クロロフレクソタ

クロロフレクソタ門は、主に緑色硫黄細菌として知られる細菌の門です。この門には、酸素を利用して高温でよく生育する好気性好熱菌、光合成に光を利用する無酸素性光合成細菌、ハロゲン化有機物（有毒な塩素化エテンやポリ塩化ビフェニルなど）を電子受容体として利用する嫌気性ハロレスピラ菌など、多様な表現型を持つクラスが含まれています。

この門は、Anaerolinae、Ardenticatenia、Caldilineae、Chloroflexia、Dehalococcoidia、Ktedonobacteria、Tepidiformia、Thermoflexiaの8つの異なるクラスで構成されています^{[ 2 ]}。

クロロフレクソタ門の細菌は単層膜（つまり、外膜のない単細胞膜を持つ）ですが、グラム陽性とグラム陰性の両方に染色されます。よく研究されている細菌の門の多くは二層膜でグラム陰性に染色されますが、グラム陽性に染色されるよく知られた単層膜には、フィルミクテス（またはバチルス門）（低G+Cグラム陽性）とアクチノミセトータ（高G+Cグラム陽性）が含まれます。

この分類群名は、バーギー細菌分類マニュアル第1巻の2001年版で作成され、門のタイプ属名であるChloroflexusのラテン語複数形であり、一般的な慣習である。^{[ 3 ]}

1987年、分子系統学革命の先駆者の一人とみなされているカール・ウーゼは、16SリボソームRNA（SSU）配列に基づいて真正細菌を11の門に分け、 Chloroflexus属、Herpetosiphon属、Thermomicrobium属を「緑色非硫黄細菌とその近縁種」にまとめた^{[ 4 ] [ 5 ]。}これは、バーギー細菌分類マニュアル第1巻で一時的に「Chloroflexi」と改名された^{[ 6 ] 。}

クロロフレクソタは深く分岐した門であるため（細菌の門を参照）、バーギーの細菌分類マニュアル第1巻では、同名の単一のクラスを含むと考えられていました。^{[ 6 ]}しかし、2001年以降、新たに発見された種のおかげで新しいクラスが作成され、クロロフレクシ門は現在いくつかのクラスに分けられています。

「Dehalococcoidetes 」は、 1997年に部分的に記載された種「Dehalococcoides ethenogenes 」にちなんで、 Hugenholtz & Stackebrandt (2004) ^{[ 7 ]が付けた仮の名称である。 [ 8 ]}最初に完全に記載された種は、Moe et al. (2009) ^{[ 9 ]}によるDehalogenimonas lykanthroporepellensであるが、この種の記載では、クラスは正式には定められておらず、2つの種は16S リボソーム RNA の同一性が 90% しかないため、異なる科または目に属する可能性があるので、科や目も明示されていない。^{[ 9 ]}

最近のクロロフレクソタの系統解析では、現在門に含まれるさまざまなクラスをグループ化することに対する支持が非常に弱いことが判明した。^{[ 10 ]}門を構成する6つのクラスは、タンパク質の大規模データセットの連結配列に基づく系統樹で一貫して十分に支持されたクレードを形成しておらず、門全体で一意に共有される保存された特徴的な挿入欠失は特定されなかった。^{[ 10 ]}しかし、クロロフレキシとサーモミクロビアのクラスは、通常の系統学的手段と、50Sリボソームタンパク質L19とUDP-グルコース4-エピメラーゼ酵素における共有保存された特徴的な挿入欠失の特定の両方によって一貫してグループ化されることがわかった。^{[ 10 ]}狭義のChloroflexi門はChloroflexi綱とThermomicrobia綱のみで構成され、他の4つの綱（「Dehalococcoidetes」、Anaerolineae、Caldilineae、Ktedonobacteria）はChloroflexiの近傍で分岐する1つ以上の独立した門を表している可能性があると示唆されている。^{[ 10 ]}

現在受け入れられている分類体系は、命名法上の地位を有する原核生物名のリスト（LPSN）^{[ 11 ]}と国立生物工学情報センター（NCBI） ^{[ 12 ]}に基づいています。

カンジダトゥス・カルディバクター・コルリグ属。スピークら。 2020 属「Candidatus Chlorotrichoides」コリッグ。オーレンら。 2020 [" Candidatus Chlorothrix " Klappenbach & Pierson 2004 non Dyar 1921 non Berger-Perrot 1982 ^{[ 22 ]} ] 属 " Candidatus Nitrocaldera " Spieck et al. 2020 属「Candidatus Nitrotheca」Spieck et al. 2020年 クラス「Bathosphaeria」Mehrshadら2018年

• バトスファエラレス目Mehrshad et al. 2018
  • バトスファエラ科 (Bathosphaeraceae) Mehrshad et al. 2018
    • 属 ?「Candidatus Bathosphaera」Mehrshad et al. 2018 (JG30-KF-CM66)

クラス「Martimicrobia」Williams et al. 2024

• 「Martimicroblees」を注文するWilliams et al. 2024年
  • 科名「Martimicrobiaceae」Williams et al. 2024
    • 属 ?「Candidatus Laranimicrobium」Williams et al. 2024年
    • 属 ?「Candidatus Martimicrobium」Williams et al. 2024年

クラス「ポリフレクシア」Mehrshad et al. 2018

• 属 ?「Candidatus Poriflexus」Kokawa et al. 2022年

クラス「スピリティバクテリア」ウィリアムズら、2024年

• 「スピリティバクテラレス目」ウィリアムズ他 2024年
  • 科「スピリティバクター科」ウィリアムズら、2024年
    • 属 ?「Candidatus Aglaurobacter」Williams et al. 2024年
    • 属 ?「Candidatus Otrerea」Williams et al. 2024年
    • 属 ?「Candidatus Spiritibacter」Williams et al. 2024年

クラス「タルンナエイア」Williams et al. 2024年

• 「Tarhunnaeales」を注文するWilliams et al. 2024年
  • 家族「タルフンナ科」Williams et al. 2024年
    • 属 ?「Candidatus Sutekhia」Williams et al. 2024年
    • 属 ?「Candidatus Tarhunnaea」Williams et al. 2024年

クラス「Uliximicrobia」Williams et al. 2024

• 目「Uliximicrobiales」Williams et al. 2024
  • 科名「Uliximicrobiaceae」Williams et al. 2024
    • 属 ?「Candidatus Uliximicrobium」Williams et al. 2024年

クラス「ウンブリシクロピア」Mehrshad et al. 2018

• 目「ウンブリシクロパレス目」Mehrshad et al. 2018
  • 科名「Umbricyclopaceae」Mehrshad et al. 2018
    • 属 ?「Candidatus Umbricyclops」Mehrshad et al. 2018年（TK10）

クラス「Limnocylindria」Mehrshad et al. 2018

• 目「Limnocylindrales」Mehrshad et al. 2018
  • 科名「Limnocylindraceae」Mehrshad et al. 2018 (SL56)
    • コリグ属「Candidatus Aquidulcis」。ロドリゲス-Rら。 2020年
    • 属「Candidatus Limnocylindrus」Mehrshad et al. 2018年

クラスKtedonobacteria Cavaletti et al. 2007年末。矢部ら。 2010年

• Thermogemmatisporales Yabe et al. 2011年
  • Thermogemmatisporaceae科Yabe et al. 2011
    • Thermogemmatispora 属矢部ら。 2011年^{[ 23 ]}
• Ktedonobacterales Cavaletti らを注文する。 2007年
  • ディクチオバクター科Wang et al. 2019
    • ディクティオバクター 属Yabe et al. 2017年
    • Tengunoibacter 属Wang et al. 2019
  • Ktedonobacteraceaeコリグ科。カヴァレッティら。 2007年
    • クテドノバクター・ コリッグ属。カヴァレッティら。 2007年
    • クテドノスポラ 属Yabe et al. 2021年
    • 「カンジダトゥス・パラクテドノバクター」属Roy et al. 2025年
  • Ktedonosporobacteraceae科Yanら 2020
    • Ktedonosporobacter 属Yan et al. 2020
  • レティキュリバクター科Yabe et al. 2021
    • 属 ？レティクリバクター矢部ら。 2021年
  • Thermosporotrichaceae科Yabe et al. 2010
    • Thermosporothrix 属Yabe et al. 2010 ^{[ 24 ]}

クラスThermomicrobiia Oren、Parte & Garrity 2016

• スファエロ バクター目（Sphaerobacterales） Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997
  • スファエロバクター 科Stackebrandt、Rainey & Ward-Rainey 1997
    • ニトロランセア 属Sorokin et al. 2014 [「ニトロラントス」Sorokin et al. 2012年]
    • スファエロ バクター属Demharter et al. 1989年
• サーモミクロ目Garrity & Holt 2002
  • Thermomicrobiaceae科Garrity & Holt 2002
    • Thermalbibacter 属Zhao et al. 2023
    • Thermomicrobium 属Jackson, Ramaley & Meinschein 1973
    • Thermorudis 属King & King 2014

クロロフレキシア 綱Gupta et al. 2013

• 属 ?「デハロビウム」Wu et al. 2002年^{[ 25 ]}
• 属 ?「Candidatus Lithoflexus」Saghai et al. 2020年
• 属 ?「Candidatus Sarcinithrix」Nierychlo et al. 2019年
• 目「クロロヘリアレス」辻ら、2024年
  • 科名「Chloroheliaceae」Tsuji et al. 2024
    • 「Candidatus Chlorohelix」属 辻ら。 2024年
• 「Thermobaculales」目Chuvochina et al. 2023
  • 科「Thermobaculaceae」Chuvochina et al. 2023
    • 属 " Thermobaculum " Botero et al. 2004年
• 注文 Kallotenuales Cole et al. 2013年
  • カロテヌア科（Kallotnuaceae）Cole et al. 2013
    • カロテヌエ 属Cole et al. 2013年
• ヘルペトシフォ 目目Gupta et al. 2013年
  • ヘルペトシフォナ 科（Herpetosiphonaceae） Gupta et al. 2013
    • 属 ?「Candidatus Anthektikosiphon」Ward, Fischer & McGlynn 2020
    • Herpetosiphon 属Holt & Lewin 1968 [ Flavilitoribacter García-López et al. 2020 ]
• クロロフレキ サレス目（Gupta et al. 2013）
  • バラ亜目Gupta et al. 2013年
    • Roseiflexaceae科Gupta et al. 2013 ["Kouleotrichaceae" Mehrshad et al. 2018 ]
      • 属 ?「Candidatus Amarofilum」Petriglieri et al. 2023年
      • 属 ？ヘリオスリックス・ピアソンら。 1986年
      • 属名 " Kouleothrix " Kohno et al. 2002
      • 属「Candidatus Ribeiella」Petriglieri et al. 2023年
      • ロセイフレクサス 属Hanada et al. 2002年
  • クロロフレキシン 亜目Gupta et al. 2013年
    • クロロフレクサ科（Chloroflexaceae）Gupta et al. 2013
      • 属 ?「Candidatus Chloranaerofilum」Thiel et al. 2016年
      • Genus Chloroflexus Pierson & Castenholz 1974 [「クロロクリニス」]
    • オシロクロリダ科（Oscillochloridaceae）Gupta et al. 2013
      • 属 ？クロロネマ♪ドゥビニーナ＆ゴレンコ 1975
      • 属「Candidatus Chloroploca」Gorlenko et al. 2014年
      • オシロクロリス 属ゴレンコ＆ピボバロワ 1989
      • 属「Candidatus Viridilinea」Grouzdev et al. 2018年

テピディフォルミア 綱Kochetkova et al. 2020年

• Tepidiformales Kochetkova らを注文します。 2020年
  • Tepidiformaceae 科Kochetkova et al. 2020年
    • 「Candidatus Amarobacillus」属Petriglieri et al. 2023年
    • 「Candidatus Amarobacter」属Petriglieri et al. 2023年
    • 属 " Tepidiforma Kochetkova et al. 2020

デハロココイディア 綱Löffler et al. 2013

• デハロコッコイダ レス目（Löffler et al. 2013）
  • デハロコッコイダ 科（Dehalococcoidaceae） Löffler et al. 2013
    • Dehalococcoides 属Löffler et al. 2013
    • デハロゲニモナス モエ属2009年
• 目「Lucifugimonadales」Lim et al. 2023
  • 科名「Lucifugimonadaceae」Lim et al. 2023
    • カンディダトゥスルキフギモナス属Lim et al. 2023 [SAR202; UBA1151】
• 目「Australimonadales」Prabhu et al. 2024
  • 科「Australimonadaceae」Prabhu et al. 2024
    • 「Candidatus Australimonas」属Prabhu et al. 2024 [UBA2963]
• モンストラマリア目Landry et al. 2017 [SAR202グループIII; UBA3495]
  • 科名「モンストラマリア科」ランドリー他 2017
    • 属名 " Carboxydicoccus " Dede et al. 2024 [UBA11650]

Ardenticatenia 川市ら2013年

• Ardenticatenales Kawaichi et al. 2013年
  • Ardenticatenaceaeカワイチら。 2013年
    • カワイチ属Ardenticatena et al. 2013年
• 「Epilineales」を注文するPetriglieri et al. 2023年
  • 「Epilineaceae」科Petriglieri et al. 2023年
    • 属「Candidatus Avedoeria」Petriglieri et al. 2023年
    • 属「Candidatus Epilinea」Petriglieri et al. 2023年

クラス「カルディリネイア」オレン、パルテ＆ギャリティ 2016年 元キャバリエ＝スミス 2020年

• カルディリネア目山田ら 2006
  • ヒユ科（Amarolineaceae）Andersen et al. 2019
    • 「Candidatus Amarolinea」属Andersen et al. 2019年
  • カルディリネア科（Caldilineaceae）山田ら（2006）
    • カルディリネア 属セキグチ et al. 2003年
    • 属「Candidatus Fredericiella」Petriglieri et al. 2023年
    • リトリリネア 属ケール et al. 2013年

サーモフレクシア 綱Dodsworth et al. 2014

• Thermoflexales Dodsworth et al. 2014を注文する
  • バラ科 (Roseilineaceae) Ward et al. 2021
    • 属「Candidatus Brachythrix」Petriglieri et al. 2023年
    • 属「Candidatus Roseilinea」Thiel et al. 2016年
  • Thermoflexaceae科Dodsworthら 2014
    • Thermoflexus 属Dodsworth et al. 2014

クラス「Thermofontia」訂正。Ward et al. 2018

• 光合成目（Phototrophicales）Zheng et al. 2022
  • 科名「光合成植物科」Zheng et al. 2022
    • 属「Candidatus Flexicrinis」Petriglieri et al. 2023年
    • 属「Candidatus Flexifilum」Petriglieri et al. 2023年
    • 属名「Phototrophicus」Zheng et al. 2022

クラス「アネロリネイア」オーレン、パート＆ギャリティ 2016

• 属 ?「Candidatus Defluviifilum」Nierychlo et al. 2019年
• 科名「Profundisolitariaceae」Mehrshad et al. 2018
  • 属 ?「Candidatus Profundisolitarius」Mehrshad et al. 2018年(CL500-11)
• 目「Promineifilales」Chuvochina et al. 2023
  • 科名「Promineifilaceae」Chuvochina et al. 2023
    • 属「Candidatus Hadersleviella」Petriglieri et al. 2023年
    • 「Candidatus Leptofilum」属Petriglieri et al. 2023年
    • 「Candidatus Leptovillus」属Petriglieri et al. 2023年
    • カンジダトゥス・プロミネイフィラム属（Ｃｏｒｒｉｇ ）。マキロイら。 2016年
    • 属「Candidatus Trichofilum」Petriglieri et al. 2023年
• 目 Aggregatilineales中原ら。 2019年
  • 集合体科（Aggregatilineaceae）nakahara et al. 2019年
    • アグリガティ リネア属ナカハラ et al. 2019年
• アナエロリネア目山田ら 2006
  • 家族「Villigracilaceae」Petriglieri et al. 2023年
    • 属「Candidatus Defluviilinea」Petriglieri et al. 2023年
    • カンジダトゥスデニトロリネア属Okubo et al. 2021年
    • 「デスルフォリネア」属Van Vliet et al. 2020年
    • 属 ?「Candidatus Manresella」Petriglieri et al. 2023年
    • 属「Candidatus Villigracilis」Nierychlo et al. 2019 元ペトリグリエーリら2023年
  • アナエロリネ科 山田ら 2006
    • アネロリネア 属セキグチ et al. 2003年末。山田ら2006年
    • ベリネア属 ヤマダet al. 2007年^{[ 21 ]}
    • カンジダトゥスブレビフィラムコルリグ属。マキロイら。 2017年
    • Genus Flexilinea Sun et al. 2015年
    • レビリネア 属ヤマダ et al. 2006年^{[ 19 ]}
    • レプトリネア 属ヤマダ et al. 2006年^{[ 19 ]}
    • ロンギネア 属山田ら。 2007年^{[ 21 ]}
    • 属 " Candidatus Mesolinea " Bedoya-Urrego & Alzate 2024
    • Ornatilinea Podosokorskaya属et al. 2013年
    • 属 ?「Candidatus Pachofilum」Petriglieri et al. 2023年
    • ペロリネア 属イマチ et al. 2014年
    • 属名 ：Thermomarinilinea Nunoura et al. 2013
    • 属 " Thermanaerothrix " Gregoire et al. 2011 ^{[ 26 ]}
    • 属 ?「Candidatus Tricholinea」Petriglieri et al. 2023年

Chloroflexiという名前は、最初に記載された属の名前であるChloroflexusのネオラテン語主格男性複数形です。この名詞は、ギリシャ語の形容詞chloros、-a、on (χλωρός、-ά、-όν) ^{[ 27 ]}「緑がかった黄色」と、ラテン語の男性受動完了分詞flexus ( of flecto ) ^{[ 28 ]}「曲がった」を組み合わせたものです。^{[ 6 ]}語源は、1810 年にサー・ハンフリー・デービーによって発見され、その淡い緑色にちなんで名付けられた元素である塩素とは関係ありません。同じ語根を持つ別の門はChlorobiotaですが、「Cyanobacteria」は語根cyanos ( κύανος )「青緑色」を持っています。^{[ 29 ]}

他の門とは異なり、クロロフレクソタの属名には語根がなく、実際、「Chloro- 」で始まる属や「-chloris」で終わる属の多くは、シアノバクテリアかクロロビです。

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