部門（分類学）

部門は、生物分類における分類上のランクであり、動物学と植物学では異なる意味で使用されます。

植物学と菌類学において、部門は門に相当する階級を指します。どちらの用語も国際植物命名規約^[1]の下で使用が認められており、科学文献では両方とも一般的に使用されています。

陸上植物の主な分類は、ゼニゴケ類、ツノゴケ類、コケ類、シダ類、スギナ類、ソテツ類、イチョウ類、針葉樹類、グネト類、被子植物類である。現在、陸上生態系の大部分はモクレン類に支配されており、維管束植物種の80%を占めている。^[2]

動物学では、門という用語は、下綱に従属し、群より上位の任意の階級に適用される。広く使用されている分類法（例えば、Carroll 1988 ^[3]）では、硬骨魚類は条鰭綱（条鰭類）内の硬骨魚綱に分類されている。あまり一般的ではないが（Milner 1988 ^[4]など）、現生の四肢動物は肉質の四肢を持つ脊椎動物の系統群（肉鰭類）内の両生類門および羊膜類に分類される。

1978年、ハロルド・チャールズ・ボールド、アーサー・クロンキスト、リン・マーギュリスを含む植物学者のグループが、植物命名法における「門」という用語を「門」に置き換えることを提案した。これは、生物界全体で同じ分類上のランクに異なる用語を使用することで不必要な混乱が生じると主張した。これは特に単細胞真核生物にとって問題であり、従属栄養生物は動物学の命名法（「門」を使用）に分類され、独立栄養生物は植物学の命名法（「門」を使用）に分類された。用語を標準化するという彼らの提案は、すべての生物の統一性に対する科学的認識の高まりを反映することを目的としていた。彼らは、国際植物命名規約を更新して「門」と「亜門」を全体的に使用するように提案したが、もともと門として発表された名前は、門として発表されたかのように扱われると主張した。^[5]

分子的手法、特に16S リボソーム RNA分析の使用は、1980 年代に細菌の主要な分類を確立するのに役立ちました。1985 年、カール・ウーゼとその同僚はオリゴヌクレオチドシグネチャ分析によって真正細菌の 10 の主要なグループを特定し、これらのグループが「真正細菌の門または分類群と適切に名付けられている」ことを指摘しました。この研究は、細菌の分類群と門の同等性に関する初期の分子的証拠を提供し、高レベルの細菌分類の系統学的基礎を確立するのに役立ちました。 ^[6]

植物学および菌類学の分類学における伝統的な用語「部門」は、現代の分類システムによってますます疑問視されてきました。2020年に、国際ウイルス分類委員会（ICTV）は、最高位の「領域」（ドメインではなく）から一般的なランクまで、15ランクの階層分類システムを正式化しました。このレベルでは、「部門」ではなく「門」が使用されているのが特徴的です。この変更により、ウイルスの分類法は動物学の命名法とより密接になり、同等のランクに異なる用語（門と部門）を維持すると、特に栄養モードに応じて異なるコードで扱われる可能性のある単細胞真核生物などの生物を分類する際に、不要な複雑さが生じるという認識が高まっていることを反映しています。このシステムでは、最初に確立されたウイルスの領域はリボビリアであり、RNA指向RNAポリメラーゼをコードするすべてのRNAウイルスを包含していました。^[7]

2021年、国際原核生物命名規約（ICNP）に初めて門の階級が正式に含まれ、門名に接尾辞「-ota」が採用されました。これにより、培養された代表を含む46の原核生物門の名前が有効に公表され、いくつかの確立された名前が新語に置き換えられました。たとえば、「プロテオバクテリア」は「シュードモナドタ」になり、「フィルミクテス」は「バシロタ」になりました。^[8]

• キャロル、ロバート L. (1988)、脊椎動物古生物学と進化、ニューヨーク: WH Freeman & Co.、ISBN 0-716-7-1822-7
• ミルナー、アンドリュー（1988）「現生両生類の関係と起源」MJベントン（編）『四肢動物の系統と分類』第1巻：両生類、爬虫類、鳥類、オックスフォード：クラレンドン・プレス、pp. 59–102