A large-scale analysis of mRNA polyadenylation of human and mouse genes". Nucleic Acids Research . 33 (1): 201– 12. doi :10.1093/nar/gki158. PMC 546146 . PMID 15647503. ↑ Danckwardt S, Hentze MW, Kulozik AE (February 2008). "3′ end mRNA processing: molecular mechanisms and implications for health and disease". The EMBO Journal . 27 (3): 482– 98. doi :10.1038/sj.emboj.7601932. PMC 2241648 . PMID 18256699. 1 2 Tian, Bin; Manley, James L. (2017). "Alternative polyadenylation of mRNA precursors". Nature Reviews. Molecular Cell Biology . 18 (1): 18– 30. doi :10.1038/nrm.2016.116. ISSN 1471-0080. PMC 5483950 . PMID 27677860. ↑ Zhang, Haibo; Lee, Ju Youn; Tian, Bin (2005). "Biased alternative polyadenylation in human tissues". Genome Biology . 6 (12): R100. doi :10.1186/gb-2005-6-12-r100 . ISSN 1474-760X. PMC 1414089 . PMID 16356263. ↑ Smibert, Peter; Miura, Pedro; Westholm, Jakub O.; Shenker, Sol; May, Gemma; Duff, Michael O.; Zhang, Dayu; Eads, Brian D.; Carlson, Joe; Brown, James B.; Eisman, Robert C. (2012). "Global patterns of tissue-specific alternative polyadenylation in Drosophila". Cell Reports . 1 (3): 277– 289. doi :10.1016/j.celrep.2012.01.001. ISSN 2211-1247. PMC 3368434 . PMID 22685694. ↑ Lee, Ju Youn; Ji, Zhe; Tian, Bin (2008). "Phylogenetic analysis of mRNA polyadenylation sites reveals a role of transposable elements in evolution of the 3'-end of genes". Nucleic Acids Research . 36 (17): 5581– 5590. doi :10.1093/nar/gkn540. ISSN 1362-4962. PMC 2553571 . PMID 18757892. ↑ Ogorodnikov A, Kargapolova Y, Danckwardt S (June 2016). "Processing and transcriptome expansion at the mRNA 3′ end in health and disease: finding the right end". Pflügers Archiv . 468 (6): 993– 1012. doi :10.1007/s00424-016-1828-3. PMC 4893057 . PMID 27220521. ↑ Sandberg R、Neilson JR、Sarma A、Sharp PA、Burge CB (2008年6月)。 「増殖細胞は3'非翻訳領域が短縮され、マイクロRNA標的部位が少ないmRNAを 発現 する 」 。Science。320 ( 5883 ) : 1643–7。Bibcode : 2008Sci ... 320.1643S。doi : 10.1126 / science.11 55390。PMC 2587246。PMID 18566288 。 ↑ Tili E、Michaille JJ、Calin GA (2008 年 4 月)。 「正常状態または疾患状態における免疫細胞でのマイクロ RNA の発現と機能」 。International Journal of Medical Sciences。5 ( 2 ): 73–9。doi : 10.7150 / ijms.5.73。PMC 2288788。PMID 18392144 。 ↑ Ghosh T、Soni K 、 Scaria V、Halimani M、Bhattacharjee C、Pillai B (2008年11月)。 「 マウス 細胞質β-アクチン遺伝子の代替ポリA付加変異体のマイクロRNAを介したアップレギュレーション」 。Nucleic Acids Research。36 ( 19 ): 6318–32。doi : 10.1093/nar / gkn624。PMC 2577349。PMID 18835850 。 ↑ Alt FW、Bothwell AL、Knapp M、Siden E、Mather E、Koshland M、Baltimore D (1980年6月)。「分泌型および膜結合型免疫グロブリンμ重鎖の合成は、3'末端が異なるmRNAによって制御される」。Cell。20 ( 2 ) : 293–301。doi : 10.1016 / 0092-8674 ( 80 ) 90615-7。PMID 6771018。S2CID 7448467 。 ↑ Tian B 、 Pan Z、Lee JY (2007 年 2 月 )。 「イントロンにおける広範な mRNA ポリアデニル化イベントは、ポリアデニル化とスプライシングの動的な相互作用を示唆する 」 。Genome Research。17 ( 2 ) : 156–65。doi : 10.1101 / gr.5532707。PMC 1781347。PMID 17210931 。 1 2 Shell SA、Hesse C、Morris SM、Milcarek C (2005 年 12 月)。 「リポ多糖刺激マクロファージにおける 64 kDa 切断刺激因子 (CstF-64) の高レベルは遺伝子発現に影響を与え、代替ポリ (A) 部位選択を誘導する」 。The Journal of Biological Chemistry。280 ( 48 ): 39950–61。doi : 10.1074 /jbc.M508848200。PMID 16207706 。 ↑ Ogorodnikov A、Levin M、Tattikota S、Tokalov S、Hoque M、Scherzinger D、Marini F、Poetsch A、Binder H、Macher-Göppinger S、Probst HC、Tian B、Schaefer M、Lackner KJ、Westermann F、Danckwardt S (2018 年 12 月)。 「 PCF11によるトランスクリプトーム 3′ 末端の組織化は 、代替ポリアデニル化 と 神経芽腫の形成および神経分化を結びつける」 。Nature Communications。9 ( 1 ) 5331。Bibcode : 2018NatCo... 9.5331O。doi : 10.1038 / s41467-018-07580-5。PMC 6294251。PMID 30552333 。 ↑ Licatalosi DD、Mele A、Fak JJ、Ule J、Kayikci M、Chi SW、Clark TA、Schweitzer AC、Blume JE、Wang X、Darnell JC、Darnell RB (2008年11月)。 「 HITS - CLIP により 脳 の 代替RNAプロセシングに関するゲノムワイドな知見が得られる」 。Nature。456 ( 7221 ): 464–9。Bibcode : 2008Natur.456..464L。doi : 10.1038 / nature07488。PMC 2597294。PMID 18978773 。 ↑ Hall-Pogar T、Liang S、Hague LK、Lutz CS ( 2007 年7月)。 「特定 の トランス作用タンパク質は、COX-2 3′-UTRの補助RNAポリアデニル化エレメントと相互作用 する 」 。RNA。13 ( 7 ) : 1103–15。doi : 10.1261 / rna.577707。PMC 1894925。PMID 17507659 。 ↑ Danckwardt S、Kaufmann I、Gentzel M、Foerstner KU、Gantzert AS、Gehring NH、Neu-Yilik G、Bork P、Keller W、Wilm M、Hentze MW、Kulozik AE (2007 年 6 月)。 「 スプライシング因子は非標準的な 3′ 末端形成シグナルで USE を介してポリアデニル化を促進する 」 。The EMBO Journal。26 ( 11 ) : 2658–69。doi : 10.1038 / sj.emboj.7601699。PMC 1888663。PMID 17464285 。 ↑ Danckwardt S、Gantzert AS、Macher-Goeppinger S、Probst HC、Gentzel M、Wilm M、Gröne HJ、Schirmacher P、Hentze MW、Kulozik AE (2011年2月)。 「 p38 MAPK は RNA 3'末端プロセシングの制御によりプロトロンビン発現を制御する」 。Molecular Cell。41 ( 3 ): 298–310。doi : 10.1016 / j.molcel.2010.12.032。PMID 21292162 。 ↑ Wood AJ、Schulz R、Woodfine K、Koltowska K、Beechey CV、Peters J、Bourc'his D、Oakey RJ (2008 年 5 月)。 「 ゲノムインプリンティングによる 代替 ポリアデニル化 の 制御」 。Genes & Development。22 ( 9): 1141–6。doi : 10.1101 / gad.473408。PMC 2335310。PMID 18451104 。 ↑ Marini F 、Scherzinger D、Danckwardt S (2021)。 「TREND-DB - 代替ポリアデニル化 の動的 な 景観のトランスクリプトームワイドアトラス」 。Nucleic Acids Research。49 ( D1 ): D :243–D253。doi : 10.1093/nar/ gkaa722。PMC 7778938。PMID 32976578 。 ↑ Reinisch KM、Wolin SL（2007 年 4月）。「非コードRNA品質管理における新たなテーマ」。Current Opinion in Structural Biology。17 （ 2）： 209–14。doi ： 10.1016 / j.sbi.2007.03.012。PMID 17395456 。 ↑ Jia H, Wang X, Liu F, Guenther UP, Srinivasan S, Anderson JT, Jankowsky E (2011年6月). "RNAヘリカーゼMtr4pはTRAMP複合体のポリアデニル化を調節する" . Cell . 145 ( 6): 890–901 . doi : 10.1016/j.cell.2011.05.010 . PMC 3115544. PMID 21663793 . ↑ LaCava J、Houseley J、Saveanu C 、Petfalski E 、Thompson E、Jacquier A、Tollervey D (2005 年 6 月)。 「 エキソソーム による RNA 分解 は核ポリアデニル化複合体によって促進される」 。Cell。121 ( 5): 713–24。doi : 10.1016 /j.cell.2005.04.029。PMID 15935758。S2CID 14898055 。 1 2 Martin G 、Keller W ( 2007 年11 月 ) 。 「RNA 特異的リボ ヌクレオチ ジルトランスフェラーゼ」 。RNA。13 (11) : 1834–49。doi : 10.1261 / rna.652807。PMC 2040100。PMID 17872511 。 ↑ Slomovic S 、 Laufer D、 Geiger D 、 Schuster G (2006)。 「ヒト細胞におけるリボソームRNAのポリアデニル化」 。Nucleic Acids Research。34 ( 10): 2966–75。doi : 10.1093/ nar / gkl357。PMC 1474067。PMID 16738135 。 ↑ レニエ P、アライアーノの CM (2000 年 3 月)。 「細菌における mRNA の分解: 普遍的な特徴の出現」。 バイオエッセイ 。 22 (3): 235–44 . 土井 : 10.1002/(SICI)1521-1878(200003)22:3 < 235::AID-BIES5 > 3.0.CO ; ２－２ ． PMID 10684583 。 S2CID 26109164 。 1 2 3 Anantharaman V、Koonin EV、Aravind L (2002 年 4 月)。 「RNA 代謝に関与するタンパク質の比較ゲノミクスと進化」 。Nucleic Acids Research。30 ( 7 ) : 1427–64。doi : 10.1093 / nar /30.7.1427。PMC 101826。PMID 11917006 。 1 2 Slomovic S、Portnoy V、Liveanu V、Schuster G ( 2006)。「原核生物と細胞小器官におけるRNAポリアデニル化；異なる尾部が異なる物語を語る」。Critical Reviews in Plant Sciences。25 ( 1): 65–77。Bibcode : 2006CRvPS..25 ... 65S。doi : 10.1080 / 07352680500391337。S2CID 86607431 。 ↑ Chang, Jeong Ho; Tong, Liang (2012). "ミトコンドリアポリ(A)ポリメラーゼとポリアデニル化" . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms . 1819 ( 9– 10): 992– 997. doi : 10.1016/j.bbagrm.2011.10.012 . ISSN 0006-3002 . PMC 3307840 . PMID 22172994 . ↑ Chang SA, Cozad M, Mackie GA, Jones GH (January 2008). "Kinetics of polynucleotide phosphorylase: comparison of enzymes from Streptomyces and Escherichia coli and effects of nucleoside diphosphates". Journal of Bacteriology . 190 (1): 98– 106. doi :10.1128/JB.00327-07. PMC 2223728 . PMID 17965156. ↑ Nagaike T, Suzuki T, Ueda T (April 2008). "Polyadenylation in mammalian mitochondria: insights from recent studies". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms . 1779 (4): 266– 9. doi :10.1016/j.bbagrm.2008.02.001. PMID 18312863. ↑ Walter M, Kilian J, Kudla J (December 2002). "PNPase activity determines the efficiency of mRNA 3′-end processing, the degradation of tRNA and the extent of polyadenylation in chloroplasts". The EMBO Journal . 21 (24): 6905– 14. doi :10.1093/emboj/cdf686. PMC 139106 . PMID 12486011. ↑ Portnoy V, Schuster G (2006). "RNA polyadenylation and degradation in different Archaea; roles of the exosome and RNase R". Nucleic Acids Research . 34 (20): 5923– 31. doi :10.1093/nar/gkl763. PMC 1635327 . PMID 17065466. ↑ Yehudai-Resheff S, Portnoy V, Yogev S, Adir N, Schuster G (September 2003). "Domain analysis of the chloroplast polynucleotide phosphorylase reveals discrete functions in RNA degradation, polyadenylation, and sequence homology with exosome proteins". The Plant Cell . 15 (9): 2003– 19. Bibcode :2003PlanC..15.2003Y. doi :10.1105/tpc.013326. PMC 181327 . PMID 12953107. ↑ Slomovic S、Portnoy V、Schuster G (2008)。「第24章 真核生物、細菌、古細菌、および細胞小器官におけるポリアデニル化RNAの検出と特性評価」。細菌、古細菌、および細胞小 器官 におけるRNAターンオーバー 。Methods in Enzymology。第 447巻、 501～ 20ページ 。doi : 10.1016/S0076-6879(08) 02224-6。ISBN 978-0-12-374377-0 PMID 19161858 . ↑ Portnoy V、Evguenieva-Hackenberg E、Klein F、Walter P、Lorentzen E、Klug G、Schuster G (2005 年 12 月)。 「古細菌における RNA ポリアデニル化: Haloferax では観察 されないが 、 Sulfolobus ではエキソソームが RNA をポリヌクレオチジル化する」 。EMBO Reports。6 ( 12 ) : 1188–93。doi : 10.1038 / sj.embor.7400571。PMC 1369208。PMID 16282984 。 ↑ Portnoy V、Schuster G (2008年6月)。 「 RNA が ポリアデニル化されていない最初の分析細菌としてのMycoplasma gallisepticum」 。FEMS Microbiology Letters。283 (1): 97– 103。doi : 10.1111 / j.1574-6968.2008.01157.x。PMID 18399989 。 ↑ Evguenieva-Hackenberg E、Roppelt V、Finsterseifer P、Klug G (2008 年 12 月)。「Rrp4 と Csl4 は、古細菌エクソソームによる合成 RNA および天然 RNA の効率的な分解には必要だが、ポリアデニル化には必要ない 」 。Biochemistry。47 ( 50 ) : 13158–68。doi : 10.1021 / bi8012214。PMID 19053279 。 1 2 Slomovic S、Portnoy V、Yehudai-Resheff S 、 Bronshtein E、Schuster G (2008 年 4 月)。「ポリヌクレオチドホスホリラーゼと古細菌エクソソームのポリ(A)ポリメラーゼとしての役割」。Biochimica et Biophysica Acta ( BBA) - Gene Regulatory Mechanisms。1779 (4): 247–55。doi: 10.1016 / j.bbagrm.2007.12.004。PMID 18177749 。 ↑ Poon, Leo LM; Pritlove, David C.; Fodor, Ervin; Brownlee, George G. (1999年4月1日). 「インフルエンザAウイルスmRNAのポリ(A)テールは、ビリオンRNAテンプレートのUトラックの反復コピーによって合成されるという直接的な証拠」 . Journal of Virology . 73 (4): 3473–3476 . doi : 10.1128/JVI.73.4.3473-3476.1999 . PMC 104115 . PMID 10074205 . ↑ ウー、フンイー。ケ・ティンヨン。リャオ、ウェイユ。チャン、ナイユン (2013)。 「感染時のコロナウイルスポリ(A)尾部の長さの調節」 。 プロスワン 。 8 (7) e70548。 Bibcode : 2013PLoSO...870548W 。 土井 ： 10.1371/journal.pone.0070548 。 PMC 3726627 。 PMID 23923003 。 ↑ Neeleman, Lyda; Olsthoorn, René CL; Linthorst, Huub JM; Bol, John F. (2001年12月4日). "非ポリA付加ウイルスRNAの翻訳は、ウイルス外被タンパク質の結合またはRNAのポリA付加によって促進される" . Proceedings of the National Academy of Sciences . 98 (25): 14286– 14291. Bibcode : 2001PNAS...9814286N . doi : 10.1073/pnas.251542798 . PMC 64674 . PMID 11717411 . ↑ Chen, Jun-Hao; Zhang, Rui-Hua; Lin, Shao-Li; Li, Peng-Fei; Lan, Jing-Jing; Song, Sha-Sha; Gao, Ji-Ming; Wang, Yu; Xie, Zhi-Jing; Li, Fu-Chang; Jiang, Shi-Jin (2018). "アヒルA型肝炎ウイルス1型の3'非翻訳領域とポリ(A)テールのウイルス複製とIRES媒介翻訳の調節における機能的役割" . Frontiers in Microbiology . 9 2250. doi : 10.3389/fmicb.2018.02250 . PMC 6167517 . PMID 30319572 . ↑ 「ウイルスによる宿主ポリ(A)結合タンパク質の阻害～ViralZone 」 。viralzone.expasy.org 。 ↑ Edmonds, Mary ; Abrams, Richard (1960 年 4 月) 「ポリヌクレオチド生合成: 胸腺核由来の酵素によるアデノシン三リン酸からのアデニル酸単位配列の形成」 . Journal of Biological Chemistry . 235 (4): 1142– 1149. doi : 10.1016/S0021-9258(18)69494-3 . ↑ Colgan DF、Manley JL （ 1997 年11 月 ）。 「 mRNAポリアデニル化のメカニズムと制御」 。Genes & Development。11 （ 21）： 2755–66。doi ： 10.1101/gad.11.21.2755。PMID 9353246 。 1 2 Edmonds, M (2002). ポリA配列の歴史：形成から因子、機能まで 。Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology. Vol. 71. pp. 285–389 . doi : 10.1016/S0079-6603(02)71046-5 . ISBN 978-0-12-540071-8 PMID 12102557 ↑ Edmonds, M. ; Vaughan, MH; Nakazato, H. (1971年6月1日). "HeLa細胞の異種核RNAおよび迅速標識ポリリボソームRNA中のポリアデニル酸配列：前駆体関係の可能性を示す証拠" . Proceedings of the National Academy of Sciences . 68 (6): 1336– 1340. Bibcode : 1971PNAS...68.1336E . doi : 10.1073/pnas.68.6.1336 . PMC 389184 . PMID 5288383 .
さらに読む Danckwardt S、Hentze MW、Kulozik AE（2008年2月 ）。「3'末端mRNAプロセシング：分子メカニズムと健康および疾患への影響」 。The EMBO Journal。27 （ 3 ） ：482–98。doi ： 10.1038 / sj.emboj.7601932。PMC 2241648。PMID 18256699 。
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