仮想核型

遺伝学において、仮想核型とは、ゲノム全体の特定の遺伝子座から単離され列挙された短いDNA配列の分析から得られる核型を反映するデジタル情報である。 ^{[1]従来の核型分析や染色体ベースの}比較ゲノムハイブリダイゼーション（CGH）よりも高い解像度でゲノムのコピー数変異を検出する。^[2]仮想核型を作成するために使用される主な方法は、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーションとSNPアレイである。

核型（図 1）は、真核生物種の特徴的な染色体群です。^{[3] [4]}核型は通常、単一細胞の染色体を最大（染色体 1）から最小（染色体 22）の順に並べた画像として表され、性染色体（X 染色体と Y 染色体）は最後に表示されます。歴史的に、核型は細胞分裂中に化学的に停止した細胞を染色することによって得られました。核型は、生殖細胞と癌細胞の両方で染色体異常を特定するために数十年にわたって使用されてきました。従来の核型は、染色体の構造と数の変化についてゲノム全体を評価できますが、解像度は比較的粗く、検出限界は 5-10Mb です。^[要出典]

最近、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション(arrayCGH) やSNP アレイなど、破壊された DNA から高解像度の核型をコンピューターで生成するプラットフォームが登場しました。概念的には、アレイはゲノム内の関心領域に相補的な数百から数百万のプローブで構成されています。テストサンプルの破壊された DNA は断片化され、ラベル付けされ、アレイにハイブリダイズされます。各プローブのハイブリダイゼーション信号強度は、アレイ上の各プローブのテスト/正常の log2 比を生成するために、専用のソフトウェアによって使用されます。^{[引用が必要]}

アレイ上の各プローブのアドレスとゲノム内の各プローブのアドレスを把握したソフトウェアは、プローブを染色体の順序に並べ、コンピューター内でゲノムを再構築します(図 2 および 3)。

仮想核型の解像度は、従来の細胞遺伝学よりも大幅に高くなります。実際の解像度は、アレイ上のプローブの密度によって異なります。現在、Affymetrix SNP6.0 は、仮想核型解析アプリケーション用の市販アレイの中で、最も密度が高いものです。このアレイには、180 万の多型マーカーと非多型マーカーが含まれており、実用的な解像度は 10～20kb で、これは遺伝子のサイズとほぼ同じです。これは、従来の細胞遺伝学から得られる核型の解像度の約 1000 倍です。^{[引用が必要]}

体質性疾患の生殖細胞系列サンプルでは仮想核型検査を行うことができ、^{[5] [6]}、数十のCLIA認定研究室で臨床試験が受けられます（genetests.org）。仮想核型検査は、新鮮またはホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍でも行うことができます。^{[7] [8] [9]}腫瘍の検査を行っているCLIA認定研究室には、Creighton Medical Laboratories（新鮮およびパラフィン包埋腫瘍サンプル）やCombiMatrix Molecular Diagnostics（新鮮腫瘍サンプル）などがあります。

アレイベースの核型分析は、研究室で開発されたものも市販のものも含め、いくつかの異なるプラットフォームで行うことができます。アレイ自体は、ゲノムワイド（ゲノム全体に分布するプローブ）またはターゲット型（特定の疾患に関与することがわかっているゲノム領域のプローブ）のいずれか、あるいはその両方の組み合わせにすることができます。さらに、核型分析に使用されるアレイでは、非多型プローブ、多型プローブ（SNP を含むプローブ）、あるいはその両方の組み合わせを使用できます。非多型プローブはコピー数情報のみを提供しますが、SNP アレイは 1 つのアッセイでコピー数とヘテロ接合性喪失 (LOH) ステータスの両方を提供できます。非多型アレイに使用されるプローブの種類には、cDNA、BAC クローン（BlueGnome など）、オリゴヌクレオチド（Agilent、米国カリフォルニア州サンタクララ、Nimblegen、米国ウィスコンシン州マディソン）などがあります。市販のオリゴヌクレオチドSNPアレイは、固相（Affymetrix、米国カリフォルニア州サンタクララ）またはビーズベース（Illumina、米国カリフォルニア州サンディエゴ）である。プラットフォームの多様性にもかかわらず、最終的にそれらはすべて、破壊された細胞からのゲノムDNAを使用して、高解像度の核型をコンピューターで再現する。最終製品にはまだ一貫した名前がなく、バーチャル核型分析、^{[8] [10]}デジタル核型分析、^[11]分子アレロカリオタイピング、^{[12]分子核型分析 [ 13]}と呼ばれてきた。核型分析に使用されるアレイを説明するために使用される他の用語には、SOMA（SNPオリゴヌクレオチドマイクロアレイ）^[14]およびCMA（染色体マイクロアレイ）がある。^{[15] [16]すべてのプラットフォームを}アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（アレイCGH）の一種と考える人もいますが、その用語を2色法に限定する人もいます。また、SNPアレイは2色アレイCGH法よりも多くの異なる情報を生成するため、SNPアレイを区別する人もいます。^[要出典]

コピー数の変化は、生殖細胞系と腫瘍サンプルの両方で見られます。コピー数の変化は、arrayCGH などの非多型プローブを使用したアレイや SNP ベースのアレイによって検出できます。人間は二倍体であるため、正常なコピー数は常に非性染色体で 2 です。^{[引用が必要]}

欠失:欠失とは遺伝物質の喪失です。欠失はヘテロ接合性 (コピー数 1) またはホモ接合性 (コピー数 0、ヌルソミー) になります。微小欠失症候群は、生殖細胞 DNA の小さな欠失による体質性疾患の例です。腫瘍細胞における欠失は腫瘍抑制遺伝子の不活性化を表し、診断、予後、または治療に影響を与える可能性があります。

増加:コピー数増加は遺伝物質の増加を表します。増加が DNA セグメントの 1 つの追加コピーだけである場合、重複と呼ばれることがあります (図 4)。染色体全体のコピーが 1 つ余分にある場合は、トリソミーと呼ばれることがあります。生殖細胞サンプルのコピー数増加は、疾患に関連する場合もあれば、良性のコピー数変異である場合もあります。腫瘍細胞で見られる場合、診断、予後、または治療上の意味を持つ場合があります。

増幅:技術的には、増幅はコピー数が 10 を超えるコピー数増加の一種です。がん生物学の文脈では、増幅はがん遺伝子でよく見られます。これは、予後不良を示したり、腫瘍の分類に役立ったり、薬剤適格性を示したりする可能性があります。薬剤適格性の例としては、Her2Neu 増幅とハーセプチンがあり、SNP アレイ仮想核型分析によって検出された Her2Neu 増幅の画像が提供されています (図 5)。

自己接合体セグメントと片親性ダイソミー(UPD) は、二倍体/「コピー中立」の遺伝的所見であるため、SNP ベースのアレイでのみ検出できます。自己接合体セグメントと UPD は両方とも、SNP アレイ核型分析により、コピー数が 2 のヘテロ接合性喪失(LOH) を示します。ホモ接合性連続 (ROH) という用語は、自己接合体セグメントまたは UPD のどちらにも使用できる一般的な用語です。^{[引用が必要]}

自己接合セグメント:自己接合セグメントは両親から受け継がれ、生殖細胞系列にのみ見られる。自己接合セグメントはゲノム中のホモ接合マーカーの延長であり、同一のハプロタイプブロックが両親から受け継がれた場合に発生する。自己接合セグメントは「同一系統」(IBD)セグメントとも呼ばれ、ホモ接合マッピングに使用できる。^{[17] [18]}

片親性ダイソミー: UPD は、遺伝子またはゲノム領域の両方のコピーが同じ親から受け継がれた場合に発生します。これは片親性であり、両親から受け継がれる自己接合セグメントとは対照的です。生殖細胞系列に存在する場合、無害である場合もあれば、プラダー・ウィリー症候群やアンジェルマン症候群などの疾患に関連する場合もあります。また、自己接合性とは対照的に、UPD は腫瘍細胞で発生する可能性があり、文献では後天性 UPD またはコピー中立 LOH と呼ばれています (図 6)。

後天性UPDは、血液腫瘍と固形腫瘍の両方で非常に一般的であり、ヒト腫瘍で見られるLOHの20〜80％を占めると報告されています。^{[19] [20] [21] [22]後天性UPDは、}腫瘍形成のKnudson Two Hit Hypothesisにおける2番目のヒットとして機能する可能性があり、したがって欠失の生物学的同等物である可能性があります。^[23]このタイプの病変は、アレイCGH、FISH、または従来の細胞遺伝学では検出できないため、腫瘍の仮想核型解析にはSNPベースのアレイが好まれます。

図 7 は、欠失、増加、増幅、および獲得 UPD (コピー中性 LOH) を示す大腸癌の SNP アレイ仮想核型です。

仮想核型はほぼすべての腫瘍から生成できますが、特定されたゲノム異常の臨床的意味は腫瘍の種類ごとに異なります。臨床的有用性はさまざまであり、適切性は、仮想核型を実施する研究室の所長と相談して腫瘍医または病理学者が決定するのが最善です。以下は、特定のゲノム異常の臨床的意味が十分に確立されている癌の種類の例です。このリストは代表的なものであり、網羅的ではありません。ウィスコンシン州衛生研究所の細胞遺伝学研究所の Web サイトには、仮想核型分析によって容易に検出できる臨床的に関連する遺伝子変化の追加の事例が掲載されています。[1]

493の神経芽腫サンプルに基づくと、アレイベースの核型分析によって検査された全体的なゲノムパターンが神経芽腫の転帰を予測する因子であることが報告されている。^[24]

• 全染色体コピー数の変化のみを呈する腫瘍は、優れた生存率と関連していた。
• あらゆる種類の分節染色体コピー数の変化を伴う腫瘍は、再発のリスクが高いことが示されています。
• 部分的な変化を示す腫瘍では、全生存率の低下の追加の独立した予測因子は、MYCN 増幅、1p および 11q 欠失、および 1q 増加でした。

以前の文献では、神経芽腫は細胞遺伝学的プロファイルに基づいて3つの主要なサブタイプに分類されていました。^[25]

• サブタイプ 1: ほぼ三倍体で数値的増加と減少が優勢な良好な神経芽腫で、ほとんどが非転移性の NB ステージ 1、2、および 4S を表します。
• サブタイプ 2A および 2B: 予後不良の広範囲神経芽腫、ステージ 3 および 4 に見られ、11q 欠失および 17q 増加を伴い、MYCN 増幅を伴わない (サブタイプ 2A)、または MYCN 増幅を伴い、多くの場合 1p 欠失および 17q 増加を伴う (サブタイプ 2B)。

1p染色体と16q染色体の腫瘍特異的ヘテロ接合性喪失（LOH）は、再発と死亡のリスクが著しく高いウィルムス腫瘍患者のサブセットを特定します。これらの染色体領域のLOHは、現在、治療の強度を治療失敗のリスクに合わせるための、病期とともに独立した予後因子として使用できます。^{[26] [27]}

腎上皮性腫瘍には特徴的な細胞遺伝学的異常があり、分類に役立ちます。^[28]また、腫瘍学と血液学における遺伝学と細胞遺伝学のアトラスも参照してください。

• 明細胞癌：3pの喪失
• 乳頭癌：7トリソミーおよび17トリソミー
• 嫌色性癌：1、2、6、10、13、17、21番染色体の喪失を伴う低二倍体

アレイベースの核型分析は、形態学的に困難な腎腫瘍の特徴的な染色体異常を同定するために使用できます。^{[8] [10]}アレイベースの核型分析はパラフィン包埋腫瘍に対して良好な結果を示し、 ^[29]日常的な臨床使用に適しています。

さらに、最近の文献では、特定の染色体異常が腎上皮性腫瘍の特定のサブタイプの転帰と関連していることが示されている。^[30]
明細胞腎癌：9p欠失および14q欠失は予後不良の指標である。^{[31] [32]}
乳頭状腎細胞癌：1qの重複は致命的な進行を示す。^[33]

アレイベースの核型分析は、慢性リンパ性白血病（CLL）の染色体異常を検出するためのFISHの費用対効果の高い代替法です。いくつかの臨床検証研究では、標準的なCLL FISHパネルとの一致率が95%を超えています。^{[12] [34] [35] [36] [37]}さらに、アレイベースの核型分析を使用した多くの研究では、標準的なFISHプローブでは見逃されていた「非定型欠失」や、CLLの予後リスクの重要な遺伝子座で獲得した片親性二染色体性二染色体が特定されています。^{[38] [39]}

CLL細胞には4つの主要な遺伝子異常が認められ、疾患の進行に大きな影響を与えます。^[40]

1. p53 を標的とする 17 番染色体の短腕の一部が欠失する (del 17p) ことは特に有害です。この異常を持つ患者は、治療が必要になるまでの期間が著しく短く、生存期間も短くなります。この異常は CLL 患者の 5～10% に見られます。
2. 11 番染色体の長腕の欠失 (del 11q) も、del 17p ほどではないものの、好ましくない状態です。この異常は ATM 遺伝子を標的とし、CLL ではまれに発生します (5～10%)。
3. 12番染色体が余分にある12トリソミーは、患者の20～25％に発生する比較的頻度の高い所見であり、中程度の予後をもたらします。
4. 13q14 の欠失 (del 13q14) は CLL で最も一般的な異常であり、患者の約 50% にこの欠陥を含む細胞が見られます。del 13q14 が単独で見られる場合、患者の予後は最も良好で、ほとんどの患者は治療を必要とせずに何年も、場合によっては何十年も生きることができます。

Avet-Loiseau らはJournal of Clinical Oncologyで、192 の多発性骨髄腫(MM) サンプルの SNP アレイ核型分析を使用して予後に関連する遺伝子病変を特定し、別のコホート (n = 273) で検証しました。 ^[41] MM では増殖クローンがないため、従来の細胞遺伝学で情報が得られるのは約 30% の症例のみです。FISH パネルは MM に有用ですが、標準的なパネルではこの研究で報告されたいくつかの重要な遺伝子異常を検出できません。^[要出典]

1. 仮想核型分析により、MM症例の98%で染色体異常が特定された。
2. del(12p13.31)は独立した有害マーカーである
3. amp(5q31.1)は好ましいマーカーである
4. amp(5q31.1) の予後的影響は、高二倍体のそれよりも優れており、高用量療法から大きな利益を得る患者も特定します。

アレイベースの核型解析では、MM の約 15% に見られる t(4;14) などの均衡型転座を検出できません。したがって、SNP アレイを使用して MM の予後的意義のあるゲノム全体のコピー数変化を検出する場合は、この転座に対する FISH も実行する必要があります。^{[引用が必要]}

Pfister Sらによる260個の髄芽腫のアレイベースの核型解析の結果、細胞遺伝学的プロファイルに基づいて以下の臨床サブグループが得られた： ^[42]

• 予後不良：6qの増加またはMYCまたはMYCNの増幅
• 中間型：17qの増加または6qの増加やMYCまたはMYCNの増幅を伴わないi(17q)
• 予後良好：6qと17qのバランスまたは6q欠失

1p/19q 共欠失は、乏突起膠腫の「遺伝子シグネチャー」と考えられています。1p と 19q の対立遺伝子の喪失は、単独または組み合わせで、古典的乏突起膠腫では、星細胞腫や乏突起星細胞腫よりも一般的です。^[43]ある研究では、古典的乏突起膠腫では、42 例中 35 例 (83%) で 1p の喪失が見られ、39 例中 28 例 (72%) で 19q の喪失が見られ、39 例中 27 例 (69%) でこれらが組み合わさっていました。低悪性度および退形成性乏突起膠腫の間で、1p/19q のヘテロ接合性喪失状態に有意差はありませんでした。^[43] 1p/19q 共欠失は、乏突起膠腫における化学療法感受性と予後改善の両方と相関しています。^{[44] [45]大規模な癌治療センターのほとんどは、乏突起膠腫の}病理レポートの一部として1p/19qの欠失を定期的にチェックしています。1p/19q遺伝子座の状態は、FISHまたは仮想核型分析によって検出できます。仮想核型分析には、1p/19q遺伝子座だけでなく、ゲノム全体を1回のアッセイで評価できるという利点があります。これにより、EGFRやTP53コピー数の状態など、グリア腫瘍の他の重要な遺伝子座の評価が可能になります。^{[引用が必要]}

1p および 19q 欠失の予後関連性は未分化乏突起膠腫および混合乏突起星細胞腫では十分に確立されているが、低悪性度神経膠腫における欠失の予後関連性はより議論の余地がある。低悪性度神経膠腫に関しては、最近の研究でも、1p/19q 共欠失が (1;19)(q10;p10) 転座と関連している可能性が示唆されており、これは複合 1p/19q 欠失と同様に、低悪性度神経膠腫患者の全生存率および無増悪生存率の向上と関連している。^[46]乏突起膠腫では、他の神経膠腫とは対照的に、p53 遺伝子の変異がまれにしか見られない。^[47] 上皮成長因子受容体増幅と 1p/19q 共欠失全体は相互に排他的であり、完全に異なる転帰を予測するが、EGFR 増幅は予後不良を予測する。^[48]

Yin ら^[49]は、SNP アレイ核型分析を用いて55 の神経膠芽腫と 6 つの GBM 細胞株を研究した。61 例中 13 例で 17p に後天性 UPD が同定された。13q14 (RB) 欠失または 17p13.1 (p53) 欠失/後天性 UPD の患者では、生存期間が著しく短縮した。これらの結果を総合すると、この技術は GBM のゲノム全体の異常をプロファイリングするための迅速で堅牢かつ安価な方法であることが示唆される。SNP アレイ核型分析はパラフィン包埋腫瘍に対して実施できるため、腫瘍細胞が中期細胞遺伝学の培養で増殖しない場合や、標本をホルマリン固定した後に核型分析が必要になった場合に魅力的な選択肢となる。^[要出典]

神経膠芽腫における獲得性UPD（コピー中性LOH）検出の重要性：^[要出典]

• 17p異常の患者のうち、約50%が欠失であり、約50%がaUPDであった。
• 17p del と 17p UPD は両方とも、より悪い転帰と関連していました。
• 13 人中 9 人が 17p UPD の根底にあるホモ接合 TP53 変異を有していました。

さらに、形態学によるグレードが不明な場合には、ゲノムプロファイリングが診断に役立ちます。

• 7の増加と10の減少が同時に起こることは、本質的にGBMの診断基準である^[50]
• EGFR増幅、PTENの喪失（10q上）、p16の喪失（9p上）は、ほとんどが神経膠芽腫でのみ発生し、神経膠芽腫と未分化星細胞腫を区別する手段を提供することができる。^[51]

細胞遺伝学は、がん細胞の染色体における特徴的な大きな変化を研究するもので、急性リンパ性白血病（ALL）の転帰を予測する重要な因子としてますます認識されるようになってきている。^[52]注意：均衡型転座はアレイベースの核型分析では検出できない（下記の制限事項を参照）。

細胞遺伝学的サブタイプの中には、他のサブタイプよりも予後が悪いものがあります。これには以下のものが含まれます。

• フィラデルフィア染色体として知られる9番染色体と22番染色体の間の転座は、ALLの成人症例の約20％、小児症例の約5％に発生します。
• 4 番染色体と 11 番染色体の間の転座は症例の約 4% で発生し、12 か月未満の乳児に最もよく見られます。
• 染色体の転座はすべて予後不良というわけではありません。比較的良好な転座もあります。たとえば、高二倍体（染色体数 50 超）は良好な予後因子です。
• コピー数変化のゲノム全体の評価は、従来の細胞遺伝学または仮想核型分析によって行うことができます。SNPアレイ仮想核型分析では、コピー数変化とLOH状態を検出できますが、アレイCGHではコピー数変化のみを検出できます。コピー中立LOH（獲得性片親性ダイソミー）は、予後的意義を持つ9pのCDKN2A遺伝子など、ALLの重要な遺伝子座で報告されています。^{[53] [54] [55]} SNPアレイ仮想核型分析では、コピー中立LOHを容易に検出できます。アレイCGH、FISH、および従来の細胞遺伝学では、コピー中立LOHを検出できません。

急性リンパ性白血病における骨髄細胞遺伝学的所見と予後の相関

分類不能ALLは中程度の予後を持つと考えられている。^[56]

骨髄異形成症候群（MDS）は、臨床的、形態学的、遺伝学的に顕著な異質性を有する。MDSに対する世界保健機関の分類に基づく国際予後スコアリングシステム（IPSS）では、細胞遺伝学が決定的な役割を果たしている。^{[57] [58]}

• 予後良好: 正常核型、孤立性 del(5q)、孤立性 del(20q)、-Y
• 予後不良：複合異常（すなわち、3つ以上の異常）、−7またはdel(7q)
• 中間予後: トリソミー8およびdel(11q)を含むその他のすべての異常

MDSのメタフェーズ細胞遺伝学、FISHパネル、SNPアレイ核型解析を比較したところ、各技術は同様の診断率を示した。単一の方法ではすべての欠陥を検出できず、3つの方法すべてを使用した場合、検出率が約5％向上した。^[59]

FISHや細胞遺伝学では検出できない後天性UPDは、SNPアレイ核型解析を用いたMDSのいくつかの重要な遺伝子座で報告されており、その中には7/7qの欠失も含まれている。^{[60] [61]}

真性多血症、本態性血小板血症、原発性骨髄線維症などのフィラデルフィア染色体陰性骨髄増殖性腫瘍（MPN）は、白血病（MPN芽球期）への転換の固有の傾向を示し、追加のゲノム病変の獲得を伴います。159症例の研究で、 ^[62] SNPアレイ解析により、実質的にすべての細胞遺伝学的異常を捕捉し、潜在的に重要な臨床的意味を持つ追加の病変を発見することができました。^[要出典]

• 急性転化期のゲノム変異の数は、慢性期の2～3倍以上でした。
• 17p (TP53) の欠失は、ヒドロキシウレアへの以前の曝露および MPN 急性転化のサンプルにおける複雑な核型と有意に関連していました。欠失と 17p コピー中性 LOH は両方とも、骨髄悪性腫瘍における予後不良マーカーである複雑な核型と関連していました。コピー中性 LOH (後天性 UPD) は、SNP アレイ核型では容易に検出できますが、細胞遺伝学、FISH、またはアレイ CGH では検出できません。
• 7q の染色体物質の喪失を伴う急性転化期の患者は生存率が低かった。7q の喪失は、AML 治療における急速な進行と反応不良の予測因子として知られている。細胞遺伝学的に検出されない 7q コピーの中性 LOH を伴う MPN 急性転化期の患者は、白血病細胞に 7/7q を持つ患者と同等の生存率を示した。
• ホモ接合型 JAK2 変異を伴う 9p コピー中性 LOH も、ヘテロ接合型 JAK2V617F または野生型 JAK2 のいずれかを持つ患者と比較して、MPN 急性転化における転帰不良と関連していました。17p の LOH とは対照的に、9pCNN-LOH の予後への影響は、7/7q、5q、または複雑な核型などの確立されたリスク要因とは無関係でした。

大腸癌におけるバイオマーカーの同定は、腫瘍再発が20%未満のステージII疾患の患者にとって特に重要です。18q LOHは、ステージII大腸癌における腫瘍再発のリスクが高いことに関連する確立されたバイオマーカーです。^[63]図7は、大腸癌のSNPアレイ核型（全ゲノムビュー）を示しています。

大腸癌は分子プロファイルに基づいて特定の腫瘍表現型に分類され^[63]、マイクロサテライト不安定性検査、IHC、KRAS変異状態などの他の補助検査の結果と統合することができます。

• 染色体不安定性（CIN）は、5q、8p、17p、18qを含むいくつかの染色体座位で対立遺伝子の不均衡を呈します（図7）。
• 二倍体核型を持つ傾向があるマイクロサテライト不安定性 (MSI)。

悪性ラブドイド腫瘍は、乳児や幼児に最も多く見られる、まれで非常に悪性度の高い腫瘍です。その組織学的特徴は多様であるため、診断が困難な場合が多く、誤分類が起こる可能性があります。これらの腫瘍では、染色体22q上のINI1遺伝子（SMARCB1）が古典的な腫瘍抑制遺伝子として機能します。INI1の不活性化は、欠失、突然変異、または後天性UPDによって起こる可能性があります。^[64]

最近の研究では^[64]、SNPアレイ核型解析により、ラブドイド腫瘍51例中49例で22qの欠失またはLOHが同定された。このうち14例はコピー中性LOH（または後天性UPD）であり、これはSNPアレイ核型解析では検出できるが、FISH、細胞遺伝学、アレイCGHでは検出できない。MLPAでは、1つのサンプルでSNPアレイの解像度を下回る単一エクソンホモ接合性欠失が検出された。^[要出典]

SNPアレイ核型解析は、例えば、同染色体17qを持つ髄芽腫と、22q11.2の喪失を伴う原発性ラブドイド腫瘍を区別するために使用できます。必要に応じて、MLPAと直接シークエンシングを使用したINI1の分子解析を実施できます。腫瘍関連の変化が見つかったら、患者と両親の生殖細胞DNAを解析して、INI1の遺伝性または新生生殖細胞変異または欠失を除外し、適切な再発リスク評価を行うことができます。^[64]

ぶどう膜黒色腫の予後不良に関連する最も重要な遺伝子変異は、第3染色体の1コピー全体の喪失（モノソミー3）であり、これは転移の広がりと強く相関しています。^[65]第6染色体と第8染色体の増加は、モノソミー3スクリーニングの予測値を精緻化するためによく使用され、ダイソミー3腫瘍において6pの増加はより良い予後を示し、8qの増加はより悪い予後を示します。^[66]まれに、モノソミー3腫瘍は染色体の残りのコピーを複製して、イソダイソミーと呼ばれるダイソミー状態に戻ることがあります。^{[67]イソダイソミー3は予後的にはモノソミー3と同等であり、どちらも第3染色体}のヘテロ接合性喪失の検査で検出できます。^[68]

従来の細胞遺伝学から得られる核型とは異なり、仮想核型は破壊されたDNA から得られる信号を使用してコンピュータ プログラムによって再構築されます。本質的には、コンピュータ プログラムは、信号を染色体の順序に並べるときに転座を修正します。したがって、仮想核型では、均衡転座および逆位を検出できません。また、アレイ上のプローブによって表されるゲノムの領域内の遺伝子異常しか検出できません。さらに、仮想核型は、二倍体ゲノムに対して正規化された相対コピー数を生成するため、再正規化を実行しない限り、四倍体ゲノムは二倍体空間に凝縮されます。arrayCGH を使用している場合、再正規化には FISH などの補助的な細胞ベースのアッセイが必要です。SNP ベースのアレイから取得された核型の場合、見かけ上のコピー数損失の領域内でヘテロ接合性が維持されていることから、四倍体であることが推測されることがよくあります。^[22]低レベルのモザイクや小さなサブクローンは、サンプル中の正常細胞が異常クローンからの信号を弱めるため、仮想核型では検出されない可能性がある。腫瘍細胞の最小割合という点での正確な失敗点は、使用する特定のプラットフォームとアルゴリズムに依存する。アレイベースの核型を生成するために使用される多くのコピー数解析ソフトウェアプログラムは、サンプル中の腫瘍/異常細胞が25～30％未満の場合に失敗します。しかし、腫瘍学の用途では、腫瘍濃縮戦略と腫瘍学サンプルでの使用に最適化されたソフトウェアによってこの制限を最小限に抑えることができます。解析アルゴリズムは急速に進化しており、中には「正常クローンの混入」でも機能するように設計されているものもあるため、^[69]この制限は今後も解消されると予想されます。

• DECIPHER、Ensembl リソースを使用したヒトの染色体不均衡と表現型のデータベース