ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ

パーン
利用可能な構造
ＰＤＢ	オルソログ検索: PDBe RCSB
PDB IDコードのリスト
	2A1R、2A1S、3CTR
識別子
エイリアス	PARN、DAN、DKCB6、PFBMFT4、ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ
外部ID	OMIM : 604212; MGI : 1921358; HomoloGene : 31098; GeneCards : PARN; OMA :PARN - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト）
クロ。	16番染色体（ヒト）
終わり	14,632,728 bp
遺伝子の位置（マウス）
クロ。	16番染色体（マウス）
終わり	13,486,034 bp
RNA発現パターン
	トップの表現
	アキレス腱; ; 脳梁; ; 睾丸; ; 扁桃腺; ; 結腸上皮; ; 生殖腺; ; 骨髄細胞; ; 平滑筋組織; ; ランゲルハンス島; ; 膀胱;
	トップの表現
	大動脈弁; ; 上行大動脈; ; 腎小体; ; 髄質集合管; ; パネートセル; ; 球形嚢; ; 外胚葉; ; 耳小胞; ; 耳板; ; 原始的な線;
	参照表現データの詳細
	参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー
分子機能	金属イオン結合; mRNA 3'-UTR結合; タンパク質結合; 核酸結合; ヌクレアーゼ活性; エキソヌクレアーゼ活性; 加水分解酵素活性; タンパク質キナーゼ結合; 陽イオン結合; RNA結合; ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ活性; テロメラーゼRNA結合; 3'-5'-エキソリボヌクレアーゼ活性;
細胞成分	細胞質; 細胞質; 核小体; 核;
生物学的プロセス	mRNA分解プロセス; 女性配偶子生成; mRNAの安定性の調節; RNA修飾; 核転写されたmRNAの分解過程、ナンセンス変異による分解; 核転写されたmRNAポリ(A)テールの短縮; RNAホスホジエステル結合加水分解、エキソヌクレアーゼ; テロメラーゼRNAの安定化; テロメラーゼを介したテロメア維持の正の制御; テロメラーゼ活性の正の調節; テロメラーゼRNAのカハール小体への局在の制御; ncRNAの脱アデニル化; ボックス H/ACA RNA 3'末端処理; miRNAの分解プロセス; ポリアデニル化依存性snoRNA 3'末端処理;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	5073
	74108
	ENSG00000140694 ; ENSG00000274829
	ENSMUSG00000022685
	O95453
	翻訳
	NM_001134477 ; NM_001242992 ; NM_002582
	NM_028761 ; NM_001358452 ; NM_001358453
	NP_001127949 ; NP_001229921 ; NP_002573
	NP_083037 ; NP_001345381 ; NP_001345382
	ウィキデータ
人間の表示/編集	マウスの表示/編集

ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ(PARN)は、ポリアデニル酸特異的リボヌクレアーゼまたは脱アデニル化ヌクレアーゼ(DAN)とも呼ばれ、ヒトではPARN遺伝子によってコードされる酵素です。^[5]^[6]

関数

ポリ(A)末端のエキソヌクレアーゼ分解は、真核生物mRNAの分解における最初のステップであることが多い。ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼのアミノ酸配列は、 3'-エキソヌクレアーゼのRNase Dファミリーと相同性を示す。このタンパク質は核と細胞質の両方に局在しているようである。ポリソームやリボソームサブユニットと安定して関連していない。^[6] PARNの遺伝性変異は、患者のテロメラーゼRNA処理および分解の欠陥によって引き起こされる骨髄不全疾患である先天性角化異常症につながる。 ^[7]^[8]^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]

参考文献

^ abc ENSG00000274829 GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000140694, ENSG00000274829 – Ensembl、2017 年 5 月
^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000022685 – Ensembl、2017 年 5 月
^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ Buiting K、Körner C、Ulrich B、Wahle E、Horsthemke B (2000 年 5 月)。「ポリ (A) 特異的リボヌクレアーゼ (PARN) のヒト遺伝子は 16p13 にマッピングされ、15q11→q13 の Prader-Willi/Angelman 領域に短縮コピーがある」。細胞遺伝学および細胞遺伝学。87 (1–2): 125–31。doi :10.1159 / 000015378。PMID 10640832。S2CID 28498478 。
^ ab 「Entrez Gene: PARN ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ (脱アデニル化ヌクレアーゼ)」。
^ Tummala H、Walne A、Collopy L、Cardoso S、de la Fuente J、Lawson S、Powell J、Cooper N、Foster A、Mohammed S、Plagnol V、Vulliamy T、Dokal I (2015年5月)。「ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ欠損はテロメア生物学に影響を及ぼし、先天性角化異常症を引き起こす」。The Journal of Clinical Investigation。125 ( 5): 2151–60。doi :10.1172 / JCI78963。PMC 4463202。PMID 25893599。
^ ダンラージ S、グンジャ SM、デヴォー AP、ニスベック M、ブーニャワット B、クームス AJ、レニエリ A、ムッチョロ M、マローッツァ A、ブオーニ S、ターナー L、リー H、ジャラール A、サバナヤガム M、カービー M、シャゴ M、ピントD、バーマン JN、シェラー SW、ヴィルタネン A、ドロール Y (2015 年 11 月)。「ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ(PARN)の変異によって引き起こされる骨髄不全と発育遅延」。医学遺伝学ジャーナル。52 (11): 738–48。土井：10.1136/jmedgenet-2015-103292。PMID 26342108。S2CID 19822046 。
^ Stuart BD、Choi J、Zaidi S、Xing C、Holohan B、Chen R、Choi M、Dharwadkar P、Torres F、Girod CE、Weissler J、Fitzgerald J、Kershaw C、Klesney-Tait J、Mageto Y、Shay JW、Ji W、Bilguvar K、Mane S、Lifton RP、Garcia CK (2015 年 5 月)。「エクソーム配列解析により、PARN および RTEL1 の変異が家族性肺線維症およびテロメア短縮と関連していることが判明」。Nature Genetics . 47 (5): 512–7. doi :10.1038/ng.3278. PMC 4414891 . PMID 25848748.
^ Shukla S、Schmidt JC、Goldfarb KC、Cech TR 、 Parker R (2016 年 4 月)。「テロメラーゼ RNA の分解を阻害すると、ジスケリンまたは PARN の欠陥によるテロメラーゼ欠損が回復する」。Nature Structural & Molecular Biology。23 ( 4): 286–92。doi :10.1038 / nsmb.3184。PMC 4830462。PMID 26950371。
^ Tseng CK、Wang HF、Burns AM、Schroeder MR、Gaspari M 、 Baumann P（2015年12月）。「ヒトテロメラーゼRNAの処理と品質管理」。Cell Reports。13 （ 10）：2232–43。doi ：10.1016 / j.celrep.2015.10.075。PMID 26628367 。
^ Nguyen D、Grenier St-Sauveur V、Bergeron D、Dupuis-Sandoval F、Scott MS、Bachand F (2015 年 12 月)。「ヒトテロメラーゼ RNA の合成にはポリアデニル化依存性の 3' 末端成熟経路が必要である」。Cell Reports。13 ( 10 ) : 2244–57。doi : 10.1016/ j.celrep.2015.11.003。PMID 26628368。
^ Moon DH、Segal M、Boyraz B、Guinan E、Hofmann I、Cahan P、Tai AK、Agarwal S (2015年12月)。「ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ(PARN)はテロメラーゼRNA成分の3'末端成熟を仲介する」。Nature Genetics。47 ( 12 ) : 1482–8。doi : 10.1038/ng.3423。PMC 4791094。PMID 26482878。

さらに読む

Körner CG、 Wahle E (1997年4 月)。「哺乳類のポリ (A) 特異的 3'-エキソリボヌクレアーゼによるポリ (A) テールの短縮」。The Journal of Biological Chemistry。272 ( 16): 10448–56。doi : 10.1074/jbc.272.16.10448。PMID 9099687。
Körner CG、Wormington M、Muckenthaler M、Schneider S、Dehlin E、Wahle E (1998 年 9 月)。「脱アデニル化ヌクレアーゼ (DAN) は、アフリカツメガエル卵母細胞の減数分裂成熟中のポリ (A) テール除去に関与している」。EMBOジャーナル。17 ( 18 ): 5427–37。doi :10.1093/ emboj /17.18.5427。PMC 1170868。PMID 9736620 。
Dehlin E、Wormington M、 Körner CG 、Wahle E (2000年3 月) 。「mRNA のキャップ依存性脱アデニル化」。EMBOジャーナル。19 (5): 1079–86。doi :10.1093/emboj/19.5.1079。PMC 305646。PMID 10698948 。
Martinez J、Ren YG、Thuresson AC、Hellman U、Astrom J、Virtanen A (2000 年 8 月)。「ポリ (A) 特異的リボヌクレアーゼの 54 kDa フラグメントは、オリゴマー、プロセッシブ、キャップ相互作用ポリ (A) 特異的 3' エキソヌクレアーゼです」。The Journal of Biological Chemistry。275 ( 31): 24222–30。doi : 10.1074/ jbc.M001705200。PMID 10801819。
Gao M、Fritz DT 、Ford LP、 Wilusz J (2000 年 3 月)。「ポリ (A) 特異的リボヌクレアーゼと 5' キャップ間の相互作用が、in vitro での mRNA 脱アデニル化速度に影響を与える」。Molecular Cell。5 ( 3 ): 479–88。doi :10.1016/ S1097-2765 (00)80442-6。PMC 2811581。PMID 10882133。
Gao M、Wilusz CJ、 Peltz SW、Wilusz J (2001 年 3 月)。「HeLa 細胞質抽出物中の新しい mRNA 脱キャッピング活性は AU に富む要素によって制御される」。EMBOジャーナル。20 ( 5 ): 1134–43。doi :10.1093 / emboj/20.5.1134。PMC 145468。PMID 11230136。
Martînez J、Ren YG、Nilsson P、Ehrenberg M、Virtanen A (2001 年 7 月)。「mRNA キャップ構造はポリ (A) 除去速度を刺激し、分解の進行性を増幅する」。The Journal of Biological Chemistry。276 ( 30): 27923–9。doi : 10.1074/ jbc.M102270200。PMID 11359775。
Copeland PR、Wormington M (2001 年 6 月)。 「脱アデニル化のメカニズムと制御: Xenopus PARN の同定と特性」。RNA。7 ( 6 ): 875–86。doi : 10.1017 /S1355838201010020。PMC 1370141。PMID 11424938。
Chen CY、Gherzi R、Ong SE、Chan EL、Raijmakers R、Pruijn GJ、Stoecklin G、Moroni C、Mann M、Karin M (2001 年 11 月)。「AU 結合タンパク質はエクソソームをリクルートして ARE 含有 mRNA を分解する」。Cell . 107 ( 4): 451–64. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00578-5 . PMID 11719186. S2CID 14817671。
Ren YG、Martínez J、Virtanen A (2002 年 2 月)。「部位特異的変異誘発と Fe(2+) 介在切断によるポリ (A) 特異的リボヌクレアーゼの活性部位の同定」。The Journal of Biological Chemistry。277 ( 8): 5982–7。doi : 10.1074/ jbc.M111515200。PMID 11742007。
Andersen JS、Lyon CE、Fox AH、Leung AK、Lam YW、Steen H、Mann M、Lamond AI (2002 年 1 月)。「ヒト核小体の指向性プロテオーム解析」。Current Biology。12 ( 1 ) : 1–11。Bibcode : 2002CBio...12....1A。doi : 10.1016/S0960-9822(01) 00650-9。PMID 11790298。S2CID 14132033 。
シェル A、クーテ Y、デオン C、カジェ A、キンドバイター K、サンチェス JC、グレコ A、ホッホシュトラッサー D、ディアス JJ (2002 年 11 月)。「ヒト核小体の機能的プロテオーム解析」。細胞の分子生物学。13 (11): 4100–9。土井：10.1091/mbc.E02-05-0271。PMC 133617。PMID 12429849。
Lai WS、Kennington EA、Blackshear PJ (2003 年 6 月)。「トリステトラプロリンとそのファミリーメンバーは、ポリ (A) リボヌクレアーゼによる AU リッチ要素含有 mRNA の無細胞脱アデニル化を促進することができる」。分子細胞生物学 。23 ( 11): 3798–812。doi :10.1128/ MCB.23.11.3798-3812.2003。PMC 155217。PMID 12748283。
Lejeune F、Li X、Maquat LE (2003 年 9 月)。「哺乳類細胞におけるナンセンス mRNA 分解には、脱キャップ、脱アデニル化、およびエキソヌクレアーゼ活性が関与している」。分子細胞。12 ( 3 ): 675–87。doi : 10.1016/S1097-2765(03)00349-6。PMID 14527413。
Gherzi R、Lee KY、Briata P、Wegmüller D、Moroni C、Karin M、Chen CY (2004 年 6 月)。「KH ドメイン RNA 結合タンパク質 KSRP は、分解機構をリクルートすることで ARE 指向 mRNA ターンオーバーを促進する」。Molecular Cell。14 ( 5 ) : 571–83。doi : 10.1016/ j.molcel.2004.05.002。PMID 15175153。
Lehner B、 Sanderson CM (2004年7 月)。「ヒト mRNA分解のためのタンパク質相互作用フレームワーク」。ゲノム研究。14 (7): 1315–23。doi :10.1101/gr.2122004。PMC 442147。PMID 15231747。
Ren YG、Kirsebom LA、 Virtanen A (2004 年 11 月)。「ポリ (A) 特異的リボヌクレアーゼの活性部位における二価金属イオンの配位」。The Journal of Biological Chemistry。279 ( 47): 48702–6。doi : 10.1074/ jbc.M403858200。PMID 15358788。

[refGRCh38Ensembl-1] ENSG00000274829 GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000140694, ENSG00000274829 – Ensembl、2017 年 5 月

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000022685 – Ensembl、2017 年 5 月

[3] 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[4] 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[pmid10640832-5] Buiting K、Körner C、Ulrich B、Wahle E、Horsthemke B (2000 年 5 月)。「ポリ (A) 特異的リボヌクレアーゼ (PARN) のヒト遺伝子は 16p13 にマッピングされ、15q11→q13 の Prader-Willi/Angelman 領域に短縮コピーがある」。細胞遺伝学および細胞遺伝学。87 (1–2): 125–31。doi :10.1159 / 000015378。PMID 10640832。S2CID 28498478 。

[entrez-6] 「Entrez Gene: PARN ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ (脱アデニル化ヌクレアーゼ)」。

[7] Tummala H、Walne A、Collopy L、Cardoso S、de la Fuente J、Lawson S、Powell J、Cooper N、Foster A、Mohammed S、Plagnol V、Vulliamy T、Dokal I (2015年5月)。「ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ欠損はテロメア生物学に影響を及ぼし、先天性角化異常症を引き起こす」。The Journal of Clinical Investigation。125 ( 5): 2151–60。doi :10.1172 / JCI78963。PMC 4463202。PMID 25893599。

[8] ダンラージ S、グンジャ SM、デヴォー AP、ニスベック M、ブーニャワット B、クームス AJ、レニエリ A、ムッチョロ M、マローッツァ A、ブオーニ S、ターナー L、リー H、ジャラール A、サバナヤガム M、カービー M、シャゴ M、ピントD、バーマン JN、シェラー SW、ヴィルタネン A、ドロール Y (2015 年 11 月)。「ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ(PARN)の変異によって引き起こされる骨髄不全と発育遅延」。医学遺伝学ジャーナル。52 (11): 738–48。土井：10.1136/jmedgenet-2015-103292。PMID 26342108。S2CID 19822046 。

[9] Stuart BD、Choi J、Zaidi S、Xing C、Holohan B、Chen R、Choi M、Dharwadkar P、Torres F、Girod CE、Weissler J、Fitzgerald J、Kershaw C、Klesney-Tait J、Mageto Y、Shay JW、Ji W、Bilguvar K、Mane S、Lifton RP、Garcia CK (2015 年 5 月)。「エクソーム配列解析により、PARN および RTEL1 の変異が家族性肺線維症およびテロメア短縮と関連していることが判明」。Nature Genetics . 47 (5): 512–7. doi :10.1038/ng.3278. PMC 4414891 . PMID 25848748.

[10] ^ Shukla S、Schmidt JC、Goldfarb KC、Cech TR 、 Parker R (2016 年 4 月)。「テロメラーゼ RNA の分解を阻害すると、ジスケリンまたは PARN の欠陥によるテロメラーゼ欠損が回復する」。Nature Structural & Molecular Biology。23 ( 4): 286–92。doi :10.1038 / nsmb.3184。PMC 4830462。PMID 26950371。

[11] ^ Tseng CK、Wang HF、Burns AM、Schroeder MR、Gaspari M 、 Baumann P（2015年12月）。「ヒトテロメラーゼRNAの処理と品質管理」。Cell Reports。13 （ 10）：2232–43。doi ：10.1016 / j.celrep.2015.10.075。PMID 26628367 。

[12] Nguyen D、Grenier St-Sauveur V、Bergeron D、Dupuis-Sandoval F、Scott MS、Bachand F (2015 年 12 月)。「ヒトテロメラーゼ RNA の合成にはポリアデニル化依存性の 3' 末端成熟経路が必要である」。Cell Reports。13 ( 10 ) : 2244–57。doi : 10.1016/ j.celrep.2015.11.003。PMID 26628368。

[13] Moon DH、Segal M、Boyraz B、Guinan E、Hofmann I、Cahan P、Tai AK、Agarwal S (2015年12月)。「ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ(PARN)はテロメラーゼRNA成分の3'末端成熟を仲介する」。Nature Genetics。47 ( 12 ) : 1482–8。doi : 10.1038/ng.3423。PMC 4791094。PMID 26482878。

関数

参考文献

さらに読む

関連するトピック

ＰＤＢ

エイリアス

OMIM

MGI