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蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）は、特定の核酸配列部分にのみ高い配列相補性で結合する蛍光プローブを使用する分子細胞遺伝学的手法です。これは、染色体上の特定のDNA配列の有無を検出して位置を特定するために、 1980年代初頭に生物医学研究者によって開発されました[1]。蛍光顕微鏡を使用すると、蛍光プローブが染色体のどこに結合しているかを調べることができます。FISHは、遺伝カウンセリング、医療、種の同定に使用するために、DNAの特定の特徴を見つけるためによく使用されます。[2] FISHは、細胞、循環腫瘍細胞、組織サンプル内の特定のRNAターゲット（mRNA、lncRNA、miRNA）[要出典]を検出して位置を特定するためにも使用できます。この文脈では、細胞と組織内の 遺伝子発現の空間的および時間的パターンを定義するのに役立ちます。
プローブ – RNA と DNA
生物学において、プローブとは、対象となるヌクレオチド配列に相補的な DNA または RNA の一本鎖のことです。
RNAプローブは、組織や細胞内のmRNA、[3] [4] [5] lncRNA [6] [7] [8]、miRNAを視覚化するために、任意の遺伝子または遺伝子内の任意の配列用に設計できます。 FISHは、細胞の再生サイクル、特に核の間期で染色体異常を調べるために使用されます。[9] FISHでは、類似の染色体を引き付ける人工染色体基盤を持つプローブを作成することにより、アーカイブケースの大規模なシリーズの分析で、特定された染色体をより簡単に識別できます。[9]核異常が検出されると、各プローブのハイブリダイゼーション信号が送信されます。[9] mRNAとlncRNAを検出するための各プローブは、約20〜50のオリゴヌクレオチドペアで構成され、各ペアは40〜50 bpのスペースをカバーします。詳細は、使用する特定のFISH手法によって異なります。 miRNA検出の場合、プローブはmiRNAを特異的に検出するための独自の化学を使用し、miRNA配列全体をカバーします。
プローブは、ヒトゲノムプロジェクトで使用するために分離、精製、増幅された DNA 断片から生成されることが多い。ヒトゲノムのサイズは、直接配列決定できる長さに比べて非常に大きいため、ゲノムを断片に分割する必要があった。（最終的な分析では、配列特異的エンドヌクレアーゼを使用して各断片のコピーをさらに小さな断片に分解し、サイズ排除クロマトグラフィーを使用して各小断片のサイズを測定し、その情報を使用して大きな断片が互いに重なり合っている場所を決定することで、これらの断片を整理した。）断片を個々の DNA 配列とともに保存するために、断片は継続的に複製される細菌集団のシステムに追加されました。各集団が 1 つの人工染色体を維持する細菌のクローン集団は、世界中のさまざまな研究室に保管されています。人工染色体 ( BAC ) は、ライブラリを備えたどの研究室でも、増殖、抽出、およびラベル付けできます。ゲノムライブラリは、開発された機関にちなんで名付けられることが多い。一例として、ニューヨーク州バッファローにあるロズウェルパーク総合がんセンター（旧称ロズウェルパークがん研究所）にちなんで名付けられた RPCI-11 ライブラリがあります。これらの断片は 10 万塩基対のオーダーで、ほとんどの FISH プローブの基礎となっています。
調製とハイブリダイゼーションプロセス – RNA
RNA FISHを使用する目的は、細胞、組織切片、さらには全マウント中の標的mRNA転写産物を検出することです。[10]このプロセスは、組織調製（プレハイブリダイゼーション）、ハイブリダイゼーション、および洗浄（ポストハイブリダイゼーション）の3つの主要な手順で行われます。
組織の準備は、RNA FISHを行うための適切な組織切片を収集することから始まります。まず、細胞、循環腫瘍細胞（CTC）、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）、または凍結組織切片を固定します。一般的に使用される固定液には、リン酸緩衝生理食塩水（PBS）中の4％ホルムアルデヒドまたはパラホルムアルデヒド（PFA）があります。[10] FISHは、固定されていない細胞でもうまく行われています。[11]固定後、サンプルはハイブリダイゼーション試薬が浸透できるように透過処理されます。組織の透過性を高めるために、Tween-20やTriton X-100などの0.1％濃度の洗剤がよく使用されます。[12]
ハイブリダイゼーションプロセスでは、温度、pH、塩濃度、ハイブリダイゼーション反応時間など、すべての最適な条件が満たされていることが、in situ の結果の成功に不可欠です。必要な条件をすべて確認した後、まず 20 個のオリゴヌクレオチドペアで構成されるターゲット特異的プローブを追加して、ターゲット RNA にハイブリダイズすることで、ハイブリダイゼーション手順を開始できます。別々でありながら互換性のあるシグナル増幅システムにより、マルチプレックスアッセイ (アッセイごとに最大 2 つのターゲット) が可能になります。シグナル増幅は、一連の連続ハイブリダイゼーション手順によって実現されます。[13]
ハイブリダイゼーションステップの後、洗浄ステップが実行されます。これらのステップは、非特異的ハイブリッドを除去し、サンプルから未結合のプローブ分子を取り除き、バックグラウンドシグナルを減らすことを目的としています。この段階では、組織や細胞の自己蛍光を減らすために、通常、エタノール洗浄が使用されます。[14]アッセイの最後に、組織サンプルは共焦点蛍光顕微鏡やキーエンス顕微鏡などの蛍光顕微鏡で視覚化されます。[12]
準備とハイブリダイゼーションプロセス – DNA
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まず、プローブが構築されます。プローブは、標的と特異的にハイブリダイズできるほど大きくなければなりませんが、ハイブリダイゼーション プロセスを妨げるほど大きくてはいけません。プローブは、蛍光体、抗体の標的、またはビオチンで直接タグ付けされます。タグ付けは、ニック トランスレーション、またはタグ付けされたヌクレオチドを使用した ポリメラーゼ連鎖反応など、さまざまな方法で行うことができます。
次に、間期または中期の染色体標本が作成されます。染色体は、通常はガラスである基質にしっかりと付着しています。反復 DNA 配列は、サンプルに DNA の短い断片を追加してブロックする必要があります。次に、プローブを染色体 DNA に適用し、ハイブリダイズしながら約 12 時間インキュベートします。数回の洗浄ステップで、ハイブリダイズしていないプローブや部分的にハイブリダイズしたプローブをすべて除去します。次に、染料を励起して画像を記録できる顕微鏡を使用して、結果を視覚化し、定量化します。
蛍光信号が弱い場合、顕微鏡の検出閾値を超えるために信号の増幅が必要になることがあります。蛍光信号の強さは、プローブの標識効率、プローブの種類、染料の種類など、多くの要因によって異なります。蛍光標識抗体またはストレプトアビジンは染料分子に結合します。これらの二次成分は、強い信号を持つように選択されます。
プローブと分析のバリエーション
FISH は非常に一般的な技術です。各種 FISH 技術の違いは、通常、プローブの配列とラベルのバリエーション、およびプローブの組み合わせ方によるものです。プローブは、細胞性および無細胞性の 2 つの一般的なカテゴリに分けられます。蛍光「in situ」ハイブリダイゼーションでは、プローブの細胞配置を指します。
プローブのサイズが重要なのは、短いプローブは長いプローブよりもハイブリダイズ特異性が低いため、特定のターゲット配列に相補的な十分に長い DNA または RNA 鎖 (通常 10～25 ヌクレオチド) がターゲットの位置を特定するのによく使用されるためです。オーバーラップによって検出可能な特徴の解像度が決まります。たとえば、実験の目的が転座のブレークポイントを検出することである場合、プローブのオーバーラップ (1 つの DNA 配列が隣接するプローブに含まれる度合い) によって、ブレークポイントを検出できる最小ウィンドウが決まります。
プローブ配列の混合により、プローブが検出できる特徴の種類が決まります。染色体全体に沿ってハイブリダイズするプローブは、特定の染色体の数を数えたり、転座を示したり、染色体外のクロマチン断片を識別したりするために使用されます。これは、「全染色体ペインティング」と呼ばれることがよくあります。考えられるすべてのプローブを使用すると、すべての染色体 (ゲノム全体) が蛍光でマークされ、個々の配列の特徴を決定するのに特に役立ちません。ただし、DNA の特定の領域 (遺伝子座) に固有の小さなプローブの混合物を作成することは可能です。これらの混合物は、欠失変異の検出に使用されます。特定の色と組み合わせると、遺伝子座固有のプローブ混合物は、非常に特定の転座を検出するために使用されます。染色体のセントロメア領域に結合して染色体を数えるには、特別な遺伝子座特異的プローブ混合物がよく使用されます。セントロメア領域は、各染色体を識別するのに十分な特徴を持っています (染色体13、14、21、22を除く)。
さまざまな他の技術では、異なる色のプローブの混合物を使用します。蛍光染料の混合物ではさまざまな色を検出できるため、染色体全体のプローブ混合物とさまざまな色の比率を使用して、各ヒト染色体を特徴的な色で識別できます。染色体の数は簡単に識別できる蛍光染料の色の数よりも多いですが、プローブ混合物の比率を使用して二次色を作成できます。比較ゲノムハイブリダイゼーションと同様に、二次色のプローブ混合物は、同じ染色体に対して異なる色のプローブ 2 セットを正しい比率で混合することによって作成されます。この技術は、M-FISH と呼ばれることもあります。
M-FISH でさまざまな色を可能にするのと同じ物理法則を、転座の検出にも使用できます。つまり、隣接する色は重なり合って見え、二次色が観察されます。一部のアッセイは、関心のある場合に二次色が存在したり、存在しなかったりするように設計されます。例としては、二次色が病気を示すBCR/ABL転座の検出があります。このバリエーションは、しばしば二重融合 FISH または D-FISH と呼ばれます。反対の状況、つまり二次色の欠如が病理学的な場合、ブレークポイントの 1 つだけが既知または一定である転座を調べるために使用されるアッセイによって示されます。ブレークポイントの片側ともう一方の無傷の染色体に対して、遺伝子座特異的プローブが作成されます。正常な細胞では二次色が観察されますが、転座が発生すると一次色のみが観察されます。この手法は、「ブレークアパート FISH」と呼ばれることもあります。
単一分子RNA FISH
単分子RNA FISHは、Stellaris® RNA FISH [15]またはsmFISH [16]としても知られ、組織サンプルの薄層中のmRNAおよびその他の長いRNA分子を検出および定量する方法です。複数の短い単一標識オリゴヌクレオチドプローブを適用することで、ターゲットを確実に画像化できます。[17]最大48個の蛍光標識オリゴがmRNAの単一分子に結合すると、広視野蛍光顕微鏡画像で各ターゲットmRNAを正確に検出して位置を特定するのに十分な蛍光が得られます。意図した配列に結合しないプローブは、背景と区別できるほど十分に局在した蛍光を達成しません。[18]
単一分子RNA FISHアッセイは、シンプレックスまたはマルチプレックスで実行でき、定量PCRのフォローアップ実験として使用したり、蛍光抗体アッセイと同時に画像化したりできます。この技術は、がん診断、[19] 神経科学、遺伝子発現解析、[20]およびコンパニオン診断への応用が期待されています。
繊維質の魚
間期または中期標本の代替技術であるファイバー FISH では、間期染色体が、従来の FISH のようにきつく巻かれたり、間期 FISH のように染色体テリトリー構造をとったりするのではなく、直線に引き伸ばされた状態でスライドに付着されます。これは、スライドに固定されて溶解された細胞、または精製された DNA 溶液のいずれかに、スライドの長さに沿って機械的せん断を適用することによって実現されます。染色体コーミングと呼ばれる技術は、この目的でますます使用されています。染色体の拡張された構造により、数キロベースまでの解像度が劇的に向上します。ファイバー FISH サンプルの調製は、概念的には単純ですが、かなり熟練した技術であり、専門の研究室のみが日常的にこの技術を使用しています。[21]
Q-フィッシュ
Q-FISH は、FISH とPNAおよびコンピュータ ソフトウェアを組み合わせて、蛍光強度を定量化します。この手法は、テロメア長の研究で日常的に使用されています。
フローフィッシュ
Flow-FISH はフローサイトメトリーを使用して、細胞ごとの蛍光測定により FISH を自動的に実行します。
マフィッシュ
マイクロ流体支援FISH（MA-FISH）は、マイクロ流体の流れを利用してDNAハイブリダイゼーション効率を高め、高価なFISHプローブの消費を減らし、ハイブリダイゼーション時間を短縮します。MA-FISHは、乳がん組織中のHER2遺伝子の検出に応用されています。 [22]
マーフィッシュ
マイクロオートラジオグラフィーFISHは、放射性標識基質と従来のFISHを組み合わせて、系統群と代謝活性を同時に検出する技術である。[23]
ハイブリッド融合FISH
ハイブリッド フュージョン FISH (HF-FISH) は、蛍光体の主な付加的な励起/発光の組み合わせを使用して、動的光透過 (DOT) と呼ばれる標識プロセスを通じて追加のスペクトルを生成します。3 つの主な蛍光体は、DOT を使用した組み合わせ標識の結果として、合計 7 つの容易に検出可能な発光スペクトルを生成できます。ハイブリッド フュージョン FISH により、臨床腫瘍学パネル内でターゲットを絞った高度に多重化された FISH アプリケーションが可能になります。この技術は、従来の蛍光顕微鏡で容易に検出できる効率的なプローブセットを使用して、より高速なスコアリングを実現します。
マーフィッシュ
多重エラーロバスト蛍光in situハイブリダイゼーション[24]は、smFISHの高度に多重化されたバージョンです。コンビナトリアルラベリング、続いてイメージング、そしてエラー耐性エンコーディング[25]を使用して、多数のRNA分子と細胞内の空間的局在を捕捉します。多数のRNA分子を捕捉することで、遺伝子制御ネットワークの解明、注釈のない遺伝子の機能の予測、および関連するタンパク質と相関するRNA分子の分布パターンの特定が可能になります。
ヒトデ
スターフィッシュは、2019年に科学者のコンソーシアムによって開発されたソフトウェアツールのセットで、9つの異なるFISHのバリエーションからデータを分析するために開発されました。これは、すべてのバリエーションが同じデータセット（細胞内のx座標とy座標にマッピングされた遺伝子発現値）を生成するためです。バイオインフォマティクスの専門家だけでなく、すべての科学者のために作成されたこのソフトウェアは、一連の画像を読み取り、ノイズを除去し、RNA分子を識別します。このアプローチは、単一細胞トランスクリプトミクス分析と同様の方法で、FISHデータセットの標準的な分析スキームを定義することを目的としています。[26]
医療用途
発達障害のある子供を持つ親は、次の子供を持つかどうか決める前に、子供の状態についてもっと知りたいと思うことがよくあります。これらの懸念は、親と子供の DNA を分析することで対処できます。子供の発達障害がわからない場合は、FISH および細胞遺伝学的手法を使用してその原因を特定できる可能性があります。FISH を使用して診断される疾患の例には、プラダー・ウィリー症候群、アンジェルマン症候群、22q13 欠失症候群、慢性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、泣き叫ぶ、口蓋心臓顔面症候群、ダウン症候群などがあります。精子細胞の FISH は、異常な体細胞核型または減数分裂核型の男性、および乏精子症の男性に適応されます。乏精子症の男性の約 50% は精子染色体異常の割合が高いためです。[27] 21番染色体、X染色体、Y染色体の分析は、リスクのある乏精子症の個人を特定するのに十分である。[27]
医療において、FISH は、がんなどの疾患の診断、予後評価、または寛解評価に使用できます。その後、治療を個別に調整できます。メタフェーズ染色体分析を含む従来の検査では、微妙な染色体の特徴のために、ある疾患を別の疾患と区別する特徴を特定できないことがよくあります。FISH では、これらの違いを解明できます。また、FISH を使用すると、分裂細胞を必要とし、技術者による手作業での労力と時間のかかるスライドの準備と分析を必要とする標準的な細胞遺伝学的方法よりも簡単に病変細胞を検出できます。一方、FISH では生きた細胞を必要とせず、コンピューターが存在する蛍光ドットをカウントして自動的に定量化できます。ただし、曲がったりねじれたりしたメタフェーズ染色体のバンドパターンの微妙な違いを区別するには、訓練を受けた技術者が必要です。FISH は、ラボオンチップのマイクロ流体デバイスに組み込むことができます。この技術はまだ開発段階ですが、他のラボオンチップ方式と同様に、よりポータブルな診断技術につながる可能性があります。[28] [29]
種の識別
FISHは、医療微生物学の分野で病原体を特定するための診断技術として広く研究されてきた。[30]有用で応用可能な技術であることが証明されているが、診断研究室ではまだ広く適用されていない。生化学的鑑別法と比較して、診断までの時間が短い（2時間未満）ことが大きな利点であったが、この利点は、生化学的鑑別法と比較してより広範囲の病原体を識別できるMALDI-TOF-MSによって脅かされている。診断目的でのFISHの使用は、即時の種の同定が必要な場合、特に血液培養の調査でその目的が見出されており、FISHは予備的な迅速診断のための安価で簡単な技術である。[30]
FISH は、2 つの生物種のゲノムを比較して、進化関係を推測するためにも使用できます。同様のハイブリダイゼーション技術は、ズー ブロットと呼ばれます。細菌の FISH プローブは、多くの場合、 16s rRNA領域のプライマーです。
FISH は微生物生態学の分野で微生物を同定するために広く使用されています。たとえば、バイオフィルムは複雑な (多くの場合) 複数の種の細菌組織で構成されています。1 つの種の DNA プローブを準備し、このプローブを使用して FISH を実行すると、バイオフィルム内のこの特定の種の分布を視覚化できます。2 つの種のプローブ (2 つの異なる色) を準備すると、研究者はバイオフィルム内のこれら 2 つの種の共存を視覚化/研究することができ、バイオフィルムの微細構造を決定するのに役立ちます。
比較ゲノムハイブリダイゼーション
比較ゲノムハイブリダイゼーションは、ハイブリダイゼーション強度の比較と並行してFISHを使用し、核ゲノム内のDNA配列の複製プロセスにおける主要な破壊を思い出す方法として説明できます。[31]
仮想核型
仮想核型解析は、FISH パネルに代わるコスト効率が高く、臨床的に利用可能なもう 1 つの方法です。単一のアレイに数千から数百万のプローブを使用して、ゲノム全体のコピー数の変化をこれまでにない解像度で検出します。現在、このタイプの分析では染色体物質の増加と減少のみが検出され、多くの種類の白血病やリンパ腫に見られる特徴的な異常である転座や逆位などのバランスのとれた再配置は検出されません。
スペクトル核型
スペクトル核型分析は、染色体の色分けされた画像です。スペクトル核型分析では、さまざまなタイプのプローブの複数の形式を使用する FISH が行われ、その結果、中期段階を通じて各染色体がラベル付けされます。このタイプの核型分析は、特に染色体の配置を調べるときに使用されます。
染色体の進化
FISH は染色体の進化を研究するために使用できます。近縁種は類似した染色体を持っています。この相同性は遺伝子またはゲノム配列によって検出できますが、FISH でも検出できます。たとえば、ヒトとチンパンジーの染色体は非常に類似しており、FISH は 2 つのチンパンジー染色体が融合して 1 つのヒト染色体になったことを証明できます。同様に、より遠縁の種は類似した染色体を持っていますが、距離が長くなるにつれて染色体が切断されて融合する傾向があり、モザイク染色体になります。これは FISH によって印象的に証明できます (図を参照)。[32]
参照
- クロモジェニックin situハイブリダイゼーション（CISH）
- 真核生物の染色体の微細構造
- G バンド
- 遺伝子マッピング
- ゲノムの進化
- ハッピーマッピング
- in situハイブリダイゼーション、標識に使用される技術
- 分子細胞遺伝学
- 仮想核型
ギャラリー
-
FISH プロセスの別の概略図。 -
FISH の検査コストを 90% 削減したマイクロ流体チップ。 -
デュアルラベル FISH 画像、ビフィズス菌 Cy3、総細菌 FITC。 -
U-2 OS 細胞 (DAPI) の NEAT1 (Quasar 570) に対する単一分子 FISH によって可視化されたパラスペックル。
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参考文献
- ^ Langer - Safer PR、Levine M、Ward DC (1982 年 7 月)。「免疫学的手法によるショウジョウバエ多糸染色体遺伝子のマッピング」。米国 科学アカデミー紀要。79 (14): 4381–4385。Bibcode : 1982PNAS ...79.4381L。doi : 10.1073/ pnas.79.14.4381。PMC 346675。PMID 6812046。
- ^ Amann R、Fuchs BM (2008 年 5 月)。「 改良蛍光in situ ハイブリダイゼーション法による微生物群集の単一細胞同定」。Nature Reviews 。微生物学。6 (5): 339–348。doi :10.1038/nrmicro1888。PMID 18414500。S2CID 22498325 。
- ^ Anthony SJ、St Leger JA、Pugliares K、Ip HS、Chan JM、Carpenter ZW、et al. (2012)。「ニューイングランドのゼニガタアザラシにおける致命的な鳥インフルエンザの発生」。mBio。3 ( 4 ) : e00166 –e00112。doi :10.1128/mBio.00166-12。PMC 3419516。PMID 22851656。
- ^ Everitt AR、Clare S、Pertel T、John SP、Wash RS、Smith SE、他 (2012 年 3 月)。「IFITM3 はインフルエンザに伴う罹患率と死亡率を抑制する」。Nature . 484 ( 7395 ) : 519–523。Bibcode :2012Natur.484..519.. doi :10.1038/nature10921。PMC 3648786。PMID 22446628。
- ^ Louzada S、Adega F 、 Chaves R (2012)。「姉妹ラット乳腺腫瘍細胞株HH-16 cl.2/1およびHH-16.cl.4をErbb2のin vitro細胞モデルとして定義する」。PLOS ONE。7 ( 1 ):e29923。Bibcode : 2012PLoSO ... 729923L。doi : 10.1371 / journal.pone.0029923。PMC 3254647。PMID 22253826。
- ^ Ting DT、Lipson D、Paul S、 Brannigan BW、Akhavanfard S、Coffman EJ、他 (2011 年 2 月)。「膵臓がんおよびその他の上皮がんにおけるサテライトリピートの異常な過剰発現」。Science。331 ( 6017 ) : 593–596。Bibcode : 2011Sci ...331..593T。doi : 10.1126/science.1200801。PMC 3701432。PMID 21233348。
- ^ Zhang B、Arun G、Mao YS、Lazar Z、Hung G、Bhattacharjee G、他 (2012 年 7 月)。「lncRNA Malat1 はマウスの発達には不要だが、その転写は成体においてシス制御の役割を果たす」。Cell Reports . 2 (1): 111–123. doi :10.1016/j.celrep.2012.06.003. PMC 3408587 . PMID 22840402。
- ^ Lee K, Kunkeaw N, Jeon SH, Lee I, Johnson BH, Kang GY, et al. (2011 年 6 月). 「癌において抑制される新規非コード RNA である前駆 miR-886 は PKR と関連し、その活性を調節する」. RNA . 17 (6): 1076–1089. doi :10.1261/rna.2701111. PMC 3096040. PMID 21518807 .
- ^ abc ベルナスコーニ B、カラミトポロ ディアマンティス E、カラミトポロ ディアマンティス E、トルニージョ L、ルグリ A、ディ ヴィツィオ D、他。 (2008 年 4 月)。 「胃粘膜関連リンパ組織リンパ腫における染色体不安定性: 組織マイクロアレイアプローチを使用した蛍光 in situ ハイブリダイゼーション研究」。人間の病理学。39 (4): 536–542。土井：10.1016/j.humpath.2007.08.009。PMID 18234275。
- ^ ab Young AP、Jackson DJ、 Wyeth RC (2020-03-19)。「RNA蛍光in situハイブリダイゼーションの技術レビューとガイド」。PeerJ。8 ：e8806。doi ： 10.7717 / peerj.8806。PMC 7085896。PMID 32219032。
- ^ Haroon MF、Skennerton CT、Steen JA、Lachner N、Hugenholtz P、Tyson GW (2013)。「単一細胞および集団ゲノムの回復のための溶液中蛍光 in situ ハイブリダイゼーションおよび蛍光活性化細胞選別」。微生物メタゲノミクス、メタトランスクリプトミクス、およびメタプロテオミクス。酵素学の方法。第 531 巻。pp . 3–19。doi :10.1016/ B978-0-12-407863-5.00001-0。ISBN 9780124078635. PMID 24060113。
- ^ ab Cui C, Shu W, Li P ( 2016). 「蛍光in situハイブリダイゼーション：細胞ベースの遺伝子診断および研究への応用」。 細胞および発生生物学のフロンティア。4 ：89。doi ： 10.3389 / fcell.2016.00089。PMC 5011256。PMID 27656642。
- ^ Xie F、Timme KA 、 Wood JR (2018年5月)。「単一分子mRNA蛍光in situハイブリダイゼーション(RNA-FISH)を使用したマウスの個々の卵母細胞および胚のmRNAの定量化」。Scientific Reports。8 ( 1 ) : 7930。Bibcode : 2018NatSR...8.7930X。doi :10.1038/s41598-018-26345-0。PMC 5962540。PMID 29785002。
- ^ Oliveira VC、Carrara RC、Simoes DL、Saggioro FP、Carlotti CG、Covas DT、Neder L (2010 年 8 月)。「Sudan Black B 処理により自己蛍光が減少し、脳切片の in situ ハイブリダイゼーション特異的蛍光信号の解像度が向上する」。組織学および組織病理学。25 (8): 1017–1024。doi :10.14670/HH-25.1017。PMID 20552552 。
- ^ Orjalo AV、Johansson HE (2016-01-01)。「Stellaris® RNA蛍光in Situハイブリダイゼーションによる接着細胞中の未成熟および成熟長鎖非コードRNAの同時検出」。Feng Y、Zhang L (編)。長鎖非コードRNA。分子生物学の方法。第1402巻。Springer New York。pp. 119–134。doi : 10.1007 /978-1-4939-3378-5_10。ISBN 9781493933761. PMID 26721487。
- ^ Chen J、 McSwiggen D、Ünal E (2018年5月)。「出芽酵母の栄養成長と減数分裂における単一分子蛍光in situハイブリダイゼーション(smFISH)分析」。Journal of Visualized Experiments (135)。doi : 10.3791/57774。PMC 6101419。PMID 29889208。
- ^ ラージ A、ファン デン ボガード P、リフキン SA、ファン オーデナールデン A、タイギ S (2008 年 10 月)。 「単一標識された複数のプローブを使用した個々の mRNA 分子のイメージング」。ネイチャーメソッド。5 (10): 877–879。土井：10.1038/nmeth.1253。PMC 3126653。PMID 18806792。
- ^ Biosearch Technologies が UMDNJ から単一分子 FISH 技術の独占ライセンスを締結。biosearchtech.com
- ^ Cagir B、Gelmann A、Park J、Fava T、Tankelevitch A、Bittner EW、他 (1999 年 12 月)。「グアニル酸シクラーゼ C メッセンジャー RNA は再発性ステージ II 大腸癌のバイオマーカーである」。Annals of Internal Medicine。131 ( 11): 805–812。doi :10.7326/0003-4819-131-11-199912070-00024。PMID 10610624 。
- ^ Kosman D、Mizutani CM、Lemons D、Cox WG、McGinnis W、Bier E (2004 年 8 月)。「ショウジョウバエ胚における RNA 発現の多重検出」。Science。305 ( 5685 ) : 846。doi : 10.1126/science.1099247。PMID 15297669。S2CID 26313219 。
- ^ Heiskanen M、Kallioniemi O、Palotie A (1996 年3 月)。「Fiber-FISH: 経験と改良されたプロトコル」。遺伝分析。12 (5–6): 179–184。doi : 10.1016 /S1050-3862(96)80004-0。PMID 8740834 。
- ^ Nguyen HT、Trouillon R、Matsuoka S、Fiche M、de Leval L、Bisig B、Gijs MA（2017年1月）。「乳がんにおけるヒト上皮成長因子受容体2の有利な評価のためのマイクロ流体支援蛍光in situハイブリダイゼーション」。実験 室調査; 技術的方法と病理学のジャーナル。97 （1）：93–103。doi ：10.1038 /labinvest.2016.121。PMID 27892928。
- ^ 岡部 誠、金田一 剛、伊藤 徹 (2004). 「MAR-FISH—微生物の系統的関係とin situ代謝活動を単一細胞解像度でリンクする生態生理学的アプローチ」微生物と環境. 19 (2): 83–98. doi : 10.1264/jsme2.19.83 .
- ^ Chen KH、Boettiger AN、 Moffitt JR、Wang S、 Zhuang X (2015 年 4 月)。「RNA イメージング。単一細胞における空間的に分解された、高度に多重化された RNA プロファイリング」。Science。348 ( 6233 ) : aaa6090。doi :10.1126/science.aaa6090。PMC 4662681。PMID 25858977。
- ^ Chen KH、Boettiger AN、 Moffitt JR、Wang S、 Zhuang X (2015 年 4 月)。「RNA イメージング。単一細胞における空間的に分解された、高度に多重化された RNA プロファイリング」。Science。348 ( 6233 ) : aaa6090。doi :10.1126/science.aaa6090。PMC 4662681。PMID 25858977。
- ^ Perkel JM (2019年8月). 「ヒトデ企業：単一細胞におけるRNAパターンの発見」. Nature . 572 (7770): 549–551. Bibcode :2019Natur.572..549P. doi :10.1038/d41586-019-02477-9. PMID 31427807. S2CID 201064966.
- ^ ab Sarrate Z、Vidal F、Blanco J (2010 年 4 月)。「不妊患者における精子蛍光 in situ ハイブリダイゼーション 研究の役割: 適応、研究アプローチ、臨床的関連性」。 不妊症と不妊症。93 (6): 1892–1902。doi : 10.1016/ j.fertnstert.2008.12.139。PMID 19254793。
- ^ Kurz CM、Moosdijk SV、Thielecke H、Velten T (2011)。「細胞マルチパラメータ解析プラットフォームに向けて：マイクロホールアレイチップ上の蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）」。2011年IEEE医学生物学工学年次国際会議。2011年第2巻。pp. 8408–8411。doi :10.1109/ IEMBS.2011.6092074。ISBN 978-1-4577-1589-1. PMID 22256298. S2CID 4955677.
- ^ Dill K、Liu R、Grodzinsky P、編 (2008)。マイクロアレイ：準備、マイクロ流体、検出方法、および生物学的アプリケーション。Springer。p. 323。ISBN 978-0387727165。
- ^ ab Frickmann H, Zautner AE, Moter A, Kikhney J, Hagen RM, Stender H, Poppert S (2017年5月). 「微生物学的診断ルーチン研究室における蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）：レビュー」。Critical Reviews in Microbiology . 43 (3): 263–293. doi :10.3109/1040841X.2016.1169990. PMID 28129707. S2CID 25252460.
- ^ 「Comparative Genomic Hybridization」。McGraw-Hill 科学技術用語辞典。 2013年9月19日閲覧。
- ^ ab Ferguson-Smith MA、Pereira JC、Borges A、Kasai F (2022年10月)。「種間染色体相同性マップの構築のための染色体特異的シーケンシングの観察とヒト：アルパカ相同性の解決」。 分子細胞遺伝学。15 (1): 44。doi ：10.1186 / s13039-022-00622-0。PMC 9547437。PMID 36207754。
さらに読む
- Pernthaler A、Pernthaler J、Amann R (2002 年 6 月)。「海洋細菌の同定のための蛍光 in situ ハイブリダイゼーションと触媒レポーター沈着」。応用環境微生物学。68 ( 6 ): 3094–3101。Bibcode :2002ApEnM..68.3094P。doi :10.1128/ AEM.68.6.3094-3101.2002。PMC 123953。PMID 12039771。
- Wagner M、Horn M、Daims H (2003 年 6 月)。「原核生物の同定と特性評価のための蛍光 in situ ハイブリダイゼーション」。Current Opinion in Microbiology 6 ( 3): 302–309。doi : 10.1016 /S1369-5274(03)00054-7。PMID 12831908 。
- Carthy JD (1965)。生物学の視点。イギリス：Butterworth & Co.、p. 66。
外部リンク
ウィキメディア・コモンズには、蛍光 in situ ハイブリダイゼーションに関連するメディアがあります。
- 米国国立医学図書館医学件名表(MeSH)における蛍光 in situ ハイブリダイゼーション
- オリンパス株式会社のファイバーFISHに関する情報
- オクタヴィアン・ヘネガリウによるファイバーフィッシュのガイド
- ファイバー FISH プロトコル 2006-10-23 にWayback Machineでアーカイブ化サンガー センターのヒトゲノム プロジェクトより
- CARD-FISH、BioMineWiki 2020-07-28 にWayback Machineでアーカイブ
- 最大6種類の蛍光色素を使用した3D FISH用複合DNAプローブセットの調製
- GeneDetect.com の FISH 技術ノートとプロトコル
- 蛍光 in situ ハイブリダイゼーションによる細菌の写真 2015-02-05 にWayback Machineでアーカイブ
- 定義された分類群内の特定の遺伝子を識別するためのポリヌクレオチドプローブミックスの合理的な設計: www.dnaBaser.com/PolyPro